4PTVA

Halothermothrix orenii beta-glucosidase a, thiocellobiose complex
Total Genus 172
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
172
sequence length
445
structure length
445
Chain Sequence
IIFPEDFIWGAATSSYQIEGAFNEDGKGESIWDRFSHTPGKIENGDTGDIACDHYHLYREDIELMKEIGIRSYRFSTSWPRILPEGKGRVNQKGLDFYKRLVDNLLKANIRPMITLYHWDLPQALQDKGGWTNRDTAKYFAEYARLMFEEFNGLVDLWVTHNEPWVVAFEGHAFGNHAPGTKDFKTALQVAHHLLLSHGMAVDIFREEDLPGEIGITLNLTPAYPAGDSEKDVKAASLLDDYINAWFLSPVFKGSYPEELHHIYEQNLGAFTTQPGDMDIISRDIDFLGINYYSRMVVRHKPGDNLFNAEVVKMEDRPSTEMGWEIYPQGLYDILVRVNKEYTDKPLYITENGAAFDDKLTEEGKIHDEKRINYLGDHFKQAYKALKDGVPLRGYYVWSLMDNFEWAYGYSKRFGLIYVDYENGNRRFLKDSALWYREVIEKGQV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Glycoside hydrolase family 1
publication title Biochemical and structural characterization of a thermostable beta-glucosidase from Halothermothrix orenii for galacto-oligosaccharide synthesis.
pubmed doi rcsb
source organism Halothermothrix orenii
total genus 172
structure length 445
sequence length 445
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2014-03-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4ptvA00
2XWDA 3UERA 3BAYA 1WZKA 4W85A 1WDSA 3N1AA 1MW3A 5DT7A 1NARA 5CGMA 1LF1A 1H49A 2FGLA 2NT1A 4K68A 1GJUA 3GH5A 4HU0A 4QAWA 1UR0A 1W1PA 1PX4A 4EK7A 4KMQA 3HMCA 2VNCA 3WUEA 2JALA 2Z1KA 2WZEA 3ARPA 4J7RA 3NJ3A 4E8CA 1UHVA 1JYWA 2VX6A 1B3VA 4XV0A 3WFLA 4GPNA 1JZ6A 1HNYA 4WKAA 5A95A 2PBOA 4JKMA 1EO7A 3VIPA 3CUFA 2GJXB 5A1AA 4JKKA 4PSRA 2CHNA 1LLOA 1DWJM 3M6DA 3ZJ7A 3RM8A 1JXJA 4KWUA 2ZX9A 4GI8A 4PMQA 2EPNA 4AYSA 5EMYA 3IAQA 4YHGA 1QHZA 4F66A 3ZSTA 3THCA 1I1WA 4AD1A 5C71A 3WY1A 1B3YA 4UZUA 3EDJA 3SCWA 3LPFA 4AD4A 3M7SA 2PBGA 2J7FA 1QHOA 4UZSA 3DYMA 4CVWA 4UFKA 2VCAA 3DYPA 1OM0A 1QW8A 1HN1A 4MJ2A 4ATLA 1BVNP 2C0HA 2VTFA 1C8YA 5HXMA 1UWTA 5GNXA 5ABFB 2CERA 3L2LA 4FMVA 3UR7A 1UD5A 4LX4A 1NM9A 1B0IA 5CLTA 2WMHA 2G3IA 4ZFMA 4MB5A 1UZ4A 2WMIA 5HNNA 4AZGA 1UZ1A 2QF8A 3FXYA 1VBUA 1G94A 2W62A 4UOJA 4W8AA 1QI3A 1UD2A 5E6ZA 2WZHA 3AS2A 1V6XA 5CZKA 4PUDA 3VIIA 1E1EA 1VRXA 2CCRA 4AISA 1UH4A 4Q7NA 1HXJA 4FF5A 1V3HA 2Y4SA 1GOIA 1IT0A 2EEXA 4X9YA 5DO8A 4AD3A 2CEQA 2DH2A 3WH9A 1IZKA 3WEZA 4D1JA 1SYTA 2VR5A 3EYPA 5EBAA 4Z2HA 1WKYA 4DWSD 3SUUA 4Y7EA 2WVTA 1US2A 1A3HA 2ESCA 4NZCA 1GJWA 1PIFA 4V2XA 4EE9A 4OBSA 2ZX7A 3W53A 6A3HA 3BAXA 2XFRA 3VX0A 1ODUA 2DSWA 1OB0A 4TXEA 1IV8A 1N82A 4B3LA 1EGZA 1CGXA 4PN2A 1OD8A 3WELA 1CXLA 3SCNA 3MKKA 1UQZA 1M03A 2F8QA 1NWUA 1UKQA 5HOSA 4M81A 1D7FA 4E4PA 2ZWZA 4ZE5A 1CLXA 3OLIA 5BRQA 4AZCB 1QBAA 3RM4A 2VUYA 2YIHA 2Y5EA 2TAAA 3AXIA 2HVMA 1JYVA 4AZHA 4AZIA 9CGTA 1XCXA 3AROA 1NP2A 4DWSA 3ARRA 3VM7A 2EPKX 1JXKA 4AEFA 5CSUA 2WPGA 2D3LA 1L0PA 4CU6A 4MPKA 1LQ0A 3VGGA 4YHEA 4H8VA 4CVUA 1CNVA 4C7DA 5DT5A 4UQCA 4U3AA 2V3DA 3AYRA 4D6GA 5JIPA 1ITCA 3ARTA 3AISA 4U5IA 3D3AA 3BH4A 4TX6A 1BGGA 1KGUA 4ATDA 1X1NA 1UUQA 1U2YA 4NI3A 2ZUTA 2CESA 1CEOA 3AZTA 4U2ZA 3TTSA 3VU2A 3FAWA 2PWDA 3O2LA 2WSPA 3NSXA 1KCKA 1B90A 3N17A 1R8LA 3RMEA 4N0RA 2O9OA 5A2BA 3WD0A 2J77A 3ZMRA 1W3LA 2XVGA 3WBEA 4HU8A 4W5UA 3WMBA 3AHTA 3KEHA 1H5VA 1E55A 4ZXOA 3N15A 3OLDA 3WF1A 1KFWA 3WSUA 2XVKA 1I1XA 2J7HA 2NT0A 2BY0A 1B30A 1C7TA 2ZUNA 2FDMA 1CPUA 1YHTA 2JEPA 1ISZA 1CLVA 1GQKA 3LPOA 4KH2A 3BSGA 2YL8A 4U31A 3WQWA 1FP8A 2CYGA 4P7LA 3WL1A 2WKGA 2QPUA 1AQHA 2WK2A 2WSKA 3AMDA 3A4WA 3GDBA 3W27A 1QNQA 1J0YA 3W28A 5BROA 3VIKA 1EQCA 4AIEA 5BRPA 4P8UA 3WD3A 5A8PA 4NSBA 1E43A 1JZ8A 3AHVA 4J3TA 1W9UA 2PC8A 3VVGA 3ARQA 3CZEA 4GZIA 2XVPA 1U30A 1KXTA 5DEZA 2WHMA 3OGRA 2GVYA 1QI2A 1NWSA 1XH0A 2J75A 3PZMA 2BVDA 2W67A 3EBVA 1PX8A 3AYSA 3SCUA 3OZOA 3VUPA 3GXDA 3K8LA 5E9AA 3EDDA 2D20A 4Z2KA 1GHRA 2G3MA 3B8SA 3O6AA 2RGMA 4PCTA 4F8XA 4GINA 4DM2A 3NIYA 1W9BM 1W1VA 1O6IA 4BQ4A 4AZBA 2WCAA 2WVVA 3L4ZA 1UR9A 3N13A 3PHAA 2VMFA 3W37A 1JZ7A 3AI0A 3WNKA 3KE0A 2WC4A 4W87A 3A3HA 5HPOA 4FLQA 4CD8A 1FP9A 3CBWA 4IM4A 4UOZA 3LPGA 1K9DA 2PWFA 1AVAA 1B3WA 1J10A 1DWFM 4D6FA 3FY1A 4HA3A 2YL6A 4FLOA 3CTTA 3I3EA 2DPEA 1QOXA 1PIGA 1FA2A 4BA0A 1UWSA 3SCRA 5A3HA 5BXPA 1R87A 4UQDA 4H41A 4P7NA 2YDRA 1NP0A 2VX4A 4UQBA 1JDCA 1JGIA 1RP9A 2VI0A 4ATWA 1DHKA 4BQ3A 5IFPA 3ZOAA 3K1DA 4B9YA 4W89A 2PWEA 1XYFA 2O9TA 5AYBA 2WWDA 3L4TA 2VX7A 1BSIA 5A6SA 4GZEA 5D4YA 2D24A 1ODZA 3TTQA 2ZX8A 3MV11 1Q6GA 3WD1A 1V3JA 3MUIA 1MQQA 2O9RA 3ALFA 4ACYA 1XHGA 1V0KA 4MAVA 2PI6A 1CXEA 1SFSA 3ARSA 3WH5A 2DSUA 1C7SA 4AMCA 2BNJA 2BV9A 3TA9A 5D8ZA 1NQ6A 4OOUA 4TTUA 5A6JA 4P7QA 1ZS2A 4R27A 5D8WA 1XD0A 5AY7A 1UR1A 2J4GA 3L4XA 1G5AA 3TTYA 4WK9A 1G1YA 1V0MA 4R5EA 1CTNA 3J7HA 3VMNA 2WVVB 3WNOA 2VCBA 8CGTA 2WLYA 1PZ2A 4GIAA 3VD9A 5I79A 2XWEA 4GO9A 4LQ1A 1HVXA 3BAWA 4H2CA 2FH6A 4U2YA 1DTUA 1C91A 4B16A 1CXFA 2DSZA 4UTFA 1FOBA 1DEDA 1W9XA 1KR0A 2WW5A 4CD7A 1RP8A 1TVNA 2CBVA 1BYCA 1GVIA 4GQRA 1E71M 1CDGA 2OSXA 1BG4A 3AZSA 2ZXQA 3SUWA 4TUFA 3LMYA 4P8XA 3IJ7A 4Z2IA 1OT2A 3FAXA 1HVQA 3ZSSA 1OGSA 3AMCA 3MUY1 2VZUA 4MNLA 3VPLA 5CPQA 5A8OA 2BVYA 4AD5A 1S46A 2E4TA 5C8BB 4ZENA 2A3HA 1GNXA 1UH2A 5BXSA 1VFUA 4JAWA 1HP5A 3GNPA 5A6MA 3M46A 3U7VA 2YL5A 2V3GA 4D6EA 4WSJA 4GZJA 4TVCA 5BYWA 4GI6A 1DWIM 2YA0A 3WH6A 1J11A 3FN9A 2VZVA 4JFWA 5E70A 3GH4A 3PZOA 2WLZA 2X05A 1W9PA 5DFAA 3AIUA 4BQ5A 3BAKA 1GQIA 2GJXA 1GUVA 2J7DA 2WANA 3FHQA 3GH7A 2ZOXA 4FK9A 4HTYA 5CSYA 1DWGM 4D6CA 1MQRA 3K4DA 1DWHM 1GQJA 1KGWA 2YDQA 1LWHA 3JUGA 2D0GA 4CGTA 1M7XA 3QOMA 1W91A 2E9MA 3MMUA 2YA1A 1EH9A 3THDA 7CGTA 4UNIA 1UWIA 2QLYA 1UD3A 4RL3A 3F5LA 5IDIA 4U33A 2XSBA 1UWRA 3B9AA 2NSXA 1C3FA 5BWFA 5JIWA 4IPLA 4PTXA 2AMGA 1FH8A 3WDIA 2B31A 5A8QA 3WDRA 2XIIA 4YPJA 7TAAA 3VIFA 3VINA 3CUIA 4S3KA 1QI5A 1M53A 2VZOA 1J9YA 4U5KA 2O92A 4AEEA 2GDUA 1E70M 4M82A 5ABFA 5CXPA 4W7WA 1KQYA 1J0JA 2BFGA 1W32A 5FCZA 1V02A 2GSJA 1HJUA 1E4MM 2ZXBA 1GVYA 5FL1A 1CXIA 3OZPA 4ACZB 5I23A 1ZU8A 1BVZA 1U33A 1VAHA 1EHAA 2G8ZA 1MFUA 2EPMX 2UY4A 2OYMA 1HKJA 2W63A 2E3ZA 3BAJA 3W6LA 1GOMA 4CD5A 4X0NA 3VIMA 1LWJA 4UQ9A 1V3KA 1JDDA 1WDRA 4E2OA 5GQBA 1UR4A 3F4VA 5BXTA 3VD7A 5TD4A 2VRKA 3CHDA 6CGTA 1NOUA 2NW0A 2W66A 2XSAA 2D22A 3AICA 1J0KA 1MQPA 2XM2A 5GNZA 3T2PA 3WBAA 2E40A 1E0XA 1ZBCA 1ECEA 5LA2A 2O9PA 1D2KA 5I24A 3UEQA 1E6SM 4ML4A 4WF7A 4F9JA 1UKSA 3AFBA 3T0BA 5FKYA 1HJVA 2DIJA 2DQXA 1JFXA 3WENA 1DWAM 2GUYA 2ZUVA 4FLSA 2ZUWA 2VVSA 3EMZA 2X1IA 1BQCA 4AZCA 1GHSA 2VVNA 4ZXLA 1HKKA 2YDSA 1MXGA 1PBGA 4P7OA 3KL0A 1E15A 2VQUA 4DUXA 4PTVA 4H8HA 4AW7A 1WE5A 1E72M 1CXKA 1XV8A 3WF3A 1MVYA 2D3NA 1ZJAA 4H04A 1XH2A 2IXUA 2X0HA 4PMVA 2V3EA 3DHUA 4ZEPA 3PBGA 3T08A 1UD6A 3FW6A 1C8QA 3WNPA 4IUGA 3EDEA 1V3IA 4H8UA 1TG7A 4W8LA 1K9EA 1JIBA 2EXOA 1VBRA 4Z2LA 5IFTA 4N42A 2WKLA 1E56A 3N9KA 1UR2A 3BSHA 2PWHA 2XPKA 2JF7A 1E40A 1OD0A 4UFMA 5I5RA 4XB3A 4W86A 5LA1A 1K9TA 4JL1A 4OJYA 3W26A 1CECA 4PBGA 2BHZA 3F5JA 3SCSA 1I75A 4H7VA 2ZUSA 1TE1A 5HDRA 2DH3A 2ZX5A 4D6DA 1W9DM 1J01A 1WDQA 4LXFA 3A47A 5IHRA 1X6NA 3SCPA 1LL4A 1EOMA 1HJWA 1QBBA 4AD2A 3BLPX 2DEPA 4JFVA 1WZAA 4PMDA 4CN6A 1VJZA 4CN4A 2QPSA 1V3LA 3CMGA 4JFSA 1V08A 2J7CA 3T09A 1G0CA 3RO8A 4AC1X 5FOOA 3MV01 1Q6DA 3W38A 4NRSA 4MAZA 2ZXDA 2Y8KA 1EO5A 2EPLX 1W1YA 3UCQA 2D0HA 1BLIA 3QOKA 1J0ZA 3MO4A 4P8WA 1ISVA 3ZT5A 1UD4A 3HN3A 2UY3A 4D71A 3OGVA 3HU7A 2CKSA 2UY5A 2DSKA 3NUKA 2C8NA 3WUFA 1X6LA 1ZB5A 1V0NA 1V6YA 2BY2A 2VZSA 2CETA 2WCSA 4QP0A 3AIWA 3VIJA 3AMKA 3IANA 3OGSA 4V28A 4PUEA 4AIOA 3CZLA 4M56A 2HISA 2J7BA 1K6AA 5EFFA 3VKKA 2A3BA 4P8VA 3SIMA 5M17A 4OUEA 2QMJA 1CYGA 2VZTA 1JD9A 1CXHA 2X0YA 1SMDA 1E3ZA 1PEZA 1JZ4A 2E9BA 3AS0A 2DGAA 4MB4A 3DECA 1LJYA 5FIPA 3QHOA 2OSYA 2XYLA 3ARVA 4A4AA 5ABHA 3ZJ8A 3ZO9A 4D6HA 4WKHA 1HL8A 2VRQA 5E0CA 1E6PA 2XVLA 2D23A 1E9LA 3IK2A 4KRUA 3K4AA 4PMZA 3GBDA 3OLEA 1WB0A 4JKLA 1JDAA 1QVBA 2XHYA 3W4RA 1JZ2A 1TFVA 3SEPA 5AC4A 1JYNA 1E4IA 3GBEA 1B9ZA 3ALGA 2E8ZA 4NRRA 2EO7A 1AQMA 2JIWA 1QI4A 2XIBA 5CPTA 1UR8A 2E8YA 5FD0A 3F5KA 4HOXA 1UKTA 3CMJA 3WH7A 1MYRA 1V6UA 4D72A 4CD6A 4W8BA 1J18A 3OA5A 2WXDM 1GONA 1HJQA 1NWRA 1E73M 1BTCA 1UWUA 3GXIA 1BYDA 4MTVA 4BF7A 4UOQA 1FH9A 3CZKA 4JIEA 2VT0A 1LG2A 3L4YA 4ZE4A 1CGYA 4QCEA 4QLKA 5A69A 1NOFA 4UFLA 1GORA 2J8GA 1OINA 3T2OA 1QW9A 4HZ7A 2DT3A 2FHBA 1UD8A 1G01A 4EAMA 2DSVA 3AS3A 2XVNA 2GJPA 4CU8A 1JNDA 3DHPA 4PMYA 3BCFA 3VGFA 2OWXA 1GOKA 5KEZA 1RH9A 4HZ8A 3E1F1 1XCWA 3AMLA 3VDAA 3QGVA 5ABGA 4PMUA 4HZ6A 4OOZA 1CGVA 1OBAA 4LGXA 5DMYA 3VMPA 3LPPA 2VR4A 1E0VA 3ARXA 3T2QA 2GDVA 4AIUA 2VL4A 1IZJA 3DYOA 1XRVA 6TAAA 3OLGA 2BY1A 5I78A 1W3JA 2G3JA 4IISA 5M5DA 7A3HA 3VNYA 3WKZA 1C8XA 3PN8A 3AIEA 2WMKA 1NOWA 3T0DA 3RCNA 2VQTA 1QNPA 1JF5A 4PMXA 2CKRA 4BS0A 2WYSA 3VD3A 4UR9A 2BHYA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2XWD A;  3UER A;  3BAY A;  1WZK A;  4W85 A;  1WDS A;  3N1A A;  1MW3 A;  5DT7 A;  1NAR A;  5CGM A;  1LF1 A;  1H49 A;  2FGL A;  2NT1 A;  4K68 A;  1GJU A;  3GH5 A;  4HU0 A;  4QAW A;  1UR0 A;  1W1P A;  1PX4 A;  4EK7 A;  4KMQ A;  3HMC A;  2VNC A;  3WUE A;  2JAL A;  2Z1K A;  2WZE A;  3ARP A;  4J7R A;  3NJ3 A;  4E8C A;  1UHV A;  1JYW A;  2VX6 A;  1B3V A;  4XV0 A;  3WFL A;  4GPN A;  1JZ6 A;  1HNY A;  4WKA A;  5A95 A;  2PBO A;  4JKM A;  1EO7 A;  3VIP A;  3CUF A;  2GJX B;  5A1A A;  4JKK A;  4PSR A;  2CHN A;  1LLO A;  1DWJ M;  3M6D A;  3ZJ7 A;  3RM8 A;  1JXJ A;  4KWU A;  2ZX9 A;  4GI8 A;  4PMQ A;  2EPN A;  4AYS A;  5EMY A;  3IAQ A;  4YHG A;  1QHZ A;  4F66 A;  3ZST A;  3THC A;  1I1W A;  4AD1 A;  5C71 A;  3WY1 A;  1B3Y A;  4UZU A;  3EDJ A;  3SCW A;  3LPF A;  4AD4 A;  3M7S A;  2PBG A;  2J7F A;  1QHO A;  4UZS A;  3DYM A;  4CVW A;  4UFK A;  2VCA A;  3DYP A;  1OM0 A;  1QW8 A;  1HN1 A;  4MJ2 A;  4ATL A;  1BVN P;  2C0H A;  2VTF A;  1C8Y A;  5HXM A;  1UWT A;  5GNX A;  5ABF B;  2CER A;  3L2L A;  4FMV A;  3UR7 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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