4Y90A

Crystal structure of triosephosphate isomerase from deinococcus radiodurans
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
244
structure length
244
Chain Sequence
MQTLLALNWKMNKTPTEARSWAEELTTKYAPAEGVDLAVLAPALDLSALAANLPAGIAFGGQDVSAHESGAYTGEISAAMLKDAGASCVVVGHSERREYHDESDATVAAKARQAQANGLLPIVCVGENLDVRERGEHVPQTLAQLRGSLEGVGADVVVAYEPVWAIGTGKTATADDAEELAAAIRGALREQYGARAEGIRVLYGGSVKPENIAEICGKPNVNGALVGGASLKVPDVLGMLDALR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Isomerase
molecule keywords Triosephosphate isomerase
publication title Reversibility and two state behaviour in the thermal unfolding of oligomeric TIM barrel proteins.
pubmed doi rcsb
source organism Deinococcus radiodurans
total genus 84
structure length 244
sequence length 244
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date 2015-02-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4y90A00
2BLEA 2ISVA 3TKFA 4QITA 3CLMA 3N9SA 2I1OA 3KVJA 1Z42A 1RV8A 1OFQA 4MY8A 3W7JA 3HGRA 1LOLA 3JRKA 5D2TA 4LY8A 5F1UA 5BMXA 3MUXA 3TJXA 1R2TA 3UWZA 4N2YA 1Z44A 2CU0A 3ZWTA 4LW7A 3WFAA 1KFBA 2YYUA 5AHFA 1M7OA 1FDZA 1KM6A 3NR0A 4OQVA 3LTYA 3TAOA 4BI6A 3TSDA 1ZAIA 4K6AA 1JRBA 5F2GA 4NNAA 3W7QA 4P2VA 3W2MA 2H90A 3EX3A 4YWIA 3W7LA 1JQXA 2V82A 3C2RA 1R2RA 1VS1A 1EUNA 5CSRA 3DAQA 3GIYA 1D3HA 4JTGA 1PL9A 2ZA2A 3W1RA 4QNEA 3TFCA 3TXVA 1EA0A 4JTJA 4CNNA 2C3ZA 5CPMA 5G1YA 1SSDA 3TCEA 1YTKA 4CCEA 1X1OA 2CZFA 3GX9A 4DXVA 4MY9A 5TBOA 3E9AA 4FF7A 3OIXA 5BRBA 1RVGA 4UR7A 3W86A 3DU0A 5H91A 5D30A 5FF3A 3UWQA 1RR2A 2X16A 2ZQ0A 3P82A 4Z1BA 2QJGA 4A2RA 2GVGA 5E0KA 1DBTA 4O16A 1EWEA 1Z41A 5DY3A 4O4VA 1SZGA 4LRSA 2FB3A 1FCVA 3UWWA 1G4SA 1ICPA 3L65A 3G0UA 1FUYA 1QPRA 1TTJA 3C3NA 2WOQA 4ZMGA 5FF7A 1FDYA 1OX6A 3MBDA 5D32A 1J5TA 1DQXA 4IPIA 3G3MA 5DXYA 4DPQA 2WSRA 1WXJA 4QQ3A 4ADSA 3CB8A 1TV7A 2C0AA 4KKXA 1OX4B 1LM1A 1T99A 5AHEA 1PV8A 3M0ZA 4KFNA 3QW3A 3UWYA 3G1DA 1L6SA 3SGUA 1QPOA 1S5WA 1TRIA 2DZVA 1FX6A 2CLKA 2A6NA 4O14A 5LKYA 1MEHA 2W6RA 1WA3A 3G22A 1A5SA 2Z0IA 3L21A 3S8HA 3L5AA 4O0KA 3MP5A 3OVRA 5D2YA 4FO4A 3U8GA 3PBVA 3C2OA 2YFOA 1NVMA 2FPTA 5HUPA 1Z48A 4IX2A 5DY2A 4LRTA 2HMCA 3QW4B 2GJLA 1NFBA 3KRUA 3DKLA 1L9WA 2P1FA 3HIJA 1Q6OA 4TO8A 2AAMA 1VRDA 2FIQA 2NV1A 4NU7A 3LTSA 1KBJA 4LC8A 1ICQA 4UFMA 1W3TA 3EWUA 4AWSA 3LCLA 3HJZA 3W7NA 5D37A 3NQAA 4BI7A 1G4TA 3HQ1A 4IGHA 2G96A 1A5BA 3OVQA 4ZQMA 1H62A 4JTKA 4MYAA 4OE7A 1KW1A 4WY0F 1L6WA 3SECA 3HG3A 4WJEA 1J2WA 5FEPA 3TQKA 4O13A 4OHQA 1FDJA 4K7VA 4UXDA 5HINA 4HNNA 1C29A 1OG0A 2Y7EA 4H3DA 3IGXA 2B4GA 1VYSX 3W72A 2ZBTA 4FNSA 3AO0A 2VEIA 3C56A 4UFIA 1UUOA 4LVAA 6TIMA 1BKSA 3RK8A 2V30A 2G95A 3Q2DA 4PC8A 2NX3A 3DHDA 2V2HA 3GAKA 4NXKA 4BF9A 1DQWA 3NPWA 5G5IA 1JCLA 2VFDA 4IUOA 3DFQA 3LOTA 2X1TA 3BG9A 3LHTA 3O6YX 3L2IA 1Q6LA 2GQ9A 4OGZA 2BWGA 2NV2A 1GYLA 3LX9A 3UWVA 4LS1A 3RMJA 3GR8A 3P60A 4W9TA 5AHIA 3CT7A 1XXXA 3YPIA 1KTBA 1ALDA 3EXTA 2E09A 1R46A 4TMBA 3L0GA 1A53A 5I3HA 3QH2A 3NXFA 3THAA 4O18A 4UFHA 5D38A 4RXFA 4K38A 1TQJA 4UTLA 3UYCA 1N55A 4JTSA 3NQ2A 4O1BA 3ATZA 1IXOA 4PCFA 2ZRWA 3P80A 4C1KA 5A5WA 5LHEA 4UFJA 4UTIA 4O1CA 1UCWA 2ZZ1A 4GBUA 2ISSA 3KXQA 3LRMA 1UBSA 2Y62A 1ZHAA 4RKAA 3N9RA 1FXPA 4X22A 1W56A 1MO0A 3IIXA 3LB0A 3IVUA 1YDOA 3E12A 1G67A 4EF9A 2X30A 1IXNA 1Q6QA 3GNDA 1BWKA 1JCYA 1ZY9A 1LLWA 1FQ0A 1VJIA 4N9BA 4HHPA 5G2IA 1K7EA 1TSIA 1WQ5A 5DCDA 3NPUA 3IVSA 1X1ZA 5D09A 1FWSA 5CZTA 3S5OA 2RKXA 3HPSA 4GUIA 2QEZA 1GZGA 2NX9A 2P0OA 4KFOA 3S1VA 5LGXA 4NJIA 3UQNA 3EWXA 3W2KA 5I3GA 4PH6A 1YTDA 4RK8A 5EYWA 2Y88A 1T96A 3LCWA 4IWWA 3HG2A 2ZRXA 1JCMP 2R8WA 4AVFA 1LOSA 1G4PA 1GEQA 1D9EA 1DJQA 1KM3A 4Y8FA 4LV9A 4NJHA 1EP2A 4ML9A 3LCIA 1PCKA 4U28A 4X2RA 4MYXA 3W73A 4NZJA 3TAKA 1F74A 5L6UA 2TYSA 4GJ1A 4M5PA 3S9YA 3M5VA 4JX4A 1XBYA 4O10A 4O50A 3ATYA 1ZJIA 1AL7A 3DH7A 1CI1A 3ANYA 4XBKA 3I7SA 1W54A 2A7PA 3KX6A 3MMTA 3S1UA 1KFKA 1SO4A 3NZRA 1GVQA 2QCEA 3F1QA 5K3VA 1H60A 3SR7A 4GRSA 3IIPA 5LSMA 4GUGA 5IM51 2GPTA 4DO4A 1H61A 4JY9A 5D33A 2Y7FA 4O8RA 4QSHA 3P84A 1Q6RA 1LROA 2BX7A 1FBAA 1G69A 2JGYA 4Y9AA 4GE8A 3B0UX 1C9DA 4ZQNA 2Y7DA 1EB3A 3M6YA 4O57A 2V5LA 3WK2A 2JKEA 3O6DA 1W31A 1H7PA 3NOEA 4IMDA 3EWYA 4AXKA 5DCBA 3W23A 5FEXA 3PULA 2FFCA 3S5ZA 1KTNA 2G97A 3GK0A 3M47A 2GVLA 3R5EA 3LRLA 2B7OA 1VPXA 2HTMA 3FJ6A 4GUHA 4O52A 1SW7A 1VYRA 1C8VA 3C0JA 1PS9A 1FWRA 4I7UA 2VENA 1TPH1 1QAPA 3O07A 4I9AA 3LHVA 2ZA3A 5U4NA 1TPDA 4MVAA 5AHLA 1VZWA 3DFOA 3T40A 2VKZG 4HKPA 3VNDA 4LVFA 2PRHA 5F4XA 4JD4A 4FEZA 1VGAA 1FWTA 3E49A 2CLOA 4ALDA 4B5NA 3TSBA 4UTUA 3W6YA 4GC4A 3KOFA 1W1ZA 2GQ8A 2E68A 5HULA 2ZZ5A 4RV8A 2E5CA 3ABSA 4O54A 1WOAA 3VI2A 2CZ5A 3L5LA 1CW2A 3E02A 3ABQA 4TU1A 5E1QA 4PA8A 1IGSA 3N2XA 3WJSA 3TE9A 3TK7A 4N6FA 3A5VA 3UXDA 1W5NA 1P4CA 1LBFA 5HQEA 4UIOA 3L5MA 3S5YA 2ZZ4A 2VFGA 2QUUA 4OV4A 4O0ZA 3HPXA 4U4MA 3T55A 1DHPA 1LDCA 1SSGA 4IX0A 1CX9A 2GUUA 3P5ZA 4RX0A 2V0TA 4ADUA 1DORA 3EEGA 3O15A 4QJ1A 3ZFHA 5LNVA 2QCDA 1FCUA 3TFXA 4E2BA 1ONRA 3DFPA 2D73A 2F7FA 3STEA 3QC3A 4MIMA 3PB0A 3PG8A 5I3JA 3CU2A 3GVGA 4FNUA 3DHFA 2C14A 2WSYA 1KFLA 3O8AA 3M43A 3P74A 4OU1A 3GDLA 3G0XA 4N4QA 4M6VA 5AYYA 3CTLA 3O1NA 3EKLA 3R89A 5CG7A 1JQVA 1A5CA 3NEVA 2Q3RA 2W0UA 5D2WA 2ZRYA 2B0MA 1O4UA 4S1FA 1G6CA 1VHCA 3NQVA 4YMZA 1XFBA 2A85A 3W1XA 3T44A 2C16A 1TCDA 5HR6A 4DBDA 1EEPA 3QRHA 1KBIA 1JUEA 1GT8A 8TIMA 4XZ9A 3UD6A 4K7YA 4LTSA 1MEWA 3F03K 4TIMA 1TREA 4RZ4A 4GUFA 1SW3A 2WNQA 5AOUA 4NJGA 2NXHA 1LCOA 4YL2A 4PL1A 4MUZA 1HG3A 2EAWA 3BW4A 1ADOA 1P0NA 1H1YA 1AG1O 2CLFA 2NXGA 4UTMA 1GVOA 2I9EA 4ZQPA 3UXAA 2QDHA 3LXAA 2QCDB 2ZYFA 1YPFA 1M5WA 3W2UA 2A7NA 3IRDA 1L6YA 3G0SA 2Y7GA 1XBXA 3PWAA 3DZ1A 3W1AA 2XN2A 2NX1A 5KITA 5K9XA 4EVZA 3NZ1A 3W7CA 4WZHA 4IMEA 4BI5A 1F6PA 3U2OA 4M6PA 1LRNA 3GB6A 3WJZA 3W7IA 3A24A 4HNVA 4FB7A 1TTPA 4RJEA 2ZFAA 2Y85A 1BTMA 4Q33A 3TJLA 2C15A 1GG0A 2CZDA 3USBA 3STCA 2NZLA 1SU5A 4DBEA 3NM1A 3KRZA 5LHFA 1XDMA 3TMQA 3TW7A 2YDAA 2ALDA 3N2MA 1ME9A 3TC7A 1KA9F 4HN4A 1X8FA 2BXVA 1EX5A 1OYAA 2QCFA 3C52A 3ZWSA 3QPYA 2BTMA 2E1DA 3I7RA 3QQ1A 3LBCA 4N9DA 4Q32A 4WY0A 3VE9A 4BK9A 1W5MA 2E6FA 5HWNA 2J9YA 4AHQA 5I3IA 3IIZA 4FHAA 3GDTA 4UMAA 3GXTA 3QMSA 4DF1A 1O60A 1OABA 1KLZA 2GVJA 4UMBA 4CLMA 5C55A 1LBLA 3A21A 3LTPA 2ZRUA 4UNLA 5AN7A 2Y89A 3QYQA 1KM2A 1GG1A 4CNPA 3KVMA 4DQWA 1SZEA 3LLDA 4HIBA 1W8SA 1TMHA 4O15A 1RQEA 4LUJA 5AC6A 2FPYA 1IIHA 4NJJA 2OT0A 4FNTA 5LGZA 1TV8A 3PG9A 1TPC1 5DBTA 3W70A 3M44A 3W7MA 2PURA 3C2VA 1S5TA 2YPIA 3A22A 3OHIA 1OF8A 3IGSA 4KWWA 2BSLA 4HPJA 3C61A 5TIMA 4MLRA 1R2SA 4ADTA 3DI0A 1QWGA 1E51A 5KINA 4AF0A 3TW6A 3W22A 2GQAA 1DV7A 2WO5A 1RQHA 3FKKA 4JDYA 4XTDA 3OEXA 3LI1A 1HL2A 4AWUA 1VCGA 4WD0A 3SFKA 2JKPA 2QKFA 2YFNA 3BK0A 1A50A 4FIRA 3G1SA 4CQAA 3HG5A 1DVJA 3P8IA 2VOMA 5HUOA 3M16A 1YLVA 1P0KA 5DCEA 2DZUA 4DO6A 2OZ0A 3SIZA 4RR4A 1ME8A 4HT3A 3B04A 2ISWA 1OF6A 3GDKA 5L9FA 3LHYA 1KLYA 3NL5A 5KZMA 3TDFA 4R33A 1VR6A 2OT1A 3P8JA 5G4EA 4JS3A 2GOUA 4UFKA 3NQFA 1OFOA 2Y70A 2V9DA 1PCWA 3EKZA 4UC5A 3STGA 3W1TA 1TTQA 3QSRA 3TSMA 2NWRA 1I2QA 1XCFA 3E96A 3O6CA 1MXSA 3T7VA 5D2XA 1VLIA 4FXRA 3TQVA 3BW3A 1QDSA 2CLMA 3S1WA 3KAOA 5SWUA 3TA6A 3SJ3A 4YCOA 1W5QA 1XBZA 2QCNA 2V2CA 3AJXA 3LDVA 4AF0B 4JDBA 3SZ8A 4K36A 3G1VA 5KMYA 1F5ZA 4WUIA 3T78A 4K39A 2DJXA 3M5YA 2RDTA 2RDWA 4LNYA 4X9SA 1G7VA 2EPHA 3GYEA 1AL8A 3C2EA 5HR7A 1JCNA 3GKFA 2VFIA 5CPLA 1VLWA 3NM3A 1VC4A 1B57A 4NT0A 2WV8A 3BG3A 3BG5A 1QCWA 4WOQA 7TIMA 3M5XA 2YSWA 2VFHA 1VCVA 2ZTJA 2RHGA 4OT7A 3LHZA 5LZLA 3QFEA 2H8ZA 1OFAA 5I3KA 2YXGA 4MFDA 4XKYA 3HO8A 1YXCA 1UUMA 3VE7A 5DELA 2NUXA 1H7RA 3LCFA 1SR9A 3TU9A 4K8EA 2TRSA 1TPB1 3CIWA 3MO7A 3BGJA 5EPDA 5LNSA 3S5NA 3NPVA 3BLIA 1U5JA 5CKSA 2QF7A 1M7PA 2O7QA 4O1AA 1KM4A 3LI0A 3GXNA 3U6WA 4LU0A 2V81A 3MI3A 3BGGA 3QJAA 3W88A 5HMSA 3KFTA 4IMGA 1T8XA 3W1PA 4TMCA 3C8FA 3NL6A 5DXXA 4GWEA 3M9YA 4RCXA 1LYXA 4UTKA 3DFTA 2C1HA 4PEKA 1VYPX 1GTEA 3EX6A 1K8ZA 1TJRA 5K2ZA 3PUEA 1EPXA 3W87A 3BW2A 1TPWA 4XBSA 4N02A 2QAPA 2J9ZA 4XTIA 1FCBA 3EXSA 3GNNA 3MHFA 5KZDA 5A8GA 3DI1A 4AH7A 5LNUA 4QIUA 4IJBA 1SFJA 4NX5A 4QNWA 5BOOA 1ZAJA 4H4IA 1XDLA 3PSWA 4UUIA 3MI2A 2BZNA 4C1LA 1W3IA 3LM7A 1H63A 1SPQA 3EWBX 3RU6A 4AB4A 1KM1A 4CQ8A 3QMTA 3SGZA 2HS8A 1LZOA 2EF9A 3FYPA 3MP3A 3W7DA 3MHUA 1YXYA 4N9EA 3PC0A 5G4WA 4LUIA 4FNPA 3LLFA 4M7TA 1OJXA 1MSSA 1WBJA 3GXPA 4OV9A 4I7VA 1OHLA 2Y63A 1WYIA 5FI8A 4K37A 2Y61A 5G1TA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 1F7B A;  1YAD A;  2ABA A;  2R14 A;  4FX8 A;  5C5Y A;  3LCG A;  4AHO A;  2WKJ A;  1B4K A;  2R91 A;  3VCR A;  5F4S A;  4FX7 A;  2Q3O A;  3LXB A;  3PR2 A;  5CGQ A;  3RFA A;  3W76 A;  1AK5 A;  1VH7 A;  2VEM A;  2Z2U A;  3EB2 A;  3TQ0 A;  1V7Y A;  3W7K A;  1AW5 A;  3LV5 A;  3W7E A;  1TV5 A;  2DZW A;  5EA9 A;  1DL3 A;  3C6C A;  3NYZ A;  3LER A;  3IVT A;  1GWJ A;  2ZZ2 A;  1G4E A;  4N6E A;  2NWS A;  3JS3 A;  3G1Y A;  3HBL A;  1O5K A;  2X1R A;  4H6K A;  1JCX A;  3TIM A;  4DEF A;  4RXG A;  5LNW A;  4JIQ A;  3ZR4 A;  3DFN A;  2J9X A;  3FLU A;  2FDS A;  2WQP A;  2Z6J A;  4ZZ9 A;  2TSY A;  3E0I A;  2A1Y A;  3UZ5 A;  5GVJ A;  1XBV A;  3OG3 A;  4O4W A;  2XFW A;  2VEK A;  2Z1B A;  3HGS A;  3CEP A;  5D05 A;  4PTN A;  5D02 A;  1NSJ A;  3GLC A;  4Z0J A;  1OYB A;  1K03 A;  2YZR A;  2ZTK A;  4E2D A;  4KWV A;  3W3O A;  4CQ9 A;  3ABR A;  3B0P A;  4POD A;  1Q3N A;  5F4W A;  1LBM A;  2JK2 A;  2QJH A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 2BLE A;  3TKF A;  3CS2 A;  1Z42 A;  2QII A;  3EMQ A;  2PWG A;  4C6E A;  2FFI A;  3REQ B;  5D2T A;  3OZO A;  1ISZ A;  3KE0 A;  5C0Q A;  2CIP A;  1V3I A;  2HEJ A;  4C7G A;  4KF1 A;  4N2Y A;  1Z44 A;  3SN4 A;  4LW7 A;  1E4I A;  3WFA A;  4LAK A;  4AD5 A;  3RCM A;  1X96 A;  5DMY A;  4GGB A;  5AHF A;  1M7O A;  4XG1 A;  1FDZ A;  3GUW A;  3QTG A;  3TSD A;  2JE8 A;  4AG0 A;  3CPG A;  1XYF A;  3PWG A;  3W2M A;  3LNP A;  2H90 A;  4YWI A;  3AI0 A;  1YRR A;  4GYF A;  2HPI A;  1RCO B;  2PDW A;  3W26 A;  4PFH A;  5FCZ A;  2GUY A;  3GIY A;  2WHK A;  4JTG A;  4DHG A;  2XGI A;  3QQW A;  5EMJ A;  3THD A;  1PX3 A;  4RZB A;  3AUO A;  3VK5 A;  3TXV A;  1EA0 A;  4CNN A;  3L4U A;  5CPM A;  5T9C E;  4AUB A;  1CYG A;  3TCE A;  1CTN A;  1XYL A;  2CZF A;  2XIS A;  1TV3 A;  1QUM A;  5TBO A;  3WFL A;  1RSC A;  4FF7 A;  4FSA A;  4AY7 A;  1KGX A;  2CPU A;  4Z2H A;  1ISV A;  1V4Y A;  4YNG A;  5D30 A;  3UWQ A;  2CCR A;  2Y1H A;  1K8C A;  2QJG A;  4A2R A;  2GVG A;  1W9B M;  5E0K A;  3W00 A;  2G41 A;  1EWE A;  1W3H A;  1Z41 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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