4YMZ | Genus

Total Genus 90

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	90
sequence length	250
structure length	250
Chain Sequence	ARKTIIAGNWKMNLSLKEAVFLAHSIREKIPSISKDKVSMVFPSTLHLENVSKILEGSSVIVGAQNCYHSGLAAFTGETSPDQLKEIGVKVVMVGHSERRQFLGESNFFCNDKIRFLLKNEFTVLYCVGETLSERESGKTLEVLSSQIREGLKGIDSVFFSNLILAYEPVWAIGTGKVATPSQAQEVHSFIRKEISGLFVGASSISESISILYGGSVKPDNIQDLLKEKDIDGGLVGGASQKISSFAGLF

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Isomerase
molecule keywords	Triosephosphate isomerase
publication title	Connecting Active-Site Loop Conformations and Catalysis in Triosephosphate Isomerase: Insights from a Rare Variation at Residue 96 in the Plasmodial Enzyme pubmed doi rcsb
source organism	Leptospira interrogans serovar icterohaemorrhagiae str. rga
total genus	90
structure length	250
sequence length	250
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date	2015-03-08

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00121	TIM	Triosephosphate isomerase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	4ymzA00

4JYFA 4LWWA 1ZENA 4IQLA 4PTNA 1GVQA 4UNLA 3PG9A 3L21A 3EX3A 3NR0A 2E5BA 2QKFA 4M7SA 1W8SA 5HULA 4MFEA 3TR2A 1R46A 1Z48A 2YW4A 4O18A 3B4UA 3GDTA 3EXRA 4XKYA 4EWND 3HOJA 3MW7A 5J5DA 1IIHA 3CLMA 3DH7A 2CLOA 2Y85A 3QF0A 4NJHA 4OBTA 1JUKA 3MI2A 3STCA 3U8GA 5LKYA 4WZHA 4AH7A 3TJXA 5C54A 3OVRA 4GUIA 2A7RA 4Y6GA 3TXZA 4JICA 3M5ZA 2QEZA 4Q32A 4LV4A 1JUBA 4RV8A 1LP6A 3LRMA 3LOTA 5FEXA 5AHIA 4QAIA 3GXPA 3LX9A 3WFAA 1LBLA 5DBUA 3JS3A 1ML1A 3STEA 3W2KA 3FKKA 1HO4A 1M5WA 2Y7FA 1LROA 4JX4A 1YDVA 4BF9A 2PRLA 3NQGA 4MLRA 1RQEA 3RFAA 4M6PA 3LERA 4WY0F 1LBFA 1VJIA 5C55A 3IEBA 3EX4A 3W1LA 3PC0A 5HWNA 2CLLA 1TQJA 1V5XA 3CWNA 2V5BA 1OVDA 3KHJA 4JTIA 4LRTA 1SO5A 1VZWA 3NQCA 3GNDA 1F05A 1VR6A 3AJXA 4LS2A 3PF3A 5G1YA 1KTBA 4TU1A 1Y0EA 3N19B 4OV4A 3PULA 3W73A 1M7OA 1WAUA 2ATMA 1MZHA 4BI5A 1W5PA 1TO3A 4GBUA 4O0ZA 4EIVA 5FF2A 4XTIA 3R89A 3HGJA 4PC8A 4JYEA 3H54A 1TPC1 3KFTA 2XN0A 4KFOA 3EKLA 1TV7A 2C16A 1JCXA 4WD0A 3HG3A 3DHDA 3LCIA 2ZQ0A 2E6AA 5K9XA 1KM2A 3G1XA 2YFNA 3PWAA 1PHWA 1W3IA 5D37A 3RNDA 1SZGA 1W1ZA 3W1XA 1X8FA 1KLZA 3GLCA 1VYSX 2F84A 4FNQA 3W07A 3UY7A 3NPXA 1PS9A 2Z1BA 4ZQRA 1GT8A 3NPVA 3P74A 4Q4KA 1VYRA 1F7BA 3TQVA 3W2LA 1H60A 3WJXA 1ICPA 1YPIA 1A5CA 1TREA 5F1UA 5F1VA 5KITA 4JX6A 4QNEA 2FB3A 3TV8A 2VFDA 1FXQA 2WOQA 3FOKA 2J6XA 4HHPA 2EF9A 2J24A 4LV9A 1W3NA 2NUYA 3ABOA 3DFPA 5CZ0A 3LTPA 1WBHA 3FYOA 2RHGA 2BXVA 1FWTA 4FX8A 2JKPA 2JKAA 3NPWA 1L6SA 1UUOA 4UTJA 5E0KA 1R47A 3BK0A 2CLFA 3MP3A 1HO1A 1S3HA 3THQA 3BARA 4NJGA 3UWZA 5KINA 3GXTA 4JTTA 1YDNA 3KRUA 1I2PA 3NG3A 2OX1A 2J88A 3RF9A 3W22A 1TTIA 1KBIA 4O11A 1IF2A 3N2XA 2YSWA 3NAVA 2X1TA 2ZCGA 4NNCA 3BVJA 1LLZA 1TTPA 1HTIA 1JCNA 2WSRA 1QDSA 4H4IA 1OHLA 1I45A 1OYBA 4QISA 4XBKA 3NZ1A 3D0CA 5IBXA 3MHGA 4JDBA 3DHFA 5F4WA 5BMWA 3A21A 2HS8A 5TQLA 1SFJA 2CWNA 2BLEA 3TSMA 2Q8ZA 3LHYA 2V81A 4JTKA 4UMAA 4NUWA 4CCCA 1LRTA 3CHVA 3IGXA 3G0UA 5G1TA 1AL8A 2ZYFA 3TUUA 1W5NA 3O63A 3PBVA 4LVBA 2AAMA 2E09A 1EX5A 3DFSA 5C5YA 3DFOA 1GZGA 2A5HA 2E5DA 3W1RA 3G1SA 5HNRA 4O1CA 1P4CA 1WA3A 5CPMA 1OF8A 3BLEA 5LZLA 2FB2A 4NJJA 2YYTA 2WNQA 4B5NA 1C8VA 2NX9A 4XUGA 1GYNA 5D33A 1JQVA 1SW0A 1QMLA 1H7XA 3ATYA 1IXPA 3LV6A 1W0MA 1NVMA 1FUYA 3VE7A 2DZXA 5CZSA 1VH7A 4IOTA 4BK9A 1G4EA 3P61A 4NJIA 2BZNA 1O60A 4R33A 1OFBA 2CZDA 1G6CA 3VCRA 3K30A 4Z1CA 4GRSA 3U6WA 4DPPA 2J9YA 5A8GA 4JY9A 3WK0A 4DO4A 5CPOA 2D73A 1K8XA 4PFMA 4K36A 3IIPA 3NZRA 4ADTA 4LT9A 2E6YA 2LLEA 1VHCA 1FX6A 2YPIA 3GB6A 2Z6JA 1EUNA 4MYXA 1KTNA 2G97A 4IX0A 3EWWA 2Y63A 3LHZA 3OVPA 1LRQA 4WXZA 3NYZA 1KLYA 1YXYA 1B57A 2NUWA 1W31A 4O1DA 3R12A 1Q6LA 2GVLA 1A53A 2CLHA 3IVSA 5LSMA 2ISVA 6ALDA 1EP1A 2X1UA 5EKYA 3W72A 1A50A 3NQ7A 1KFCA 3LCGA 4AF0B 3W2JA 1OYCA 5F2MA 3TMQA 1G4PA 1F6KA 5EMUA 4LUJA 4O54A 1NF7A 3SW6A 3WK2A 4M6VA 1EEPA 1TPH1 4LRSA 3E0IA 1TRIA 5I3HA 3W1TA 3N73A 4NX5A 3VE9A 5U7SA 3TX9A 3NQDA 4IMFA 2WNZA 3N14A 5FEPA 3CEUA 3C8FA 3MUXA 1TJPA 4BWLC 4BR1A 4IMCA 5HINA 4GXMA 1KV8A 3GVGA 1LZOA 3ELFA 1N55A 3PBYA 4CLMA 1UJPA 3IRDA 1K3UA 3A24A 4R7JA 2QDGA 2GJLA 4WOZA 2GVGA 4ZVJA 3EX2A 3SFKA 1VLIA 1GVRA 4QSHA 3NM3A 1RR2A 3U2OA 3S1XA 2C0AA 3S8HA 3T44A 1GWJA 4YCOA 2NXHA 3WJZA 1QOPA 3IIOA 4JIPA 4RZ6A 2ZA2A 4FNTA 2VEMA 2Q8LA 2YGYA 1KTCA 3EWXA 3TW7A 2YYUA 3QSTA 3P81A 4YCPA 3EX1A 2ZDRA 3O1NA 4ALDA 4JIQA 4POCA 3S0CA 1BWKA 1LOQA 3UWYA 2ZA1A 2ZZ2A 1PHQA 3NQ2A 3G8RA 3CT7A 3PG8A 4H3DA 3LCWA 4IUOA 4ORMA 4FXRA 1GVFA 3VFLA 1L2UA 1J2WA 4RLIA 4M5PA 5I3IA 2CU0A 3TE9A 1S5VA 1K02A 4UTWA 2FIQA 2WO5A 3PUDA 5LGXA 1G4TA 5CSRA 2Y7DA 2FFCA 2V30A 3L0NA 3NPUA 3THAA 5AHLA 3H53A 3DZ1A 2XN2A 1G67A 4WJEA 1HG3A 1VC4A 1N8FA 2RFGA 5CZTA 3LXAA 1HL2A 3TKFA 3ZR4A 3W1QA 3CB8A 1SSDA 3DI0A 2JBMA 5D2XA 4LUIA 5D2TA 4FIQA 2QCNA 4ZQOA 1KM3A 5HMSA 3G3MA 5G2HA 3L5LA 1FWSA 2Y7EA 2WSQA 4S2CA 3N9RA 3PS7A 3RMJA 1WDWA 2V2DA 3I7QA 3LCXA 5K9DA 2Z6IA 5H91A 1RQHA 1H61A 2R8WA 4IMGA 4JTHA 3TAKA 1VCVA 2OCZA 3C4UA 1KM5A 2ZRWA 1EP3A 2JK2A 3S5OA 1YTDA 1QO5A 1O95A 3BLIA 5F2LA 1VS1A 1QR7A 1MEHA 1W5OA 2XN1A 3G1DA 3G1AA 3UQNA 3T55A 2CLKA 1WOAA 4E0CA 4UTKA 4OV9A 4DO5A 4FB7A 3LHVA 2E5CA 5HR7A 2WV8A 1YADA 3PBUA 1H63A 2QJGA 4IXXA 3SJ3A 2QCDB 2NXIA 5LHFA 3G0SA 5AFDA 1K8YA 5G4WA 4JY8A 2X16A 5AC6A 5FF7A 3LXCA 2ZTKA 4O12A 5HR6A 4ICNA 4YLWA 3FYPA 4UTUA 2PCQA 3KOFA 4RXGA 1EPXA 1DJQA 4UCGA 4WQ6A 1RQBA 2FDSA 3JR2A 2UV8G 3USBA 2OZ0A 2ZZ6A 4RJEA 4N9EA 4JTLA 5EL1A 4YWIA 1OFDA 2A1YA 3UWQA 1PVNA 1YYAA 5AHMA 1K7XA 3BG5A 1QAPA 3ZFHA 4O50A 3RLUA 1XDMA 3I65A 1XUZA 2A7NA 4JNMA 1BWLA 1SPQA 2C1HA 5EPDA 2Y88A 5K7JA 1SO4A 1R2SA 4HSNA 3LBMA 3QFEA 3CQ0A 4ML9A 4FXSA 1P1XA 1QPNA 3CIXA 3MBFA 1TPDA 1DV7A 4JEQA 3BW3A 2JKEA 2H3BA 1A5BA 1H7PA 4K8HA 4IGHA 1THFD 1VQTA 3CC1A 1SUXA 2G95A 3MWAA 1XBYA 3E12A 4HSOA 4Y96A 4XZ9A 2VENA 4HKPA 4N9BA 4Z1DA 2JGYA 2B7PA 4FEZA 1AL7A 2QUVA 3GK0A 3LRLA 4ZZ9A 3GDKA 1Q45A 1UB3A 3RLVA 4O1BA 1DJNA 3O06A 2AGKA 1XM3A 5D2VA 4C1KA 1YXCA 5F4SA 1SW3A 1MEWA 4NXSA 4JTSA 4PL2A 5AB3A 1OF6A 3FIGA 3P84A 3R5EA 4GFSA 1ZJIA 2QJHA 2RKXA 1XXXA 1G4SA 4QIUA 1FDZA 4MY8A 4O28A 4HNVA 3NXFA 2C18A 1JVNA 4M19A 2YW3A 3EWYA 5D02A 2VFFA 4P61A 3LCHA 1LYXA 3WK1A 1S5WA 5LNWA 1I4NA 1K7FA 1ZY9A 2ALDA 2Q3RA 2W0UA 3I7SA 4HNNA 3W7DA 4JTGA 3V75A 2QR6A 3NQEA 3W1NA 5KZMA 4WY0B 4CQ8A 4GWEA 3LCFA 4WX2A 2Y62A 1XFBA 3GIYA 2EPHA 5GVJA 3OBKA 2NV2A 4UTMA 1IGSA 2ZRZA 3SSJA 3QW4B 1OX6A 2BSLA 3KAOA 3MO7A 5BOOA 2EKCA 2C19A 1X7FA 5TIMA 4MZYA 3UXDA 2PC4A 2Y7GA 3CIWA 3C0JA 3UZ5A 3W74A 1I2QA 1NF0A 5I3FA 1UCWA 3TMLA 4FX6M 4JD4A 4M7TA 4L4MA 1ADOA 1GTEA 3W87A 3OA3A 3TW6A 2FTPA 1GOXA 4QITA 1KA9F 1ALDA 4Q33A 1L6WA 3EWUA 1PV8A 2GPTA 1DKWA 5LNRA 3I68A 2FPTA 3W70A 1XDLA 5D38A 1E51A 2C15A 3GDLA 3IVUA 4JTJA 3W1MA 2DORA 4I7WA 4N9DA 4LS0A 3BG3A 3E9AA 3P60A 4JTFA 4OWGA 1T0OA 2P0OA 2YXGA 2QCEA 1TIMA 1O5XA 4GE8A 4IMEA 4PEKA 3M16A 3ABQA 4WXYA 1ICSA 3M47A 2ATSA 4ZMGA 3DFQA 1H7WA 1H1YA 3SI9A 4I7UA 1VCGA 4AHQA 4EF8A 1V7YA 1IIGA 2BTMA 3QJAA 4ONVA 4K38A 2RDTA 2YR1A 2Y6ZA 2R94A 3LLDA 1UBSA 4O53A 3MJYA 2VEIA 1NAL1 1KV5A 3NQ8A 3NQAA 1VGAA 5CG7A 3IGUA 4QNWA 1YDOA 5AYZA 4AVFA 1PL9A 3A9IA 3UYCA 3Q94A 2NWSA 5AC7A 2H8ZA 5G2IA 3RU6A 1TPB1 3P8IA 5G4EA 3LI1A 1VCFA 1D3HA 3CTLA 1QWGA 4MIMA 3IIZA 1B3OA 2V2HA 3L68A 2V2CA 1W54A 3OHIA 2Y70A 2C3ZA 5U4NA 4H6KA 2EGZA 4ZQCA 1C29A 4NXKA 1Z41A 4IPIA 3B04A 3EKZA 1FCBA 5HJLA 2ABAA 1KBJA 3IVTA 1LCOA 3TH6A 1GTHA 5AHNA 5SWUA 4K37A 3G22A 2OT1A 3GKFA 3PUOA 4KWWA 2J9ZA 1I2OA 3NL2A 1QPOA 2GJNA 3H55A 1KFKA 3MYOA 3OEXA 2FPYA 2WSYA 1TV8A 1GQNA 2A7PA 1QPRA 3UNDA 1KM0A 3OIXA 3S5ZA 3R13A 5D09A 4DF2A 4O13A 2V8ZA 1L9WA 3UZJA 1FQ0A 1I2NA 4DEFA 3HGOA 1GVOA 1BEUA 3HF3A 2YZRA 4Y8FA 2X2GA 3NM1A 4MVAA 3LHWA 1JQXA 1R30A 3G18A 4CNPA 2V9DA 2ZRUA 4TX9A 3W88A 4HT3A 5DCEA 3QC3A 1SR9A 1RD5A 4Y90A 5BMXA 1O5KA 3PBWA 4K7VA 3MBDA 3S1VA 3DXIA 4D2JA 2WJZA 5CKSA 1TPEA 4CQAA 1G69A 5IBXC 2QCCA 3S5YA 4L4LA 4QJ1A 4YMZA 2BX7A 2PRMA 3MI3A 1ZALA 3ZWSA 3P5YA 1F74A 1XC4A 3GYEA 5T26A 5D05A 2TRSA 1XUUA 4DO6A 1JCMP 1OFRA 4Y9AA 1FCQA 4P2VA 5I3JA 1JRBA 3MMTA 5D2YA 1JRCA 3BG9A 3GR8A 4K6AA 3TC7A 4TO8A 3G0XA 4I9AA 4DXVA 4Z1BA 4NZFA 5D03A 4X3ZA 2KZHA 3L0KA 2TSYA 5DXXA 1W3TA 3OVQA 3M41A 2QUUA 2FQIA 1UUMA 4GUFA 3KVLA 1RPXA 3STGA 4RK8A 4MPQA 4OE7A 1OX4B 1QOQA 2ZTJA 3ABSA 4DPQA 1FWWA 3UWWA 4HIBA 4JX5A 1CW2A 2X30A 3NQ6A 3QPZA 2NX3A 1XL9A 5LNUA 3G1FA 5KZDA 2VELA 3EWBX 5LHEA 4KKXA 4IMDA 3TDFA 4O0KA 3SGUA 1H51A 1WQ5A 2CZEA 1VLWA 4GUJA 1IXOA 4HN4A 4LC8A 3W7IA 3Q37A 4DQWA 4RCXA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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4YMZA

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