4X22 | Genus

Total Genus 91

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	91
sequence length	249
structure length	249
Chain Sequence	RKTIIAGNWKMNLSLKEAVFLAHSIREKIPSISKDKVSMVFPSTLHLENVSKILEGSSVIVGAQNCYHSGLAAFTGETSPDQLKEIGVKVVMVGHSERRQFLGESNFFCNDKIRFLLKNEFTVLYCVGETLSERESGKTLEVLSSQIREGLKGIDSVFFSNLILAYEPVWAIGTGKVATPSQAQEVHSFIRKEISGLFVGASSISESISILYGGSVKPDNIQDLLKEKDIDGGLVGGASQKISSFAGLF

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Isomerase
molecule keywords	Triosephosphate isomerase
publication title	Connecting Active-Site Loop Conformations and Catalysis in Triosephosphate Isomerase: Insights from a Rare Variation at Residue 96 in the Plasmodial Enzyme pubmed doi rcsb
source organism	Leptospira interrogans serovar icterohaemorrhagiae str. rga
total genus	91
structure length	249
sequence length	249
ec nomenclature	ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date	2014-11-25

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00121	TIM	Triosephosphate isomerase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	4x22A00

4RKAA 2WNZA 2H3DA 4QISA 4HHPA 4TX9A 5D37A 4C1KA 1SZNA 4GE8A 3BK0A 3NZ1A 5LHFA 3LOTA 4CCCA 3DFSA 3CHVA 3MMTA 1SSDA 1S3HA 1TO3A 4ZZ9A 1KA9F 3IEBA 5G4EA 1TSIA 2C16A 3LHZA 1R46A 2ZRYA 3B4UA 2ZA3A 3NGJA 3DFQA 5ABTA 2ZTKA 1OFRA 1KTCA 1B3OA 1ZFJA 4XKYA 1QPQA 3W22A 2R8WA 2ZA2A 4JEQA 3KRZA 2GPTA 3WK3A 1DVJA 2DJLA 2X2GA 3LCXA 1WV2A 1WAUA 4RX0A 1QOQA 5A8GA 4I7VA 5D2TA 1H1YA 1TPB1 1OYAA 5U7SA 1ICPA 1KM0A 4LUIA 3NAVA 3G3MA 2CLLA 1PCWA 4XUGA 3G1YA 6TIMA 4JIPA 4IMEA 1AG1O 3HO8A 4TMBA 4FIRA 4BK9A 5AYXA 3T4CA 1Z48A 5CPOA 5D2WA 2EGZA 5J5DA 4MY1A 5G5IA 1ZAIA 2V9DA 3L2IA 5AOUA 3LXCA 2WO5A 4ONVA 4HSOA 2RDTA 5CKSA 1QR7A 1MEWA 1QDSA 1WOAA 1GTEA 3N9SA 4NXSA 4O54A 3KHJA 4NJIA 3P8IA 4JX4A 4LS2A 2NWSA 1VPXA 3P82A 3W70A 2H6RA 3LX9A 3EEGA 4S2BA 4MFDA 1YXCA 1H62A 4GFSA 2PURA 1XBVA 4A2SA 1H1ZA 3BW4A 3PM6A 3W74A 4O11A 4UTMA 3DKLA 2QDGA 4BI7A 3W1QA 5D2VA 1SO5A 2NZLA 4JXCA 4A2RA 3QZEA 3STFA 3GNDA 5HWNA 4WXZA 3USBA 1TJRA 3RLVA 4IOTA 3RNDA 1F74A 1OVDA 2ATMA 4Y90A 5L6UA 3NQ2A 1L6SA 4E2DA 3PB0A 5LKYA 2ZZ5A 2Q3OA 5CZSA 1RVGA 4GNJA 2G95A 2JGQA 3QFEA 2B7NA 4UR8A 4ZMGA 1TPH1 4A21A 4MJZA 3FIGA 4ZQNA 3OA3A 3GDTA 1U83A 3R13A 3O16A 1K7EA 2ZRVA 2AGKA 4Z1DA 3R5EA 2Q8ZA 3WK0A 2ZZ7A 4NZJA 5FEWA 1GOXA 4W9TA 3SGZA 4I7UA 1W3NA 4CQ9A 3MP4A 1C8VA 2DZVA 3LHTA 5HR7A 4QNWA 5K4ZA 3TA6A 3LHYA 5F4SA 5HWJA 1K02A 5D38A 3IGXA 2A0NA 5CG7A 5G1YA 4ADTA 4FNRA 1T8XA 3S5OA 1QFEA 2O7QA 2W0UA 3K30A 5DCBA 3W7IA 3SFKA 3NA8A 2Q3RA 4LNYA 4NJKA 5HJLA 1Q6RA 3OVQA 2E5CA 1LROA 4LVBA 4O10A 5CSSA 3M0ZA 2P1FA 4UMCA 1YYAA 4IX2A 3AO0A 4AF0A 1OHLA 4RXGA 5LSMA 1YTEA 3B0PA 1GG0A 3JRKA 3QM3A 1QMLA 4FIQA 1R2RA 1W5MA 4Z1BA 5HWMA 5BNKA 4GUJA 3RMJA 1L6YA 4X2RA 3MWAA 1KBJA 1OFPA 4LT9A 2BWGA 5IBXA 3NNTA 4A3UA 5DCDA 1G4PA 1TCDA 4QIUA 3BG5A 1KTBA 4QSHA 4U28A 2VFFA 3R12A 3NEVA 3THQA 3C6CA 1OF8A 1O60A 1JCMP 3P5YA 2TMDA 3P8JA 2I9EA 4WY0B 3W1AA 1EB3A 4FXRA 1X6UA 5FF2A 2XN0A 3NQMA 2NXGA 1W1ZA 4X9SA 3CM4A 1PVNA 4IMDA 5DCEA 1VLWA 3TC7A 1ME9A 2YYUA 3OEXA 1IF2A 4FEZA 3E02A 3DXIA 3CWOX 3NYZA 1SQ7A 5FI8A 2CZ5A 3C2FA 2RFGA 1DOSA 4PL1A 2C3ZA 5DBTA 1NVMA 3UYCA 2V30A 2YW3A 1AL7A 4WX2A 1DL3A 1F05A 1H7PA 3G1HA 3LV5A 3PBWA 1V7YA 3G1AA 4O8RA 4AHQA 3OVRA 4CNNA 2DZXA 4MIMA 5K9DA 3TC6A 3HG5A 1JCJA 1ICSA 2TPSA 3NDOA 2OX1A 1FUYA 3HPXA 3L9CA 3M9YA 3HG3A 1QWGA 4O19A 3MO7A 4N4QA 4UNLA 2Y62A 2BLEA 2OCZA 4JTLA 4AH7A 1PV8A 1ZALA 4IXHA 3WK1A 4UTUA 4O52A 2OMAA 3W2NA 5IBXC 1X7FA 3EWZA 3V75A 2NUYA 2XN2A 2HTMA 1K3UA 4YWIA 2H8XA 4K38A 3N34A 3QW4B 3HB9A 2EAWA 2ZYFA 1DQWA 4IJBA 3W7RA 3GDLA 5EPDA 2ZRWA 2OT0A 3W9ZA 1EWEA 3LBCA 4WY0F 3T44A 4HPXA 4NT0A 5EL1A 3GR7A 2ZRZA 4MUZA 2W6RA 1W5OA 1F73A 4RZ4A 2YSWA 4MLRA 2NV2A 3NQ7A 2ZCGA 2B0MA 2GQ9A 3NQVA 3PULA 4N02A 5HUPA 4JGDA 1JR1A 1KFKA 1Q6LA 4WJEA 3UPWA 1OX6A 1B9BA 3NL2A 4UTJA 1NEYA 3W7EA 3GNNA 3N3MA 5F2IA 3MBFA 4DPQA 3W1RA 4YL2A 2E5DA 5G2HA 3LRMA 3OG3A 1DKWA 1S5WA 2YDAA 5EKYA 2B4GA 1OFAA 3GDMA 4O28A 3MP3A 1GPWA 3FA5A 4CCEA 3EKZA 1QO5A 4TIMA 4Z1CA 4DELA 4JIQA 4AWUA 4IX0A 2JBMA 3O63A 3DENA 2PCQA 1G4TA 1W56A 2PC4A 4A29A 2JGYA 1G7UA 5F1VA 3W1LA 3LRKA 4FXSA 3DZ1A 4Y6GA 2J9ZA 3CB8A 4PFMA 4N9DA 4YXGA 2C0AA 2VXNA 3BG9A 4GUIA 4NQ1A 5C54A 1EUNA 3PG8A 1UBSA 3TSMA 5LNSA 3C2EA 5AYZA 1KM6A 4YLWA 2R91A 2RDWA 3BVJA 4FF7A 1GJPA 4UMAA 3NQFA 2Y88A 2WV8A 2YFOA 1TMHA 4MZ8A 1XM3A 2ISVA 3WJSA 1H61A 1AMKA 2ZZ6A 4JTIA 2CLOA 3CIXA 3UNDA 1AW5A 3R89A 4AHOA 3VCRA 1KFEA 3QF0A 2YR1A 4UIOA 5AC7A 3T78A 4O18A 4QJ1A 1AW1A 3NQDA 1TPVA 1LBLA 1KLYA 2QUUA 5AHFA 4M19A 3B04A 3LCHA 1SZGA 4N4PA 3CEPA 4NNAA 1OFDA 3S5YA 5LGXA 3UWVA 5KITA 3ZS4A 1H50A 3ATZA 1SPQA 4NJJA 3A24A 3C3NA 4LV9A 1YLVA 1OK4A 3MBDA 3F4WA 4X22A 1Y0EA 3NZRA 1F6PA 3W7GA 2X16A 1KBIA 2E6YA 1LOLA 1TPFA 2RHGA 1OYCA 5I3HA 4ZQMA 1W3IA 4L4MA 2YPIA 4NJHA 4RCXA 1SW7A 3LTSA 3KVKA 1GVSA 2RKXA 3QW3A 1YDVA 2QCHA 2QEZA 3TR2A 3O05A 3KVJA 2BSLA 4JDBA 1W31A 5D04C 4M7TA 1M7PA 2Y61A 3ABRA 1H7NA 3G1VA 1SFJA 5I3IA 1L2UA 4R34A 2CLHA 4HT3A 1W5NA 5G1TA 2NUXA 3ABSA 1KV5A 1B4KA 2QAPA 1YADA 1VJIA 1XL9A 4TR9A 3D0CA 4MPQA 3SY5A 1DHPA 3LM7A 2YXGA 4UFMA 1FDYA 1R2SA 1UUMA 4ICNA 1KLZA 1TPEA 4UFJA 1G7VA 4DF1A 2X1TA 4FHAA 2WSQA 1UJPA 5E0KA 2Y70A 2YCEA 3WFAA 1NFBA 2EKCA 3IVUA 2Z6JA 2A85A 3W7LA 3QMRA 3SGUA 2ZDRA 4HN4A 3QQ1A 4GUHA 3W85A 4NX0A 1XBXA 2WSRA 3DGRA 3TMQA 1I8JA 2FIQA 3W07A 3W87A 3HJZA 3GXTA 3N9RA 2ABBA 2GUUA 3ZFHA 4O0ZA 1M6JA 3M5XA 4CNOA 4UMBA 2RH9A 3FKRA 1RV8A 4FNUA 3MHFA 3PWAA 3A9IA 3G1DA 3TKFA 3QMTA 1FCUA 3PAJA 3ELFA 2J9YA 3KRSA 3W7DA 3BV4A 5KZEA 5CPNA 1M7OA 2Z0IA 3IVTA 1JCNA 3W2MA 3PR2A 1LCOA 3GXPA 3M1ZA 1OF6A 5E1QA 3B0VC 1I2QA 2AQWA 3W6YA 3KX6A 3MYPA 1XXXA 4DXVA 5G4WA 3WK2A 2QAFA 3W7OA 3M5YA 4BWLA 3NL3A 1FCQA 3S1WA 1V5XA 5D30A 3P60A 4M6VA 4HSNA 1O5KA 4WD0A 2YFNA 4JTTA 1VYPX 1YXDA 1I45A 4MZ1A 2DZSA 4IMCA 1LP6A 4LVAA 4CQAA 1EEPA 3L67A 1Z41A 4ZQOA 1HL2A 3HPSA 4PL2A 3W75A 3UY7A 3C2RA 4QQ3A 2GVGA 3PBVA 4M6QA 4CCDA 1YTKA 4K39A 4JTEA 3E0IA 1KW1A 3MJYA 4GBUA 3TDFA 2FFCA 3EX3A 4OHQA 4MOZA 4HNVA 3BARA 3IV3A 1JCYA 3OVPA 3RLUA 2FQIA 4FX6M 5EMUA 3NPVA 3CT7A 2FPVA 1JUEA 3W3OA 4LC8A 3E96A 5F2GA 2ZZ1A 5DY3A 4IPJA 1XC4A 4EF9A 3IIZA 3FEMA 1OX4B 2Y85A 2VFIA 3N2MA 1KM2A 1TIMA 4OE7A 3NQGA 1TJPA 3QYQA 2DZTA 5EA9A 2Z6IA 5D05A 4P2VA 1EP3A 5U4NA 1X1ZA 2CZEA 4LOCA 3ABQA 2ZZ4A 2QCDB 2Z1BA 5CZJA 3LDVA 3A21A 2A5HA 1XUUA 2CFFA 1J4EA 4O4WA 2C1HA 4YCPA 1FCVA 1EA0A 4BWLC 4PCFA 3O8AA 1VRDA 1ZJIA 8TIMA 1JCXA 1IXOA 4O53A 3TFCA 1YTDA 1IXNA 3W7HA 1H51A 2CLEA 4QITA 2GVJA 3GLCA 3LCWA 4ZVJA 1VGAA 5I3JA 3QPYA 1ZENA 2ISSA 3IIOA 2VENA 1IXQA 1DJQA 3DKJA 4UFIA 4DEFA 3Q94A 4Q33A 2GJLA 3L68A 1JQVA 4UTWA 3QH2A 3MUXA 2QF7A 3UPBA 4N6FA 3W1TA 3C61A 3G1FA 1ONRA 1EPXA 5DXXA 3PC0A 3RK8A 3M6YA 4GRSA 3KOFA 5HMSA 5BMXA 1Q3NA 4TU1A 1WQ5A 4GXMA 3N19B 5CPMA 1MO0A 1ZHAA 3M7WA 4H3DA 4DBDA 3BG3A 3VKJA 3BW2A 1KM4A 3DFOA 3L0NA 3G3DA 1AW2A 2CLKA 2WOQA 4XZ9A 3CC1A 1HO4A 1GTHA 4LVFA 5D02A 3LGEA 3HF3A 4UC5A 3PS7A 4CNPA 1TV8A 2QCFA 4S1FA 5BOOA 4PA8A 1BKSA 4O1BA 1SZFA 3QMSA 1K7XA 4FO4A 1ZAJA 3CQ0A 3HQ1A 2CWNA 4ADUA 2OJPA 3NPXA 2QJIA 1Z42A 2E09A 3LV6A 3G22A 1N55A 2Y63A 2GOUA 4PC8A 1J5TA 1ME7A 3S0CA 3T40A 1GYLA 1XUZA 5MHBA 1VCVA 2FPTA 4O16A 3NQAA 2Y7FA 3E49A 4HPJA 2ABAA 1CX9A 2B7OA 3UXAA 2GQ8A 3F1QA 1RR2A 4UTLA 1XKYA 1YPIA 1XDLA 1H60A 4C1LA 4GUGA 4JICA 1QAPA 4UTWC 1PHQA 3GDKA 2DU2A 3PUOA 3FKKA 4KFOA 4HKPA 2W79A 3OHIA 3LBMA 2JKEA 1C9DA 4O1DA 3TAKA 4QAIA 3EWYA 2Q8LA 4GUFA 1R47A 1DORA 2WNQA 3NM1A 3UWWA 5KZDA 5K9XA 2QCNA 5FF3A 5HULA 2QCEA 2NLIA 1MZHA 4G1KA 4N6EA 5I3GA 2YZRA 4HNNA 4UUIA 3G1SA 4NJGA 3VE9A 1QNVA 5AFDA 3W7CA 3W1UA 4AWSA 1GVQA 1GWJA 1TRIA 3CLMA 4E38A 4N9CA 3UD6A 1VZWA 2G5WA 1TPDA 1LOQA 1DV7A 3IRDA 1P5BA 2FB2A 3OBKA 1EX5A 3C2OA 4TO8A 1FBAA 1LORA 1TTIA 3HBLA 1LYXA 3TH6A 1FY6A 4LWWA 1W37A 3T7VA 1HG3A 4UTIA 4OWGA 3MYOA 1I2RA 3HIJA 4UFLA 3LI1A 3MP5A 4I7WA 3M41A 1FDZA 3Q37A 3THAA 3CPRA 2NX1A 3O1NA 1ICQA 3KAOA 3ZWSA 1L9WA 1QPNA 3QC3A 3TK7A 5AHNA 4O4VA 5TQLA 3UZJA 1LRTA 3TCEA 2P0OA 2TRSA 3B05A 5CPLA 4O14A 3DFTA 3PG9A 2NWRA 1WBHA 1A5CA 3O6DA 4WOZA 4DO4A 1JRBA 2DJXA 1JJKA 3LB0A 3EWUA 4AXKA 2G96A 5KMYA 1XCFA 5BRBA 4R53A 2GVLA 3OIXA 4RLIA 1HFBA 4IMGA 4JTUA 4QNEA 4OBTA 2QUTA 1FWNA 3KVMA 2KZHA 3C2VA 1K8YA 4IWWA 3GK0A 1EP1A 1IIHA 2ZZ3A 1K8ZA 4LRSA 3EX1A 3W2UA 2UV8G 3NXFA 1TTQA 1OX4A 4ZL1A 3WJXA 2VFGA 1UASA 1SW3A 4D2JA 4EVZA 4JTFA 4P61A 3B0UX 1YXYA 5FEZA 5G2WA 3DFPA 4WOQA 1XBZA 3L0KA 3EB2A 1VCGA 5K7JA 5KTLA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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4X22A

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