4PODA

Structure of triosephosphate isomerase i170v mutant human enzyme.
Total Genus 86
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
86
sequence length
245
structure length
245
Chain Sequence
RKFFVGGNWKMNGRKQSLGELIGTLNAAKVPADTEVVCAPPTAYIDFARQKLDPKIAVAAQNCYKVTNGAFTGEISPGMIKDCGATWVVLGHSERRHVFGESDELIGQKVAHALAEGLGVIACIGEKLDEREAGITEKVVFEQTKVIADNVKDWSKVVLAYEPVWAVGTGKTATPQQAQEVHEKLRGWLKSNVSDAVAQSTRIIYGGSVTGATCKELASQPDVDGFLVGGASLKPEFVDIINAKQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Isomerase
molecule keywords Triosephosphate isomerase
publication title Triosephosphate isomerase I170V alters catalytic site, enhances stability and induces pathology in a Drosophila model of TPI deficiency.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 86
structure length 245
sequence length 245
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.2.3.3: Methylglyoxal synthase.
pdb deposition date 2014-02-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4podA00
1JUEA 3R5EA 1SW3A 4MLRA 4I7UA 3W1TA 1ME9A 1AL8A 1GJPA 1Q6RA 3I68A 5AFDA 2JGYA 2QEZA 1T96A 3L5AA 3O05A 1G4TA 1GQNA 1XI3A 1F6KA 4ZQPA 2ABAA 1W5MA 1UUOA 1IIGA 3M0ZA 1VYSX 1XUZA 5CG7A 3UNDA 5MHBA 2PRLA 3RK8A 4GUIA 3PBVA 2C19A 2DZSA 1UBSA 3GAKA 2E5BA 2CFFA 3DU0A 2A4AA 3GDMA 5LNWA 4UTLA 1A5BA 1NF7A 2Y7EA 1XBXA 1XBVA 2FPTA 3DFOA 3W9ZA 1DJNA 4UTHA 1SZNA 3P67A 4R33A 3QH2A 4DO6A 4FF7A 4LVFA 1GVSA 3STCA 2OX1A 1MEWA 3MHGA 3LTYA 3W7DA 3HG3A 3HGOA 2I9EA 3FYOA 2YX0A 5H91A 1FXQA 3IGUA 3SZ8A 2Y70A 3QM3A 1OFDA 3PVFA 1G7UA 4LT9A 3QMTA 4PL1A 4XTIA 4WOQA 1F6PA 1L6SA 2X1SA 3BLEA 4JS3A 3L66A 1ALDA 3P80A 1WOBA 1A5AA 4K39A 2X1TA 3DFPA 4UTWA 5KZMA 5KTLA 3MO7A 3SR7A 3PAJA 4DBEA 3TU9A 3KRZA 3TQVA 4NUWA 3W72A 1IGSA 2G97A 1M6JA 1TTQA 5K9CA 4BF9A 3G1HA 3GR7A 1QWGA 2GQAA 4IXXA 2BX7A 2CLFA 4N02A 3VCRA 2E6AA 4UTUA 1XL9A 3NPWA 3C52A 3EWWA 3W2MA 2Y63A 1ICPA 3EKZA 2OT1A 3LCWA 3P62A 4NQ1A 1R2RA 3W87A 1KBIA 1Q6OA 1TMHA 3R89A 3TUUA 2XN0A 2CLOA 2E77A 4O15A 4N4QA 1ME7A 3WJSA 1LDCA 4XKYA 1JCXA 3LCLA 3HQ1A 1O94A 3KVMA 5GVJA 3WJWA 1FX6A 3KXQA 1LORA 3SW6A 1QOPA 3UYCA 1EIXA 3BLIA 4PFMA 1FDJA 1FCUA 3P81A 2A0NA 3CC1A 4PA8A 4R53A 1YXCA 1HFBA 1WAUA 1XDMA 3G22A 5BMXA 3TC6A 4WUIA 1AW1A 2J6XA 1O95A 3LHWA 1RV8A 3LCIA 1FCQA 4PTNA 4AEOA 1TREA 4MVAA 3DHDA 1F5ZA 3GIYA 4LRSA 2G96A 2ZZ4A 2ZDRA 3UD6A 1WA3A 2QKFA 2YXGA 3L65A 3PG9A 1KFBA 5U4NA 5G5IA 1GVQA 1N7KA 3N73A 3PR2A 1YPIA 4M6VA 4O13A 3N2MA 4ZZ9A 3P84A 2RDUA 1QDSA 4FB7A 2A5HA 4MOZA 4AVFA 2YFOA 4I7WA 3NG3A 3LCGA 5D2TA 4DPQA 3DFQA 5DY2A 3N19B 3CEUA 3Q94A 5K4ZA 1Q6LA 3WK0A 4LY8A 2XFWA 3BLFA 1LLZA 1VYRA 2I1OA 3FA5A 5AHNA 4UIOA 4BWLC 3O6CA 4L4LA 3DENA 3G0SA 3TC7A 1R30A 4KKXA 4LUIA 4WZHA 1WYIA 2ZRUA 3Q58A 5L6UA 1I2RA 2Y61A 5HINA 1C8VA 5CZSA 4JD4A 1ZALA 2ZRYA 3I6RA 3BO9A 4O11A 4O0ZA 1YLVA 1SR9A 3M44A 1SZFA 4NX5A 3ANYA 4OV9A 1A5SA 4LVDA 2C1HA 5FEWA 2JBMA 3WJZA 4JTLA 1FWTA 1FDZA 3HO8A 1VR6A 2HS8A 3N2XA 4QJ1A 4Y96A 1JRBA 2V0TA 1B9BA 1CI1A 4M5PA 3PC0A 4AHQA 4MZYA 3S0CA 1ZAHA 1C29A 3LHUA 1QMLA 3HOJA 1OK6A 3INPA 2RDWA 4UFIA 3HIJA 4YCOA 3P60A 3MJYA 1GG0A 4KFPA 1IXQA 2JK2A 2YYTA 4QNWA 5D2YA 1XFBA 4UTIA 4A2RA 4IJBA 4UTTA 1SO3A 4Y9AA 3RNDA 4YMZA 3HBLA 5G2HA 2QAPA 1UB3A 3CPRA 3FJ6A 3W7GA 2Z0IA 4HN4A 1K8YA 2Z2UA 3HPXA 2KZHA 3GXTA 4JY9A 1WBHA 4JDYA 3GDLA 3WJYA 2C18A 2NWRA 3TV8A 4Z1BA 3QW4B 3ZS4A 4E38A 2QUVA 2VENA 4EOUA 1H7OA 3W1PA 4O28A 3KVJA 3W2UA 5EY5A 5LHFA 1LM1A 1EP2A 2C16A 1ZJIA 3PBYA 1F74A 4RXFA 1OFPA 1TSIA 3RU6A 2ZZ2A 3S9YA 3R13A 3S1WA 3S5OA 3LLDA 3BW4A 5HUPA 3NYZA 4S2CA 1TPUA 3STGA 4GUHA 1SW0A 2WV8A 3O15A 1QO5A 3LX9A 4JTSA 3PF3A 5LGXA 1GZGA 4UFKA 1W3NA 1RQHA 2X2GA 3JR2A 3V75A 4RKAA 4Z1DA 4IPJA 4ZVJA 4O1DA 3N9SA 3QPZA 4UTMA 3G18A 3P7YA 3GK0A 1L6WA 4HPJA 2ZRXA 3G1YA 1YDNA 3M6YA 4Y90A 1I8JA 5C55A 2O7SA 3PULA 4A21A 4O14A 3KRSA 3LRLA 1LZOA 2FTPA 2G95A 2JKEA 5AYXA 3I65A 7TIMA 4O57A 3S5NA 1EWEA 1KFKA 5CZJA 4WJEA 4UTKA 3GNNA 4AHOA 1FQ0A 4FIRA 2ABBA 4MIMA 5AOUA 5KITA 1DL3A 3S1VA 1LBLA 4XWUA 1L6YA 3OBKA 3HJZA 1DQWA 4RR4A 2CU0A 1JCLA 3EX1A 1U5JA 1KM0A 4FEZA 2LLEA 4IQLA 1KTNA 2ISSA 3LI0A 1IXPA 1S5VA 1KBJA 1NSJA 2RFGA 3GZ3A 4M7SA 3NPVA 1PE1A 3B03A 5BNKA 4GUGA 1KTCA 3W7PA 4JR5A 1OFOA 4LUJA 4LOCA 1HO4A 3E96A 2CLEA 4PH6A 3T55A 5KZDA 5J5DA 4O18A 1LOLA 2WSQA 3NQ2A 3O8AA 2CLMA 4JTGA 3W23A 2ZCGA 1TIMA 3W1AA 1HO1A 5DCDA 1Q3NA 4IX2A 4DO4A 1VH7A 1R2TA 4ALDA 3G1VA 5DXYA 4FO4A 5FF3A 3I7SA 1PHWA 4JYDA 5K9DA 1LTDA 3EXTA 1OFAA 1TRDA 3W7HA 1K8ZA 1XBZA 3KVKA 3DI0A 1VLWA 3W1NA 1KM4A 2OJPA 2NLIA 2DZXA 4CCEA 5HNRA 2QF7A 3UZ5A 3TJXA 4MY9A 2J9YA 2NZLA 3KVLA 1JCYA 4W9TA 2RHGA 2ZTJA 3DI1A 5HR7A 2QCDB 5LKYA 5F2GA 1TPDA 1K8XA 5AHEA 1VPXA 1I4NA 3ATYA 3WK2A 4IMEA 1XUUA 3F1QA 4OV4A 3OVRA 3VE7A 4X3ZA 3B4UA 3L68A 3T7VA 4AH7A 4FNQA 1V7YA 4N9DA 4NNCA 1SQ7A 4FNPA 4YXGA 4LVBA 4PL2A 2TPSA 1TB3A 2EF9A 2E1DA 3NQ7A 3DAQA 1FWNA 1B4KA 4XUGA 3B8DA 3IVTA 1H7RA 4WOZA 4NXKA 1VRDA 3LXAA 2C14A 4HSNA 4U28A 1VZWA 5EYWA 3EKLA 4HIBA 1M7PA 3W7MA 5K2ZA 4LC6A 3W1RA 4GC4A 4LW7A 1GPWA 1TPH1 4UXDA 2WSYA 2B7OA 4OE7A 3C2OA 4FHAA 3GLCA 3CLMA 1OG0A 4OHQA 3CU2A 3DH7A 1OFEA 2DJLA 1SO6A 4HHPA 2QJHA 3THAA 2DZVA 4EWND 3HG2A 4RCXA 2VEMA 4HKPA 5I3KA 4UFMA 1B57A 2JGQA 2ISWA 2X1UA 5EBUA 2JKAA 3H55A 3M1ZA 4CQ8A 5F1VA 4NNAA 2FDSA 3EWYA 3TE9A 1G69A 1GWJA 2R8WA 4BI5A 3CB8A 2QCNA 4JYEA 4DPPA 1OFQA 3W71A 4XTDA 4MFDA 1EP3A 3PUOA 4JXCA 4POCA 1OX4A 1ZNNA 3CWNA 4NU7A 1VCGA 1WV2A 2E6YA 3MYOA 2P1FA 5EA9A 4HT3A 4ORMA 2YDAA 3LERA 4N6FA 4ZQRA 2A1YA 3NM3A 4J9JA 4UFHA 3M5VA 3TFXA 3NQVA 1F05A 2FB2A 5E1QA 4JX4A 3TQ0A 1W0MA 4IGHA 1J2WA 4O16A 2B7PA 4YCPA 4A2SA 4WY0A 2AGKA 4IPIA 4N9BA 3TSBA 1WOAA 4O10A 5C5YA 4QAIA 3BK0A 2BXVA 2Q3OA 2GUUA 5LNSA 3LB0A 4NX0A 1D9EA 3YPIA 4TR9A 1KFLA 1JCMP 2P0OA 3PUEA 5K7JA 4XBKA 1F2JA 3NL5A 4A29A 5K3VA 1K7FA 4HNVA 4HNNA 4EVZA 1X6UA 5AHFA 1DJQA 1GTEA 1JCJA 1NVMA 3RLVA 1DOSA 2EPHA 4LS1A 4LV4A 3FIGA 2YGYA 3IIXA 5DBTA 5ABTA 1QPNA 4D2JA 1OABA 2H8XA 1VCVA 2A7RA 3LHYA 1ZAIA 4GRSA 2CZDA 1LYXA 3TAOA 3T78A 4N4PA 1YYAA 4MPQA 1ZCOA 4WY0F 1IXNA 4UMCA 5KZEA 3GX9A 2WO5A 5DBUA 4DO5A 1TQJA 5TIMA 1PVNA 1QFEA 2DJXA 3LRKA 3TAKA 1I2OA 3MMTA 2TMDA 1GOXA 3OIXA 3LHVA 1TPWA 4BWLA 1XC4A 1PV8A 2BTMA 3FS2A 2Z6IA 1JVNA 2ZQ0A 2WNZA 2C3ZA 5I3GA 2RH9A 4DQWA 5DLCA 3CWOX 1VLIA 5E0KA 5G4EA 4MUZA 1ZY9A 3O16A 1AMKA 2E6FA 2W6RA 4FNUA 1R46A 2H8ZA 3W85A 1NF0A 4JTEA 1VJIA 1JUKA 3CIWA 2X1RA 4JTIA 4Q32A 3W7LA 4K6AA 1FWWA 2OZ0A 3C3NA 1OYAA 4NVTA 4WXZA 3W70A 1T8XA 1FY6A 5D04C 2VEPA 3SSJA 3MW7A 3THQA 4JX5A 4IUOA 3HMJG 5DELA 1G4EA 1TJPA 4YL2A 1G7VA 3VE9A 5FEPA 1TV5A 2QDGA 3B05A 2XN1A 4DF2A 2FQIA 2C6QA 3M16A 5AC7A 3EX4A 1KM3A 4RJEA 1SSGA 4P61A 2GVLA 5E93A 1D3GA 1YADA 4C1LA 4WD0A 3LOTA 4FX6M 4Q4KA 2DORA 5D2VA 2UV8G 3NDOA 2GQ8A 3MHUA 1W56A 1KA9F 4QITA 5HWNA 3UWQA 4CCDA 1DORA 3SFKA 4AF0A 3GNDA 1R47A 4UR8A 5A8GA 5CPLA 2J9ZA 3FLUA 3W7QA 3WK3A 1H7WA 4MY8A 1JULA 2ATSA 2QJGA 3Q37A 1MXSA 6TIMA 4G1KA 2NUYA 2TSYA 3M43A 5I3JA 1TV7A 4LC8A 5F1UA 4XKYB 3L0NA 4LU0A 3IIVA 2Q8ZA 2TYSA 3DXIA 4MZ1A 3C61A 3B0UX 4QNEA 3BW3A 4B5NA 1KM1A 2B7NA 1KTBA 4WX2A 1Z44A 5LGZA 3O6YX 4O17A 4E0CA 5AYZA 5G2IA 5CZTA 4O4VA 1DHPA 3MP3A 2ZA3A 3W83A 3QMSA 4XZ9A 2Q8LA 1A50A 3QF0A 3IGXA 2NX1A 1LRNA 4E2BA 4X22A 1FXPA 2GVGA 3F03K 2Z6JA 3GDRA 1K3UA 4FX7A 3MP5A 4FNTA 2GOUA 3NEVA 5AHIA 1G67A 3ABRA 4GBUA 2VFDA 3P82A 3QFEA 2QUTA 3PBUA 4LTSA 1MSSA 4XBSA 1KLZA 1QPOA 2PRMA 4EIVA 3SY5A 4UTJA 1BEUA 1QAPA 1WX0A 1XDLA 3G1FA 2V2DA 3UY8A 3FJLA 1ME8A 2GJNA 3HPSA 3TX9A 1DV7A 4AWSA 4O4WA 3MI2A 3UPBA 4GUFA 3MBDA 5EKYA 3L2IA 3TJLA 3BG3A 4JIPA 3O07A 3LHTA 4M6PA 2J88A 3FFSA 4LVGA 4EF8A 2NV1A 4IOTA 1W3IA 1FBAA 4JY8A 5CPOA 4NNBA 3UXDA 2V30A 3GYEA 4JNMA 2DZPA 3HGRA 2ZZ6A 3U8GA 3A5FA 5G1TA 1H61A 1XXXA 5C2XA 4HNTA 3FKKA 4JEQA 3KHJA 3LTPA 4OGZA 1OFBA 4QIUA 4TU1A 1VYPX 1NEYA 2V5LA 3TXZA 3N9RA 3FYPA 1OHLA 1KM2A 4M6QA 4JTJA 4CQ9A 3G1AA 3MWAA 5HWMA 5K4XA 3S1XA 3W73A 5BOOA 2CLLA 4NJIA 3CIXA 3DFNA 3VFLA 2FPYA 2HSAA 2VFFA 4UNKA 3SJ3A 1P4CA 1R2SA 3QW3A 3TR2A 3IIOA 2R14A 5G1YA 1Y0EA 4DELA 4KWWA 5CGQA 2QAFA 3GAYA 4Z0SA 2HMCA 1XCFA 2R91A 1ZENA 5F4WA 1MZHA 4TMCA 3BG5A 2WJZA 5CSRA 3NA8A 3W6YA 1SFLA 3CEPA 2FIQA 2Y7GA 3W7IA 2C15A 1KFCA 2F84A 5LNRA 2QCCA 3EX6A 5FEZA 4RZ5A 3C0JA 1I2PA 4H4IA 1JQVA 3C56A 3UWZA 1GG1A 2ZA2A 1DQXA 1OFRA 5CSSA 3HF3A 5IBXC 5DXXA 4CCCA 3LDVA 5D03A 3NVTA 2XN2A 4ADSA 1TCDA 4ML9A 3W2JA 3A24A 3UPWA 4ZQOA 1DKWA 1IXOA 3W88A 2DU2A 1H1YA 1W54A 4NJKA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2OQY A;  3R5E A;  2WKL A;  4MLR A;  4I7U A;  3W1T A;  1Q7M A;  1OCJ A;  1GHS A;  1GJP A;  1D3C A;  3B97 A;  1LWH A;  2JGY A;  1T96 A;  2J4G A;  3O05 A;  3WD2 A;  3CUH A;  1QXL A;  4LNC A;  1W5M A;  1BYC A;  3H2E A;  4RZB A;  2DVT A;  2J8T A;  1VYS X;  1XUZ A;  3GHU A;  5MHB A;  2PTX A;  4Q8M A;  5HAO A;  3KDO A;  1W2V A;  2VGF A;  2DZS A;  1UBS A;  3GAK A;  4KRU A;  2REQ A;  3GDM A;  3SUW A;  4UTL A;  1NF7 A;  1E15 A;  4ROP A;  1J11 A;  2Y7E A;  4V33 A;  2WWD A;  1L8P A;  2FPT A;  1CB7 B;  1V6T A;  1EZ2 A;  1DJN A;  2VX4 A;  4DO6 A;  1W17 A;  1V02 E;  3GTH A;  3STC A;  5I07 A;  3HG3 A;  4FZI A;  2YX0 A;  3GZA A;  5H91 A;  5DRI A;  4XUY A;  3BCJ A;  2CXE A;  1G7U A;  4G7E B;  4PL1 A;  4G1N A;  4WOQ A;  1F6P A;  3WQ4 A;  3DFP A;  1XQL A;  1C91 A;  1BTC A;  1CXF A;  3F7J A;  2W3Z A;  3PAJ A;  4TVD A;  4DBE A;  3KRZ A;  4JCL A;  4AD3 A;  1IGS A;  1WKE A;  3V36 A;  3V35 A;  2FHC A;  1M6J A;  4UCF A;  1VIW A;  3H24 A;  2J13 A;  3QR0 A;  3LY0 A;  2BG5 A;  2PWH A;  2INZ A;  1QWG A;  2GQA A;  4J35 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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