4PTW | Genus

Total Genus 167

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	167
sequence length	445
structure length	445
Chain Sequence	IIFPEDFIWGAATSSYQIEGAFNEDGKGESIWDRFSHTPGKIENGDTGDIACDHYHLYREDIELMKEIGIRSYRFSTSWPRILPEGKGRVNQKGLDFYKRLVDNLLKANIRPMITLYHWDLPQALQDKGGWTNRDTAKYFAEYARLMFEEFNGLVDLWVTHNEPWVVAFEGHAFGNHAPGTKDFKTALQVAHHLLLSHGMAVDIFREEDLPGEIGITLNLTPAYPAGDSEKDVKAASLLDDYINAWFLSPVFKGSYPEELHHIYEQNLGAFTTQPGDMDIISRDIDFLGINYYSRMVVRHKPGDNLFNAEVVKMEDRPSTEMGWEIYPQGLYDILVRVNKEYTDKPLYITENGAAFDDKLTEEGKIHDEKRINYLGDHFKQAYKALKDGVPLRGYYVWSLMDNFEWAYGYSKRFGLIYVDYENGNRRFLKDSALWYREVIEKGQV

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

molecule tags	Hydrolase
molecule keywords	Glycoside hydrolase family 1
publication title	Biochemical and structural characterization of a thermostable beta-glucosidase from Halothermothrix orenii for galacto-oligosaccharide synthesis. pubmed doi rcsb
source organism	Halothermothrix orenii
total genus	167
structure length	445
sequence length	445
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date	2014-03-11

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00232	Glyco_hydro_1	Glycosyl hydrolase family 1

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	4ptwA00

1B90A 5CQ1A 1TZ7A 1MQRA 2HISA 2WKLA 1CBGA 2YLLA 1HN1A 3N11A 1UOKA 1H5VA 2WMJA 4AZCA 3QR3A 3POCA 3L4YA 1QOXA 3CGTA 3BLKA 3SCPA 1GHRA 2CESA 7A3HA 1FOBA 6A3HA 1ISVA 4KWUA 3B9EA 4L4PA 1C7TA 1XC6A 3PZIA 5LA2A 1HJSA 1V3IA 4P7OA 3WBEA 3BAXA 4CCCA 1TA3B 1TUXA 4LYRA 3D5HA 3ALGA 3W4RA 1ISYA 1HKMA 1EOKA 3IAQA 5HPCA 3FHQA 5BYWA 2BFGA 1TVNA 1R7AA 4LPCA 3IANA 4CN1A 3NJ3A 3WY1A 3VDAA 4UFKA 2CBUA 4ZE5A 1CXFA 2VJXA 2ZXBA 1JAEA 4FMVA 3NYDA 2X0YA 3MV11 4MAVA 4HMDA 4UQBA 5FIPA 1EA9C 1SMDA 2YA1A 3WNOA 1GOIA 1OM0A 4GQQA 4QCEA 1HP5A 3PZMA 1KQYA 5M03A 3WFZA 3F5JA 4H04A 1J9YA 4Q22A 1JFHA 3MANA 3U7VA 1E4MM 1DWJM 5A95A 1ITCA 1UH2A 1LG1A 2UY4A 4OBSA 4JCMA 1VEMA 4GO8A 1H41A 2YLAA 2WMIB 2W62A 2FHFA 1HL8A 4S3JA 3MMUA 3W82A 4QDMA 1H09A 1CXIA 2DPEA 4ACYA 4IISA 3VGEA 5HDRA 2WC7A 3LMYA 2JALA 1XYZA 1XH2A 4PMYA 1XD0A 3AIRA 2WCSA 5BCAA 1UKSA 1ZB5A 5IHRA 2YA0A 2QMKA 2G3JA 2EEXA 3WD3A 1G1YA 3A6OA 5I78A 5CGTA 4FK9A 1GHSA 4D6DA 4WKFA 5AYBA 1Q6FA 4DUXA 2VX7A 4Z2GA 1B31A 1M03A 2WHMA 3T09A 3TONA 4C7GA 2EPMX 3II1A 3LPPA 4BA0A 3N9KA 1WP6A 3UETA 2Y4SA 1NOWA 2BXZA 5IHSA 2F2HA 2VX6A 3AXXA 2FDMA 1Q6GA 1TVPA 5A2CA 1KBKA 1YQ2A 5D9OA 4JL2A 3CLWA 4NI3A 4W7WA 1E0WA 1G9HA 2DDXA 3U57A 4HPGA 4NRSA 1CXKA 1SYTA 3DECA 3TOPA 8A3HA 1E0VA 1G01A 3PZ9A 3PZUA 2BY2A 4F79A 4U31A 1W3KA 3CZLA 2JEPA 3OZOA 4UFJA 4WKHA 2WHKA 3WQ4A 4CD5A 2GJPA 1BGAA 5GNYA 3VD3A 3ZJ8A 5LA0A 3N17A 1E4IA 4UOZA 1MWOA 1OIMA 4MNLA 4U33A 1J11A 2ZUVA 3WQWA 4DUWA 4HZ7A 2XWDA 4PTVA 1JZ8A 3PHAA 1LLOA 2JE8A 3I3DA 4GPNA 2OWCA 4AZ7A 1W1VA 3A4XA 2D0HA 1G94A 3A47A 2WMIA 2XVNA 4CCEA 3VM5A 3AHZA 1GOOA 1W91A 3NDZA 3WIJA 3AMGA 5KEZA 1C8XA 1W9XA 3IJ8A 1CENA 4UQAA 3WMBA 3W28A 5DF0A 4U5KA 2JF6A 3GXMA 1J10A 4JFVA 1NP2A 4BQ4A 3OBAA 3WUBA 5CLTA 3ARSA 1MW1A 4C7DA 4JKKA 4N0RA 4OIFA 1UA7A 1QHZA 4HZ6A 1K9TA 4D6GA 3BAIA 3VILA 1O6IA 2BVDA 1PX3A 3OGRA 2XFYA 1OBAA 4OJYA 1GVIA 5CPTA 4QAWA 2VR5A 1JXKA 3UCQA 3F5LA 1LF1A 2J7EA 4QLLA 4NRRA 1FP9A 4J28A 2WXDM 1TG7A 2CBIA 4AMCA 2WHJA 3AMCA 3WD1A 1BG4A 3FHAA 4J7RA 1WZAA 3GNPA 5IFPA 1EQPA 4W85A 3VMOA 1MYRA 5CJ5A 2EBNA 4M29A 4W7UA 4AZGA 3ZR6A 1E4NA 1JDDA 1NP0A 2V3FA 1QW8A 3MSDA 3BH4A 2CNCA 3OGSA 2V3GA 1BVNP 3J7HA 2A3EA 4ZENA 4M56A 1UUQA 2CEQA 2VCBA 2G8ZA 3VIJA 4W7VA 2J78A 3WH9A 1UD2A 3GNRA 1V6WA 5KZ6A 3W29A 3GYCA 1WDPA 4KRUA 1ESWA 4UOJA 5GPRA 1XYFA 1ZU8A 3RM8A 3TP4A 3WKZA 4H41A 2VO5A 3NIYA 1W1TA 1TR1A 1ZBWA 1OCQA 1XCWA 4M81A 1EH9A 2DSUA 4LGXA 1E4LA 3O2LA 4JL1A 1DWFM 4H8UA 1JZ2A 1UD5A 3NSMA 3SUSA 3AZSA 3UG3A 4AZ5A 1MFUA 2BNJA 2CIPA 1KXHA 1VJSA 4UQCA 4CN6A 1CECA 3HMCA 3HU7A 2Y8KA 2X8RA 4UCFA 3GM8A 1AQHA 4R27A 3FW6A 3WDHA 1H11A 4XZWA 5A6BA 4YPJA 1G5AA 3SEPA 2XIBA 3L4XA 1OGGA 2XYLA 3AIVA 4DWSB 1UKPA 4Z2IA 4X9YA 3L4UA 2G41A 2J7HA 1US3A 3ECQA 4P8XA 4NZCA 2CERA 3AYSA 2YJQA 2GK1A 5FD0A 1K6AA 3VIFA 1CEOA 2CKSA 2J47A 4F8XA 2X1IA 5GNZA 2EPKX 3SCQA 3ZIZA 2X09A 1JI2A 3RM4A 4MTVA 1LG2A 2XVKA 4XV0A 2WW5A 2D0FA 4OOZA 5I77A 1VEPA 1LL7A 3CHEA 2J4GA 2WPGA 5CGMA 1RPKA 4HA4A 4W8BA 3WQ6A 4J3SA 3VNYA 2YL8A 1B3XA 4MNMA 1JD7A 4MB3A 3DYOA 4AIEA 1UH4A 3ZMRA 4MNJA 2E9LA 2G3MA 4JCLA 2GDVA 3MMDA 2PWHA 1TMQA 3L4TA 2E9MA 2J7CA 3A4AA 1W2VA 1BGGA 3AFBA 4PEEA 1CNVA 3VMNA 2D3LA 3BAKA 4MB4A 5FKYA 3QHMA 2D22A 2J7FA 2WSKA 4RL3A 4PMXA 3UG4A 4UQDA 1BYCA 2Y24A 1JYVA 1E6SM 1RD6A 3WEZA 2WMFA 2X05A 5A8NA 3GZAA 3QHOA 4D6IA 3MU7A 3OLEA 1DP0A 3W0KA 1JDAA 2XG9A 4W5ZA 3KL0A 3EDDA 2E8ZA 3GDBA 1US2A 1CDGA 1UD6A 4GZJA 4AD0A 4QLKA 1B1YA 4AEEA 1JYNA 5C71A 1J18A 2ZXQA 4AZCB 2XSAA 3RILA 2NW0A 1Y7VA 4ACZA 1JYXA 4W89A 4JKMA 5I2UA 2J7GA 1V3LA 2BHYA 3UEQA 2BHZA 3AMDA 2WANA 1JG9A 2O9RA 1V02A 3SCRA 3CUHA 5A6LA 4CN4A 2WVSA 5D8WA 2O9PA 1JZ5A 1SFSA 5CLWA 2V38A 2VOTA 3BSGA 5AC4A 2VQUA 2WWCA 4HA3A 1Q6DA 1UWIA 3KEHA 1DWGM 1OD8A 3TA9A 3MUZ1 1FP8A 5M5DA 2AMGA 5E6ZA 4ZEPA 2D20A 5AYIA 3AMLA 5A69A 2CETA 1SMAA 3MKKA 3OLGA 1HJWA 4AD1A 1U30A 2JF7A 3WFLA 2FH6A 4UQ9A 2D24A 3OG2A 1JD9A 1GPFA 3T0AA 1QI2A 1UR0A 2BVTA 3ARWA 1QNQA 3VDCA 4PCSA 1EIBA 1EDGA 3KL3A 3AXIA 3T0DA 3N13A 3WNKA 1EHAA 1XV8A 2VR4A 3NSXA 1NM9A 1PX4A 1MQQA 4ATWA 2PI6A 4JFSA 3ARQA 4YHGA 4B16A 4UOQA 2WMKA 1OT1A 1IV8A 2PB1A 1CGWA 1I75A 2GVYA 4FF5A 3KL5A 3K46A 1EO7A 2VNCA 2VVSA 1CGUA 4D6CA 4GI9A 2YBUA 4AZ6A 1XCXA 3WH7A 2UY3A 1A3HA 4PTWA 4AEFA 3ZJKA 1WE5A 3EDEA 4GIAA 4WK9A 3WF4A 2VRQA 3EDKA 2UY2A 3OZPA 1KCLA 3K4DA 1GQJA 4LQ1A 5DT5A 4ATLA 3KE0A 2VI0A 4WLCA 3BCDA 3N15A 3T2OA 1HXJA 4F9DA 3BSHA 3GXDA 3WN6A 2XHYA 2Y5EA 3M6DA 4UZSA 1X6LA 4MDPA 5ABFB 1HT6A 4WSJA 4AD3A 1XSIA 2W61A 1C91A 1UR2A 3VKKA 4H2CA 4HA1A 3S2CA 3OB8A 4UQEA 2VX4A 4CGTA 4PMNA 3SUWA 2G3NA 3WH8A 2O9OA 1E6ZA 1L0PA 1XGZA 1CYGA 1W3HA 2YL9A 3MUIA 5BWFA 2WK2A 5GNXA 1JF6A 3DHPA 4XX6A 1B30A 1M53A 1UQZA 3VGFA 4Q7NA 5FOOA 1FFRA 1KGWA 3AYRA 2D3NA 1D7FA 4XB3A 3SCNA 4H7VA 3AHTA 1V6VA 4UFLA 3L4VA 1ISZA 1V3HA 3AIQA 1C92A 4IPLA 3WF2A 2NT0A 3VU2A 4AD2A 5E0CA 4PMZA 4HMEA 3SCVA 2XVGA 2WVTA 2OWWA 1XH0A 2WVVA 4CVWA 2GJXA 4JKLA 2EXOA 5IFTA 2UY5A 1EQCA 4QLJA 4TOQA 3THCA 3T2QA 1HKKA 1QBAA 3ARVA 1CGYA 4QP0A 1C93A 2VZUA 5D9NA 1JI1A 4GO9A 4CVUA 5FL0A 3WD2A 5A94A 3CHFA 1W9BM 5DT7A 2PF0A 3RMEA 1ZL1A 3WQ8A 3WUGA 4KMQA 2J75A 2Y8VA 3RO8A 5AC5A 3BMWA 3K8LA 5ABFA 2E0PA 2GUYA 3W38A 3AIEA 4U5IA 1C8QA 2W92A 1Q6CA 5FCZA 3BAYA 1E6XM 5BXPA 5M17A 1QBBA 3NUKA 2IUZA 4TX6A 1GVYA 4CU7A 2PWFA 3N12A 3LPGA 3WQ5A 2OSYA 5D8ZA 2G3IA 5ABGA 3FN9A 1ODZA 2EPLX 1UA3A 2VVNA 3IJ7A 1KQZA 1KB3A 2XJ7A 3VO0A 1KGXA 1GOQA 1JXJA 5A8MA 1ZJBA 3AZTA 4MDOA 5DFAA 1MVYA 1TFVA 3CZGA 3RIKA 1ISXA 4GI8A 7TAAA 2E3ZA 1EHNA 3SCTA 1J0YA 1I1XA 2F8QA 1UQYA 3QHNA 3VMPA 2CCRA 3T0BA 5C8BB 3VIOA 2RGMA 1KCKA 4MJ4A 1R8LA 4GINA 2GDUA 5A6KA 2CHOA 3FY1A 3FXYA 4E4PA 2ZUWA 2QMJA 4Z2JA 2VT0A 1UR1A 1JZ7A 1BVZA 3FAXA 1H1NA 2A3BA 2J8FA 4UFMA 2BY3A 3EBVA 3NCOA 4Z2LA 3VX0A 3W24A 5CXPA 3DC0A 3ARUA 4QCFA 2D2OA 2XGIA 4N42A 1WZLA 5JBFA 1WPCA 3AHYA 1E5NA 5AY7A 1HJVA 2Q8XA 1GJWA 3W6MA 1UYQA 3EMCA 1UWQA 3W26A 4ZXOA 1HNYA 1W1YA 4LX4A 4E8CA 2DIJA 2IXUA 3AS3A 3CHDA 1AQMA 1VB9A 1NARA 2XVPA 1JF5A 2XIIA 4W5UA 3S6TA 1E3ZA 4JIEA 2GK1B 3B8SA 2WMHA 5IDIA 3WBAA 1NWSA 4UFIA 1HX0A 5M3WA 4GI6A 1N82A 1VF8A 1GQIA 5D9MA 1D2KA 5A6SA 1QI5A 3OLDA 1AVAA 2DT0A 2BY0A 8CGTA 1S46A 4PTMA 4BZYA 1JGIA 3FNDA 3ARRA 2VURA 1AQ0A 1KXQA 1PEZA 3BLPX 4A3HA 4XUYA 2CHNA 3WH6A 1UWRA 5EBAA 3B9DA 4MB1A 3EYPA 1WNOA 1FHLA 4QFUA 4CD7A 3OGVA 3MS8A 2A3HA 1UD8A 2FHCA 4P8VA 1PAMA 1R87A 4P8WA 1LJYA 1UR8A 4W87A 5CSUA 1NWRA 1V0LA 2FH8A 1VJZA 1IZKA 1L8NA 5BXTA 2DQXA 1JYWA 5E6YA 1W3LA 2X2YA 3EDFA 2WC3A 3WUEA 1QW9A 1J01A 4P7LA 1VFOA 2XSBA 3VNZA 2CKRA 4GZIA 3AROA 2JIEA 3MV01 1DWIM 3M7SA 3ZOAA 1NQ6A 4AZIA 3ARZA 3PZGA 4WSKA 3VDHA 2DH2A 1MXDA 1B2YA 3MMWA 1HF6A 5LA1A 2XFFA 3N1AA 2XWEA 1X6NA 3VD4A 2FGLA 4BS0A 1E15A 4DWSD 2WHLA 5EB8A 4JZ5A 2D23A 1JDCA 1NWUA 3AZRA 2IXVA 1KFWA 4ACZB 2NSXA 1DHKA 2VTFA 1KWKA 5I5RA 4RE3A 1CXHA 1OSEA 1LL4A 3UR7A 4WF7A 2FGZA 5ABEA 3OLIA 3BAJA 1ZBVA 1NOUA 4J3TA 3THDA 1VFFA 1QNPA 1JNEA 1J0IA 2OSXA 2C0HA 3WF3A 4BQ2A 2Z1SA 4HU0A 1W9VA 3ALFA 2YDQA 1FA2A 4HOXA 1BHGA 3IJ9A 3VGBA 4TVCA 2XFRA 4BF7A 4GZEA 1PIFA 1E6NA 1G0CA 2WCAA 4JAWA 2W66A 2YDSA 4ZFMA 4B9YA 2ZE0A 2VCCA 2MANA 3VTRA 2BVYA 2ZX9A 1OINA 2VMFA 2XVLA 1WZKA 4BCEA 4PMOA 5E0FA 1B3YA 1GQLA 2DIEA 4J27A 1C3FA 1E55A 3N18A 2DGAA 1E56A 1GNXA 4AIUA 3M07A 3ARXA 3GXIA 3N04A 5EMYA 1NOFA 4PSPA 4EE9A 3AIBA 4L4OA 3ZM8A 3ZSTA 1B3WA 2OYKA 2VUYA 3L4ZA 5HNNA 3VD5A 1FH7A 1P6WA 2WB5A 3CMJA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 2W4X A;  1BAG A;  2J8G A;  5JIW A;  4PMV A;  1HKI A;  2RGL A;  1GOR A;  1VBR A;  2OYL A;  1PZ3 A;  2QV4 A;  5JIP A;  3UR8 A;  1UZ1 A;  1JFX A;  1KXV A;  3B9A A;  3VIM A;  4RE4 A;  1J0H A;  4PMQ A;  3SUT A;  1BSI A;  3POH A;  4W93 A;  3CZJ A;  3K8M A;  4AXN A;  4LXF A;  3ZT7 A;  1E43 A;  1W9P A;  3HN3 A;  1BYD A;  2YOC A;  5A8O A;  1H0I A;  1QVB A;  3GNO A;  1E3X A;  4P7Q A;  3WEL A;  4PSR A;  5DO8 A;  4ZXL A;  3W6L A;  5JUV A;  4WJX A;  4DM2 A;  1CLX A;  4AZH A;  3AS0 A;  4EKJ A;  4ATD A;  1EDT A;  3EDJ A;  3I3E A;  3RPM A;  5A6J A;  2CXG A;  2DSK A;  3W27 A;  5D4Y A;  5EFF A;  3LPF A;  5A2B A;  4EAN A;  1OB0 A;  4D71 A;  4IPN B;  5CPQ A;  1BF2 A;  2J7B A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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