4QCFA

Crystal structure of n-terminal mutant (v1a) of an alkali thermostable gh10 xylanase from bacillus sp. ng-27
Total Genus 141
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
141
sequence length
354
structure length
354
Chain Sequence
AQPFAWQVASLADRYEESFDIGAAVEPHQLNGRQGKVLKHHYNSIVAENAMKPISLQPEEGVFTWDGADAIVEFARKNNMNLRFHTLVWHNQVPDWFFLDEEGNPMVEETNEAKRQANKELLLERLETHIKTVVERYKDDVTAWDVVNEVVDDGTPNERGLRESVWYQITGDEYIRVAFETARKYAGEDAKLFINDYNTEVTPKRDHLYNLVQDLLADGVPIDGVGHQAHIQIDWPTIDEIRTSMEMFAGLGLDNQVTELDVSLYGWPPRPAFPTYDAIPQERFQAQADRYNQLFELYEELDADLSSVTFWGIADNHTWLDDRAREYNDGVGKDAPFVFDPNYRVKPAFWRIID
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural insights into N-terminal to C-terminal interactions and implications for thermostability of a (beta/alpha)8-triosephosphate isomerase barrel enzyme
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Bacillus sp. ng-27
molecule keywords Alkaline thermostable endoxylanase
total genus 141
structure length 354
sequence length 354
ec nomenclature ec 3.2.1.8: Endo-1,4-beta-xylanase.
pdb deposition date 2014-05-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00331 Glyco_hydro_10 Glycosyl hydrolase family 10
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4qcfA00
2WVUA 1PIGA 2VR5A 4FF5A 1GONA 4F79A 2G3MA 1ZBVA 4LYRA 1WDPA 3OGSA 4YN5A 5JIWA 1PIFA 1Q6CA 4CU8A 1A47A 3L4TA 4H7VA 1PX8A 5HPCA 3FHQA 3WF0A 2VZVA 5F7UA 1H2JA 2XTKA 1J0JA 5JBFA 3UR8A 2XWDA 4HTYA 4P7LA 1OCQA 3A4XA 3CZLA 4YHGA 3SCTA 3WMCA 3UESA 3WFZA 3AZTA 1NQ6A 1E5JA 4WIWA 2W63A 4H8HA 5HPOA 1ISZA 2WYSA 2ZX9A 1LF1A 4MAZA 1OSEA 1HN1A 1OGGA 2O9OA 2X1IA 3AIRA 4E8DA 1E0XA 4KWUA 1B3ZA 2WZIA 2D0HA 3K1DA 2W62A 4CCEA 5BXSA 1KXTA 2QPUA 3W28A 4FMVA 3BCDA 4MNKA 2J62A 1J0HA 1WB0A 1HVXA 2DIEA 1VBRA 4W88A 2HISA 1NWSA 4UR9A 2XM1A 3ALGA 1OIMA 1BVZA 4URIA 2DT2A 3FNDA 3U7VA 1JD9A 1C92A 1GOKA 2WVVB 1H49A 4MJ4A 1VB9A 4HU8A 1MFUA 5AC5A 4QFUA 5BYWA 4WKFA 5CZKA 2DSUA 1W3KA 4J28A 2YLAA 3J7HA 5D9NA 2DT3A 3SCNA 4AD4A 3T2QA 4AC1X 2C7FA 2WMGA 3GXIA 5EBAA 4QCEA 4XX6A 5BROA 2XHYA 1CGXA 1UZ1A 2VQUA 3BMWA 2J7CA 4Q7NA 3O2LA 1CPUA 3ALFA 4GIAA 4TVCA 3ZQ9A 3GBDA 2WMIA 1UD3A 2WC7A 5D4YA 3L4ZA 5GNZA 2CBJA 2G3JA 5A2CA 4GQQA 1MW2A 1QW8A 1DHKA 1MFVA 3CZ8A 3CZJA 2GDVA 1SMAA 3VGEA 2PF0A 1J12A 3WMBA 1JZ3A 1C90A 2XSBA 2CBIA 2J78A 3HN3A 1W91A 1WDQA 1V6YA 1JXJA 5ABEA 1RD6A 4D6CA 3AZRA 3QHOA 2DH3A 1QI3A 2WC3A 2OWWA 1UWIA 3W6LA 4B3KA 2XFFA 3EMQA 3WEZA 4EE9A 1QI4A 5DT7A 1ZBCA 2J79A 4F8XA 3B9DA 4BQ5A 4H41A 3WUBA 1CGUA 4GI9A 3NSXA 2BV9A 1H09A 3VD9A 5I3DA 5E0CA 3ZJ7A 3SUWA 2OYKA 1B90A 2BVYA 1KR0A 1WAWA 1TZ7A 2E9MA 2YA0A 3K4AA 4OBRA 1HX0A 1QNSA 5I5RA 4Q22A 3W24A 3WF3A 1E4LA 2V5DA 5CGTA 3I3EA 3ZJ6A 4KGLA 4RE4A 4HZ8A 3BXWA 5A6BA 2BY1A 2GJRA 4P7NA 4PMZA 4JHZA 1US2A 3IAQA 1C7TA 5A94A 2XVGA 3SCWA 2XVLA 1XYZA 4U33A 1JZ2A 2J7FA 2EEXA 1UR8A 2MANA 3U5YA 3VU2A 1GOWA 1QNPA 5GNXA 3N9KA 5FL1A 3IK2A 4AEFA 2X0YA 4B9YA 5ABFB 3T08A 3VMPA 3NJ3A 3WDQA 1FP8A 2VQTA 1KCKA 3A47A 1Q6GA 5DEZA 3GH4A 1UD5A 2QLYA 1C91A 1JG9A 5D9MA 2A3CA 3W53A 4AIUA 3BLKA 1QHPA 2WWDA 1QBAA 5HBFA 2DH2A 3VIIA 2VC9A 3AIVA 2VCAA 1NARA 3UG3A 3N17A 4CU6A 4H04A 3NIYA 1V3KA 4M29A 2PWDA 3TOPA 3VIMA 2OSWA 1UH4A 2NW0A 1UKPA 1H5VA 1BQCA 5CGMA 1BG9A 3ZM8A 2QHAA 3ZJ8A 3VM5A 3WSUA 1JFXA 2YBUA 1EXPA 1UR2A 1XH2A 4PUDA 2GVYA 3DYPA 3DC0A 4HMDA 3SCVA 5EFFA 1UHVA 1L0PA 2W92A 3G6LA 3WENA 4Z2KA 1IV8A 5DO8A 1JFHA 1HF6A 1QNOA 3DYOA 2V5CA 1W3JA 3WQ6A 2D3LA 2DSKA 3EYPA 2ZWZA 3GM8A 3WD1A 1WDSA 1HKMA 3RJXA 3VIOA 3FHAA 3AS3A 4GKLA 4FLOA 5C70A 4GZIA 1ITXA 1ZJBA 3CPUA 1B1YA 4LYQA 1HKIA 3MMWA 3MU7A 3NDYA 2WWCA 2GJXB 1E6RA 1CIUA 4BCEA 4CCCA 3CUFA 2PWGA 2CERA 4GQRA 1XH1A 1D7FA 3OBAA 3PZQA 1ZBKA 3K8KA 2EXOA 2ZX6A 4IPNB 5D9PA 2YKKA 1HL9A 1RH9A 5IFPA 3OG2A 3WKZA 3ARUA 5I0DA 4PMQA 3EDKA 3VGGA 5EB8A 1ITCA 1H11A 2BNJA 2UY4A 3ZJKA 3RO8A 3EDDA 1NH6A 3GH7A 1MQPA 3RM8A 3VILA 4X9YA 4U31A 4H8UA 2VX5A 3NYDA 2O9PA 1V03A 3WUEA 4UQCA 2WKGA 4ATDA 1CLXA 4J7RA 3PZNA 2EPLX 3CUGA 4Z2HA 2CKRA 4AZHA 4PMVA 4AD3A 1J01A 1W1VA 5CQ1A 3WNNA 2E0PA 5D8ZA 2G41A 1B3VA 2XPKA 2BHYA 3OZPA 5LA2A 3WD3A 2X2YA 1GJWA 2FHBA 3VGDA 1UG6A 3WH7A 1NP0A 1YHTA 4RE2A 4AZ6A 2VX4A 1CGYA 4H8VA 5HDRA 1OM0A 1C7SA 1CZ1A 1E43A 4UOZA 2BY2A 1W3LA 2YDQA 2QF8A 4XUYA 1CEOA 4J27A 4PMDA 2UWFA 1GVIA 4DWSB 4JFSA 3BMVA 1CECA 1RPKA 3VPLA 1V02A 3GZAA 1W9VA 4X0VA 3NCOA 5D8WA 1W9DM 3KL5A 1HNYA 3MV11 1EO7A 4F9DA 3AICA 3BSHA 5IXEA 4D6HA 1VJSA 1SFSA 3WMSA 4AXNA 1B9ZA 3N04A 3TONA 3OIHA 2OWCA 1VFOA 4MNJA 4ZXOA 2EO7A 5A95A 1U30A 5E9AA 1UA7A 4F9JA 1UD6A 1ESWA 1HKJA 6TAAA 2XUCA 4ATLA 5A6LA 2CHNA 3FW6A 3WFLA 1P6WA 3NDZA 1LQ0A 1HIZA 5BXTA 3ZR6A 1BTCA 1OT1A 1DWFM 1E6NA 4UFHA 2BVTA 1J10A 1E0VA 1ECEA 3L4UA 3WNLA 3AI0A 1UWQA 4BF7A 2CBUA 4E4PA 4JFWA 3AOFA 4UQ9A 4W5ZA 2VTFA 1OD8A 3W4RA 1KBBA 2EPOA 3WN6A 3PZUA 4WLCA 4N42A 3K8MA 3CLWA 1JYWA 3SUVA 3OGRA 3UETA 1E3XA 3OLEA 4Z2JA 4D6JA 3VIGA 2E8YA 2AMGA 3T0AA 2YA1A 3JUGA 4AD1A 1KXHA 2VO5A 5HXMA 1JGIA 2XWEA 1UKTA 1E6QM 1ODZA 4ATWA 2VX7A 2WM0A 2VRJA 3VDHA 3VIHA 2OYLA 1XHGA 4CN6A 3IANA 3ZOAA 1OGSA 2ZXQA 3N13A 3M46A 3AYSA 2DGAA 3QHNA 1JYXA 4M82A 4FLQA 4U3AA 4ACZB 3PTMA 3MO4A 4WKAA 3VIJA 1JNEA 3W27A 4ZEPA 2A3HA 3NUKA 3W81A 1J0ZA 1R7AA 5KEZA 4JCMA 4GPNA 1C93A 2CYGA 3CZGA 4HOWA 2PWFA 4ZE5A 1UKSA 1HJXA 5GPRA 3WQWA 1H0GA 3MANA 2VRQA 4W89A 1M7XA 1CXFA 3F5JA 2ZUNA 4L4PA 1H4PA 2DEPA 4AZBA 3L2LA 3CO4A 2YIHA 2E4TA 5I23A 4N0RA 1XD1A 3BAWA 4OUEA 5ABFA 5A8QA 4UFLA 2DT1A 1J11A 1XC6A 1E1FA 2DIJA 1XCWA 4FLRA 2V3FA 4UQBA 1WP6A 4B15A 3GTNA 4JZ5A 3EBVA 3QOMA 4XV0A 1JI1A 2OYMA 3FAXA 5E0FA 4D72A 3I3BA 5GQBA 2ZUVA 2YL8A 3PZTA 3BC9A 3B9AA 1QVBA 4MDPA 5ABHA 5FOOA 4K68A 1IZKA 1SR0A 2OSXA 1CXHA 2C0HA 1GQJA 3BGAA 3AHTA 5A6SA 1KXVA 4KRUA 2YL9A 3QHMA 4CVUA 1NWUA 1JZ6A 1W2PA 4GZEA 3A4AA 1K9FA 3AIWA 3U5UA 3MUAA 2XM2A 1OB0A 2A3AA 2VX6A 4KH2A 1A3HA 3A6OA 4HP5A 2WLYA 3VO0A 3VD5A 1BLIA 3DECA 5FL0A 3UG4A 3G6MA 2G4FA 3WF4A 1B31A 1GOOA 3CBWA 5CLWA 3O9NA 1QHZA 4ZENA 3SEPA 1DWAM 1QPKA 2F2HA 3ARZA 1V0MA 1VRXA 2WMFA 1CNVA 5IHRA 4RL3A 2WSPA 4JHOA 4U5IA 2D24A 5CPQA 3RMEA 1PZ2A 4MPKA 1E6SM 3MMUA 3PZVA 1UYQA 2EPKX 3OB8A 5CLTA 2W5FA 3SURA 1JNDA 4PUEA 1LLOA 1SYTA 5KZ6A 1B3YA 1V3MA 4ZXLA 4NRRA 3WBEA 2GJXA 4L4OA 5CSUA 2YDRA 4WF7A 3AZSA 3NSNA 1R7OA 3GNOA 3KZSA 2PI6A 3GNRA 1FA2A 1V6WA 1NWTA 1ZBWA 1E1EA 3WELA 5A2AA 2WMKA 4TTGA 5TD4A 4S3KA 1UR0A 2XVPA 1KGUA 1EOMA 4E2OA 3VMNA 1ISVA 3K8LA 4KMQA 1XSJA 4MDOA 1KQYA 2JIEA 1RP9A 3AIQA 3CMJA 2XGBA 1TFVA 4NF7A 2J8FA 1TA3A 2EJ1A 2ZXDA 3S6TA 1BFNA 1Q6EA 4QDMA 3CH9A 3T0DA 1G0CA 3AHVA 2AAAA 1I1XA 5A8OA 3PTKA 1FHLA 3VM7A 3EDJA 5AYBA 4D6GA 1GQKA 5FKYA 1E72M 4UCFA 2J7EA 3GDBA 4V27A 2UY3A 2DSWA 1ISXA 3OLIA 3LPPA 3W37A 2BHZA 1HJSA 2J47A 3VD4A 1XH0A 1G5AA 3BAKA 1CXKA 4M8UA 3WBAA 1DP0A 2QPSA 2J7DA 1C3FA 3CUJA 4F66A 4NZCA 4TXEA 2VR4A 3ZSTA 3VGFA 5DFAA 1E70M 5M5DA 2J4GA 1TR1A 2D23A 1CXIA 1FFRA 4DWSA 3VX0A 5A8NA 1HJUA 1B3WA 1UR1A 1E4MM 3D5HA 3SUSA 2V3DA 4W87A 4RE3A 1GORA 1FOBA 1UOKA 1JAKA 1BPLB 1BVNP 4EK7A 1WZKA 3POHA 4QCFA 1H1NA 1XSIA 4W85A 4JFTA 1FH8A 4HA3A 1MW3A 4PMYA 2O9TA 1VEPA 3WF1A 4AIOA 4CCDA 3WQ4A 4W8BA 2XIBA 4AIEA 4CN1A 1B3XA 1VJZA 3ZT6A 2WC4A 1UWRA 1V0NA 4AY1A 2ZOXA 3VGHA 4PN2A 2WZHA 2Z1KA 1BGGA 2GFTA 3THCA 1HVQA 1MYRA 3MSGA 1LWJA 3F5KA 3CIVA 2X0HA 2Y2WA 3VIPA 2AOSA 4UFIA 1UD8A 3AIEA 3A4WA 2WKLA 1OGBA 1MWOA 4AYSA 3D3AA 3WY1A 3CUHA 4GZJA 4ZE4A 3VNZA 3PZMA 4P7OA 5CSYA 4OZOA 1E40A 1GHSA 1JZ4A 4MADA 5FCZA 3VGBA 3QGVA 5A2BA 1E3ZA 2WMJA 3CZEA 2D2OA 1N82A 2V3GA 1V3IA 3WDRA 4DM2A 3FXYA 3F5LA 2F61A 4IISA 1JZ7A 1QI5A 2RGLA 3SUUA 1V3LA 1JD7A 1WZLA 1ZB5A 3WIJA 1V6VA 1XCXA 3VDCA 3ARTA 1J0KA 4A4AA 2Z1SA 2V38A 4PBGA 4OOZA 1WDRA 3E1F1 4D6EA 4Z2GA 1O6IA 5FIPA 2ZUSA 1DWIM 4LXFA 5E70A 1GHRA 3GYCA 3GXFA 4S3JA 4UOJA 1UWTA 3THDA 1C8QA 4Y7EA 4HOZA 5JUVA 3AS0A 4ACZA 2G3IA 3GNPA 3SIMA 1CTNA 5A6BD 4AZIA 3CMGA 4OBSA 2ZUUA 1FP9A 2VJXA 3RM9A 5GNYA 2J7HA 1B30A 2RGMA 5C8BB 1K9TA 1O7AA 1E6ZA 4TUFA 3T2OA 2VZUA 5D9OA 2FH8A 3KWXA 4P8VA 1NOFA 4PTMA 4OJYA 4MTVA 1UR9A 5I6SA 2WAGA 1UKOA 1KBKA 2WHLA 2W66A 1J0IA 3AIBA 1E71M 1VENA 4WJXA 1WZMA 2WSKA 2XFYA 4PMNA 1V08A 3PZOA 3AS2A 3AYRA 1KXQA 1ZL1A 2WBKA 3VIKA 2YOCA 1M04A 1AQHA 7TAAA 4EANA 4J3VA 4PRWA 1EOKA 4U3CA 1D2KA 1V02E 4BS0A 4UFKA 5A1AA 2Y5EA 4MNMA 1DWJM 1E6XM 5DT5A 1J18A 4JAWA 3WH8A 5A6JA 3SUTA 1R87A 1W2VA 2FDMA 1WO2A 3BAJA 4DUVA 4CD8A 3PZ9A 2D22A 4P8UA 1CGVA 3SCRA 1GOQA 5M03A 4CD4A 2VCCA 4PEEA 2NT1A 1Q6DA 3AQUA 1IT0A 1LL7A 1UZ4A 2YL5A 5DMYA 5CJ5A 3BH4A 4FK9A 2IUZA 2WVVA 3BAYA 3AMLA 1UKQA 3K4DA 1TUXA 4CVWA 4MJ2A 4P8WA 4BQ4A 1JAEA 1UWSA 4QP0A 4QLJA 4UFJA 2O92A 3CHEA 1DWGM 4UTFA 3B8SA 1OD0A 3TTSA 2ZXAA 1HP4A 2FH6A 2C8NA 2WVTA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2WVU A;  1PIG A;  2VR5 A;  4FF5 A;  1GON A;  4F79 A;  2G3M A;  1ZBV A;  4LYR A;  1WDP A;  3OGS A;  4YN5 A;  5JIW A;  1PIF A;  1Q6C A;  4CU8 A;  1A47 A;  3L4T A;  4H7V A;  1PX8 A;  5HPC A;  3FHQ A;  3WF0 A;  2VZV A;  5F7U A;  1H2J A;  2XTK A;  1J0J A;  5JBF A;  3UR8 A;  2XWD A;  4HTY A;  4P7L A;  1OCQ A;  3A4X A;  3CZL A;  4YHG A;  3SCT A;  3WMC A;  3UES A;  3WFZ A;  3AZT A;  1NQ6 A;  1E5J A;  4WIW A;  2W63 A;  4H8H A;  5HPO A;  1ISZ A;  2WYS A;  2ZX9 A;  1LF1 A;  4MAZ A;  1OSE A;  1HN1 A;  1OGG A;  2O9O A;  2X1I A;  3AIR A;  4E8D A;  1E0X A;  4KWU A;  1B3Z A;  2WZI A;  2D0H A;  3K1D A;  2W62 A;  4CCE A;  5BXS A;  1KXT A;  2QPU A;  3W28 A;  4FMV A;  3BCD A;  4MNK A;  2J62 A;  1J0H A;  1WB0 A;  1HVX A;  2DIE A;  1VBR A;  4W88 A;  2HIS A;  1NWS A;  4UR9 A;  2XM1 A;  3ALG A;  1OIM A;  1BVZ A;  4URI A;  2DT2 A;  3FND A;  3U7V A;  1JD9 A;  1C92 A;  1GOK A;  2WVV B;  1H49 A;  4MJ4 A;  1VB9 A;  4HU8 A;  1MFU A;  5AC5 A;  4QFU A;  5BYW A;  4WKF A;  5CZK A;  2DSU A;  1W3K A;  4J28 A;  2YLA A;  3J7H A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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