4PTXA

Halothermothrix orenii beta-glucosidase a, glucose complex
Total Genus 175
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
175
sequence length
445
structure length
445
Chain Sequence
IIFPEDFIWGAATSSYQIEGAFNEDGKGESIWDRFSHTPGKIENGDTGDIACDHYHLYREDIELMKEIGIRSYRFSTSWPRILPEGKGRVNQKGLDFYKRLVDNLLKANIRPMITLYHWDLPQALQDKGGWTNRDTAKYFAEYARLMFEEFNGLVDLWVTHNEPWVVAFEGHAFGNHAPGTKDFKTALQVAHHLLLSHGMAVDIFREEDLPGEIGITLNLTPAYPAGDSEKDVKAASLLDDYINAWFLSPVFKGSYPEELHHIYEQNLGAFTTQPGDMDIISRDIDFLGINYYSRMVVRHKPGDNLFNAEVVKMEDRPSTEMGWEIYPQGLYDILVRVNKEYTDKPLYITENGAAFDDKLTEEGKIHDEKRINYLGDHFKQAYKALKDGVPLRGYYVWSLMDNFEWAYGYSKRFGLIYVDYENGNRRFLKDSALWYREVIEKGQV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Hydrolase
molecule keywords Glycoside hydrolase family 1
publication title Biochemical and structural characterization of a thermostable beta-glucosidase from Halothermothrix orenii for galacto-oligosaccharide synthesis.
pubmed doi rcsb
source organism Halothermothrix orenii
total genus 175
structure length 445
sequence length 445
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2014-03-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4ptxA00
3PTKA 1UWUA 3IAPA 2E4TA 3K1DA 4AZGA 1BTCA 3D3AA 3WH5A 5E6YA 3SCNA 4LYPA 2BHYA 4CN1A 4XZWA 2JFEX 1EXPA 4WKHA 4CVUA 2EEXA 3PZUA 3CZKA 4CKQA 4PCTA 2BV9A 1JF6A 4UQBA 2BVDA 1CEOA 3AIUA 3AIWA 3W53A 1JZ3A 2ZUWA 2YJQA 4OBRA 4WSKA 4OKDA 3BLPX 3LMYA 1JXKA 2OSWA 4D6FA 4MAVA 3WDQA 4XB3A 1W32A 4HOXA 4U2YA 3TTOA 1BG4A 1UYQA 4TVCA 4Z2KA 1OM0A 4E8DA 3GZAA 3EMZA 3EMQA 3WL1A 4AZIA 2BY2A 2WC3A 4AD2A 4BA0A 4HA4A 1E40A 1CYGA 3NYDA 1ESWA 2YA1A 1GUVA 4XUYA 5CPQA 3VILA 5C8BB 1Q6GA 3AIQA 2VVSA 1G94A 4C7GA 5FL1A 1OD0A 1M04A 4S3KA 1W9BM 2VMFA 3RJYA 3QHMA 1GPFA 1CGXA 3AJ7A 1CXFA 4FK9A 4ZENA 1IZKA 1WZAA 3VGHA 1BYAA 3N1AA 5JBEA 4MADA 3GXDA 4YPJA 2V3GA 2EPKX 4Z2HA 1MW2A 1H41A 3W38A 2BY1A 2JF7A 1BSIA 1BYBA 4JKKA 5CGTA 1J0IA 3BLKA 2VRJA 1CENA 2WVTA 3CUGA 2XGBA 4TX6A 1UUQA 3OLDA 1OB0A 1BHGA 2PWFA 4M81A 3FHAA 4Z2JA 3SUWA 1W91A 3B9EA 1XCXA 1XSJA 4ACYA 2BXYA 1XRVA 2PBGA 3FXYA 1C7SA 2J8GA 4B9YA 3M6DA 1B0IA 1V0LA 1UA7A 2J47A 2VNCA 3L4VA 4W8BA 4A3HA 1KCLA 2A3HA 4M24A 1CPUA 3VINA 1C91A 1E3ZA 1JYWA 2V3EA 1E55A 4PTVA 4PYSA 3SCOA 5CZKA 4KWUA 1M53A 3N04A 1JZ4A 2X0HA 3ZQ9A 3WBEA 3NUKA 2WXDM 2WWCA 1V3IA 3K4AA 3WH7A 2FH6A 3GM8A 3WL0A 3NIYA 3FY1A 1WDQA 3WN6A 2VZVA 5LA1A 2ZICA 3VD3A 4F8XA 1R86A 1DWHM 2WK2A 1B30A 2VCCA 4HOWA 1WKYA 1MW0A 3VVGA 4OIFA 1US3A 3AICA 2EQDA 1OGBA 2PWGA 3FW6A 1GQLA 4MDPA 1BG9A 1K9EA 3W82A 1E1EA 4D1IA 1UR4A 2VURA 5IFPA 1FOBA 5A69A 3VU2A 4PSPA 3VGEA 1BVZA 4AC1X 4BCEA 1JYNA 1E6ZA 4OOZA 3WH6A 5A8MA 1B3YA 4NSBA 3AS1A 4GO9A 2WZHA 3N12A 2FGLA 1KQZA 3GXMA 3CBWA 2DSZA 1CNVA 3GXIA 2MANA 2WBGA 3DECA 5ABGA 4GQRA 3OGSA 4NRRA 1NH6A 3AHTA 1QW8A 3WUGA 1XGZA 4W85A 3ZO9A 5EB8A 3WEOA 3KL0A 1W1TA 3PZNA 4V27A 1L8NA 2AMGA 3VIPA 1K6AA 2V38A 1UWTA 1XH1A 1MVYA 1MQRA 1CIUA 5AYBA 1WPCA 1CDGA 1MQPA 2DSUA 1EO7A 1BGGA 2XVNA 3LPOA 1GCYA 3VOCA 4P7OA 3W27A 1RP8A 3AIRA 2DH2A 1UWSA 2PWHA 1QVBA 3B9AA 1YQ2A 3EYPA 1QBAA 3U7BA 2O9PA 3L4XA 1UQZA 1E15A 1J9YA 2CBJA 3MKKA 1ISZA 4U2ZA 4UFHA 1BYCA 4ZXOA 2XG9A 3KWXA 1OIMA 1AQHA 1VIWA 1JIBA 3KE0A 3WQ5A 4AZ7A 6TAAA 5JIPA 1GORA 1H0IA 3CMGA 4LYQA 4JCLA 2F2HA 2A3EA 2WLZA 1XYFA 1MQQA 1XD0A 5A1AA 2XWDA 2CKSA 4HMEA 2W62A 3ARPA 4GXPA 1EHAA 4E2OA 4CD6A 2WZEA 4WF7A 3GTNA 1HJWA 2UWFA 4AIOA 3SCTA 3KZSA 5EMYA 3ZMRA 4E4PA 1ECEA 1YHTA 1VBRA 1JDAA 1V03A 3OGVA 4V2XA 2HISA 4GI6A 5EBAA 1GQKA 2EO7A 4EANA 2ZUNA 3K46A 3CH9A 1K9FA 3N13A 2VCAA 3AIBA 3WNKA 2HVMA 1TZ7A 3ZM8A 2FHBA 3ZSTA 2VTFA 2WPGA 5I77A 1JFHA 3A4AA 4AZ5A 2JALA 3FN9A 3WQVA 2XWEA 2W5FA 3ARWA 1H5VA 3AYSA 1TCMA 1MXDA 1VJSA 1UH4A 4W7UA 4TTGA 2CXGA 3KL5A 2WMHA 4W7WA 1CLVA 4WJXA 5I0DA 3A4WA 1MW3A 2Z1KA 2BY0A 1J0ZA 1W1PA 4P7LA 3WIJA 5BRPA 1JZ5A 2YOCA 3APGA 1QNQA 2GVYA 5C70A 5A6BD 1V6WA 4F9JA 3CHDA 1LQ0A 1ISXA 1UOKA 4KRTA 2WHMA 3TTQA 1H0GA 1E0WA 2JF6A 1ODZA 3W28A 5JBFA 3EDDA 5CLTA 1F4HA 4YN5A 2VI0A 3T09A 1KGUA 2CETA 4AISA 1V02E 4U33A 1UHVA 4AD1A 4P8VA 2CPUA 4UQ9A 2WC4A 1LL7A 2ZX7A 3A6OA 3ARVA 3J7HA 3RM8A 3OZPA 2G3IA 3K4DA 3N18A 3VKKA 4AMCA 2W61A 1PJ9A 1LF1A 4KMQA 1ZBKA 1GQIA 1E3XA 4TUFA 1HXJA 4IM4A 4AEFA 8CGTA 1XHGA 4PTMA 2Q8XA 1KCKA 2VRQA 2WCGA 3WDPP 2VX4A 1CLXA 2J25A 1QBBA 3LPFA 4ATDA 3AS3A 4OUEA 4OJYA 4DM1A 1AQ0A 4D72A 5A2AA 1E72M 4UQCA 5M5DA 3RMEA 1JYVA 1UD5A 4UOJA 3CZJA 1HJVA 1PBGA 1V3MA 4DWSB 1J11A 1B2YA 1PEZA 2DT3A 1BFNA 2YBTA 4ZEPA 3AQUA 1W2VA 1P6WA 4Z2LA 5IDIA 1ZJBA 3RIKA 2VUYA 3T0BA 1CGYA 5BXRA 5D8ZA 1NP0A 4RL3A 1ISYA 4LGXA 4RE2A 1E70M 1WDRA 5C71A 3AHYA 5I23A 2D3NA 1Q6EA 5D9MA 1WE5A 3TA9A 3AROA 1WZKA 4PMQA 4PN2A 2BHZA 1EH9A 4M80A 1TVNA 1HKJA 1XSIA 4LYRA 4JFUA 3SUTA 4PMUA 2O9OA 1US2A 1Y7VA 1SMDA 3OLEA 1OBAA 1DWFM 4F9DA 4W8LA 3TONA 1HKIA 3WH9A 1V3HA 1A3HA 5BXPA 3W4RA 1SYTA 3AMGA 4PTWA 1NM9A 2CHNA 1D7FA 2YKKA 3WH8A 3WMBA 1E6NA 3GH5A 1QI2A 1QNPA 1NOUA 4FF5A 1JF5A 4B3LA 5HNNA 4BQ5A 1GZJA 4JAWA 1FHLA 4CUCA 1ZU8A 4L4PA 4GKLA 3PZGA 2EXOA 1ZJAA 2PBOA 1A47A 2EPNA 4D6DA 1DWIM 3AHVA 3K8MA 4GI8A 2GDUA 4A4AA 1C8YA 1CBGA 1GOQA 2G3MA 2EPLX 1W9PA 1HL8A 3CUIA 5IXEA 2WMGA 3F5KA 1V0KA 2F8QA 4EAMA 5A6SA 1ZBVA 1PX4A 1OGSA 3SCUA 3RILA 1CTNA 4Y7EA 2ZXBA 1EDGA 3IK2A 1DHKA 2WSPA 3MS8A 4ZFMA 2WSKA 4Q22A 1CGTA 1V6VA 5E6ZA 1HJXA 1R7AA 2OWWA 1LLOA 2ZE0A 2A3AA 1E4LA 1V0NA 1R87A 3CZ8A 3O6AA 4JZ5A 2JEQA 4PMRA 3AMCA 3N11A 3AXIA 4MB4A 3AIVA 3VD4A 3BH4A 5IFTA 3WF2A 4H8HA 1E56A 2J7HA 3W6MA 5DEZA 1DWGM 1C3FA 1HP5A 4HPGA 2JIWA 2D22A 1FA2A 1OT1A 3BAWA 1UH3A 1J12A 1PIFA 3M46A 4MNLA 2PWEA 2VR5A 4DWSA 4MB1A 4J3UA 1LG1A 3T2PA 5D9PA 1QI5A 2F61A 2YL8A 3W24A 1B3WA 1GHRA 2DH3A 2YDSA 2WHKA 3HN3A 5BXSA 3EDKA 2DT1A 2WB5A 4B15A 1B90A 3WEMA 9CGTA 4M82A 3VD9A 2J7BA 3ZR5A 1GOIA 5FIPA 2CKRA 2E8ZA 3VIKA 2VRKA 3RM4A 3AS2A 4BS0A 3T2OA 4D6CA 5BXTA 1TE1A 2EBNA 3WEZA 3QOMA 1TG7A 2VVNA 3AS0A 4QFUA 4HZ8A 2J77A 2Y2WA 3CUHA 4W8AA 5CXPA 5ECUA 2TAAA 2YBUA 1HL9A 3W37A 3VGFA 4GQQA 1HNYA 1QNSA 2VQTA 1W9UA 3SUUA 3VGDA 1HT6A 3U5YA 4MNMA 2D24A 4W84A 4AWEA 4EK7A 2YL6A 2BXZA 4XV0A 2DEPA 4UOZA 3MUIA 3GXFA 2E0PA 2OWCA 1G9HA 4HOZA 5CPTA 1JGIA 4E8CA 5E0CA 4WKAA 1LJYA 2J8FA 3T08A 2DGAA 4A3YA 1JDDA 4D6IA 4QLKA 5A8NA 2XIIA 4YHEA 3DYPA 4WKFA 2W67A 2YA0A 4ZXLA 1CXLA 1NWSA 2WMFA 3WDHA 1LL6A 5HDRA 3CUFA 2VCBA 3QR3A 1KWKA 3M7SA 3TOPA 5AC4A 1E6PA 1UR2A 1VJZA 4D1JA 2V3DA 1UD8A 3DHUA 2WWDA 4UTFA 1XH2A 5CGMA 1C93A 5LA0A 3NSNA 3DYOA 3WBAA 2EPMX 4WLCA 4F66A 1WCGA 3WUEA 3VM7A 1H09A 1HN1A 4HA1A 1XD1A 1UZ4A 4PTXA 1V0MA 1FFQA 1W3LA 1I1XA 1G5AA 2J79A 6CGTA 2VZUA 1D2KA 4JFWA 2VQUA 3WUBA 4EE9A 4PMVA 5CQ1A 5JIWA 2IXVA 1F4AA 3MUY1 3CGTA 4H8VA 3B9DA 3VIMA 2OYLA 3ALFA 4AD4A 5GNYA 2WKGA 3K8KA 1LWJA 4WIWA 5A2CA 3WENA 2V3FA 2ESCA 4ACZB 5HPOA 2WBKA 3G6MA 2J74A 3IJ9A 1W3KA 4D71A 1ZB5A 3ZT6A 1X1NA 1VBUA 3EDEA 2YA2A 3WFLA 1HJUA 3WD4A 1NOWA 2OSYA 3KEHA 2ZWYA 1B3VA 4B16A 2VJXA 3TTSA 1IT0A 2FGZA 3MU7A 1JZ8A 4JFSA 2ZOXA 2DIJA 4GI9A 5KZ6A 5FL0A 2B31A 2WM0A 2ZX8A 4UQAA 2V5DA 2EJ1A 4FMVA 1OSEA 2CITA 3MUAA 4OOUA 2Y8KA 3A47A 4PBGA 4DUXA 2YL9A 2E40A 2DT0A 2VZSA 4JIEA 3AZRA 2XGIA 2WLYA 2CERA 3WNPA 4N42A 1TMQA 1FH7A 2FHFA 3RJXA 1IZJA 1D3CA 1I1WA 1SR0A 5BWFA 2XVLA 3EDJA 1C92A 5E09A 1C90A 1CGVA 2D20A 1W1VA 2BVYA 3MMWA 5FOOA 1W3JA 5HOSA 1NP2A 1TFVA 3I3EA 3UG5A 3FAWA 1OD8A 3PZTA 5ABFB 1JD9A 1PX3A 2ZUTA 2ZUUA 5HBFA 4KH2A 1UKSA 2QPUA 4AW7A 2GJRA 5FKYA 2PWDA 7TAAA 5D4YA 1FH9A 5I79A 3MV01 4JFVA 3ARSA 1UKOA 4CCEA 4FLOA 4CD7A 3VM5A 2DSKA 1WO2A 2XSAA 3VDCA 1H3GA 4D6HA 2G3JA 1BF2A 1UD3A 3OLGA 1KXTA 4LX4A 3FAXA 4U3AA 2O9RA 1GOWA 2WC7A 4QCEA 5A8PA 5A6AA 3CLWA 2J75A 1VAHA 5CPSA 1V08A 5GPRA 4U5IA 3EDFA 4IPNB 4JHZA 5A8OA 5GQBA 4ATWA 1ISWA 4GPNA 3ALGA 1JD7A 2D0FA 1VEOA 3CZLA 3GNOA 4LXFA 4X0VA 1MW1A 2FHCA 3AZTA 2QV4A 4H04A 1E6XM 3U5UA 3WD1A 4PCSA 3VTRA 4M1RA 4C7FA 1G01A 1UR8A 4B3KA 4ACZA 3CUJA 3MUZ1 5F7UA 1Q6FA 1UKQA 4LPCA 4AIEA 1R7OA 4WSJA 1B3ZA 2XJ7A 6A3HA 4NZCA 1ZS2A 1GNXA 3BSHA 4HTYA 4L4OA 2ZUVA 1W3HA 4GINA 4AYSA 1VFOA 1TVPA 5IHSA 3VD5A 3VIOA 3WMSA 1RD6A 4W7VA 1J0HA 1GW1A 1WZLA 4HMDA 1JXJA 1QPKA 3GNPA 3W26A 1EIBA 2J78A 2PI6A 1ODUA 1ITXA 3W6LA 3BGAA 2OYKA 5ABEA 3RO8A 1VFMA 4HZ6A 3GDBA 1ISVA 2UY4A 1MFVA 1O7AA 1VFUA 4V28A 1VRXA 2Y24A 5I5RA 2Y5EA 1C7TA 4MJ2A 1GOOA 4M8UA 4AZ6A 4PUEA 1PAMA 4D6EA 3PZMA 2CHOA 5ABHA 3W29A 3OBAA 2ZUSA 3IJ7A 4AD5A 4AXNA 1JI1A 2Y8VA 2WVSA 1B9ZA 4PMOA 1KXQA 3PZOA 4P8UA 3ZJ7A 1J0JA 4CCCA 1WB0A 2GJXB 5DT7A 5JBDA 3LPGA 1XCWA 4DWSC 3GNRA 5ABFA 1X6LA 1KXVA 4YHGA 1UWRA 2FH8A 5IHRA 4ZE4A 1AMYA 1JZ6A 3AMLA 1E6SM 3OIHA 1VEMA 1J0YA 1V6XA 3WSUA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3PTK A;  1UWU A;  3IAP A;  2E4T A;  3K1D A;  4AZG A;  1BTC A;  3D3A A;  3WH5 A;  5E6Y A;  3SCN A;  4LYP A;  2BHY A;  4CN1 A;  4XZW A;  2JFE X;  1EXP A;  4WKH A;  4CVU A;  2EEX A;  3PZU A;  3CZK A;  4CKQ A;  4PCT A;  2BV9 A;  1JF6 A;  4UQB A;  2BVD A;  1CEO A;  3AIU A;  3AIW A;  3W53 A;  1JZ3 A;  2ZUW A;  2YJQ A;  4OBR A;  4WSK A;  4OKD A;  3BLP X;  3LMY A;  1JXK A;  2OSW A;  4D6F A;  4MAV A;  3WDQ A;  4XB3 A;  1W32 A;  4HOX A;  4U2Y A;  3TTO A;  1BG4 A;  1UYQ A;  4TVC A;  4Z2K A;  1OM0 A;  4E8D A;  3GZA A;  3EMZ A;  3EMQ A;  3WL1 A;  4AZI A;  2BY2 A;  2WC3 A;  4AD2 A;  4BA0 A;  4HA4 A;  1E40 A;  1CYG A;  3NYD A;  1ESW A;  2YA1 A;  1GUV A;  4XUY A;  5CPQ A;  3VIL A;  5C8B B;  1Q6G A;  3AIQ A;  2VVS A;  1G94 A;  4C7G A;  5FL1 A;  1OD0 A;  1M04 A;  4S3K A;  1W9B M;  2VMF A;  3RJY A;  3QHM A;  1GPF A;  1CGX A;  3AJ7 A;  1CXF A;  4FK9 A;  4ZEN A;  1IZK A;  1WZA A;  3VGH A;  1BYA A;  3N1A A;  5JBE A;  4MAD A;  3GXD A;  4YPJ A;  2V3G A;  2EPK X;  4Z2H A;  1MW2 A;  1H41 A;  3W38 A;  2BY1 A;  2JF7 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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