4RCXA

Trichomonas vaginalis triosephosphate isomerase tvag_497370 gene (ile-45 variant) loop 3 deletion protein
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
246
structure length
235
Chain Sequence
MRTFFVGGNWKANPKTVEEAEKLIEMLNGAKVEGNVEVVVAAPFIFLPTLQQKLRKDWKVSAENVFTTVPMIKSFGIEWTILGHSERRDFLAAKAKFALENGMKIIYCCGEHLSEREAGKASEFVSAQIEKMIPAIPAGKWDDVVIAYEPIWAIGTGKVASTQDAQEMCKVIRDILAAKVGADIANKVRILYGGSVKPNNCNELAACPDVDGFLVGGASLEPGFINIVNSNVHSK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Isomerase
molecule keywords Triosephosphate isomerase
publication title Trichomonas vaginalis triosephosphate isomerase loop 3 deletion protein
rcsb
source organism Trichomonas vaginalis
total genus 82
structure length 235
sequence length 246
ec nomenclature ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date 2014-09-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4rcxA00
3W75A 3VNDA 3S42A 1LOQA 3S6DA 5AHIA 3DU0A 4WX2A 1R46A 1RVGA 3DFPA 2PRHA 4E2DA 3LHVA 2YFOA 3GNNA 3W1XA 2RFGA 4ORIA 3W2NA 4O1BA 3K30A 3W2LA 1Q6QA 5KZMA 3TROA 3GXNA 2C3ZA 2QCGA 2XN1A 3UD6A 1WDWA 3NO5A 2NX9A 1QFEA 1T0OA 5HULA 1SU5A 3S1VA 5FEPA 3LTPA 1S5TA 3EWWA 1YPFA 1U83A 2OT1A 5F2LA 5CZJA 5TIMA 4JN6A 3CTLA 1L9WA 3DBPA 2I1OA 4MLJA 2DU2A 3G1DA 4LRSA 1L6WA 1P0KA 3UXAA 3RMJA 4Z0JA 1G4TA 3STFA 4JX4A 5K7JA 3B03A 2RHGA 4CQ8A 3QMRA 1KV5A 3M0ZA 2ZRVA 2VEIA 4NJIA 1TRDA 3W3OA 3HOJA 1JRCA 2O7SA 3WK3A 2ZRUA 3UZ5A 1Q6OA 3HGJA 2VKZG 4O15A 4N4QA 2ABBA 5FF4A 2E09A 3MUXA 1FBAA 4LV4A 4IXXA 5EY5A 5HWNA 2JKEA 3IGSA 4O12A 4BFAA 1W5OA 4KFNA 4QIUA 2QCCA 3L65A 5FF3A 3L0NA 4BWLA 3LDVA 2YZRA 4QM1A 3EXSA 4LV9A 5EMUA 3PAJA 2AGKA 3UWYA 3HGSA 5D33A 4M6PA 4A2RA 2JK2A 3P82A 5LHFA 3LHYA 3NL6A 3BPWA 1XUZA 3W86A 4E0CA 4JTEA 4RZ4A 3W7KA 2X1SA 5DN1A 4IMCA 1VGAA 2J9ZA 1OK6A 2QCNA 4JXCA 3W85A 5AYXA 1M5WA 3F4WA 1ME9A 5LKYA 2EPHA 3UWWA 1QPRA 1PVNA 2NV1A 4JDYA 4OGZA 4LTSA 1W5NA 3GXTA 1KBJA 2GPTA 1F7BA 5FI8A 4U28A 2OMAA 4NX5A 4HT3A 2BXVA 4RX0A 3OBKA 3C2EA 3M47A 3T44A 1KM6A 4RKAA 1TRIA 1Y0EA 4N9EA 2A2IA 1MEWA 2R14A 1I45A 3PBYA 2E77A 5D30A 3GKFA 2ZBTA 4IPIA 1JULA 3B0UX 3ABSA 4MFEA 1VJIA 4Z1DA 3QRHA 3UXDA 4E2BA 4GXMA 2Y70A 3B06A 1WOAA 8TIMA 3CC1A 3OA3A 1O5XA 4JGDA 4Z1CA 3FYOA 3DI1A 2NUXA 3C52A 1I4NA 4RXFA 1TV7A 2ZFAA 3SSJA 4JX6A 1UASA 2CZFA 4NXKA 1GTEA 3I65A 1KTBA 4LT9A 3W7LA 2GVGA 1OYBA 5IBXC 4UNLA 4HN4A 4AMAA 3CHVA 4WD0A 5DXXA 4GUHA 2DZWA 1QPOA 3E9AA 3M41A 4NVTA 1M7PA 2CU0A 2X2GA 1H62A 4O13A 3EKLA 2E5DA 1ADOA 5D05A 4M6QA 4KKXA 1KA9F 1I2PA 1RR2A 3Q94A 2P10A 4N9DA 4PFMA 1YDVA 3LERA 4QNWA 1F05A 2GJLA 1WV2A 2ATMA 3CIXA 2G96A 5F1UA 3PBVA 3O15A 1ZAJA 1V5XA 3YPIA 2A5HA 4O18A 4EVZA 3BG5A 4PL1A 1X8FA 5K9DA 3IGXA 4JIQA 3S5ZA 2VXNA 1TV5A 2ZZ7A 3I6RA 1XBZA 3HPSA 3W7EA 4ADUA 4DF2A 1SUXA 3MYOA 3A21A 4I7VA 4NNAA 1X1OA 4ZMGA 2H6RA 1W3IA 3HGOA 5CZSA 1KFEA 3O05A 1GWJA 4YL2A 5TQLA 3UY8A 1TJPA 1VZWA 4YCPA 4BWLC 3SJ3A 4UC5A 1H60A 3CLMA 5D2XA 4RCXA 3VKJA 3HPXA 3I7SA 2QR6A 4KWVA 2G95A 1OABA 4O19A 5K3VA 3FKKA 2X1RA 1GZGA 4IMFA 4QQ3A 1L6SA 5HJLA 5FEWA 4O11A 5CSSA 3EXRA 1KTCA 1KM5A 2NXHA 3P5YA 1OFRA 4IMGA 2DZXA 1A53A 2V82A 2X1UA 4CLMA 1KM4A 4NX0A 1HG3A 3W1PA 1WQ5A 5J5RA 3L0GA 3BG3A 2NV2A 3G18A 1NF7A 4HKPA 1I2RA 4JTFA 3ZS4A 4NXSA 4RXGA 3THAA 4FX8A 1XI3A 2OT0A 2C15A 3NOEA 5LNSA 3NZ1A 5BMXA 1F74A 5HNRA 4O52A 1SFJA 3CEPA 3FOKA 5HR6A 3QW4B 4AHQA 4MZ8A 3STCA 3TX9A 3PULA 4R34A 3DKJA 3VFLA 4NZFA 2V5BA 4JEQA 2J9XA 1JQVA 2BTMA 3NL5A 5AC7A 5D09A 2YCEA 2WNZA 5CZ0A 3UWUA 4AAJA 1DQXA 3W7NA 3HO8A 2PRMA 1G4PA 5C2XA 1WAUA 2G5WA 2QCMA 2P0OA 4FXRA 3N9SA 3T7VA 1R2TA 2Y85A 3HG4A 1EIXA 2V2HA 3G0UA 2ZTKA 4UMBA 5EBUA 5ABTA 3W1QA 4GNJA 1JCYA 1H51A 3G3MA 4KFPA 1EPXA 1R47A 6ALDA 4CCEA 3GDMA 3LCHA 3DHDA 2CW6A 3VE7A 1NEYA 2NXGA 2A1YA 5C55A 1SO5A 3G1AA 2Z0IA 1DOSA 3W1TA 4JIPA 5DCEA 1RQHA 5D03A 3B0VC 1LBLA 1B4EA 1H63A 1ZNNA 5K9XA 2BSLA 2ZA3A 5D2TA 4FB7A 3LCWA 5SWUA 4CNNA 1VYPX 2V2DA 1HO4A 1OYAA 3O16A 5AHEA 2Q3RA 4AH7A 3QF0A 4WJEA 3G3DA 4O1CA 3W7MA 4LUIA 5HMSA 4G1KA 4AHPA 3L2IA 3W83A 2A6NA 2FPYA 3P80A 4IUOA 3CPRA 3TXZA 3UNDA 3GNDA 5CZTA 3TSBA 2B7OA 3B0PA 2WNQA 1NF0A 4NU7A 4Z0SA 3TR2A 1D9EA 3NL3A 3GAKA 2Y88A 4LS2A 2GJNA 1EP2A 1GYNA 1WBJA 1LORA 3BLEA 2Y62A 4N6EA 2Y7FA 3LOTA 4CQAA 3N2MA 5EL1A 1F73A 1JCJA 2W79A 3WJXA 7TIMA 1EP1A 5HR7A 3QC3A 5F2IA 3L21A 2GVLA 4DXVA 4FNQA 3P62A 3DENA 3IVTA 3DAQA 5D02A 4N9CA 1EWEA 4GFSA 1SW3A 3NQMA 2Y7GA 3KXQA 3LRMA 1J5TA 1PE1A 1H7PA 1OFPA 2A7RA 3P8JA 1SO6A 4LU0A 4LC6A 3LM7A 3IVUA 1DKWA 2NUWA 3RF9A 5KITA 3NYZA 1SSDA 2J9YA 3M43A 3W76A 3QZEA 3LBMA 2Y6ZA 2CLEA 4GRSA 1MZHA 2JBMA 3N34A 3ZFHA 3GDKA 5KZEA 4FF7A 1VH7A 1U5JA 1CX9A 5CSRA 1VS1A 1SR9A 3TQKA 2PE4A 1GVQA 3WK2A 3N2XA 3BGJA 1H7WA 4Y9AA 2JKPA 3RLVA 1OJXA 5LHEA 3QW3A 1GQNA 5KSWA 5FEXA 3HMJG 3E02A 1W5QA 1RD5A 1FCVA 2EGZA 3DXIA 2H3DA 1I2OA 4O57A 4QITA 3KRUA 4BR1A 1W0MA 1J4EA 1OF8A 3P67A 4WOQA 1KFLA 4OE7A 3WJYA 3CU2A 3GK0A 4YCOA 3ZWTA 1VC4A 4UTIA 4HSOA 4H3DA 1W56A 1L2UA 3LBCA 4DO6A 3DFOA 4LW7A 3HB9A 3HG2A 4RZ5A 1AL7A 4QNEA 1KW1A 3NGJA 3USBA 3UQNA 1TPWA 2VC6A 2Z6IA 1WX0A 4S2BA 3S5NA 3PBUA 3BW4A 2QUTA 2CLLA 3LI1A 2E1DA 3WK0A 3EX6A 1P1XA 1TPFA 3S9YA 2NLIA 3BW3A 1TQXA 4H6KA 5CGQA 2VFHA 4M7TA 4YXGA 4UFHA 3MP3A 3LCFA 4JD4A 5HWMA 1HL2A 3BG9A 3A9IA 4DF0A 4YMZA 1ICQA 2E5CA 4XQ6A 4NJGA 4JTIA 2Q8LA 3W7GA 1SZNA 5D2YA 1IGSA 4ZL1A 1RQEA 5LGZA 3QMTA 2Z6JA 5BOOA 3P7YA 1OFAA 4JTKA 4QISA 3FA5A 4I9AA 4XWUA 3W22A 1TQJA 3TMLA 1QO5A 5U4NA 4WY0F 3S0CA 1KFJA 3MHFA 4KWWA 5U7SA 1B3OA 5BNKA 1TTQA 1GTHA 1TPEA 1QO2A 3G8RA 1LRQA 3R8RA 4MY8A 2YYUA 1P0NA 4S1FA 4B5NA 3TE9A 3L5LA 1NAL1 2DORA 1TJRA 3LHWA 2RH9A 5HUOA 3W1RA 4LY8A 5HWJA 1DQWA 4ICNA 4LVDA 3GYEA 3OHIA 3W70A 5A8GA 4IMEA 3W7QA 5K9CA 2V2CA 1OX6A 3C0JA 3P8IA 3I7QA 5G1YA 5G4WA 1B9BA 1PIIA 3I68A 2ZRXA 4OWGA 1KLZA 3W7RA 2VEKA 4FX7A 3BLIA 3ABRA 4FEZA 3PC0A 5AYYA 1DORA 5AHMA 3IIZA 4N2YA 3L68A 2ZZ6A 1ME8A 3LRLA 3H55A 2PCQA 5CKSA 4ZVJA 4ONVA 2FQIA 3MO7A 2FJKA 2ZA1A 2X30A 3M9YA 3DH7A 2E6AA 5HUPA 4O0ZA 4L4MA 3IIVA 3W73A 3NPVA 1SZGA 2YYTA 4FIQA 1JJKA 3MW7A 3W7PA 3N9RA 3JS3A 3KVKA 5KINA 5I3GA 4ZQPA 3R89A 3QM3A 1DL3A 3W7HA 2FTPA 3W6YA 4LWWA 5EPDA 1SZEA 4XTIA 3TH6A 3MBDA 5AFDA 3NAVA 2JKAA 1M6JA 1GJPA 1OHLA 4K37A 4DELA 1PL9A 1K8XA 3BV4A 3FYPA 1MSSA 1MO0A 4LVGA 1KM0A 2D73A 1A50A 1GYLA 4NUWA 3IIPA 3LLFA 1LP6A 2GQ8A 3W1MA 5DY3A 4O53A 1VCFA 1LZOA 2QUUA 3G24A 2E6FA 4O17A 3TUUA 5KTLA 2C6QA 1G67A 4WY0B 1DJNA 2H90A 4A21A 3D0CA 2C16A 1G7UA 3TA6A 3V1PA 1F6KA 1Z41A 1G7VA 1P4CA 1QPNA 2FIQA 2AAMA 4MUZA 3MP5A 3C61A 4O10A 4WZHA 4L4LA 1LRNA 2C18A 1SO4A 2B7QA 3GDTA 4K36A 4IWWA 1IIGA 4LNYA 1FCQA 3G22A 1H1YA 1Q3NA 3DFSA 1FQ0A 4AWTA 4O0KA 1ZCOA 3M5YA 3GX9A 4O8RA 4TO8A 5FF2A 4DQWA 2R94A 2ALDA 1XBVA 3W84A 1D3HA 1F6PA 3C3NA 4WY0A 1EX5A 4IX0A 3LCGA 3EXTA 1LRTA 1OX5A 3TCEA 1QOQA 4Y6GA 2Y7EA 3FIGA 1B4KA 2O7QA 1QOPA 3DFTA 1YXCA 2TSYA 2NWRA 3O6CA 2DZVA 4UR7A 4A3UA 1QR7A 1XFBA 2WO5A 3NEVA 4EF8A 1UUMA 1HUVA 5FESA 3TIMA 2PURA 4RR4A 3TKFA 4D2JA 1LBMA 3A24A 5F4WA 4NQ1A 1GVSA 1FDJA 4ZQMA 4BI6A 2C0AA 2ISSA 1R2SA 3GR7A 1I8JA 1GVFA 2QAFA 1VYSX 3HIJA 3UWQA 1E51A 2VFDA 2B0MA 1TREA 3NQDA 3PSVA 2ZRWA 3W74A 5DXYA 1VHCA 3WJZA 3PUDA 1YTDA 4EOUA 2PC4A 3M7WA 4ZQNA 2PRLA 1DBTA 3HF3A 4HNVA 1KTNA 3DHFA 3EX3A 1B57A 2H8ZA 4HPXA 5FEZA 3DI0A 3QSRA 4OT7A 5AOUA 3MYPA 3UPWA 5AHNA 1FDZA 1G4SA 4JTGA 2VFEA 1TTIA 3W2UA 4FNRA 1MEIA 3ELFA 4TIMA 4PEKA 1F5ZA 3NQ8A 4UFJA 4C1KA 1KFBA 3W7OA 1I2NA 3M5ZA 4JYFA 3S5YA 3SY5A 3Q58A 2TRSA 4TR9A 1CI1A 3IIOA 1Z48A 3W7CA 3BARA 3ANYA 1S5WA 4OHQA 3NDOA 3LGEA 4TMBA 1MEHA 5I3JA 3LCIA 3M6YA 4BK9A 1XBXA 1DV7A 2DJLA 2QJHA 3OVRA 1KFKA 4MZ1A 5I3IA 2WPBA 3LXBA 3OVPA 2DZTA 3MMTA 1FCUA 3LI0A 2R8WA 3U6WA 3PSWA 4MY1A 1L6YA 2EAWA 3QJAA 4MYXA 4UTLA 5LNWA 2WQPA 4YWIA 3N73A 3M5VA 3TXVA 1PCWA 3G1XA 3NPWA 4UNKA 3IVSA 2V0TA 3CQ0A 4JTSA 1UB3A 1KBIA 3EWUA 1A5AA 1S3HA 2FDSA 4LUJA 5DCBA 2A7PA 4A2SA 4JY8A 3W2KA 2W0UA 3HJZA 4UMAA 5F4SA 2CZDA 3P5ZA 5LNUA 5F2MA 1YXDA 1EA0A 3WJWA 1X6UA 3PBWA 3VI2A 2YW3A 4DBDA 4HNNA 3C6CA 5HINA 4RLIA 2YGYA 4UFIA 5I3HA 3ABOA 1K8ZA 4ML9A 2YPIA 1JCLA 1W3NA 3EX2A 1IXNA 4A29A 1QDSA 3QEZA 4HNUA 4NZJA 5AN7A 4AB4A 1SO3A 2AQWA 1BEUA 1BKSA 4MYAA 3BK0A 2VEMA 2A0NA 2EHHA 5EKYA 5D37A 4IX2A 1DVJA 3P84A 1ZY9A 3RLUA 1LDCA 1YLVA 4FNPA 1YXYA 3VE9A 1VPXA 4RK8A 3LHUA 1Z42A 3P60A 3QSTA 3NA8A 1EEPA 3QPYA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1LOQ A;  4JQA A;  4HGX A;  2PRH A;  3VDA A;  4E2D A;  2B81 A;  3W1X A;  2NQZ A;  4ORI A;  4QCF A;  1UKQ A;  4O1B A;  1Q6Q A;  4DJE A;  4M80 A;  3GXN A;  2XN1 A;  1Q7Z A;  3CQI A;  3UD6 A;  3NO5 A;  4IPP A;  1C7S A;  3KZS A;  5HUL A;  3S3G A;  3POH A;  3GG0 A;  1KRC C;  7A3H A;  1YPF A;  1U83 A;  3MQT A;  1X7I A;  2QW5 A;  5F2L A;  3S4T A;  1UMY A;  3VIF A;  3TTQ A;  2BNJ A;  1L9W A;  3URA A;  3JW7 A;  2WWD A;  1WKY A;  5CBI A;  4ZB0 A;  5FJU A;  2V3E A;  3AS0 A;  2QVH A;  2VDI A;  2WHK A;  3WLN A;  4Q4Q A;  1XLK A;  1VRX A;  4XVD A;  3T0D A;  1TRD A;  4GG9 A;  1YRR A;  2QT3 A;  3HOJ A;  2O7S A;  1P7T A;  3HGJ A;  3FYY A;  3ZIZ A;  2AGT A;  2ABB A;  5LIW X;  4K3Z A;  4NI8 A;  1VEM A;  1FBA A;  1ELS A;  2VRJ A;  3UR2 A;  1WDQ A;  4FI4 A;  3WQO A;  2XIB A;  2JKE A;  3IGS A;  3ZLG A;  2PF8 A;  1GKP A;  1W5O A;  5A69 A;  4Z2K A;  1QUM A;  4UZU A;  1VEN A;  4BF7 A;  5BU9 A;  3LDV A;  4QM1 A;  1WE5 A;  4LV9 A;  4KEM A;  3MMW A;  1IWB A;  3OO2 A;  5D33 A;  4A2R A;  4CVU A;  1V6W A;  3BPW A;  1KR1 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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