4O4VA

Crystal structure of trichomonas vaginalis triosephosphate isomerase tvag_497370 (ile-45 variant)
Total Genus 86
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
86
sequence length
251
structure length
251
Chain Sequence
RTFFVGGNWKANPKTVEEAEKLIEMLNGAKVEGNVEVVVAAPFIFLPTLQQKLRKDWKVSAENVFTKPNGAFTGEVTVPMIKSFGIEWTILGHSERRDILKEDDEFLAAKAKFALENGMKIIYCCGEHLSEREAGKASEFVSAQIEKMIPAIPAGKWDDVVIAYEPIWAIGTGKVASTQDAQEMCKVIRDILAAKVGADIANKVRILYGGSVKPNNCNELAACPDVDGFLVGGASLEPGFINIVNSNVHSK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Isomerase
molecule keywords Triosephosphate isomerase
publication title Engineering mutants with altered dimer-monomer equilibrium reveal the existence of stable monomeric Triosephosphate isomerases
rcsb
source organism Trichomonas vaginalis
total genus 86
structure length 251
sequence length 251
ec nomenclature ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date 2013-12-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4o4vA00
1WYIA 4XBSA 2GOUA 4FX7A 3S1WA 3W7NA 4I9AA 2NZLA 3E02A 3OHIA 2NUXA 1CI1A 1H50A 2W0UA 1ME9A 1L9WA 4CNNA 3DH7A 3T4CA 1GVRA 3PVFA 3UWUA 3DU0A 3EX1A 4NJGA 4O1BA 1HO4A 1IXOA 2VFGA 1U83A 4YCOA 3LI0A 1TRDA 4UC5A 3TROA 4E2BA 2PCQA 2ATMA 2XFWA 1JVNA 2C16A 5GVJA 5E93A 3G1HA 1GVSA 3RMJA 3PUEA 5ABTA 1QPOA 4BWLA 3LB0A 3PUDA 1OYBA 3E0IA 2C13A 1TV8A 2Y70A 5CPNA 2ZFAA 4LS0A 1PS9A 3LTSA 3B06A 3KX6A 3DFPA 3MI3A 3IIXA 2JK2A 1E51A 1P4CA 3HJZA 3W85A 4CNOA 5G2HA 5FF7A 3LCFA 3GZ3A 5C5YA 1F5ZA 1FCBA 4TMBA 3C2VA 3IV3A 3BG9A 4O8RA 1XBZA 1HG3A 3TSMA 4L4LA 3UWVA 3S0CA 4LWWA 4O4VA 5CPMA 1FQ0A 3MP3A 1B57A 4HNUA 4JD4A 3HB9A 3G24A 4BR1A 3S1XA 1GEQA 4DBDA 3WJSA 4Z1AA 1VHNA 1O60A 4C1KA 1F6KA 5D2XA 1SR9A 2FFCA 2Y62A 5DELA 2J27A 4WQ6A 4FHAA 4ZQOA 2ISWA 1W5OA 1YDOA 1L6WA 1LTDA 5BMXA 5AYYA 1ZJIA 4XTDA 3ZR4A 2GUUA 3ABSA 1LRQA 1LOSA 3LI1A 4ZQCA 4Z0JA 3G3MA 1TSIA 4O11A 2Y85A 3PG9A 3MYPA 3I7QA 1JCJA 1DVJA 1WAUA 3FKRA 3N34A 4KWWA 2BTMA 5LNSA 4U4MA 3TCEA 4YL2A 1EP2A 1DORA 3PSVA 3T40A 2QCMA 1FDZA 1VR6A 4NNAA 3L0NA 1QDSA 2DORA 3CWOX 3FYPA 4M6PA 5LSMA 2E6FA 3CC1A 1B9BA 3O6CA 1KLZA 1A5SA 5HWMA 4QJ1A 1FDJA 1UBSA 4XBKA 1KFCA 5SWUA 4DF2A 2QCEA 2E09A 1MSSA 5LNVA 3LHYA 3M47A 2E5BA 3QRHA 3ANYA 2C6QA 1I2PA 3SFKA 3W2NA 3B03A 2ZZ6A 4IX2A 5AC7A 1FCVA 1FBAA 1XUUA 4O1CA 4POCA 1T99A 4N9DA 3L5MA 3UZ5A 1HL2A 1CX9A 4LVDA 1S3HA 5CGQA 4JYEA 1OFRA 4RX0A 4JGDA 5FEXA 1M6JA 1QNVA 3KRUA 3G1FA 3MP4A 1OFQA 1Q45A 1VQTA 3UPWA 3KVLA 3EX4A 3C4UA 3GXPA 3VI2A 1ME7A 4FIQA 4JTGA 4LOCA 3R89A 4AAJA 1BTMA 1F7BA 3S1VA 5KITA 1QPNA 3EXSA 2TPSA 4NX5A 4MFEA 2OT1A 1QMLA 1QO2A 4O1AA 4UMBA 1JJKA 1ZAJA 1TO3A 1VHCA 4M6VA 2BZNA 2VEIA 4ZVJA 3PWAA 2JKEA 1W3IA 3GNNA 4K8EA 1YPFA 1H51A 4XKYA 4JTFA 3BW3A 1Z41A 3HG4A 3TJXA 1G67A 2G96A 4WX2A 2G5WA 3U8GA 4NXSA 3GVGA 1CW2A 3LRKA 2HTMA 2B7OA 4JTLA 3F03K 4CCDA 3QMSA 4WD0A 3GK0A 5D33A 3ABRA 1H62A 3W1MA 2NLIA 1SZFA 2CLLA 4FX8A 4FNQA 3W3OA 1ICSA 2QUVA 2CU0A 2X2GA 2P0OA 4UIOA 3QSTA 3QJAA 1JCYA 1DJQA 3EX2A 2VENA 3TW6A 2V82A 3C3NA 1KM4A 1AW2A 1GYLA 4LUJA 1PCWA 3P84A 4ICNA 3C2OA 3OVRA 1X6UA 1G4PA 3NG3A 1G4EA 1LBFA 2H6RA 2FPTA 2Z6JA 3CU2A 3WJWA 1KTCA 3LLFA 1AK5A 3TIMA 3NEVA 4RCXA 1PE1A 4AEOA 4CNPA 4YWIA 4PA8A 1TJRA 3IVTA 1I8JA 1OFDA 3P60A 4MZ1A 2FTPA 3VKJA 4HSOA 1FDYA 3G22A 3LM7A 4UFJA 4WXYA 1EPXA 4GUGA 4MIMA 3VNDA 3O6YX 2GJLA 1PIIA 4WOQA 3PC0A 2I14A 3MO7A 3QFEA 4D2JA 2QJHA 1MXSA 3HGRA 1IIHA 1QFEA 4TMCA 3L21A 1ZY9A 1B4EA 3TR2A 3I7SA 2DZSA 3S42A 4MKNA 4UFKA 1AW1A 3MMTA 3BW4A 3W1AA 3CWNA 1ZAIA 4H4IA 1GPWA 3V1PA 1EEPA 3KVKA 3NO5A 4U28A 1X1OA 4BFAA 3LTPA 1UB3A 4H6KA 1R2TA 3G1VA 1IIGA 1KTBA 1I4NA 4A2RA 4ADUA 3W76A 1TTJA 2TMDA 2V5BA 4PODA 3PB2A 4O4WA 5HWJA 4A29A 1C9DA 2A2IA 5DY3A 3A5VA 4HN4A 2H8XA 1YTEA 2X1TA 5D30A 3M0ZA 3T44A 2WNZA 2VEPA 1XC4A 1QCWA 1W5PA 4TR9A 1EB3A 3A24A 1JR1A 4A2SA 2AAMA 3P8IA 1LCOA 3STFA 3NQGA 3UPBA 4O1DA 4I7VA 3O16A 2FIQA 4GWEA 2Q3RA 3EXTA 5DCDA 3WJZA 2QCCA 5AYXA 2YSWA 4MZ8A 4G1KA 4EF8A 2NX1A 3TQ0A 3LHWA 1B3OA 2V30A 3B0VC 1G7UA 1YDNA 1JCMP 3M16A 2I9EA 1A5BA 1OK6A 1OFBA 3GXTA 1VLIA 1JUEA 4LY8A 5D32A 1EP3A 2B4GA 1KM1A 2X1SA 1KFKA 3S9YA 3QPYA 1LM1A 3MYOA 2V2HA 4LTSA 3RK8A 2E6YA 4ZMGA 3SGUA 4E0CA 2ZTKA 4HPXA 4JIQA 3G18A 2TRSA 2GVJA 5K3VA 3RFAA 4DPPA 4AHQA 4K38A 2QR6A 1D9EA 3S5OA 3N9SA 2GQ8A 3W7JA 3DI0A 3Q58A 3W1TA 2VFDA 2FPYA 5CZ0A 4KKXA 3W74A 3M6YA 2C15A 2FPVA 4AHOA 2QJIA 3BARA 1G69A 4HPJA 4JTUA 5FEZA 5BW6A 3GB6A 5E0KA 4CQ8A 3W1QA 4UXDA 4Y96A 1Q3NA 2QDGA 4FNSA 1LZOA 1XDMA 4LW7A 3M41A 4HIBA 1MEWA 2RFGA 1TPB1 1GVFA 2ZZ4A 1PHQA 1XL9A 2QDHA 1SPQA 5KTLA 1FWNA 1KFJA 3C8FA 5C2XA 4UTTC 3TSDA 3MBFA 1K03A 5DBTA 4K37A 1WXJA 3S5YA 1AL7A 3GAKA 3NA8A 1FCUA 4XUGA 3LBCA 5AFDA 1K8YA 4HT3A 5HINA 3UYCA 1DQWA 1P0NA 1RVGA 1JUKA 1ZFJA 1DV7A 1OYAA 3PM6A 3W86A 2AGKA 4LRTA 1YXYA 1ZENA 5F2LA 3FA5A 2VKZG 5D09A 4UR7A 3W70A 1D3HA 1PV8A 1ZCOA 3SSJA 3EKZA 3I65A 4NUWA 5K9DA 3FFSA 3LBMA 5H91A 2Y6ZA 3E9AA 2V5LA 1S5WA 2ISSA 3T7VA 3CM4A 1EUNA 1QPQA 3NL6A 3STCA 1JUBA 1LLWA 2X1RA 4UR8A 2Y88A 3BG5A 3NOEA 1ICQA 4N4QA 3IVSA 3OVPA 4WY0A 3NM3A 1UUOA 5A5WA 4BI5A 2ZRVA 1XM3A 3M5ZA 3BLFA 1IGSA 3R13A 1HUVA 1OX6A 2DZWA 1WBHA 3BGJA 3IIPA 4O50A 4LNYA 1TPC1 1KM6A 5FF0A 5KZEA 2RDUA 3RU6A 3N2XA 5C6MA 1VCFA 2QCNA 5I3JA 4RXGA 4JICA 4UFHA 3HIJA 1H63A 2R91A 3NYZA 4GUHA 3NXFA 3HGJA 3B0PA 3BLIA 3TXZA 4Q33A 2YPIA 3NZ1A 3SECA 2F7FA 1XBYA 3K30A 5CSRA 3GIYA 3IRDA 2C14A 2YYUA 3DHDA 2PRHA 3QMRA 3TUUA 5F4XA 3OG3A 1XDLA 4O13A 4UUIA 1IXPA 3W2JA 1GWJA 5K7JA 4QQ3A 2V8ZA 3N14A 3LV5A 2R94A 1SQ7A 5F1VA 1ICPA 1LDCA 1LYXA 3W72A 4K39A 3W2LA 1H1YA 1OJXA 1VYSX 3EWUA 3YPIA 2ZRUA 3TX9A 3UXAA 2EPHA 3WK0A 4NZJA 3QM3A 3KOFA 1YDVA 3WK1A 2ZCGA 4C1LA 3LHZA 4N9EA 1TJPA 2JBMA 3LOTA 1DHPA 3ZS4A 1A53A 1Z48A 1Q6QA 4LVGA 1YXDA 3CIWA 4QITA 1TCDA 4CLMA 3EWYA 3GDLA 3A22A 3DFOA 4ZQRA 3PB0A 5G2IA 4JTEA 4UTKA 2YW3A 3QSRA 4O19A 1ALDA 1A5CA 3EB2A 3NVTA 3PBWA 3WJYA 3M5XA 5LNUA 3OEXA 4JX5A 1B4KA 2CLMA 2YFNA 4RV8A 4CCCA 3INPA 4LT9A 5AB3A 3P74A 4FNTA 3LRLA 1SFLA 4UFMA 4MY9A 3CLMA 3E96A 3W1XA 4JDBA 1OFOA 5AN7A 2PURA 2QCLA 5FF2A 1K02A 3O05A 4ADTA 4AWUA 5T26A 3W9ZA 2ABBA 3E49A 1DOSA 4OGZA 3GR7A 2OJPA 3EWBX 3DXIA 2QCDA 3NL2A 2WPBA 2BX7A 3TAOA 5LKYA 3GDTA 2Y89A 3TAKA 5AHNA 1VJIA 3TA6A 3BW2A 2V2CA 3PR2A 2NWSA 4LS1A 4JYDA 3V75A 4ALDA 1PCKA 5CZJA 2A85A 3W7QA 1NEYA 1Z42A 3W2UA 4MZYA 3LV6A 3NDOA 3W22A 1K8ZA 1DQXA 3HPZA 5LGZA 4OV9A 2H90A 4N6FA 3TC6A 4N6EA 2FLIA 1O5XA 4NJHA 3TH6A 3UZJA 2CZ5A 1XI3A 3DFTA 3QYQA 4DBEA 2QF7A 3TU9A 5FF3A 1HO1A 2NX3A 3EWWA 3JRKA 3W1NA 1H7PA 4LV9A 3W1PA 5AC8A 7TIMA 3EX3A 5U4NA 3MJYA 2ZA1A 3NPVA 1WA3A 4LVBA 4FXRA 1M5WA 1IXQA 4NX0A 4GXMA 4K7VA 4FNPA 1IF2A 3BV4A 1R46A 2D73A 3LGEA 4FNRA 2CLFA 3NQCA 2NXIA 2CZDA 2C1HA 1FWRA 3DFQA 4UTJA 1LRTA 3HPSA 1YADA 1M7OA 2JGQA 2IQTA 4O12A 3IIVA 3NQ7A 4JEQA 3THQA 3U6WA 2PRMA 3C56A 2A4AA 1VRDA 3B0UX 3BK0A 3ELFA 1SSDA 4JDYA 4GBUA 4K8HA 3L65A 3LXBA 2FJKA 5FESA 3FEMA 3L0GA 4UTMA 4Z1CA 1SZNA 3O1NA 3S5NA 5KMYA 1YTKA 5AHIA 3D0CA 1XFBA 4LVAA 2YW4A 1H7NA 3C6CA 4EOUA 2NX9A 2ZZ3A 4UCGA 3P8JA 3QZEA 3UXDA 2V81A 3TFXA 3U2OA 5D02A 3NQDA 4UFIA 3W71A 4K6AA 3SJ3A 5LNWA 4ORIA 3HBLA 2WV8A 3KAOA 5LHFA 3W23A 4ZZ9A 2OCZA 4AF0B 2GJNA 3L68A 2OX1A 4MY1A 5AHLA 5K9CA 3OA3A 4OE7A 3O06A 3PUOA 4PEKA 2FB2A 3N73A 2ZDRA 5DN1A 4W9TA 3G1SA 4N4PA 2NWRA 1LROA 1Q6OA 4WUIA 2QUUA 3I6RA 4P2VA 1H61A 4JX4A 1DL3A 2EAWA 4JXCA 3W73A 1R2RA 2WNQA 4FO4A 5G4EA 5CSSA 1AG1O 1EWEA 5BOOA 1TPUA 2A7NA 4O28A 5J5DA 1A50A 4RR4A 1TTQA 3P80A 4IXHA 1L2UA 2EGZA 3H53A 1VYRA 3FLUA 4EWND 5D04C 1WDWA 4UTWC 4S1FA 5U7SA 4O57A 3TXVA 4LC8A 3G0SA 3R8RA 1R30A 2YXGA 3LCWA 4N2YA 4O14A 3LX9A 1QR7A 5F2MA 1F05A 5I3IA 1AMKA 1TMHA 5EPDA 4RXFA 2X30A 4I7UA 3M44A 5KSWA 4TO8A 1AW5A 3TFCA 5HUOA 5F4SA 1KM2A 2PRLA 3VE9A 5IBXC 3DZ1A 3L5AA 3W7RA 4YLWA 3G3DA 3DBPA 4FIRA 4Z1BA 1QPRA 4AB4A 3IIOA 1OX5A 2CLOA 1GZGA 1HTIA 1HFBA 2NUYA 1VH7A 3ABOA 3QMTA 3A9IA 2CZFA 5KZDA 4GE8A 3S6DA 4PH6A 1W31A 2J6XA 4GJ1A 4JYFA 2JKAA 4IMFA 1UASA 4M19A 1OK4A 3TQKA 4AXKA 3BPWA 1OFEA 1OX4B 5CZTA 2JGYA 4IMDA 2QAPA 5HULA 4IQLA 1OF8A 1XUZA 4Y90A 3NNTA 6ALDA 3DKJA 1RQHA 3HGSA 3LHVA 2GVGA 4NT0A 5DBUA 5L6UA 1N7KA 4EVZA 3EEGA 1WX0A 2YGYA 5E1QA 1W8SA 3W7IA 1FWSA 4MPQA 2WKJA 3DGRA 3UY7A 1R47A 5F2GA 1OF6A 2WO5A 2RH9A 4A22A 5TBOA 4ZL1A 1K8XA 2BSLA 1JRBA 1OABA 3HPXA 4HSNA 1FWTA 4YMZA 3WJXA 1JULA 4JTSA 3L5LA 3C52A 5EBUA 3I7RA 3QH2A 5I3HA 5LZLA 2YZRA 3CEUA 3PULA 3W07A 2P1FA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3IK2 A;  3HMC A;  4XBS A;  4CD5 A;  4NI3 A;  4L1X A;  3KBN A;  1GOR A;  1IZC A;  4I9A A;  4I9M A;  3OHI A;  1GOO A;  2NUX A;  1H50 A;  2W0U A;  3PZQ A;  1ME9 A;  3WLH A;  3BAI A;  4PMY A;  5D9P A;  4CNN A;  3VCC A;  3ARS A;  3VU2 A;  3EX1 A;  1ZP3 A;  3L4Z A;  4DJF D;  1LL6 A;  3VNM A;  1U83 A;  2J77 A;  1TRD A;  4UC5 A;  4E2B A;  2VO5 A;  5GVJ A;  4Y8E A;  3PUD A;  3E0I A;  3WDJ A;  2C13 A;  4KRT A;  2VC9 A;  2Y70 A;  2MUC A;  3WNM A;  2ZFA A;  3B8I A;  4LS0 A;  3DFP A;  1RK5 A;  3IIX A;  2JK2 A;  1E51 A;  3HJZ A;  1UUQ A;  3SCQ A;  4W85 A;  3AYV A;  2PF0 A;  1J0H A;  3VMP A;  2ACU A;  3BG9 A;  1WPC A;  1XBZ A;  2WCA A;  3W25 A;  4US6 A;  4L4L A;  3UWV A;  4O4V A;  2C8N A;  3RPM A;  3SY8 A;  5A6J A;  3G24 A;  4BR1 A;  1XQK A;  2EJA A;  3VNJ A;  1U5H A;  1VHN A;  4OUE A;  1O60 A;  4GKL A;  2FFC A;  1ZP4 A;  2ISF A;  3SGG A;  2F6X A;  4WQ6 A;  1I0B A;  4GIN A;  4FHA A;  4GQG A;  4ZQO A;  1F3X A;  3QFW A;  4QJ3 B;  2ISW A;  3NFU A;  1YDO A;  4AD4 A;  4NIR A;  4WKF A;  1XIE A;  4D8L A;  2BFG A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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