4TOQA

Crystal structure of class iii chitinase from pomegranate provides the insight into its metal storage capacity
Total Genus 95

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
95
sequence length
273
structure length
273
Chain Sequence
GDIAIYWGQNGGEGTLASTCDTGRYAYVIVSFVTTFGNFRAPVVNLAGHCDPAAGTCTGLSDEIRSCQGKDIKVLMSIGGGAGDYSLVSEADADNFADYLWNNFLGGQSSSRPLGDAVLDGIDFDIELGTTTFYDTLARALSSRSTQAAKVYLTAAPQCPHPDSHLDAALNTGLFDNVWIQFYNNPLAQCQYSSGNTNDILSSWNTWTSSTTAGKIFLGLPAAPEAAGSGYIPPDVLTGQILPQIKTSAKYGGVMLYSKFYDTTYSTTIKDQV

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
S1 (2-7)TVIII1 (25-28)S6 (121-125)3H2 (259-261)TI2 (11-14)EMPTYTI1 (10-13)S3 (43-45)TII'1 (46-49)O1 (20-67)AH8 (264-269)S4 (73-79)S2 (27-36)S5 (84-85)TI'1 (37-40)3H1 (52-54)TI3 (55-58)AH2 (59-69)TI5 (112-115)TI4 (80-83)AH3 (90-104)TIV2 (109-112)S7 (152-155)S8 (177-181)TI7 (163-166)TI6 (146-149)O3 (159-190)TVIII2 (147-150)TIV3 (160-163)AH6 (197-209)AH5 (166-172)TI8 (185-188)TII1 (193-196)S9 (215-221)TI10 (248-251)TI9 (223-226)AH7 (234-246)3H3 (270-272)S10 (251-257)AH1 (16-22)AH4 (134-143)Updating...
connected with : NaN
publication title Crystal structure of class III chitinase from pomegranate provides the insight into its metal storage capacity.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Class III chitinase
molecule tags Hydrolase
source organism Punica granatum
total genus 95
structure length 273
sequence length 273
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.2.1.14: Chitinase.
pdb deposition date 2014-06-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00704 Glyco_hydro_18 Glycosyl hydrolases family 18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4toqA00
4XV0A 2WXDM 2XWDA 2WHJA 3OGSA 3SCVA 2VC9A 1OD0A 4Z2JA 4JFUA 1M53A 1XC6A 1NWSA 3AIBA 3WQ6A 4M8UA 3SCRA 4D6CA 3CLWA 1L8NA 4OZOA 3AIQA 2GJRA 3ZOAA 3AJ7A 5I0DA 1E4IA 5ABFB 2FGLA 5KZ6A 1JDAA 3WF1A 1GUVA 1PX4A 2EXOA 4TX6A 2OYMA 5LYRA 3CHCA 3ECQA 2WC3A 1FH9A 2XJ7A 1Q6CA 4JCLA 3MKKA 1IV8A 1GHRA 4TOQA 2DDXA 2PF0A 3TTOA 1JF5A 1MQPA 2EPOA 3VGEA 3AOFA 4UTFA 1B2YA 4M80A 2OWWA 4KH2A 2WVVB 1GHSA 3U7BA 1MW0A 1W9PA 4NRSA 1FHLA 1W3LA 1XH1A 4WKHA 3HU7A 6A3HA 1R85A 1UR2A 3M7SA 4MB3A 3VIKA 5HPOA 2OSYA 1HKJA 1FH8A 1V6YA 1CXHA 1HJVA 2J75A 5CSUA 3WH5A 4U33A 1VB9A 3FXYA 4CUCA 1V3IA 4W89A 4CD7A 1WE5A 2WSKA 1I75A 2ZE0A 4AEFA 1K6AA 3VIMA 3S2CA 2VL4A 1DTUA 3SEPA 1RP8A 1DWIM 4UZUA 3KZSA 4LYRA 4D72A 3SCUA 1J01A 4UQCA 5D9PA 2VZOA 2QPUA 2WK2A 4AZIA 4CCEA 2F8QA 3LMYA 1JXJA 3SUWA 3VKKA 2WVSA 1GQIA 2YDQA 3OGRA 3BLKA 1NOFA 3ZR5A 3W37A 2F2HA 1ZBKA 4W7VA 4AD5A 1A3HA 1RPKA 3AZTA 1BYBA 1SR0A 5A8OA 5D8WA 3L4ZA 1ZJBA 3N18A 1D3CA 5E0CA 1LG1A 2O9TA 1HKKA 4WF7A 4W7WA 1CLXA 1H11A 1R8LA 4URIA 1E40A 3M6DA 1V3MA 5IXEA 3EDEA 3QGVA 3WDJA 2DH2A 2VZTA 3PZGA 4MNLA 4GXPA 2XUCA 3GZAA 5DMYA 1FFRA 5HDRA 2NT1A 3CUHA 3BAYA 3A47A 2CETA 2A3AA 1PX3A 1E15A 1UD5A 2O9RA 1C7TA 1FP8A 3PZUA 4FF5A 5IHRA 1CGWA 4OKDA 1QHOA 1E6PA 4GI6A 2BNJA 1EQCA 2VRKA 1B3VA 3BAWA 3WD4A 1QI2A 2E4TA 2VR5A 4QCEA 3VILA 2V3FA 3KL5A 3N12A 4MPKA 1AQHA 3GH5A 1QI0A 2VCCA 3UESA 1UWTA 1Q4NX 3CMJA 1W3HA 2E0PA 1KGXA 2EPKX 4HOXA 2GJXA 3CBWA 2ZX5A 1DHKA 1C91A 1V3LA 2Y5EA 5FIPA 2Y24A 3WQWA 5EFDA 3VTRA 1VEOA 1GOWA 1W3KA 1CWYA 1VEMA 1KBBA 4AD3A 1UA3A 2EBNA 5A1AA 2WCGA 5CPSA 5E0FA 1FP9A 2WMHA 3KL0A 1NWRA 1QOXA 1XGZA 4ATLA 1V6VA 3AHTA 3ARQA 4YPJA 3W25A 2E9BA 1FA2A 1JD7A 3T0BA 1LL7A 1K9DA 3WNKA 4GQRA 3VGHA 1CXLA 2ZWYA 2A3CA 3POHA 1LWHA 3GXDA 4LPCA 3T2PA 1E6XM 1PEZA 1UD4A 4FK9A 3WNNA 4AZCA 3M46A 3K46A 2WCSA 3UR7A 1TVNA 2YDSA 3B9AA 3MMUA 1WAWA 4AIOA 3RCNA 3T08A 4DM1A 3L4WA 5I24A 5A6MA 4FLOA 3ZT7A 2RGMA 4UZSA 3CHFA 3L4YA 5JBEA 3W6LA 1V08A 3WEOA 2CBUA 4D6DA 2VT0A 4AZHA 4M29A 4AY1A 3VGFA 4EANA 3FHAA 5E6YA 3T2QA 4WKFA 3WIJA 4JKKA 5KEZA 2PBGA 2YL8A 4LX4A 3VNZA 3EDJA 3PHAA 3WL1A 2Y2WA 3AICA 4IISA 2ZX8A 1WZLA 1LLOA 2XM2A 5E9AA 1V02E 4LXFA 5I78A 1H1NA 4J3TA 3CMGA 1ZU8A 2VX4A 4PMOA 2XPKA 2A3HA 4BCEA 3VGGA 8A3HA 1B30A 3PZNA 2E40A 3K4DA 1E0XA 2WANA 3VX1A 1W32A 1YHTA 2BXYA 3VD7A 5GQBA 4F8XA 2Y8KA 3GH7A 1HKMA 2G3IA 1HT6A 3BSHA 1BVNP 1LQ0A 2PWDA 3VGDA 1GPFA 5DFAA 1M01A 2YDRA 1XSJA 3OLDA 2OLHA 5BYWA 4AD2A 3PTQA 2W67A 1UWIA 1V3JA 1OBAA 4S3JA 4X9YA 1BAGA 1CEOA 2XWEA 4H2CA 2D0HA 4UFHA 1BSIA 3ZMRA 3FAWA 4GIAA 2BS9A 2ZX7A 4JHZA 4AZCB 1JG9A 1GOOA 4PTVA 3W81A 2D23A 2GK1A 3MSDA 1FHDA 1ISZA 1PBGA 2XVPA 2XYLA 6CGTA 4BZYA 3WBAA 5CGTA 2WZIA 5AC4A 3PTMA 3ZSSA 2VX7A 2WHKA 2WMFA 3L4TA 1KR0A 3ZJ7A 2W61A 4HOZA 4DUWA 1M04A 2NW0A 2ZOXA 3BXWA 3T2OA 4UOZA 1M03A 2BHUA 3UETA 2DSZA 3AIWA 1E55A 1GOMA 4UFIA 2QV4A 1GJUA 3VGBA 1UWRA 2A3EA 3PZVA 4Z2GA 5DT7A 3U57A 4XX6A 1IZJA 1Q6GA 2DIEA 5BWFA 3RDKA 4B3KA 4ZE4A 2C8NA 5A2AA 2E8YA 2VNCA 3A4AA 1H3GA 3AMCA 4GZJA 3PBGA 4E4PA 4AMCA 5FD0A 1J9YA 2XSAA 3TONA 4CCCA 4P7OA 5EB8A 3AIRA 2E9LA 3JUGA 1CTNA 4OBSA 1E3ZA 2GVYA 4PUEA 3SUVA 1W1VA 2W62A 4J7RA 3WMSA 1HVXA 3WUEA 4B15A 4DUVA 4IM4A 3SUUA 1CGVA 3BAXA 1ITCA 2ZUTA 3CZ8A 1J12A 3AS2A 1VFOA 2VUYA 3OBAA 3A3HA 4HA1A 4U2ZA 1SMDA 1PIGA 1E9LA 2QF8A 1EOMA 3CZGA 2MANA 4ZEPA 5FL1A 1ITXA 3M07A 2V3EA 2VX5A 5DT5A 2WWDA 4PCTA 5FL0A 4UQDA 1JL8A 2G4FA 1QNQA 1BGAA 2O92A 5BROA 1JAEA 3ARVA 5A6LA 3GTNA 2GK1B 2J7HA 4YN5A 3KE0A 2EQDA 3K8LA 3AZSA 3AHVA 4P8UA 3B8SA 3W53A 2YL5A 4ZXOA 4IUGA 3WKZA 5I77A 4J3XA 2J8FA 2QPSA 5IFPA 1WDSA 5DF0A 4JFTA 4QLJA 2XHYA 2XVKA 4H41A 1WKYA 7A3HA 4JAWA 3N9KA 1VBUA 4W5UA 2VQUA 1UQZA 4L4PA 1H0IA 3LPFA 2X0HA 4CU8A 1U30A 4HU8A 2J77A 1KR1A 2IXUA 3W29A 3WSUA 5CLTA 4ML4A 4J27A 4Y7EA 3WNLA 1JZ3A 3PN8A 5HPCA 4D6JA 1WPCA 3WDHA 3ARPA 1CNVA 4JZ5A 4NRRA 1EIBA 4JFWA 4NI3A 1GW1A 1XH0A 3BAJA 2YA2A 4PMNA 5A2BA 1H09A 2WCAA 1B9ZA 1G01A 3WN6A 3BLPX 3GH4A 1K9FA 3AXXA 2DT3A 1NWTA 4D6FA 3TTSA 1SMAA 4HA3A 1WDRA 2CKSA 4W85A 4F9JA 1RD6A 3W28A 1B1YA 4WK9A 3GNRA 1OSEA 1LWJA 4H8UA 4UQBA 1W3JA 3J7HA 1L0PA 4N42A 9CGTA 1CECA 4UNIA 2ZUVA 4MTVA 1F4AA 3AMKA 1BFNA 1JDCA 2WVTA 2UY4A 4A4AA 1OIFA 3AISA 4ZFMA 2DSWA 1X6NA 2WMIB 1JAKA 1GJWA 5GNZA 4PMXA 4PMDA 2BFGA 4AD0A 1XD1A 3A6OA 4PMQA 4NF7A 4PRWA 1UWUA 1OT1A 2JFEX 5EMYA 4JIEA 2W4XA 1KCKA 2XIIA 2WHMA 1XYFA 4ATWA 4CD4A 3NSMA 3WNMA 4FMVA 1VJZA 2DSVA 3QHOA 4L4OA 1J0YA 4D6EA 3VINA 1HNYA 4W87A 1K9EA 2AAAA 1NH6A 2WC7A 4GI9A 2J74A 2VZUA 1UWSA 8CGTA 2J62A 1R86A 1MWOA 1G1YA 2VMFA 4W86A 3NSXA 3FN9A 4W93A 4XUYA 1HF6A 3CO4A 1DEDA 3AIEA 2O9PA 1ISVA 2W91A 2XM1A 3PZOA 3EYPA 2DT0A 2BV9A 2YLLA 2J79A 2PWFA 5JBDA 3VD5A 5C8BB 2JE8A 4GO8A 1BYDA 3B9EA 5AY7A 5JIWA 3VIPA 3GXIA 3ZT5A 1PZ2A 3WELA 4U5KA 1JF6A 3RM8A 2EEXA 4OJYA 3NSNA 1KWKA 4PMUA 3UG3A 2VO5A 1UD8A 3ZO9A 5JIPA 1E6NA 1FH7A 1GOIA 3VIOA 3WH9A 1QPKA 1UR0A 4BQ2A 1J0IA 5BXTA 5GNYA 1UD3A 2J8GA 4HMEA 2D0GA 1QNPA 1EO5A 3K8KA 2J78A 3NJ3A 3AHYA 4J28A 1GCYA 3VU2A 1UKQA 1EOKA 1C8QA 4CN4A 3THCA 1G5AA 2V5DA 3N11A 3BGAA 3AMGA 4ACYA 2ZUMA 1X6LA 1W9BM 2ZIDA 3APGA 1DWJM 3RMEA 1ZBCA 2BVDA 3OZOA 1E56A 3DYOA 3D3AA 3TOPA 3W38A 2AMGA 3WF3A 3RM9A 1K9TA 4WLCA 1OIMA 2VCAA 4CN1A 1H41A 1HJXA 4WJXA 4QCFA 3EMQA 3QOKA 1VFUA 1R87A 1GNXA 2JIWA 4PMVA 4MJ2A 4RE3A 4MDOA 3VDCA 1UQYA 2EPNA 2ZXDA 3MUY1 2J7FA 4RE4A 1UH2A 5D8ZA 1HIZA 1QHZA 3AIVA 5FCZA 3BSGA 1EHAA 2VX6A 4LYQA 1HN1A 4A3HA 1JYNA 2DT2A 1BGGA 3NCOA 4Q7NA 2E8ZA 2DPEA 1X1NA 3CZEA 3WF4A 1GQJA 4KRTA 2G3MA 1OCQA 2XGIA 3AS1A 1RP9A 1GQLA 1V02A 4QDMA 2WVUA 4OUEA 1A47A 2CYGA 1CYGA 1B31A 2JEQA 4M24A 5EBAA 4DM2A 1B3WA 2YJQA 4UOJA 2VR4A 1QI3A 2WAGA 1XYZA 3AMLA 1JIBA 3EDKA 1E1FA 4P8VA 1C3FA 1EO7A 1KXHA 4U3AA 4PN2A 3VX0A 5A6BA 3FAXA 1JYVA 3L4UA 2XVGA 4PTWA 2V38A 2WMKA 3LPPA 2XSBA 3QHMA 4TVUA 3UR8A 2DIJA 1MXDA 5M17A 5C70A 2J4GA 4J3SA 5HNNA 2PWGA 3MU7A 2ZUUA 2OYKA 2FHCA 1C92A 1ZJAA 4JCMA 1V3HA 1UD6A 4LQ1A 1H5VA 5A8NA 3BC9A 3WMBA 2WW5A 3U5UA 2JF7A 3SIMA 1P6WA 4BQ3A 4QAWA 2Z1KA 1Q6EA 1JYXA 3WH8A 4CGTA 5A2CA 1O7AA 4GINA 5FKYA 4EK7A 2JIEA 2V5CA 3MV11 1EDGA 2ZWZA 3AZRA 2DT1A 4PBGA 1KQZA 2VI0A 4CKQA 2B31A 3TA9A 3TTYA 5CPTA 5LA2A 3WQ8A 4YHGA 5A6SA 2X8RA 2CERA 2WSPA 5BXRA 3SCNA 1JXKA 4JL2A 5JBFA 3MUAA 2X09A 3F5KA 4AIEA 1JZ7A 3W27A 4B3LA 1W2VA 5D9MA 1V0LA 1BVZA 3LPGA 1NWUA 1MXGA 1SYTA 4P7QA 5GNXA 1J0ZA 4BQ4A 3T0DA 5JUVA 4KMQA 1TMQA 7TAAA 3WEZA 1XD0A 4J3UA 3VPLA 4MNKA 2BY0A 2D22A 1US3A 1WCGA 5CLWA 1E0VA 2Y8VA 4OOUA 2VZSA 3ARTA 3WEMA 5I79A 3OGVA 3K8MA 4V28A 1KXQA 2GJXB 2WKLA 2IUZA 3AIUA 1MFUA 4M81A 1XV8A 2CEQA 2WZHA 1G94A 2BY2A 4LYPA 3VO0A 4PMRA 1NP0A 5A6AA 3W6MA 2BXZA 3DHUA 2W66A 5I3DA 1CXEA 1CZ1A 3MANA 3ARSA 3MMWA 2ZX9A 2X05A 1KBKA 3VIHA 1AMYA 1HJWA 3VDHA 1HJQA 1BLIA 2DEPA 3HJEA 2WLZA 1QNOA 4OBRA 1QW9A 4H8VA 3CZKA 3NDYA 4JHOA 3ZIZA 1OD8A 1S46A 2WC4A 1G9HA 4IPLA 3VUPA 1HP4A 1TFVA 1TR1A 3VDAA 1CIUA 1VRXA 3L2LA 5C71A 3AS0A 2YL9A 3WENA 1OM0A 3W82A 5A6BD 1BHGA 1W1TA 2X0YA 3W0KA 4TVCA 2OWCA 2XTKA 5BRPA 3SUTA 1H49A 3CPUA 3NIYA 3HMCA 2EJ1A 5CSYA 1HL9A 1MW3A 2CIPA 4UR9A 4C7GA 5LA0A 4Q22A 1TVPA 2WKGA 2XFFA 1XSKA 3II1A 1JI1A 5DO8A 1C93A 2F61A 2W63A 1OINA 4ZE5A 3AQUA 2GDUA 3OIHA 2PWEA 5AC5A 1TE1A 3PZQA 4Z2LA 1PAMA 1O6IA 3RJXA 1H2JA 2W5FA 4TXEA 3D5HA 2WZEA 4HPGA 4U31A 2OSWA 1V6WA 2DGAA 3THDA 4AZ6A 2VVSA 4GZIA 2D2OA 2FDMA 4WSKA 3F5LA 1VBRA 1J18A 2HISA 3CTTA 1UD2A 2ZUNA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4XV0 A;  2WXD M;  2XWD A;  2WHJ A;  3OGS A;  3SCV A;  2VC9 A;  1OD0 A;  4Z2J A;  4JFU A;  1M53 A;  1XC6 A;  1NWS A;  3AIB A;  3WQ6 A;  4M8U A;  3SCR A;  4D6C A;  3CLW A;  1L8N A;  4OZO A;  3AIQ A;  2GJR A;  3ZOA A;  3AJ7 A;  5I0D A;  1E4I A;  5ABF B;  2FGL A;  5KZ6 A;  1JDA A;  3WF1 A;  1GUV A;  1PX4 A;  2EXO A;  4TX6 A;  2OYM A;  5LYR A;  3CHC A;  3ECQ A;  2WC3 A;  1FH9 A;  2XJ7 A;  1Q6C A;  4JCL A;  3MKK A;  1IV8 A;  1GHR A;  4TOQ A;  2DDX A;  2PF0 A;  3TTO A;  1JF5 A;  1MQP A;  2EPO A;  3VGE A;  3AOF A;  4UTF A;  1B2Y A;  4M80 A;  2OWW A;  4KH2 A;  2WVV B;  1GHS A;  3U7B A;  1MW0 A;  1W9P A;  4NRS A;  1FHL A;  1W3L A;  1XH1 A;  4WKH A;  3HU7 A;  6A3H A;  1R85 A;  1UR2 A;  3M7S A;  4MB3 A;  3VIK A;  5HPO A;  2OSY A;  1HKJ A;  1FH8 A;  1V6Y A;  1CXH A;  1HJV A;  2J75 A;  5CSU A;  3WH5 A;  4U33 A;  1VB9 A;  3FXY A;  4CUC A;  1V3I A;  4W89 A;  4CD7 A;  1WE5 A;  2WSK A;  1I75 A;  2ZE0 A;  4AEF A;  1K6A A;  3VIM A;  3S2C A;  2VL4 A;  1DTU A;  3SEP A;  1RP8 A;  1DWI M;  4UZU A;  3KZS A;  4LYR A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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