4TIMA

Crystallographic and molecular modeling studies on trypanosomal triosephosphate isomerase: a critical assessment of the predicted and observed structures of the complex with 2-phosphoglycerate
Total Genus 90
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
90
sequence length
249
structure length
249
Chain Sequence
SKPQPIAAANWKCNGSQQSLSELIDLFNSTSINHDVQCVVASTFVHLAMTKERLSHPKFVIAAQNAIAKSGAFTGEVSLPILKDFGVNWIVLGHSERRAYYGETNEIVADKVAAAVASGFMVIACIGETLQERESGRTAVVVLTQIAAIAKKLKKADWAKVVIAYEPVWAIGTGKVATPQQAQEAHALIRSWVSSKIGADVAGELRILYGGSVNGKNARTLYQQRDVNGFLVGGASLKPEFVDIIKATQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystallographic and molecular modeling studies on trypanosomal triosephosphate isomerase: a critical assessment of the predicted and observed structures of the complex with 2-phosphoglycerate.
pubmed doi rcsb
molecule tags Isomerase(intramolecular oxidoreductase)
source organism Trypanosoma brucei brucei
molecule keywords TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
total genus 90
structure length 249
sequence length 249
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date 1991-04-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4timA00
3BLFA 1FCQA 2PC4A 5HULA 4TO8A 4OBTA 3DGRA 1TPB1 1KA9F 3I7SA 2QCHA 4IXHA 4RLIA 4YL2A 1EP2A 3T4CA 3CEPA 4IX0A 3W22A 5LNUA 4JY9A 5D2XA 3QW4B 4A29A 2ZDRA 3L65A 2DZXA 2VENA 3W85A 1N8FA 4JIQA 3B04A 3Q2DA 4GE8A 1XI3A 2HS8A 1KFJA 1MXSA 1J2WA 2O7QA 3I6RA 1H50A 2J9YA 3NL2A 4EVZA 2C14A 3SSJA 3G3MA 1A5AA 1X1ZA 2FIQA 1W5OA 1I2OA 4MPQA 4QNWA 1FWWA 4DPQA 3TKFA 4O1AA 4HSOA 4IUOA 1YLVA 4JEQA 2QCDA 5D38A 2OJPA 4ZQMA 2B7NA 4A21A 1GEQA 4AMAA 4FXRA 4LWWA 3GAYA 4ZQNA 5K9CA 1Z42A 1X1OA 1VC4A 4N9DA 4Z1AA 1PVNA 1RV8A 2QCGA 1EA0A 3B06A 1AW1A 3STCA 3C2VA 3NQGA 1LM1A 1ICPA 3BV4A 2ALDA 5AHNA 1IXQA 2FFCA 3V1PA 4U4MA 3W1AA 4EWND 2WQPA 4DF0A 1GQNA 2PURA 1GVOA 2JBMA 3QM3A 5FEZA 2QCNA 2VKZG 2R91A 2ABBA 1RD5A 5AC7A 3TR2A 4ICNA 2NWSA 4GRSA 1P5BA 4LV4A 4ADSA 1KM0A 3EXSA 4NNAA 4BWLA 5D02A 4M6VA 1TYGA 3WJZA 3CQ0A 3NPXA 1IIGA 1O94A 1JCLA 2ISSA 3NQ7A 3O6YX 1ZY9A 3L0GA 3L66A 3MO7A 3P82A 3KHJA 1MEWA 2C16A 4AF0A 1JRBA 5F1VA 3UZ5A 1GOXA 3M5ZA 3O6CA 4WXYA 3VFLA 2Y7FA 3W7PA 1GYNA 3VI2A 1VJIA 1HG3A 2H90A 3LCIA 1R2RA 3W7HA 3PBUA 4ZZ9A 4GUHA 4I7UA 3TNOA 1OJXA 3DZ1A 1KLZA 3W1RA 4BWLC 2Y85A 4BK9A 1JJKA 3W7IA 3P5YA 4KKXA 3VE9A 4JDYA 3HPSA 2ABAA 1OYAA 4UFHA 3U6WA 2VFGA 3A23A 2Z0IA 3MHUA 4NQ1A 3C2FA 4OU1A 1GWJA 3P67A 1K7EA 4IMEA 1VS1A 3P84A 5LGZA 4UTTA 5G5IA 1TTJA 2P10A 4GWEA 1IIHA 3W86A 5BMXA 1IF2A 3KAOA 3OVPA 1R46A 1S3HA 1V5XA 1LCOA 1YXDA 1I2RA 1QWGA 3KVKA 3DXIA 1YYAA 5DCDA 5TQLA 3LDVA 2FDSA 2NZLA 1YPIA 1T96A 1MZHA 1WBJA 3BG9A 4ZL1A 3E9AA 4IJBA 4I9AA 2A6NA 1A50A 2CZFA 5CZTA 1KFCA 1XUZA 4TX9A 4O53A 2CLOA 1QOQA 1CW2A 5AB3A 3C8FA 4CQAA 3PSVA 4O1BA 3PB2A 4UTTC 3ABSA 2VOMA 1WYIA 4FX8A 4MY8A 4AHPA 4TR9A 1SO5A 1ZALA 4LC6A 3GXNA 2CZDA 1OFRA 2ZTJA 4GC4A 3K30A 3TSMA 3UWVA 3W7DA 2H8ZA 2CLEA 4UTKA 2NXHA 4MLJA 3EX3A 3P60A 3W7CA 2A6LA 4AHQA 1ZCOA 4UTHA 4UFLA 1AL7A 2OX1A 3TQ0A 1AG1O 3PG8A 4WOZA 4XZ9A 5DCEA 4NVTA 1LOQA 5DXXA 3HBLA 4JTEA 3MI6A 3GR8A 4JIPA 4JYFA 5D2VA 4GUFA 3R12A 4NU7A 1E51A 1G4EA 2X1RA 3I68A 1ADOA 4P61A 2DZUA 5FF4A 4AHOA 5DXYA 5LGXA 2BWGA 3S0CA 1FWSA 1R2TA 5HUOA 5AHEA 5I3GA 2FTPA 3W1LA 3LXAA 1VCFA 4HT3A 1H7NA 5BOOA 3W2NA 3N34A 1A5SA 1LZOA 3WJYA 2EGZA 4EOUA 3B0UX 3L2IA 3FKKA 3FEMA 3W6YA 1K02A 2CLLA 1XBXA 5HWMA 5EY5A 4N9BA 3NA8A 5HWNA 2XN1A 2V30A 4LS2A 3OBKA 4M6QA 1B4EA 3EX4A 2ZRUA 5AC6A 4E2DA 2ZRWA 3LB0A 4O1DA 2ZZ3A 1F2JA 4RK8A 1OFOA 3NPWA 1VYSX 4ML9A 3LM7A 4M5PA 4IQLA 4WD0A 1L6SA 4PTNA 3IGSA 3M16A 1J5TA 3RFAA 1LDCA 4AH7A 2VEMA 3M5YA 5D2WA 2Y62A 4ORIA 4AWSA 1EX5A 4XKYA 5LHEA 3UY7A 1DQWA 3L5AA 1ZAJA 4FIRA 5FF7A 2CLKA 3LTYA 2ZBTA 3LCHA 5G2HA 1VCVA 1UUOA 3MYPA 2Y6ZA 3LXBA 1RPXA 4FNSA 1Z48A 4H3DA 3NQMA 1QPNA 2PCQA 4EIVA 2NLIA 4RXFA 4I7WA 4PEKA 1W5QA 3TQVA 2WNQA 5G1YA 2J9ZA 3C6CA 5HWJA 3GDRA 1GG0A 4XUGA 4RV8A 5BW6A 4FX6M 1YDNA 2A2IA 3TH6A 4NX0A 3O05A 4ORMA 3QH2A 3FIGA 1VZWA 3CPRA 3PULA 2A85A 2ZZ1A 4C1KA 1IGSA 4FIQA 4X3ZA 1QO2A 4N4PA 5AHMA 4X22A 4Z1CA 4AEOA 3A21A 3W3OA 1GZGA 1TSIA 1JULA 1Q6RA 3M41A 3TXVA 3G1AA 1VYPX 4JX4A 3LCLA 3TJLA 1AMKA 2E09A 1SW0A 3NXFA 5EPDA 3HOJA 5I3KA 2PE4A 3W23A 3IGXA 1LRTA 3E96A 3IIZA 3W1NA 1R2SA 3RF9A 2RH9A 2C1HA 2E6AA 3GR7A 3TAKA 2I1OA 3NL3A 4MFEA 3LHZA 3UD6A 1XKYA 1TV5A 4NZFA 1C9DA 1SFJA 3M6YA 1JRCA 4O4VA 4E0CA 5EBUA 1TPC1 3LBMA 1IXPA 3LLDA 2OZ0A 1U83A 1K03A 4GJ1A 3FJ6A 3ZS4A 4UFMA 3G0UA 3WJSA 1DHPA 3W1MA 3PG9A 1JUEA 2ZZ7A 3SW6A 4CCDA 1PIIA 2Y89A 1UUMA 1I8JA 3IIOA 3A9IA 1P0KA 4FB7A 2NUYA 1CX9A 3B8DA 4A22A 1EPXA 4GBUA 3EWXA 3OEXA 3HG2A 1H63A 3NQ2A 3NDOA 4JNMA 1N7KA 1OVDA 2GJNA 1I45A 3TDFA 3N14A 2F7FA 1Q45A 2W0UA 3EWZA 3NL6A 3S5OA 4OV9A 1DVJA 3EKLA 3QPZA 2EHHA 3NVTA 1ZNNA 4HSNA 3PUOA 5HINA 1SQ7A 3S1UA 3KVMA 5F1UA 3DHFA 1DQXA 4WX2A 3STEA 3T78A 2CFFA 3S5ZA 1JCMP 1EIXA 3P81A 2CLFA 4JTFA 1R47A 3IVTA 1Q6QA 4E38A 4MJMA 3TQKA 1MEIA 5E1QA 3HG4A 2RDWA 2NV2A 3NQCA 3F4WA 1OABA 3NAVA 2NWRA 5KZDA 3SI9A 3HG3A 3H54A 5AHFA 5LNWA 3FYPA 1YADA 4QITA 2YXGA 3MJYA 1PCKA 1T0OA 5D30A 2E6FA 3LTSA 1Q6LA 1OYCA 2ZZ2A 1SSDA 2ATSA 3CT7A 3LLFA 3PS7A 4M7SA 1LLZA 4CNPA 3M7WA 2ZZ4A 1L9WA 3P62A 3KVLA 1M7PA 4UTWA 5FEWA 4IX2A 2X30A 3LCFA 3IVSA 3LRMA 1WQ5A 5K4XA 1FCBA 4UMBA 4B5NA 5LZLA 1EWDA 4U28A 1DL3A 4DO4A 3GDTA 2ZZ6A 3UWUA 1X7FA 1ML1A 5DCBA 4JTLA 1GJPA 2F84A 1K8ZA 4R33A 3EXTA 4JTKA 1SZFA 3SY5A 5CPOA 5E93A 4Z08A 4XBKA 4OV4A 3S8HA 4FX7A 3MMTA 1AL8A 3W7OA 1KTBA 4JTIA 1OX5A 2VELA 2ZFAA 3FYOA 4DBEA 2V5LA 3LHUA 3M47A 4UTWC 3HPZA 2BLEA 3W7QA 3PBYA 1JUKA 4CNNA 1ME9A 3ABQA 4LVDA 3GZ3A 2G96A 3MHFA 4JTGA 3TMQA 3PM6A 2RKXA 5AHIA 5KSWA 3W72A 4FNQA 3O1NA 3KRSA 4BI6A 1B57A 2NV1A 1JCNA 3RMJA 5EMUA 4UUIA 4AWTA 1T8XA 3FJLA 3GK0A 5DELA 2V2HA 3TAOA 1KFLA 1DJQA 1PHWA 1TPH1 2UV8G 3H55A 2GOUA 1JQXA 5FF0A 2R8WA 3HQ1A 3QQ0A 1EUNA 2GPTA 2Y88A 1QPRA 4I7VA 3W2KA 5FEXA 1C8VA 3F1QA 5C5YA 4UTUA 3L67A 4UTMA 5LHFA 4N02A 2QUVA 1KM1A 3UWWA 4OE7A 3PY2A 3QRHA 3W2MA 5C2XA 3RU6A 2YW3A 1SPQA 3W7EA 2QDHA 1V7YA 3UWQA 3B0PA 4UC5A 4UMAA 1FDYA 3LI1A 4MYAA 2OT0A 4CCEA 1H1ZA 1SSGA 3EWUA 4JR5A 1P1XA 1W37A 2Z6JA 4WQ6A 5A8GA 3Q37A 4M6PA 3IV3A 3CU2A 3PUDA 3EB2A 1W0MA 5C55A 1KFKA 3NQ8A 4JN6A 4N6EA 2Q8LA 1KFEA 4JYDA 4Q4KA 3CLMA 1EP3A 2CZEA 5F2IA 2GVLA 2OMAA 1EWEA 4YCOA 2QDGA 3A24A 1JVNA 3U2OA 3GDLA 2WNNA 1H62A 4CLMA 2Z1BA 1W54A 4WY0B 2Q3RA 3BK0A 4YLWA 3C61A 3THAA 1WBHA 2VEPA 4QSHA 3S5NA 3T44A 4K39A 3DFSA 2VEIA 4GUIA 1SW3A 4R53A 3HG5A 3SZ8A 4JICA 1GT8A 2VFDA 1DOSA 4DXVA 5L6UA 1XXXA 2HS6A 3M5VA 1HFBA 4MZ1A 1H7XA 4LTSA 3KRZA 2FPTA 3ZWTA 1OFPA 5IBXC 1ME8A 1TPDA 2BTMA 5T26A 3G0SA 1DKWA 3HMJG 2QUTA 4JGDA 2QJHA 3OA3A 4PODA 4UMCA 1MSSA 3Q58A 2Y7EA 1KFBA 3B03A 2ISVA 1UASA 3MHGA 4Y8FA 1XBVA 4RKAA 3LBCA 3MP4A 5DY3A 3MYOA 3R13A 3CWOX 5GVJA 1P4CA 2QJIA 3W84A 1PHQA 1TRDA 4LRSA 2I14A 3PBVA 3PB0A 4UR8A 2GVGA 5L9FA 3W7RA 4NUWA 4KFOA 1M6JA 3DKLA 3GDKA 3SECA 4AVFA 1SO4A 1FXQA 3W87A 1N55A 1K7FA 2XN2A 3PC0A 3M5XA 2V5BA 1GVSA 4LC8A 3STFA 1O95A 3NGJA 4O13A 4JX6A 2C13A 4XWUA 1H1YA 1LRNA 1S5WA 4PH6A 1GVQA 3TSBA 1PS9A 2QCLA 3HF3A 5HR7A 4HNVA 3MBFA 4MKNA 3QC3A 2A21A 2DU2A 2E77A 3OVQA 4A2RA 1OFQA 4NJJA 3QYQA 2I9EA 4XTIA 1K7XA 2Q8ZA 2NUXA 3NNTA 2EPHA 2ZRYA 3JS3A 1TREA 1PCWA 4UXDA 1LROA 3MI2A 4RJEA 2C6QA 2ZA3A 1P0NA 1F7BA 1YXYA 2A7NA 5KZEA 1LBLA 2A0NA 4LRTA 1AK5A 5AYYA 4UFJA 3UZJA 3S1WA 3NL5A 4FNRA 2B4GA 4HKPA 3D0CA 1O60A 4S2CA 4HN4A 4MIMA 3N2MA 4AAJA 4UR7A 3W83A 4YCPA 2QCEA 2ZTKA 1JCYA 2QCFA 4PL1A 5KZMA 5LNVA 1JR1A 3EEGA 2DZTA 2RDTA 1Q6OA 1RVGA 1A5CA 3G8EA 5AC8A 3N2XA 3MW7A 1W3TA 4O28A 1WX0A 1B9BA 4N4QA 1LOLA 2NXGA 2ZA2A 3N3MA 4QNEA 1H61A 3CHVA 4Y96A 5C54A 3UNDA 3P7YA 3B0VC 1MO0A 5AYXA 3F4NA 3G1YA 4Y90A 1FQ0A 1YXCA 5D33A 4O18A 2FLIA 3WFAA 1FXPA 5AOUA 5F4WA 3ATYA 5CSRA 5CPMA 1ICQA 4DF1A 5AFDA 3W7MA 1SW7A 6TIMA 4K7VA 3L9CA 6ALDA 5K7JA 1TMHA 4WUIA 4IWWA 5HMSA 4X2RA 5FI8A 3GIYA 3UXDA 2RHGA 3BO9A 3EWBX 3HJZA 3NPVA 5DY2A 3NM3A 3LCGA 3W2LA 3M9YA 1IXNA 2QF7A 4XQ6A 1Q3NA 5A5WA 2NX3A 1GYLA 4QQ3A 5ABTA 3CM4A 3LCWA 2Q3OA 3A22A 4N2YA 4MYXA 1QNVA 3T7VA 1W1ZA 1VLWA 4BR1A 2WKJA 3G3DA 4FF7A 4O52A 5D32A 2QR6A 5F4SA 3PBWA 3W7KA 3W7LA 1H7OA 2TPSA 2TYSA 3TK7A 5H2ZA 1OK4A 1TQXA 4NJGA 3S42A 3QSRA 4S2BA 4RR4A 2CWNA 1QPQA 4WJEA 1TTPA 5F2MA 2XFWA 3TXZA 1ZAHA 2WJZA 4IMCA 1FCVA 5DBUA 3IGUA 1F73A 4OT7A 3VCRA 1H7WA 3DAQA 3KX6A 1TPUA 4IPJA 4AWUA 4LT9A 3R2GA 2X1TA 3DFOA 1OK6A 1Z44A 2ISWA 5BNKA 2RFGA 3TSDA 3DU0A 3LV5A 5D05A 1PL9A 4MUZA 1HO1A 1TCDA 1UB3A 5CPNA 3OVRA 3R89A 3B05A 5MHBA 1BKSA 4QJ1A 1M5WA 1XDMA 4NX5A 2VEKA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1JND A;  3BLF A;  1J0J A;  4OBT A;  1JZ4 A;  4JII X;  4RLI A;  4YL2 A;  2G0W A;  1EX1 A;  5D2X A;  3VD9 A;  3BMW A;  3B0X A;  2HS8 A;  2Q71 A;  1U1J A;  3KBW A;  4GI4 A;  4RDV A;  1J2W A;  4ZXO A;  5AKQ A;  2ADA A;  3G3M A;  2FMO A;  4H7V A;  1I2O A;  1BPL B;  4QNW A;  2HBV A;  2UBP C;  1PIG A;  4AD0 A;  3S2J A;  1E6X M;  3ARX A;  1YLV A;  2QCD A;  1XS2 A;  5CQ1 A;  5AC5 A;  1JL8 A;  1ZLP A;  8RUC A;  4MDP A;  3WLQ A;  2ZUN A;  5K9C A;  3BSG A;  3TZF A;  1WKY A;  1XD1 A;  1EO5 A;  1HW6 A;  1Z42 A;  1X1O A;  1K9D A;  1PVN A;  2VRQ A;  8A3H A;  1UOK A;  3GTN A;  9XIM A;  1PYM A;  3C2V A;  2IKJ A;  3NQG A;  2CLP A;  4QJ3 B;  4TV6 A;  5AHN A;  1VJZ A;  1IXQ A;  1VB9 A;  2FFC A;  4DHG A;  1SJD A;  2YXX A;  4U4M A;  3V1P A;  3CZJ A;  3B8W A;  4EWN D;  3FK4 A;  4DF0 A;  1GVO A;  1IEX A;  5E09 A;  5FEZ A;  2QCN A;  2R91 A;  2ABB A;  5IXE A;  3DN5 A;  3GQY A;  3TR2 A;  4ICN A;  1VFU A;  3H2F A;  3H7V A;  3K13 A;  4CD8 A;  4ADS A;  1H49 A;  1TYG A;  3CQ0 A;  4ZB2 A;  2V63 A;  2VGF A;  4Q8W A;  1YX1 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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