4TIMA

Crystallographic and molecular modeling studies on trypanosomal triosephosphate isomerase: a critical assessment of the predicted and observed structures of the complex with 2-phosphoglycerate
Total Genus 90
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
90
sequence length
249
structure length
249
Chain Sequence
SKPQPIAAANWKCNGSQQSLSELIDLFNSTSINHDVQCVVASTFVHLAMTKERLSHPKFVIAAQNAIAKSGAFTGEVSLPILKDFGVNWIVLGHSERRAYYGETNEIVADKVAAAVASGFMVIACIGETLQERESGRTAVVVLTQIAAIAKKLKKADWAKVVIAYEPVWAIGTGKVATPQQAQEAHALIRSWVSSKIGADVAGELRILYGGSVNGKNARTLYQQRDVNGFLVGGASLKPEFVDIIKATQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Isomerase(intramolecular oxidoreductase)
molecule keywords TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
publication title Crystallographic and molecular modeling studies on trypanosomal triosephosphate isomerase: a critical assessment of the predicted and observed structures of the complex with 2-phosphoglycerate.
pubmed doi rcsb
source organism Trypanosoma brucei brucei
total genus 90
structure length 249
sequence length 249
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date 1991-04-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4timA00
3DENA 4BI5A 3FKRA 4UXDA 1AG1O 1F5ZA 2Z6IA 3BPWA 1DORA 4LNYA 3SSJA 2HS8A 2YPIA 2QKFA 1NF0A 3BGJA 3N9RA 5G4WA 1Z42A 4BI6A 3NL6A 3TAKA 3NGJA 5DCDA 2PCQA 1V5XA 2EHHA 1Z48A 1F2JA 4K7VA 1OFDA 4IX2A 4O14A 4N4PA 1G4TA 3UWVA 3T40A 4LVAA 5HMSA 3GNDA 3TJLA 5LSMA 5A8GA 5BNKA 3IVSA 3ELFA 4MFDA 4LVDA 1DQWA 2VFHA 2RDTA 4PEKA 3SGUA 5FF3A 3ANYA 1EUAA 3EWBX 2EPHA 4CCCA 1VR6A 3HG5A 4MZ8A 4L4LA 1I4NA 2ZA1A 3W6YA 2B4GA 2Z6JA 3LTSA 4Z08A 1YDVA 4QQ3A 3NYZA 4DO5A 3S6DA 2CLIA 1HO1A 3DFTA 4LUIA 4RKAA 1OFRA 1BEUA 1PV8A 4LV4A 1GQNA 3W86A 4YCPA 2G95A 1OK6A 3C2FA 4UFJA 3WK2A 2QUUA 4X9SA 4M5PA 2YGYA 4M7SA 3MMTA 2ZYFA 3A23A 4JTUA 1X6UA 2GOUA 3E12A 1OX5A 5CG7A 3TQ0A 2Q3RA 5FEWA 4NXKA 3MYOA 4O50A 5K7JA 3MI2A 2O7SA 3W7QA 4ZQOA 3C61A 5DBTA 3RMJA 4YMZA 2DZXA 4M6PA 1UCWA 5EL1A 3PBUA 1K7XA 1QPOA 4DELA 4LRSA 1P5BA 2CZ5A 2QCHA 5GVJA 5I3JA 3VCRA 3TQKA 4MY9A 2PRMA 2ZZ5A 1VHCA 5G2IA 4A2RA 4ADUA 3C4UA 5CPMA 1R2TA 3CB8A 3WK1A 3O8AA 1SQ7A 1IF2A 1OHLA 3W9ZA 3G8RA 3FEMA 1KW1A 2R14A 1R2RA 2Y7GA 1IXNA 1QPQA 4LVGA 1MEWA 3PBWA 3GNNA 1SO3A 3DZ1A 1O4UA 3MP4A 3W85A 2A7PA 2KZHA 3EWYA 4DF1A 3QPZA 5TBOA 3PM6A 2ZTJA 2C0AA 3PG8A 2JK2A 2AGKA 3M7WA 1H61A 1F73A 1I2NA 1KFLA 5EA9A 1TMHA 2GVJA 2PC4A 3O6CA 4FO4A 1DHPA 2J9ZA 3ZFHA 3UWZA 4RJEA 1H50A 5DY3A 4R34A 5C5YA 2CLKA 5D2TA 1XDLA 4TMCA 3N19B 3MWAA 5F2MA 3V75A 3W7DA 1AW1A 3GDKA 5BMXA 1NFBA 1TYGA 1W3TA 2WKJA 3DHDA 2EAWA 3FJLA 4O0KA 3F03K 4O19A 4ICNA 2DJXA 3W07A 2RDUA 3EXSA 2C18A 4GUGA 4XTDA 1EA0A 1FCUA 3HB9A 3P60A 1EP1A 1Z44A 3PF3A 3C2OA 2BZNA 1XXXA 2H6RA 5K9DA 1LOSA 5D05A 5FEXA 4O4WA 5I3IA 2QCCA 1OK4A 1YXDA 4B5NA 1UB3A 1LLWA 1FCVA 4L4MA 4M6QA 3KRUA 2RFGA 2A4AA 4ADSA 1TB3A 4JN6A 1QNVA 3NOEA 2FPTA 2WOQA 1PHWA 3NQGA 1SO5A 2TRSA 2DJLA 2H90A 3B05A 2ZZ6A 3HQ1A 4N9DA 1TPVA 4HKPA 1AK5A 2FJKA 4BFAA 4KWVA 5TIMA 3HOJA 4N9CA 2QJHA 4MZ1A 3IGXA 4EF8A 4Z0JA 4OT7A 2O7QA 4RK8A 3HG3A 1DL3A 1TRDA 2C3ZA 3M47A 3SZ8A 1YXCA 3GR7A 1QR7A 4XBKA 1W5NA 5K4ZA 5AHMA 3W75A 3CEPA 3MP3A 1KM0A 3KRZA 3G3MA 3QQ1A 4FEZA 2ZFAA 1IIGA 3TE9A 4JTJA 1OYBA 1O5KA 1H7NA 1D9EA 4AHQA 1RQBA 3GDRA 4UFMA 1S3HA 2X16A 2E1DA 4RCXA 5AHEA 3QRHA 1ME7A 2J88A 2PURA 3HPSA 1JCJA 2Y62A 3UYCA 1HTIA 3TKFA 4O1BA 3R89A 3MI6A 1K8YA 3G18A 1KFCA 1ZJIA 1W8SA 3OVPA 1SR9A 5LNUA 1Z41A 3HF3A 3L0KA 1AW5A 2WSRA 1ZAIA 1E51A 3C52A 4AF0B 4NX5A 3EX6A 5EMUA 4WJEA 4Z1DA 2ZCGA 2WV8A 2CZFA 2J27A 1TCDA 1P1XA 3TU9A 3VKJA 1O60A 3QW3A 3PUDA 5EY5A 4LVBA 2Y7DA 4NXSA 4EIVA 2ZRXA 5CPLA 4YCOA 3NL5A 2GQ8A 4UFIA 2QJGA 5F2GA 1YDNA 2WPBA 2ATMA 2ISWA 3HPXA 3TC6A 1JRCA 1ME9A 3W76A 4O54A 5F1VA 3N2XA 3UD6A 3W1NA 2CLEA 2TSYA 3FOKA 1EUNA 1ME8A 1DBTA 5D09A 4I7WA 2JGYA 1P0KA 1KFKA 1CI1A 4AWUA 2ZDRA 4CQ9A 3LXBA 3S8HA 3E02A 5AC8A 3C2RA 1JUEA 2CZEA 3LXAA 5LNVA 3G22A 4MJMA 1QDSA 5K3VA 5F2LA 5ABTA 3W88A 6ALDA 1GWJA 5D2XA 1G4EA 2J9YA 1LOQA 2C13A 3M44A 2V5BA 1KFJA 2VEPA 3WJYA 4JNMA 3STFA 1KM2A 1ZNNA 1S5WA 3NQEA 1FCBA 3W2MA 3I7QA 3BG9A 1X1ZA 3NEVA 1ZCOA 2G96A 3R13A 3G1HA 1G4SA 1MEHA 3ATZA 2NXGA 3MUXA 4ZQNA 4YXGA 5HUPA 1OFBA 1A5AA 1LCOA 2YX0A 1K8XA 1Q6RA 1GVQA 1RVGA 2BX7A 3CLMA 3M43A 1A5CA 3M0ZA 2ZZ1A 3CWNA 1NVMA 1L9WA 3MJYA 4EOUA 2IQTA 3UXAA 3UWQA 3QMTA 4GC4A 1H7RA 2WNZA 3OIXA 3GLCA 2QDGA 4KKXA 4Q32A 3TDFA 2QCFA 1GEQA 1XL9A 4O52A 1H1ZA 4ADTA 3DKLA 2FPVA 3D0CA 3BLFA 4FHAA 4R53A 1QMLA 3ZWSA 3TMQA 2Y7FA 4OQVA 5C2XA 1ZENA 2GVLA 2YYUA 1LYXA 2BTMA 2DZTA 4I9AA 4K6AA 3CIWA 3B4UA 3GDTA 3W2LA 4PODA 2V81A 4MOZA 3IVUA 5D2VA 5J5RA 1FXQA 2YR1A 3EXTA 5D37A 2VEKA 3BG3A 4FB7A 3O6YX 4AHOA 1YTKA 3LLDA 4WY0A 2VOMA 3KHJA 1UUOA 1QWGA 3TFXA 4KFNA 1VCVA 3W2NA 4I7UA 4E0CA 1ICSA 1SW7A 3UNDA 1WAUA 2V82A 1FCQA 4AHPA 3LTYA 1FWNA 1TPUA 3P74A 1TTPA 4NX0A 2H8XA 3G1DA 4UTIA 1A53A 1LROA 1VC4A 3CM4A 3A24A 3TXZA 1WYIA 2PRLA 1N8FA 1JCLA 2Y89A 4UFLA 2FPYA 3LI1A 3SI9A 1PL9A 1IGSA 2CU0A 4PC8A 2QUTA 1KFBA 1DQXA 3UZJA 5D04C 4QM1A 3NAVA 1LZOA 1T0OA 3ZS4A 3EX2A 1OJXA 3E96A 4ORIA 3TX9A 3LBMA 4XKYA 2FLIA 3INPA 3LCLA 3KFTA 5HINA 1XFBA 2CWNA 4GFSA 5AHIA 2ZZ2A 1F6KA 4N6FA 4Y96A 1BKSA 1DJQA 4O10A 4JX5A 5DN1A 4E2DA 3IIOA 1RV8A 3RNDA 2A0NA 2Y61A 5D38A 2ALDA 3QMSA 4JS3A 3DI1A 4K7YA 5AYZA 3P62A 1U5JA 3W83A 4X2RA 2C19A 1XKYA 4LW7A 3C2EA 4TX9A 5C6MA 1GYNA 2F84A 3QSTA 3ABOA 2LLEA 2YW3A 4K8HA 2ZRZA 4QAIA 3TFCA 3TH6A 4AB4A 3AO0A 1XM3A 5KTLA 4NJKA 3GKAA 3PBYA 4LS2A 1OFAA 1JCNA 2QCMA 3DFSA 4PH6A 5BOOA 4MLJA 4Z1BA 1TPH1 4XQ6A 3NQ6A 5H91A 4DQWA 4XBSA 2E6FA 3PSWA 4YLWA 4A22A 3NG3A 3TSDA 5EPDA 4Z1AA 3TSMA 3WFAA 1VLWA 3BGGA 1G7VA 3QF0A 3HGOA 4QSHA 3UPWA 2ZQ0A 4HNUA 3NA8A 2HMCA 4O13A 2ISSA 1FQ0A 3PR2A 3BLIA 2J24A 3MBFA 4N9EA 3G1YA 2QUVA 5AOUA 3NQFA 4OGZA 3SGZA 1TPC1 3HGJA 3GXTA 3FYOA 3WK0A 3NDOA 3S5YA 1H7OA 3P7YA 1TRIA 1FWWA 1W31A 1A5SA 1FDYA 2G5WA 3N3MA 2CLMA 2TYSA 3BW2A 5K4XA 3P80A 1LBLA 1Q6LA 3DFNA 4HSNA 4E38A 2CLOA 2NX1A 4NQ1A 4HN4A 5HULA 4PCFA 4Y9AA 1LTDA 1DV7A 1PHQA 2ZA2A 1NF7A 3W7OA 3W84A 2E5BA 1FBAA 3CQ0A 1LRQA 2B7OA 1LLZA 1U83A 1Q6OA 4UR7A 4U4MA 2DZSA 3BO9A 3O16A 2DZUA 2A6LA 3P84A 3V1PA 1MEIA 2VC6A 2Q3OA 3CEUA 3W2KA 1KM3A 1MZHA 3CT7A 4KFOA 4HPXA 5L6UA 1ZALA 3PY2A 4JDBA 5MHBA 5HNRA 2Q8LA 4JY8A 4RXGA 1HG3A 3EB2A 4IMGA 1ZHAA 4H4IA 3DFPA 3NZRA 2X1UA 1FUYA 2OX1A 3TW7A 4LV9A 2E6AA 2G97A 4WUIA 1ADOA 4E2BA 4TMBA 1R2SA 1P4CA 1TJRA 3IIPA 1W5QA 1AL7A 3PC0A 3LHWA 4TIMA 3M41A 3W70A 2C14A 2NV2A 1SO4A 4GUHA 2X1SA 4YWIA 3KOFA 1TPB1 1X1OA 2NWRA 1B4KA 3M5XA 3ABSA 3TUUA 3PUEA 3EWXA 4LVFA 5DXXA 5F1UA 2ZRYA 3SJ3A 1FWSA 4OWGA 3B0PA 5T26A 2X1TA 4O1CA 4DF2A 1J4EA 1RPXA 3JS3A 3RFAA 2A6NA 5FF0A 1FXPA 1XI3A 3LRKA 2GVGA 1GPWA 1S5VA 3M5ZA 3FS2A 4UTMA 3TIMA 1JULA 1UBSA 4LOCA 2ZTKA 3W1PA 5CZ0A 4LY8A 3PB0A 2ABBA 3G24A 1R46A 1LRTA 4JTSA 1K3UA 3QFEA 1VYPX 1F05A 1LP6A 4FX8A 4O1AA 4IWWA 4M6VA 3LM7A 1J5TA 4AVFA 2QEZA 4HNNA 3EKZA 3H54A 3O06A 1K8ZA 4FF7A 1IIHA 4TO8A 4XWUA 2H8ZA 3GDLA 1I45A 1G7UA 1JUKA 4N2YA 1T99A 5J5DA 1R47A 3S1XA 2C6QA 4NJJA 3I65A 4MFEA 3S9YA 2Z2UA 5K9CA 1W37A 1W56A 5F4SA 1I2OA 1CX9A 5AB3A 4MVAA 4K39A 4OHQA 1OF6A 4LC6A 4XUGA 1WOAA 4JTEA 2Y85A 3DI0A 1CW2A 4QIUA 3PS7A 3NVTA 3O15A 5CZTA 5D02A 3L68A 3MO7A 4Y90A 2ISVA 5DBUA 5FESA 3FIGA 3HBLA 3I68A 4Q4KA 3F1QA 4BK9A 1KTNA 3O63A 4UUIA 3SY5A 1YXYA 4TU1A 3FLUA 2FDSA 2WJZA 2GUUA 4WXYA 1W1ZA 5E1QA 4JR5A 5HWJA 3H55A 4DO6A 3LV5A 2VFGA 3KVMA 1G6CA 1H7WA 1T96A 1QAPA 1TO3A 3A21A 1XBVA 3NZ1A 4P2VA 3FFSA 4JY9A 3R5EA 5AC7A 2NZLA 4NU7A 2ZRUA 3DBPA 4JTFA 1WA3A 3T7VA 4RR4A 2A7NA 1JJKA 2V2HA 3THQA 3VFLA 4AMAA 1QO2A 5DY2A 5I3GA 1TREA 3DFOA 5BMWA 4CNNA 3LB0A 1KM1A 1BTMA 3HG2A 1QOQA 1NSJA 1LBFA 4LU0A 4MY1A 1W5OA 5CZSA 1JCYA 3G1FA 3W73A 3RLUA 3P5ZA 3B06A 5FF2A 2Y6ZA 1GTEA 3U8GA 1SW3A 3MHUA 2CZDA 2V2CA 3MHGA 3N34A 1A5BA 4JX4A 4LT9A 3P82A 1OX6A 4LS1A 4IXHA 3M5VA 2ABAA 4XZ9A 3SFKA 3OEXA 1SPQA 4WY0B 3W1TA 1KLZA 4Z0SA 5CSSA 3L21A 3O1NA 1C29A 1PIIA 2P0OA 5U7SA 3B0UX 3EKLA 3SW6A 1JCXA 5AN7A 2B7NA 2I14A 3NPXA 2YCEA 1KV5A 4IUOA 1W5MA 4O16A 3U6WA 5D32A 5KSWA 1B3OA 5HJLA 1EEPA 1BWLA 2YW4A 3N2MA 5EKYA 2BLEA 1O95A 2HS6A 3C6CA 2NX9A 3LRLA 3T78A 2A1YA 4UMBA 4GE8A 4QNEA 2JGQA 1SZFA 2EGZA 4POCA 2YFNA 1X7FA 3KVLA 4CCEA 4O18A 1G67A 1TTJA 5I3FA 2V0TA 1ZY9A 4UTHA 4OE7A 4IMFA 4XKYB 4CQAA 4KFPA 3DHFA 5KZMA 2X30A 2QCDA 1H63A 4DPQA 5IM51 4MUZA 3E49A 3LCIA 4X3ZA 4UFKA 3G1XA 2AQWA 1OFOA 4GJ1A 3CWOX 3Q37A 2Y70A 2CLHA 4IPJA 2QR6A 1TV8A 3DGRA 2V9DA 1EWEA 3P67A 4CLMA 2DORA 3NQAA 4A2SA 4X22A 3W74A 3BLEA 4UR8A 2YFOA 1MXSA 1YPFA 3QJAA 3B0VC 2Y88A 3P8IA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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