4PMD | Genus

Total Genus 127

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	127
sequence length	329
structure length	329
Chain Sequence	TVSLTEKYKEFFKIGAAVTVKDFEGIHGRILTKHFNSLTPENDMKFERIHPKEDFYNFEATDKIKDFALKHNMQLRGHTLVWHNQTPEWVFRDNDKEAPKELVIERLREHIKTICTRYRDVVYSWDVVNAAVEDKTDVLLRDSKWRRIIGDDYIKIAFEIAKKYTGNGKLFYNDYNNEMPYKLEKTYKVLKSLLEEGTPIDGVGIQAHWNIWDKNLIDNLKRAIETYASLGLEIQITELDISVFEFEDRRTDLLEPTEEMVELQAKVYEDVFRVFREYRDVITSVTLWGISDRHTWKDNFPVIGRKDWPLLFDIDGKPKKAFFRIIDFL

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Crystal structure of CbXyn10B from Caldicellulosiruptor bescii and its mutant(E139A) in complex with hydrolyzed xylotetraose rcsb
molecule tags	Hydrolase
source organism	Caldicellulosiruptor bescii
molecule keywords	Endo-1,4-beta-xylanase
total genus	127
structure length	329
sequence length	329
ec nomenclature	ec 3.2.1.8: Endo-1,4-beta-xylanase.
pdb deposition date	2014-05-21

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00331	Glyco_hydro_10	Glycosyl hydrolase family 10

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	4pmdA00

3CZJA 2YDQA 2WNWA 4PUDA 2WXDM 4YPJA 3IANA 1UD8A 3QHOA 2WPGA 5KZ6A 8CGTA 3RJXA 3SUSA 4F8XA 1KCKA 1B0IA 1AVAA 3OLIA 3PZQA 3WBAA 1PZ3A 1V3HA 4JKLA 2FGZA 2VCBA 3VM5A 2J62A 1E15A 1C8YA 3PTMA 1XSJA 1TMQA 3JUGA 1HVQA 3TTOA 3K4AA 1DWJM 4X9YA 3N18A 3ZIZA 1WCGA 1E55A 1CENA 4JKKA 1KQYA 3EMCA 1IZJA 3WF2A 2YJQA 1X6LA 1GOOA 2J4GA 1E6ZA 6TAAA 5DT5A 3SURA 4CD7A 1GOMA 3W53A 1JYNA 1G0CA 4CD4A 1W3JA 1MXGA 3BCFA 2OLHA 4EK7A 4AEFA 3VIGA 1B30A 3NYDA 1JD9A 2CXGA 1CXLA 2WWDA 5A6SA 1ZBVA 4MB4A 1RPKA 1G9HA 1BGAA 2X09A 3WMCA 2GJXA 3L2LA 1H0IA 3T2OA 4AD4A 1IZKA 1QBBA 1JNDA 2JALA 3WDPP 2YKKA 3WQ6A 1CWYA 3N17A 3UEQA 3T0DA 4DWSB 3WDHA 1UWTA 2CBJA 3SUVA 2WVSA 2F61A 5ECUA 3QGVA 5I3DA 1V3KA 1S46A 1HVXA 3TOPA 1NWRA 4JFSA 3T09A 3UG3A 4V2XA 1HT6A 4FK9A 1LL7A 1BVZA 3A4WA 4A3YA 2GSJA 3GXIA 4MB1A 4D71A 6CGTA 4P7OA 2DEPA 4ACZA 1UQZA 1HX0A 4XZWA 2OSWA 3ARPA 5BXTA 1KXVA 1PPIA 2YBTA 4RE3A 1VEMA 2QV4A 1C90A 1ZJAA 3RO8A 1ZU8A 5JBEA 5FIPA 4KRTA 4HMDA 4M8UA 2JIEA 1TA3B 3AIWA 5GQBA 4AD2A 1E3XA 2Z1SA 3KWXA 2J7EA 1CGUA 1EIBA 3RDKA 2VZVA 3W24A 1UKPA 1E1FA 4LXFA 2G41A 3A3HA 1W1TA 2CESA 4BF7A 1DWIM 5HXMA 4MJ2A 4AISA 3VDCA 2DH3A 4M24A 4QDMA 2FGLA 4KH2A 1UD2A 1ECEA 1UZ1A 3BLKA 4NRRA 2VRQA 1MXDA 3T0AA 2ZUMA 1OB0A 4J3TA 4ZXOA 2XGBA 1LF1A 1OIMA 3VIPA 4OIFA 1EHAA 2WZEA 5CSUA 4W85A 3VUPA 3B8SA 2C7FA 2J7CA 3L4YA 4QLKA 2WMHA 1SR0A 3SIMA 3U7VA 4JKMA 3W37A 1DWHM 3WUBA 4P7RA 5A69A 5M5DA 1MQRA 2CBIA 1EXPA 3FAWA 2BVTA 1OT2A 1HL9A 1UKOA 4E2OA 4E8CA 2D3NA 2W92A 4S3JA 1MW2A 3CHEA 1XCWA 4FMVA 3CHFA 1HKJA 1W1VA 5IFTA 4CD8A 3NSNA 1NWTA 3VDHA 3WQWA 1MW0A 4ATLA 3VGFA 4CN1A 1B3XA 4AZCA 1B31A 1WZLA 1QBAA 1H2JA 4WLCA 1W2PA 5DF0A 5M3WA 2XG9A 5M03A 1JZ3A 3MKKA 1M53A 2W62A 2CNCA 3MUY1 3AMKA 5DMYA 4D6EA 1RP9A 3MUIA 4BQ5A 4PMRA 5BYWA 2PF0A 3WUGA 1JGIA 5EFFA 1VJSA 3OLDA 1HKIA 3W29A 1E4NA 1UZ4A 2HISA 3AHVA 1C91A 2X0HA 3KEHA 1HIZA 1PIGA 2GJRA 1NWUA 3CTTA 2G3IA 4MNMA 1GORA 3PZ9A 3VU2A 2XVPA 3TTQA 2J7DA 2XYLA 1MW1A 3UG5A 2HVMA 2WBKA 4CKQA 4ZEPA 3DC0A 5A3HA 3N11A 4KMQA 3VIKA 4B9ZA 4UOJA 5CPTA 3O6AA 3ZM8A 2DIJA 2VR5A 3U7BA 1OIFA 1V6VA 4XZBA 1F4AA 2BHYA 4PTXA 1RH9A 1UWUA 3SUUA 3VIJA 4P7QA 2QMKA 4AZIA 1HJQA 4N0RA 4B3LA 4HOZA 5FCZA 3WF0A 2FH8A 1XD0A 4AIOA 1V3MA 1XH1A 2G3NA 4H8VA 4M29A 4LYRA 3S6TA 1MWOA 1VIWA 3FNDA 1JZ7A 4GI6A 4MADA 2BXYA 1QNQA 1O6IA 2XIBA 1G01A 1R7OA 1QHPA 1VEOA 3F5JA 1KCLA 2XWDA 1BYAA 4PTMA 1ISZA 1NM9A 2PBGA 4K68A 2D1ZA 4MJ4A 4CU6A 1XH0A 4S3KA 2J78A 5TD4A 1CLXA 4WSJA 2A3HA 3D3AA 1GHSA 4KGJA 4PSPA 4CCEA 3PTKA 2ZXDA 4GI8A 2OSYA 3POHA 3M7SA 3AIRA 3BAJA 3OLGA 1Q4NX 1TUXA 5FOOA 4QCFA 1JDCA 4LX4A 2XHYA 2CHOA 3F5KA 2BXZA 4LGXA 3MO4A 3WF3A 1FFQA 2BNJA 4AD5A 2WLZA 2O92A 4D6HA 2O9TA 2WWCA 1BTCA 2WZIA 3WUEA 3IAQA 3VPLA 3ARRA 1WB0A 2QPUA 4DUWA 4CN4A 4TX6A 3NIYA 5ABFA 3OG2A 1E3ZA 4GZIA 4CD5A 5D8WA 3BSGA 1GCYA 2XVLA 1KB3A 5GNYA 3LPPA 9CGTA 2CEQA 1BYCA 3BAYA 1VFMA 1QI4A 3G6LA 2A3AA 2PC8A 1PX4A 3WENA 5DO8A 2UY5A 2YLLA 1O7AA 2PWHA 3AICA 5ABEA 4V28A 8A3HA 1V0KA 1HJWA 1C92A 2D23A 3AISA 1V6WA 5BXSA 3W6MA 1KXQA 1JZ8A 1UHVA 2W91A 3GTNA 1XV8A 2WYSA 3ZT6A 3QR3A 1KBBA 2YL9A 5HDRA 4MTVA 2VQUA 1W3LA 3AFBA 1E1EA 2W67A 3DYPA 2WCAA 1V08A 3DHUA 5AC4A 1J9YA 2CHNA 5D9OA 4X0NA 4MAZA 1MQPA 1CXEA 5CXPA 3PZOA 3N04A 3PZGA 5I23A 1KR1A 2WKLA 3WD4A 1M7XA 1MFUA 5E70A 2C0HA 5FL1A 2J25A 3N9KA 1C8XA 3S2CA 4PMDA 1BYDA 2BY1A 2GDUA 1R87A 2WKGA 3EMQA 4BQ3A 1W3HA 5E9AA 3GDBA 1EDGA 3L4ZA 1C7SA 2FHCA 4R5EA 1H0GA 1UKTA 5DEZA 2G3JA 3DYOA 3WNPA 5GPRA 2A3CA 2ZE0A 3AHYA 2E40A 4AD3A 4PBGA 3SCPA 4W93A 3KE0A 3GH7A 1TVPA 1KGUA 3CBWA 3RJYA 4AZ5A 4P8UA 4DWSA 4UOZA 4DWSD 1QOXA 1B3ZA 2CETA 1H41A 3OLEA 4P8WA 4NI3A 1WPCA 3WF4A 2CKSA 1WKYA 1ZBKA 2TAAA 4JL2A 1QW9A 2O9PA 2XGIA 5A8PA 3MU7A 1QW8A 4H41A 1CIUA 3WNNA 3GBEA 1NQ6A 1JZ4A 1H09A 5M17A 1R86A 2VVNA 3TTSA 1GONA 2WSKA 1WDSA 2IUZA 2CKRA 1GVYA 3L4UA 5DT7A 2D3LA 1HXJA 1F4HA 4OKDA 1UUQA 1L0PA 3MSGA 1NP2A 3W6LA 1M01A 3NUKA 2AOSA 1VFOA 4NF7A 1EHNA 5A2CA 3AJ7A 1X6NA 1B3WA 2NW0A 3AS2A 5I79A 2QPSA 1UYQA 1V3IA 3CIVA 2E0PA 4CUCA 1UD3A 3ALFA 4OOUA 3RPMA 1W9DM 3WQVA 5A6JA 3EDKA 1FA2A 5A6LA 4LYPA 3L4TA 4GZJA 5HPCA 5D9PA 1JZ6A 5CZKA 2AAAA 4DUVA 1XGZA 2YDSA 2D0HA 3BCDA 1NOWA 3WD3A 1GJWA 4GZEA 4D6GA 4CU8A 4KGLA 1W2VA 3A47A 4UQAA 1UR1A 1I1XA 1E43A 1ESWA 2DGAA 1E9LA 1N82A 2G3MA 3B9EA 2GJPA 4EANA 4M56A 2F8QA 1JI2A 4U5IA 3DECA 2XIIA 1OGGA 3ZJ7A 1UKQA 3BAKA 5EBAA 5FL0A 2WCSA 1KBKA 4W89A 4UOQA 2F2HA 4BZYA 5I78A 3VIMA 3LPGA 4HU0A 2J7BA 3WY1A 3ARUA 2WSPA 5LA2A 2E8YA 1FH8A 1J01A 1WZAA 1HJSA 3EDDA 1E70M 3WD0A 1LJYA 4U2YA 2OSXA 3UR7A 1RP8A 1QI5A 1TFVA 1TVNA 2VO5A 3BAXA 4HP5A 3WH5A 1US2A 1UD4A 5E0FA 3VD3A 3EDFA 1TZ7A 3NJ3A 5IXEA 2GK1A 4U2ZA 2WMKA 3CO4A 1UR8A 3SCRA 2WAGA 5CPSA 3CZ8A 3I3EA 1XYFA 1EH9A 2E4TA 2ZUSA 3IJ8A 3VTRA 4P7NA 4AIUA 4AY1A 2J47A 1DHKA 5C71A 1XSKA 3T0BA 4ZXLA 3THCA 4PYSA 1VRXA 5I6SA 2V3DA 4DUXA 3FN9A 4RE2A 3MMWA 4JHOA 4W7WA 1OGSA 3AIQA 3CZKA 4HA1A 1E56A 4QAWA 1VB9A 3NDZA 4CVUA 1SMAA 4F66A 4PMYA 2WVVA 3AMCA 3VINA 1J10A 1V02A 7TAAA 2VZTA 1C3FA 3FHAA 3U57A 4W5ZA 3WEOA 2VJXA 4XX6A 2D0GA 5HOSA 4HOXA 2WBGA 4W86A 3VGGA 1JXKA 4PTVA 3VIFA 3N13A 2GVYA 1ZL1A 2WC7A 3W27A 3PN8A 1TE1A 2WHMA 3KL5A 2Y8KA 1JI1A 3W81A 1PAMA 1E4LA 4NRSA 4WSKA 2OYMA 4ATDA 1Q6EA 4AXNA 1U2YA 3AHZA 4HU8A 1JG9A 3EDEA 1LWHA 2PWGA 3CUGA 2BS9A 3M6DA 1E6RA 4LQ1A 1J18A 3W82A 3EBVA 4WF7A 1MFVA 2ZWYA 2YA1A 5I77A 1E40A 1CXKA 1V0MA 5JIPA 3WIJA 1R7AA 3G6MA 3WH8A 1V3LA 4TVUA 1OGBA 4QFUA 3AIEA 3T08A 4D6DA 1XSIA 3WDIA 1J0HA 2WMIB 4EKJA 2DH2A 1OBAA 4B3KA 1ISWA 1A3HA 3WNOA 2EPOA 1E0XA 4HMCA 1Q6FA 2E9LA 2E9MA 3D5HA 1FFRA 3QOKA 4UCFA 1QI3A 4GQRA 1W9UA 3CZEA 6A3HA 4Q7NA 2X1IA 4AZGA 2DSVA 3ZJ8A 3BC9A 5HBFA 3K8LA 1X1NA 2XM2A 1D2KA 1QNSA 3MV11 1FP9A 1AMYA 4LPCA 4H04A 2A3EA 3J7HA 3PTQA 5A94A 1B3VA 4KRUA 3K8KA 4UFHA 5I24A 2ZX6A 1E4MM 1Q6DA 2FH6A 2BHUA 2WM0A 3GZAA 3LPOA 2GJXB 1LL6A 1CGYA 1JZ5A 2XWEA 2PWEA 1FH7A 4UQ9A 4IM4A 3NDYA 1ISVA 4WKFA 3SUTA 5I2UA 4GPNA 5IHRA 4WKHA 4UFLA 1BYBA 5JUVA 2UY2A 4PN2A 4F9JA 1R8LA 3BAWA 4C7FA 1UWIA 3II1A 3LPFA 1WDQA 4F79A 4AWEA 2OWXA 4MAVA 4AYSA 1A47A 1JIBA 1GOIA 3VD4A 4ACZB 3VMOA 4JFVA 2ZUUA 3OBAA 4U31A 1VFUA 1W91A 3T2QA 4CN6A 4GI9A 5BXPA 4D72A 1PZ2A 4HZ8A 3OIHA 1YHTA 2WC3A 3KL3A 1H1NA 3PZNA 4UZSA 1PX3A 4HA3A 1UR4A 4OZOA 3WD2A 4LYQA 3TTYA 3WFLA 1QI2A 1UWSA 3CH9A 1QNPA 1UD6A 2EQDA 4UFJA 5F7UA 1HKKA 2EXOA 3ZT5A 1E6NA 5CSYA 3VNZA 3UETA 1OINA 1NP0A 1QVBA 1E4IA 2CYGA 1B9ZA 3EYPA 4TOQA 1ITXA 2GFTA 1J0ZA 4YHEA 5CLWA 2VCCA 4MNKA 3CZLA 1CGTA 4W8BA 2VOTA 2CBVA 2PBOA 5CQ1A 1OD0A 5AC5A 2J7HA 1EDQA 1WE5A 5AYIA 3M46A 3CUJA 4XB3A 5BXRA 4BA0A 1KGWA 1W9VA 4DWSC 4PMVA 3WEMA 1CXIA 2V3GA 4M81A 1GNXA 3ARVA 3HJEA 4JFWA 4MB3A 2RGMA 4PMXA 3VIHA 2NT1A 2GDVA 2D20A 4UNIA 2BV9A 4UR9A 1JFXA 3WL0A 1OM0A 1E0WA 3WEZA 4JFTA 3BMWA 4CGTA 4JFUA 3AS3A 1FHDA 4W7VA 1TR1A 1BPLB 1M04A 3AHTA 1DWAM 3HMCA 1HJXA 4PSRA 1EOKA 4WIWA 5BROA 1E0VA 2CPUA 1B90A 3RIKA 2QHAA 4GXPA 2O9RA 4YHGA 3OGSA 1JAEA 4UZUA 5E6YA 1ZS2A 2ZOXA 2DSWA 3AMDA 2XVNA 2DPEA 4D1JA 1Q6CA 4PMUA 1E73M 4M1RA 3RM4A 2WC4A 1FP8A 3FHQA 4AZCB 4B9YA 3IAPA 3AS1A 3UCQA 3K1DA 2WHLA 4CU7A 3WQ4A 2DQXA 3VDBA 1JDAA 2IXUA 5I0DA 1J0YA 3GH5A 1HJVA 2DSKA 3NSXA 5FKYA 3VGBA 2WMJA 1EA9C 4TVCA 1HP4A 5A8MA 5JBFA 4D6CA 1B3YA 3VKKA 1CNVA 1K9EA 3N12A 3AXXA 1DEDA 2XFRA 4FLSA 1WP6A 2DT3A 2OYLA 4YN5A 2BVYA 5BRQA 2VI0A 3OZOA 4OOZA 5CPQA 3W0KA 1ZBWA 3ZJ6A 1VEPA 3WSUA 2DT1A 4MDOA 3AZRA 3AIUA 4PTWA 2VZOA 1G5AA 1VFFA 4UFMA 3MMUA 5E0CA 3MANA 3AIBA 2JIWA 1QI0A 3M07A 1UKSA 3BLPX 2BY2A 3B9DA 1ODUA 5IHSA 2VMFA 3BSHA 4A3HA 4U33A 1ZB5A 2J74A 3EMZA 4HZ6A 3WF1A 1WDRA 4IPNB 1U33A 1W32A 1WZKA 2J77A 4IUGA 1ISXA 3VD7A 4Z2JA 1V6UA 4E4PA 2WZHA 1MW3A 1BG4A 1KQZA 3ALGA 1D3CA 1UR9A 4PRWA 3SCNA 1V02E 3VNYA 1CXFA 4FF5A 2X0YA 2EPLX 5HNNA 4J3XA 4QLJA 1HP5A 4ML4A 4P8VA 4P7LA 2EO7A 4ZE4A 1PBGA 2ZXBA 3GBDA 2OWWA 3VOCA 1KGXA 2A3BA 2G4FA 3KZSA 1ZJBA 4OUEA 5FD0A 3RMEA 1UWQA 1ISYA 3AHXA 2WCGA 4CD6A 3HU7A 5BRPA 4V27A 1V0LA 3K8MA 2JEPA 3AMLA 5E09A 2BY3A 3CUFA 4P8XA 2O9OA 4TVDA 4AZ7A 1UH3A 1H4PA 1BQCA 5A2AA 1BFNA 4NZCA 2J75A 1CZ1A 3MUAA 2OWCA 4W8AA 2XVKA 2WANA 1W1YA 1KXTA 3RCNA 1VBUA 2W66A 2CIPA 1J12A 1NOFA 1XYZA 5A8NA 2CITA 2WK2A 4J3VA 1OWQA 3TA9A 1JYVA 1NWSA 3WUFA 3ECQA 1E6XM 3F4VA 1QHOA 5C70A 3AZSA 1VENA 4DM1A 2XUCA 2W5FA 1QPKA 1LQ0A 2WVTA 2PI6A 3FW6A 5D9MA 1TA3A 3ZSSA 3BMVA 4UQBA 2UWFA 3A4XA 3ARYA 3A6OA 3CMGA 1V6YA 4Q22A 3SCWA 3SCSA 1LG1A 4PUEA 2WMFA 4Y7EA 5DFAA 3ARZA 3GNRA 3MMDA 4J3UA 5A6KA 3VX0A 1MYRA 3POCA 2Y24A 3VO0A 5ABFB 3CHCA 2ZX7A 3AOFA 1Z32X 3GNOA 4PMQA 1UR0A 1GQKA 4AD1A 4H7VA 2X05A 1OCQA 1EOMA 3WELA 2JE8A 1JYWA 3WFZA 3K4DA 1BF2A 2Y5EA 4PEEA 1XD1A 2V5DA 3CPUA 4RE4A 4BQ4A 3AXHA 3AZTA 4W88A 4D6JA 1US3A 1FOBA 1E6SM 2FDMA 4H8UA 3K46A 4BQ2A 3GNPA 5CG0A 1JDDA 4H8HA 5A95A 3WD1A 3EDJA 2WMIA 3BXWA 3FXYA 4UFIA 3BH4A 4R27A 3NCOA 4U3AA 1W9XA 2YA0A 5BWFA 3ARWA 4OBSA 4JHZA 2JEQA 1JL8A 5ABGA 4H2CA 4J7RA 4ZENA 5EMYA 2VZSA 5D9NA 4TTGA 1I75A 3BAIA 4UTFA 2EPNA 2J8GA 2AMGA 3WMBA 2JF7A 2WB5A 4Z2IA 5GNZA 1SMDA 5LYRA 1VBRA 4J28A 1RD6A 2PB1A 5C8BB 4AMCA 1CTNA 2DT2A 1E71M 1GOWA 4D1IA 2VURA 3PBGA 1VAHA 1YQ2A 2V5CA 3QHMA 3GXDA 3UERA 2QF8A 4PMOA 2EJ1A 1GW1A 2J7FA 4HA4A 1UD5A 2YBUA 5E6ZA 4MB5A 4TUFA 1DWFM 3MS8A 3VD5A 2VT0A 1HL8A 4GKLA 3MUZ1 2FHFA 3VGEA 3SCQA 4QLLA 2XSAA 4OJYA 2XFYA 4UQCA 3VMPA 3I3DA 1HN1A 3DHPA 1BAGA 1JF6A 2CBUA 1H3GA 3AMGA 2V38A 5A6AA 1IT0A 3ZQ9A 2YL8A 1OT1A 3OA5A 3L4XA 5CLTA 3VIIA 3VMNA 3ZJKA 1W3KA 3U5YA 3AXIA 3L2MA 2YA2A 4TXEA 3UG4A 4UQDA 1MVYA 2VCAA 1FHLA 3E1F1 2PWFA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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Chord Diagram

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