4Y96A

Crystal structure of triosephosphate isomerase from gemmata obscuriglobus
Total Genus 93
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
93
sequence length
250
structure length
250
Chain Sequence
TRKKFVAGNWKMNTTLAEAKALGAAVAKGVTDDRVTVAVFPPYPWLTAVGEVLKGSPVALGAQDVSSEKKGAFTGEVSPAMLLETGCKYALIGHSERRHIIGESETFINHKVHTALEEGLSVVLCMGETLAERERGLQERVFQRQVYAACAGLTDEQFGRIVIAYEPVWAIGTGKVATPEQAQEAHAFVRSKLRLLYGDKIADSTPIVYGGSVTPDNTVGLMSQPDVDGALVGGASLKADSFLAIVKAAG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Isomerase
molecule keywords Triosephosphate Isomerase
publication title Reversibility and two state behaviour in the thermal unfolding of oligomeric TIM barrel proteins.
pubmed doi rcsb
source organism Gemmata obscuriglobus
total genus 93
structure length 250
sequence length 250
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date 2015-02-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4y96A00
1LORA 2V9DA 2NUWA 3OVQA 5D04C 2DP3A 1WBHA 5J5DA 1VCGA 4UXDA 1KFLA 4NQ1A 3M5ZA 4LS2A 4HNNA 5HNRA 2Z1BA 2VEPA 2ZZ1A 5T26A 1S5WA 4BWLA 2R94A 2Z6JA 2A1YA 4MY9A 3B05A 2P1FA 3CB8A 5G2WA 5LZLA 3DFPA 4AVFA 1FDYA 1L6WA 2FPYA 4JTUA 1OF6A 3LRMA 4AWTA 5AHNA 4GJ1A 3STEA 3BK0A 1JVNA 1UBSA 3T55A 3W88A 1R2RA 5FF4A 1G69A 3EWBX 5E0KA 2QF7A 3BO9A 4NT0A 5TIMA 1IGSA 1LRQA 5AHFA 1OX4A 3C0JA 3EWWA 1T8XA 5C6MA 2TYSA 3N9SA 1XBXA 1GEQA 3R89A 4WD0A 1FWTA 3GXTA 2OCZA 1ZAHA 4IXXA 1MEWA 2DZSA 1KBJA 1K8XA 3W84A 1X1OA 2NXIA 3MP3A 1C9DA 4XZ9A 3NQFA 4Q33A 3GDTA 1CW2A 1N8FA 2NXGA 2Y7EA 4O19A 4X22A 3A9IA 5I3JA 2Y7GA 3FEMA 4FXSA 3OIXA 4K36A 4KKXA 5DXXA 2QCHA 3M6YA 4ZQPA 2OZ0A 3TCEA 3QJAA 4Z08A 1RPXA 3VI2A 4P61A 3FYOA 2PURA 4UTHA 1ZAJA 4N02A 2JKAA 5LNSA 2Y6ZA 1OHLA 3MWAA 3BW3A 1AK5A 2NV2A 5D30A 3LHWA 1V7YA 3TSBA 1B4EA 2OT0A 1R47A 3BV4A 1F2JA 1Y0EA 1XI3A 5D2TA 1OVDA 1H7XA 4XWUA 2YYTA 3W74A 1XC4A 1GTEA 4MOZA 3FJ6A 3DKLA 4O0KA 1TREA 4WOZA 4O0ZA 4JX6A 2Z0IA 4WXZA 5CSSA 4EVZA 1TPUA 3RLUA 4POCA 4JX5A 3HGOA 4OGZA 3TJXA 4LV9A 4JN6A 4LT9A 2VENA 3NO5A 3MBFA 2G95A 2HTMA 3LCLA 4RXGA 5A5WA 4FB7A 2X1TA 4FNQA 2ZRZA 5L6UA 1SU5A 4K37A 2YW3A 4ORIA 1A5SA 4I7UA 3HBLA 1QAPA 3NYZA 2CLMA 3NPVA 2Q8LA 1TQXA 1R30A 5IBXA 4K7VA 1AG1O 4D2JA 2RDWA 2A2IA 4Y8FA 1I45A 5SWUA 4AH7A 1Z42A 4MJMA 4N6FA 4M19A 2Y61A 3W3OA 2QCDB 2Y88A 1SSGA 2H8ZA 1KFKA 2X30A 1KM1A 1XDMA 1F05A 3UXAA 1WXJA 2OMAA 3TW7A 3W7MA 4GUFA 3UD6A 4UTLA 1VLWA 1SO6A 3R12A 4Y6GA 3NEVA 1RR2A 1ME7A 1H7OA 4ADTA 3EXRA 3M7WA 2ZRXA 5GVJA 2VKZG 4PH6A 4WY0A 2EAWA 1OYBA 2WSRA 5TBOA 3PY2A 2Q8ZA 3G1DA 4IQLA 2Y63A 2V2HA 1QWGA 1TPDA 4ADUA 4HSOA 1JCMP 3DI1A 1XCFA 2VELA 2I9EA 1SZEA 4EWND 1KFEA 2C13A 3B0UX 1B9BA 4YXGA 3ABSA 1MO0A 3LV5A 1W0MA 4LV4A 2O7SA 4ZQNA 3NQAA 5K2ZA 4LS0A 3NM1A 4UTJA 4RLIA 2D73A 3NR0A 1JUEA 3LHVA 2NX1A 3BARA 2HMCA 4BI5A 1P5BA 2V8ZA 4O15A 3P74A 2VXNA 3SJ3A 3TIMA 3W7RA 4QNEA 1GPWA 4XUGA 1O94A 3W6YA 1TTIA 3MHFA 4OV9A 1JCLA 2PRMA 3TAOA 1FWNA 4NX0A 2WJZA 4RR4A 4WJEA 1KM2A 3HGJA 2B4GA 3W7HA 4ZQMA 2Y89A 2HS8A 3IIOA 3T4CA 1R2SA 1FXPA 1LZOA 2I1OA 3GAKA 1JCNA 3MO7A 5KINA 3F03K 1WA3A 1N55A 1YTEA 1SFJA 4K8EA 3JRKA 5DY2A 4IUOA 5EY5A 4MPQA 3W2MA 3STGA 1F6KA 1P4CA 5HUPA 4MZYA 3L66A 3JS3A 2XN2A 3NG3A 3ABQA 4RZ5A 3D0CA 3FIGA 3TXVA 4CLMA 4O54A 4O17A 2X1SA 3OVPA 1WOBA 4LVAA 1VQTA 4HNVA 1VYSX 3STCA 1VGAA 3QPYA 4BWLC 3KX6A 4A2SA 2TPSA 1Q6LA 2Q3RA 4IMDA 5EBUA 1NAL1 1ADOA 3O6DA 3EWZA 2GQ8A 4O1BA 1TJPA 6TIMA 2NUXA 4LW7A 1TQJA 3LLDA 4UNLA 1H51A 1AW1A 3WFAA 1LCOA 3LHUA 1SUXA 1K03A 2A7NA 1C8VA 4KWVA 4ZQRA 4M6QA 3NL6A 4WY0F 1E51A 4XQ6A 4PCFA 1WV2A 3SZ8A 1N7KA 1PS9A 3EXSA 4O1DA 4U4MA 1TRDA 1VJIA 1B4KA 2LLEA 4NX5A 5IM51 1O60A 1FXQA 2E6YA 1KLYA 4Y9AA 4AF0B 1TJRA 1JQVA 4CNNA 3C61A 3TC6A 1FCQA 5LKYA 4CNPA 1H5YA 5K9XA 1K7EA 2XN1A 1TO3A 3P8IA 2C0AA 4DPPA 3UZ5A 1QPRA 4M6VA 3DU0A 3YPIA 1TPEA 3UPWA 1JRCA 3SIZA 3NL3A 5FF7A 4N2YA 2ZDRA 2DZPA 3O15A 1VC4A 4FX7A 1M5WA 4FNSA 1RQBA 3KVMA 4JYEA 4IJBA 2GVJA 4JGDA 7TIMA 2WOQA 3R2GA 3R8RA 3KVLA 1A50A 4GC4A 3K30A 2CLKA 3W7NA 1U5JA 2W0UA 3S0CA 4A21A 2DZWA 2E68A 5AN7A 1H7RA 4AHQA 4I7WA 4DO6A 1NF0A 5FI8A 1P0KA 4WOQA 3BG9A 4DF1A 3PWAA 1DL3A 4JD4A 3CQ0A 3MI2A 1GYLA 4AWUA 3MI6A 2CLHA 3G1AA 5DY3A 1DJNA 4NNCA 2ZA3A 2A85A 3PUOA 3B0VC 5HR6A 2GQAA 3BG3A 2O7QA 5FEWA 4LRTA 3W1LA 4BI6A 4UR7A 1H63A 1GVQA 2BTMA 3CC1A 4ICNA 3LBMA 4X3ZA 3L5MA 3WJYA 2ATMA 1W54A 3WK2A 5AFDA 3HOJA 1ZCOA 1W3TA 3S42A 2I14A 1YXYA 1AL7A 1AL8A 1OK4A 4O1CA 4FHAA 1ICPA 4NJGA 3EX4A 2YYUA 4PEKA 4DXVA 2E5CA 3NQCA 5IBXC 4O1AA 4WQ6A 4N9EA 5AYXA 2FPTA 1TPVA 3WK3A 1QPOA 5D2WA 4DEFA 4A3UA 3M5VA 1O5KA 1FDJA 3G3MA 3I7QA 3L9CA 4J9JA 3U2OA 1DJQA 4MJZA 4PL1A 1B57A 1RZMA 1OYCA 3S9YA 4JTKA 4IMCA 2E5DA 3GDMA 2YZRA 3HG5A 1VS1A 4H3DA 1X6UA 1S3HA 3SY5A 3EKLA 3GXPA 2XFWA 2QCDA 3NGJA 2J9YA 3WJZA 1K7XA 2E1DA 1NVMA 3HG4A 2G96A 2XN0A 3P60A 4UTMA 1D3HA 3G1SA 2E6AA 4DF0A 1TTJA 3C2VA 1LLWA 1D9EA 3MP5A 4LUIA 3GXNA 3V1PA 1A5AA 1WOAA 3QM3A 1VR6A 3FKRA 4OU1A 5U7SA 3C2EA 2C14A 3GVGA 2YR1A 5F2IA 4O28A 4YCOA 3FLUA 1SW7A 3PB2A 4ZQCA 3S1XA 1KM3A 5G4WA 4O4WA 4EF9A 3IGSA 1YDNA 1PV8A 2NX3A 4O4VA 1NEYA 5D03A 2A21A 4S2BA 1YXDA 1I2PA 3QMRA 3PR2A 1YDOA 5LSMA 1MZHA 5AHMA 4ML9A 3PC0A 4HN4A 3NQ8A 3UQNA 1GYNA 2NZLA 4MVAA 4BK9A 1G6CA 5KZDA 3W70A 8TIMA 4E38A 4CCCA 1A53A 3HGRA 1MXSA 2ABAA 3ABOA 2JKPA 5I3HA 1ICQA 1I8JA 1RVGA 4MYXA 2Y70A 4BFAA 3IIZA 1SQ7A 3O63A 1LYXA 4QISA 3KVKA 3PUEA 4WZHA 1H60A 2A7PA 2GJNA 1SPQA 2YXGA 4Q4KA 3NQ7A 2YPIA 2YW4A 2ZZ4A 5KSWA 1Q6OA 3VFLA 3P84A 3P81A 2JGQA 3Q58A 1GT8A 3PBYA 3W2LA 2C1HA 2ZA2A 4UFMA 1KTNA 3E96A 2VFHA 4IMFA 3W1RA 2FJKA 4NVTA 3CIWA 3TKFA 2QUTA 3QYQA 5CPLA 3W1QA 5K4XA 4ZMGA 3UZJA 4P2VA 2CW6A 1OYAA 1TIMA 5C2XA 3W1AA 4QNWA 4UTTC 4C1KA 2ZTJA 1KV5A 1FBAA 1LOLA 2ZRVA 3NZRA 4UFJA 3W83A 1L9WA 3Q2DA 4AWSA 5HWNA 2A7RA 2QKFA 1U83A 5CPOA 2BZNA 3RMJA 1LRNA 1OFPA 2RDTA 3GKAA 2QCNA 4NUWA 2GPTA 3HQ1A 3PB0A 4JICA 3WJSA 3CWOX 4IXHA 1TSIA 1KA9F 3S1VA 4UTIA 1EIXA 1K3UA 1FCVA 2NUYA 3P61A 3QSTA 1GG0A 3F4WA 3TH6A 3LXAA 4UMAA 3UY8A 4AF0A 4I9AA 4N6EA 1DQXA 1MSSA 4JEQA 4BF9A 4N9BA 1WAUA 3W9ZA 3H53A 3GDKA 4O8RA 4JTIA 3L21A 3M43A 3BVJA 1XL9A 4O52A 4BR1A 4MFDA 2YDAA 3F4NA 4GRSA 4LNYA 5LHFA 4FX8A 6ALDA 1QPQA 4DO4A 4ADSA 3M1ZA 5K7JA 5HMSA 4YL2A 4TMCA 5AC6A 3TMQA 1KM5A 5BOOA 1QFEA 3GZ3A 4A29A 3G18A 3MHUA 4JTJA 1TPWA 3M44A 1QOQA 1FCBA 3NPUA 3IRDA 5CZJA 3W86A 5D2VA 2CLIA 2EGZA 1CX9A 3LHTA 3WK1A 4M7TA 4MZ8A 1RQEA 3C2RA 1HO4A 4CQ9A 4O11A 1F76A 4FNRA 2GUUA 3W7DA 1I2QA 1XUZA 2OJPA 2WQPA 3A24A 3LCXA 1WDWA 3HO8A 2V81A 2WO5A 1JJKA 3W2NA 3W7QA 4QAIA 1G7VA 4HT3A 3A5VA 1KFBA 3M41A 1X8FA 3UWUA 4DBEA 5LNWA 1W5OA 1XXXA 4ZVJA 4R34A 1BTMA 2QR6A 1HTIA 1I4NA 3RF9A 4Z0JA 3E12A 4MZ1A 4O18A 1G7UA 4XTIA 2B7NA 5DCBA 1TYGA 3MI3A 2J9ZA 1BWLA 3PG9A 4UC5A 3MYOA 2PRLA 1YTDA 4K39A 4R53A 2YSWA 3LBCA 2IQTA 1RV8A 4IMEA 4HSNA 4ZZ9A 3DH7A 2B7OA 3LM7A 1OFRA 3GR8A 1FX6A 4AHPA 4AEOA 2CZEA 3CIXA 3N3MA 2NWRA 3MBDA 3PBUA 3TQVA 4IWWA 3THQA 3N19B 3NPXA 3I6RA 3TC7A 1IXOA 1TB3A 1UB3A 4JTFA 3NDOA 3W1NA 1GVOA 4N9CA 4K8HA 1VHCA 1I2OA 2ZZ7A 2C15A 4JTTA 4HPXA 4AXKA 1TPB1 1SZGA 1TPH1 2RKXA 1QMLA 3W75A 1NFBA 3PULA 4ORMA 4IX0A 1OFOA 3W7LA 3GR7A 2CLOA 3ATYA 3EX1A 4IMGA 1EUAA 2GOUA 4O14A 4HPJA 4JYFA 3W87A 1GWJA 5LGZA 4LY8A 3VNDA 1VCVA 3L0NA 2VOMA 3LV6A 4YWIA 1M7OA 4GUGA 3EWXA 1QOPA 2G5WA 4ZQOA 4K7YA 1F6PA 4FX6M 3C6CA 1OG0A 2RFGA 1J5TA 2CWNA 2NWSA 1YTKA 4H6KA 3KVJA 3O05A 3HG3A 4JTSA 3UNDA 3NOEA 1EP1A 3LI0A 1QNVA 1P1XA 3GYEA 2BSLA 4GE8A 1KM0A 3GDLA 1ZFJA 2V5LA 5HQEA 3BW4A 4Q32A 4EOUA 1KTBA 3KRUA 3PSWA 3W7IA 3IGUA 4UTWA 3I7RA 3IEBA 3TMLA 1K8ZA 4AB4A 5HWMA 3R13A 4JIQA 1PHWA 3T78A 4W9TA 5CG7A 3TSDA 4XKYB 2B0MA 3W1MA 3E9AA 4NZJA 3TUUA 5FF0A 5DXYA 2YX0A 5D09A 1YYAA 4UUIA 4UTTA 2FDSA 4RJEA 3HMJG 1XM3A 4IOTA 4RXFA 1KW1A 3SFKA 4UFLA 1SW3A 1NSJA 1T99A 3GKFA 1S5TA 1ZY9A 1QPNA 3LOTA 2RHGA 1W5MA 1L6SA 4TR9A 3FOKA 3DFOA 3LCWA 3NVTA 1G4EA 2F7FA 1W3NA 4U28A 2ATSA 1LBFA 5HUOA 3L0KA 3G1HA 3PBWA 5LNUA 2QCGA 5K9DA 4GNJA 4Z1CA 5HJLA 5CSRA 3ANYA 4FNPA 1ZHAA 1UJPA 3L5AA 4IPIA 3LRKA 1EX5A 4CCEA 1Z48A 1F74A 3H54A 2JGYA 3USBA 4ZL1A 2J27A 3O1NA 4QQ3A 3QH2A 1Q3NA 5KITA 1R2TA 1RQHA 4DELA 2AGKA 3C4UA 4RX0A 3M5XA 3LCHA 1GG1A 2ZZ2A 3G1XA 5FEZA 3MYPA 3L0GA 1YPIA 5HWJA 1W3IA 5FEXA 1K02A 5C55A 3DXIA 3G0XA 5U4NA 5DBTA 3M5YA 3U8GA 1LBMA 1F7BA 3UYCA 1LLZA 3GK0A 4K6AA 1XBYA 2J88A 2PRHA 2QCLA 3C8FA 1QR7A 3RFAA 3B0PA 4RV8A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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