4PCFA

Structure-based protein engineering of a monomeric triosephosphate isomerase towards changing substrate specificity
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
238
structure length
234
Chain Sequence
SKPQPIAAANWKSSLSGLIDLFNSTSINHDVQCVVASTFVHLAMTKERLSHPKFVIAAQNAGNTDALASLKDFGVNWIVLGHFERRWYYGETNEIVADKVAAAVASGFMVIACIGETLQERESGRTAVVVLTQIAAIAKKLKKADWAKVVIAYEPVWAIGTGKVVTPQQAQEAHALIRSWVSSKIGADVAGELRILYGGSVNGKNARTLYQQRDVNGFLAGLKPEFVDIIKATQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Isomerase
molecule keywords Ma18-TIM
publication title Crystal structures of two monomeric triosephosphate isomerase variants identified via a directed-evolution protocol selecting for L-arabinose isomerase activity.
pubmed doi rcsb
source organism Trypanosoma brucei brucei
total genus 84
structure length 234
sequence length 238
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date 2014-04-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4pcfA00
3GKFA 4HNNA 2ZA1A 1SZEA 3IRDA 5F2LA 1ICSA 1KFLA 2QF7A 3G0XA 2NUXA 3W7IA 1JRBA 1R46A 1SUXA 3SGZA 1BTMA 4U4MA 4O12A 3DH7A 1BWKA 3CHVA 4IXXA 1W3NA 3S1XA 3STCA 2PRMA 3N19B 4S2BA 3DI1A 1FWSA 1W8SA 2ABAA 1PIIA 1ADOA 1SW7A 2CLHA 3ZR4A 3W7HA 1VJIA 3Q58A 3BLEA 2ISVA 3BARA 4QSHA 3NQEA 1OK4A 2WJZA 1NF7A 3UXDA 4UFHA 3LBCA 3PUDA 1E51A 1SU5A 5F2GA 5U7SA 3N9RA 1DKWA 1J5TA 1LOSA 5G4EA 4MJZA 5BMXA 4DO5A 4ZL1A 2CZEA 2ZZ5A 2YW4A 4K8HA 4MIMA 1JULA 1S5WA 3ABRA 2I9EA 3P62A 3M9YA 4EIVA 3LRMA 1M7OA 1RQHA 1VCVA 2FIQA 3CM4A 4UR8A 4HNTA 3STFA 2GQ8A 2NWSA 2GPTA 2J24A 5LKYA 4LW7A 4R7JA 5K4ZA 5D03A 3VKJA 3W22A 2H6RA 1W0MA 3L2IA 2CZDA 3S5ZA 1XI3A 3IV3A 2A4AA 1KA9F 3W85A 3EWWA 5D2TA 4FIRA 5LSMA 3LI1A 3THQA 2VOMA 5KSWA 4ORMA 3UWZA 3W7EA 5LHFA 2PURA 3C4UA 3QSTA 4FX6M 1SW0A 5C55A 1EX5A 4BWLC 2A5HA 4MVAA 4MZ1A 1FDJA 1S5TA 1R47A 4ALDA 3W84A 4FF7A 5AFDA 4IX0A 5HJLA 3G24A 4JY8A 1JCYA 4N4PA 1XBZA 3TSDA 4CQ8A 2A21A 3A5FA 2QCDA 4ZQNA 3M5VA 3NQ2A 4Z08A 1X6UA 2Y88A 2ZRVA 4GRSA 3PBVA 3WK0A 1OFRA 4GFSA 1SO6A 2Z0IA 1J2WA 1OFAA 1V7YA 2QAFA 1F74A 5AHIA 2EF9A 2VXNA 1F5ZA 3LCHA 4RR4A 4DF2A 3GLCA 3MBDA 4Z0SA 1IXQA 1A53A 5HINA 1ME9A 4K39A 1GG1A 3SZ8A 4BI7A 2QCDB 3MHGA 2A0NA 2J88A 3L0GA 4Y6GA 1TPC1 3PC0A 3PF3A 4YL2A 1KV8A 3PG9A 4N4QA 3NR0A 2QCGA 4UFLA 2H90A 2A6LA 3GNDA 5FF2A 1JCJA 5F2MA 4I7VA 2YW3A 4UFMA 1GOXA 3HPSA 3A23A 3LI0A 3SW6A 5H2ZA 3P74A 2DJLA 4I9AA 4IMFA 3WK2A 2PRHA 4O28A 2QJIA 3L0KA 4M6PA 2FPYA 1VHNA 3QYQA 4LVBA 1QNVA 4X2RA 3DENA 3R8RA 1XC4A 2QDHA 1GZGA 4O11A 2QJGA 4HHPA 1N7KA 2OT0A 3E02A 4HPJA 1FY6A 3DHFA 3HGOA 1KFBA 3QPYA 1AW5A 4ZQPA 1BWLA 2P0OA 3ABSA 1GWJA 3A5VA 4H4IA 3S1WA 1IXOA 3B0PA 1I2OA 1XKYA 3EX3A 1MO0A 4UMBA 1M6JA 3TA6A 4RXGA 1KM1A 5KTLA 3EWXA 3KOFA 2YXGA 3W88A 3CLMA 3H54A 4PL1A 5G1TA 4MY9A 3W7NA 2R8WA 3UYCA 4IWWA 4RZ6A 1H50A 2V2CA 3NXFA 3M16A 2FJKA 5HULA 1OYBA 3LERA 1G4TA 3EXSA 5FF7A 3TMQA 3BV4A 3W07A 2BTMA 4CQAA 4O8RA 1FCUA 4TMCA 1K7FA 2CU0A 4HKPA 5EL1A 3S5NA 3UY8A 1GPWA 3TIMA 3KRZA 2Y70A 1QPNA 3TXVA 3LHUA 4GJ1A 2YSWA 1YPFA 1XL9A 3MP4A 1QR7A 3UQNA 4LNYA 3BPWA 2CLIA 5D2YA 3LXAA 3TNOA 3BGGA 3N2XA 1DJNA 3SJ3A 3DFNA 3NL6A 3FYPA 1OYAA 5LNVA 2R91A 3W1AA 3NQGA 4CCCA 1KM0A 5LZLA 3O6YX 3WJWA 1ZJIA 2X1RA 1OHLA 1QCWA 4UFKA 1VQTA 4JTLA 3UXAA 2OMAA 4M6VA 1KM6A 3FA5A 3GXNA 3MHUA 4CQ9A 2NX1A 1TRIA 1MXSA 3LHVA 3NPWA 4N9BA 2YGYA 3W1UA 2A85A 1JUBA 2ZA2A 2HTMA 1M5WA 1OJXA 4JTJA 2XN2A 5G1YA 4OV4A 2BWGA 3RU6A 2E5BA 3HO8A 3GXTA 3L66A 3KVMA 2JKAA 1D3GA 1UUOA 3PBUA 3L9CA 1Q6LA 3QPZA 4EVZA 3YPIA 1JRCA 2VFEA 3DFTA 4WUIA 2E6YA 4WZHA 2YYUA 1O5KA 1OF8A 3KHJA 3E12A 2VFHA 5EKYA 1TV7A 3L67A 1TPH1 4H3DA 5C6MA 3VE7A 5AYXA 1EUAA 2UV8G 1UCWA 4HIBA 3QQ1A 3R2GA 3F4WA 3P7YA 3MI2A 1QAPA 1X7FA 4ZQCA 1BKSA 1MEHA 3H55A 1EA0A 2JK2A 1EIXA 3NQCA 3MYOA 1AMKA 1UASA 5L6UA 5I3IA 5G4WA 3R89A 4O57A 2CZFA 1TPDA 1WX0A 2TRSA 3R13A 1SW3A 3O05A 1C8VA 2O7SA 3NAVA 1Q45A 2ZCGA 3LTSA 4O4VA 5CPLA 3TSMA 4PL2A 5C54A 1VRDA 2OZ0A 2NLIA 1HUVA 4QITA 3JS3A 5ABTA 4O13A 4RLIA 1C9DA 2Q8ZA 2X2GA 4LS2A 1UBSA 1VPXA 2E5CA 4K7YA 4WXZA 3N3MA 1O5XA 3LCGA 2VKZG 1TIMA 4HN4A 5KZEA 5CZ0A 3C8FA 3W76A 3TC7A 4J9JA 1TPWA 1GG0A 5DBTA 2V81A 1FCVA 1LOQA 5HUOA 1XBVA 1QDSA 4DQWA 4XUGA 5DXYA 1OF6A 3C52A 2QDGA 3GKAA 3MBFA 4BFAA 4N9DA 3MP3A 4JIPA 5HWJA 2ZRXA 3S8HA 4Q33A 1OFQA 4E38A 3GDMA 1A5BA 1SZNA 4P2VA 2WNQA 4AXKA 1H7PA 1L6YA 2Y85A 3B4UA 3OHIA 1OFBA 1PVNA 3UPBA 1ZAIA 3M1ZA 3BG3A 3W71A 3W70A 3HQ1A 4WY0B 2O7QA 3DBPA 4WOQA 3NM1A 1QO5A 3KX6A 4AMAA 1GVSA 2GOUA 3TQKA 2NXGA 4ADTA 3QSRA 1LM1A 1ME7A 1AG1O 5FESA 3MI6A 5BW6A 2NX9A 4DPQA 4UCGA 4R34A 3SFKA 2NX3A 2WKJA 3QH2A 5MHBA 3B04A 4DELA 1RQEA 2FB2A 1Y0EA 1LLZA 4A22A 1NAL1 1W56A 3FS2A 4R53A 1K02A 4RXFA 3LCFA 3P8JA 4IMEA 2EGZA 3IVUA 3NG3A 3THAA 4Y8FA 1RPXA 3PUOA 4EWND 3NQVA 4FNQA 2X1TA 4IUOA 2BSLA 1TV8A 3CTLA 2JGYA 1AW2A 1B4KA 4NUWA 3W1MA 2QUUA 3O16A 3HF3A 4JNMA 5CSSA 2ZRWA 3GIYA 5G5IA 5LNUA 4CNPA 3VNDA 2GVJA 3DFPA 3C56A 3FKKA 2ZRYA 2DZWA 1H62A 4UTTA 4JIQA 3O63A 1YDNA 1SO5A 2QCHA 3CQ0A 3GK0A 3HG3A 5GVJA 3RNDA 1R2SA 1F6KA 2A1YA 4ONVA 3GAKA 1LOLA 1TTPA 1WV2A 1FWTA 2Y6ZA 3TKFA 2CZ5A 4HNVA 4QQ3A 1XFBA 3RLVA 2RH9A 1SR9A 1FX6A 2DP3A 4OQVA 5D2VA 3GX9A 1FXQA 4DBEA 3PB2A 3U6WA 1PCKA 4NX5A 2AQWA 5EPDA 2X30A 2E68A 3W9ZA 3LTYA 4JTGA 3LHTA 2AGKA 6ALDA 5CPOA 3WK3A 1G67A 4DEFA 4M5PA 4HNUA 2F84A 3TAKA 1GTHA 2BXVA 5EA9A 3C2RA 2I1OA 5A5WA 3UWQA 2DU2A 4RK8A 5CZSA 3NVTA 1WA3A 3EXTA 3W3OA 2C0AA 4FNRA 3DXIA 2ZQ0A 3A21A 4N02A 4DO6A 4MFDA 1K3UA 3KVLA 1XUZA 2W79A 2Y7GA 4JR5A 4YXGA 3MI3A 1EUNA 1KFJA 3ABOA 3LDVA 4PEKA 3F1QA 2NV2A 3SSJA 4L4MA 3CEPA 4WOZA 5CGQA 1Z41A 4JTEA 5AB3A 1K8XA 1W5PA 2H3DA 3W2LA 1U5JA 1VGAA 3OIXA 3W1LA 2HS6A 2JKPA 1SFLA 1XDMA 5IM51 4O17A 1AL8A 1KTBA 5KZMA 1P4CA 2P10A 1JR1A 1F73A 1L9WA 2V8ZA 3HG4A 4NJKA 1Z42A 3QEZA 1FWWA 1QPRA 1Q6OA 2VFDA 4XBKA 1YXDA 5E93A 1ZNNA 4K6AA 1SSGA 3UWYA 3ZWSA 3NQ6A 4UC5A 3BG5A 5AHNA 3NQDA 3HGRA 3S42A 1LRNA 3PSWA 4KFOA 4A21A 3NQFA 5U4NA 2DZPA 2DZUA 3QW3A 4NQ1A 4XWUA 5D09A 3QZEA 3I7QA 4JYFA 1KV5A 2E09A 3GR8A 3EKLA 3W7DA 4NU7A 1VCGA 1FDZA 4OU1A 3S5OA 1PHQA 3P8IA 1BEUA 1SO4A 4UNKA 4CCDA 3GDRA 2CLMA 5HWMA 1MEWA 1F6PA 3W73A 1U83A 5E0KA 4RV8A 1LCOA 2C1HA 2TSYA 4KFPA 5G2HA 2IQTA 2R14A 1TQXA 2Y7DA 5FF4A 4Y90A 1AK5A 1JCNA 1ZAHA 4YLWA 3OEXA 4IJBA 2XN1A 3TCEA 3FOKA 2PRLA 3HPZA 3TX9A 5K4XA 2NZLA 1TPVA 1GVFA 4KKXA 5AHLA 5DY3A 3NPVA 2NXIA 5AYYA 1GYNA 3E0IA 5F1VA 4NNCA 2TPSA 3QF0A 3C6CA 1ICQA 1EWEA 3T55A 5DY2A 3G1VA 4IMCA 4S2CA 3W72A 4UTUA 2VENA 2YFOA 1H7OA 1NSJA 4DF1A 3LHWA 1YTDA 3TC6A 4H6KA 2D73A 2V9DA 1S5VA 4AB4A 3NPUA 4LTSA 1WBJA 3TV8A 4AAJA 1M7PA 4GNJA 3TXZA 3KVJA 1KFCA 4MFEA 5D2XA 1TPUA 1VCFA 4HSOA 3UWWA 1F05A 3P84A 3QM3A 1LBFA 4NNAA 2A6NA 4EOUA 4RZ5A 1IXPA 1YADA 1IF2A 4IGHA 1H61A 1IXNA 1N55A 1OABA 1I2QA 3DI0A 4U28A 3JRKA 5I3HA 3TDFA 3TSBA 4O0ZA 4N9EA 3NA8A 1KTNA 3TJLA 3UPWA 1HL2A 4JGDA 4NJHA 3S6DA 4YCOA 1G7UA 3P61A 2ZZ3A 3WK1A 1LBLA 1G7VA 3LHZA 3EX4A 2VEPA 1S3HA 1KM2A 3E49A 2FLIA 1OX4A 4FNSA 4WQ6A 2P1FA 3BLIA 4UTHA 5D33A 5I3FA 4Y9AA 4IXHA 2Y7FA 4WX2A 3EWBX 3STEA 2VFGA 1VHCA 3BK0A 1NF0A 5AYZA 4GC4A 2ATMA 4MY8A 3O06A 4PFMA 3KAOA 3L65A 4ZMGA 2YR1A 1TYGA 3OVRA 2QCMA 4K37A 1KFEA 3A9IA 3DFSA 3NO5A 3NOEA 1W1ZA 1K7XA 3PB0A 2RDUA 4O54A 3W86A 3T4CA 3CT7A 2OCZA 4O4WA 3L0NA 5KMYA 1UB3A 1ICPA 1PL9A 4DO4A 1HFBA 1QOPA 5K9CA 2C14A 5F4SA 3P81A 1DVJA 3W7PA 2H3BA 5HR6A 3ANYA 2V5LA 1TJRA 2E6FA 5C5YA 3S1VA 1LORA 1C29A 5DN1A 2YYTA 1ML1A 4Z1CA 2R94A 4JEQA 1FWRA 3G18A 3S9YA 3D0CA 3OVPA 1ZENA 4X3ZA 4ZQOA 2E77A 3HGSA 5FEXA 3NQMA 5C2XA 2Y89A 3M43A 3UD6A 2QCCA 3KRSA 1RZMA 1VR6A 4QNWA 6TIMA 4GUGA 3LLDA 3HIJA 2ZRUA 2ZYFA 1DV7A 4PTNA 1CX9A 2NWRA 3BG9A 3LV5A 1JJKA 1YTEA 1K03A 1KLZA 5SWUA 2E6DA 3CPRA 4OWGA 3L5MA 3OBKA 2V5BA 5DXXA 4JTIA 5BMWA 1I2NA 1I45A 3SR7A 3W1PA 2ZRZA 1JVNA 1CW2A 3C61A 3DKJA 2FDSA 1TPB1 1THFD 3DGRA 4AWSA 1RD5A 3LXCA 5T26A 4ORIA 4E0CA 3M0ZA 3TR2A 1YDOA 4IX2A 1VLWA 3BVJA 1GVQA 3F03K 5D04C 4LVAA 4TR9A 4CCEA 3HG5A 4WD0A 4K7VA 3HGJA 5H91A 4NT0A 3TU9A 5G2WA 2J9XA 4JX5A 3S0CA 3UY7A 1JCXA 1WOAA 2WNNA 3N14A 2CLOA 2RHGA 1PV8A 3G1AA 2NUYA 2LLEA 4JX4A 3GDTA 3M47A 1SZGA 1MZHA 5AC8A 2FQIA 1XXXA 4N6EA 5FF0A 4AHOA 2DJXA 5LHEA 5G2IA 4JD4A 3MW7A 3W7OA 2A2IA 3TMLA 4Z1BA 3NDOA 1TPEA 2GVGA 5AC7A 1OFOA 4JY9A 4M7TA 1WDWA 3MJYA 3NGJA 3MWAA 2KZHA 4TIMA 3G1FA 2E1DA 1A50A 4JTTA 3USBA 3NM3A 4UR7A 5CPNA 5DCBA 2WSRA 3T40A 2DORA 1OX5A 1CI1A 2VFFA 5D02A 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 3A22 A;  4K38 A;  3Q37 A;  3M5X A;  4O18 A;  4UFJ A;  2TYS A;  2ZTK A;  1A5A A;  4POD A;  3CWN A;  2G97 A;  1JCM P;  3QC3 A;  4GWE A;  2GVL A;  4LS1 A;  3RFA A;  3T78 A;  4UNL A;  5D2W A;  8TIM A;  5DLC A;  4JX6 A;  3V1P A;  2WV8 A;  3G1D A;  5CKS A;  4JN6 A;  1H7R A;  3OA3 A;  3IIZ A;  3WJY A;  4UUI A;  3G1H A;  4UMA A;  4BK9 A;  1TSI A;  3WJX A;  4GUI A;  1QPO A;  4LVF A;  3QMR A;  3W7G A;  1VZW A;  4FX7 A;  3UZ5 A;  3QMS A;  3EX6 A;  4MZ8 A;  3S5Y A;  2ATS A;  3VI2 A;  4KWW A;  3CIX A;  2Z1B A;  4NZJ A;  4UTK A;  4HSN A;  3CEU A;  4BI5 A;  5TBO A;  5K9D A;  4GUF A;  1FXP A;  1O60 A;  1OK6 A;  3EWZ A;  1YXC A;  3IIX A;  3LGE A;  4LV4 A;  2BLE A;  3G8R A;  3EKZ A;  2JKE A;  1RQB A;  4UIO A;  3KVK A;  1TO3 A;  3W74 A;  3BO9 A;  3UWU A;  2DZV A;  1O94 A;  4MY1 A;  4JXC A;  3LCX A;  4YWI A;  5CZJ A;  3MYP A;  1W5M A;  2EAW A;  7TIM A;  1HG3 A;  4FNP A;  4TU1 A;  2X1S A;  2QR6 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 4H7C A;  3GKF A;  1XWY A;  2D2J A;  3ZOA A;  4ZFC A;  3A3W A;  2UZ9 A;  3L4T A;  3MDW A;  4HNN A;  1QUM A;  3IRD A;  4AIU A;  3KDO A;  4JHM A;  3G0X A;  2CYG A;  3HFT A;  4GIR A;  1PIG A;  1SUX A;  4PEE A;  3LZ3 A;  3DFY A;  3UR5 A;  6XIA A;  5A6M A;  1VIW A;  1JZ4 A;  4S2B A;  1HGW A;  1W8S A;  1PII A;  4M80 A;  1YBQ B;  1XQK A;  2OSW A;  4AST A;  3UXD A;  1EC9 A;  1OZQ A;  3LBC A;  3ITL A;  3PUD A;  1E51 A;  5F2G A;  4PMV A;  4J7R A;  1DKW A;  1W1Y A;  4MJZ A;  5HMF A;  3DEC A;  1ITU A;  1E0W A;  4RDZ A;  7XIM A;  5GNY A;  2PDL A;  2NQL A;  1W1V A;  1MUC A;  4Z2H A;  1RQH A;  3MSG A;  2WCG A;  3IRS A;  2QPX A;  4UOZ A;  2JEP A;  1ZRQ A;  2WMJ A;  1P7T A;  2ON3 A;  2J24 A;  3KTX A;  3P0W A;  2QW5 A;  3VIL A;  5D03 A;  3VKJ A;  1DIK A;  2DUX A;  3TYE A;  2BGS A;  3AHZ A;  4YPJ A;  2X09 A;  1ITC A;  3S5Z A;  3KBN A;  3IV3 A;  3W85 A;  1KA9 F;  3EWW A;  5LSM A;  1D8W A;  3THQ A;  3WBY A;  1I0B A;  5DMN A;  1XIJ A;  5CPS A;  3QTP A;  4Y9N A;  3C4U A;  4RNJ A;  3KUM A;  4BWL C;  1KRM A;  4MVA A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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