4POCA

Structure of triosephosphate isomerase wild type human enzyme.
Total Genus 87
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
87
sequence length
246
structure length
246
Chain Sequence
SRKFFVGGNWKMNGRKQSLGELIGTLNAAKVPADTEVVCAPPTAYIDFARQKLDPKIAVAAQNCYKVTNGAFTGEISPGMIKDCGATWVVLGHSERRHVFGESDELIGQKVAHALAEGLGVIACIGEKLDEREAGITEKVVFEQTKVIADNVKDWSKVVLAYEPVWAIGTGKTATPQQAQEVHEKLRGWLKSNVSDAVAQSTRIIYGGSVTGATCKELASQPDVDGFLVGGASLKPEFVDIINAKQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Isomerase
molecule keywords Triosephosphate isomerase
publication title Triosephosphate isomerase I170V alters catalytic site, enhances stability and induces pathology in a Drosophila model of TPI deficiency.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 87
structure length 246
sequence length 246
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.2.3.3: Methylglyoxal synthase.
pdb deposition date 2014-02-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4pocA00
2W79A 3I7QA 3TROA 3BV4A 4CQ8A 1MSSA 5AYZA 3P5YA 2A4AA 1BWLA 4QIUA 1O5XA 1KBJA 1D3HA 3GR8A 1CW2A 2H3DA 1UUMA 4O0KA 3ZR4A 1DJNA 3S5ZA 1RVGA 2J27A 5F2MA 4DO4A 3B4UA 3TSDA 2VELA 1W3NA 1OFDA 2FIQA 3DHFA 4UFJA 4WOZA 4IGHA 3PUEA 1Z42A 3IGUA 3R8RA 4IXXA 5FESA 4K7VA 4UTWA 2O7QA 4JYDA 3FIGA 4RX0A 3S0CA 3M9YA 1ZAIA 4H6KA 3LCFA 3BLEA 1U5JA 3OEXA 5AHFA 3P7YA 4IXHA 4OHQA 1FCBA 3W86A 2CLEA 1KV5A 3O8AA 1LBMA 3LHTA 1JCLA 5AHNA 2ZYFA 3BK0A 4FX7A 4MKNA 4AF0A 3CWNA 3QJAA 1SSDA 3EXRA 3O6DA 3U2OA 2NWSA 3G22A 4BR1A 3H53A 2G5WA 3RNDA 3W2KA 4BF9A 3EWZA 3HJZA 3QF0A 3IIVA 2QJIA 1DORA 4HN4A 3LOTA 4FNSA 4Y96A 6ALDA 5LKYA 1I8JA 2OT1A 5T26A 4NU7A 5HUPA 3PSVA 5HMSA 3SW6A 4WXYA 4QNEA 3GAKA 3R12A 1VZWA 3CM4A 1A5CA 3PY2A 3RK8A 4PEKA 5DN1A 1TPC1 1KM2A 4QITA 3KRUA 1Q6OA 4GWEA 1VQTA 4ADTA 1TIMA 4MZ1A 3VKJA 3B03A 1JCNA 1EX5A 1W37A 2ZZ6A 3GLCA 5I3FA 2DP3A 4RR4A 1BTMA 2V0TA 8TIMA 2OX1A 1LYXA 1LOLA 5LZLA 4QM1A 3A22A 1K02A 2XN1A 1VLIA 1EP3A 2C18A 3M44A 3ZS4A 3KHJA 4Z08A 2A7PA 5F1VA 4TIMA 2C15A 5TQLA 1ZENA 5AHMA 5C55A 1VLWA 3D0CA 5K2ZA 2Z1BA 5KITA 1H61A 2YDAA 2ZRZA 2R94A 5K4ZA 3QRHA 4GFSA 4R34A 1G7VA 3IGSA 3TNOA 1OYBA 4FXSA 2ATSA 5I3IA 3QEZA 3IEBA 4UTTC 1A5AA 1AMKA 3GDMA 3ABOA 2F7FA 3G1XA 4WJEA 1RQEA 4A3UA 1IIHA 4TR9A 2PC4A 3L2IA 2ATMA 4FF7A 1W5NA 1TV8A 2YX0A 3A24A 1XUUA 1G7UA 3P80A 3QSRA 7TIMA 1ZNNA 4DF0A 3WJXA 3DAQA 4NJJA 3ATZA 4FNPA 4POCA 3FJLA 1W0MA 3RU6A 5I3KA 1A5BA 5CZSA 4MOZA 2QAPA 3NQ7A 3W7KA 3A5VA 3QW4B 3L67A 1JUBA 3MBFA 4J9JA 4KFPA 3N9SA 3L5AA 4UTWC 5D04C 3W1MA 2Q8LA 3DI0A 1H7PA 1JVNA 3E0IA 3FLUA 1NVMA 5LHFA 2OCZA 3P8JA 4GUIA 3QC3A 1JJKA 5U7SA 1GWJA 5CSRA 2R8WA 4ZQOA 3ZWSA 4PH6A 5AB3A 3C3NA 5GVJA 2CZDA 4A2RA 1FCQA 5CKSA 3EWXA 1JCXA 2ZRVA 3W7OA 3LHUA 3UZ5A 4IMEA 3G1HA 3W76A 3CU2A 4LS2A 2E77A 3KVMA 4EWND 3TQKA 4MVAA 4Y6GA 3W2LA 3DBPA 5F4WA 1MXSA 2C13A 2HSAA 1KLZA 3EWYA 1WYIA 3KX6A 4O14A 4YCOA 5G2HA 4OWGA 4FNQA 1W5MA 2EPHA 4QNWA 2WO5A 4I7UA 3WK3A 5AHLA 1FX6A 3PC0A 4O18A 3TV8A 4IPIA 1SU5A 5AHIA 3W7RA 3TQVA 4QQ3A 1KM6A 3QQ0A 3QYQA 4TU1A 3MI3A 5DCEA 3W6YA 1B3OA 1H51A 3Q2DA 4GUJA 4XBSA 2TPSA 1KTCA 1F73A 3FYOA 3TW6A 4JS3A 3TR2A 5SWUA 3G1AA 1IXQA 2NXIA 4JX4A 4JY8A 1FQ0A 2WNZA 3PM6A 5D2WA 2QDHA 5D2VA 3GDKA 1B4KA 2NX3A 3NQ8A 5EY5A 4GNJA 5I3HA 2YR1A 4WOQA 3M1ZA 1L6SA 1T96A 4TO8A 2QDGA 4LV9A 1TV5A 2QJGA 4O54A 5BMWA 1EB3A 1LOQA 4UTMA 1P0NA 3R13A 1FWTA 2XFWA 3LX9A 5DCBA 4KKXA 2JK2A 1OFEA 2NWRA 3C8FA 3LI1A 4S2BA 4WUIA 2J9ZA 3LERA 3C52A 4ZVJA 5EBUA 3EWUA 3P5ZA 1F6KA 3LB0A 3S1WA 5AC6A 3NO5A 4Z0JA 3QW3A 3G1FA 3VCRA 3HGJA 4BI6A 4LS1A 4NJKA 1WV2A 1ZCOA 5DXYA 1XBYA 1PV8A 5G2IA 1GVRA 2RH9A 4A2SA 3B06A 4JTLA 5D32A 2VFDA 1EWDA 3PG9A 1LCOA 4AEOA 3C61A 4GUHA 3M7WA 3O15A 1UUOA 3PULA 4CLMA 3BGGA 4M7TA 3N2XA 3LRKA 1SUXA 2ABAA 1W5QA 3SY5A 2Q3OA 3CEPA 2NUWA 2GJNA 2LLEA 3BVJA 5FF0A 3QFEA 3QPZA 1RPXA 1TV7A 5CSSA 3E9AA 4W9TA 4UTUA 5HJLA 3YPIA 2P0OA 4BI5A 3W87A 3Q94A 4TX9A 3MI2A 3P8IA 4FHAA 4PCFA 3W7LA 4O0ZA 1MEIA 1X6UA 3N3MA 1OX6A 5G2WA 4ZMGA 2NUYA 1JUKA 2H6RA 3W1AA 1HUVA 1LM1A 3EKLA 4JDYA 3LV5A 4LVGA 2CLOA 1EA0A 3MYPA 2Y62A 4JEQA 4O11A 3IIZA 2QCEA 4RCXA 4LC6A 1KFBA 3BO9A 1P0KA 3OVQA 3TFXA 4DO5A 4GUGA 3TQ0A 2DZPA 3L21A 2DZUA 5HINA 2QAFA 2XN2A 3HG2A 1C29A 5FF7A 3MW7A 1H1YA 4WY0F 4GC4A 2WSYA 3SR7A 3UXAA 1ICSA 3O1NA 1VYPX 2HS8A 2Z6IA 3RFAA 1DBTA 1F76A 2GOUA 4OQVA 2HTMA 5G4WA 3QMRA 5KINA 3HG4A 1OFRA 2VEPA 1H7XA 3HO8A 1XXXA 2WOQA 3LLDA 4CNNA 3FS2A 4EOUA 4LVAA 3GXNA 4FX8A 3A21A 5MHBA 1FY6A 2VFGA 3NYZA 3NR0A 2ZZ3A 4HNVA 3O05A 3W3OA 2FLIA 3LTYA 4XQ6A 1DQXA 1TQXA 3IV3A 4MFDA 3EX2A 4JTHA 3AJXA 2FQIA 1OF8A 4DEFA 3TC7A 2BLEA 2TMDA 4O8RA 5TIMA 1SW3A 3W1XA 4S1FA 1ME9A 2Y89A 5D05A 1KM4A 4K38A 1NSJA 3TSBA 3W84A 1ML1A 2G96A 3B04A 2QCFA 1R47A 3DKLA 5DBUA 2XN0A 4UIOA 1TJPA 2VEIA 2J9XA 3BARA 4WQ6A 2F84A 3W7JA 4DBDA 5CPNA 3O07A 4UTTA 1H7WA 3P62A 3E49A 3EX4A 3Q37A 3C2OA 5J5DA 2E6YA 2FFCA 2QCMA 3R5EA 4LUJA 4OGZA 3W1NA 1VR6A 3CLMA 3UY8A 1LBFA 2PE4A 3C56A 1TMHA 2EGZA 5G1YA 5K3VA 4HSOA 1BKSA 2YGYA 3GNNA 1TPB1 3ABQA 5EA9A 1K8YA 1AK5A 3VE9A 2PRHA 3L5MA 1WDWA 4OBTA 4YLWA 3WK0A 3DXIA 2ZZ1A 1OJXA 1GT8A 2UV8G 5K9DA 1IXOA 1JQXA 4LTSA 1GTHA 1SFJA 2ZZ5A 1YTDA 3PB2A 4XKYB 5LGZA 3PB0A 1S5TA 5EYWA 1WA3A 2JGYA 2OMAA 4O10A 4EVZA 3RMJA 4WX2A 2DJLA 3F4NA 4O50A 1OG0A 1TPVA 3DFNA 4MY9A 2TRSA 1I2NA 3LDVA 1KBIA 1ZY9A 5HWNA 1G4EA 1EP1A 3MO7A 4N9DA 2E09A 4JTFA 5K9XA 4QISA 5AC8A 4YL2A 2R91A 1OFQA 3O16A 3NQFA 3S42A 2QCDB 3B05A 4Z1DA 1G4PA 3DFPA 3ZWTA 1R2SA 4N6FA 3UPWA 1IXPA 1F05A 1H1ZA 2Y61A 4EIVA 3TJLA 4N2YA 1J5TA 4K37A 1R2RA 5KZMA 4XUGA 3G1DA 1MEHA 4IMFA 4PL2A 5CZ0A 1RQBA 4IX0A 3SECA 3G0XA 2X1TA 1QCWA 1W5OA 2CLLA 3VI2A 2A2IA 1EEPA 3BG3A 2Y88A 2I1OA 4IUOA 5HUOA 1L2UA 4X2RA 3LCLA 3M5VA 1HO4A 3HB9A 5CZTA 3GR7A 3E12A 5E0KA 4NX5A 2YZRA 2VFFA 4AB4A 3DGRA 3AO0A 1K8XA 2BTMA 4JX6A 4B5NA 3V75A 4GJ1A 4M5PA 4O57A 4YWIA 1ZFJA 3W07A 2H8ZA 3N73A 3W7DA 4HHPA 2A0NA 1OF6A 3UQNA 1KM3A 3FYPA 1YXYA 1YTKA 1QPNA 2DORA 3UPBA 3M41A 1TRIA 1Z44A 2V2HA 3U8GA 3EX1A 5HNRA 2WNQA 2A7RA 1E51A 2PRLA 3FJ6A 4WZHA 2RDTA 3K30A 4JX5A 4AMAA 3STCA 3KVKA 4O19A 1KLYA 4ALDA 5F2GA 1DV7A 2CW6A 3TCEA 1VH7A 5IBXA 2JBMA 3R89A 3P84A 1RD5A 1DKWA 3M5YA 1EP2A 2HS6A 4JYFA 1GEQA 1WOBA 4A21A 2A7NA 5HULA 4MY1A 4U4MA 3T4CA 3NAVA 4LT9A 5BRBA 3FEMA 1OX4B 3TW7A 1TPEA 4NNBA 3VE7A 1PHQA 3EX6A 3ZFHA 1OK6A 2NX9A 3S5OA 3W1UA 2QKFA 5FEXA 1XDLA 4IJBA 1C8VA 4FO4A 1L9WA 5BW6A 4OT7A 2X2GA 3HG5A 1LOSA 3LXCA 4FNUA 4JN6A 1KM5A 3TH6A 2V82A 3TDFA 3PBWA 4ML9A 2GVLA 5F2LA 2FPTA 4DF2A 1Q6LA 5H2ZA 1H7OA 4UTJA 1H60A 2RHGA 4JTIA 4MUZA 3M5ZA 3SIZA 3P67A 3NQCA 2A1YA 4NVTA 3TX9A 1H63A 4GRSA 1AL7A 3NPVA 2DZTA 4KFOA 3EX3A 3GDRA 3NDOA 4NZJA 2X1SA 1AW1A 4NUWA 3TUUA 3NM3A 1U83A 4AWTA 1SFLA 1YXCA 4UMCA 3W7QA 4O4WA 2A6NA 1SZNA 4UC5A 4Z1CA 1XCFA 5CPOA 4IQLA 4S2CA 1IIGA 2ZRWA 4GBUA 3TXVA 1LTDA 3NOEA 1KA9F 3G1YA 4HIBA 1EUNA 1OFPA 4O1BA 4O1DA 3NQVA 2NX1A 3NQ6A 3RLUA 3W2JA 1J4EA 3NQ2A 1NEYA 3O63A 2CZEA 4I9AA 1HFBA 4FNTA 3S1VA 5HR6A 1H5YA 1C9DA 2C0AA 5G1TA 3G18A 2DZWA 1FWWA 3HIJA 3NL6A 3LCIA 2VEKA 3DFSA 2QCLA 1FDZA 1Z48A 5HWMA 3W83A 4FIRA 3T78A 5C54A 2W0UA 4IMDA 4Q33A 1O4UA 4JGDA 3N2MA 2BZNA 3CTLA 2J6XA 1GYNA 4JTUA 1LZOA 3ELFA 4LY8A 3GX9A 1SR9A 4LU0A 2JKAA 2YCEA 4RK8A 1V7YA 2VXNA 3TKFA 1FCVA 2C16A 1TREA 2ZFAA 3HGSA 3MHFA 1VCGA 1DOSA 1RV8A 3GZ3A 3STEA 1KW1A 4UXDA 3THQA 1OFBA 1YDVA 1ZALA 3HGOA 1D9EA 5BNKA 4N4QA 3QSTA 3W22A 2P10A 3TU9A 1R2TA 3DZ1A 3BLIA 2V2CA 3GKAA 4AAJA 4OV9A 1VCFA 2ZZ2A 4P61A 1KFCA 3TE9A 4UUIA 4WY0B 3L65A 4P2VA 4ZQNA 3SGZA 5D2TA 3N14A 4JTEA 2FPVA 4QAIA 1HTIA 1LROA 4XKYA 3C4UA 3W72A 3RLVA 1PIIA 2D73A 1R30A 4N02A 1WOAA 2GQAA 4K7YA 5IBXC 1BEUA 2FJKA 4H3DA 2AQWA 3HF3A 5EPDA 4ONVA 3BPWA 3NZRA 5BOOA 2DZVA 1GVQA 3NVTA 4IWWA 4QJ1A 5DXXA 3F4WA 4JXCA 2QCDA 2E5BA 1XBXA 1TQJA 2QCCA 1JRBA 3TXZA 4JTKA 3W7MA 3LCGA 3DFOA 1TPFA 1GVFA 1VHCA 4PA8A 3B0UX 3LCXA 1YXDA 3C6CA 4AH7A 1TPUA 4K6AA 1SW0A 4EF9A 1T0OA 3MP4A 1R46A 3R2GA 5I3GA 1VGAA 3SJ3A 3OBKA 2CLFA 2QF7A 4BWLC 5KTLA 4LRSA 1KV8A 1TPDA 3O6CA 3PBVA 3UD6A 3NNTA 1NAL1 3TIMA 1WX0A 4NT0A 1DVJA 2NUXA 4O4VA 5EKYA 1S3HA 2IQTA 2FDSA 5FF4A 3KXQA 1HG3A 3L0NA 1N55A 3W1TA 4PTNA 5LGXA 3EB2A 4CQAA 3CC1A 1ZJIA 3I7SA 4MY8A 4XBKA 2Q3RA 2ZCGA 1I2OA 3KRSA 3N9RA 4UFHA 3S1XA 3FFSA 5I3JA 2BWGA 3CWOX 1GG0A 5CZJA 4G1KA 4L4LA 2E5CA 4MLRA 3TAOA 1B4EA 2H90A 2PRMA 4IMGA 1NFBA 3IIPA 4YMZA 4JYEA 3BW3A 2YFOA 3KVJA 1I2RA 1JQVA 1SZFA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4PEE A;  4W5U A;  2PUZ A;  2W79 A;  2WC7 A;  3I7Q A;  4DWS A;  3G6L A;  5AYZ A;  3P5Y A;  4DXK A;  4HU0 A;  1BWL A;  4RW3 A;  3FY1 A;  3EGJ A;  3DFH A;  3GXM A;  3TYD A;  1KCL A;  3SCN A;  1UUM A;  3ZR4 A;  1DJN A;  2J27 A;  3FK4 A;  3CUF A;  1JDA A;  3GC4 A;  5GQB A;  4D6I A;  2DGA A;  2VEL A;  1OFD A;  4UFJ A;  4JIE A;  4CKQ A;  3R8R A;  2UY4 A;  1S1R A;  4K7V A;  2J47 A;  4OEC A;  4Q4O A;  3HUR A;  4G7E A;  5FAJ A;  3LCF A;  1W1I E;  3BLE A;  3QGA C;  3VUP A;  1DIO A;  3KLL A;  5AHF A;  3P7Y A;  1EHA A;  4GVI A;  3W38 A;  3TON A;  2ISF A;  1A5O C;  4CN1 A;  1FWD C;  1LBM A;  3NEH A;  3CWN A;  3WBA A;  3EXR A;  5ECU A;  3CGT A;  4PBF A;  4PUW A;  3EWZ A;  4ROQ A;  4FNS A;  6ALD A;  1S2V A;  1JL8 A;  3IJD A;  3RPD A;  5T26 A;  4LUT A;  3EKG A;  3SW6 A;  4LAZ A;  4KCW A;  3GAK A;  1XV8 A;  4D6D A;  4PMO A;  3AUO A;  1XQK A;  1VZW A;  2OX4 A;  3WQV A;  4TVC A;  1A5C A;  5A6L A;  3CXO A;  4NAF A;  5DN1 A;  2E9B A;  1OB0 A;  3A12 A;  3IAP A;  1Q6O A;  4DXX A;  5J8L A;  4ADT A;  2D3N A;  1A5K C; 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