4Y90A

Crystal structure of triosephosphate isomerase from deinococcus radiodurans
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
244
structure length
244
Chain Sequence
MQTLLALNWKMNKTPTEARSWAEELTTKYAPAEGVDLAVLAPALDLSALAANLPAGIAFGGQDVSAHESGAYTGEISAAMLKDAGASCVVVGHSERREYHDESDATVAAKARQAQANGLLPIVCVGENLDVRERGEHVPQTLAQLRGSLEGVGADVVVAYEPVWAIGTGKTATADDAEELAAAIRGALREQYGARAEGIRVLYGGSVKPENIAEICGKPNVNGALVGGASLKVPDVLGMLDALR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Reversibility and two state behaviour in the thermal unfolding of oligomeric TIM barrel proteins.
pubmed doi rcsb
molecule tags Isomerase
source organism Deinococcus radiodurans
molecule keywords Triosephosphate isomerase
total genus 84
structure length 244
sequence length 244
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date 2015-02-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4y90A00
1GVOA 3IIPA 1X1ZA 3MI2A 1Q6LA 4UTLA 2CFFA 3QMTA 4X2RA 2CLIA 2Y85A 1MSSA 3INPA 5D03A 4ZQCA 3W1XA 2ISVA 3G8RA 3OIXA 3S9YA 4KWVA 4O14A 3CWOX 5K2ZA 4A2SA 4XKYA 1EWDA 4O1BA 4PL1A 4Y6GA 1GEQA 2QCHA 2BWGA 1ZY9A 1FBAA 4FX6M 4YCPA 3NPUA 3QF0A 4JXCA 4LS0A 3QSRA 4WOQA 2DU2A 3T4CA 2ZA2A 1LTDA 3RNDA 3M41A 4K39A 3FA5A 2YW3A 4XTDA 1DJQA 4MLRA 3V75A 4DPPA 1VGAA 1KFEA 4OGZA 4W9TA 2VEPA 1JVNA 4XQ6A 1XCFA 5FEWA 1W1ZA 3W2LA 4ADTA 5U7SA 2J9ZA 3THAA 2KZHA 1KFKA 4JN6A 1ZAHA 1TSIA 1VRDA 1UBSA 1MEHA 2GVLA 1ZJIA 1TRIA 1SU5A 1O94A 3C0JA 5EYWA 3W88A 4DXVA 3S5OA 1O5KA 2QCFA 3STEA 1T8XA 1L6SA 3W7QA 3UWUA 4AH7A 1WOBA 1L6YA 2WNNA 1JULA 1DV7A 2CLKA 5HWNA 4JTHA 3DZ1A 3GR7A 3Q2DA 4M6QA 2GQAA 1RD5A 1P4CA 4MY8A 1M7OA 5H91A 2CLMA 2Z6IA 4O28A 2Y62A 4EVZA 4GBUA 4UNKA 3MYOA 3TNOA 3P84A 2Y6ZA 4IMCA 1C9DA 3L21A 3W71A 1W5NA 3HG3A 3NQVA 2TYSA 3CTLA 2FPYA 5EKYA 3W2KA 2V30A 2R8WA 3B0VC 4O15A 1P5BA 3DH7A 4O19A 3N3MA 4OBTA 1EUNA 4LU0A 1H7PA 2CLHA 2DZPA 2GOUA 3UWVA 3VI2A 1L2UA 4CNOA 1N55A 3E49A 3MI6A 4MYXA 3P67A 1RPXA 1H7XA 3SZ8A 3RMJA 2ZRUA 3OVRA 5I3KA 3VKJA 3MP5A 1QO5A 3TW6A 3BV4A 3BGJA 1A5BA 2P0OA 5DXYA 5D2TA 1SO6A 4K38A 3OEXA 3I7QA 4PA8A 3KXQA 2V2DA 1GYNA 4FB7A 1JCNA 2QUVA 5AHMA 3L65A 3MP4A 3DBPA 3PB2A 2E1DA 4OE7A 3R8RA 2YR1A 3W7IA 3QW3A 4FIQA 1HG3A 1LBMA 3G1XA 1LOLA 3JS3A 5G2WA 4HNNA 1DHPA 4LOCA 1EEPA 3NPVA 4FXSA 3OBKA 2V2HA 3EXRA 1SZFA 3Q37A 3STFA 5AC6A 2EAWA 2CZDA 3ZWTA 3CEPA 3M5XA 3N34A 3SJ3A 1OX6A 2B7NA 2A4AA 4ZQMA 4JDBA 3W7KA 5DBTA 3MBDA 1IGSA 5CZ0A 3LX9A 3S5YA 3C56A 2UV8G 3S1UA 3PSWA 3MI3A 2QCDB 3NZ1A 2J27A 3W7HA 4EF9A 3E02A 1W31A 2TRSA 4JTGA 1AW5A 4TX9A 5A5WA 5KSWA 4MZ1A 3RFAA 2VFGA 3NQCA 4PFMA 2BSLA 3BLIA 3TV8A 2OT0A 3GVGA 3NGJA 2JKAA 4CLMA 3G1FA 3NL5A 4A3UA 3GXTA 3SY5A 1TTIA 3D0CA 3PG9A 2QUUA 3NL6A 3DFTA 1FUYA 3UYCA 4KFNA 5D2VA 1D3GA 2O7QA 2ZRVA 5DCBA 2AAMA 4NNAA 1IIGA 3RLUA 3WJWA 3M6YA 1L6WA 1SW3A 3HGRA 1I2OA 1TQJA 4RJEA 5DY3A 2VEMA 4K8HA 4K8EA 4UFKA 1ICPA 2E6AA 3LM7A 5FF7A 1KTBA 1D3HA 2E5BA 5IBXC 2ZRWA 1TPDA 2ZRXA 3FKKA 3NQ7A 1HO4A 4AWTA 1GT8A 3LHZA 1A5SA 2ZZ1A 5D30A 1ZHAA 1KFBA 3W7LA 1RZMA 3O6CA 5G4WA 1ML1A 3RLVA 5D05A 1FWSA 2A85A 4MOZA 4MJZA 3CLMA 2Y7EA 3LBMA 1X7FA 1OFAA 4MJMA 4NVTA 1R47A 4O0ZA 1QPNA 4DQWA 4TR9A 3MO7A 4XZ9A 1XDMA 1XBYA 3NQ8A 3IIZA 3NQDA 4LTSA 4TIMA 3CQ0A 3ZR4A 3HGOA 3EWXA 2CU0A 4LWWA 3UZ5A 4I7WA 3M44A 5K9XA 2GUUA 1ZNNA 3S0CA 1BEUA 3GK0A 3TR2A 3TMLA 4CQ8A 4JICA 4ZZ9A 4AHPA 4LUJA 4ALDA 4L4MA 3LHYA 4JGDA 4EWND 4H4IA 2VXNA 4GUGA 4MY9A 2F7FA 1Z44A 2ZDRA 3EWWA 3T78A 1MZHA 1K03A 3TH6A 5HR6A 4HPJA 3MW7A 1CW2A 2QCCA 2ATMA 3DFPA 3QQ0A 3C8FA 1Q6QA 1F74A 1JJKA 2F84A 4FNRA 3F4NA 4NZFA 4UTMA 2GQ8A 3SIZA 1KM5A 3T7VA 1FDJA 5AHFA 1T99A 1OYAA 2A21A 5CGQA 3RF9A 3PVFA 3TJXA 4M7TA 1OX5A 3PG8A 2JK2A 2GQ9A 4HNTA 4PODA 2NUXA 4O12A 5AHEA 2O7SA 3TE9A 4QISA 3R89A 3G1DA 3G24A 4WOZA 4WX2A 3TXVA 3M47A 3OG3A 3MMTA 3QW4B 4N6FA 1J5TA 3UQNA 1Z42A 4HSOA 3TAOA 4LVFA 3EX3A 1LLZA 3LRLA 1FWWA 1K7EA 4UFIA 1H7NA 1SZGA 2YDAA 1I2NA 4E2BA 2ZQ0A 2PE4A 4JIQA 4K6AA 4QAIA 2CWNA 2CLOA 2DJXA 3BVJA 2DP3A 3HGSA 4O8RA 3TU9A 5EPDA 1EA0A 3KVMA 2VENA 4TO8A 4O57A 1B3OA 3A5FA 3N73A 4DO5A 3EWYA 5CSRA 1LRNA 1NEYA 5LGZA 1UASA 4Z1BA 4O1DA 3MHGA 4LRSA 4A21A 3QPZA 2YCEA 1WV2A 2VFHA 5KZMA 3TMQA 1VCVA 1W3IA 3SFKA 3LLFA 2J6XA 3QRHA 3MP3A 1LP6A 4B5NA 2R94A 1VC4A 3O05A 4DF2A 1H7WA 5HUPA 3QC3A 4HT3A 1W8SA 4AHQA 1KLZA 1I45A 3NPWA 3LXCA 1OHLA 4R33A 4UCGA 4BR1A 3UPWA 1LRQA 2NXIA 3F03K 1NVMA 3O6YX 1K7FA 3H53A 3TSMA 4ZVJA 2FLIA 4WD0A 3DGRA 1OYBA 1YADA 3M0ZA 3HPXA 1HUVA 1LBFA 1EP3A 5K4ZA 1C29A 3BG5A 2FFCA 5AYZA 1OABA 2X1SA 1DORA 5HWMA 4KWWA 2VFEA 4QNWA 3LXBA 1ALDA 2HTMA 4H6KA 1TB3A 4AWSA 3UY7A 4N9BA 1RR2A 1QPQA 1NFBA 1K8ZA 5D04C 2WO5A 4HNVA 4IMDA 4HKPA 3L0GA 3F1QA 1UB3A 2B4GA 3LV5A 2DZVA 1R2RA 4ONVA 5KTLA 3FJ6A 3RK8A 2OMAA 5DY2A 4M7SA 2WNQA 3LHUA 4O13A 2ZZ6A 3DFNA 4O4VA 4HIBA 4CNPA 3U2OA 4AVFA 2HS8A 2PRMA 4JTIA 4P2VA 3NQ6A 4IPIA 1EB3A 3GX9A 4CCCA 2YPIA 3NA8A 3P8IA 5C2XA 1D9EA 3NAVA 3W74A 5HULA 2C19A 4O17A 4JTUA 4AB4A 3UZJA 4C1LA 1EP2A 1RQBA 3C3NA 4OQVA 4HHPA 1VYPX 3E9AA 5K9DA 1AW2A 3EXTA 4UIOA 5KMYA 4D2JA 3LV6A 4JD4A 1G69A 4WQ6A 4Y90A 3NM3A 2P10A 4WZHA 3B04A 3W1TA 3L66A 1OFRA 3JRKA 1KV5A 2YYTA 4ZQRA 1XBXA 3W2MA 2C14A 1AMKA 3Q94A 1EX5A 5CG7A 3M9YA 5EA9A 4FEZA 1YLVA 4PEKA 1BTMA 5CPMA 4A29A 3O15A 5E1QA 3W76A 5MHBA 5BNKA 1H1ZA 5KZEA 1ZAJA 5LSMA 3GYEA 4IMFA 4ZQOA 3A23A 2V5LA 1G6CA 5BRBA 4UMAA 1M6JA 2FPVA 2OCZA 5FF0A 3TXZA 1KV8A 2ISSA 3NZRA 4J9JA 3S5NA 5CZSA 1AG1O 1HL2A 3FLUA 3GAKA 1YDVA 4E0CA 3IVSA 1SW0A 4RZ6A 1HO1A 4O16A 1GPWA 2GVJA 4PC8A 4QJ1A 4GC4A 2W79A 3NEVA 5G1TA 5A8GA 1FCBA 4DF1A 5AFDA 1SO3A 3BW2A 5DELA 5AHNA 1PHQA 4BI5A 1F05A 4JY9A 1TO3A 2H3DA 4ZL1A 2Y63A 4AHOA 2RDTA 3LXAA 3WJXA 3HB9A 1LDCA 1S5VA 2EPHA 4Z1DA 4NJGA 1FXPA 3W1UA 1OVDA 1PCKA 1PCWA 1SO4A 4JTFA 1WDWA 3CPRA 1KA9F 4WXZA 5J5RA 2VELA 2YFOA 5AHLA 1H51A 3FJLA 1TPH1 3HGJA 3G0XA 1OX4A 3NL3A 1KFLA 4IUOA 2A7RA 4NQ1A 1TV5A 3B0UX 2NX1A 2Q8LA 5F4XA 1V5XA 2QCDA 2QDGA 3LTSA 3G1YA 3LCFA 2VFDA 4UTKA 3A24A 4JX4A 2TMDA 3A9IA 4JDYA 1FX6A 2RHGA 2H3BA 5KITA 1FCVA 1EP1A 3EXSA 1A53A 4NJKA 4RXFA 3O06A 3W84A 3P60A 1ZFJA 5I3GA 4DPQA 5IM51 3W83A 2Y7DA 3Q58A 5FEXA 2E6FA 2B7PA 4O1CA 3W73A 3W22A 2X1UA 4CQ9A 1GG1A 3O1NA 2X1RA 1QPRA 3N9RA 1QFEA 3A5VA 1VLIA 4I9AA 1OF8A 1U83A 1UJPA 3LTYA 1SPQA 2EKCA 4O10A 4MIMA 2XN2A 2DZXA 1LBLA 1ME8A 3TAKA 4Y9AA 5D09A 4Q4KA 3GR8A 4XBSA 2Y61A 5CZJA 3DU0A 2J9XA 3W23A 3GXPA 1KTNA 2VEIA 1PV8A 1LOSA 4JYDA 1Y0EA 4ORMA 4P61A 5AHIA 3WJSA 2J24A 4GRSA 1T0OA 4JTKA 4JYEA 1G4PA 3H54A 3EWUA 3S42A 4UR8A 5K3VA 1TPC1 4DF0A 1TQXA 1JUBA 3USBA 3MHUA 4MY1A 1K8YA 3CIXA 2ZFAA 2G96A 3WK1A 2CLEA 1FDYA 4O4WA 5AN7A 3TX9A 2PRHA 4GXMA 3NXFA 2CW6A 3ABOA 3QFEA 4NNBA 2BXVA 3KRUA 1G7UA 3TA6A 1ICQA 3IIVA 1O4UA 1Q3NA 2V82A 2A6NA 1NF0A 1TPWA 1B57A 4YXGA 1G4EA 1AL7A 4FF7A 1K02A 1UUOA 4DBEA 3MYPA 4XKYB 5F2GA 4IX0A 3GAYA 3N9SA 4LVGA 4IX2A 3NOEA 1JUEA 2E6YA 1BWLA 2X2GA 3TK7A 4IPJA 4JR5A 3L67A 1G4SA 1OFOA 2Y89A 3PSVA 5LZLA 3R2GA 1NF7A 1VCGA 4PTNA 4N4PA 3W9ZA 3GDMA 2QEZA 4N4QA 3IVTA 1AW1A 1TTJA 2V81A 2J88A 3FYPA 1SZNA 1YXYA 1S5WA 3R13A 5FEZA 2A2IA 2E5DA 4QM1A 4JS3A 3OHIA 4JY8A 3M5ZA 1DVJA 2GPTA 3QH2A 2X1TA 3B06A 3PM6A 3NQAA 3TCEA 2B7OA 3TC7A 2ZZ5A 4GUJA 5HR7A 1LOQA 5HUOA 5AYXA 4HNUA 3FEMA 3O63A 5KZDA 4Z0SA 4BF9A 1R30A 2BLEA 3HPSA 4DBDA 3LDVA 4PL2A 5FF4A 1NAL1 1RQHA 1TTQA 4O50A 5DXXA 3NO5A 1KM1A 2VOMA 3W86A 3P5ZA 3G22A 2V9DA 1SSDA 4UTTC 1MO0A 3GDTA 1LZOA 1QR7A 4NNCA 3FKRA 3DHFA 3E12A 3N14A 2YW4A 4ZMGA 3B8DA 2QJGA 3NM1A 3FIGA 2YZRA 3W87A 4E38A 1TJPA 4TMBA 1GYLA 3PBWA 1TRDA 4NZJA 1VCFA 2DORA 4CCDA 3TJLA 1O95A 1OFEA 3IIOA 1XI3A 3G3DA 2RDUA 5CPOA 3C6CA 2QKFA 2YGYA 3I6RA 4HSNA 3QMSA 5BMWA 2E77A 4LC8A 3LCXA 1RV8A 5F1VA 3TSDA 2TSYA 1IF2A 3ANYA 3AO0A 4JEQA 3FYOA 1ADOA 2X16A 2VFFA 4BK9A 1JUKA 2JKPA 1N7KA 3U8GA 3L2IA 1P1XA 2CZFA 3HMJG 4KFPA 1SO5A 1JRCA 2HSAA 3M1ZA 3PF3A 3UWQA 3DKLA 3W1LA 3CU2A 1K8XA 2WPBA 3PBYA 4POCA 5CZTA 5HINA 5LHEA 5FF2A 2NZLA 2Q3RA 3LOTA 2JKEA 4UUIA 1WXJA 3EB2A 4U4MA 1WOAA 4N6EA 1XBZA 3GDLA 1FDZA 2FJKA 2PCQA 4NUWA 1OYCA 4NX0A 3PR2A 3W75A 2YX0A 1I2PA 5CPNA 5E0KA 5SWUA 4A2RA 1FCUA 5DCDA 4ADUA 4ZQNA 3M5YA 4RV8A 4GFSA 4C1KA 4QITA 1HFBA 4UTTA 1Q6RA 3BLFA 1WQ5A 3ZS4A 1TV7A 3EWBX 2NWRA 1AK5A 1B4KA 3IGXA 1LLWA 3IGSA 5TQLA 3S1VA 4RLIA 1B9BA 3LGEA 2RFGA 3W1MA 1OFBA 5I3HA 2I1OA 1DOSA 3BARA 4K36A 1K7XA 4DO6A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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