4OBTA

Crystal structure of arabidopsis thaliana cytosolic triose phosphate isomerase
Total Genus 91
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
91
sequence length
250
structure length
250
Chain Sequence
ARKFFVGGNWKCNGTAEEVKKIVNTLNEAQVPSQDVVEVVVSPPYVFLPLVKSTLRSDFFVAAQNCWVKKGGAFTGEVSAEMLVNLDIPWVILGHSERRAILNESSEFVGDKVAYALAQGLKVIACVGETLEEREAGSTMDVVAAQTKAIADRVTNWSNVVIAYEPVWAIGTGKVASPAQAQEVHDELRKWLAKNVSADVAATTRIIYGGSVNGGNCKELGGQADVDGFLVGGASLKPEFIDIIKAAEVK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Isomerase
molecule keywords Triosephosphate isomerase, cytosolic
publication title Structural Basis for Redox Regulation of Cytoplasmic and Chloroplastic Triosephosphate Isomerases from Arabidopsis thaliana.
pubmed doi rcsb
source organism Arabidopsis thaliana
total genus 91
structure length 250
sequence length 250
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date 2014-01-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4obtA00
1H61A 3LI0A 5D2YA 1VS1A 2H8XA 1DOSA 4IMGA 4LTSA 3NVTA 2NLIA 2I1OA 1PHQA 1G67A 3W3OA 1I2RA 5LGZA 3E9AA 2ISVA 3DI0A 3W7IA 1OFBA 1K7FA 2EKCA 2WQPA 4JYFA 3W75A 2NXIA 8TIMA 3C4UA 5D38A 1I2OA 3EX3A 1A5SA 3R12A 4POCA 4WJEA 1HTIA 3S42A 5FESA 3BG5A 4JYEA 3S8HA 4O50A 1AW5A 2NZLA 2X1UA 3C2VA 1OYBA 1W1ZA 3IVUA 3NL2A 3PAJA 3PB2A 4MYAA 3QZEA 2XFWA 3BLEA 1JCMP 3OEXA 3W70A 1G4PA 3NGJA 3KRZA 1VHNA 3W76A 1SU5A 2C13A 3KVJA 4LW7A 4MYXA 2G96A 5AHNA 5HR6A 1FDZA 2VXNA 1NEYA 3IIXA 1FWNA 3OIXA 5HINA 1A53A 5LNVA 4ORMA 3EXTA 2ABBA 4FNSA 1RV8A 1W56A 3G1VA 3W7OA 3NPUA 2YFOA 3W6YA 1FBAA 3BK0A 3LOTA 1G69A 3LHYA 3G18A 4P2VA 2QCDA 1VPXA 4UTKA 1Z44A 3ZWSA 3G1DA 3DBPA 3LGEA 3LERA 5L6UA 5LKYA 1YTKA 2R94A 1W0MA 1B4KA 4EF9A 4FIQA 4H3DA 1NFBA 1H63A 3IEBA 3NG3A 4AHQA 1LLWA 5DCDA 1DVJA 4NJIA 3I7QA 4UCGA 1P0KA 3O6DA 3HPXA 3UWZA 1LOLA 1A5AA 3M44A 2YR1A 2CZ5A 4LUJA 1AL8A 3B0PA 5D05A 3BG9A 4O12A 3STEA 4UR8A 1TTQA 3M5VA 2X1TA 2VEKA 3HGRA 3EX2A 5DY3A 2ZFAA 4JEQA 5AC6A 2VEIA 1QO5A 5H2ZA 4JTSA 3FJLA 3O07A 1TTPA 1G6CA 3B8DA 3LDVA 4Q33A 2ZZ6A 2HS8A 4O52A 2YW3A 2FFCA 2A6LA 1JR1A 2C16A 3L65A 3TR2A 1OJXA 3MW7A 2DZVA 4AXKA 2FPVA 2YPIA 1WBJA 4AWSA 1TMHA 1H5YA 1EP2A 3OG3A 2R14A 1H51A 1H7WA 4Q4KA 4WQ6A 3GDKA 4UTLA 5BMXA 4AWUA 2Y70A 3S5NA 4A22A 2WNNA 1RZMA 1X1ZA 4WUIA 1LLZA 2HMCA 5I3IA 1D3HA 3W23A 2FLIA 1EP1A 4N4PA 3HIJA 3L68A 3UNDA 2QCFA 1PE1A 3STCA 3TFXA 1L6WA 2B0MA 3I68A 5K7JA 1Z42A 4DO4A 4GUFA 5FEPA 1ZJIA 1XC4A 2CLMA 3W1TA 2QF7A 4NU7A 3SGZA 1EEPA 1Z48A 4OQVA 3QPZA 1OYAA 1SSGA 2DZTA 2NWRA 4JIPA 4XQ6A 3EXRA 1H62A 5K9XA 1L6SA 2JGYA 1JUKA 4TU1A 5DBUA 4O4VA 2ZTKA 1PIIA 2E6FA 1YPFA 3HMJG 3P80A 3O06A 1WA3A 4ZQNA 4ADUA 4PFMA 4N9CA 3G3DA 2H6RA 4LT9A 4JTJA 2V2HA 1GYLA 1PV8A 4OE7A 3MJYA 2E6DA 2QCGA 1YYAA 4P61A 3FA5A 2FJKA 2ZDRA 3EWWA 4GC4A 1OG0A 2P0OA 4UTTA 3H53A 5F2IA 3QMSA 3W7DA 4AB4A 2JK2A 4NVTA 4UC5A 4H6KA 4XKYB 1TV7A 3W1LA 1G4SA 2J27A 4R7JA 5D30A 3TJXA 1GT8A 1FCUA 5AHLA 3M5XA 3S1XA 3W1XA 3ZR4A 4HHPA 1LOQA 1P0NA 3PUDA 4JYDA 3N2MA 2HS6A 4KWVA 3N19B 4UMCA 3R13A 3C2RA 2PCQA 1ADOA 2Q8LA 4FEZA 1TPB1 2ZQ0A 1VRDA 2C6QA 4IQLA 1IXOA 1H7XA 2GVJA 1SZGA 4O8RA 1QCWA 4LWWA 2ZZ2A 1GVRA 1TO3A 2RDTA 2PRHA 4AMAA 2WOQA 1K3UA 2PURA 3P8JA 3PM6A 3T78A 4IX2A 2A7RA 4HKPA 1HL2A 3NQCA 2W6RA 3EWYA 4R33A 3CEUA 4Y8FA 3W7NA 5CPLA 3Q37A 4RK8A 1VYPX 3ELFA 3JS3A 1KM3A 5EY5A 2Y7DA 3KVMA 3DHFA 3NDOA 1EB3A 2Y7EA 3M9YA 2VFGA 5IM51 3UPWA 3LCWA 4LS2A 3G1FA 4ZVJA 3PVFA 4IPJA 2QUUA 4S2CA 5ABTA 1GEQA 3WJWA 3TQKA 4Z0SA 1GWJA 4MJZA 4DXVA 3ZS4A 5F2LA 1IXPA 1HUVA 3FFSA 4A21A 3QSTA 1ZENA 3TQ0A 4RZ5A 1OK6A 3W1PA 3M5ZA 3W88A 4ORIA 1VR6A 2C19A 3SSJA 3G8RA 3QFEA 3RLUA 2NXGA 1GVFA 3PBWA 5KSWA 5J5DA 2HTMA 1K02A 3P5YA 1TYGA 2Y7GA 1XUZA 4JDYA 3LCFA 4K7VA 4OWGA 3TMQA 3BO9A 2RKXA 4K8EA 3W2MA 1QPNA 4CCDA 1ZAHA 1TV5A 1M7OA 5FEXA 1VCFA 3HG5A 5LGXA 1LBFA 2B7NA 1NAL1 5LZLA 4NXKA 3DH7A 3NYZA 1PL9A 4UFHA 3W7GA 3N73A 2QCHA 1DQWA 3W2KA 1R2SA 5E0KA 1JVNA 3AO0A 2A7NA 4LVBA 4LVFA 4JR5A 4KWWA 5LNRA 2VC6A 5D32A 3W73A 2NX1A 5C2XA 1ME8A 1N55A 4UXDA 1C29A 3LB0A 3A22A 1M7PA 5HNRA 3FLUA 1UUOA 4JN6A 1JUBA 2V82A 3HGSA 2OZ0A 2QCDB 2YDAA 3DU0A 3TE9A 1P4CA 3LBCA 1KFKA 1XDMA 3G3MA 3GAKA 3FOKA 4BR1A 3LXBA 2WNQA 4KKXA 3GK0A 3W84A 1AW1A 4GUHA 3UZJA 3ABRA 3DENA 1XBXA 4TMBA 3E0IA 3P81A 2CWNA 1DORA 4O1CA 1SFLA 4ZL1A 4N9BA 2AGKA 1J4EA 4IMCA 3W7KA 4C1KA 5D09A 3P61A 4ZQMA 1XM3A 4W9TA 3INPA 3GB6A 4LRTA 4NT0A 2BSLA 3BLFA 2FPYA 2V81A 1SO6A 3W2UA 4HNNA 3FYPA 2ZRXA 3TW7A 1QOPA 4S2BA 4I7VA 3LHTA 1FCQA 1I45A 2RFGA 4J9JA 4TO8A 2QCCA 1OHLA 3C2FA 2FTPA 2ZRUA 2E1DA 2F7FA 1EA0A 5AFDA 3HG2A 4LOCA 3FYOA 2CZFA 2KZHA 4IMEA 4O28A 2Z2UA 4NZJA 5FI8A 5A5WA 1W8SA 3FS2A 1M6JA 4WY0A 4UTWA 4MY1A 5AN7A 3DXIA 4RXFA 2YX0A 2EPHA 5AC7A 1JQVA 1TCDA 4MPQA 1A50A 3O8AA 3LTPA 4JNMA 1TV8A 3P5ZA 3T44A 4KFNA 3G0XA 4MY8A 4S1FA 3UWYA 3M16A 1EPXA 4E38A 3WK2A 3R8RA 1F05A 3GDLA 2NWSA 2DZSA 3LCXA 1VCGA 3S0CA 5AYZA 5K2ZA 3KVKA 4JTKA 2VELA 4M5PA 3IIVA 3A21A 4OV9A 4Z1AA 2W79A 1VQTA 3GNDA 4WZHA 1K03A 3PBUA 3FKKA 3SW6A 1QDSA 1F2JA 3M7WA 3MWAA 3W1AA 1QFEA 1FXPA 1YDNA 1C8VA 3C6CA 3DI1A 4IJBA 5CPNA 3SIZA 3LRLA 4HNVA 1C9DA 4IMFA 5F1VA 3TSBA 1WDWA 1Q6OA 3NXFA 4GUIA 1PS9A 1JCLA 1AW2A 3N9RA 4QNWA 4AWTA 4NNBA 1ZCOA 4IXHA 3KXQA 2QAPA 2WO5A 3CLMA 3JR2A 3LI1A 3IV3A 4X22A 1ME9A 4UFLA 4JY8A 4K36A 2EHHA 3F4WA 4EF8A 2QUTA 1I4NA 5CKSA 3W22A 4A3UA 4O16A 1WQ5A 3PG9A 2A7PA 3V1PA 3W85A 3LRKA 2A1YA 4QQ3A 3EEGA 2C18A 1FXQA 2ZBTA 2OMAA 4WXZA 4DBDA 1LZOA 2ZA1A 5CZ0A 5G1YA 2XN1A 3NL6A 1GYNA 4TX9A 1LRQA 3LCIA 2QCNA 4JTHA 5CSSA 1UBSA 2NXHA 2X1SA 3LBMA 3PG8A 1FWWA 2OX1A 3QM3A 4A29A 4BI6A 1A5CA 1H7RA 4ZMGA 2X30A 3UY8A 4GE8A 4O0ZA 1CI1A 2Y63A 3NOEA 4LS1A 1YTEA 1FCVA 2XN2A 3O15A 3TIMA 3KX6A 4JTUA 1Q3NA 3MBFA 4AVFA 3PB0A 4O1AA 5F4XA 4NJHA 2DZWA 1W5NA 1D9EA 2QUVA 2RH9A 4UNLA 2WKJA 2ALDA 2HSAA 3NQVA 4K8HA 1W3TA 3W71A 2A6NA 2VENA 4OT7A 3NL3A 1VYSX 4WX2A 5KITA 2C1HA 2X2GA 1W5MA 1XBZA 1W5PA 2NV1A 3M6YA 3MMTA 3N3MA 4DBEA 1LDCA 2QEZA 4O18A 4HNTA 2AQWA 3SGUA 4D2JA 3W72A 3GX9A 5G5IA 1OFEA 5HWNA 4CQAA 3L2IA 4MFEA 4YWIA 2ZZ4A 3K30A 1EWEA 1R47A 3LM7A 1THFD 3QW4B 3IVSA 3UXAA 1W3IA 3A23A 3A24A 4FX8A 1IIGA 1DJQA 1SO4A 3R89A 1RQBA 1TSIA 3S1WA 1TJPA 5KMYA 2J6XA 1DQXA 5LHEA 1KV5A 1DJNA 1ICSA 4HPXA 4PL1A 1OX4A 1KTNA 2ISSA 4O19A 1EUNA 2JKAA 2F84A 4FNUA 5FF7A 3SJ3A 2YGYA 5FEZA 3C8FA 3LLDA 1J5TA 3HB9A 2C15A 3IRDA 2YXGA 1XFBA 3BGGA 2BZNA 3T4CA 1SO3A 4OV4A 4UTTC 1JCYA 1X1OA 1TQJA 1SUXA 3U6WA 1F74A 4UR7A 3TXZA 4ONVA 1KM6A 3WK3A 2ZRVA 2X16A 1FDYA 3S5OA 4LNYA 4JDBA 5EBUA 4A2RA 2V2DA 3DFOA 3KVLA 1GJPA 2D73A 5CZJA 3QW3A 4NX0A 3S6DA 3M43A 1TPEA 3IGUA 5TIMA 2GQ8A 2GVGA 3NA8A 4ML9A 1QOQA 3W1RA 3W2JA 2CLIA 1JJKA 3FJ6A 4LS0A 4DQWA 3NZ1A 3IIZA 4IGHA 3TMLA 1GOXA 5EL1A 3W7RA 3NQMA 5CZSA 3T55A 1DHPA 1LBMA 3CU2A 1KM2A 3TAKA 3BW4A 3OVPA 4UMBA 5IBXA 4EVZA 4JTLA 2QJHA 3TC7A 3TROA 3OBKA 3QC3A 3STFA 3TV8A 5U7SA 4QNEA 3NM1A 5DCEA 3YPIA 1F5ZA 3GZ3A 5AHEA 1SZFA 1XL9A 1VGAA 4LVDA 3ABSA 1TRDA 3TDFA 1LP6A 2YW4A 4CNPA 3W74A 1JCXA 5DY2A 5EMUA 3QMRA 1KLZA 3MUXA 5K4ZA 4M6PA 1WV2A 4HSNA 3IIPA 4AF0A 1PVNA 3AJXA 4Y6GA 3L0KA 1OF8A 2Z1BA 3CQ0A 2V5LA 5T26A 3GXNA 4XBKA 4RKAA 4FHAA 4WY0B 1F76A 3HPSA 4K37A 3VNDA 3RF9A 3SR7A 4DO5A 4FNPA 5K9CA 5D2VA 3L5LA 1JRBA 4JS3A 4R34A 2TPSA 1S3HA 3M5YA 3S1UA 4GFSA 3NM3A 4O53A 4XZ9A 3GDMA 5BNKA 3L67A 1QPRA 2Z6IA 4PEKA 1W37A 1ZHAA 2CU0A 2PE4A 3WJZA 3N14A 3DFPA 3GR8A 5D33A 4A2SA 4YCPA 1YTDA 3UXDA 5L9FA 3NQFA 3SECA 3MHFA 1LRNA 3M47A 3Q94A 4BK9A 2VEMA 1VYRA 3TUUA 1T8XA 3LV5A 2ZA3A 3F03K 3P67A 4MZ8A 3EX4A 4DF2A 1OFOA 2BXVA 4OBTA 1KFLA 3THAA 1FWRA 5F1UA 3PBYA 2ZZ1A 1H1YA 1S5VA 4EOUA 2H3DA 1I8JA 3TCEA 2Y7FA 2YFNA 3BW3A 4IXXA 5CZTA 4ALDA 4QIUA 4NNCA 2FB2A 3CTLA 3O05A 3TQVA 5D2XA 1AL7A 1L2UA 4WOZA 5TBOA 3VFLA 5C54A 5BRBA 4XBSA 3DZ1A 4YMZA 3L21A 1SFJA 1HFBA 4RZ4A 5CSRA 5F2GA 3IGXA 4MOZA 5LNUA 3TFCA 1W5QA 2Y62A 4Z1CA 3NL5A 5EA9A 5AHIA 3C2OA 5AHMA 1EUAA 4MLRA 1KV8A 4LUIA 3E02A 1SW0A 3VE9A 3L9CA 3E12A 1TJRA 5G1TA 4O15A 2ZTJA 3RFAA 5KTLA 5CPMA 3WFAA 5AYXA 1KTCA 1Y0EA 3UD6A 4Z1BA 1I2QA 1YDOA 3GYEA 1DKWA 3NPXA 4JTTA 4LVGA 1SR9A 3LXCA 4C1LA 2CLHA 1PCKA 4DO6A 3L0GA 4DEFA 4UTUA 4WOQA 2XN0A 4N6FA 2R8WA 4FO4A 1KFBA 3KFTA 4FNQA 5C6MA 1S5WA 1W3NA 1K8XA 3UPBA 3EKLA 4LV4A 4UTWC 3W07A 5HULA 4LRSA 3UWUA 2EAWA 2E6YA 1ZAJA 5D02A 4KFOA 3G1YA 3C2EA 3WJXA 3OVRA 1KM5A 1JUEA 1L6YA 1Q6LA 5K4XA 4O14A 4O17A 2O7QA 5I3FA 1QPQA 3HBLA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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