4QLLA

Crystal structure of rice bglu1 e176q/y341a/q187a mutant complexed with cellotetraose
Total Genus 196
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
196
sequence length
472
structure length
472
Chain Sequence
NWLGGLSRAAFPKRFVFGTVTSAYQVEGMAASGGRGPSIWDAFAHTPGNVAGNQNGDVATDQYHRYKEDVNLMKSLNFDAYRFSISWSRIFPDGEGRVNQEGVAYYNNLINYLLQKGITPYVNLYHYDLPLALEKKYGGWLNAKMADLFTEYADFCFKTFGNRVKHWFTFNQPRIVALLGYDAGTNPPKRCTKCAAGGNSATEPYIVAHNFLLSHAAAVARYRTKYQAAQQGKVGIVLDFNWYEALSNSTEDQAAAQRARDFHIGWYLDPLINGHYPQIMQDLVKDRLPKFTPEQARLVKGSADYIGINQYTASYMKGQQLMQQTPTSYSADWQVTAVFAKNGKPIGPQANSNWLYIVPWGMYGCVNYIKQKYGNPTVVITENGMDQPANLSRDQYLRDTTRVHFYRSYLTQLKKAIDEGANVAGYFAWSLLDNFEWLSGYTSKFGIVYVDFNTLERHPKASAYWFRDMLKH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Beta-glucosidase 7
publication title Effects of active site cleft residues on oligosaccharide binding, hydrolysis, and glycosynthase activities of rice BGlu1 and its mutants
pubmed doi rcsb
source organism Oryza sativa japonica group
total genus 196
structure length 472
sequence length 472
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2014-06-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4qllA00
4UFLA 1VFMA 1GQLA 4ZXLA 3RM8A 3PBGA 1J0KA 3VGEA 3WMSA 4W7VA 1VEPA 2ZX6A 3FAWA 4TOQA 2YDSA 1M7XA 1F4AA 3WH5A 4MNKA 3WNPA 1LL4A 1HKKA 4GO9A 4HMCA 1R85A 4PCTA 2XVKA 4KGLA 4M24A 1VF8A 3ZMRA 2G3NA 1U2YA 4GIAA 4EKJA 1UR2A 3BAKA 3W24A 2BY3A 1OBAA 3VOCA 3THCA 1OB0A 2CERA 4ACZB 4U2YA 1OGSA 4D6HA 3WNLA 1W2PA 4V28A 4HPGA 1J0YA 1R7AA 3VIKA 1NQ6A 2CNCA 4JIEA 2DDXA 1KGUA 3BH4A 2OWXA 3APGA 2WW5A 1EGZA 4D6IA 4YHGA 4AD3A 4BCEA 4PEEA 1HP5A 2FHBA 4Y7EA 5LYRA 3PZQA 4JZ5A 4AXNA 1DTUA 4MDOA 2CYGA 4BA0A 4BQ2A 2BY0A 4EANA 1KXHA 1B0IA 1JNDA 1WB0A 1WP6A 2OWCA 2DSWA 3ZT7A 3ARPA 2D3NA 1CIUA 4MNLA 1XRVA 3ARXA 3WBAA 1MW0A 5I78A 3CZGA 4P7RA 2W61A 3KEHA 4PUDA 1Q6CA 1W3LA 4J3SA 5IHSA 2Y24A 2WYSA 4P8WA 1UYQA 3IJ7A 4QP0A 2PF0A 2ESCA 4U3AA 3LPOA 3RILA 4MB1A 1CTNA 1B3ZA 2WVSA 1E4IA 3AZRA 3THDA 3T08A 1C8QA 5IHRA 5F7UA 1KXTA 1V6XA 3VNYA 4AD2A 3AIEA 3AZSA 4UQAA 1ODUA 4XUYA 2BVYA 4AZIA 4NF7A 1DWAM 1X1NA 2WBGA 1CLXA 2YIHA 4CD5A 1EO7A 4D6GA 1V3IA 4UQDA 2WC4A 1K9TA 4J27A 1UR9A 2O92A 1E6PA 1VBRA 2CBUA 2F2HA 3UESA 2XSAA 5EBAA 4L4OA 1JZ6A 1W1TA 2DQXA 1TFVA 4PYSA 3UG5A 1GCYA 1E0WA 1S46A 3DYMA 5FL0A 3AMGA 4CVUA 4PUEA 4PMOA 4HU0A 4FK9A 3AISA 1JXJA 4UZSA 4ZEPA 2RGMA 1VIWA 3VD7A 3PN8A 3BC9A 5C71A 1WDQA 2BHYA 2VZOA 3E1F1 1WCGA 3CUGA 2GJXB 3ZJ6A 2XSBA 3WFZA 1KWKA 3BMVA 1R8LA 1ZB5A 4AZBA 4UR9A 1W1YA 3VIHA 1FH8A 4KGJA 1P6WA 3RPMA 4PMDA 2J7FA 3BXWA 1BYCA 3TTQA 4BS0A 2E4TA 3NIYA 2G3MA 4UFKA 3AS1A 4AMCA 4AD0A 2DSZA 3AMKA 2VZSA 2WLZA 1K9EA 4XZBA 4ACZA 1CPUA 3PZ9A 2B31A 3TTYA 3SIMA 1OCQA 3NDZA 1V02E 2G3IA 3B9AA 5HBFA 4AZGA 1FHLA 1QW9A 5IDIA 3AXXA 4P7QA 1CGTA 2NT0A 4PMQA 2WZEA 2V38A 4KWUA 3ZJ7A 1XSIA 1UD8A 1EO5A 1CXKA 3AJ7A 2DH2A 2XIIA 2ZX5A 2V5DA 3ALGA 4CU6A 5CG0A 3VTRA 3CUHA 4QLJA 2O9RA 1PAMA 1XCXA 2WMGA 3CBWA 3BAWA 2J7EA 1WKYA 3MU7A 5AYIA 1H2JA 3BAXA 1EHNA 1YQ2A 3GH5A 3SCPA 1PX8A 4J28A 2E8ZA 1JYXA 2PWGA 1BLIA 1LWJA 2JF6A 3WH6A 3QGVA 1WDSA 2EQDA 4ATWA 4JKKA 3AS2A 2ZXDA 4PCSA 3VVGA 1PPIA 3OBAA 1NOUA 4D72A 4OJYA 1NP0A 3F5JA 5A6BA 2DT1A 4D6EA 5IXEA 1EXPA 4PMRA 4BQ3A 3GXFA 2VZUA 3OIHA 2CBVA 3VIIA 1GOKA 1MQQA 4AY1A 2YA1A 3SUTA 5BXTA 1OSEA 1MYRA 3NSMA 3HJEA 3VUPA 4J3TA 3WD4A 4KRUA 3QOMA 4E4PA 1V6WA 3NDYA 4W85A 1VFFA 1HX0A 1CENA 4XZWA 1UH4A 3OGRA 3AS3A 4P8XA 1OINA 4OIFA 2XFRA 1V0LA 4CCEA 2VRQA 4UFMA 4WKFA 3F4VA 2C7FA 2JIWA 1QI3A 3WEOA 4HMDA 1GHRA 1VEOA 1I1XA 3MMWA 2ZOXA 1E3ZA 5FKYA 2QF8A 2WBKA 3KZSA 3AYRA 1E70M 4PMZA 2X1IA 2VCAA 3KL3A 2Z1KA 5GQBA 1UWQA 5FIPA 1EIBA 1MWOA 1CGWA 1PEZA 4CVWA 2J47A 4UCFA 4LQ1A 1XYZA 3MMDA 2YL8A 3VU2A 2VX7A 5A8NA 3GYCA 5A6JA 1VRXA 2YBUA 3WQ5A 1KGWA 1VENA 1J0ZA 4AD4A 1JZ8A 3T2PA 1JGIA 1ISZA 2VZVA 3A47A 2WWCA 5AC5A 5A6AA 1LG2A 2F8QA 3FHQA 1U33A 3WUEA 2W66A 2WMIB 4NSBA 2DGAA 1CXLA 1ISWA 2PB1A 1V3HA 1Y7VA 1I1WA 5A69A 4TX8A 5D9PA 1LL7A 4QFUA 4P7OA 3W37A 5CLTA 4UOZA 6TAAA 3WQ6A 3VGBA 2WM0A 3PTQA 2CBIA 3PZOA 4CN6A 3ARYA 1JZ4A 1HP4A 3VIOA 2WSPA 1CZ1A 3ZSTA 4URIA 4CD4A 5D9MA 1AQMA 3GZAA 4OOUA 2QPSA 2VVSA 3PZGA 3BLKA 1XGZA 4AIEA 1DWHM 1G1YA 3QOKA 3S2CA 2J8FA 1GJWA 2WSKA 1ZBVA 1GZJA 3WH7A 2EEXA 2XGIA 2QPUA 2WXDM 2PBOA 1BGGA 3CZLA 5HPCA 1UHVA 2PC8A 3GXDA 4LX4A 1CXFA 1NWUA 3VX0A 6A3HA 4WKHA 2EXOA 3M46A 4W89A 1E6NA 3PTKA 2VMFA 2FHFA 4CCDA 3T2OA 3RMEA 1HN1A 3QHMA 3GH7A 3ZR5A 1ZBCA 1Q6EA 1XH0A 4JHOA 4TXEA 2WVTA 4AC1X 1QBAA 2DT2A 5CSUA 3O2LA 3QR3A 1WDRA 1E71M 3FNDA 2GJPA 1QHOA 3ZQ9A 4AZ6A 4W88A 5CLWA 3AHXA 3CHFA 1BHGA 1XD1A 4A4AA 1JDAA 1BYBA 1JYNA 3SEPA 3SCUA 2DEPA 5ABFB 1JZ3A 3SCVA 4DM2A 3L4WA 3NUKA 2A3AA 5BWFA 1V08A 3BSHA 4H8UA 3ZT6A 3OGSA 3DHUA 4AD1A 1ZJBA 3T2QA 3AXHA 4DWSD 3IK2A 1JNEA 5A2BA 2YKKA 3RDKA 3W82A 1NWSA 1J0HA 1QNRA 2VX4A 2NT1A 3VX1A 3WQ8A 3DC0A 3W6MA 1UQYA 3ZOAA 3AROA 3EMCA 1QI4A 3PHAA 5A6KA 2J75A 3W4RA 1UWRA 1OT1A 4YHEA 4Z2HA 1GNXA 2PBGA 3WF4A 4IISA 3WELA 2WHMA 1V3KA 1M01A 2J7HA 2A3HA 1UUQA 1R87A 3N1AA 3ZO9A 1JG9A 1NP2A 2VTFA 1W1VA 1B2YA 2AMGA 3DECA 1Q6FA 1UOKA 2D0FA 1TVNA 3VD9A 1ISVA 1KQZA 1UA7A 1E4LA 3CGTA 2WPGA 1SR0A 3W81A 2XVGA 3BLPX 4JFVA 3VKKA 4YPJA 1MQPA 3VDAA 2BY1A 1WZLA 4W84A 5BXPA 1AQHA 3SCNA 4HZ8A 5CZKA 7TAAA 1XYFA 4FF5A 1MXDA 4HOXA 1J0JA 4H8VA 4ZENA 3D5HA 4DUXA 1D2KA 4HPHA 2VUYA 1BTCA 1HVXA 5AC4A 3L4TA 5A6LA 1GOIA 3D3AA 1VJZA 1RP9A 1KR0A 1JYWA 4AYSA 1UWTA 1KQYA 3N12A 4C7GA 3GXIA 1FH9A 3WH9A 2VR5A 3IANA 2CHNA 4JKLA 1C92A 2D3LA 4AEFA 4Z2LA 1JZ5A 2XWDA 4FMVA 4PTVA 3BSGA 3CHEA 1NOFA 2E8YA 1W91A 3GBDA 2XFYA 4S3JA 4NI3A 1CXEA 5A8MA 1OIMA 1H3GA 1E6ZA 5D8ZA 2WC7A 1LL6A 1QI5A 1J18A 3RCNA 3WDQA 5C70A 2VURA 3VM7A 1G01A 2J74A 4TVUA 5A8QA 4E8CA 1BSIA 2J7BA 1IZJA 3L4UA 2O9TA 1W9PA 3TTOA 1B3YA 4DUWA 3SUSA 2ZICA 3BGAA 3S6TA 3WDIA 5M3WA 2BXYA 2CXGA 5I0DA 4J3XA 2Q8XA 1PZ2A 3VGGA 1XV8A 4AZHA 3ARVA 1H0GA 4LPCA 1OGBA 4MAVA 4W8AA 2OYLA 5DF0A 1SMAA 2YL9A 1JAEA 3WN6A 3WIJA 1KWGA 4LXFA 2VO5A 2X8RA 5AY7A 1LLOA 4HA3A 5GNXA 5EFDA 3AOFA 2EO7A 5FCZA 1JF5A 2YL6A 1HF6A 4B9ZA 3T0DA 3U7BA 3MMUA 4JAWA 3W38A 4U33A 2C8NA 1HXJA 3AMLA 1ITXA 1TUXA 1NARA 1JZ7A 1HVQA 2GUYA 1GPFA 1BG9A 4UFHA 4EE9A 2J79A 1US2A 2O9OA 4H8HA 3WSUA 5TD4A 4J3VA 4A3HA 1FP9A 4D1IA 3W25A 1V6YA 3WMBA 2UY2A 3K8MA 4D71A 1F4HA 2W67A 4D6FA 1E15A 4GI6A 4W87A 1GQJA 3HN3A 5ECUA 2GSJA 3O6AA 3CUJA 1C93A 2E0PA 3WEZA 3ZIZA 4F8XA 2E9BA 2QLYA 4W8LA 3ARWA 1CNVA 1EOMA 4AZCB 1W9VA 4B9YA 3RM9A 1UA3A 2DIEA 3KL0A 4W5UA 3GH4A 1B3XA 2D20A 2WCGA 1UD5A 1NWTA 2PWFA 4J3WA 1BGAA 4M81A 3BAJA 2JF7A 3VO0A 1GOOA 1UKTA 3U7VA 1M03A 1M53A 2WHLA 3AIWA 4PN2A 3WQVA 5GNYA 4PTWA 5BROA 3PZUA 5A8PA 2XVPA 4IPLA 4OUEA 1R86A 4W8BA 1W9BM 1HL8A 4JCLA 4M82A 1IV8A 5LA2A 5I77A 2V5CA 5I2UA 1H41A 4CD6A 4CD7A 3CIVA 5A95A 1XC6A 5IFTA 2RGLA 1B1YA 4J7RA 4CD8A 1L0PA 2D24A 1B3WA 4MTVA 8A3HA 3IAQA 4WK9A 4UQBA 5E0CA 2OSXA 1HKJA 1A47A 3LPFA 5GNZA 1XD0A 4PTMA 1Q6DA 2VZTA 4XV0A 3RJYA 1E1FA 4AIUA 4WF7A 1FP8A 4PMXA 3WKZA 2X09A 3T09A 2XFFA 2ZUSA 4UOQA 3WNOA 3SUUA 1UKOA 1ODZA 4U31A 4BF7A 2D0HA 4Z2GA 3FXYA 1EHAA 4Q22A 4TTUA 2IXVA 2OSWA 1UR4A 1WZMA 3TOPA 4R27A 5A3HA 4LGXA 1CGXA 5A6SA 3UR8A 1E6QM 3F5LA 1H11A 1ZS2A 4EK7A 1GVYA 4JFWA 3WQ4A 4QCEA 3AHVA 3GNOA 1E0XA 3IAPA 4AW7A 4QLKA 3BMWA 1HJSA 4UOJA 2ZWZA 1KCLA 4CU8A 1CWYA 4GINA 2XUCA 3MANA 4D6JA 4AD5A 1C91A 2CCRA 3WBEA 1KXVA 4CGTA 4AZ5A 4X9YA 2UWFA 1DP0A 1MW2A 2CIPA 1XH1A 2UY3A 1XCWA 5D9OA 4A3YA 4H04A 2VX5A 4CN1A 4PSRA 3UG4A 2GFTA 2DIJA 2Y2WA 3WUBA 4DWSB 3WNNA 1KR1A 3NCOA 3T0BA 1E55A 3G6MA 4V2XA 2VRKA 4AZCA 4TVDA 2BFGA 1Q6GA 1TA3B 2VR4A 4PBGA 1V02A 3VILA 2O9PA 1Q4NX 3EDJA 4MB3A 3AI0A 1ISXA 4YN5A 1E73M 4FLOA 1WZKA 3N9KA 1QW8A 5DFAA 4Z2IA 1C3FA 4M56A 1EDTA 1H5VA 4FLQA 1V0KA 4M80A 1V0NA 4WLCA 4TVCA 2GJXA 1UWSA 5HDRA 3VDBA 4U2ZA 3O9NA 4K68A 2XWEA 3OLEA 2WK2A 1HT6A 3TTSA 1LF1A 1MFUA 4WIWA 5IFPA 2WHJA 1B30A 3CUFA 2V3GA 3MV01 3ARZA 2BVTA 2VL4A 3HMCA 3POCA 3WENA 2BHZA 4MJ4A 5DT7A 1OIFA 3VD3A 2J4GA 1G0CA 1MW1A 5M17A 1LJYA 2E3ZA 4IM4A 4F66A 1QHZA 1V03A 1BVNP 3CTTA 2OWWA 4GZJA 4GI8A 3CHCA 1ZBKA 3W28A 3MS8A 2VCCA 1J12A 1UQZA 4F9DA 2WZHA 1E6RA 1R7OA 4L4PA 2WB5A 4P8VA 5DEZA 4W86A 1GUVA 3VD5A 2VCBA 2XIBA 5BYWA 4JFSA 4RL3A 1NWRA 1UD2A 3IJ9A 4H41A 2WVUA 3M7SA 1UKSA 5JBDA 1SFSA 2HISA 1SMDA 3VIMA 2W63A 4UFJA 1HNYA 3AIQA 3OLGA 4ZE4A 2V3DA 4GKLA 4CU7A 4QDMA 5GPRA 1UD3A 3UERA 1J01A 3WQWA 2JEPA 2Y8VA 5A8OA 3I3BA 4GZIA 2CHOA 4MB4A 1LG1A 1JI2A 3WNMA 4PMUA 2XG9A 3EDKA 4N42A 1GQIA 3VGHA 1DWJM 5DT5A 1L8NA 5HXMA 5FL1A 1SYTA 3ZSSA 4MJ2A 4WSKA 1ISYA 5LA1A 3FW6A 3WF2A 1JFHA 5BXRA 3MUAA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4UFL A;  1VFM A;  1GQL A;  4ZXL A;  3RM8 A;  3PBG A;  1J0K A;  3VGE A;  3WMS A;  4W7V A;  1VEP A;  2ZX6 A;  3FAW A;  4TOQ A;  2YDS A;  1M7X A;  1F4A A;  3WH5 A;  4MNK A;  3WNP A;  1LL4 A;  1HKK A;  4GO9 A;  4HMC A;  1R85 A;  4PCT A;  2XVK A;  4KGL A;  4M24 A;  1VF8 A;  3ZMR A;  2G3N A;  1U2Y A;  4GIA A;  4EKJ A;  1UR2 A;  3BAK A;  3W24 A;  2BY3 A;  1OBA A;  3VOC A;  3THC A;  1OB0 A;  2CER A;  4ACZ B;  4U2Y A;  1OGS A;  4D6H A;  3WNL A;  1W2P A;  4V28 A;  4HPG A;  1J0Y A;  1R7A A;  3VIK A;  1NQ6 A;  2CNC A;  4JIE A;  2DDX A;  1KGU A;  3BH4 A;  2OWX A;  3APG A;  2WW5 A;  1EGZ A;  4D6I A;  4YHG A;  4AD3 A;  4BCE A;  4PEE A;  1HP5 A;  2FHB A;  4Y7E A;  5LYR A;  3PZQ A;  4JZ5 A;  4AXN A;  1DTU A;  4MDO A;  2CYG A;  4BA0 A;  4BQ2 A;  2BY0 A;  4EAN A;  1KXH A;  1B0I A;  1JND A;  1WB0 A;  1WP6 A;  2OWC A;  2DSW A;  3ZT7 A;  3ARP A;  2D3N A;  1CIU A;  4MNL A;  1XRV A;  3ARX A;  3WBA A;  1MW0 A;  5I78 A;  3CZG A;  4P7R A;  2W61 A;  3KEH A;  4PUD A;  1Q6C A;  1W3L A;  4J3S A;  5IHS A;  2Y24 A;  2WYS A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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