4Y9AA

Crystal structure of triosephosphate isomerase from streptomyces coelicolor
Total Genus 89
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
89
sequence length
254
structure length
254
Chain Sequence
RTPLMAGNWKMNLNHLEAIAHVQKLAFALADKDYDAVEVAVLAPFTDLRSVQTLVDGDKLKIKYGAQDISAHDGGAYTGEISGPMLAKLKCTYVAVGHSERRQYHAETDEIVNAKVKAAYKHGLTPILCVGEELDVREAGNHVEHTLAQVEGGLKDLAAEQAESVVIAYEPVWAIGTGKVCGADDAQEVCAAIRGKLAELYSQELADKVRIQYGGSVKSGNVAEIMAKPDIDGALVGGASLDSDEFVKIVRFRD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Isomerase
molecule keywords Triosephosphate isomerase
publication title Reversibility and two state behaviour in the thermal unfolding of oligomeric TIM barrel proteins.
pubmed doi rcsb
source organism Streptomyces coelicolor
total genus 89
structure length 254
sequence length 254
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date 2015-02-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4y9aA00
3KVMA 2ZFAA 2Y70A 3W2KA 1IIGA 4AXKA 4U4MA 4E2DA 3DI0A 4E38A 4UC5A 3C2VA 4ZQMA 3NQ8A 4A29A 3OVRA 3BO9A 1KTCA 2J9XA 3QF0A 3QSTA 3W2LA 3NQAA 5G1YA 5KZEA 4RK8A 3TSDA 4O19A 2GJNA 3C0JA 4JD4A 1LDCA 2O7QA 4AVFA 3W1PA 1J5TA 1ICPA 3ABSA 2VOMA 1J2WA 3W2NA 1AG1O 4Z1AA 2E68A 1EUNA 1PS9A 3W3OA 4JIPA 2Q8LA 2JKPA 5K9CA 1ME7A 4Q4KA 1O94A 4DF0A 2PRMA 4O0KA 4LC8A 1SW7A 4RR4A 3IRDA 2Y88A 4NJHA 3RK8A 3WK3A 2LLEA 5LHFA 2J6XA 3DENA 4N4QA 3STGA 4BFAA 1JQXA 1Q6RA 1XM3A 1G67A 2Z0IA 4CNOA 5IM51 4YLWA 4JTGA 2AAMA 1R2TA 3DFPA 2VEKA 1H7RA 5CZJA 1HO4A 1FUYA 1W5QA 4EWND 4JICA 5KSWA 1FDYA 2CLMA 3S8HA 3P61A 4LVDA 2R94A 4LVFA 1F6PA 4YCPA 1P1XA 5F4SA 3M1ZA 3L9CA 2J27A 1A5BA 1GVOA 2CLHA 2Y61A 3EKLA 1LP6A 4JYEA 4MY1A 3WJWA 4Y8FA 2GQ9A 3W2JA 3MHFA 3ANYA 3EWYA 2QR6A 3EX4A 3M44A 4IMDA 4YCOA 4K37A 4YXGA 1G4SA 2J24A 1JRBA 1K8XA 3S5ZA 2YZRA 4RLIA 1FX6A 3GYEA 2X1UA 4TMCA 1OX6A 4NQ1A 3E49A 3PR2A 5AYYA 4FIQA 4GC4A 4LRTA 4FX6M 1R2RA 4MYXA 3LLFA 3PB2A 4PL2A 1KM0A 2CU0A 3LCLA 3O06A 2TSYA 1W5NA 2PRHA 3FYPA 3PBYA 3UNDA 3BLEA 3N2MA 1LROA 4A2SA 2FPYA 3IIZA 4H3DA 4N6EA 3IGUA 3CB8A 1GT8A 1R30A 3LRLA 4OE7A 3NR0A 3PSWA 2CFFA 4O18A 1TPB1 1OFPA 1GVQA 2YW4A 5I3FA 1KTBA 3FKRA 2CZDA 1Z44A 3PVFA 3O6CA 3ATYA 5D33A 2QKFA 2E5DA 1PHWA 3W72A 4XUGA 3S9YA 2P0OA 4PEKA 1Z48A 1TB3A 3LCXA 3TE9A 4UTIA 2V0TA 4JIQA 2FLIA 3P62A 1XDMA 3LDVA 2CLKA 2CZFA 3NPVA 2E1DA 3M5ZA 3QQ1A 5C2XA 5D02A 4HT3A 3C2RA 1ONRA 2DJLA 3GXNA 5HMSA 2H6RA 4HPJA 1SZFA 2A0NA 3VI2A 1QAPA 3W7NA 4HSOA 5FEXA 1FWTA 3O6DA 1H7OA 3NZ1A 2GJLA 1QO2A 1RZMA 3GXPA 3P80A 3NZRA 4GBUA 1A53A 2CZEA 2ZA1A 1GVSA 4K8HA 4PODA 4DPPA 2NXHA 4KKXA 3W70A 3UD6A 3CQ0A 3KRSA 4HIBA 1LCOA 1TMHA 3W1AA 3GKAA 3G8EA 4O13A 3GIYA 3VKJA 1HO1A 2A4AA 2J88A 3S1WA 4MZYA 1WXJA 3TROA 4IPIA 2WKJA 3DHDA 5DBUA 3LXCA 2X1RA 2PRLA 5U4NA 4I7VA 4UNLA 5LKYA 3YPIA 3QFEA 3UWUA 1DHPA 1VRDA 2PURA 2C19A 1VLWA 5K7JA 3DFTA 5HULA 2RFGA 5BOOA 1VJIA 1HL2A 3CM4A 1ZAJA 4O10A 3WJSA 1YYAA 1AW1A 3Q94A 5F2MA 5K4ZA 3OEXA 5HWJA 4JYFA 1SSGA 3HPSA 3TR2A 3GR8A 3LTPA 3EX3A 3MHUA 3W7RA 1T8XA 4LUIA 4UTMA 2A5HA 1G4PA 5EMUA 3V1PA 1XFBA 3E02A 1TQXA 4QSHA 3G1HA 3DFOA 1WV2A 3SZ8A 3B03A 2PE4A 4JTUA 2W6RA 3H53A 1IXPA 1QDSA 1QPQA 4NNBA 3FEMA 4O52A 4UTTA 2OT0A 3MYOA 2QAFA 3PAJA 1WX0A 1TPDA 4O28A 4POCA 1RQHA 3TAOA 2TMDA 4MZ8A 3W76A 2V82A 3S1UA 1TO3A 2NWSA 1D3HA 2RDTA 3LERA 2Z6IA 1LLZA 3G3DA 4UNKA 2X30A 3G1VA 3NG3A 3UXAA 3W1RA 2G96A 1BEUA 2F84A 4UMBA 3C2OA 4JS3A 3C2FA 2VKZG 2FFCA 4BWLA 2XN2A 1AL7A 3MBDA 3HIJA 1OF8A 5A8GA 2JBMA 2Q3OA 4K7YA 1I2NA 4PA8A 3NL6A 1I2PA 1OVDA 1J4EA 4ORIA 4UTKA 4DEFA 3LGEA 1H62A 1F7BA 1ALDA 1X6UA 2G5WA 5AC7A 1OFRA 3DFNA 3GX9A 4X2RA 1JULA 1A5CA 2GQAA 8TIMA 1MXSA 2CZ5A 3NAVA 3SIZA 1OHLA 4O11A 1XL9A 3M5YA 5FEPA 5AHNA 4UTUA 1S3HA 5LNSA 2JKAA 3KRUA 2Y7DA 3P5ZA 3SI9A 5HR6A 3G3MA 3IVTA 4LUJA 3MI3A 4WQ6A 5LNRA 2ZZ1A 3T78A 4UXDA 3BARA 4RX0A 3OVQA 2TYSA 3HG2A 1LRQA 3IV3A 1VGAA 2YSWA 1KM5A 3BGGA 2BXVA 1K02A 3MHGA 2E09A 1TIMA 2JGYA 1ZAHA 1JUBA 3GR7A 3PBVA 3LHZA 2B0MA 4AH7A 5CZSA 4LVGA 1OK4A 2QJIA 3N19B 1VHCA 1FWRA 1IGSA 2V81A 1DQWA 3A5VA 3QW4B 1U5JA 3OVPA 1Y0EA 3ATZA 1JCLA 2A7PA 5K4XA 1JUKA 3TW6A 5D04C 1VCGA 1KM2A 2ALDA 3NPXA 4LC6A 4OT7A 2Z2UA 3HGSA 1BKSA 3DHFA 1GQNA 3NO5A 4NU7A 5L6UA 4LV9A 4FX8A 1QOQA 2R91A 5G2HA 3TV8A 1ME9A 1B4KA 5CGQA 1GG1A 1K8ZA 3MWAA 3KHJA 3KVLA 1F2JA 1UCWA 2QCMA 3W75A 2O7SA 3M5XA 2ZA2A 4NX5A 5AOUA 1Q6LA 2DZSA 3L66A 4LTSA 3CTLA 2B4GA 5AHFA 1R2SA 2Y6ZA 4E0CA 1RV8A 3MP5A 3LCGA 1EWDA 3SR7A 4O54A 5HJLA 1DKWA 3PM6A 3NNTA 4M6VA 1EEPA 2WNQA 3S1VA 5KITA 5G2IA 1DOSA 3O05A 2YGYA 1KM1A 3P8IA 1GPWA 1PCKA 4BI5A 4UMAA 4XKYA 3GDMA 1L9WA 2G97A 1FWNA 1H1YA 3LXBA 3NL5A 5LGZA 5D2VA 3QEZA 1YXYA 1ZNNA 3BV4A 3W7OA 5LGXA 2J9ZA 1DJNA 5D2TA 3TCEA 4AF0A 1C9DA 4PC8A 1KFLA 2XN0A 2ISWA 1ZJIA 1GVRA 2CW6A 1SFJA 2TPSA 1LBMA 3PF3A 4TR9A 5F2LA 4M6PA 1XXXA 4OBTA 1S5VA 4UMCA 4IXXA 4O1AA 1TV8A 1HFBA 1OYAA 3FKKA 1P0KA 4O50A 2XFWA 5DELA 1KTNA 1WBJA 5C54A 4O1BA 1KV5A 1MSSA 3TU9A 1SZGA 3LV6A 4BF9A 3G22A 1WA3A 5CPLA 3F1QA 2ZQ0A 1RD5A 1ZCOA 1TTJA 2NUXA 4R34A 4DO4A 4Z1CA 3JS3A 1OFQA 5FEWA 1GG0A 1LTDA 1KM6A 1W3NA 3DU0A 4O1CA 4GFSA 4GUJA 4JGDA 2QCDA 2CLEA 1OFDA 1IXQA 4XBSA 5J5DA 4NJJA 1BTMA 3QYQA 1FWWA 2W0UA 2EGZA 1N7KA 3G0SA 3EXSA 1G7VA 6ALDA 4DF1A 3UWWA 4JTEA 4UFLA 4N9DA 4K38A 3QMRA 4YMZA 1FCUA 1SW0A 3HPZA 4N02A 1TPUA 1EB3A 1A5AA 3LOTA 4X22A 1X1OA 1PE1A 2YYTA 1QO5A 3LHTA 5G4WA 4IMFA 1K03A 1YTDA 3W74A 3UZ5A 1FWSA 3W84A 4PTNA 4OU1A 3B0PA 3R13A 2WNZA 4CCDA 4ADTA 4TX9A 5TBOA 3R8RA 3W7DA 1N55A 2G95A 3S1XA 2FPVA 4BWLC 1F76A 2VENA 3AO0A 1WDWA 3MUXA 4O4WA 5DCEA 3UXDA 1JVNA 3HGJA 1B57A 5HR7A 1M7PA 1GJPA 1MO0A 3TSMA 4O4VA 1VHNA 4Z0JA 5D2XA 1RR2A 3L0KA 4IXHA 3S5NA 3OIXA 3TFCA 1TJPA 3G18A 1WOAA 1L6WA 4LV4A 1AW2A 1W5OA 2C3ZA 5IBXC 1I4NA 1LRTA 4J9JA 4JDBA 1G6CA 1NAL1 5TIMA 3M41A 4EOUA 1Z42A 3EX6A 4JTIA 4CQAA 2QCNA 4R53A 3IVUA 2E6AA 5ABTA 1QNVA 2CLFA 4ZZ9A 2NV1A 5BNKA 4LNYA 3QQ0A 3PY2A 1SQ7A 1VR6A 1XC4A 3OG3A 4Y9AA 5EY5A 3TQ0A 1EP1A 4JYDA 4JTHA 4FB7A 3CHVA 2A6LA 3SSJA 3W1LA 2ZRWA 4QNWA 2QCHA 2H90A 1GTEA 3UWVA 4QIUA 3O16A 4MFEA 1KM3A 5C6MA 2JK2A 4PFMA 4MLRA 4A2RA 4K36A 1AW5A 1RVGA 4QQ3A 1H7NA 1WBHA 3P82A 5HUPA 1KFKA 1Q45A 4MVAA 4I7WA 1JUEA 1ICSA 1TRIA 3LCWA 3NYZA 5CZTA 1H5YA 3P67A 2ZCGA 1PV8A 4EF9A 3PSVA 2FB3A 3LTYA 4PCFA 5FF7A 4M5PA 4UTHA 4JX4A 1IXOA 1SFLA 4ADUA 3LCIA 1PVNA 3N34A 3IVSA 4KFPA 3PWAA 3EWXA 4CLMA 3RFAA 5CSRA 3NOEA 2VFFA 2B7NA 3IEBA 4EVZA 2I14A 4NJGA 1IXNA 1VYRA 5EYWA 1WAUA 2A7RA 3LTSA 4WOQA 1CX9A 3L65A 1H7WA 1DBTA 3A9IA 3M16A 1RQEA 1H50A 1YDVA 1SSDA 1ME8A 1DV7A 4AHPA 1TJRA 4C1LA 4H4IA 3TH6A 3O8AA 3NQEA 2BZNA 1ADOA 3HGOA 4ZQPA 3JRKA 1F74A 4FX7A 1JCNA 3KOFA 3BW3A 5C55A 3LRMA 4RJEA 3W23A 3G0XA 3GDRA 2FJKA 3WFAA 3NM1A 4DBDA 3LI0A 2YR1A 3HF3A 4Z0SA 1LYXA 1QWGA 3ABOA 3D0CA 3GKFA 2WQPA 4KWVA 2V9DA 3DXIA 5E1QA 2E5CA 1KBIA 1LOQA 4MLJA 1X1ZA 5D30A 1OFOA 2VEIA 1H7PA 3FIGA 4DELA 1TPEA 3W7KA 2KZHA 2VXNA 4MJZA 4N4PA 1KLZA 1TREA 4FNSA 4JTKA 5CPNA 4IMCA 2C6QA 5CG7A 1LORA 2ZYFA 3GNDA 4YWIA 2Q8ZA 2ZZ5A 3E9AA 3GVGA 3G8RA 3S6DA 1ZFJA 3N9SA 1D9EA 5KZMA 2V8ZA 2DZXA 1GVFA 3BG5A 4OHQA 2V30A 3BVJA 3E12A 2CLIA 5A5WA 3F4WA 4ICNA 4W9TA 1G69A 3G0UA 2QEZA 2H8XA 4NNAA 4BK9A 4RZ5A 3TMLA 1XUUA 3MMTA 3U6WA 2AGKA 3HO8A 3NQDA 4LT9A 5I3KA 4FXRA 1SZNA 5E0KA 3A22A 1OX5A 2BTMA 3CEUA 3LHYA 3RF9A 2Y7GA 3KXQA 3NGJA 3DZ1A 3L0GA 1KW1A 3TAKA 3RLVA 1FDJA 4I9AA 2V2CA 3LB0A 5AYZA 5LNUA 4NZJA 4BI6A 1W5PA 1M6JA 3MYPA 4DXVA 4Q32A 4JR5A 4O15A 1LZOA 1HUVA 4O12A 3UY7A 1OYCA 3LRKA 2DZTA 3L68A 5MHBA 2I1OA 1FXQA 4PL1A 1L2UA 3GAKA 3MW7A 4DQWA 3L21A 1S5TA 3S5OA 2I9EA 4UFJA 1VCVA 2FTPA 4LS0A 1QFEA 1NVMA 5BMWA 1FBAA 2Y62A 2WSRA 3F03K 3PUEA 3WJZA 3CPRA 4JN6A 1T0OA 1OABA 3W1UA 4IJBA 3UWZA 3LXAA 4QNEA 1SU5A 1NF0A 1OJXA 3A23A 4MUZA 1S5WA 4QAIA 4QISA 3BW2A 4HHPA 3TKFA 3TJLA 4WY0A 1W31A 4ZL1A 3CIWA 3BG3A 2V2HA 4RCXA 2BLEA 3VNDA 2H3BA 3T4CA 1C29A 4NXKA 4ORMA 2HMCA 1TCDA 1EP2A 1YPIA 3LHUA 3C2EA 4CNNA 3DI1A 4DO6A 3QMSA 2FDSA 3W7GA 1YXDA 3R2GA 3P60A 4NVTA 3MI2A 3N2XA 5T26A 3QW3A 2ZTKA 4O0ZA 5F4XA 4CQ9A 4TIMA 2ISSA 2WPBA 4GWEA 5BMXA 3P7YA 1I2QA 2C0AA 3H54A 3I7SA 2ZA3A 1ZHAA 4MKNA 3TQKA 3GXTA 3M6YA 3A5FA 3SGZA 1JJKA 5IBXA 1XDLA 1D3GA 2C18A 1DQXA 2P1FA 1EP3A 3TUUA 3TC7A 6TIMA 1W37A 4JTJA 4HNVA 3W88A 1GWJA 2QCFA 3R5EA 1VYPX 2E6DA 1H51A 1TQJA 4N2YA 2WO5A 2OZ0A 4AMAA 3NL3A 1GYLA 3MI6A 1YTKA 1OF6A 3FYOA 1MZHA 2B7PA 1W54A 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 1DVJ A;  4I7U A;  4ALD A;  5D2Y A;  2H3D A;  4PH6 A;  4R7J A;  3TA6 A;  2DOR A;  2C13 A;  4ZQC A;  2E77 A;  3HPX A;  1HG3 A;  4KFN A;  2RDU A;  3W7L A;  4UIO A;  3ZWT A;  4FF7 A;  4HNT A;  3U8G A;  2A2I A;  1WYI A;  3B05 A;  4HSN A;  2B7Q A;  1O60 A;  4B5N A;  5LSM A;  3B06 A;  1EX5 A;  5KZD A;  2YW3 A;  1GTH A;  3B4U A;  3FOK A;  1VCF A;  3KFT A;  4ZQR A;  2OT1 A;  3LHV A;  3W1X A;  4NUW A;  3RLU A;  1BWK A;  1SO3 A;  4WOZ A;  3SGU A;  2QCC A;  3TSB A;  1I2R A;  2XN1 A;  3LCF A;  4G1K A;  4A21 A;  3IGS A;  3KVK A;  3T44 A;  3CIX A;  5BW6 A;  2F7F A;  1TYG A;  4QIT A;  4XTI A;  4AWU A;  3BLF A;  3A24 A;  3K30 A;  1YTE A;  2Z6J A;  4UTT C;  3M9Y A;  4HNN A;  3HOJ A;  1I2O A;  4JXC A;  3WJY A;  4MY9 A;  2GUU A;  3QRH A;  2DJX A;  1OX4 B;  4NX0 A;  5EPD A;  1OFB A;  2CLO A;  1OK6 A;  3ABR A;  1MEH A;  4FNQ A;  4KWW A;  3NQG A;  5D2W A;  1AL8 A;  2J9Y A;  2Y85 A;  5G4E A;  3QC3 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1GOO A;  4Q8P A;  4EXA A;  3BUR A;  4MB1 A;  3GIQ A;  4E38 A;  4JN8 A;  3G1R A;  4ZQM A;  1RK5 A;  2WLY A;  3DEC A;  3A13 A;  2QV5 A;  1H0I A;  4RK8 A;  4O19 A;  4UQD A;  1LDC A;  4I5R A;  3W1P A;  5BRP A;  1VEN A;  3WQV A;  1C3F A;  2VOM A;  5FIP A;  3GG1 A;  1L6F A;  3W2N A;  1ZJB A;  1O66 A;  4QEE A;  4Z1A A;  8XIM A;  1EUN A;  3W3O A;  2VI0 A;  2P50 A;  1LUC A;  3GSM A;  1O94 A;  4QS6 A;  4DF0 A;  1PTA A;  3DEN A;  1Q6R A;  4RNJ A;  1XM3 A;  4CNO A;  3AUJ A;  4YLW A;  2GSE A;  4HU4 A;  4DBU A;  1H7R A;  3A6O A;  4AD2 A;  4DHG A;  3TR9 A;  4H8U A;  3S8H A;  1REQ A;  3IUD A;  3M1Z A;  1UQZ A;  4FLR A;  3VUP A;  4GCX A;  2J27 A;  2CLH A;  3UG3 A;  3B9D A;  4JYE A;  4MY1 A;  4QX4 A;  1Q7M A;  2GQ9 A;  3BAJ A;  3MHF A;  2WVT A;  4NZ3 A;  3S83 A;  3ZVH A;  1G4S A;  2BVT A;  1XSK A;  1JRB A;  1K8X A;  1FX6 A;  1EOM A;  1MW2 A;  3GYE A;  3D3F A;  5AYI A;  5JH1 A;  4NQ1 A;  3E49 A;  2PWU A;  3MUZ 1;  1R2R A;  3RLH A;  3LLF A;  3B4Y A;  3LCL A;  2PRH A;  3URA A;  3UND A;  3N2M A;  1LRO A;  5DMN A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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