4PODA

Structure of triosephosphate isomerase i170v mutant human enzyme.
Total Genus 86
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
86
sequence length
245
structure length
245
Chain Sequence
RKFFVGGNWKMNGRKQSLGELIGTLNAAKVPADTEVVCAPPTAYIDFARQKLDPKIAVAAQNCYKVTNGAFTGEISPGMIKDCGATWVVLGHSERRHVFGESDELIGQKVAHALAEGLGVIACIGEKLDEREAGITEKVVFEQTKVIADNVKDWSKVVLAYEPVWAVGTGKTATPQQAQEVHEKLRGWLKSNVSDAVAQSTRIIYGGSVTGATCKELASQPDVDGFLVGGASLKPEFVDIINAKQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Triosephosphate isomerase I170V alters catalytic site, enhances stability and induces pathology in a Drosophila model of TPI deficiency.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Triosephosphate isomerase
molecule tags Isomerase
source organism Homo sapiens
total genus 86
structure length 245
sequence length 245
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.2.3.3: Methylglyoxal synthase.
pdb deposition date 2014-02-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4podA00
3GDMA 3M44A 2QJIA 3GDRA 1PHQA 1UASA 2RHGA 3LGEA 5BMXA 1SSDA 2QCCA 3L66A 4I9AA 3QMSA 4UTIA 4QITA 3FYOA 5D04C 3BPWA 3I65A 4WY0B 3MW7A 5HUOA 4UTMA 4BFAA 1PV8A 2ZZ7A 4JR5A 1V7YA 1XM3A 4AMAA 4BK9A 1X1ZA 3FKRA 3LV6A 4XKYB 3ZWSA 4LC6A 1TPB1 1WXJA 2ZZ4A 3TE9A 1TTPA 1OFEA 4TX9A 2DJXA 4FEZA 1H61A 3FYPA 1TJRA 3C2VA 2A7RA 4HT3A 3W71A 1GVRA 5AHNA 1PL9A 4LT9A 3P74A 1W5MA 1TV8A 1EA0A 2DZVA 4WUIA 1H5YA 4KWVA 3A9IA 3PM6A 1MSSA 1KV5A 3NDOA 4S2CA 5LNRA 2X2GA 4IX2A 4ORMA 5CZ0A 2B7OA 3TXZA 4WXYA 4ZQRA 4ZQOA 1ZENA 1FDZA 3LI0A 2JGQA 4R7JA 2CZEA 3IIPA 3IVUA 2QDGA 3W74A 1TPEA 4IXXA 2E5BA 2NXIA 3OIXA 3DFQA 3UWZA 3CB8A 4MJZA 2NV2A 4FHAA 4MY8A 4AWTA 3WK1A 2H6RA 5CGQA 3W1AA 1F6KA 1H7OA 2W79A 3W7MA 4AHQA 1NFBA 1ZAHA 3LCFA 3NEVA 4NNBA 2P10A 3I6RA 4MUZA 3S5ZA 1H63A 3TKFA 5BW6A 4X2RA 4O54A 5K4XA 6ALDA 3N14A 4ONVA 3FOKA 3KFTA 4FNQA 1N7KA 3NNTA 1K3UA 3QRHA 2QJHA 2RDWA 4ORIA 2C15A 1F2JA 1TSIA 1WOBA 2GVJA 1QPQA 3MBFA 4NJJA 1J2WA 3C56A 3GB6A 4IUOA 1QPOA 3W2JA 1M5WA 2NUWA 2ZQ0A 1VYRA 3TK7A 3W7EA 4O1AA 4X22A 3R5EA 3P81A 1H7WA 4RZ4A 3W7LA 1FWRA 5AN7A 1W31A 3VE7A 1HTIA 3KOFA 1DKWA 2E09A 1JVNA 3F4WA 1OFRA 3CTLA 3V1PA 1KW1A 4YCPA 1B9BA 2QJGA 2O7SA 2AAMA 3MHGA 3LDVA 2V0TA 3E9AA 1O60A 3NQVA 3SY5A 3L68A 4NZJA 1EWEA 1EX5A 1ADOA 3TFCA 3BLEA 3KXQA 3HOJA 2J24A 1RQBA 3TSBA 3A5FA 4MLRA 4LVDA 1I4NA 4PFMA 2WV8A 3U8GA 3DENA 4O0ZA 2GPTA 2VFIA 3ATZA 4Z1DA 1KM4A 4Y90A 1BTMA 4AF0A 5LNUA 3G1FA 4BWLA 2X1SA 1X1OA 4M6PA 4S2BA 1AL8A 4JGDA 1QAPA 4E0CA 1WBHA 4MY1A 1AW5A 3STFA 5FEWA 1OK4A 1TPFA 1A5BA 4JN6A 5I3GA 1IXNA 3NQDA 4AB4A 1AL7A 4LS2A 1KBJA 3IGSA 3UWVA 4YL2A 3OHIA 1KFCA 2JKPA 2R14A 1I2PA 3H55A 3GYEA 4JIQA 3RLUA 1FUYA 3LERA 4MIMA 3W1XA 4UC5A 3INPA 3L0NA 5CZSA 3S1UA 1KM2A 1YLVA 2V2DA 4FX8A 2CLLA 4UTUA 1EUNA 3MI2A 5AB3A 4KFPA 3DKJA 4JEQA 4FXSA 1T0OA 2RH9A 1ME8A 1A5CA 2YFOA 1AG1O 2A7NA 3V75A 5KMYA 4EWND 1R30A 3OVPA 4JTSA 2OT0A 1RVGA 2TRSA 3E49A 2UV8G 1TPH1 3C2RA 2IQTA 5HQEA 3IVSA 3PVFA 4W9TA 2OMAA 3SIZA 4IWWA 1ME9A 5FF0A 3LCGA 2QCNA 4CQAA 1F73A 4HSNA 1LRQA 3CIXA 2Z6JA 2CLEA 1OF6A 3FJ6A 3EXTA 1IXOA 2BTMA 2E6FA 1G67A 2YGYA 4LC8A 3PBWA 3HF3A 5HINA 1SW7A 3P62A 3LCXA 4ML9A 4K38A 1K7XA 2ZDRA 2DP3A 2FJKA 3TSMA 3O8AA 2CW6A 1G4PA 1JUKA 2FTPA 3TNOA 4CLMA 1WV2A 3TDFA 3SI9A 4FNRA 5D2YA 4NX5A 4O18A 1GVOA 5D2WA 4UNLA 5FEPA 2QCFA 3G1XA 1QDSA 3P61A 2QEZA 3M1ZA 3OVQA 1I2OA 5EKYA 1TPVA 4NZFA 2LLEA 3W1LA 4DF2A 3UPWA 1WAUA 3B0VC 4Z08A 2OX1A 3BARA 3UWUA 2WOQA 3GIYA 1J5TA 3P84A 3LCLA 3UY7A 4WJEA 3TH6A 1MXSA 2H90A 4AXKA 5F4SA 2JGYA 2P1FA 4RXGA 1H50A 1SO5A 4ADUA 3HJZA 5HR6A 5G5IA 1U83A 3G24A 3W2KA 3BG9A 3SGUA 4DO5A 5DCEA 3W2NA 1VCVA 4QNWA 3TJXA 4N4PA 4NT0A 1G4EA 1WQ5A 3EX4A 4GUFA 3UNDA 4BWLC 3JR2A 4FNTA 4PEKA 4OU1A 4CCDA 3KVMA 2DZPA 3B03A 3CWNA 4IMFA 1RZMA 5K9CA 3NL6A 3S5YA 3P8JA 2GUUA 4JY8A 1SPQA 1H51A 3DH7A 1CW2A 4ALDA 2WNNA 3W7OA 2JBMA 3NA8A 2Y88A 2Y63A 1XBZA 2A6NA 1PIIA 1ICQA 2GJLA 1EB3A 3LCIA 3S1XA 4LRTA 1ICPA 4UTWA 4ZQCA 4JNMA 1RPXA 4LU0A 5TBOA 3SECA 1D3GA 5EYWA 4JX6A 3G1SA 3TV8A 3LLDA 3C6CA 3HBLA 2HS8A 2KZHA 1VR6A 4HPJA 4AHOA 2Q8LA 1VQTA 1X8FA 1EP3A 2NLIA 4RJEA 4IXHA 1K02A 5HR7A 1GYNA 1JR1A 1DOSA 2VFEA 4NUWA 1NSJA 1QR7A 3CIWA 3F03K 1KFEA 5HUPA 2E1DA 5DXYA 2VC6A 3SGZA 1TV7A 2NXHA 3L0GA 5G1YA 1GZGA 4PH6A 3DKLA 5GVJA 4IMDA 1YPIA 2A85A 4KWWA 3CT7A 1LOLA 3TMLA 1GEQA 4WD0A 3TA6A 2C13A 1KV8A 2RKXA 2PRHA 4FO4A 1GOXA 1KM3A 2ISVA 3HG2A 2R94A 1DL3A 4Z1BA 5F1UA 3STEA 2RFGA 5F2IA 5DLCA 4NNCA 1JQXA 1GQNA 2Y7GA 3FKKA 4R53A 4X9SA 3W07A 2CZDA 1TTQA 2J88A 4JICA 4EVZA 3W7QA 3QPYA 3ATYA 3DI1A 2B7PA 1TPDA 3G0XA 4S1FA 2YW3A 4QM1A 1EWDA 3RLVA 4LWWA 3DFPA 3LM7A 5K7JA 3W84A 4PTNA 3TMQA 3BO9A 2V5BA 2HSAA 4EOUA 1NAL1 1DVJA 2DZTA 1FQ0A 3W23A 3EX6A 1P0NA 4P2VA 4RZ6A 1VCFA 1TREA 3MI3A 1EEPA 1VYPX 4IMGA 3LBCA 1L6SA 2A1YA 2E5CA 4OGZA 4HNVA 2C1HA 3W88A 1H7RA 3CHVA 1OABA 1L9WA 4O19A 3NL5A 3SFKA 3GZ3A 4MYAA 3PY2A 3SW6A 1O94A 1RR2A 2GQAA 4TMCA 4EIVA 3G0SA 2WO5A 3I7SA 4Z1CA 4A21A 3G3MA 4A29A 3PWAA 3VFLA 2QCDB 2NWSA 4FNPA 3ZWTA 4QQ3A 1RD5A 5CZTA 1TQJA 3NQ8A 3GVGA 3CM4A 3ELFA 1DORA 1JULA 2G96A 4LOCA 3W86A 2X16A 2TMDA 2PRLA 2NZLA 3SR7A 3DFSA 1YPFA 5DN1A 4KFOA 4YCOA 4O1CA 4IMCA 1ZFJA 4MPQA 1VGAA 2OT1A 1KTBA 1LROA 4N9CA 1OFPA 4UTWC 2FB3A 4FNSA 4HSOA 4E2DA 2CLHA 4I7WA 3WK2A 2Y62A 1MZHA 4RKAA 2ATSA 4CNNA 1N8FA 4O10A 5KTLA 4JTUA 4H6KA 4H3DA 3CU2A 4RZ5A 4NQ1A 4DPQA 4TR9A 3MO7A 2ZRVA 5DCDA 4FIQA 4GBUA 4AWSA 2Y7DA 4Y96A 1I2RA 1LP6A 1QWGA 3SJ3A 1Z44A 1FCUA 3TC6A 1PCKA 4I7VA 3R89A 2C14A 2BX7A 4MJMA 4UMBA 3PBVA 1W5OA 2QCLA 2JK2A 1P5BA 1W8SA 5LHFA 3GNNA 1I2QA 2DZSA 3MI6A 4FIRA 3QM3A 4MVAA 2WNZA 4ZQPA 3W7NA 3GNDA 1H60A 4XQ6A 2VELA 4ADSA 4JTEA 2V9DA 2CFFA 2ZYFA 1BWLA 4HPXA 1VHCA 2YYUA 2ZFAA 1OX4A 3W1QA 2YSWA 1LM1A 4HHPA 3FJLA 1OYBA 5AC7A 2NXGA 3P67A 5EMUA 4A3UA 3IIZA 1W5NA 4NX0A 3I7QA 3L5MA 4LRSA 4Q4KA 1R2SA 4AH7A 3Q58A 3EX1A 4ZZ9A 3B05A 5EPDA 3DHFA 1XFBA 4UTKA 5EA9A 3MYPA 5TQLA 3C0JA 1A5SA 3FIGA 4UTTA 3TX9A 3IV3A 4JTHA 4MFDA 4NXSA 1X7FA 1GG0A 3JS3A 2I9EA 3RU6A 1JRBA 4RV8A 3E12A 1O4UA 1THFD 2A0NA 5FI8A 3EKLA 2OZ0A 3R13A 3BV4A 1PVNA 4IPJA 3W6YA 2QF7A 3GXNA 4K6AA 3IEBA 1B57A 3PUEA 4QIUA 3LTSA 1LBLA 1EP1A 3P8IA 1JCJA 4QISA 3TJLA 3DXIA 3MP3A 1XUUA 2FQIA 4JD4A 1A53A 2QUUA 1RV8A 1ZJIA 1XBVA 1DBTA 1OFQA 1YXCA 1ZCOA 3M5XA 4JTLA 2GJNA 1N55A 2V5LA 1KM6A 1CX9A 3EWYA 3H54A 3MUXA 3KRUA 4JDYA 3U2OA 1YDNA 2QR6A 3L65A 4A2RA 3GX9A 3KX6A 1QFEA 2J9YA 1YYAA 4NU7A 1D9EA 4O57A 5HJLA 3NQAA 1Z41A 1IXPA 4JX4A 3WJYA 4Q32A 2AGKA 1SW0A 4BI5A 3KHJA 1G7UA 1IXQA 5DBTA 4O16A 4JTFA 1TPC1 5H91A 5CKSA 1SZEA 3W7IA 3G8RA 4U28A 2NUXA 1VC4A 1L6YA 4JIPA 2RDTA 4NJHA 1TV5A 2Y70A 3EWUA 3MYOA 4DPPA 3FLUA 1EP2A 4MKNA 1B4KA 4UTJA 5DY2A 3PAJA 2QDHA 3W87A 1KTNA 1XXXA 1LLWA 5SWUA 1DJQA 3CEUA 1FCVA 2QCEA 3DZ1A 1LZOA 2ABAA 2ZBTA 1VPXA 1LTDA 5A5WA 5F2MA 4LW7A 1BWKA 4MLJA 1HO4A 5AHLA 5LKYA 1ZHAA 2X1TA 3C3NA 4IGHA 3R12A 1H1YA 1K03A 3LI1A 3TQKA 4JYEA 4UFJA 2PCQA 3K30A 3RNDA 4MZ1A 1I45A 2A6LA 1F05A 1XI3A 1MO0A 3H53A 1EIXA 1JCXA 3QQ0A 4FX7A 3FA5A 1FY6A 3B8DA 5D37A 5KZEA 1W3TA 5K4ZA 1SR9A 3LHTA 2Y7FA 1QPNA 4O50A 2ZZ3A 1UB3A 1KM0A 3BW3A 2XN0A 4WXZA 3W7JA 1SUXA 3BLIA 1F74A 5DELA 2ZRXA 2NWRA 2PC4A 3GKFA 3LRMA 4UTTC 3QQ1A 2VEIA 1FXPA 5TIMA 2O7QA 5AC6A 4C1LA 1K8YA 2A7PA 3WK0A 2C6QA 1TO3A 3KRZA 1PCWA 3PG9A 2QKFA 3G18A 3HB9A 2ISSA 3N19B 2EKCA 1CI1A 5FEZA 3WJZA 4B5NA 8TIMA 4G1KA 2I1OA 5DBUA 5LNVA 2P0OA 2NUYA 3G1YA 1U5JA 4UFLA 2Z0IA 1AK5A 2QUTA 4OQVA 3O07A 1O5XA 3M5YA 3A22A 2GVLA 2H8XA 4IMEA 2ABBA 1QCWA 5H2ZA 1WYIA 4WOZA 3S9YA 5I3HA 4O52A 4HIBA 4AAJA 3C8FA 5F2GA 4Z0JA 1MEWA 1KA9F 5KSWA 3A5VA 4JS3A 1X6UA 3C2FA 3IGUA 3N73A 4H4IA 3G1AA 1GYLA 2NX9A 1W3IA 3QYQA 1R46A 1I2NA 2FLIA 2TPSA 4LNYA 1DHPA 1QMLA 3FS2A 3S5OA 2C3ZA 4O11A 4L4MA 1OYAA 5EY5A 3I7RA 4TO8A 3TAOA 4A22A 3IIXA 2OJPA 1QOPA 2QCGA 4HKPA 2G97A 2H8ZA 4UR8A 1M6JA 2HS6A 4AWUA 4XTIA 4AF0B 1ONRA 3NPVA 3VI2A 4QSHA 4N02A 4UMAA 4O14A 4K8HA 1JUEA 3W75A 3NPWA 5LNSA 3L2IA 1JJKA 2ISWA 3OA3A 3NQEA 3OVRA 4LTSA 2DU2A 2ZRUA 1HUVA 2NX1A 2QAPA 1QNVA 3I68A 2ZA2A 1XUZA 3N9SA 1SU5A 4O1BA 2FPYA 3LB0A 3ABQA 4M6QA 3THAA 2FIQA 3M41A 3EEGA 4UFIA 4N9BA 1T96A 4MY9A 5I3KA 2BSLA 5I3IA 2E5DA 2CLKA 4GUIA 2FDSA 3EB2A 3HQ1A 2E6YA 2ZZ1A 3M0ZA 4NJGA 3T55A 3HMJG 3P60A 1XCFA 2RDUA 1K8XA 3M16A 2G5WA 3WJSA 2CZFA 4LUIA 5FF7A 5HNRA 1VH7A 4UFHA 2VEKA 3QH2A 3PBUA 3D0CA 4K37A 1GPWA 3Q37A 1OK6A 2J9ZA 2J6XA 4BI6A 3IVTA 1KFBA 1PS9A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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