4P61A

Chicken triosephosphate isomerase with loop6 mutations, v167p and w168e.
Total Genus 89
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
89
sequence length
246
structure length
243
Chain Sequence
PRKFFVGGNWKMNGDKKSLGELIHTLNGAKLSADTEVVCGAPSIYLDFARQKLDAKIGVAAQNCYKVPKGAFTGEISPAMIKDIGAAWVILGHSERRHVFGESDELIGQKVAHALAEGLGVIACIGEKLDEREAGITEKVVFEQTKAIADNVKDWSKVVLAYEPPEAIGTATPQQAQEVHEKLRGWLKSHVSDAVAQSTRIIYGGSVTGGNCKELASQHDVDGFLVGGASLKPEFVDIINAKH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Isomerase
molecule keywords Triosephosphate isomerase
publication title Enzyme architecture: the effect of replacement and deletion mutations of loop 6 on catalysis by triosephosphate isomerase.
pubmed doi rcsb
source organism Gallus gallus
total genus 89
structure length 243
sequence length 246
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.2.3.3: Methylglyoxal synthase.
pdb deposition date 2014-03-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4p61A00
4LRTA 1KM3A 1FCQA 3W6YA 3P82A 4UFIA 3LCGA 4JD4A 2FPVA 2X30A 2YSWA 4UFMA 3TJXA 2E6FA 3TH6A 1SQ7A 2NXGA 5HULA 3VE9A 1KLZA 3QW3A 5HMSA 3QC3A 3JS3A 3HGRA 4JTGA 1G4EA 2XN1A 3TQKA 3W1QA 1F73A 4HKPA 3MWAA 3S1XA 5D05A 3DFQA 3ABOA 1LYXA 5D30A 1VLWA 3SGUA 4IMFA 1K7EA 2ZTKA 4OE7A 4JR5A 1ME7A 4R34A 3YPIA 4DPQA 3MYPA 4FX6M 4ZMGA 1LCOA 5DBUA 2R94A 4JTFA 3N9SA 3U2OA 4JTUA 3P5YA 1RPXA 4N2YA 1YDOA 1Y0EA 4AEOA 2IQTA 3TW6A 3C2EA 5F2MA 4MLJA 3M5VA 2FFCA 3H55A 2ZZ2A 5DCDA 4K36A 4O13A 3TAOA 4NQ1A 2NV2A 4BI5A 2OT0A 4UFKA 3UQNA 5HWNA 4JYEA 3S5NA 1TTJA 3L5AA 2VFGA 3VNDA 4ZQRA 4MIMA 1TRIA 2CLOA 3GXPA 1OK6A 1NF7A 1KFJA 1OFOA 3NOEA 3N34A 3M47A 3MYOA 1GYNA 1GG0A 3CHVA 3MHGA 1DHPA 4B5NA 4IOTA 4JTSA 3DENA 3HGJA 5D2XA 3GXTA 3IIXA 4RZ6A 5LKYA 5KMYA 4KKXA 4N6FA 5IBXC 1XXXA 4NT0A 4W9TA 5CSSA 4CNOA 1VZWA 1W54A 1AW1A 4MLRA 2JBMA 3W1LA 1RR2A 4K38A 1O95A 3TSDA 2GPTA 2D73A 5CZ0A 1H5YA 1MEIA 3TAKA 2HTMA 2WQPA 1EB3A 3IIOA 3O05A 3W07A 5HR7A 3CTLA 3OIXA 3BV4A 3LXBA 5DLCA 3LCLA 4JYDA 2ZA1A 3IGXA 1XDMA 4O50A 4EF8A 1KV8A 3THAA 1OYCA 1QAPA 3NR0A 4NZJA 2VFFA 1KM6A 2AAMA 2VKZG 1H62A 4HNNA 4FNUA 4JTJA 1K3UA 4LS0A 3W85A 1EWEA 4XTIA 3HBLA 1T8XA 3LLDA 5D2WA 2OT1A 1G7UA 3NGJA 3STFA 3RFAA 1JQXA 2QJHA 1QOQA 3CWNA 3DBPA 3JR2A 3I68A 3LXAA 4WX2A 3TR2A 2QR6A 2ZRWA 1OX4A 3FFSA 3NPUA 2WKJA 3LGEA 3U6WA 3NQEA 3BGJA 3EX3A 3Q2DA 3E49A 2YYTA 4AMAA 2YW3A 4N9CA 2RFGA 3PG9A 3K30A 1LOSA 2Q8ZA 3C2RA 3MBDA 2ZRUA 3T44A 1VC4A 4UR7A 4H6KA 3JRKA 1I2OA 1FWSA 3FLUA 4QNWA 4AHPA 4UMBA 1QCWA 5FF4A 3MO7A 2BX7A 2DJXA 3R8RA 3EWZA 1OFQA 3NO5A 3UYCA 4UTWC 4CNPA 4MZ8A 2P1FA 3FYPA 2VEIA 3TSBA 1F74A 1TRDA 3LHTA 4QISA 3FKRA 2ZYFA 1WXJA 1PHWA 1YDVA 2QJIA 3FIGA 2QCHA 3M5ZA 2RHGA 3UD6A 2V2HA 4LRSA 1JUBA 3WJWA 4O4VA 4RXFA 3GKAA 3OA3A 3W70A 4AF0B 2QF7A 2V2DA 4X3ZA 2ZRVA 1K7FA 4NUWA 1K8YA 1TB3A 3TXZA 3HPXA 3QQ0A 4MUZA 3NYZA 3W2JA 3GZ3A 3TX9A 1W5NA 5EMUA 1A5CA 3B0UX 2B0MA 3W83A 3P81A 3LHWA 1FCVA 2H3DA 2GVLA 2B7OA 5G2IA 1JULA 1SZFA 3LBCA 5EYWA 3KX6A 1FQ0A 5FF3A 3V1PA 1LBFA 4O0ZA 4U4MA 7TIMA 2V5BA 2FTPA 1OFAA 1NF0A 3TQVA 4POCA 4EOUA 1H1ZA 1GOXA 1IF2A 5CZTA 1A5SA 2JK2A 3LTYA 3GKFA 3EWBX 4FX8A 4HSOA 4FNPA 1Z41A 1VPXA 4CQ8A 5L9FA 3TFXA 4J9JA 3P60A 4HT3A 2Y70A 1KV5A 3PAJA 2WNQA 3NXFA 4A2SA 3W7GA 3LTPA 3IEBA 4HNTA 4E2BA 4X9SA 3I65A 1FDYA 4Z08A 3DFSA 1OFPA 1VCVA 1AMKA 1P5BA 1ME9A 1LLZA 2EF9A 1TPFA 3A21A 4WD0A 1IIGA 2PRHA 3HG4A 4FX7A 4UTHA 4ZZ9A 3W7RA 4AXKA 1MEHA 1ZCOA 1LM1A 3G8EA 3TNOA 1FXPA 3G0UA 1TPH1 3PUDA 5D2YA 1TJPA 3GNDA 8TIMA 1ICPA 1D3GA 1FDZA 4MYAA 2ZQ0A 5C2XA 3S1VA 3DKLA 2NV1A 4JIQA 3NVTA 6TIMA 3B03A 3C61A 1TPDA 3LOTA 4AVFA 4MPQA 4O54A 4GUGA 3W3OA 1FWRA 3TDFA 2HMCA 4DO6A 2DZWA 4Z0JA 2HS6A 1H50A 3EX4A 3HG2A 3QRHA 1ZFJA 1SO5A 3MP3A 2NXHA 2X16A 2EKCA 1B3OA 1WOAA 5U4NA 3S9YA 1UBSA 3M43A 3RK8A 1X1OA 1SZGA 1GWJA 2WNZA 1B4EA 4Q4KA 1OYBA 4O11A 2A2IA 3LXCA 5EL1A 3NM1A 4YMZA 1JCXA 3RF9A 5EKYA 4M6QA 3RLVA 3W87A 3L66A 2DZSA 3PBUA 4XTDA 1SZEA 2O7SA 3HPZA 5LHFA 1IGSA 5IM51 1KM0A 2OZ0A 4RJEA 2WSRA 2E6AA 3DFOA 3CLMA 3VKJA 1ALDA 1NSJA 2P0OA 4MYXA 2RKXA 4S2BA 2VOMA 1G7VA 1OF8A 3S6DA 4AHQA 1W31A 1PVNA 3QMSA 2NX1A 1QDSA 5A5WA 4QM1A 4O14A 4GUHA 3LTSA 2PRMA 3O16A 3G3MA 3BLIA 4LVBA 2Y7FA 2DZVA 2VELA 3QFEA 3BW3A 1DKWA 4QJ1A 3E12A 3NQ6A 1OX5A 2QCLA 1VQTA 3KRUA 3WJZA 1FX6A 1AK5A 4LW7A 4PL2A 3C4UA 5DXYA 1N55A 4MVAA 2J27A 1S5TA 4UTTC 3TCEA 3IIZA 1X7FA 3KOFA 3KRZA 3E02A 4OBTA 2VEMA 3F1QA 5AYYA 3B0PA 2I9EA 1W8SA 4IX0A 4L4MA 3LRKA 1XUUA 3C8FA 2PCQA 3TW7A 4HSNA 3VFLA 1LBMA 1RZMA 1OX4B 4CCDA 3NA8A 3GDKA 4K8EA 4ADTA 5KTLA 3G1VA 2ISSA 5L6UA 1XBVA 3W71A 2BZNA 3LI1A 1KLYA 2GQ8A 3GK0A 3SECA 1LRQA 3DHFA 1KM1A 3LHZA 1DJQA 1YXYA 5AYZA 4DF2A 1R46A 3TQ0A 2ZBTA 3UY7A 3VCRA 1GT8A 1QNVA 4L4LA 1YPIA 5TBOA 2W79A 2ALDA 3PSWA 1CW2A 5H2ZA 5AHLA 3NM3A 2DZXA 1WA3A 1ONRA 3DHDA 3GX9A 1V5XA 3G0SA 1GVFA 2H6RA 5E93A 3UNDA 4BFAA 2X1RA 1E51A 2VENA 2AQWA 3BW4A 4LY8A 1SFLA 3T55A 3EKLA 2QCGA 4M7TA 3BW2A 5HR6A 4BK9A 3TKFA 3NL5A 1YXCA 1F6KA 1KM4A 3E0IA 2JGYA 4PFMA 1DOSA 2Y62A 3WFAA 5E1QA 2QCDA 1QPQA 3HJZA 5AC7A 4Q33A 2FIQA 5LSMA 1WOBA 1W3TA 5FI8A 1WV2A 1SW0A 1JUEA 1WAUA 4N9EA 1OYAA 1EP3A 5G5IA 5F1UA 1MSSA 2QUUA 3L21A 1K7XA 3M41A 3L2IA 3W7HA 3TV8A 4AF0A 2Y7EA 2XN0A 4UMCA 4GNJA 1PL9A 3DGRA 3PG8A 4GBUA 1UCWA 1PS9A 4NJIA 4EVZA 3LCIA 2EHHA 5CSRA 1YLVA 1Z48A 2YDAA 1YTDA 3DXIA 3M0ZA 2OMAA 2P10A 3CQ0A 4I9AA 4RX0A 3KVJA 3NQ7A 1H7NA 4JGDA 2GJLA 2WJZA 3OHIA 4KFNA 4TMCA 1DV7A 3M7WA 3O8AA 3HPSA 4JTHA 1KM2A 3SGZA 1XDLA 3LLFA 3NQ2A 4LT9A 2CLFA 2E68A 1PCWA 1NAL1 2C16A 2I1OA 1H7WA 3LRMA 3G1DA 4Y8FA 5KZMA 5G2HA 2YFOA 4QIUA 2Z2UA 5HWMA 2QKFA 1TPEA 2ATMA 3P5ZA 4DO4A 3DFNA 5KITA 5I3FA 2TPSA 2YFNA 4HPJA 1OF6A 3LM7A 4KFPA 4JS3A 3L5LA 3W7IA 1VH7A 5MHBA 4JDYA 3ABRA 1XBZA 4ICNA 5FESA 3P74A 2Z1BA 1OJXA 4CQAA 2GOUA 3FA5A 1TV8A 1H51A 1O94A 2C18A 4A2RA 2CLEA 3QW4B 3S5ZA 2Y6ZA 2Y89A 3WJYA 1Q45A 1PHQA 4NU7A 2CW6A 5AHIA 2FLIA 4PODA 1MO0A 3TJLA 3CB8A 4O17A 2ZRYA 2C6QA 3KVKA 1VYSX 3RMJA 2FPTA 3NQ8A 3OVPA 4LC6A 1KW1A 1LOLA 1OFDA 1JVNA 1OFRA 5BMWA 1BKSA 2QEZA 4IMEA 3LHVA 3KFTA 3G1HA 4K37A 3EXSA 3WJSA 2CFFA 3ATZA 3W1AA 2A1YA 3LDVA 3OEXA 1H7PA 1IXOA 2VEKA 3TE9A 2V81A 3S5YA 1W5QA 4UFHA 4QITA 3UWYA 3ZS4A 3QSTA 2RH9A 3NEVA 3ZR4A 5DBTA 3W7EA 5BW6A 3NL6A 3W7MA 3GYEA 2A5HA 1EA0A 4O18A 3TFCA 1G6CA 1O5KA 3W7QA 1I2RA 4LC8A 1ZALA 5D09A 1M6JA 4LOCA 1F7BA 3PB2A 4UCGA 2G96A 3LBMA 4IXHA 2H8ZA 4AB4A 3W1PA 3EEGA 4CQ9A 4LVAA 1DQXA 2VFIA 5AC6A 2ATSA 4O0KA 3S42A 1DVJA 4X22A 4GC4A 3UWZA 4YCOA 1W5MA 1OFBA 3T7VA 2ZZ3A 3THQA 5FEWA 3QEZA 5D02A 1FCBA 4UTUA 3NPXA 3QZEA 4HNVA 3W2UA 3HG3A 3T40A 3RNDA 1XCFA 1KM5A 1GVRA 3FOKA 5FEXA 1I45A 2R91A 4CCEA 4IPJA 4LUIA 3F03K 4OWGA 3ELFA 1H1YA 2V30A 4JX5A 1W56A 4DPPA 3C56A 2ZA3A 2B4GA 1J2WA 1UUMA 3C2OA 2V9DA 4RR4A 1VHNA 3EWWA 5HNRA 1AG1O 3W76A 4XKYA 4MY1A 2ZZ6A 3EB2A 4JYFA 1HFBA 5LZLA 4AH7A 2Z6IA 4IWWA 3LCHA 4ORMA 3HB9A 3ABQA 4MY8A 2E6DA 4UIOA 1JRBA 3VI2A 1LZOA 3MP4A 1YPFA 1ZAHA 3GR7A 4Z1DA 3I7QA 4IPIA 4O28A 3W7CA 3G1YA 4WJEA 4YL2A 3GXNA 4Z1BA 4TO8A 3W1TA 5K4XA 3I7SA 3TK7A 2QCDB 4TX9A 3N3MA 4O10A 5GVJA 3MW7A 1KFLA 1K02A 3GLCA 1QWGA 4PCFA 1FY6A 2NX9A 3QJAA 1LRNA 4IMCA 2NUXA 4C1LA 3HGSA 1EUAA 1R2RA 4UNKA 1Q6LA 3LB0A 2YR1A 2Q3RA 4WXZA 3UWQA 5KZEA 3UPWA 1VCFA 1L6YA 3I7RA 4IUOA 3QPYA 2ZZ5A 3MUXA 2CZ5A 3ANYA 4BF9A 5LNRA 3EX6A 4AHOA 1ZHAA 4BWLA 2A6NA 2VC6A 4I7WA 3W7OA 4M6VA 3IIPA 1GG1A 2C13A 1SSGA 1UUOA 4LS1A 3TROA 2J9YA 1GEQA 4O53A 2WPBA 4ADSA 2VFHA 5H91A 2A6LA 1Q6RA 3C52A 3GDLA 4OV4A 2H8XA 5CKSA 4ZQCA 3P84A 3PVFA 2Y63A 1SZNA 4EIVA 4AWUA 2JKPA 4GWEA 1TTIA 3KHJA 3A22A 3N19B 5CGQA 5F2GA 2UV8G 3PULA 4UTMA 2EAWA 1Q6QA 1XL9A 1EPXA 4BI7A 4GJ1A 4A21A 5F2IA 4WXYA 1QPNA 1JQVA 1OVDA 3C3NA 2E5DA 3QH2A 5AYXA 4LV4A 2NUWA 4QQ3A 3QSRA 1LLWA 3WJXA 1B9BA 3PF3A 1KFKA 2QCNA 4N9BA 4TR9A 1OFEA 1DBTA 3W7NA 3H53A 1TPVA 5CG7A 4RZ5A 3W2LA 1W5PA 3G1XA 1M5WA 3BG9A 4DELA 3WK0A 3CEPA 3W74A 4MJZA 5AB3A 2YX0A 3C6CA 1TV5A 2QAPA 3OBKA 3W2NA 3N14A 1P0NA 1SU5A 3TC7A 4WOQA 2A0NA 4N6EA 1G69A 4MJMA 4RKAA 1ZAIA 3LV5A 4FXSA 1S5VA 3KAOA 3EX2A 1TIMA 5ABTA 3GR8A 1LOQA 2J6XA 2V2CA 4WY0A 4R33A 5SWUA 2ISWA 3O6DA 2LLEA 4YLWA 5D2TA 4Z1AA 3R13A 5D32A 5I3HA 3OVQA 3PBVA 1FWNA 4IMGA 4YWIA 2WSYA 4P2VA 4LNYA 3W72A 4PC8A 4ZL1A 5DY3A 3RU6A 3UPBA 3WK2A 3C2VA 3PC0A 3KXQA 3B05A 1SW7A 3P7YA 3W73A 3GAKA 5G4EA 1BTMA 3P8JA 3EKZA 1Z44A 3QMRA 4O12A 2CU0A 2E5CA 4GE8A 1X1ZA 3W7LA 4GUIA 3L9CA 3G1FA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3EB4 A;  4AZ5 A;  3MV1 1;  3BGA A;  3GXD A;  4HK5 A;  3AAM A;  2X30 A;  4QDP A;  4TV6 A;  1MXG A;  2DT3 A;  1ZCC A;  2NXG A;  5HUL A;  4UZS A;  4F0R A;  4QJ5 B;  3N12 A;  4JKL A;  3CAK A;  4JIR A;  4AG0 A;  3HGR A;  3GIQ A;  3W1Q A;  1F73 A;  4HKP A;  3MWA A;  4W5Z A;  3FYY A;  4Q4Q A;  1VLW A;  3KOY A;  4ROP A;  1ZP3 A;  3ECQ A;  2P5N A;  3MYP A;  4FX6 M;  4XZB A;  5DBU A;  2YCK X;  3N9S A;  2UBP C;  5A2B A;  1YDO A;  5F2M A;  3F5K A;  5E9X A;  3H55 A;  1S46 A;  4JHO A;  3CPG A;  4R9O A;  4K36 A;  5IRP A;  4NZ3 A;  4O13 A;  4F8X A;  2W91 A;  4PMU A;  2ACQ A;  3CS2 A;  1NU5 A;  5ABE A;  1TTJ A;  5BOE A;  3VND A;  1BTC A;  4GZJ A;  5LA0 A;  1OK6 A;  2ZUW A;  4H2H A;  4B5V A;  2BY1 A;  3W02 A;  3SCU A;  4B5N A;  4PRT A;  2J8F A;  1W1P A;  3HGJ A;  4YTS A;  2ZXD A;  2QJJ A;  1WB0 A;  3ICJ A;  1VZW A;  5T8G A;  2PDJ A;  2JBM A;  4GIY A;  2GWN A;  1RR2 A;  2XG9 A;  4K38 A;  4L9Y A;  3TSD A;  4JTC A;  4FK9 A;  3T8Q A;  3IIO A;  3A4J A;  4IG2 A;  3ALG A;  3LCL A;  4HHM A;  3LY0 A;  4GGH A;  1Q13 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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