4PC8A

Structure-based protein engineering efforts on the scaffold of a monomeric triosephosphate isomerase yielding a sugar isomerase
Total Genus 91
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
91
sequence length
239
structure length
238
Chain Sequence
MSKPQPIAAANWKSGSPDSLSELIDLFNSTSINHDVQCVVASTFVHLAMTKERLSHPKFVIAALNAGNADALASLKDFGVNWIVLGHSERRWYYGETNEIVADKVAAAVASGFMVIACIGETLQERESGRTAVVVLTQIAAIAKKLKKADWAKVVIAYPVWAIGTGKVATPQQAQEAHALIRSWVSSKIGADVAGELRILYGGSVNGKNARTLYQQRDVNGFLAGLKPEFVDIIKATQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structures of two monomeric triosephosphate isomerase variants identified via a directed-evolution protocol selecting for L-arabinose isomerase activity.
pubmed doi rcsb
molecule tags Isomerase
source organism Trypanosoma brucei brucei
molecule keywords Ma21-TIM
total genus 91
structure length 238
sequence length 239
ec nomenclature ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date 2014-04-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4pc8A00
1OFOA 1R46A 1VRDA 1XL9A 3E49A 3O6DA 3NAVA 4JX6A 3B4UA 4MFEA 4CQ9A 3HGOA 4ZL1A 5TBOA 5AHIA 3DGRA 3TE9A 3PUEA 4MPQA 1A5AA 1FX6A 5FESA 1LRQA 5BRBA 1OX5A 4RR4A 2JKPA 2TPSA 1OFAA 2ZZ1A 3WJXA 2ZTKA 4Y90A 3C52A 2DZVA 2WV8A 1KM5A 3UXDA 3NM1A 3OVPA 3W22A 1F73A 4KFOA 3LCIA 3DFSA 3LRLA 1MZHA 4TR9A 3VCRA 5HQEA 4OU1A 3P81A 1OFQA 3NNTA 1VZWA 4Y96A 2QDGA 1TQJA 3TXVA 3W71A 3H53A 4JN6A 3EKZA 3N3MA 4MLJA 1THFD 4OV9A 1LYXA 4GWEA 4K7VA 4GE8A 4GNJA 2QCGA 1TO3A 3R13A 3HOJA 3L5LA 1VLIA 4CLMA 1G6CA 5FF2A 1KTNA 2QEZA 2RHGA 2TYSA 1TTJA 2X1SA 1YPFA 1XBZA 2O7SA 4CNPA 5HINA 2V82A 3EWUA 3BLIA 4A2RA 3L0NA 1EIXA 3DU0A 3M5ZA 4IMDA 4P2VA 4E2DA 1AW1A 4UNLA 5G2IA 2V81A 2Y7DA 3PB2A 2YYUA 4JTHA 2NZLA 1T0OA 3ABSA 3L67A 3QF0A 2NXIA 4Z0JA 1Q6OA 4W9TA 3UNDA 3NXFA 1FCUA 2GQ8A 1LORA 3DFQA 4LVAA 4NJJA 3DFOA 3R8RA 4IJBA 2E6FA 2P10A 3G0XA 4KKXA 5D2XA 3FYPA 1P5BA 2HTMA 3TSBA 2HMCA 1XUZA 4MZYA 1R2TA 3IVUA 3UD6A 5AFDA 3FEMA 1SW7A 1BTMA 2WPBA 1K7FA 3RK8A 2CZEA 3FKRA 1FCQA 1GWJA 2FQIA 3C4UA 5G1TA 2D73A 2A85A 2ZA2A 5K9CA 1I2QA 2QDHA 4LVBA 1LLZA 3LHYA 4ZQPA 5CPMA 1W8SA 3GB6A 1QO5A 1DVJA 1KLZA 4JX5A 5FEPA 5DLCA 3NPXA 2YFOA 3PR2A 2QCFA 1QR7A 4FNSA 2GUUA 3W7KA 2ZRVA 2YSWA 1X7FA 3LTPA 2H3BA 2V2HA 3MMTA 4S2CA 4JR5A 1VCVA 5FF3A 1H1ZA 3BW4A 3VE7A 5DN1A 3ANYA 1W3NA 1EP2A 2FB3A 4K36A 4FX7A 2DZWA 2ZCGA 3OEXA 4M6QA 4LT9A 3P62A 1W56A 1G7VA 1HTIA 1SZGA 1TQXA 4RXGA 4AHPA 2BWGA 3MHGA 4JS3A 1W54A 3UPWA 2PCQA 1ML1A 2A4AA 4TO8A 5HWNA 1DHPA 5AHNA 3PS7A 3O07A 3TMLA 4HN4A 4O0ZA 3TUUA 3U6WA 1YTEA 1VHCA 1CI1A 4XBSA 1XBVA 3KRSA 4RJEA 2QKFA 2NUYA 4POCA 2ZZ7A 4MUZA 3G1XA 1BWLA 4RCXA 1GTHA 1A53A 4QNEA 3T4CA 4QSHA 4GUGA 2PE4A 3W1PA 4NXKA 1I2PA 3DH7A 3NA8A 4LWWA 3WJWA 2ISVA 3CC1A 3LLFA 3NQFA 5CSRA 2A7PA 2VEKA 4UCGA 3B04A 5A8GA 4UFLA 3DI0A 1DQXA 1GZGA 4NZFA 4JTFA 3TXZA 1FXQA 4JTIA 2Z0IA 3PY2A 4EF8A 5CPNA 2P0OA 1IXOA 5LNVA 1HO1A 4JDYA 2A7NA 1X1ZA 3W7QA 1Q45A 3G3DA 1TTQA 1LOLA 2YW4A 5J5DA 1KFEA 5CG7A 2OZ0A 5DY2A 4RZ6A 3S5ZA 4DPPA 3HJZA 1SQ7A 2YW3A 3MI6A 2A2IA 4TX9A 4X22A 4Y8FA 2F84A 4PODA 1RZMA 4DEFA 3FKKA 4QQ3A 1G4SA 3FLUA 2FTPA 4MZ1A 1NVMA 5KTLA 3TFXA 3C2OA 5LZLA 1SZEA 4IX2A 5DXYA 4K8EA 3DFPA 3HPXA 2GQ9A 2QJGA 5CPOA 3M9YA 4UTMA 5LNSA 3GXTA 3W7GA 1PHQA 2C6QA 1GTEA 3W7JA 1TTIA 2VEPA 1VGAA 4O16A 1S5TA 5IBXC 1X1OA 3GYEA 2WSYA 4UMBA 3HO8A 4FNPA 1I4NA 4ADSA 4ZQRA 3CHVA 2A6NA 3O6CA 1UJPA 2EAWA 4O52A 5BNKA 2Y89A 3NQCA 4GUJA 5CZ0A 3A9IA 3C2RA 1F7BA 3LERA 3W1TA 4HNTA 1L2UA 3WK1A 4DBDA 2FB2A 3A5VA 2WNNA 1N55A 1YLVA 1VPXA 3HB9A 3LXBA 4EVZA 4BI7A 2RFGA 3RU6A 1ZAJA 3TU9A 1Z48A 3CWNA 4I9AA 1GG1A 3THAA 1RV8A 4NJHA 2R14A 3CIWA 4NX5A 1HG3A 4K7YA 1FDZA 4WY0B 4A21A 1XM3A 2ABAA 3NZ1A 3NVTA 4LNYA 2WSQA 4C1KA 2NXGA 4PCFA 4Z0SA 3TX9A 2A0NA 4O1DA 4NUWA 3U8GA 5LHFA 2HS6A 4JEQA 1UB3A 1H7WA 3PB0A 5C2XA 1EEPA 5D2VA 2QJHA 1HL2A 5AHEA 3TC7A 1YXYA 3KOFA 5D2YA 5DXXA 4I7VA 2EF9A 3O6YX 2ZA1A 4FNUA 3LCFA 1ME9A 4ZQNA 4B5NA 5L9FA 5EBUA 1MEIA 2CZ5A 2ABBA 2Q3RA 5LKYA 4O1AA 5D32A 3TV8A 4AWSA 1I45A 3IEBA 4MVAA 4O15A 1A5CA 4AWTA 5EA9A 2CLMA 3LTYA 3DBPA 4Z1CA 3DAQA 4AB4A 3C2VA 2B0MA 2AQWA 1XXXA 4EF9A 3L68A 3UZ5A 4A29A 4IPJA 4O17A 2X1TA 3N14A 3A5FA 2ATSA 4JTEA 5F1VA 3O06A 3HGSA 2JKAA 4RX0A 1YPIA 3R89A 4WY0A 3W1UA 3L2IA 2DJLA 1A50A 3NL6A 1KW1A 2YPIA 3CU2A 1YYAA 3M0ZA 4JYFA 1SSDA 4ONVA 3G0SA 3M47A 1ICQA 3BPWA 3C2FA 3VNDA 2TRSA 3PULA 5DY3A 3S42A 4CQAA 4NZJA 3FFSA 3QPYA 4X2RA 1SW3A 3A23A 4PC8A 1LCOA 2Z6JA 3ZS4A 2OJPA 1CX9A 3P8JA 2NXHA 3EWWA 1SUXA 3SY5A 4O11A 1RQBA 1TTPA 3LRMA 5HUOA 5I3IA 1TPH1 2QCNA 1JCXA 1TPFA 1TPWA 2AAMA 2GJLA 2Y7GA 3LHZA 3GAKA 5U4NA 2EPHA 3NO5A 3MP3A 4CCCA 2EGZA 2QUVA 1J4EA 1K7XA 2J27A 3N34A 1F2JA 3USBA 3E02A 1C29A 5LNWA 2C14A 2Y61A 3S1XA 1ONRA 4O13A 3NQGA 3F4NA 3QEZA 2QCMA 3C2EA 3NQ6A 3L9CA 1PL9A 1G69A 4ZQMA 3QMRA 3NL5A 2CLOA 1TPC1 4LS2A 3S5OA 1R2SA 1M7PA 3QQ0A 3GR7A 1ZFJA 1YADA 3ZWSA 3IVTA 1OG0A 3CLMA 3KRZA 1F6KA 2V5LA 1GVRA 3B0PA 2PRHA 4DXVA 2OT0A 1M5WA 1QFEA 4U28A 3LX9A 2CLLA 1SSGA 2ZFAA 5EL1A 2ZTJA 4O53A 2WOQA 4GUFA 3KVJA 3IV3A 2ZBTA 1AK5A 1WQ5A 1OF8A 3GXNA 1AL7A 4JY8A 3NL2A 1KM0A 3R5EA 4JGDA 1H61A 2Z6IA 4FX8A 4HHPA 1Z41A 3P80A 3VI2A 3TCEA 2FPTA 3EWBX 1IIHA 1W5MA 3RF9A 1OFBA 4M5PA 4UR8A 4AMAA 5A5WA 2H6RA 3UXAA 1SW0A 4NJIA 1RVGA 4CNNA 4OQVA 4UTHA 3SIZA 4JIQA 1NSJA 1FY6A 1GOXA 3BLEA 3H54A 2YR1A 1FWRA 2Z2UA 4XUGA 3OVQA 1SR9A 1F76A 1OABA 3B03A 3G8RA 3L21A 4LOCA 1N7KA 4L4LA 3UWVA 2E5CA 1GEQA 2ZZ5A 1LBFA 1S5WA 2JGQA 4FXRA 1EP1A 3DZ1A 4N9BA 3MJYA 3PVFA 1QNVA 5FF7A 2A5HA 4UNKA 3V75A 3GDTA 4O8RA 1FWTA 1SPQA 4Z1BA 1JCJA 3NQVA 3LHTA 3HMJG 1A5SA 4OE7A 3TMQA 3ABOA 3UY8A 3LXCA 4LU0A 3MO7A 4KWVA 1LP6A 4AF0B 2ALDA 4FX6M 4AH7A 3MWAA 3G1YA 3MP5A 4JX4A 2CLIA 4LW7A 5IBXA 3NQ7A 1WOBA 1WA3A 5D33A 1ICSA 5G2WA 3LV6A 1YDVA 5K4ZA 4MYAA 1D3HA 3MW7A 3GIYA 3NQDA 3UWQA 2I9EA 5AHFA 4JTLA 1H7NA 1RQEA 3DHDA 2PRMA 3PBYA 2QR6A 5BMXA 2FPVA 4YXGA 2VEIA 3B0UX 4IMGA 1F05A 1ZAHA 1SO5A 4FIQA 2A6LA 1QPQA 2QCLA 4O0KA 3R2GA 4O14A 2W79A 1D9EA 3N9RA 3LCXA 2C0AA 4XTIA 1TCDA 2GQAA 4JNMA 1JJKA 3W72A 4Y6GA 4O19A 3SI9A 3IRDA 4UTWC 4JXCA 4IWWA 2DZXA 2Z1BA 2BSLA 3HG5A 2VENA 1VJIA 3NZRA 5FF4A 4OV4A 2Y6ZA 3W9ZA 3QFEA 2BX7A 4XWUA 3S0CA 3MHFA 1FDJA 4AF0A 1KFKA 3IIZA 4MJZA 1MEWA 2X16A 1P1XA 3LTSA 2BLEA 2VXNA 3SECA 3W86A 3KAOA 1TB3A 3T78A 3THQA 1ZCOA 4XQ6A 3KVLA 1Q6LA 1OK4A 2GVJA 1DKWA 3IGSA 3QMSA 1MXSA 4Y9AA 1T99A 4LUJA 3F4WA 3TSMA 2VKZG 5EKYA 3G1FA 4OT7A 4RKAA 1UUOA 3M7WA 3QSTA 4IGHA 4Q33A 3C8FA 3G1SA 5D37A 3KXQA 4WXZA 1PHWA 3M6YA 1GT8A 2V30A 2Q8ZA 2B4GA 2WKJA 4QJ1A 4UTUA 4O4WA 1WBHA 3QW4B 5H91A 4N6FA 2DP3A 4CCEA 3EWYA 3N2MA 3MI3A 3D0CA 1ZJIA 3E12A 3L65A 3N2XA 3TAOA 1V7YA 5LGXA 3C56A 3UY7A 5G4EA 1K8XA 1AW5A 4NQ1A 4RXFA 2QCHA 1K02A 2BXVA 1XFBA 1P4CA 3L5AA 3NM3A 1NFBA 2X30A 2J6XA 5E0KA 3FJ6A 3FOKA 2H90A 3TSDA 4A3UA 1KBIA 4RV8A 2ZQ0A 3FA5A 2RKXA 5AN7A 1KFBA 4GJ1A 5G5IA 5KZMA 3LLDA 1KLYA 3M5YA 2NWRA 3LHVA 5DBUA 4LS0A 3RMJA 1IGSA 1JCLA 1HUVA 4N4QA 3OVRA 1ME8A 4JTGA 1QOQA 5CZSA 4ADTA 2HS8A 4IPIA 3W7MA 1GVSA 2VFHA 4FB7A 1YTDA 4UTTC 4OBTA 4ORIA 1K3UA 4UTIA 1RR2A 4GUIA 2LLEA 4JTTA 4MLRA 2J9ZA 3G1DA 3GK0A 3DHFA 4E2BA 2H3DA 1KTBA 1Q6QA 1FWWA 1OFRA 2E5DA 4RZ4A 3W85A 2ZRZA 3SJ3A 1H7XA 1T96A 1HFBA 4NX0A 1LBLA 3W7CA 1VH7A 3P7YA 3NPUA 4H4IA 2OX1A 3R12A 3JS3A 4S1FA 1VYSX 1W3TA 3S5NA 3W6YA 5K7JA 1I8JA 3DXIA 4JDBA 3CQ0A 5LSMA 2XN1A 3VFLA 3G0UA 3LCHA 1JRCA 3W2KA 5C55A 3LHWA 1WBJA 4WUIA 3STFA 4DBEA 1QWGA 3GDKA 4NXSA 3M5XA 3LCLA 4K8HA 2G95A 2NX3A 5DBTA 4OGZA 3LM7A 3GXPA 5F4WA 1YXCA 3OIXA 4MY8A 1TRDA 3W73A 4NNBA 1AL8A 3W1XA 4DO4A 5FEWA 5AHMA 1QCWA 5FEXA 4WD0A 4ZMGA 3EX3A 1PCKA 1XBYA 1L6SA 1JQVA 1O4UA 2FIQA 4BR1A 3DFTA 4JYDA 4O10A 3CTLA 3P60A 4OHQA 1EWDA 3A22A 3PUOA 5D2TA 4QAIA 4RK8A 3KX6A 4ZQOA 4YCOA 3EEGA 2GJNA 3GNDA 1QMLA 3KVKA 1LZOA 1SZFA 3LV5A 2Y88A 4N4PA 4WY0F 4LVDA 3Q37A 2J9YA 1YDOA 4E38A 3W2NA 3DKLA 3NQAA 1TSIA 4LTSA 5AC6A 3TC6A 3UWYA 3PM6A 1OFDA 1SFLA 3ATYA 4M6VA 3PSVA 4O12A 3ZR4A 3BO9A 1TPB1 4LC8A 3G8EA 3QC3A 2I1OA 1TREA 1KBJA 3IGXA 4QNWA 1H51A 2ZRYA 3A21A 2RH9A 1TV7A 3EXTA 3T40A 3EX2A 2V0TA 5F2IA 1X6UA 1DV7A 3PC0A 2XFWA 4M19A 3W2UA 3P61A 3TJXA 1TIMA 4JTUA 4O50A 2EKCA 1Q3NA 1ZAIA 2VFIA 3BVJA 2ZZ4A 3LCGA 5F1UA 5HR6A 2Y63A 2VEMA 2I14A 4IXXA 3WFAA 1SFJA 2B7NA 2QJIA 3UZJA 1W3IA 4FEZA 1UBSA 3W1NA 3MP4A 3NEVA 1B9BA 4IUOA 1JUEA 1KV5A 1B4EA 4HPJA 4LC6A 2ZA3A 3G24A 1IXNA 2TMDA 4FHAA 4FNTA 4M7TA 3ABRA 5LHEA 1TJPA 1KFCA 4UFMA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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