4XX6A

Crystal structure of a glycosylated endo-beta-1,4-xylanase (glycoside hydrolase family 10/gh10) enzyme from gloeophyllum trabeum
Total Genus 129
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
129
sequence length
318
structure length
318
Chain Sequence
PFETLRAAAAPRYFGAALGVPHLLNFTHDPLFDVTAVLQFNGATPENEMKWAYIEPERNQFNFTGGDIVAAFSAANDYVLRGHNLVWYQELAPWVETLTGEDLWNATVNHITTVMTHYKESFNIYAWDVVNEAFNDNGTYRENVWYTQLGPDYIPNAYAVARSVNTPSKLYINDYNTEGINNKSDALLAVVQSMKAHNLVDGVGFQCHFFVGELPPDLEQNFARFVAAGVEIAVTELDIRMNLPPSQADIEQQARDYATVVNACKAQGAACVGITTWGITDLYSWIPSTYPGEGYALLFDDNYVPHPAFNATIQALLA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of a glycosylated endo-beta-1,4-xylanase (glycoside hydrolase family 10/GH10) enzyme from Gloeophyllum trabeum.
rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Gloeophyllum trabeum
molecule keywords Beta-xylanase
total genus 129
structure length 318
sequence length 318
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.8: Endo-1,4-beta-xylanase.
pdb deposition date 2015-01-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00331 Glyco_hydro_10 Glycosyl hydrolase family 10
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4xx6A00
1CTNA 2ZXBA 4FK9A 1GOOA 4M82A 4P8XA 3VOCA 1JYVA 2QHAA 1UR9A 2WVTA 3OLEA 3L4TA 2WVSA 3UG3A 3GH4A 2J8GA 4AD3A 5BXTA 2VZSA 4Y7EA 2NW0A 1IV8A 2PB1A 1FFRA 5I5RA 4JFSA 1XYFA 3CZEA 4UNIA 1VJSA 4EE9A 3WD4A 8A3HA 3ZJ7A 1EHAA 5BXRA 4D6DA 1DWGM 2E9MA 3WEOA 1XV8A 3BAJA 3CZGA 2VR5A 3M7SA 4PMXA 1V02E 2GJRA 4WSKA 2VRKA 2OSXA 2X05A 3VD5A 2XM1A 2D0GA 1WNOA 1WE5A 1XH0A 2GJXB 4JHZA 3QHOA 2WMIA 4RE3A 3HJEA 1XGZA 3VGDA 2ZUTA 2XSBA 1QI3A 2VZUA 5A6MA 5BXSA 4TVDA 3CUHA 1FA2A 1CDGA 1E15A 4Z2KA 2WSPA 1E1EA 1CLXA 4GINA 4UQEA 5C71A 2CCRA 2WMFA 2QMJA 4MB3A 4J3WA 3SCQA 2ZUWA 3ALGA 1VFUA 2VX5A 2VX4A 1UOKA 4CU7A 2VZTA 1H11A 3T08A 2WKGA 1UD2A 1E56A 3I3EA 3WNPA 3EDEA 2Y8KA 3U7BA 4AIOA 1FH7A 1JL8A 3N9KA 2JFEX 1CYGA 1FFQA 1M03A 3SCWA 4AIUA 2CNCA 2EPNA 3VDCA 2WAGA 2WK2A 1LWJA 3WBEA 3BCDA 3VGFA 5DT7A 3BXWA 1H0IA 3PBGA 3AZTA 4DM2A 5C70A 5ABHA 4W8LA 3VINA 1GOKA 2DSVA 3OB8A 1MW0A 4H8UA 1ISXA 4AEFA 3CLWA 1D3CA 2VJXA 2E4TA 3BAIA 3W25A 2WCAA 1K9EA 4TX6A 5D9NA 3ZQ9A 3VIJA 1W3HA 2Y4SA 4H8HA 1KXTA 4P7OA 2CBJA 2W62A 3AFBA 3GNPA 4L4PA 1E6ZA 5JUVA 2IXUA 2X8RA 4W7WA 5CLTA 3FAWA 1NWRA 2IXVA 4M8UA 3U7VA 1LL7A 2WNWA 3ZT6A 2VT0A 1E5NA 4PTMA 3AYSA 4W8AA 2J62A 5FKYA 5E6YA 1MYRA 1WZKA 1XC6A 4TUFA 2EPMX 3TTYA 4UCFA 1P6WA 2XVGA 2WVVA 3WFLA 2D1ZA 4AD4A 5CGMA 3W26A 2ZICA 1TVNA 2GFTA 2ZXQA 4K68A 2VZOA 4JHOA 5BCAA 4P7NA 4ZE4A 5HPCA 1UD8A 1LL6A 3NSXA 5LA2A 5AY7A 1RP8A 4AW7A 3SUVA 4AEEA 1OBAA 4JFVA 4J7RA 1UA7A 2MANA 5DMYA 1US2A 4UR9A 1KXQA 3VU2A 5A94A 1CGWA 2FHFA 5CPQA 1I75A 3EMZA 3GNOA 3WELA 1H2JA 2GSJA 4URIA 1E6XM 2G41A 2WZEA 3AOFA 3NDZA 3WDIA 4QLJA 1WDSA 3PZTA 4QAWA 1TE1A 3T0DA 2CHOA 3T2QA 2WZHA 3VIGA 3ARSA 1GOMA 3POHA 4EAMA 1V0KA 2YL6A 4PMZA 3DECA 3GBEA 4YPJA 1HJQA 1C8QA 4D1JA 4U2YA 2JIEA 1EA9C 3UR8A 1UKSA 4AC1X 3OLIA 4PMRA 3W24A 4AISA 1PZ3A 3BAKA 1GOIA 1BPLB 4HA4A 3ZT7A 3LPOA 2FH6A 1PX4A 2W66A 1OGSA 5ECUA 1OIFA 3T0BA 1J0ZA 3AMCA 2E40A 3DYMA 3LPGA 3TP4A 1BVZA 2A3BA 3A4AA 4CN1A 2O9RA 3GZAA 1AQMA 1ZBCA 1E4LA 3TONA 1WDPA 3W27A 3WH6A 3ZR5A 4CN4A 1YQ2A 4PEEA 3WF3A 3ARWA 4LYQA 2XSAA 3BAXA 1CXLA 4HZ6A 4D6IA 3AIEA 2JF6A 4UQ9A 3MUIA 2WHKA 2C7FA 2WB5A 5A8NA 2WCGA 5E0CA 3CZJA 1GNXA 3PZ9A 1GONA 3OZOA 1MFUA 2XGIA 4MB1A 4UQAA 4AZ6A 2A3EA 4QLKA 1ZBWA 2PBGA 2V5CA 4MNLA 1CENA 2BY0A 1ODZA 3T2PA 2JEQA 2OWCA 3VIOA 1JNEA 4GI9A 1U30A 4W88A 1KB3A 2J7GA 3JUGA 3CZKA 3WDHA 2QPSA 1E72M 3NJ3A 1W1YA 4J3TA 1H09A 3WKZA 1OM0A 3AI0A 4JFWA 2YDRA 2BXYA 3B9EA 5AC5A 5A1AA 3BAYA 5ABFB 3SURA 2YOCA 4AYSA 4LYPA 1K9DA 3VIFA 4UFJA 2XWEA 4FLOA 2A3AA 3AS2A 3WD0A 3WL1A 1BG9A 4JKKA 4P8VA 4DWSC 1R86A 4NI3A 4U5IA 1Y7VA 3AMKA 2EPKX 5AC4A 1UZ4A 3L4VA 3OBAA 1FH9A 1W1TA 1J0IA 2VX7A 2XIBA 5CPSA 2TAAA 2NT1A 1V3HA 2WW5A 3F5JA 3CPUA 3SCTA 4GQRA 5BXPA 3PZQA 3FW6A 3AHYA 1CXEA 2BFGA 1WZMA 1HXJA 2CITA 4MTVA 1R7AA 2Y24A 2J7FA 2WKLA 3PTKA 1HVQA 2XPKA 3WDJA 3CO4A 1HL9A 1W3LA 3SCSA 1W9DM 3K8KA 5BYWA 5BRQA 3WL0A 4Q7NA 3W28A 1O6IA 2ZUUA 1RD6A 4HU0A 5JIWA 4WKAA 1GUVA 3BC9A 4BF7A 2OSYA 4U33A 3BSHA 2CIPA 1JF6A 3CZ8A 2ZX8A 2ZUMA 5HDRA 1W32A 1C91A 2J4GA 1G9HA 4AZHA 4E4PA 1MQQA 2CKRA 2EPLX 3RDKA 1KWGA 4ATLA 5A6JA 4UFKA 4WIWA 4HZ8A 3PZNA 3O2LA 1B90A 1LL4A 4P8WA 3U5YA 4N42A 3LPFA 3TTQA 1V3KA 3NYDA 1QNOA 5IFTA 2QF8A 3E1F1 5KEZA 1VEOA 5GNYA 3U57A 2A3HA 3BMWA 3VNYA 5DT5A 5GNZA 3GM8A 2XHYA 4DUVA 3VD4A 5TD4A 5FL0A 2V38A 4HU8A 1CGTA 1GQJA 1Q6FA 4GO9A 5E09A 3SCPA 4CCDA 2CETA 3GTNA 2W5FA 1CLVA 2PWGA 9CGTA 1C7SA 2GUYA 4V27A 3B9AA 3CHCA 2E8YA 1G94A 4D72A 1XCXA 2EO7A 5HOSA 3AIWA 4R5EA 2WC3A 3I3DA 1UH4A 4MNKA 1HP4A 3AHVA 3ZJ8A 5A6BA 4J3UA 3TTSA 3VIPA 2YDQA 5CSUA 1CGVA 4W89A 1ISYA 1QBBA 5CG0A 3WFZA 1HKKA 4CD4A 2JALA 4MJ2A 1JI2A 2XWDA 1WB0A 4CKQA 3THCA 2GDUA 3F4VA 2CESA 3D3AA 2XVLA 3AYRA 3W81A 4NRRA 1CXFA 2XTKA 4XX6A 4WKHA 1TVPA 1SYTA 3WDRA 4GI6A 7A3HA 1VFFA 5I78A 1SFSA 5D9OA 2WBKA 1TFVA 4GZIA 3OA5A 4TTUA 1KFWA 4PUDA 4UTFA 2C8NA 3CZLA 1EDTA 2YDSA 3G6MA 1XSIA 1PJ9A 3RIKA 1IZKA 1L0PA 4UQBA 1M01A 3A4XA 1JDDA 1GJWA 4ZENA 4B3LA 1E5JA 2V5DA 2ZX6A 3LPPA 2DSKA 2ZOXA 4F79A 1H1NA 1ZB5A 1CXHA 1UZ1A 3VIMA 3AMLA 1GQLA 4Z2LA 1SR0A 4CGTA 1V03A 4NF7A 4HOXA 1NARA 2X0YA 2O9TA 7TAAA 1PAMA 3WQVA 1QNRA 4AD0A 2J7CA 1M53A 1GHSA 4AZBA 4JZ5A 1VBUA 1UH2A 2BHYA 3HU7A 2D0FA 5ABEA 1WDRA 3TTOA 3OGRA 3A3HA 1TA3A 1KWKA 1UWUA 2XM2A 4AZCA 3L4WA 3DC0A 4HA3A 1UA3A 2XIIA 3WD1A 1B3ZA 5A6LA 4AD2A 3N18A 1W2PA 1BG4A 1XD1A 5LA1A 1W9XA 4NRSA 1E3XA 3ZR6A 1HVXA 2VURA 2D3LA 5C8BB 1EQPA 1CGXA 2YBUA 2WMHA 2O9PA 4AXNA 2JF7A 2BVDA 1JNDA 2YA0A 1OGBA 1R8LA 2QMKA 4GIAA 1E3ZA 3WMCA 4HPHA 1ZS2A 3N15A 1AQHA 4H41A 4F66A 2FGLA 1AQ0A 1UQYA 1N82A 1UKPA 2XVNA 1PEZA 1TG7A 4D1IA 3GXMA 1J0YA 4V28A 5E9AA 2WCSA 2J7EA 1V3MA 2WBGA 4JL2A 5BROA 5DF0A 1E40A 1G5AA 1LF1A 4ZXLA 4DUXA 1UWTA 1U33A 4M29A 4PCTA 2B31A 4TX8A 4A3HA 2OYMA 4LXFA 3WEZA 3M07A 2QV4A 4MJ4A 1VEMA 1VEPA 2VOTA 4WK9A 1E4IA 2JE8A 1QNSA 4QFUA 1K9TA 3ZOAA 3WSUA 3EDDA 3CUIA 1FP8A 1V3LA 4W87A 3PN8A 2EBNA 1OSEA 3MU7A 5I79A 1HKIA 4HOZA 4KRTA 5KZ6A 1WAWA 3NUKA 3EDJA 3L2LA 4GKLA 1E4MM 5CGTA 4CCCA 2XG9A 2XJ7A 2VTFA 1J18A 4UQDA 5EFDA 3W38A 4HTYA 5IHSA 3WUBA 3AZRA 1DWFM 3F5KA 4U3AA 1XH1A 1BQCA 2WLZA 5GNXA 3CMJA 3OG2A 4WLCA 2YLAA 1EOMA 5IDIA 4A3YA 5EBAA 2PF0A 3MUAA 3AJ7A 1OT1A 3PZGA 2O92A 2BNJA 2BHUA 3OGVA 1UR0A 4S3JA 1HJUA 1JFHA 1I1XA 2E9BA 2XUCA 1H5VA 4GQQA 1JD7A 2WLYA 2WSKA 4KRUA 5A95A 4PMYA 1KXVA 2GK1A 3AHZA 3ECQA 5E70A 4J27A 3MV01 1Q6CA 3L4YA 2AMGA 1WO2A 3SCUA 4TVUA 1UG6A 4DM1A 1HNYA 2D2OA 4BQ5A 3F5LA 1GCYA 1V6YA 1C7TA 4X0NA 2VI0A 4WJXA 4OBSA 2FGZA 4W85A 4NZCA 3WIJA 5IXEA 1PZ2A 2G8ZA 1B3XA 4Z2JA 1EXPA 1WCGA 4GI8A 4FLQA 1E70M 2QPUA 4B16A 1GVYA 4QP0A 3RM9A 4W93A 2DIJA 2DT3A 4IPLA 2GJXA 2WWDA 3ZMRA 3FAXA 3AIVA 2OYLA 1PIFA 4IPNB 2CYGA 3SCOA 2BY3A 3WH9A 5M5DA 3VKKA 5JBDA 1GORA 3II1A 2W61A 1QHPA 3FHAA 3HN3A 3PTQA 5JBEA 3GBDA 5A8QA 1JDCA 7CGTA 1DHKA 2J7DA 1BVNP 2VCBA 4JCLA 1RH9A 1V6WA 4UFLA 4E8DA 3CUJA 2OWXA 3PZVA 2XFFA 1CGUA 4XV0A 4QCFA 1RPKA 1NH6A 1TR1A 2V3DA 4ACYA 3N04A 3VVGA 1W1VA 3CUFA 4FF5A 3ARYA 2W67A 4HZ7A 4RE2A 1A3HA 3OLGA 4HP5A 1MVYA 2XGBA 1W9VA 3RO8A 4C7FA 3CHEA 3M46A 2J77A 3DHPA 3VGGA 3GXIA 3RPMA 2WM0A 2YLLA 2W92A 4L4OA 4CD5A 4BQ2A 1UR8A 2DSZA 2E3ZA 3K8MA 1GQIA 1JAKA 4J28A 1BGGA 3N17A 3AISA 4HMEA 1C92A 3J7HA 3BLKA 1H3GA 1C90A 1H0GA 1UD3A 2BY1A 4D6EA 4R27A 3AZSA 5CXPA 1A47A 2E9LA 3HMCA 4HMCA 2EQDA 2DEPA 1Q6EA 2D0HA 2Y8VA 2CXGA 4PMQA 1JDAA 1D7FA 3K4DA 1JZ8A 1BLIA 1NP2A 3EDKA 4PYSA 3IJ7A 4Z2GA 1QNPA 3K8LA 4W7UA 4UQCA 4BZYA 4CCEA 4CN6A 1EH9A 3WF4A 2XYLA 4BA0A 1HX0A 1KGUA 3AMGA 1GJUA 4ACZB 4CVWA 3EYPA 3B9DA 2G3JA 3VUPA 1MWOA 1ISZA 3AS3A 2WC4A 3IAQA 2FHBA 2WMKA 4W86A 4U2ZA 2EXOA 3A47A 1PX8A 3ZO9A 3OZPA 2ZWZA 1JZ5A 1NP0A 2J79A 1MXDA 1B1YA 5FL1A 3MKKA 1CWYA 1US3A 5M03A 2ESCA 3TOPA 2FDMA 2Y2WA 4XZWA 1DWHM 3VDHA 1Q6DA 2OYKA 2X0HA 5FIPA 4GZJA 3AS1A 3MANA 1CXIA 1UKOA 3WF0A 2ZX5A 1EO5A 2X09A 3ZJ6A 1PIGA 4F8XA 1S46A 1NWSA 1V02A 5I23A 1JZ4A 1W3KA 1J11A 2UY4A 1W9PA 2DT2A 4PMOA 3CHFA 3UR7A 2DSWA 1WZAA 4IM4A 4LPCA 1NM9A 2Q8XA 2UWFA 4AZGA 4QDMA 5HPOA 1H41A 1PX3A 3W37A 4PRWA 4JCMA 3VMPA 4H7VA 2XVKA 3WNOA 2J8FA 3CIVA 1E9LA 1ECEA 2D3NA 3GDBA 3VD7A 1V6UA 1QI0A 3VIIA 4UZSA 3WDPP 2CBUA 2D23A 2WANA 1BSIA 1X6LA 3AXIA 4PN2A 4WF7A 2PC8A 1JAEA 2HISA 2YL5A 4N0RA 1VFOA 4LQ1A 1Q4NX 1OD0A 1GOQA 1RP9A 1HJWA 4GO8A 3NSNA 5I6SA 1GPFA 3L2MA 1DWJM 2ZUNA 4MADA 3VX1A 1UHVA 3KL5A 1UYQA 4AIEA 1J10A 1W1PA 5CPTA 4RE4A 2F61A 5FOOA 1E43A 1JYNA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1CTN A;  2ZXB A;  4FK9 A;  1GOO A;  4M82 A;  4P8X A;  3VOC A;  1JYV A;  2QHA A;  1UR9 A;  2WVT A;  3OLE A;  3L4T A;  2WVS A;  3UG3 A;  3GH4 A;  2J8G A;  4AD3 A;  5BXT A;  2VZS A;  4Y7E A;  2NW0 A;  1IV8 A;  2PB1 A;  1FFR A;  5I5R A;  4JFS A;  1XYF A;  3CZE A;  4UNI A;  1VJS A;  4EE9 A;  3WD4 A;  8A3H A;  3ZJ7 A;  1EHA A;  5BXR A;  4D6D A;  1DWG M;  2E9M A;  3WEO A;  1XV8 A;  3BAJ A;  3CZG A;  2VR5 A;  3M7S A;  4PMX A;  1V02 E;  2GJR A;  4WSK A;  2VRK A;  2OSX A;  2X05 A;  3VD5 A;  2XM1 A;  2D0G A;  1WNO A;  1WE5 A;  1XH0 A;  2GJX B;  4JHZ A;  3QHO A;  2WMI A;  4RE3 A;  3HJE A;  1XGZ A;  3VGD A;  2ZUT A;  2XSB A;  1QI3 A;  2VZU A;  5A6M A;  5BXS A;  4TVD A;  3CUH A;  1FA2 A;  1CDG A;  1E15 A;  4Z2K A;  2WSP A;  1E1E A;  1CLX A;  4GIN A;  4UQE A;  5C71 A;  2CCR A;  2WMF A;  2QMJ A;  4MB3 A;  4J3W A;  3SCQ A;  2ZUW A;  3ALG A;  1VFU A;  2VX5 A;  2VX4 A;  1UOK A;  4CU7 A;  2VZT A;  1H11 A;  3T08 A;  2WKG A;  1UD2 A;  1E56 A;  3I3E A;  3WNP A;  3EDE A;  2Y8K A;  3U7B A;  4AIO A;  1FH7 A;  1JL8 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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