4PC8A

Structure-based protein engineering efforts on the scaffold of a monomeric triosephosphate isomerase yielding a sugar isomerase
Total Genus 91
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
91
sequence length
239
structure length
238
Chain Sequence
MSKPQPIAAANWKSGSPDSLSELIDLFNSTSINHDVQCVVASTFVHLAMTKERLSHPKFVIAALNAGNADALASLKDFGVNWIVLGHSERRWYYGETNEIVADKVAAAVASGFMVIACIGETLQERESGRTAVVVLTQIAAIAKKLKKADWAKVVIAYPVWAIGTGKVATPQQAQEAHALIRSWVSSKIGADVAGELRILYGGSVNGKNARTLYQQRDVNGFLAGLKPEFVDIIKATQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Isomerase
molecule keywords Ma21-TIM
publication title Crystal structures of two monomeric triosephosphate isomerase variants identified via a directed-evolution protocol selecting for L-arabinose isomerase activity.
pubmed doi rcsb
source organism Trypanosoma brucei brucei
total genus 91
structure length 238
sequence length 239
ec nomenclature ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date 2014-04-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4pc8A00
3W7OA 3M5XA 4MFEA 4ZMGA 3VCRA 5G2IA 3QW3A 2B4GA 4UFHA 3Q58A 3EWBX 1IIGA 3LOTA 2J9XA 2VFHA 1XI3A 3S5ZA 1QPRA 2BSLA 3MHGA 4QSHA 1GG1A 2WPBA 4HIBA 5KZMA 3LTYA 4OT7A 1TO3A 1ZAJA 1UUMA 2EHHA 4RX0A 2YFOA 3DKLA 4Q4KA 3W2UA 4JGDA 3M1ZA 3NA8A 1XM3A 3MI2A 4O1CA 3M5VA 1O94A 4AVFA 3P61A 3W88A 4OV9A 1P0NA 2YCEA 3P82A 3W1LA 4BWLC 2X30A 4UTIA 3LXAA 4QQ3A 4Q33A 5HQEA 1K7XA 4KFPA 3TE9A 3CEUA 3Q2DA 1KBIA 4WXZA 5AC6A 2Y7DA 2CU0A 2DU2A 3L0KA 4IOTA 2ISWA 1XCFA 3I6RA 4ONVA 3UD6A 5U4NA 3L9CA 1GYLA 4WXYA 3TFXA 2RHGA 3P84A 4RZ4A 3FKKA 2HS8A 3W7IA 2QCMA 2OT1A 1K8XA 3EWYA 1FX6A 3DFNA 4UNLA 1K02A 1F6KA 4JTLA 2A6NA 2FPYA 1KLYA 2YR1A 3UZ5A 3SIZA 4QISA 1JCYA 4PH6A 2GVGA 1QFEA 3NQDA 3T55A 2DZTA 4EF9A 2FPVA 3PWAA 3UWYA 4MJZA 3GDKA 3DFTA 5AC8A 3CC1A 1QPNA 1VQTA 4JN6A 1GYNA 2YW3A 4ICNA 4LRSA 5DN1A 2NXGA 4WOZA 1Z48A 2ZBTA 3NVTA 1SZNA 2E6FA 3H53A 1FWNA 5AHEA 3IVTA 2FLIA 4NT0A 3FJ6A 4HNVA 6ALDA 5D03A 3UWZA 1ZCOA 2Y7EA 3CPRA 4FHAA 3HF3A 4DBEA 1PVNA 4JNMA 3CHVA 1HUVA 2GJNA 2X1SA 2WOQA 4FXSA 1YXYA 1KTCA 3ABSA 2XN0A 4TO8A 3FKRA 3TAKA 4JY8A 3E0IA 4LVDA 4UFJA 3FFSA 3GB6A 3E9AA 1OHLA 1MSSA 3MP3A 3PS7A 5D30A 2DJXA 2ZTKA 4FX7A 5G1YA 2YYTA 3NL3A 3GDTA 3MYPA 4PFMA 1Z44A 3S0CA 4TMCA 1W1ZA 3P5ZA 3EEGA 2NLIA 1M6JA 4D2JA 1NVMA 3TSDA 5K7JA 4NJKA 3S1XA 2WJZA 5AYYA 3NPUA 3O8AA 3IIPA 3GDRA 1JQVA 4QITA 1SO3A 1OX4B 4IPIA 4IGHA 3ZWSA 3W1MA 4OWGA 5KZDA 3L21A 2E68A 2DZXA 3CLMA 1OG0A 5K4ZA 3P5YA 1QPQA 2CZ5A 3P67A 3G3MA 2H8ZA 4ZVJA 4GE8A 1E51A 4L4LA 5LHEA 3G8RA 3TQVA 1SO6A 1ME9A 5CKSA 4C1KA 2BLEA 3PC0A 3SI9A 3LGEA 1KTNA 4K38A 4MOZA 4NJHA 5DY2A 3VI2A 4AHOA 1SW0A 3N34A 3DI1A 3UPBA 5LGXA 3LCIA 1NFBA 2ZZ2A 3ANYA 2DZPA 2ISVA 1MEWA 1JCXA 3CB8A 4HKPA 3G22A 3NQ7A 3KAOA 3CWOX 1GEQA 2C0AA 3BG9A 3NM3A 1LBLA 3V1PA 4RJEA 5CPNA 3N9RA 3LRKA 3S5YA 5DXYA 1W31A 3S1VA 3HGJA 4ZQCA 1FQ0A 4OBTA 2TSYA 3C56A 2CW6A 2ZZ7A 4ZL1A 4O54A 2NXHA 4UTLA 3E12A 1J2WA 4N9DA 1F76A 3KVLA 2CLIA 3A23A 4UFIA 4NJGA 1EPXA 4XKYB 2GOUA 2Y63A 2GUUA 5BOOA 3TV8A 4U28A 5AYXA 1OVDA 3QMSA 4O19A 1S5TA 2W6RA 1Q3NA 3RFAA 1LLZA 3BPWA 1LBMA 4PEKA 2WSQA 2QCNA 3A5FA 4RR4A 1W37A 4FX6M 1G7VA 5MHBA 2P10A 4LRTA 4LS2A 2ZQ0A 1TPWA 1QNVA 4X22A 5IM51 2A1YA 4R33A 2CLLA 2EPHA 4O14A 1JUBA 3G1VA 3FYOA 4XWUA 1B4KA 4JTTA 2ABAA 3DKJA 3TKFA 3BV4A 5TIMA 1W5OA 2VEMA 3PF3A 1SSDA 3G18A 3LERA 1OFPA 1BTMA 1ZY9A 4GC4A 5L6UA 1FXQA 5DCBA 4O0KA 5BMWA 3HBLA 1GTHA 2DZSA 1KTBA 4LC6A 5CZTA 3P8JA 1T96A 3CM4A 4DELA 1X1ZA 1ZALA 2WNQA 4HT3A 4CCEA 4MVAA 2HSAA 1XKYA 2WNNA 1VRDA 5DCEA 3LXCA 3MBDA 2Q3OA 3QF0A 1HO1A 1VC4A 5D09A 3T4CA 4RLIA 1O60A 4ORMA 4MYAA 4NUWA 3M5YA 2CLFA 1G4EA 3DZ1A 3LCHA 2ZCGA 5BNKA 5KINA 3I7SA 1F5ZA 1D3GA 2ABBA 3TFCA 1QCWA 3A24A 3GX9A 2FDSA 1KM4A 3GKFA 1FCVA 4O1DA 1ZAHA 2R94A 2HS6A 2E6DA 1Z41A 3GXPA 1V7YA 4N2YA 5H91A 1NSJA 4PC8A 3BGJA 1B9BA 5GVJA 1F05A 2G96A 2RDUA 4I7WA 3LTPA 4I9AA 3PUDA 4FIRA 4BF9A 1C8VA 2TPSA 4XZ9A 1K7EA 2YGYA 4M5PA 3B8DA 4JX4A 5FI8A 3QZEA 5G5IA 1H63A 4Z08A 3PSWA 4JS3A 3UY7A 3OG3A 3NQ8A 1PHQA 3B04A 1W5NA 1G7UA 1UCWA 3G8EA 4BR1A 3C2OA 3GIYA 2NWSA 1M7OA 1R47A 1JCLA 3W83A 2Y61A 3C0JA 3HPSA 3W87A 4IMCA 1TTJA 4K37A 3LRMA 2ZA1A 3TH6A 4KFNA 2Q8LA 2ATSA 1TPVA 4MFDA 4N6EA 1I8JA 2CFFA 2QJIA 3L5AA 3QM3A 1IF2A 3Q37A 5T26A 2OZ0A 2ZRUA 3W1AA 1DHPA 1KFBA 2VEPA 2J9ZA 1L6YA 2OCZA 3EXRA 4NXSA 1RQEA 1OFDA 4PODA 2NUWA 4O15A 2DZVA 5LHFA 4DEFA 4N4QA 1ONRA 4FNPA 2O7SA 3UWQA 1TV5A 3C6CA 3W7CA 4NNAA 3L2IA 4N6FA 4P2VA 1FCBA 1TMHA 3AJXA 1XDMA 1J4EA 5C54A 1JUKA 1EWEA 1F6PA 3WJYA 5KITA 1PV8A 4LV4A 3BO9A 1GQNA 3NQGA 1WX0A 3BG5A 4UFMA 4RKAA 3O06A 2QCLA 3B03A 1KLZA 1LOQA 4QAIA 2V8ZA 4N02A 1RVGA 2G5WA 1LBFA 1N55A 1KBJA 3HPZA 4ZZ9A 4E2BA 1THFD 2H3DA 4IUOA 2Z2UA 1TTPA 3PBUA 5BW6A 4NNBA 3W86A 7TIMA 4MKNA 1A50A 1VPXA 4O13A 3LDVA 3UXAA 1U83A 3PY2A 3NQAA 3W7EA 1P4CA 4JD4A 3C61A 2KZHA 4GBUA 1Q6LA 1B4EA 1MXSA 4BI7A 4JX5A 2BTMA 1QPOA 5AHLA 1JCNA 3DGRA 2DZWA 1ICQA 2JBMA 5DELA 4O8RA 3EX4A 4E0CA 1G69A 3I7QA 4UR7A 3STCA 5DBUA 3CIWA 3IIVA 4Z1DA 3W7LA 5HWNA 3T44A 2J24A 1OYAA 1LYXA 1FWTA 2J27A 2PURA 2W0UA 3G24A 1P1XA 3W1TA 2E1DA 1K8YA 3L0NA 2Y85A 5EY5A 3SGUA 2EAWA 2P1FA 1NAL1 4PL1A 1IXQA 3DFQA 5G4EA 2ZRXA 2O7QA 3P60A 2I9EA 1TQXA 2QCDA 2V5BA 1OF6A 3GVGA 1TTIA 4O12A 1VLIA 3FIGA 1HG3A 1TCDA 3PVFA 4PTNA 2CLMA 1IXNA 1EUAA 4WUIA 3HGSA 2Z0IA 3L66A 3UWUA 3LHZA 3MI6A 3IGXA 1ZJIA 3KRZA 1DVJA 4MYXA 1JCMP 5F1UA 3W7DA 4AWTA 3DFOA 4KWWA 1H60A 5HULA 1WOAA 2C14A 4H3DA 5D2TA 5CSSA 3W7MA 4E38A 1L2UA 4OQVA 4ZQMA 4Z1BA 4X2RA 1I45A 2DP3A 4P61A 3P81A 2JGQA 1EWDA 4ML9A 3MMTA 4WY0F 5LKYA 3V75A 2QCCA 2YSWA 3JS3A 1DQWA 2V0TA 2QCHA 2C6QA 2DZUA 4FNUA 1XC4A 3U8GA 1L6WA 3G1FA 4TX9A 3C3NA 3W71A 4A22A 2NX1A 2AAMA 1KV5A 3N73A 5D2YA 2YZRA 1IGSA 2C15A 3EX1A 3PBYA 5K9CA 5LNRA 3L67A 1I2NA 3LB0A 1F73A 2IQTA 4KWVA 1H7WA 1GG0A 1I2QA 1TPEA 2Y88A 1TPFA 4FXRA 2YYUA 4WY0B 3NPXA 1H1ZA 5LGZA 4LV9A 4DPPA 5AHMA 3NL2A 3PB2A 3MI3A 4WY0A 2Q8ZA 3N2XA 4GUIA 3GNDA 3W75A 1YLVA 1FUYA 5D2XA 3HIJA 1OYBA 1N8FA 3TMLA 1YPIA 3MP5A 1P5BA 2X1TA 5D32A 2UV8G 4M19A 1TREA 3DHDA 2G95A 3W6YA 5AN7A 4DO5A 1ME8A 4ALDA 1XBXA 2VKZG 2B7NA 3U6WA 2H6RA 3W1XA 4HSOA 4UTUA 1Q6RA 1TB3A 3HGOA 3O16A 2A7PA 2EGZA 3F03K 4UFLA 3HJZA 3W2LA 1K8ZA 1EUNA 2J88A 5K2ZA 4CNNA 1JQXA 3ATYA 2WQPA 3W1NA 3QQ0A 4HNTA 4JEQA 5EBUA 4HSNA 5F2LA 1AL7A 3W85A 3EXSA 3UNDA 4Z1CA 2QDHA 2FB2A 1S3HA 1JJKA 1UJPA 5CPOA 4JX6A 1LOLA 3PM6A 3R12A 3MWAA 1LRQA 5CGQA 1DORA 1O95A 1LROA 2YXGA 4N9CA 5C55A 5A5WA 4E2DA 3QEZA 3GZ3A 3NG3A 5AHFA 1GVFA 4M6VA 4JTJA 3NO5A 1W5PA 4A29A 4XUGA 1QDSA 4IXXA 3EWXA 3NR0A 2LLEA 4MZ8A 1UBSA 1CW2A 4A2SA 5K3VA 4N9BA 5HR6A 4MY1A 1PE1A 4KKXA 2NUXA 1Z42A 3STGA 1SW3A 1ZAIA 1H7OA 4FIQA 3DENA 5K9DA 3NZRA 4Z0JA 1TJPA 1OJXA 3E96A 3UZJA 3W2KA 3NQ2A 5CZJA 4HHPA 3VE7A 3F1QA 1QR7A 3CT7A 1KFLA 4UTHA 1DKWA 2V2HA 3IGUA 3THAA 3QPYA 3S9YA 2GPTA 1FY6A 3C52A 1TV7A 3EWZA 3RK8A 3MHUA 1ADOA 1GWJA 3ABRA 1FBAA 1FDYA 4LVBA 3PSVA 4IMEA 3W7PA 3EX6A 5HUPA 2XFWA 2EF9A 1NF0A 4FNSA 3M5ZA 1KA9F 3PUOA 3OVRA 4O4VA 3BW2A 1L9WA 1TYGA 4UTTC 4AWSA 1OX6A 3S6DA 5FEZA 5TQLA 2G97A 1A53A 1K3UA 3A21A 4NX5A 3EKLA 3B05A 3YPIA 2E5DA 4IMDA 5CZSA 3ZWTA 1FWRA 3A5VA 3L68A 5HWMA 4AWUA 3LHUA 5D05A 5U7SA 3M6YA 1LM1A 1TRIA 5ABTA 4JICA 3ABOA 5I3IA 5D33A 1RV8A 4H6KA 3BLIA 3TXVA 4L4MA 4G1KA 3W2MA 1X8FA 1IIHA 2ZA3A 4XBSA 1R2SA 3CTLA 3JR2A 3FLUA 2C18A 2VEKA 2C16A 4HNNA 1PIIA 2HTMA 2A2IA 3F4NA 4RZ6A 4BWLA 5CZ0A 5A8GA 3W7GA 4C1LA 3UWWA 3UY8A 1H7PA 3TAOA 1EP3A 3NPWA 3LV5A 4JYDA 3IVSA 4TMBA 4JY9A 2PC4A 3N19B 5FEPA 4PA8A 4EF8A 4WD0A 1LOSA 2WO5A 4TR9A 3ABQA 3WJSA 2E5BA 1ZENA 3WFAA 3T78A 2ZRZA 2CLHA 4UTJA 1F7BA 3O6YX 4QNEA 5D2VA 3P80A 2QDGA 5DLCA 4K8EA 4JTKA 4EOUA 4ZQPA 1YTDA 4NJIA 2VFIA 1NEYA 2C3ZA 4ADUA 4CNOA 3FOKA 3SZ8A 2FJKA 1TIMA 4WJEA 4EWND 3CU2A 4ZQRA 3BVJA 3EXTA 2JKAA 2OJPA 4PCFA 3U2OA 1QOPA 1SPQA 3G0XA 5D2WA 4OV4A 3W1RA 2BZNA 1EIXA 4H4IA 2P0OA 2NV1A 1RR2A 2F7FA 2QCGA 1FDZA 2NV2A 3MP4A 4M6QA 5E93A 2Y62A 4S2BA 2A5HA 4ADTA 1ALDA 1XXXA 3IIXA 3QQ1A 3OHIA 1MEIA 1XUUA 1GOXA 3B0PA 1RQHA 3HG4A 4FF7A 4AMAA 1OABA 3CEPA 1AK5A 1XUZA 2YDAA 2TMDA 1BWLA 4ORIA 6TIMA 1K7FA 2GQ8A 3C2FA 3M44A 1OYCA 2RH9A 2AGKA 4NZFA 1NF7A 3KHJA 3LCFA 3UYCA 4AF0B 3O15A 3LCLA 1O5XA 2B7OA 1W3NA 2NWRA 4AF0A 4GFSA 4IXHA 3W9ZA 1YADA 2V82A 4AB4A 1H1YA 4LTSA 1RPXA 4IMFA 3DH7A 2QF7A 2VFDA 3HPXA 3ATZA 2V2DA 3KRSA 1H7NA 1KW1A 4IMGA 4LNYA 4UUIA 2PE4A 3OVPA 5HR7A 4DO6A 4M7TA 5CSRA 2C13A 4NJJA 2Y7GA 1TJRA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1QHZ A;  5G2I A;  4UFH A;  2IUZ A;  3LOT A;  1EC7 A;  2VFH A;  1XI3 A;  3S5Z A;  3GTH A;  4AZG A;  2BSL A;  3MHG A;  1GG1 A;  4PFH A;  4BS0 A;  3AS1 A;  3R8H A;  2EHH A;  3DKL A;  4UQ9 A;  3W2U A;  4Q3M A;  2FGB A;  1XX1 A;  3P61 A;  1EQP A;  1L6F A;  2AL2 A;  1CEN A;  4OV9 A;  4ZGY A;  3QV6 A;  2YCE A;  4NZC A;  3GE7 A;  2X30 A;  1J93 A;  4G5D A;  4QQ3 A;  4UTI A;  4E8C A;  4X2P A;  1K7X A;  3S6O A;  4KFP A;  3TE9 A;  1KBI A;  4WXZ A;  5TD4 A;  3L0K A;  4AZC A;  5CGM A;  4IOT A;  2ISW A;  3F2D A;  3A4X A;  1E71 M;  1GYL A;  3K1D A;  1OC6 A;  2RHG A;  4DZ5 A;  2YLL A;  2ZC1 A;  5I3D A;  2QCM A;  2E8Y A;  5CSU A;  4DY1 A;  1FX6 A;  3DFN A;  3VKB A;  3OIH A;  2A6N A;  1KLY A;  3CUX A;  1UC4 A;  4ZXO A;  1JCY A;  4PH6 A;  3OQ8 A;  3WLL A;  3UER A;  4H6R A;  3UWY A;  1CEC A;  2IW0 A;  5IDI A;  2D1Z A;  4YIW A;  4LRS A;  1CWY A;  2Y5S A;  2YXX A;  1VBR A;  2ZBT A;  3NVT A;  4LUT B;  4IJC A;  1SZN A;  2P8C A;  3H53 A;  1CT5 A;  4S3G A;  4HA3 A;  3FJ6 A;  6ALD A;  3VNZ A;  1ZCO A;  3CPR A;  1JZ3 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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