4WJEA

Crystal structure of trichomonas vaginalis triosephosphate isomerase v45a at 1.3 angstroms
Total Genus 86
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
86
sequence length
250
structure length
250
Chain Sequence
RTFFVGGNWKANPKTVQEAEKLVEMLNGAKVEGNVEVVVAAPFAFLPTLQQKLRKDWKVSAENVFTKPNGAFTGEVTVPMIKSFGIEWTILGHSERRDILKEDDEFLAAKAKFALENGMKIIYCCGEHLSEREAGKASEFVSAQIEKMIPAIPAGKWDDVVIAYEPIWAIGTGKVASTQDAQEMCKVIRDILAAKVGADIANKVRILYGGSVKPNNCNELAACPDVDGFLVGGASLEAGFINIVNSNVHS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Isomerase
molecule keywords Triosephosphate isomerase
publication title Crystal structure of Trichomonas vaginalis triosephosphate isomerase V45A at 1.3 Angstroms
rcsb
source organism Trichomonas vaginalis
total genus 86
structure length 250
sequence length 250
ec nomenclature ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date 2014-09-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4wjeA00
4LT9A 1EPXA 1TQJA 2YZRA 2F7FA 3HGRA 2CW6A 1X8FA 2V2HA 1WDWA 4ZQMA 1ZFJA 3S5OA 3R13A 3NL6A 3G1HA 3ABQA 1OG0A 3M5XA 2GQ9A 3SI9A 4JD4A 4NVTA 5CSRA 1B4EA 3PC0A 1KLYA 3KVJA 4MUZA 1F05A 3KFTA 3ABSA 1QNVA 5AOUA 3CLMA 3PULA 3M5YA 1H60A 2H3DA 3W88A 1F7BA 3TXVA 3S8HA 2JGQA 4O16A 1JUBA 5D30A 3FIGA 4ZQNA 2A1YA 2WQPA 3O1NA 3G8EA 4UR8A 4DO6A 3VI2A 1KFKA 2Y63A 3W1UA 4PL2A 1O60A 1ICQA 4AXKA 3E02A 1YYAA 3LBMA 1JRBA 3LI1A 1R2TA 2QUVA 5LNSA 3GXPA 1YXDA 3PF3A 3TAKA 4JEQA 4TO8A 3BK0A 1I8JA 1DOSA 1SFJA 2ZTKA 3N9RA 4OHQA 5FF2A 3TNOA 1L6SA 4FX6M 2E6YA 3HO8A 4JR5A 4A2SA 2R94A 2NUYA 3WJSA 1W5PA 3HMJG 2A7PA 5A5WA 5F4WA 2ISVA 1ALDA 2QAPA 1I2PA 4XTDA 4MYAA 4HSNA 3R8RA 2C0AA 4ZMGA 5D04C 1GEQA 1GG0A 2VFEA 1EWEA 1W3TA 2OCZA 3TR2A 5D2YA 2WNNA 1XL9A 3B06A 3GXTA 3N2MA 4JTGA 3WJZA 3T7VA 1FWSA 1YLVA 4AH7A 3DKLA 2X16A 3I65A 4FHAA 1A5AA 1M7OA 3QRHA 3FA5A 4UTUA 3M6YA 3QMTA 4O52A 4LS0A 4A29A 2C15A 2J9XA 1FX6A 4BWLC 1W54A 1GJPA 4FNQA 3ABOA 3W1AA 2B4GA 3UWZA 1B9BA 4HNVA 3SFKA 5KZDA 3FKRA 2OZ0A 2LLEA 3W7NA 3TQVA 5LGXA 3NQVA 2ZRUA 1OK4A 3P5YA 2RDWA 3CHVA 1R47A 2Y62A 4O1DA 2B7QA 5C2XA 3HOJA 1OABA 2WO5A 1T99A 3LERA 2WJZA 4O0ZA 4WQ6A 2BLEA 4AWTA 1RQBA 4AHOA 2VC6A 4LVBA 1JUKA 2ALDA 3H55A 3FS2A 3C0JA 2DORA 4WX2A 1FWRA 4H4IA 4FB7A 1I2OA 1YDNA 4O8RA 4ZQPA 4JTJA 3PB0A 5BW6A 3HGSA 5K4XA 1YTDA 5I3JA 1H7RA 3PSVA 3OVPA 1G7VA 5G2HA 1DVJA 1O94A 2YDAA 5F2IA 1XUZA 1B4KA 4O15A 1N55A 3LHTA 3EXSA 2YYTA 4EF9A 3DFQA 1JCMP 3P61A 3WJWA 5CZTA 4OGZA 3R2GA 3LX9A 1H5YA 3F1QA 5BMXA 3MI2A 7TIMA 2QCNA 3KX6A 4LRSA 1XBXA 1TPVA 1G67A 1JJKA 3UXAA 1UB3A 2V9DA 4IQLA 5F2MA 3QQ1A 1JCLA 4UFMA 3TK7A 1UJPA 3M9YA 1HG3A 2ZQ0A 3LCXA 4OU1A 4BF9A 1J2WA 4JS3A 3NQEA 3LTPA 1L2UA 1DV7A 1GWJA 1W31A 2WPBA 3L0GA 3W2KA 1GVSA 1TV5A 2HTMA 1ME7A 2FB3A 3EEGA 1U5JA 3W7OA 3MO7A 1LTDA 1LRNA 4NJIA 1S5VA 3IEBA 4O12A 4IGHA 1L9WA 2RKXA 4FNTA 4I7VA 4MPQA 2JKAA 2TMDA 3MUXA 4HPJA 3HGOA 1JQXA 3PSWA 3W7KA 1QMLA 3CEUA 3M47A 5DXXA 3LXCA 1I45A 4Z1BA 1PHQA 4JIPA 1TTJA 2BWGA 3KRZA 3MBFA 4X22A 3O06A 1GVFA 3G1AA 3NVTA 5D32A 3O15A 2X2GA 2B7OA 2P0OA 4RXGA 3W72A 4CLMA 1CI1A 2J9YA 4RX0A 3ZFHA 2QF7A 5D37A 1NAL1 5G5IA 4LVDA 4E2DA 3BG5A 5KINA 1KM1A 3SY5A 2DZTA 2ZZ6A 4QITA 5FF4A 2W79A 3EWXA 4O57A 1ZJIA 3M44A 4MVAA 1BKSA 2CLFA 3ATZA 4CNOA 5MHBA 3TH6A 1TV8A 3KVMA 1LYXA 5BNKA 4JYFA 2AGKA 5D03A 4GUIA 4K36A 2A21A 2ZRWA 2O7QA 1FWTA 1XXXA 4K8HA 1XI3A 1SW7A 1JR1A 3PBYA 3LCWA 4L4MA 3GB6A 3NDOA 3VFLA 1XDMA 1W8SA 1Q6LA 2DZXA 4AAJA 4YMZA 4H6KA 2BX7A 5LKYA 2VELA 5D38A 4BR1A 2FPTA 1H62A 5F2GA 2DZUA 4POCA 1HL2A 5KTLA 3FOKA 3UWQA 2C1HA 1WBJA 5F4XA 3EWBX 4O4VA 3TJXA 5BRBA 1LP6A 3S6DA 4WY0F 3F4NA 1VZWA 2OT1A 2Z6IA 4MJZA 1YXCA 2ZRZA 1W5NA 3INPA 3RNDA 2GVLA 3DAQA 3O8AA 1FDYA 4NQ1A 4ALDA 1H61A 5C6MA 1T0OA 3BW4A 5HR6A 3RF9A 2O7SA 1I2RA 3A9IA 1P5BA 3EX4A 4NX5A 3IIXA 4AHQA 3ANYA 3USBA 3LV6A 4N6FA 1O5XA 3FYPA 4FNUA 3BGJA 1ME9A 3NGJA 1OYAA 3GR8A 3PR2A 3GDKA 4IMEA 3O6CA 1JCNA 3S9YA 2E5CA 3P84A 2IQTA 4ZVJA 1ZNNA 3PBVA 1GPWA 2XN2A 1ZAIA 1ZCOA 5AHLA 3Q2DA 1TRIA 2CWNA 3N19B 4MJMA 1SU5A 5FF0A 1B57A 4LTSA 3RMJA 1GT8A 4ML9A 3LV5A 5A8GA 4K7YA 2H6RA 3UWVA 1PCWA 3IIOA 1QCWA 1TPWA 3M5VA 4FIRA 1X1OA 3BPWA 1WYIA 3NQ6A 4TX9A 4LY8A 5HUPA 1OX4B 4Z1CA 4YCOA 4XZ9A 1UCWA 3P74A 2E6DA 3MMTA 2J88A 2DZWA 2TPSA 5K9CA 4R34A 6TIMA 4MFDA 3I7SA 2E77A 1HO1A 1VHCA 4O54A 3T78A 3W75A 4KFOA 1X1ZA 3QM3A 3FJ6A 3KHJA 3BV4A 5F1UA 3ZWTA 4QM1A 4XKYB 1NSJA 3G0UA 4TU1A 2CU0A 4U28A 1AL8A 3SIZA 3HG5A 2A7RA 5KZMA 2QKFA 4RLIA 1EUNA 4UFJA 1BWLA 1TJRA 1S5WA 4ZL1A 3P80A 3IGXA 1O5KA 3HJZA 4ORIA 2TSYA 1W0MA 1DBTA 3JRKA 3DH7A 5HINA 3UWUA 3B4UA 2RDUA 1MEWA 3FLUA 3MP5A 5K9DA 3DKJA 2E5DA 4OBTA 1GYNA 2E5BA 3EX6A 3VCRA 3BW3A 2ATSA 2DZSA 2ZTJA 2ZFAA 5I3IA 2BXVA 2Y89A 3P67A 4IMFA 3IIVA 3LHZA 3W84A 4Y96A 3W9ZA 1QDSA 3P5ZA 4BI5A 3L0KA 2G5WA 2NXHA 4LVAA 5FEXA 1M7PA 4LU0A 2GJLA 1AL7A 4Z1AA 3T44A 3B03A 3G3DA 3BGGA 3LLFA 4RR4A 3TC6A 4NUWA 4B5NA 1HUVA 1OX4A 3B05A 4W9TA 3PM6A 3LCHA 1LOQA 2E09A 4JTTA 1KFBA 3F03K 5FEZA 3QFEA 5I3HA 5DCDA 4E38A 3QSTA 3A5VA 1UUMA 4DQWA 1NFBA 4JXCA 1OX6A 1ME8A 3W07A 1AG1O 4XKYA 1L6YA 5HULA 4CQ9A 4BWLA 2BTMA 4ZZ9A 1RPXA 1NF7A 1VRDA 4NZJA 1OFDA 3W86A 5K4ZA 3L66A 3SJ3A 5AC7A 1IXQA 2NUWA 3PB2A 1QPNA 4GUGA 3C3NA 3LHUA 1SSDA 3RLVA 3D0CA 3GLCA 1KM2A 1UUOA 2X1RA 3QW3A 2FJKA 3G1SA 1HFBA 4MFEA 1H7WA 3UNDA 1MSSA 1FCQA 8TIMA 1KM0A 1SO6A 4HNTA 4Y8FA 1TTPA 2FQIA 3TQKA 4OE7A 4Q32A 3P7YA 4FF7A 4O14A 1H51A 1TPUA 2Y7EA 3PAJA 3SSJA 3M0ZA 3KAOA 4I7WA 1XCFA 3QW4B 1H7XA 1W1ZA 4IUOA 3TFXA 4IJBA 2RFGA 1WAUA 2OX1A 4AHPA 3QYQA 3IVTA 1KFCA 3HF3A 3MHGA 4XBKA 2X1UA 3DXIA 3DHFA 1QO2A 1VCGA 4GUHA 4DF1A 3LOTA 3TIMA 3S0CA 3NL3A 3W23A 2NX3A 4ADSA 4O1BA 1OFAA 4X3ZA 4CQAA 3PBWA 5FI8A 4N6EA 2A0NA 4MZ8A 3EKLA 1JQVA 3P60A 4WY0B 5CZ0A 2CZ5A 1J4EA 3H54A 5AC8A 4M19A 1KTCA 4DF0A 1VYPX 4JTSA 4GUFA 4K8EA 4UC5A 3TXZA 4PCFA 1ML1A 1DKWA 3PY2A 2VFIA 3STFA 3QPZA 1TPH1 5D2XA 2VOMA 3L9CA 3TW6A 5KSWA 1JULA 1ICSA 3PG8A 3TX9A 4CQ8A 4MIMA 3NNTA 4Z0JA 3WK1A 2FPYA 5AYZA 2G95A 3CU2A 2ZRVA 4GFSA 1OFRA 4MZYA 1R30A 1FCBA 1FWWA 3UD6A 4WXYA 1K7EA 2P10A 3GXNA 2OMAA 2V81A 4AWSA 1H7OA 1SPQA 3IVUA 3QC3A 3OHIA 4PTNA 4UMAA 3UWYA 4QIUA 1XBYA 3PUOA 5IBXC 2EF9A 3DGRA 3Q37A 4M7SA 1GYLA 2XN1A 4JICA 4KFNA 2R14A 4LC6A 3HG3A 5AHNA 4A21A 3L2IA 5TIMA 2V2CA 4O11A 3MWAA 3BLFA 3GK0A 2FFCA 2Y88A 5HWNA 4HNNA 5F4SA 1XBVA 1XDLA 2H8ZA 2VFHA 1KFLA 2Q8LA 3CT7A 5CKSA 1C8VA 4LVGA 3QZEA 3SZ8A 4MY1A 4WD0A 1IXNA 1X7FA 1QOPA 3NG3A 4AF0B 4JYEA 3LRLA 3BARA 2WKJA 1IF2A 4WY0A 1OF8A 4IXHA 1ZY9A 1PS9A 3C2FA 1OVDA 4AB4A 3WFAA 2NV2A 2WNQA 5G4EA 1EEPA 1RV8A 3DHDA 4LRTA 3S5YA 2GOUA 3NPUA 4MZ1A 2VXNA 1XBZA 3W70A 3JS3A 1EP3A 3LDVA 3CWNA 2W6RA 1G6CA 4O10A 2CLIA 5KITA 5DN1A 1VYRA 1TPC1 3A5FA 1GTHA 3C2EA 5EMUA 1BWKA 3M7WA 1G69A 4N02A 3R89A 4CCCA 1TREA 4PH6A 1KLZA 2J24A 1M5WA 1W3NA 1F6PA 4X2RA 2Y7DA 1H1ZA 2ZA1A 1DHPA 1KV5A 2A6LA 1O4UA 1EB3A 2Y6ZA 4QQ3A 1TPDA 3NEVA 4MY8A 4BI6A 5TBOA 2A7NA 1XKYA 1HTIA 3G8RA 1ZENA 3QF0A 3NPXA 2CLOA 4X9SA 4OQVA 4YLWA 3E49A 1MEIA 1SZFA 4NNBA 1YTEA 2VENA 1VGAA 5TQLA 1Q45A 1EP2A 4MLRA 3GNDA 3SR7A 3W1QA 4UUIA 3W1XA 3NAVA 1KM6A 2Q3RA 3Q58A 3W7DA 3WJYA 1G4TA 2QCEA 1OFEA 3DU0A 3CTLA 2NX1A 4N2YA 3LHVA 3EXTA 4O0KA 3SGUA 2I9EA 5E1QA 4AWUA 3LTYA 3R5EA 4R7JA 1RZMA 5CPMA 2WSQA 5U7SA 1V7YA 1WQ5A 4AF0A 2QCCA 4P61A 4LV9A 3W1TA 5LSMA 3HIJA 3TSMA 3U6WA 2W0UA 2QAFA 1LBFA 2GQAA 2G96A 4IMCA 3W7GA 4K38A 4JTIA 2QCLA 3OEXA 3W74A 2FTPA 3LBCA 3LTSA 2NXIA 2NXGA 3L21A 1TYGA 1LDCA 1ZAHA 2NX9A 1KTNA 1OFQA 4C1KA 5AHEA 3QQ0A 3RLUA 1TTQA 4A22A 5H91A 4WJEA 4XTIA 3UYCA 4HHPA 3M1ZA 4ORMA 1KTBA 2B7PA 2V2DA 2X1TA 1K03A 4A3UA 4AMAA 1I2QA 1GG1A 3IRDA 2VEIA 4JDBA 5F1VA 5EY5A 3T4CA 1EP1A 2Z1BA 4O13A 3PBUA 1F73A 1TRDA 4GNJA 3W71A 2QCMA 4WXZA 3OIXA 2Z2UA 3ZR4A 4DPPA 1WOBA 1M6JA 2ZZ4A 2ZZ7A 3EWYA 5CSSA 1AW5A 3B8DA 3CEPA 1TQXA 2I14A 3L0NA 3W76A 3THAA 1UASA 2VEKA 2WV8A 4UTWC 4JTKA 1W5OA 2E6FA 3CIWA 3PVFA 1SZGA 1XM3A 4JTHA 4K37A 2Z6JA 2BZNA 3HBLA 1O95A 4UXDA 1WXJA 5HWMA 4HKPA 3GIYA 4NXSA 1WV2A 4UFHA 1GVRA 1MZHA 1BEUA 3B0VC 1RD5A 2C19A 2HMCA 2JKEA 1LORA 2WOQA 1JCYA 1K3UA 2CLMA 4WOQA 5FEPA 4I9AA 5HWJA 1Z48A 1R2SA 5EPDA 3W3OA 4LS1A 4UTTC 4FNPA 4LUJA 4RKAA 1K8ZA 3S1WA 4GRSA 3T40A 5C5YA 2CLKA 3A21A 4TMBA 3N34A 1I2NA 1UBSA 3PUEA 5E0KA 2GJNA 1XC4A 3NL2A 1KM3A 2EKCA 5HQEA 1V5XA 1JVNA 4MOZA 1SO5A 3GVGA 2VFGA 2FPVA 2ATMA 4JTFA 3DFOA 4GJ1A 3C2RA 5G2IA 1ZALA 5BMWA 3M41A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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