4QDMA

Crystal structure of n-terminal mutant (v1l) of an alkali thermostable gh10 xylanase from bacillus sp. ng-27
Total Genus 145
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
145
sequence length
354
structure length
354
Chain Sequence
LQPFAWQVASLADRYEESFDIGAAVEPHQLNGRQGKVLKHHYNSIVAENAMKPISLQPEEGVFTWDGADAIVEFARKNNMNLRFHTLVWHNQVPDWFFLDEEGNPMVEETNEAKRQANKELLLERLETHIKTVVERYKDDVTAWDVVNEVVDDGTPNERGLRESVWYQITGDEYIRVAFETARKYAGEDAKLFINDYNTEVTPKRDHLYNLVQDLLADGVPIDGVGHQAHIQIDWPTIDEIRTSMEMFAGLGLDNQVTELDVSLYGWPPRPAFPTYDAIPQERFQAQADRYNQLFELYEELDADLSSVTFWGIADNHTWLDDRAREYNDGVGKDAPFVFDPNYRVKPAFWRIID
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural insights into N-terminal to C-terminal interactions and implications for thermostability of a (beta/alpha)8-triosephosphate isomerase barrel enzyme
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Bacillus sp. ng-27
molecule keywords Alkaline thermostable endoxylanase
total genus 145
structure length 354
sequence length 354
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.8: Endo-1,4-beta-xylanase.
pdb deposition date 2014-05-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00331 Glyco_hydro_10 Glycosyl hydrolase family 10
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4qdmA00
4CD4A 4NI3A 4JFWA 4WKHA 2JEQA 2WLZA 1TFVA 4AISA 5JBEA 2YLAA 2Y4SA 4PYSA 5ABHA 2OWXA 1XH0A 3BH4A 2EJ1A 2D24A 1BGGA 1IZJA 4V27A 1MXGA 2CNCA 1Q6FA 5DEZA 2WZIA 1FP9A 3L4WA 1XH2A 3MUAA 2C8NA 5A2AA 1B3VA 3VIOA 1MQRA 3DHPA 3WNLA 1NOUA 1E6XM 3PBGA 4M81A 2JF7A 3VM7A 1D3CA 2W61A 1EHNA 3GXDA 4DM2A 4Z2IA 3VD9A 4D1IA 4W5ZA 3OIHA 1PX4A 2E4TA 3ZSTA 3AIUA 2V3EA 1M04A 1MVYA 4AZCA 3AMKA 1E9LA 4TTUA 2BVYA 1JZ3A 1H11A 5D8ZA 1CXKA 3WH8A 1L0PA 1J0JA 2XHYA 4TTGA 1B1YA 1XC6A 4IPNB 3OGSA 4PMNA 3WENA 5A1AA 3NDYA 2G3IA 3EDEA 3WQ4A 1OD8A 1JZ4A 2J62A 1EOKA 3SIMA 1OT1A 1F4HA 3CHFA 5ABFB 2VCCA 4RE2A 4YHEA 3PZGA 3KEHA 4AEEA 3CHDA 4CD8A 4PEEA 3WY1A 1ZBCA 4BCEA 5DT7A 3UG3A 4DUXA 3SEPA 3WD3A 4ML4A 1QI3A 2DSVA 3KZSA 3N11A 4F9DA 1C8QA 1E56A 1EQCA 1ISZA 4J3TA 2DT0A 5ABEA 5JIWA 4TX8A 5I5RA 3CZ8A 1KB3A 2ZICA 1G94A 3A4XA 3W28A 4AY1A 4R27A 5CSYA 1E0WA 3VIFA 1ISYA 3BSHA 4XX6A 3ZT6A 4AZHA 1G5AA 4B9ZA 1JYVA 1SMAA 1TE1A 4GI8A 4LGXA 4PMZA 1V0KA 1OCQA 2HISA 1WZAA 1JZ5A 3N9KA 4TUFA 3L4YA 5EBAA 3ZJ6A 4GZEA 3WBEA 2EPLX 4AD4A 2YLLA 3CO4A 4UFIA 1E3XA 1JF5A 1NWTA 2AAAA 2DDXA 3VDHA 5IDIA 1CXEA 2WPGA 3B9DA 1NP2A 2E9LA 1AQHA 3ARVA 3DC0A 3VD3A 1H49A 4QAWA 4WK9A 3QHNA 1CGYA 2A3AA 6CGTA 2Z1KA 3L4ZA 1UH3A 5JBFA 2WHKA 5A94A 3EMZA 4XV0A 3BAJA 1PJ9A 1VB9A 5IFTA 2O92A 3SUTA 4C7DA 6TAAA 2IXVA 1JGIA 1GHRA 2BHUA 3ARXA 1UZ1A 2ZUWA 3AHTA 3RJYA 1SFSA 2J74A 3SCVA 3TP4A 1ECEA 1J0HA 4UZSA 2DSUA 1E0XA 1E6QM 2ZXBA 1J0KA 2WCAA 4MADA 3W6MA 3FN9A 1OIMA 1W1VA 4UOQA 1V6VA 1VBUA 1VJZA 4DWSB 3EBVA 2EBNA 4U33A 1CEOA 2PBOA 1V3KA 1GOKA 3TA9A 1JZ7A 1XSJA 4JFSA 2EPNA 4IM4A 4H8UA 4PBGA 3AIEA 3AOFA 4PCTA 1TUXA 2F2HA 2YDSA 2XSAA 3PTQA 4OZOA 4KGLA 2OWCA 3A6OA 4J28A 5CLWA 1KXQA 4UQBA 2WCGA 1UZ4A 1CZ1A 2BY1A 1W1PA 2V3GA 3KL3A 3BAYA 2G3MA 1VEOA 1HKMA 5FL1A 4EK7A 2J7DA 3AYSA 5A8QA 1MYRA 2IUZA 4QP0A 1DWAM 2W92A 1VFOA 2FHCA 3VGFA 1BYCA 4XZWA 4CCCA 2PWDA 1YHTA 2QLYA 4GXPA 1XD0A 1BFNA 2WNWA 3CZEA 2WK2A 2WHLA 3IAQA 1NWRA 2EXOA 1UWRA 4F79A 1UH2A 3N17A 1JD7A 4QFUA 3VKKA 2WMIB 3G6LA 3CTTA 4H2CA 3AS0A 2XFFA 1H09A 4FF5A 1BF2A 2RGLA 3K8MA 1C7TA 3WH7A 2O9TA 2WBKA 1FHLA 3QOMA 1UWIA 2VL4A 3VTRA 3W4RA 3GH4A 1W3LA 4D6EA 2CIPA 2D22A 3WF1A 2XWEA 2CEQA 5ABFA 4M1RA 4QLKA 3NIYA 4CU6A 5C71A 2WCSA 5A6MA 1PZ2A 2D3LA 2GUYA 4R5EA 4UTFA 1QW9A 3AROA 5IFPA 1HT6A 1GVYA 3L4TA 4TVDA 3PZOA 2XVKA 1HVQA 2J4GA 3WNOA 2FH6A 2GVYA 1TG7A 4WF7A 4QLLA 1OWQA 2PC8A 3ZIZA 1GOMA 1R87A 4OOZA 5JBDA 1QNSA 1QHOA 3M6DA 2YIHA 3CBWA 3CGTA 5D9NA 2CCRA 3RCNA 3AICA 1LL6A 4UCFA 4ACYA 4CGTA 1EO7A 2YL5A 3VD5A 3ECQA 4CU8A 1US2A 5LA2A 3SCUA 1W2VA 5I77A 1PX8A 4WSJA 3DECA 1QHPA 1OBAA 3NCOA 1GVIA 3OLEA 2XPKA 3WDHA 5EB8A 1E4NA 1VF8A 1J0YA 4J3VA 2J7EA 3NSMA 3WKZA 1WZLA 2CERA 1ISXA 3RPMA 2WMFA 1V3LA 2O9RA 3EDJA 1H0GA 3OZPA 4J27A 1OD0A 3ARTA 2DQXA 4H8VA 4H7VA 4B3KA 1MW0A 1Q4NX 1EDQA 2ZX6A 3CUFA 1V6WA 3ZJ8A 2WHJA 3WF2A 3W81A 2WLYA 4FLSA 1WPCA 3NSNA 2YDQA 2XVLA 6A3HA 4KRTA 1KR0A 4AZCB 3L4VA 1H0IA 4E8DA 4UFJA 2VRKA 3AIBA 5I79A 3WQ8A 3K4DA 1GW1A 3ZT5A 1FP8A 1UA3A 4JKMA 3BAWA 2QMKA 4DUWA 4UFKA 4DWSA 2XJ7A 3N18A 5HBFA 3MKKA 3VIHA 1ZBWA 3VIMA 2VR4A 1SMDA 4Z2GA 3VX1A 3SUWA 1LG2A 3EMQA 4W89A 2G41A 1DHKA 3W82A 4L4OA 3VIPA 1HN1A 1UH4A 2J75A 5HXMA 3VO0A 1ZB5A 2WZHA 1ZJBA 4A3HA 1V3MA 2W5FA 3QR3A 3MANA 2WC4A 2QV4A 1ITXA 2BVDA 2J7GA 4PMOA 1E43A 1UKTA 2JALA 2CXGA 3WQ6A 1AVAA 1PAMA 3FXYA 5ECUA 1XV8A 1TZ7A 2WMIA 3IJ9A 2XFYA 3FW6A 3CZLA 1Q6DA 4BQ3A 4PTXA 2DT3A 5CGTA 2YBUA 3B8SA 1OIFA 4CN6A 2BXYA 4ZE5A 1B30A 2VNCA 1WB0A 2VX6A 1MFVA 3N15A 1B3YA 4D6FA 5AC5A 3WD1A 2V38A 1MFUA 1WZKA 3APGA 2BNJA 1W1YA 4LYPA 2BHZA 3ALGA 2VRQA 5GNZA 3T08A 4A3YA 2E8ZA 3GXFA 1UUQA 4F9JA 3VU2A 3DYMA 3WDJA 1UHVA 1X1NA 3K46A 4H04A 2CHOA 3ARQA 3DYPA 2CESA 3UESA 5JUVA 4X0NA 2ZWZA 2ZX9A 2C0HA 1K6AA 3ZMRA 4KWUA 1I1WA 4EE9A 2J7BA 4GZJA 3W26A 4RE4A 4WSKA 3W38A 4TXEA 3VGDA 5BXRA 5FCZA 3OGVA 3ARZA 1FA2A 3T0BA 2DIJA 4W7VA 2WHMA 3FAXA 1E4MM 5ABGA 2GJPA 3ARRA 3IANA 1CGWA 5CSUA 3SUVA 1RH9A 1LL4A 3CH9A 4W88A 1US3A 1JDAA 2DH2A 2W63A 3VMPA 1GJWA 3B9EA 3WDQA 5HDRA 4N0RA 2NSXA 2GK1B 1BAGA 4DUVA 1KQZA 1NP0A 1TCMA 3RILA 2VO5A 3WUBA 3ALFA 4J7RA 2W91A 2ZUSA 4AD5A 1OM0A 1ZBKA 4P8UA 4HU0A 1CGTA 1RPKA 3UR8A 2BFGA 1JZ2A 3OLDA 1R86A 5DMYA 4ZENA 1VFFA 2DSZA 3SUUA 5DT5A 4Y7EA 2WC7A 3NDZA 1V6XA 3MU7A 1CGVA 2ZWYA 4XZBA 4OIFA 2E9BA 2J47A 3AIVA 3AMGA 3WD2A 1GOWA 2QHAA 3AIWA 1BVNP 3UERA 5D4YA 1GQIA 3GM8A 3ZM8A 3WNMA 3MV01 1V3IA 5A69A 1G0CA 1CPUA 3PZUA 3AHXA 1J9YA 4JCLA 2DH3A 3W6LA 1WZMA 3GZAA 1W9BM 4WKFA 2J25A 1BYDA 1KGXA 1CENA 4PN2A 3PZVA 4PTWA 3UG4A 3W0KA 4TVCA 4YN5A 1XYZA 4U2YA 2XFRA 5D9OA 4E4PA 5HPCA 2XIBA 1QVBA 2WKGA 3MSDA 1UA7A 2EPKX 1OGBA 1QNPA 4OBSA 3FNDA 1U2YA 1JD9A 4KGJA 1EXPA 3VOCA 3WUGA 3KE0A 4P8XA 3SCNA 3T0DA 2X0HA 3WSUA 2OSXA 3S6TA 3SCQA 7CGTA 3VIKA 2V5CA 2VJXA 2XVPA 3K4AA 1KBKA 3VX0A 1WDPA 3VD4A 4J3WA 4UFHA 2FDMA 1BQCA 4OKDA 4E2OA 4ZFMA 5E9AA 4ATDA 3TTYA 4QLJA 5A6BA 1VJSA 5M03A 5CPTA 1GHSA 4D6CA 3FHQA 1NARA 1E15A 4F8XA 5AY7A 7TAAA 2EPMX 2Q8XA 5CQ1A 3II1A 3ZJKA 5AYIA 3ZOAA 4AD0A 1VIWA 5CLTA 4MB5A 4BQ2A 1YQ2A 4UQDA 4CD7A 1HP5A 2J78A 4CD5A 2VZUA 2VI0A 3AIQA 2RGMA 2DT1A 3EDKA 2VURA 4PRWA 1OSEA 4BF7A 1EIBA 4OBRA 1C8YA 4Z2LA 2WZEA 3CMGA 1VFUA 1CDGA 4NF7A 3KL5A 1UR4A 1EGZA 5AC4A 1CXFA 1ODZA 3HN3A 3U7VA 3AZRA 1GQLA 2X2YA 1DWGM 2DPEA 1Q6EA 1NWSA 1JAEA 4ZXOA 1CECA 1XD1A 2D1ZA 1GQKA 1OB0A 4MTVA 4W93A 1M7XA 3F5KA 1B9ZA 1CIUA 2ZXQA 3OA5A 3AS2A 5FL0A 2O9PA 2YA0A 4LYRA 1NQ6A 3AFBA 3OGRA 2F8QA 1BTCA 1B31A 2J77A 3WH9A 5AYBA 1CWYA 2YDRA 1CXLA 2GK1A 1GUVA 1VAHA 4Z2KA 2BY2A 3E1F1 2A3EA 2WXDM 4MDOA 4HOZA 1DP0A 5BXTA 1VBRA 1Q6GA 2XM1A 2D0HA 1GQJA 3MUIA 4FK9A 2WYSA 1DWIM 3OZOA 4EAMA 5D8WA 4U5KA 3U57A 4AZ6A 1ZJAA 4OUEA 4UNIA 2GDUA 3PHAA 2UWFA 2D2OA 1V6YA 1XSKA 4FMVA 1EO5A 1V03A 2X8RA 4KH2A 4FLQA 3AMLA 5A8NA 4WJXA 4U3CA 1QBAA 2J79A 1VEMA 1C7SA 4M8UA 2F61A 2WVSA 2E0PA 3PZQA 4HA1A 5C70A 1X6NA 1HJWA 2FGLA 4AIEA 5E70A 2Z1SA 1KFWA 1HJXA 3AXXA 4AD3A 1MW2A 1C8XA 1EDTA 3NYDA 1XRVA 4YHGA 4P7OA 1V02E 3VVGA 1JNDA 3AHYA 4W85A 4M80A 5F7UA 4JL1A 3AMDA 4X9YA 2XUCA 3F5JA 4BZYA 3KWXA 1ODUA 3WEMA 3GXMA 4HOWA 1BG9A 4GINA 1W9VA 2CHNA 3SURA 1GZJA 1G01A 4MDPA 1JDDA 1QNOA 2JE8A 3BLPX 4RE3A 4HMCA 4W86A 4PMYA 3CHCA 1UQYA 4V2XA 3L2LA 3WF4A 1JI2A 1WAWA 2PWFA 1VFMA 4PSRA 1CBGA 5I6SA 1OINA 5CZKA 2EQDA 1J0IA 5A6JA 1NH6A 1QI2A 4E8CA 5HNNA 4PTMA 4UFMA 3CUGA 1E0VA 2YA2A 3HJEA 2OLHA 3PZ9A 5IXEA 4AZIA 1UOKA 4LXFA 3I3BA 4P8WA 1BG4A 1JL8A 5KEZA 2E9MA 3VMNA 3FHAA 3WFZA 3RMEA 3N1AA 4BQ5A 4QDMA 3ARUA 2C7FA 4BA0A 5I78A 1KQYA 1JIBA 4ZXLA 2X0YA 1TA3B 4W7UA 2WVUA 3QHOA 2YKKA 1U33A 4ATLA 4N42A 1E55A 4JIEA 1PEZA 1UR8A 5BRQA 2VZTA 3UR7A 3SCPA 2WMJA 4CCEA 4D72A 3WMSA 3WD4A 1SR0A 3K1DA 1RP9A 1R85A 1JG9A 2ZOXA 4AZ7A 1QBBA 1CTNA 2BXZA 4EANA 3TOPA 1GCYA 1RD6A 4HMEA 4IPLA 3ARPA 5GQBA 3F5LA 4HU8A 4ZE4A 2D3NA 4AIOA 4LX4A 3RM8A 3I3EA 2NT0A 4W5UA 1W2PA 1JXKA 1UQZA 4PMXA 5I0DA 2ZXAA 2WBGA 1W1TA 3O2LA 3NUKA 1WP6A 1Y7VA 1WDQA 3BSGA 1EH9A 5EFFA 1HJVA 2OSYA 3S2CA 3GDBA 2VVNA 2CBVA 2XTKA 3A3HA 3PN8A 3L4UA 3CIVA 1E73M 1LL7A 4HA4A 1GONA 3T0AA 3U5UA 4H41A 1LQ0A 1UG6A 4M82A 1B3XA 4OJYA 2NW0A 5BYWA 1QOXA 2J7HA 3L4XA 4W8BA 3OB8A 4AZ5A 3THCA 1H5VA 3ZR6A 4UQEA 3WELA 5BRPA 1A47A 1XH1A 2ZE0A 3WEZA 1W9DM 1UD5A 4GZIA 1HKKA 3ZSSA 1UKPA 4AYSA 1UR2A 4UOZA 3PZIA 5A6SA 1C91A 3VGHA 4M24A 1XHGA 3VIIA 2NT1A 3N13A 2WAGA 1XCXA 4Q7NA 1TVNA 1TR1A 5EMYA 1KXHA 1V6UA 4J3UA 2VQTA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4CD4 A;  4NI3 A;  4JFW A;  4WKH A;  2JEQ A;  2WLZ A;  1TFV A;  4AIS A;  5JBE A;  2YLA A;  2Y4S A;  4PYS A;  5ABH A;  2OWX A;  1XH0 A;  3BH4 A;  2EJ1 A;  2D24 A;  1BGG A;  1IZJ A;  4V27 A;  1MXG A;  2CNC A;  1Q6F A;  5DEZ A;  2WZI A;  1FP9 A;  3L4W A;  1XH2 A;  3MUA A;  2C8N A;  5A2A A;  1B3V A;  3VIO A;  1MQR A;  3DHP A;  3WNL A;  1NOU A;  1E6X M;  3PBG A;  4M81 A;  2JF7 A;  3VM7 A;  1D3C A;  2W61 A;  1EHN A;  3GXD A;  4DM2 A;  4Z2I A;  3VD9 A;  4D1I A;  4W5Z A;  3OIH A;  1PX4 A;  2E4T A;  3ZST A;  3AIU A;  2V3E A;  1M04 A;  1MVY A;  4AZC A;  3AMK A;  1E9L A;  4TTU A;  2BVY A;  1JZ3 A;  1H11 A;  5D8Z A;  1CXK A;  3WH8 A;  1L0P A;  1J0J A;  2XHY A;  4TTG A;  1B1Y A;  1XC6 A;  4IPN B;  3OGS A;  4PMN A;  3WEN A;  5A1A A;  3NDY A;  2G3I A;  3EDE A;  3WQ4 A;  1OD8 A;  1JZ4 A;  2J62 A;  1EOK A;  3SIM A;  1OT1 A;  1F4H A;  3CHF A;  5ABF B;  2VCC A;  4RE2 A;  4YHE A;  3PZG A;  3KEH A;  4AEE A;  3CHD A;  4CD8 A;  4PEE A;  3WY1 A;  1ZBC A;  4BCE A;  5DT7 A;  3UG3 A;  4DUX A;  3SEP A;  3WD3 A;  4ML4 A;  1QI3 A;  2DSV A;  3KZS A;  3N11 A;  4F9D A;  1C8Q A;  1E56 A;  1EQC A;  1ISZ A;  4J3T A;  2DT0 A;  5ABE A;  5JIW A;  4TX8 A;  5I5R A;  3CZ8 A;  1KB3 A;  2ZIC A;  1G94 A;  3A4X A;  3W28 A;  4AY1 A;  4R27 A;  5CSY A;  1E0W A;  3VIF A;  1ISY A;  3BSH A;  4XX6 A;  3ZT6 A;  4AZH A;  1G5A A;  4B9Z A;  1JYV A;  1SMA A;  1TE1 A;  4GI8 A;  4LGX A;  4PMZ A;  1V0K A;  1OCQ A;  2HIS A;  1WZA A;  1JZ5 A;  3N9K A;  4TUF A;  3L4Y A;  5EBA A;  3ZJ6 A;  4GZE A;  3WBE A;  2EPL X;  4AD4 A;  2YLL A;  3CO4 A;  4UFI A;  1E3X A;  1JF5 A;  1NWT A;  2AAA A;  2DDX A;  3VDH A;  5IDI A;  1CXE A;  2WPG A;  3B9D A;  1NP2 A;  2E9L A;  1AQH A;  3ARV A;  3DC0 A;  3VD3 A;  1H49 A;  4QAW A;  4WK9 A;  3QHN A;  1CGY A;  2A3A A;  6CGT A;  2Z1K A;  3L4Z A;  1UH3 A;  5JBF A;  2WHK A;  5A94 A;  3EMZ A;  4XV0 A;  3BAJ A;  1PJ9 A;  1VB9 A;  5IFT A;  2O92 A;  3SUT A;  4C7D A;  6TAA A;  2IXV A;  1JGI A;  1GHR A;  2BHU A;  3ARX A;  1UZ1 A;  2ZUW A;  3AHT A;  3RJY A;  1SFS A;  2J74 A;  3SCV A;  3TP4 A;  1ECE A;  1J0H A;  4UZS A;  2DSU A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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