4RCXA

Trichomonas vaginalis triosephosphate isomerase tvag_497370 gene (ile-45 variant) loop 3 deletion protein
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
246
structure length
235
Chain Sequence
MRTFFVGGNWKANPKTVEEAEKLIEMLNGAKVEGNVEVVVAAPFIFLPTLQQKLRKDWKVSAENVFTTVPMIKSFGIEWTILGHSERRDFLAAKAKFALENGMKIIYCCGEHLSEREAGKASEFVSAQIEKMIPAIPAGKWDDVVIAYEPIWAIGTGKVASTQDAQEMCKVIRDILAAKVGADIANKVRILYGGSVKPNNCNELAACPDVDGFLVGGASLEPGFINIVNSNVHSK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Trichomonas vaginalis triosephosphate isomerase loop 3 deletion protein
rcsb
molecule keywords Triosephosphate isomerase
molecule tags Isomerase
source organism Trichomonas vaginalis
total genus 82
structure length 235
sequence length 246
ec nomenclature ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date 2014-09-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4rcxA00
2V81A 5T26A 2PRLA 3GR7A 2JKEA 5HUPA 4S2BA 1O5KA 1W37A 3D0CA 3PSVA 4A22A 1YXCA 1EIXA 1LBLA 1TJRA 1KM1A 2WNQA 5DBUA 1KM0A 5CZTA 2V8ZA 3O07A 3B8DA 2J9YA 3ZFHA 3DHFA 1NAL1 4QAIA 5LGZA 3GDKA 3CTLA 3OA3A 3LHVA 3SSJA 4YMZA 5KITA 2CWNA 4WY0A 2X1SA 4NQ1A 1S3HA 1TCDA 3W7PA 4HKPA 3P60A 3OBKA 3W7CA 3LBMA 4FNTA 1GT8A 1FCQA 3PF3A 3C2RA 3BG5A 1DVJA 1XXXA 1A53A 2E68A 1TB3A 4PH6A 4DO6A 3PBVA 3H53A 3N9RA 5FEZA 3W2LA 3W75A 3YPIA 5CPLA 3BGJA 3S0CA 1KBIA 1ZHAA 2VOMA 3DGRA 4LS1A 3TX9A 3HPSA 4RV8A 1K7FA 1QPNA 4GUIA 4O0ZA 3N2MA 2YFOA 1EPXA 2GVLA 1LOLA 3I7QA 3STFA 1SQ7A 5CPOA 3C8FA 4UNKA 1YYAA 2OT0A 3W1QA 4UMBA 2QKFA 3G1VA 3EWZA 3A5VA 2OMAA 1OFQA 4N2YA 1IXQA 3PVFA 3THQA 1TTPA 3UNDA 3CB8A 3MUXA 4DBEA 1HUVA 5AHLA 3W1AA 3EWYA 3IVTA 4DQWA 1BWLA 2Y7GA 4YCOA 4HT3A 5HMSA 4ZZ9A 4CCEA 2RDWA 1THFD 4Y96A 3L0NA 1FXPA 2ZTKA 1F6PA 1SR9A 3GDMA 3INPA 3TQ0A 3L0GA 3HG2A 4TMBA 3QPYA 3A9IA 5DCDA 1KFCA 3F4WA 4RK8A 1OFEA 3GXNA 3TA6A 2Y85A 3HF3A 2YW3A 2A1YA 3NEVA 2RKXA 3G0SA 1I8JA 4JIQA 1FWNA 2Y7FA 1TV5A 1LLWA 5K9DA 5G1YA 5EMUA 4Y8FA 3W7LA 3MHGA 3TCEA 2XFWA 1XL9A 3W71A 1I45A 2ZRXA 1EX5A 5G1TA 2ZRUA 4K8EA 4YLWA 4CQAA 4Z1DA 4ONVA 3T55A 2DU2A 2NV1A 4FXSA 3S5OA 3W23A 4A29A 1W0MA 5F2IA 1GYLA 5DLCA 3BW2A 1EWDA 3IEBA 1QDSA 3TU9A 1QPOA 1QO5A 2V9DA 1MXSA 2Z2UA 1S5WA 5C5YA 3GYEA 4DF0A 4LC6A 5D2XA 4I7WA 2YDAA 2QEZA 1J2WA 4P2VA 1GG0A 5HR6A 5KMYA 3LRMA 4H3DA 5CPNA 2ZCGA 2H8XA 1DHPA 1SPQA 4QIUA 3EWUA 3NQVA 4IMFA 1TTQA 3WK1A 1VHCA 1CI1A 4GFSA 2Y61A 2VEIA 4JICA 1SW3A 3VE9A 4CCDA 2BXVA 3BPWA 2P10A 2QF7A 3EXSA 1DBTA 1XC4A 2ZZ3A 1G7VA 5HWNA 4L4LA 1ZALA 3M0ZA 4MUZA 4JYFA 3PBUA 2X1TA 4JTIA 1WYIA 1LOQA 3BVJA 1VCGA 3NQ8A 1SO3A 3BLFA 1SZNA 4ADSA 3LB0A 3P84A 1HL2A 1Z48A 2GOUA 1Q6QA 3MP3A 3IGUA 3W1XA 4NU7A 3UXAA 3L66A 2CLFA 3GDLA 1OX5A 1Q6OA 1RR2A 4MJMA 3NPVA 4ZQRA 1EP1A 5BW6A 1Q6RA 4ZQCA 1OF6A 4AF0A 1ONRA 4O8RA 5KZMA 1JRBA 1DORA 3SFKA 1GZGA 4NNCA 1GOXA 5EKYA 3USBA 3IIXA 1B4KA 5E1QA 4O4WA 2VFGA 3KVJA 3IV3A 2R14A 3NM1A 4WUIA 3GDTA 3R2GA 3UWVA 3G1SA 1I2RA 5AHMA 2EF9A 4KFNA 4A2SA 1KM4A 3H54A 4GUJA 1VPXA 4O18A 4ORMA 4UTTC 4WXZA 4ZMGA 3HB9A 5FF4A 1GQNA 3W6YA 3Q37A 4O4VA 3R89A 3VKJA 4MIMA 4YXGA 2YCEA 3STEA 4BI6A 4PODA 2Y62A 2QCMA 3C4UA 1G4EA 3QW4B 1W3TA 5H2ZA 1SZFA 3G1HA 4Q4KA 2ZRVA 1GWJA 5DXXA 1VCFA 1GVOA 3H55A 3O05A 3HMJG 3L21A 2DZVA 2QDHA 3W83A 3V1PA 3L0KA 1MZHA 4JX4A 3IRDA 1MO0A 1MSSA 1F73A 2X2GA 3MWAA 1WOBA 5LSMA 4UCGA 1W5PA 4OQVA 4CLMA 4R53A 3TW6A 4JXCA 3BG3A 3N73A 3HGRA 2Q3OA 5TBOA 3LTPA 3TNOA 4MLJA 1U5JA 2XN1A 4JTTA 1N55A 3A23A 3LHWA 3CM4A 1R30A 4Z0SA 1FWWA 1N8FA 4WZHA 1PL9A 4NXKA 3O15A 3LCHA 3NQ2A 3P74A 4MZYA 4DBDA 1PS9A 3GNNA 1W5OA 3C2FA 1Q45A 1HO4A 1XBXA 3W1LA 1H7OA 2A6LA 4IWWA 3TQVA 1WBHA 1FWRA 3C56A 3IGSA 3WJXA 3W3OA 2YZRA 3MP5A 2H90A 4MY9A 2CZ5A 5DCBA 4JR5A 3ATZA 3F1QA 4MVAA 2C16A 5HULA 3C2EA 2C3ZA 3G3MA 3S5NA 2RDUA 4O1CA 1B3OA 3W7KA 3L5AA 1KFKA 2WSRA 4EVZA 3LHYA 5F2LA 1W8SA 4JD4A 3G1DA 1PV8A 4GWEA 1KA9F 2YYUA 3W7HA 4UXDA 5G2IA 3VNDA 3KHJA 2CLEA 1AMKA 1P0KA 3WK2A 3TAOA 3TROA 5KINA 5SWUA 4FNSA 4JYDA 1PCWA 3SIZA 3DXIA 3N9SA 1H7XA 1XDLA 2R8WA 4NXSA 1TV7A 1XBVA 3EX3A 3WK3A 4KWVA 5F4WA 1A5AA 3B03A 1ALDA 2HSAA 3EX1A 4I9AA 2NUWA 4HSNA 3W2JA 1JQVA 3NZRA 4OGZA 2VFEA 4WOQA 5I3FA 1ZFJA 2C19A 1ZCOA 2QAFA 4IPJA 4HNTA 2F84A 2ZDRA 3W1RA 1H61A 1FCBA 1VGAA 3DFTA 1M7OA 3M44A 1QAPA 3HG3A 3PBYA 3LDVA 3BK0A 2H3BA 4JTGA 3EX4A 1VH7A 3NQ6A 3RMJA 3OEXA 1TPH1 2HS6A 1P1XA 3KAOA 3HG4A 2QCNA 1VYRA 1RV8A 3TDFA 3UWQA 3DAQA 3KOFA 3O06A 1YDOA 1L9WA 1JULA 2CFFA 5D02A 3W72A 3P81A 1IIGA 4WOZA 1C29A 4OHQA 3RF9A 3NQDA 3OVQA 3L67A 4UC5A 1Z44A 5GVJA 3W1UA 3T40A 3TQKA 1KW1A 4HSOA 3ZS4A 4JN6A 2ZA2A 3FFSA 3G18A 4EF9A 4HN4A 1OFDA 5BMWA 3CT7A 3OIXA 3GXPA 1T99A 1XFBA 3SR7A 3ABQA 3I68A 1R46A 3QSTA 4RXGA 4XBSA 3HGOA 4JTJA 1TPC1 3LHUA 3NZ1A 4XZ9A 3TH6A 2YXGA 3PAJA 4TR9A 1SUXA 1J4EA 3LXCA 3PG9A 1QPRA 1KM6A 1LTDA 4BWLA 4MY1A 4MFDA 2JKPA 3A21A 1W5QA 2LLEA 3W1MA 3MBDA 2VXNA 2Y7EA 2Z1BA 2V2HA 6TIMA 2Y88A 4JEQA 1GEQA 3TSBA 4Y9AA 4O0KA 2CLHA 4BR1A 4ZL1A 2NX1A 3CLMA 2GJLA 3AJXA 2PE4A 3M7WA 4RZ5A 3I7RA 1DKWA 2FDSA 3G0UA 3LGEA 1WX0A 3EWXA 1VS1A 3PB0A 3RNDA 1ZNNA 2OCZA 3DI0A 4WY0F 2A6NA 3ABSA 4IJBA 4LC8A 5LHFA 4ADUA 3CPRA 3I7SA 3LHZA 1XUUA 3P7YA 3L68A 4UMAA 2E09A 3C3NA 3C52A 5AB3A 3DKJA 3U6WA 3C2VA 2J6XA 4K6AA 3ANYA 2VEPA 5BMXA 4M7SA 1WOAA 3S5YA 3CWOX 4JX6A 3W1PA 1W56A 1H63A 3W7RA 3E9AA 1QPQA 4IUOA 5K4XA 2GQAA 2V2CA 1A5CA 4Z08A 3HPZA 2NXIA 4RR4A 4TIMA 5K2ZA 3S1VA 3TUUA 2C6QA 2NWRA 3GR8A 3HGJA 5LHEA 1QO2A 1SO6A 3E02A 2QCDB 2ZTJA 1JRCA 1TJPA 2ZZ1A 3BG9A 2QCGA 3CIXA 3MHUA 2DZTA 3R8RA 2DZUA 1OX4B 1LRNA 3QJAA 3O8AA 2GPTA 5KZEA 2ATSA 5AHNA 3W7OA 4AXKA 4UTIA 1EUNA 5BRBA 3M9YA 5AOUA 1KM3A 3QFEA 1JUEA 4CNNA 2J27A 1O95A 3FIGA 4RCXA 2NLIA 3NO5A 3QQ1A 5K9CA 2FTPA 5I3HA 4E2DA 5DBTA 2Q8LA 2Q3RA 1G4SA 2E6FA 3S8HA 1EA0A 1O4UA 1X7FA 4FIRA 4LRSA 2WOQA 3QEZA 4TU1A 4TX9A 1W31A 3HO8A 5FEPA 1Z42A 1VLWA 3PSWA 4UFJA 1IF2A 4ZQMA 2FIQA 2ZQ0A 2FPTA 1TYGA 4GJ1A 4LY8A 5U4NA 2NUYA 3QMTA 3QMRA 1ZAHA 3NOEA 3TMQA 2E6YA 4S1FA 3PUOA 3GX9A 1ADOA 1X8FA 2H3DA 5I3GA 3HBLA 5IBXA 5C54A 2WSYA 3M5XA 3B0UX 3QH2A 1H51A 4GXMA 4N9DA 2C0AA 1GTHA 4GC4A 4UNLA 4O14A 5U7SA 1QWGA 3W2UA 5F2GA 3O6YX 2ZA3A 3W1TA 5CZ0A 5CG7A 3CIWA 2PRMA 4AWSA 5LNRA 3UWZA 4O28A 4ZVJA 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1WBJA 2YSWA 4YL2A 2QJGA 3BV4A 3HGSA 3E49A 4KFOA 3RLUA 3S1UA 4CQ8A 2CZDA 3TC6A 4MZ1A 3RFAA 5HJLA 3L5LA 1TPB1 2H6RA 1S5TA 2DJLA 1KTNA 5G5IA 3LRKA 4RX0A 1AW5A 1GVQA 3B06A 3C0JA 1TPVA 1VHNA 3KRZA 4DEFA 5HNRA 3N2XA 2I9EA 4X2RA 1X1OA 4UTUA 1B57A 2DORA 4HNVA 4K38A 3MI2A 3QC3A 2VC6A 3GLCA 4IX2A 1OFPA 1YDVA 4Y90A 4X3ZA 4QSHA 4H4IA 3UYCA 3G8EA 1UJPA 2VELA 3NQEA 3E12A 3E0IA 2GQ8A 4ADTA 2ATMA 2OJPA 2QCLA 3WJZA 4XKYB 3TJLA 5F4XA 3CC1A 2AAMA 3NQCA 1DL3A 4FX8A 4O52A 2ISSA 1TPEA 4UTJA 1OVDA 1KLYA 3PBWA 2XN0A 3R12A 1WXJA 1P5BA 1AG1O 3G1AA 1PHQA 2NUXA 2D73A 4AHPA 3HPXA 3Q58A 1F5ZA 4GBUA 1A50A 3TXZA 3GB6A 4S2CA 1RD5A 3DFSA 4R7JA 5DY2A 2X1RA 1TRDA 3I65A 3R13A 4RZ6A 4A3UA 3IIVA 2ZRZA 4JY9A 3ELFA 3LBCA 4LOCA 3N19B 5FEWA 3SJ3A 1A5BA 1ML1A 3DBPA 4N9CA 1SFJA 1OFAA 3EX2A 3CU2A 3SGUA 5TQLA 4Y6GA 3NL6A 4N4PA 4QM1A 3TKFA 1F2JA 4Q33A 3M41A 5E93A 2CZEA 3DFNA 5F2MA 5KSWA 2EKCA 1JCXA 1JVNA 3MI6A 3P67A 1SZEA 2WJZA 5CSSA 4OWGA 1YPIA 4N9EA 3P8JA 4K37A 3ZR4A 1FWTA 1GTEA 4K7VA 5CKSA 2CZFA 4H6KA 2QCEA 3LI1A 4MKNA 4NNBA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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