4YCOA

E. coli dihydrouridine synthase c (dusc) in complex with trnaphe
Total Genus 120
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
120
sequence length
315
structure length
311
Chain Sequence
SMRVLLAPMEGVLDSLVRELLTEVNDYDLCITEFVRVVDQLLPVKVFHRICPELQNASRTPSGTLVRVQLLGQFPQWLAENAARAVELGSWGVDLNCGAPSGSGGGATLLKDPELIYQGAKAMREAVPAHLPVSVKVRLGWDSGEKKFEIADAVQQAGATELVVHGRTKEQGYRAEHIDWQAIGDIRQRLNIPVIANGEIWDWQSAQQCMAISGCDAVMIGRGALNIPNLSRVVKYNEPRMPWPEVVALLQKYTRLEKQGDTGLYHVARIKQWLSYLRKEYDEATELFQHVRVLNNSPDIARAIQAIDIEK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Major reorientation of tRNA substrates defines specificity of dihydrouridine synthases.
pubmed doi rcsb
molecule tags Oxidoreductase
source organism Escherichia coli (strain k12)
molecule keywords tRNA-dihydrouridine synthase C
total genus 120
structure length 311
sequence length 315
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 1.-.-.-:
pdb deposition date 2015-02-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01207 Dus Dihydrouridine synthase (Dus)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.225.30 Mainly Alpha Up-down Bundle Bacteriocin As-48; Chain A Bacteriocin As-48; Chain A 4ycoA02
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4ycoA01
3OVQA 5AHNA 1OABA 1YPFA 4OU1A 3MO7A 3S5ZA 3NO5A 1HTIA 4TIMA 5DBTA 3TV8A 4O53A 5I3HA 3O06A 3DENA 3B05A 2DJXA 5DN1A 1X1ZA 4NJIA 5IBXA 1AMKA 3OVRA 1JJKA 3TCEA 2H90A 3QQ0A 3JS3A 3QPZA 1W5PA 2FPTA 2DJLA 4WOZA 1W1ZA 4XTDA 5EL1A 1ZNNA 4B5NA 3NL6A 1MZHA 1K8YA 3GKAA 1RV8A 1AL7A 3L5MA 3CT7A 3L9CA 3AO0A 4AAJA 3P8IA 4M6QA 3O1NA 2Q3RA 4IMFA 4IGHA 2V2CA 2WSQA 3TSMA 3NXFA 3DKLA 1NF0A 3HBLA 5D32A 2H6RA 1P4CA 1H7WA 3BVJA 1CW2A 3GNNA 3O8AA 2YDAA 1ZENA 3IIXA 3LTPA 2ZRUA 3QC3A 1ZAHA 4HNUA 3LERA 3A21A 3G3MA 2ZZ4A 3SZ8A 3W72A 1VZWA 1X6UA 4WXZA 5CZ0A 3ELFA 3LCIA 4QNWA 3NA8A 4CNOA 4CQAA 4R33A 2E09A 2C13A 2TYSA 3S9YA 3F03K 4NNCA 1IXOA 3GXPA 3S0CA 2HSAA 3FA5A 2ZDRA 3C2EA 4DF1A 4GFSA 4O1CA 2GVJA 4CCEA 5AN7A 1YTEA 4MJZA 2NZLA 1LM1A 3BARA 3C6CA 2QCDA 1OHLA 5G2WA 4AHQA 2PE4A 4MJMA 3G0UA 2A2IA 3R2GA 4RZ6A 2ZRZA 1DL3A 5EKYA 5C2XA 4JX6A 4JYFA 2NXHA 4FNQA 1H7NA 3TW6A 1KFBA 4IOTA 1GYNA 1IIGA 1JUBA 2NXGA 1KBIA 1OX4B 1TREA 2ZCGA 4O1DA 5D33A 2VXNA 4FNRA 2A7RA 4JY8A 1H63A 1TPDA 1BWLA 1UUMA 3BO9A 1G7VA 1MEIA 1TPUA 2OT1A 4OQVA 5BNKA 1JQVA 5CZJA 3G3DA 4GBUA 4I7UA 5D38A 3QMSA 3RK8A 4XBSA 3GYEA 1I2RA 3VE9A 5F1VA 1OYAA 2NV1A 3RFAA 3UY7A 4BI6A 3E9AA 3LGEA 2NX1A 5HWJA 4O57A 4UFKA 3BW2A 2YYTA 1AW2A 2X1SA 4XZ9A 3U2OA 3W1AA 3O15A 4XQ6A 4JX4A 4Y90A 5DLCA 5KINA 2BX7A 4MZYA 3ABSA 2AAMA 5FF7A 5AYXA 1VLWA 3DI0A 3NPUA 2QF7A 5KITA 1B3OA 1KV8A 3NQCA 2C3ZA 3R12A 3T78A 3VNDA 1TPH1 3IVUA 4O12A 3LV6A 2JBMA 3DXIA 4OGZA 3ZR4A 3W74A 4CNPA 1FWWA 1XUZA 4O19A 1LOSA 5CGQA 4IMGA 2WO5A 1EEPA 4RZ4A 4JTHA 2RDUA 4LNYA 4H6KA 2DZVA 3GX9A 1ADOA 1XBZA 4FEZA 4CQ9A 3CEUA 1VR6A 1ONRA 3G22A 4Z1CA 2R8WA 4FF7A 3L5LA 3KX6A 5CPNA 3QPYA 4HPJA 3EWWA 1VS1A 2GQ8A 2TRSA 1OFEA 5DCEA 2V30A 4MOZA 4AF0A 1NAL1 3DFOA 2QUVA 3NQ6A 3R8RA 3BK0A 4K39A 1SO6A 3IIVA 3QEZA 4O0ZA 3W2KA 3G0SA 3M47A 2WKJA 3SECA 3DU0A 1TCDA 2CZEA 1L6WA 1G67A 5D2TA 4UMAA 3W3OA 3PB0A 2GJNA 1QMLA 3P5ZA 5AHFA 3MI6A 5AC6A 3L5AA 3TXVA 4RK8A 4GNJA 2V82A 1KTCA 3UWQA 3EX4A 1H7RA 3UZ5A 1GVRA 1OF6A 2B7NA 3TJLA 2FB2A 4GWEA 5CSRA 3CIXA 5KMYA 1OF8A 1JCMP 2EPHA 3L2IA 2V0TA 2H8XA 1Z42A 3GDLA 4JTUA 1Y0EA 3IVTA 5K7JA 3PUDA 4EVZA 2RDWA 3S6DA 2QDGA 3QH2A 3W2UA 3SSJA 1H5YA 3THAA 3MW7A 2PCQA 3CLMA 4UC5A 1N55A 3GDRA 1T99A 4LVFA 3F4NA 3G1AA 4EIVA 1H7PA 3LHUA 3BG5A 1PHQA 1QNVA 3GDMA 1YADA 3STCA 1TSIA 1G4PA 1LOQA 2P1FA 4PA8A 4TU1A 4LVDA 4FNPA 1GTEA 3B0PA 2R91A 3FIGA 3TKFA 3DFPA 3F1QA 4RZ5A 3QZEA 4JIQA 4WOQA 4M19A 3PVFA 2HS8A 3C3NA 2C16A 4JR5A 3S5YA 3C8FA 3CB8A 3W75A 2X2GA 1VGAA 3B04A 5K4XA 1QO5A 3LM7A 3CIWA 3LBCA 1UBSA 3SR7A 2FTPA 3NQ2A 3L68A 4TMCA 2QKFA 1TTIA 3R5EA 1R2SA 3OEXA 2QCMA 1R47A 4HIBA 1GWJA 1PCKA 1HL2A 1KV5A 4GE8A 3PM6A 2ZYFA 3W1RA 4IMCA 4NT0A 3PAJA 5AYZA 2G97A 1XBVA 3EEGA 5I3GA 1G4TA 1T96A 3F4WA 4H3DA 3W1MA 2AQWA 1YDNA 3B06A 5C55A 5D2VA 2J9YA 3NL5A 3TR2A 4UTKA 2XFWA 1KFEA 1QFEA 1ME9A 3B8DA 2RH9A 3N34A 3NQDA 2V8ZA 1YYAA 1UASA 2X1UA 4UTIA 4IPIA 3M5YA 2J9ZA 4WY0A 2J27A 3EB2A 2NX3A 2OJPA 2ZFAA 1F6KA 3PBUA 2C18A 3WK3A 1FQ0A 3EXRA 3ATZA 2WV8A 3IGSA 1H1YA 3DGRA 4K6AA 1FCBA 4DBDA 4WXYA 4XKYA 1F7BA 4N6EA 1YTDA 3HO8A 2A4AA 4ZMGA 2YZRA 1TTQA 1ME7A 1GG0A 1TO3A 3UWVA 3WJZA 1TPEA 5DY3A 1IIHA 4EOUA 3RLUA 1LRQA 2Y62A 4CQ8A 1P0KA 3QM3A 3G24A 2ZRYA 4UUIA 5GVJA 4MY8A 3KAOA 2VENA 1D3GA 4AEOA 3W88A 1DV7A 5CG7A 4EWND 3GR8A 4JS3A 3NYZA 5G1YA 2RDTA 5EBUA 5AC8A 1WQ5A 4X22A 4UTWA 2Y6ZA 4LVGA 3E0IA 4GXMA 1LTDA 5FEXA 1EPXA 2NV2A 2EF9A 2CWNA 4O50A 2FLIA 4NJKA 3W7MA 4IX2A 4IMDA 5TQLA 5AHLA 4YLWA 5HUPA 3W1UA 1GVOA 1XBXA 3NZ1A 1OYCA 5L9FA 5ABTA 3N9SA 1SZEA 2PURA 1DORA 4UTUA 2CW6A 1OYBA 4QSHA 1H62A 1FWTA 3TXZA 1D9EA 2VFGA 3RLVA 3EX1A 4N6FA 3LI1A 1LZOA 4A3UA 2Z0IA 1S5TA 2CLFA 5BOOA 4I9AA 1YXYA 2A21A 3W07A 3RNDA 2V5BA 3DFQA 1RVGA 3LRMA 4BK9A 5HNRA 4PL2A 1T8XA 2DZTA 4NNAA 3TX9A 3NG3A 3QMRA 3UWUA 4IQLA 3OHIA 3HPXA 2Z2UA 1MO0A 2E6YA 3VFLA 1WYIA 1OFPA 3MMTA 3P74A 1DVJA 3DI1A 3KVJA 2ZZ3A 5EA9A 1SZFA 3N19B 3P60A 5DXXA 3FYOA 1FDYA 5D03A 2B0MA 2CLLA 3L0NA 5FF0A 2EKCA 2A7PA 3NGJA 4N9BA 3TH6A 3WJXA 1I2PA 3LTSA 3IVSA 2HMCA 1EA0A 5J5RA 4FX7A 2OMAA 3KRUA 2WNQA 3EKZA 4MVAA 4AWSA 5AHIA 3U8GA 1OFQA 3QQ1A 2Y63A 1W37A 2QJHA 4JICA 2W79A 2EGZA 1L6SA 1OX6A 3LHTA 1FXPA 5D09A 1JCYA 1G69A 1JVNA 2Y7EA 3EWBX 4JTLA 2VEIA 2JKEA 1BTMA 2YPIA 5HINA 1RQBA 2QCNA 5KZMA 3NQ8A 2A85A 1I2QA 2VELA 3FS2A 1F2JA 4RXGA 4EF8A 4KKXA 1XXXA 5AC7A 1O60A 4FHAA 3MP5A 4G1KA 4AHPA 2BTMA 5CPLA 3KVMA 1Q3NA 1SSGA 3HIJA 2DORA 3P82A 3M6YA 4QNEA 3PF3A 5CSSA 3G1HA 4DF0A 4FIQA 1L9WA 2Q8LA 1XCFA 2P0OA 3W2LA 3MHUA 3NAVA 1TPWA 2C1HA 5FF4A 2NUYA 2E68A 3LRKA 3VE7A 1M7OA 4E2DA 1TRDA 3KXQA 4Z0JA 3NOEA 3RU6A 1DBTA 3MYPA 4UXDA 1UUOA 1VC4A 3W73A 4N4QA 3TJXA 3QYQA 1FDJA 2QUTA 1FWNA 1MEWA 4K8HA 3CEPA 2E5DA 1ZJIA 1QR7A 2GVGA 3M41A 1W54A 3LXCA 1EUAA 1G4EA 4RX0A 4JY9A 4FB7A 2ZA3A 3BLIA 3GR7A 2YYUA 4TMBA 2V9DA 5D2WA 4I7VA 1QPOA 2B7QA 3LDVA 1EX5A 6TIMA 1EWDA 4CCDA 3HGOA 2F84A 3O6DA 2FQIA 1WXJA 4XBKA 2DU2A 2JGYA 2GJLA 1J4EA 3M7WA 4Y96A 3W1QA 4UMBA 2Y7FA 1LRNA 4TX9A 3M5XA 4WY0F 4E38A 3KVKA 3Q58A 1W8SA 2B7PA 4ZQRA 3PWAA 3STGA 3UYCA 3LHWA 3W83A 1Z44A 5FF2A 3NQFA 4Q32A 3BG9A 3P81A 1F5ZA 4IX0A 4H4IA 4TO8A 1SFLA 4KFPA 1JUEA 5BMXA 3I7QA 3W7CA 1OX4A 4LS1A 1EP2A 1YTKA 1XC4A 1XUUA 4Y9AA 3T4CA 2TPSA 1GVSA 3CC1A 1QAPA 4Z08A 3N14A 4YXGA 4ORIA 5K9DA 4PC8A 1AK5A 1ALDA 3S1UA 2GQAA 1JCXA 4A29A 3TIMA 1GVQA 5A5WA 1BEUA 3UXAA 4YMZA 1TB3A 3STFA 1EWEA 4Z1AA 1DQXA 4GUIA 3CHVA 4OWGA 3ANYA 4IUOA 4FO4A 3QSTA 4O17A 3WK1A 4BWLC 1UJPA 3E12A 2X16A 1YDVA 1JQXA 3FYPA 3M16A 1LORA 1VLIA 3BLFA 1OFBA 1RR2A 4JTSA 3QSRA 3LOTA 4UTHA 4YL2A 3ATYA 4HNNA 3Q37A 3MJYA 3L0GA 5EY5A 1SO5A 4D2JA 3QJAA 1WBHA 1WOBA 4QAIA 1M6JA 1F73A 5I3KA 3G1XA 1SZGA 5FESA 1XDLA 3KFTA 3NQAA 3JRKA 4DELA 4HPXA 2WPBA 3HB9A 3M5ZA 1DOSA 1XFBA 1O5XA 2X1RA 1BWKA 1KFLA 4BF9A 2X1TA 3P80A 1H51A 2WOQA 3D0CA 1PV8A 4BFAA 4NXKA 1CX9A 3Q94A 1EP1A 4HHPA 4AVFA 3EXSA 1VYPX 1MEHA 1QPNA 1ICSA 2VKZG 3SGZA 1W56A 1WX0A 2FFCA 2ALDA 4X3ZA 3USBA 2RKXA 3WJWA 1JCLA 4R7JA 2NUWA 1A5BA 2WNZA 5FEPA 1SR9A 4RR4A 2V2DA 2FPVA 3KRSA 3W1NA 4MLJA 5G2HA 4MFDA 2YW4A 5K9CA 3UXDA 4WZHA 1FY6A 1WBJA 4NNBA 2C6QA 4NJHA 3TMQA 1W5NA 3A5FA 3P8JA 3O05A 1PS9A 1RQHA 1SU5A 2QJIA 3W86A 3A24A 2Y7GA 2H3BA 3GAKA 4XWUA 5K9XA 1M5WA 4GC4A 3STEA 2WJZA 1FDZA 4MYXA 3RF9A 3W7GA 4DPQA 5C5YA 3BG3A 3WFAA 5LGXA 1ZHAA 1CI1A 3W7LA 5AYYA 5HWNA 1R46A 1X1OA 3TMLA 3WJYA 5D30A 2R14A 2NWSA 1EB3A 2QJGA 3P62A 1F05A 4MLRA 2QCEA 2GOUA 3W7JA 3LLFA 3TC6A 1MSSA 1IF2A 5IM51 3N3MA 5U7SA 2I1OA 2PRHA 5EPDA 1YXCA 3N9RA 1L2UA 2OT0A 1LP6A 3MBFA 4QM1A 4EF9A 3TW7A 1KTBA 4NXSA 3H55A 4QITA 3THQA 2KZHA 3NM3A 2C14A 3W22A 3SY5A 2VOMA 3FOKA 4A2RA 5IBXC 3LCHA 2RFGA 1SO3A 5LNUA 4LTSA 1SW0A 1ZALA 1FUYA 1OFAA 5H2ZA 1UB3A 3GXNA 3PR2A 1B57A 1ICPA 4LV9A 3DHFA 5EYWA 1OVDA 4NZJA 4X2RA 2A5HA 4HN4A 1TQJA 1VHNA 4JTJA 4AF0B 4ZZ9A 1A5SA 1DQWA 3P61A 2YW3A 4IMEA 3G8RA 5HR7A 3DBPA 1KLZA 4ADTA 2VFEA 1H61A 1GPWA 1K7XA 2BLEA 2ZA2A 4PODA 1I4NA 1LLWA 1Q45A 2OZ0A 3QF0A 1SFJA 1NFBA 3G18A 1PVNA 3SGUA 4AWTA 3OA3A 3PUEA 4M7TA 1YXDA 1GQNA 3H53A 4A2SA 3N2MA 4MZ1A 3FEMA 5CZTA 5G1TA 3BPWA 3JR2A 2UV8G 3ABOA 4Q33A 5G4EA 5CKSA 2ZZ2A 2YR1A 4O15A 2YXGA 1U83A 4A22A 1Z41A 1K7FA 3NEVA 1IXPA 1EIXA 3DAQA 4PL1A 2ZRXA 5F2IA 2VEKA 1ZY9A 3M44A 3QMTA 1SQ7A 2GVLA 1KM2A 1GT8A 1PE1A 1QWGA 5CZSA 2Z1BA 3C0JA 5T26A 1FCUA 3MWAA 1Q6RA 2E6FA 4IJBA 4DBEA 4AH7A 4UTTA 1B4EA 3SIZA 3MP3A 3PG9A 3LCGA 3ZS4A 5U4NA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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