4YMZ | Genus

Total Genus 90

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	90
sequence length	250
structure length	250
Chain Sequence	ARKTIIAGNWKMNLSLKEAVFLAHSIREKIPSISKDKVSMVFPSTLHLENVSKILEGSSVIVGAQNCYHSGLAAFTGETSPDQLKEIGVKVVMVGHSERRQFLGESNFFCNDKIRFLLKNEFTVLYCVGETLSERESGKTLEVLSSQIREGLKGIDSVFFSNLILAYEPVWAIGTGKVATPSQAQEVHSFIRKEISGLFVGASSISESISILYGGSVKPDNIQDLLKEKDIDGGLVGGASQKISSFAGLF

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Connecting Active-Site Loop Conformations and Catalysis in Triosephosphate Isomerase: Insights from a Rare Variation at Residue 96 in the Plasmodial Enzyme pubmed doi rcsb
molecule tags	Isomerase
source organism	Leptospira interrogans serovar icterohaemorrhagiae str. rga
molecule keywords	Triosephosphate isomerase
total genus	90
structure length	250
sequence length	250
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date	2015-03-08

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00121	TIM	Triosephosphate isomerase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	4ymzA00

3G1YA 1NAL1 2C13A 1P5BA 2YFNA 1GVFA 1GG0A 2E6FA 1TREA 4EF8A 1UBSA 1VHNA 1T0OA 3GDKA 3W7PA 3IIPA 1EIXA 3HPXA 4MYXA 4GUGA 3EWWA 1HUVA 2NUWA 2G96A 3TXZA 1YPFA 2H6RA 1LBFA 2Y7EA 4JR5A 2FPYA 4RJEA 2JGQA 3EKZA 4O18A 1SO3A 4O1CA 4AHOA 1IXPA 3NZ1A 4H4IA 4AEOA 1S5TA 4AH7A 3NO5A 3NR0A 4WOZA 3H54A 3O8AA 4DF1A 2YYUA 3PF3A 3A9IA 3W71A 1W1ZA 3NEVA 1TJRA 3QRHA 1ZHAA 3LRMA 3S0CA 1HFBA 2OT0A 5CZ0A 3DHFA 1M5WA 2OJPA 5F2IA 1H51A 1IIHA 2DZPA 3GAYA 1H7NA 4UFIA 5AHMA 5F2GA 1KA9F 3W85A 2QCDB 1JQXA 3V1PA 3GKFA 1HL2A 3PVFA 3BGGA 2D73A 4MOZA 2X1RA 2CZDA 4GUJA 1AL7A 4HNTA 3QPYA 2CZ5A 3MHFA 3MYOA 1DJQA 4ALDA 3IVSA 4K39A 4O1AA 2YR1A 3GB6A 5F2LA 3BW4A 2Y63A 2C16A 5U4NA 3MHGA 3N73A 4QISA 3GXTA 3G22A 1DJNA 4Y8FA 2E5CA 1GTHA 4HKPA 3UYCA 1GYLA 3W74A 2J88A 5FEWA 4YLWA 1H1ZA 4FIQA 1RPXA 5D2TA 2OZ0A 3LCHA 5FEXA 3IV3A 2PRHA 2CZFA 1RZMA 3LTYA 3DBPA 4JTEA 3LXBA 4CNNA 3SI9A 4OBTA 1S5VA 3QC3A 2YXGA 2RFGA 3C8FA 3VI2A 3G1VA 4S2BA 1DV7A 4Y96A 2PRMA 2TYSA 3HG2A 1J4EA 5EA9A 2ZRUA 4O54A 4QITA 2G5WA 3B05A 4AAJA 2C15A 3ZWSA 4HNUA 3FJLA 2ZZ3A 4W9TA 4JXCA 1QPRA 3MWAA 4IQLA 4WXYA 3BLIA 2X1UA 1ZFJA 4O28A 3TSDA 1XUUA 4PEKA 3DHDA 4AHQA 1SPQA 1H62A 4OQVA 3L5MA 4JX6A 3W2LA 5C2XA 1H5YA 1FWTA 3W87A 1UASA 3S8HA 1W5MA 3QM3A 4JTKA 1FBAA 3MHUA 3O6DA 1KFJA 1I2OA 4C1KA 4TMCA 2I14A 1OK6A 1LDCA 2RDUA 4ORIA 4HNVA 2HMCA 1K8ZA 4IGHA 4MYAA 3GK0A 2VEIA 4JDBA 3NQ7A 1LTDA 4GRSA 4QSHA 1K3UA 5AC8A 3IGUA 3MP4A 3LRKA 3Q37A 4MPQA 3NQ8A 4O19A 3B8DA 3A23A 1O94A 4UFMA 1SW0A 1OX4A 1AMKA 1LCOA 1MO0A 2DJLA 4GUFA 3GIYA 3NYZA 3BG9A 2EKCA 3BG3A 4O4WA 3OEXA 1LBLA 1GZGA 3L66A 3UY8A 4MY1A 4FEZA 5H2ZA 3HBLA 5AHIA 3V75A 3QSRA 3WJYA 3IVUA 3LBMA 3E02A 4R7JA 2J9YA 1A50A 2WNZA 4O14A 1FWSA 5BNKA 3PB2A 3DFNA 3NQCA 5AC7A 3W1TA 5IBXC 3LV6A 1WXJA 1KBJA 2A0NA 3T7VA 5K3VA 4POCA 1R2TA 3S1UA 1J2WA 2HS8A 1YDOA 4GC4A 4EWND 1KW1A 1KTCA 4O17A 3WK3A 4UFJA 2H90A 2VFFA 3KX6A 1YPIA 3KRSA 5U7SA 5E1QA 4KWVA 4UFLA 1UJPA 2RDWA 4N4QA 2DP3A 5K2ZA 1OHLA 1WAUA 4JTTA 3IVTA 2F84A 4WD0A 3HF3A 3LLFA 2ISVA 3ABOA 3SGZA 2VEPA 3UXDA 4MY9A 2VOMA 4JX4A 3KRZA 3LCWA 1B4KA 1SR9A 3LCLA 3C2OA 4EOUA 1EP2A 2CWNA 1FCQA 3C2RA 2JBMA 5LNWA 1LOQA 1C8VA 1Z48A 2TPSA 3NQFA 5I3GA 1NSJA 1X1OA 1I4NA 4D2JA 1K02A 3RLUA 4C1LA 3A5VA 3GNDA 4Z0JA 3N3MA 3LB0A 1PE1A 4Q33A 4JTUA 4O10A 5F1VA 3PSWA 3UZJA 2DZXA 3BG5A 4CLMA 3LTSA 5AC6A 4K6AA 3EWZA 5FF2A 1EB3A 4AF0B 1G4TA 1YXDA 2CLOA 1K7EA 5G1YA 3LHWA 4M6PA 1Z44A 1H7WA 1EWDA 6ALDA 1VYPX 3GXNA 3OHIA 3TXVA 4AB4A 3PBWA 2YFOA 4Z1AA 2CLEA 2C19A 4IXXA 3STEA 1SZEA 1KLYA 3P5YA 3QSTA 3KAOA 2GVJA 4RZ5A 5LKYA 1GVOA 2CW6A 2J27A 4IMGA 1JRBA 3GZ3A 1TPFA 2CLFA 3OBKA 4HN4A 4B5NA 4JIQA 3TQVA 1G4SA 3BARA 4LVFA 2GQ9A 1PIIA 2W6RA 3VFLA 2HTMA 1TTQA 2W79A 1FX6A 2Z2UA 1XM3A 1ICQA 3B0PA 3O1NA 2O7SA 1K7FA 4HSOA 4X22A 2B7PA 4O15A 1M7OA 2XN2A 3TC7A 1FCVA 2FTPA 1KFKA 1W54A 4FX6M 5C55A 2VFIA 4IMCA 3NXFA 4NXSA 3NQGA 5DN1A 1A5SA 5HR7A 3NQ6A 3P74A 3QW3A 3N9RA 1PVNA 4OU1A 5DY3A 1LLZA 1SW7A 3LCIA 3SR7A 1UUOA 1LROA 4FX7A 3QPZA 3UZ5A 2E5BA 3NPXA 3NL2A 1DOSA 2NWRA 2VXNA 2E5DA 3PUEA 1KM5A 2JGYA 2QJHA 1NF7A 3NA8A 3DFPA 2X1SA 1H7OA 1CX9A 3DGRA 3EWXA 4ZQPA 3OVPA 5I3HA 1VCFA 1S5WA 1ML1A 4OGZA 2A21A 1FWRA 5FF3A 3USBA 4WXZA 1JCJA 4WY0A 1GVQA 3LTPA 4R34A 4XTIA 2YYTA 3PB0A 1TYGA 1JCNA 3F4NA 3M5ZA 1WQ5A 1UUMA 4IMFA 4K36A 1W0MA 4XKYB 4YMZA 3KVJA 3W1UA 3M16A 3HB9A 3QEZA 4Y6GA 2A7RA 3W23A 1W37A 3M47A 1W3TA 4QNWA 4UTUA 4UR8A 1JCXA 1O5KA 3G1DA 4NUWA 4Q4KA 4UNLA 3LBCA 4O53A 3CM4A 3O6YX 5IM51 4HT3A 3IGSA 4R33A 5AYYA 1QO5A 3ABRA 5DXXA 1X7FA 3TFCA 3HG4A 3P7YA 4M5PA 2VFDA 3HPSA 1W31A 2QDGA 2Y62A 2ZRVA 1O60A 1H63A 3C52A 3T40A 5AB3A 3JR2A 1JUEA 1K03A 1L6WA 1XFBA 2B7QA 2P0OA 1VPXA 1OF8A 4CCCA 1OK4A 3LV5A 1Q6QA 3CU2A 5HUPA 3TAKA 3P62A 1NEYA 4IPIA 2ZTJA 4K7VA 3W1AA 4E0CA 3BW3A 5K9CA 1OX5A 2VELA 2ZRXA 1TV5A 5HR6A 5BW6A 3P5ZA 5F4WA 3KXQA 1G4EA 4ADSA 3EWUA 4OT7A 3N2XA 3MBDA 1WYIA 2XN1A 2Q8LA 1ZNNA 4L4LA 2Y61A 1PCWA 2J9XA 2NX1A 1VH7A 3PAJA 3STFA 5KITA 2ZZ4A 3M43A 1GPWA 4ZQNA 5I3FA 1TCDA 2A7PA 3W1XA 1WDWA 1EPXA 3SZ8A 4ONVA 2YW3A 3TQKA 3EXSA 1UCWA 3GDMA 4ZZ9A 1WV2A 3W7MA 2ZZ6A 4FXRA 3QMRA 3GYEA 4IPJA 5BMWA 1ALDA 4NNCA 1GTEA 4OE7A 4CQ8A 3I65A 1DL3A 1SSDA 3M7WA 1TPB1 1AW1A 1TPUA 4FNSA 1KV8A 1DQWA 1D9EA 3UWUA 4DBEA 1WBHA 1MSSA 5DLCA 1PL9A 1QAPA 1H1YA 5J5RA 2QCFA 4PTNA 3PS7A 4LY8A 2V30A 3DI0A 3RK8A 4UTMA 1FUYA 4BWLA 3FLUA 1GG1A 1ZY9A 4AWSA 5CSRA 3MUXA 3O05A 1W56A 2X16A 4TR9A 1JCMP 3DXIA 3KFTA 4ADUA 5HNRA 1IIGA 3HOJA 3L68A 2O7QA 3L5LA 5G4EA 3BV4A 3PR2A 4E38A 3UWYA 2VC6A 1DORA 1QMLA 4XBKA 3G8EA 5CPOA 2NXIA 4LT9A 3KVMA 4FHAA 2FPVA 1TRDA 5L9FA 1YTDA 1X6UA 1WA3A 1VQTA 1LRTA 3L65A 4QAIA 1F74A 3W72A 3NZRA 3GDTA 1A53A 2VFGA 2A7NA 1FWNA 2PURA 4LS1A 4DF0A 1O5XA 3S1WA 2A1YA 4O1BA 3VE7A 5EL1A 4AVFA 5AHLA 5EYWA 2YDAA 1XBYA 4ZQRA 2Y7FA 2V81A 1W5QA 1QO2A 2QCLA 3PUDA 4IMEA 2NUYA 4O11A 4UTWC 4AXKA 1F6KA 4NJIA 4RR4A 1HO1A 4A21A 5DBTA 4WUIA 4PL1A 3NL6A 3UWQA 3CIXA 1Q3NA 4CNOA 1SFLA 4RZ6A 1V5XA 1BEUA 2J24A 4NU7A 1F2JA 5KMYA 1QPOA 2WNQA 5TBOA 1XBVA 3NOEA 2E6DA 3EXTA 4AF0A 2QCNA 2RHGA 4MIMA 3FIGA 4NNAA 3BVJA 3W3OA 2QR6A 4BI7A 4MLJA 5DCBA 1RVGA 2ZCGA 5D30A 3N2MA 3LHTA 4UXDA 2QUUA 4RLIA 4EVZA 3S5ZA 2CZEA 4S2CA 3I6RA 3TQ0A 3ANYA 2BSLA 4KFPA 3YPIA 2QCEA 4P2VA 1TPEA 3TA6A 4CQ9A 2WKJA 4RK8A 5CPMA 1PHQA 1VC4A 1OFQA 4LS2A 3O06A 1M7PA 1XKYA 3CIWA 3LOTA 2WQPA 1G67A 4KFOA 4JTGA 3UNDA 2WSRA 1EWEA 2HS6A 4OV9A 5G4WA 1LORA 1H7XA 2QCGA 4PA8A 1GJPA 1JRCA 3O63A 4JYDA 1KFLA 3DKJA 4NZJA 4UMCA 1NF0A 3QFEA 4JS3A 3QJAA 1EX5A 4BF9A 4BI6A 4NX5A 4RV8A 4RXGA 3P67A 2QUVA 5CZTA 3W7IA 2VEKA 4HHPA 4A2RA 1FXQA 5EKYA 3G1FA 3MI6A 2FLIA 2YSWA 1MXSA 5G5IA 5HQEA 1KM2A 3W1NA 4ZMGA 2C14A 1WOBA 5D02A 4LTSA 5A8GA 4WY0F 4YWIA 5HMSA 5K9XA 4BWLC 3QMTA 1KM0A 1TSIA 5G2HA 5KZMA 4JEQA 1N55A 3GAKA 2CLKA 5DXYA 1P0KA 1KLZA 1OFBA 2TRSA 3M41A 3GXPA 3B0UX 2C0AA 3L0GA 3NVTA 2EAWA 3NPWA 3TV8A 1W3NA 4PODA 5L6UA 4JY9A 3L21A 2B0MA 5D04C 3NL5A 3FEMA 3FKKA 1L2UA 3R13A 3TX9A 5BMXA 5CGQA 1KV5A 3QQ1A 1L9WA 1D3HA 4O52A 1G6CA 1YYAA 4QQ3A 4WQ6A 1JCYA 3SJ3A 3RF9A 2GUUA 4LUIA 1KFBA 3G8RA 2A85A 4UNKA 2NXGA 1LZOA 1I8JA 1LP6A 2Z6IA 3WFAA 5K4ZA 1KTBA 1OX6A 1P1XA 3HPZA 1H60A 5G2IA 5GVJA 3P82A 4Z1DA 4JTLA 4MZ8A 3W7KA 1MEIA 3LHYA 3TDFA 4JYFA 4BR1A 3WK0A 3JS3A 4LC8A 1VR6A 4ZQOA 4NJGA 5TIMA 5I3KA 5SWUA 2Y85A 3B0VC 4MFEA 1JQVA 1QDSA 3S6DA 1VRDA 4LU0A 4IMDA 4MFDA 1A5AA 2ZFAA 4X3ZA 5AHFA 2NUXA 1H7RA 3QMSA 2FIQA 1B3OA 3NL3A 1W5PA 1SZGA 2VFEA 1TTJA 1B9BA 2Q8ZA 2ISWA 4X2RA 3UQNA 1LLWA 4MJZA 4NJHA 1R30A 3CWOX 3EX1A 2AQWA 4GWEA 4PL2A 1OVDA 5FF4A 4U4MA 1XC4A 3G3MA 2OX1A 4NQ1A 2GVLA 3TW6A 4I7UA 3A5FA 3TU9A 1AK5A 2BTMA 4JYEA 3CQ0A 3W2NA 3ABQA 3W2UA 2CFFA 3FS2A 1FCBA 1JVNA 4I7WA 3R89A 1O4UA 5D05A 4JNMA 4JGDA 4S1FA 2I1OA 2ABAA 3P61A 4UFKA 1JUBA 2ZA1A 2XN0A 4K8EA 3E12A 3QF0A 1LOLA 1EP1A 1VHCA 2PC4A 2Z1BA 4LWWA 1HTIA 2GJNA 3G3DA 3NQ2A 4N6FA 4N9BA 3TJXA 1QWGA 3EWYA 4A29A 3HMJG 4LNYA 3UPBA 3TSMA 3TKFA 2CLIA 3W7DA 2C18A 4GBUA 1ICSA 5CZJA 2CU0A 3EX6A 3P80A 4DXVA 2CLLA 3GNNA 2C3ZA 3AO0A 2ABBA 1OFDA 3GR8A 1KM6A 1TIMA 1P4CA 5DCDA 5K9DA 3NDOA 3DFTA 1YXCA 3JRKA 1OYCA 3DENA 4UMBA 1EA0A 3M5YA 1RR2A 2E68A 5AHEA 4ADTA 3EXRA 1MEWA 1TRIA 5EBUA 4AHPA 3G1AA 4O57A 3BK0A 1F05A 4FNRA 1ZAHA 3EWBX 4K8HA 4LC6A 3W2KA 1ZJIA 3RLVA 5D38A 3G24A 4ML9A 3GDRA 1R46A 2H3BA 4IX0A 4Z1BA 3MMTA 1ZAIA 3HJZA 3THAA 2EHHA 3N19B 5D2XA 5CPLA 2QF7A 4TX9A 5KZDA 2BWGA 4QJ1A 4O4VA 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3KVLA 2V2CA 2ZA3A 3ATYA 3CWNA 2YZRA 4XUGA 3CEUA 7TIMA 1K8YA 3WK1A 1BTMA 3KRUA 3A24A 4NX0A 1LOSA 5FESA 1TO3A 1U5JA 3WJWA 5F4SA 4MUZA 1NVMA 3LGEA 3MYPA 3NQEA 2BX7A 3F03K 3TC6A 1BWKA 3O15A 3DAQA 3UPWA 3UWWA 4M19A 3UXAA 1G69A 5LNVA 3NNTA 1W3IA 3CEPA 3VKJA 3M0ZA 1FQ0A 3HQ1A 4KWWA 3M9YA 4O16A 5F4XA 2Y7GA 1OJXA 4JD4A 4K37A 3Q2DA 3W9ZA 2DZSA 5F1UA 5E0KA 4JIPA 1SUXA 1W5NA 1MEHA 3STCA 3VCRA 4GE8A 1THFD 1HO4A 2QAPA 1LRQA 2ZBTA 2Y88A 4N02A 5FF7A 3I68A 3IEBA 2UV8G 4JTJA 1QNVA 1DBTA 3LM7A 3PULA 3BPWA 1S3HA 4LRTA 2ZZ2A 2GVGA 3W07A 3NG3A 2QAFA 3STGA 2A5HA 1Q6OA 4HPJA 1N8FA 1XL9A 3F1QA 3HGSA 4IWWA 5CSSA 1AW2A 3QYQA 3LCGA 3CB8A 2Y89A 1VS1A 2ATSA 4M6QA 3HGOA 2ZTKA 1Q6RA 1RQHA 1I2PA 3W83A 2C6QA 2OT1A 3OVRA 3M5VA 4TIMA 3ZFHA 4XWUA 1SO5A 3MBFA 2Y7DA 2A6NA 1F73A 4Z1CA 4Y90A 3FKRA 1E51A 4FX8A 1W5OA 4TO8A 2BLEA 3FYOA 5AYXA 3A22A 3IIXA 3OA3A 3LI0A 1P0NA 1WX0A 2B7OA 2VKZG 1SSGA 4N9DA 4H3DA 4GUHA 3QH2A 5D03A 2WJZA 3TE9A 4QIUA 1VZWA 2X2GA 2V82A 4GXMA 4UTKA 5IBXA 4EF9A 4BFAA 4JTFA 1K7XA 2GOUA 3TSBA 2NX3A 3N14A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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4YMZA

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