4Y9AA

Crystal structure of triosephosphate isomerase from streptomyces coelicolor
Total Genus 89
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
89
sequence length
254
structure length
254
Chain Sequence
RTPLMAGNWKMNLNHLEAIAHVQKLAFALADKDYDAVEVAVLAPFTDLRSVQTLVDGDKLKIKYGAQDISAHDGGAYTGEISGPMLAKLKCTYVAVGHSERRQYHAETDEIVNAKVKAAYKHGLTPILCVGEELDVREAGNHVEHTLAQVEGGLKDLAAEQAESVVIAYEPVWAIGTGKVCGADDAQEVCAAIRGKLAELYSQELADKVRIQYGGSVKSGNVAEIMAKPDIDGALVGGASLDSDEFVKIVRFRD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Reversibility and two state behaviour in the thermal unfolding of oligomeric TIM barrel proteins.
pubmed doi rcsb
molecule tags Isomerase
source organism Streptomyces coelicolor
molecule keywords Triosephosphate isomerase
total genus 89
structure length 254
sequence length 254
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date 2015-02-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4y9aA00
4X2RA 2YPIA 1ZY9A 2OCZA 2A7PA 3MBDA 5EL1A 8TIMA 3TFCA 2C13A 1QPNA 1GT8A 1F2JA 1XUUA 1JCXA 1LDCA 3NM1A 4IMCA 5CZTA 2RFGA 3NQFA 4N2YA 2Y70A 2AQWA 3LXBA 5C6MA 3SW6A 3QZEA 2ZZ7A 3DI0A 3GR7A 3B0UX 1DVJA 1THFD 4O57A 1T8XA 5ABTA 3LCIA 4MVAA 1OK6A 3H53A 4LWWA 4WY0B 3W1AA 1IF2A 1WV2A 5E0KA 4FB7A 2QCDB 3L2IA 1BWLA 1FWSA 1EP1A 1ICPA 5LNVA 2QJGA 4ZZ9A 1HL2A 3QH2A 5L9FA 1RQHA 3E12A 3O05A 1QPQA 5KINA 1TIMA 1C8VA 4RK8A 4QNWA 1YTKA 2B7NA 4AH7A 2B7QA 3NPUA 3UQNA 3JS3A 3UPBA 4B5NA 1WA3A 4O1BA 2E5DA 4JYDA 3LTPA 4LUJA 5CPNA 3VCRA 4UTTC 4GXMA 1QDSA 5CZSA 2P0OA 3GKAA 5G1TA 4HPJA 1WAUA 4PCFA 1PVNA 4XBSA 2ZRVA 2YW3A 4I7WA 1BWKA 4UR7A 5D02A 2FDSA 1U83A 2YFOA 3R2GA 2DP3A 4X9SA 3LHWA 1OF6A 3LV6A 1DQXA 3GXTA 3KHJA 4Y90A 4Q33A 1K03A 1TV7A 2ZRZA 3TFXA 4JYFA 1IXOA 1I8JA 3LB0A 4MLJA 4JDYA 5DN1A 3MI2A 3PF3A 4YCPA 4XKYA 3V1PA 5HNRA 1M5WA 4ZQCA 2QJHA 1S5WA 1TPFA 4H4IA 1O4UA 1VR6A 3NEVA 4Y6GA 1VC4A 4AWUA 5AYYA 3B04A 1K02A 3P81A 4UTJA 2O7SA 1UBSA 3DHDA 4DO4A 1OX4A 2P1FA 3MHUA 4PH6A 3TJLA 1Q6OA 2WQPA 3OBKA 2J24A 5EA9A 3G1VA 2GOUA 5FF3A 2PC4A 3IEBA 2VFDA 2FB2A 3W7IA 4UMBA 3LTSA 3QW3A 3DFSA 3L66A 2WSYA 4LOCA 1ZALA 1TQXA 3G1AA 5HUPA 1OYCA 3FFSA 3W1TA 2WOQA 4NXKA 4N4PA 3GR8A 1XBXA 1ME7A 5IM51 3M0ZA 1TPB1 3W7HA 4GJ1A 1SUXA 3TE9A 3TH6A 1ICQA 5AYZA 1RD5A 4OBTA 3VI2A 1ZAJA 2NWSA 1KFCA 3KRSA 3IIVA 3ZS4A 1LOLA 4WXZA 1PV8A 3TMLA 3KVMA 2CLHA 5KMYA 2CLLA 1Z44A 2B7OA 3W7LA 1FXQA 5L6UA 1XBZA 3F03K 4EWND 3TXZA 3DKLA 5D2VA 4GUIA 1XCFA 3L0GA 5T26A 1KLZA 1TTPA 2V82A 4K6AA 1JULA 3S1WA 4PC8A 3FS2A 4JS3A 3FJLA 4AWTA 5A8GA 2HTMA 2XFWA 1F6KA 3A5VA 5LNWA 2E6AA 2YX0A 2ZZ4A 2YXGA 4I9AA 1OHLA 3L9CA 3HB9A 4FF7A 3A22A 1GG0A 2G95A 5HINA 1PL9A 3W7PA 1TTQA 4IPJA 3CM4A 4Z0JA 1DJQA 3GLCA 5LSMA 1O60A 3W22A 1G7VA 3M6YA 3HPXA 3P82A 2I9EA 4UFMA 4A22A 3NPWA 1FCVA 2QDHA 1HTIA 4LS2A 3M5YA 4HSNA 3KRUA 5HWJA 4JIQA 1SFJA 3MP5A 2ZRUA 4U28A 1Z41A 4Q4KA 5HJLA 5K9XA 4UFIA 5F4WA 3GB6A 4QIUA 1OYAA 2Z1BA 4S1FA 1CW2A 3MP3A 5D30A 1W1ZA 1LORA 1GVFA 2C16A 1QO5A 1I2NA 3W7GA 3RU6A 1H50A 1YYAA 3C3NA 3PG8A 3SSJA 5G2WA 1VYSX 3WFAA 4K37A 5TIMA 3N19B 2HMCA 3DAQA 2RHGA 2WSRA 4JICA 3LI1A 2GQ9A 3ABOA 3GXNA 4QAIA 1QPOA 1TV5A 1F76A 3USBA 4JYEA 3BO9A 4IXXA 1SPQA 3W75A 1AMKA 1YDNA 4A21A 3SI9A 2VKZG 4ALDA 3NL2A 3WJWA 4K38A 3VNDA 3EB2A 3A9IA 3LX9A 5KZDA 3S1XA 3LHUA 3BLEA 3IIXA 1Z42A 2ZBTA 3LDVA 4D2JA 4UMAA 2PRMA 4H6KA 1AK5A 1KM4A 1OJXA 4O1CA 3SIZA 5J5RA 3VE7A 4JTSA 1BEUA 1SR9A 4IUOA 3O63A 1R2TA 2V9DA 4O4VA 3C52A 4S2BA 3RF9A 1OFEA 4O12A 1K7FA 2NX1A 2C6QA 3W7EA 1NF0A 3W23A 1TPEA 4RXGA 3P5YA 3NQMA 5DLCA 4A2SA 2E6YA 1G4EA 4XWUA 1KM6A 3TAKA 4IMGA 1T0OA 2QCEA 1S5TA 4G1KA 4JIPA 4ZL1A 1J5TA 3LHVA 4C1LA 2NX9A 3UPWA 2GQAA 1YPFA 5DY3A 2ZYFA 4O11A 1SW7A 3RLUA 1VYPX 3HJZA 3N34A 2V5BA 2Y7EA 4FNSA 3QMRA 4ZQRA 3LRLA 5D33A 2A0NA 2GPTA 2YW4A 4MZYA 1YDOA 2XN2A 1FUYA 5FEZA 4LS1A 2FB3A 2DU2A 4I7UA 1V7YA 1ZENA 2CLOA 1SZEA 2ZDRA 3PC0A 1NFBA 3ZWSA 3O1NA 4XUGA 1AG1O 1TCDA 1EEPA 4WUIA 3KAOA 4O0KA 5EKYA 5K9CA 2W79A 1KTNA 3MUXA 5BNKA 4E0CA 3W1PA 1LLWA 1N55A 4CNPA 3TR2A 3M47A 3W1XA 1KM2A 2A4AA 3T44A 1KM1A 3EEGA 3PG9A 3TSMA 3TQ0A 1NAL1 2ATSA 2EPHA 2Q3OA 4LVBA 5U4NA 5AHMA 2ZCGA 1H7RA 3M16A 4M7SA 3W7MA 4Z0SA 4IMDA 2VOMA 5H91A 3IGSA 2W6RA 3PSWA 4MJMA 3B0PA 3EWWA 2RDTA 3GNNA 4RX0A 4LW7A 4FXRA 2FIQA 2EHHA 1SW3A 4MUZA 1WOAA 4FIQA 5AYXA 2E77A 3O6CA 1EX5A 4MY1A 5MHBA 3NXFA 2BXVA 3P74A 4UR8A 3VFLA 2Y63A 1R30A 4Z1DA 3ABRA 1TPDA 1TQJA 4GUGA 3NPVA 3ZFHA 1XDLA 3RNDA 5F4SA 3H55A 4NXSA 2GVJA 4NJGA 4O10A 3PY2A 4RV8A 3T40A 4JD4A 4NJHA 3TNOA 4EVZA 4MYXA 3W84A 3BPWA 4GUHA 3IGUA 3TDFA 5H2ZA 4N6FA 3PBUA 4JTTA 1VJIA 2FPVA 2Q8ZA 1GPWA 1QR7A 1KM0A 4PODA 1N8FA 5IBXC 1DBTA 1HO1A 2VXNA 4IX0A 3NL5A 2CFFA 2AAMA 1H7OA 2EAWA 4M5PA 4NZFA 3OVPA 4RLIA 3TJXA 3W2LA 1IXPA 2F84A 2Y61A 4UUIA 3MYPA 5HQEA 3BW4A 1JRCA 2TRSA 3S1VA 5LHFA 4GUJA 3C8FA 1L6SA 2YGYA 3CU2A 2C15A 3I7QA 2J27A 2EKCA 4O50A 5CSRA 5EYWA 3DENA 3LBCA 2VEMA 1I2PA 2ZFAA 1TPWA 2FFCA 4A2RA 4J9JA 1O5XA 2HSAA 3MBFA 1YTEA 1W5NA 3LERA 1AL7A 4S2CA 5FF2A 3HBLA 3M5VA 1W37A 3NQ2A 1X6UA 1U5JA 3ELFA 4KFNA 3EX4A 4K39A 2NWRA 1K8YA 3PUOA 3WK3A 1AL8A 4AWSA 4HNTA 2WJZA 2G96A 4O28A 2CLMA 3DU0A 4NQ1A 3VE9A 4NJIA 1YPIA 2ZZ5A 5KZEA 1TB3A 3NZ1A 3DFTA 1F7BA 4R34A 3N2MA 4RCXA 2HS8A 3BK0A 4O1AA 4TO8A 2ISVA 2OJPA 2JKAA 2PRHA 1ZFJA 3LHTA 2WO5A 1VGAA 3LV5A 2OX1A 4BF9A 2WNQA 3LCHA 2ISSA 1P0NA 2YDAA 3P5ZA 2OZ0A 4I7VA 1KA9F 3NOEA 3GZ3A 3TK7A 3NZRA 1KBJA 3CEPA 3RLVA 4ZMGA 5AHNA 2DZUA 2QCDA 2QKFA 2E1DA 3B05A 3MHGA 2TMDA 3G0UA 2E6DA 3OA3A 3TU9A 3UWYA 2XN0A 5D38A 4Z1BA 4AHOA 2FTPA 3MYOA 3RK8A 1W5QA 3U8GA 2CWNA 5EY5A 2QCLA 3G8RA 3CLMA 4OV4A 3L5AA 3UZJA 3T7VA 1PE1A 3G1DA 1P1XA 4RXFA 3LXAA 4MJZA 3LCGA 3UNDA 1EWEA 3EWBX 4LY8A 3DHFA 4WXYA 1TPH1 3NQDA 1SO5A 1W5PA 1F6PA 5AN7A 1QO2A 5CG7A 1OX6A 5DY2A 1FWRA 1SZGA 3WK2A 3W86A 1FWNA 1OABA 1PCKA 1X1ZA 4A3UA 5D2XA 3W2MA 3KRZA 3MMTA 3NQ7A 1L9WA 3UZ5A 4JR5A 4NVTA 2ZZ3A 4HSOA 3GX9A 2J6XA 3BV4A 4CQAA 1WBHA 1BTMA 3FOKA 1H60A 2QUVA 5G2HA 1P4CA 3MW7A 4LVDA 5DBUA 2ISWA 1KW1A 4WZHA 3GDTA 2C1HA 1I2QA 4AXKA 4GFSA 1W54A 1TJRA 4FXSA 3B0VC 1EPXA 2C0AA 4JTUA 1FDZA 3UWQA 4OHQA 3IRDA 1LYXA 1OX5A 5EMUA 2NUXA 1DV7A 1Q6QA 1BKSA 3B03A 1CI1A 1YXDA 2RDUA 4GWEA 1IIGA 1LBLA 2BZNA 4N4QA 1Q6LA 2X2GA 5I3GA 4JTGA 2CZFA 4BI7A 5FI8A 4JDBA 5AC7A 2QCFA 4LV9A 2GUUA 1EWDA 4DF1A 3IVTA 1Z48A 4CCCA 4DO6A 2BWGA 4NJJA 3THQA 1HO4A 4JTIA 4O17A 3W71A 1KFJA 1WOBA 3ATZA 1VPXA 4AVFA 1H63A 3P61A 1SU5A 2Y88A 1VZWA 4PFMA 1DJNA 4R7JA 2GJNA 1GG1A 3UXAA 1XXXA 3CT7A 1FDYA 3IVSA 3PB0A 1FCUA 2CZ5A 5LHEA 3GKFA 4NX5A 3ABQA 3ANYA 4POCA 1HFBA 3UY8A 4BWLC 4JGDA 2VFFA 3SGZA 1JUBA 1IIHA 5LNRA 3DH7A 3UY7A 1TO3A 3QFEA 1HUVA 3D0CA 2YYTA 3EX3A 3QC3A 2RDWA 3PUDA 1KTCA 1X1OA 1W31A 3IGXA 1SZNA 2ZA2A 4NJKA 1RPXA 4QNEA 2NXIA 4O0ZA 3L65A 5HWNA 1SW0A 3HGRA 4N9BA 4ORMA 1SSGA 1M7PA 2I1OA 1LLZA 3KFTA 3O6DA 4N9DA 4IWWA 3KVJA 1XI3A 1K7EA 1MEWA 1SZFA 3I68A 4C1KA 3A5FA 4YLWA 1KFLA 3WK0A 3QM3A 4Y8FA 3HGJA 4NNAA 1WBJA 3TQVA 1LOSA 4UFLA 3RFAA 5K2ZA 5TBOA 1H7PA 4DF0A 3TIMA 3WJZA 1EP3A 2RKXA 5IBXA 1O95A 4M6PA 1B3OA 1B9BA 3AO0A 3H54A 5C2XA 3FYOA 4AHQA 4MY9A 1GVSA 1B57A 5DXXA 2X16A 2FQIA 1H7XA 5A5WA 2ZTKA 1ONRA 3NM3A 1MSSA 5C55A 1JJKA 4YXGA 1DKWA 5FEXA 4IGHA 1LROA 1DQWA 3W9ZA 3ATYA 1XC4A 1D9EA 2H3BA 3GDRA 3TW6A 3GDMA 1LM1A 4Z1CA 3W2JA 3L0KA 3DBPA 4Z08A 3L68A 1YXCA 4JN6A 4LUIA 2C14A 3LHYA 5LNSA 3UWZA 3N2XA 4JTHA 3W73A 4LVGA 5D03A 1O94A 3LXCA 3FIGA 4EIVA 4UTUA 2ZRWA 3IIOA 3PB2A 4FO4A 1IGSA 3DFNA 5D2WA 2CZDA 5LGXA 2AGKA 1SFLA 1B4EA 3GAKA 5F2IA 2OMAA 4DBEA 4O1DA 4LTSA 2V2DA 2JBMA 3EWUA 4PL1A 2O7QA 5D09A 3MO7A 1M6JA 3LOTA 4ZQPA 3TMQA 3HMJG 4FX7A 4XTIA 3Q37A 3T4CA 5DCEA 1F74A 3OVQA 3MI3A 1GYNA 4FNPA 4CNNA 5LZLA 4ZQMA 5D05A 5DELA 1PS9A 2EGZA 3T78A 5AHFA 5HWMA 5AC6A 4JEQA 3MP4A 3NPXA 4LS0A 3CWOX 4X3ZA 2A2IA 3BGJA 1L6YA 4L4MA 4MFDA 2A6LA 2DZXA 5D32A 4JTJA 5FEWA 2DZSA 4MPQA 1JUEA 2Z6JA 1TPVA 2GJLA 3UXDA 2QCNA 2A21A 4KWVA 2YFNA 3R5EA 4ZQOA 2JK2A 2YSWA 3PBWA 3C0JA 5LKYA 3EX2A 4WJEA 1R47A 1TRDA 2X30A 1WDWA 2PE4A 3DZ1A 4LVAA 3GDKA 3UWWA 4NU7A 2KZHA 2V5LA 1VLIA 1AW5A 2ABBA 4IPIA 4FNTA 2Y7GA 5SWUA 3LCXA 3LRMA 1UASA 3GYEA 2ZZ2A 1LOQA 3R13A 4UTTA 4O4WA 1JVNA 3W74A 4GUFA 3HGSA 3S5NA 4IX2A 1K8XA 3I65A 4RZ5A 1OFRA 1QWGA 3BW3A 4N6EA 4PEKA 3QQ1A 4UTWC 1PHWA 3C2VA 3NYZA 5CKSA 1FCQA 1QFEA 1YDVA 2DZWA 5F4XA 4WD0A 3W1QA 1P0KA 2C18A 3L67A 4Q32A 2V2CA 1C29A 3DFOA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4Z2H A;  4JL2 A;  5JU6 A;  4HMC A;  3D46 A;  1XLC A;  1ADS A;  2VUY A;  1GT8 A;  2DUX A;  4HMD A;  1ZP4 A;  1Q8A A;  3NM1 A;  4Q4M A;  1GNX A;  1LDC A;  4TQT A;  4V2X A;  3OB8 A;  5DF0 A;  1UHV A;  2Y70 A;  3ARY A;  4MUP A;  3SW6 A;  5C6M A;  3DI0 A;  1GK8 A;  5CBB A;  3ANU A;  1RJR A;  3LCI A;  4MVA A;  4W84 A;  8XIA A;  3WQP A;  3F2B A;  1IF2 A;  4IIC A;  1WV2 A;  3WD2 A;  3L2I A;  1FWS A;  1VBG A;  5EMJ A;  2QJG A;  3ISI X;  3N13 A;  5BZA A;  1BF6 A;  1RQH A;  2V3D A;  4HK7 A;  2OZT A;  4EX4 A;  1C8V A;  4RK8 A;  2OZ8 A;  2B7N A;  3APY A;  3B9N A;  5AZ0 A;  4B5N A;  2BVW A;  4HU0 A;  4O1B A;  3LTP A;  5CPN A;  3A13 A;  1OD8 A;  2OQH A;  2XU2 A;  1PEZ A;  1WAU A;  5A95 A;  4I7W A;  3M0Y A;  2YBV A;  2GJX A;  2FDS A;  1U83 A;  3RPD A;  3LHW A;  3WY1 A;  2V3G A;  3GXT A;  4R9O A;  2ZRZ A;  3CHD A;  5GJN A;  4JYF A;  1IXO A;  5DN1 A;  4GIN A;  3C8N A;  3PF3 A;  4XKY A;  3BAY A;  3V1P A;  1QHO A;  3NJ3 A;  2QJH A;  3DDM A;  4KES A;  2C1G A;  1RUS A;  2PDK A;  5D8Z A;  3P81 A;  1EXP A;  3TON A; 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