4YWI | Genus

Total Genus 92

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	92
sequence length	247
structure length	244
Chain Sequence	ARKYFVAANWKCNGTLESIKSLTNSFNNLDFDPSKLDVVVFPVSVHYDHTRKLLQSKFSTGIQNVSKFGNGSYTGEVSAEIAKDLNIEYVIIGHSERRKYFHETDEDVREKLQASLKNNLKAVVCFGESLEQREQNKTIEVITKQVKAFVDLIDNFDNVILVYEPVWAITTATPEQAQLVHKEIRKIVKDTCGEKQANQIRILYGGSVNTENCSSLIQQEDIDGFLVGNASLKESFVDIIKSAM

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Isomerase
molecule keywords	Triosephosphate isomerase
publication title	Connecting Active-Site Loop Conformations and Catalysis in Triosephosphate Isomerase: Insights from a Rare Variation at Residue 96 in the Plasmodial Enzyme pubmed doi rcsb
source organism	Plasmodium falciparum
total genus	92
structure length	244
sequence length	247
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date	2015-03-20

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00121	TIM	Triosephosphate isomerase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	4ywiA00

5CSSA 1I4NA 4O1CA 3W1NA 4JYDA 3UNDA 1X8FA 4DF2A 3V1PA 3Q58A 2NWRA 5FF4A 3QF0A 3TJXA 5AN7A 3DENA 4LW7A 3PY2A 3LOTA 3LV6A 3DI0A 1C29A 1Z41A 3NQAA 4N6FA 3A9IA 2ABBA 1IIHA 3HO8A 5H2ZA 3UWYA 4UTKA 3QSRA 1KLZA 5HR6A 4FNRA 3TKFA 1WOBA 3LCIA 2YYTA 4HNTA 2NXGA 2QCCA 5T26A 1YYAA 2CLFA 3BG5A 3EWWA 1VYPX 1RPXA 3R5EA 5LNVA 5HNRA 4IX2A 3BK0A 3L21A 3BPWA 1I45A 3C2OA 4JTFA 2QAFA 2Z0IA 3ZR4A 1IIGA 3HF3A 1QOQA 3FEMA 3W07A 5F4WA 3W72A 1EB3A 1EP3A 1XUZA 4WY0B 1GYLA 2AQWA 1AW2A 1LBMA 1TPH1 4TMBA 2Y61A 2ZQ0A 1L6WA 3S9YA 2ISSA 3M5YA 4I7UA 1RZMA 2WNQA 2JGQA 4XBKA 1DORA 1I2PA 1KV8A 3NPWA 3STCA 3SR7A 2CZ5A 1JULA 3LV5A 2WQPA 3W1XA 1LRQA 4NUWA 1HO4A 4P61A 4UNLA 3SIZA 2G5WA 2V0TA 3U2OA 1OFRA 3TA6A 2D73A 3EXSA 1AL7A 1H1ZA 3BARA 3KOFA 4LVDA 1H7XA 4WQ6A 1O4UA 1ZFJA 3F1QA 2EF9A 3O07A 5FF3A 4NZJA 1P5BA 4RLIA 4X2RA 8TIMA 4UTWA 4WY0F 2V30A 4MYAA 3EEGA 4EF9A 1K7EA 4MZ8A 1RD5A 3W2LA 1G6CA 1DQXA 3LTSA 3TE9A 4XWUA 4JX4A 1RQHA 4BF9A 1FCUA 5C5YA 5D2WA 4WX2A 3PG9A 1W3NA 4TO8A 4NU7A 4K37A 1SFJA 3WK3A 4K36A 2CZDA 1KFBA 3GAYA 3HBLA 2E5CA 5HJLA 3KVMA 4KFOA 1KV5A 3I7SA 5G1TA 4R7JA 4TU1A 3LHTA 5GVJA 1Z48A 2ZA3A 3RLUA 1JCMP 2J88A 4FX7A 3MI3A 2JKPA 3EX3A 1YTKA 3DBPA 4NXKA 3LCFA 3FA5A 1YDOA 2A1YA 4M7SA 4GFSA 3LLFA 4NNCA 5HUOA 4XKYA 3T7VA 3C6CA 3R13A 4MJZA 1ZY9A 1GOXA 2XN2A 4Y90A 5H91A 2Q3OA 5D38A 5LZLA 2WPBA 4JTUA 4HN4A 2J27A 3TU9A 2FB3A 4C1LA 5G5IA 3OIXA 4HKPA 1LROA 3TQ0A 1SW7A 1J2WA 5K4ZA 3KFTA 3HOJA 1JCXA 1XFBA 3E0IA 1WX0A 3RK8A 2RFGA 1W31A 4MVAA 2YFOA 2CWNA 2NXHA 1TMHA 4LVAA 4HT3A 2YR1A 3F4NA 3PBYA 2WO5A 3TXVA 1GG0A 3PM6A 3B05A 1A53A 2ZZ5A 4WZHA 2Z6JA 4EIVA 2ISVA 2DU2A 1H50A 1UJPA 1EWDA 2G95A 1Q6RA 3O6CA 5D09A 3DXIA 5K3VA 1KM1A 3LB0A 3GNNA 3UY7A 3TX9A 2BZNA 3UZ5A 1QNVA 4N9EA 5LNWA 1DKWA 4OT7A 4GUJA 5AHMA 1TO3A 4K38A 5L9FA 2C6QA 2PRMA 4P2VA 2A7NA 1K8XA 2QCNA 5AYZA 4FB7A 2W0UA 5G1YA 3QRHA 1I8JA 3C56A 5LSMA 3N73A 1KFEA 1ZAJA 5AHIA 4E2BA 4MJMA 5FF7A 3PB2A 4Z0JA 2F84A 4O11A 2EGZA 4H4IA 3CC1A 1GYNA 3A5FA 4UFMA 4TIMA 2X30A 1F5ZA 1KM6A 5TQLA 1S5WA 3KRUA 3A22A 5AB3A 4FXRA 3IEBA 3LHVA 3PULA 4O28A 4O1BA 3B0UX 2ZZ4A 4AHOA 3W2MA 5HWMA 3N2MA 2DZVA 1H1YA 2OX1A 4YL2A 1OFEA 5EPDA 1H62A 2C16A 5HWJA 3DFPA 1KM3A 3G3DA 4D2JA 2QUUA 3T44A 3ABQA 4JYEA 1ZAIA 3QEZA 3TW7A 4UTJA 3NDOA 4ZQPA 3W87A 4LVFA 3PUEA 1OX6A 4AHPA 3ZS4A 3ZWSA 3QMRA 1XBVA 2H8XA 4ADSA 2ZTKA 2GJNA 4O14A 4WD0A 3KVLA 4FNSA 2C19A 2R94A 4PTNA 1WOAA 3DFSA 3C3NA 1V5XA 4UFJA 2GOUA 3TC6A 5AOUA 1RR2A 4A2RA 2C18A 3S1UA 3E02A 1JUBA 5I3IA 1QO2A 1SU5A 2NX9A 4IPJA 3E96A 5K4XA 5FI8A 4MKNA 4LVBA 2Y7DA 2Y88A 1GPWA 1V7YA 2YSWA 1RV8A 1GZGA 2H3BA 2V81A 1LLZA 3QFEA 1GG1A 3C2RA 4N9CA 4Z1AA 1F6PA 5K9DA 3DFQA 3OBKA 3P74A 1PCKA 4MLJA 3PBUA 1OHLA 5DY3A 5CG7A 3G1YA 3BW4A 5FEXA 4FNUA 1R2SA 4RR4A 1O5KA 3A21A 4NZFA 4XKYB 2CW6A 1M6JA 2WV8A 5KZDA 3EXTA 1X7FA 4NJIA 5J5DA 4LU0A 3TSBA 4OQVA 2H6RA 5A8GA 4JDBA 5EY5A 5CZTA 3MHFA 3IRDA 1QAPA 1E51A 1IXOA 4O12A 3CIWA 3CEUA 4KFPA 2FTPA 4BR1A 1PE1A 1KTNA 3S5YA 1SZNA 4M5PA 3W76A 2NV1A 3L66A 1MEWA 5J5RA 5KTLA 4LC6A 1CW2A 3VE9A 4XQ6A 2X1UA 2Z6IA 1XDMA 4JGDA 3T4CA 3HJZA 4G1KA 3BV4A 1TPEA 4UCGA 4S2BA 3G1DA 5KMYA 5EBUA 1KM0A 5DELA 2JKEA 1LYXA 1GTEA 3L5AA 3LHZA 2NUWA 3MUXA 2QEZA 3TW6A 3BW3A 3UWWA 3NL5A 3NVTA 2X16A 4O19A 4MZYA 1OK4A 1MO0A 5F4SA 1I2RA 2ZZ1A 4UTUA 1O60A 2ZRUA 5ABTA 1S3HA 1XCFA 4FX6M 1YDNA 2B0MA 4LV9A 4MPQA 5D2YA 1EIXA 4GWEA 5FESA 5C55A 4IMGA 3DHDA 4O4VA 4IOTA 4RXGA 4QAIA 2X1SA 2GVGA 3BGJA 4IJBA 3GDRA 4OV4A 1DBTA 1W8SA 2ZA1A 5D30A 4IMDA 4MFEA 2QCDB 5CPNA 1D9EA 4NJJA 1P4CA 1FX6A 1KFLA 1ZHAA 3LX9A 5G4EA 5HMSA 2C3ZA 1F73A 3NQCA 3THQA 1RQBA 3P81A 3G1XA 4KWWA 3TAOA 2Y70A 4JNMA 1SO6A 3HGSA 2ABAA 5U7SA 3N9RA 1KTCA 4PH6A 4HPXA 2E09A 2J9XA 1J4EA 3NAVA 1OG0A 1R2RA 2Y85A 2ZYFA 3STFA 2FFCA 4FEZA 4R34A 5HQEA 1YPFA 2BSLA 1SQ7A 5DY2A 4QQ3A 3QSTA 3TIMA 1G4EA 2X1RA 5K2ZA 3CQ0A 4L4MA 4ZQRA 1DV7A 3SSJA 4YLWA 1QPQA 4MIMA 4CQ8A 1SFLA 1VCVA 3ELFA 3LHUA 3W7KA 4NJGA 3HMJG 4A29A 2ALDA 2J9YA 3NQGA 1FWRA 1R30A 1OX5A 4LWWA 3HG4A 1VQTA 4DELA 1A5AA 4UTIA 4QIUA 2XN1A 3TQVA 1HL2A 1YXDA 1WA3A 1I2NA 4K8HA 2FIQA 1QR7A 4LOCA 3UWZA 2NZLA 1YXYA 3NQMA 1PIIA 2A21A 3ATZA 4O15A 3L0NA 2DJXA 5D2VA 1QO5A 3UZJA 2DZWA 1ML1A 4CCCA 2I14A 2NUXA 3L68A 3MW7A 3NM3A 6TIMA 1R47A 1B3OA 1JCLA 4OV9A 1IXQA 2ATSA 4AMAA 3QW4B 4DPQA 4MFDA 4BI6A 4TR9A 3PC0A 4IQLA 2PCQA 4HSOA 3HPZA 5DCEA 3NPUA 5LKYA 4PEKA 3NA8A 5BNKA 3N3MA 3ABSA 3BG9A 2Y63A 3NPVA 4N4QA 3UPBA 1EP2A 3M5XA 4LT9A 1FDZA 4JEQA 1EEPA 1KM2A 3GDKA 1LBFA 1EP1A 1H7RA 2R8WA 4HNNA 2QF7A 1EA0A 4LV4A 4O52A 4RZ4A 4O17A 2WSRA 4S2CA 3B0VC 5CPMA 2WSYA 4NX5A 4ORMA 3FKKA 3NG3A 1H60A 4CNPA 1OX4A 1G69A 5HULA 1TIMA 4JTIA 4UIOA 1JCNA 3NQ8A 2DZXA 4UUIA 4LS2A 3L2IA 3NQFA 1NEYA 3W7PA 3GXTA 1T99A 3GIYA 4CCEA 3P62A 4GE8A 2PC4A 3DZ1A 2YGYA 3O16A 1OYCA 2B7PA 3FYPA 1H7NA 3G1AA 1OFPA 3LCXA 3IIPA 1AL8A 3PR2A 3S1XA 4LUIA 2V2CA 4EVZA 1H5YA 2NUYA 4A22A 2NXIA 5G4WA 1SSDA 5I3HA 1W1ZA 3SZ8A 1NFBA 1LDCA 2TSYA 1WAUA 2RDTA 2ATMA 4Y96A 3WJWA 1I2QA 1TPB1 1C9DA 3G18A 4WUIA 2LLEA 1P1XA 4IMEA 3S5OA 4O18A 4HPJA 1W54A 3RLVA 2Y89A 4M6PA 1KBJA 3TK7A 1ICSA 4DO5A 4ZMGA 2CLKA 1B57A 1FWNA 3RNDA 3HIJA 4PL1A 1QPNA 3GB6A 1UBSA 1H61A 3LM7A 2I9EA 3W1TA 3P5YA 2JKAA 4I7VA 4NQ1A 4GXMA 5LHFA 3P8JA 5D2XA 4KWVA 1J5TA 3B04A 4JICA 5DBUA 3W7RA 3W1MA 2QCFA 3W74A 5K9CA 2VEKA 3PS7A 4UTTC 4N9DA 5FF0A 3RU6A 2P10A 3NQ2A 4JIQA 3PWAA 3FIGA 3NL2A 5F2GA 1ZENA 2QCLA 1SSGA 4MOZA 5DXXA 5F1VA 2VELA 5F2LA 1XBZA 2VEIA 4M6QA 3YPIA 3BW2A 3FJLA 1FDJA 2J24A 3NQEA 4Q4KA 2V2DA 3AO0A 3F4WA 4ORIA 4U4MA 3TAKA 3MP3A 3CT7A 4O1AA 5I3JA 1ZCOA 2E6DA 3M44A 2J6XA 3W23A 4AB4A 1O5XA 5I3GA 1SPQA 1BWLA 1PS9A 4ADTA 3LTYA 3W3OA 4CNNA 1GVOA 4GUGA 2QKFA 3GR7A 1OABA 1JQXA 5U4NA 3K30A 2YZRA 3NQDA 4Z1BA 3UPWA 3M0ZA 1ALDA 3LCWA 2OJPA 4ZQOA 1RQEA 4MLRA 3NZRA 2ZDRA 1JVNA 4Y6GA 3CLMA 4FF7A 4NNBA 4Z0SA 1ZNNA 4EF8A 2YPIA 3CM4A 3WFAA 1P0KA 4JTHA 5E93A 4TX9A 3KAOA 2EHHA 3O06A 4NJKA 1JJKA 5HR7A 1SW3A 1Y0EA 3QM3A 2E1DA 2FQIA 3LRKA 1W5OA 1M5WA 3QPZA 4DF0A 3LI0A 3TXZA 3NPXA 3G3MA 2Q3RA 3TDFA 4AWUA 2QCMA 4EWND 1YLVA 1VLIA 3QQ1A 5D33A 5CSRA 4O50A 2DJLA 2V5BA 1ME8A 2NWSA 3G0XA 4MY8A 2QUVA 3O8AA 4K39A 5CPLA 3L67A 3FOKA 1LZOA 1BWKA 3M7WA 3VCRA 1LTDA 3EX6A 2ZRXA 3N34A 2XN0A 4Y9AA 2ISWA 3W70A 3CTLA 3GDTA 3GAKA 4BWLA 3WK0A 1TJPA 3B03A 5LNSA 2QR6A 4ML9A 1KM5A 4FX8A 5LGZA 3P8IA 2H90A 4AF0A 2R91A 2ZCGA 2ZFAA 4DQWA 4O13A 4JXCA 2E6AA 4JTGA 3M5ZA 1VYRA 4MY1A 1HG3A 1VHCA 2OT0A 3AJXA 3N19B 4X9SA 3A24A 1TV5A 3DKLA 4U28A 3E12A 3IIXA 4O10A 3IIVA 1TRIA 3Q2DA 2A85A 3E49A 1D3GA 3IV3A 3UQNA 3BO9A 1XM3A 4UR7A 3GNDA 3C52A 1ZALA 5D2TA 4DXVA 1TTIA 3G8RA 1ADOA 1X1OA 1F2JA 2CLMA 3BLEA 3H55A 3H53A 3UY8A 3ATYA 2G96A 1KW1A 3CHVA 4X22A 4CQ9A 1N8FA 1ME7A 1YXCA 3GZ3A 1TTPA 5TIMA 2Y7GA 3SFKA 1JRBA 1U83A 3P5ZA 2O7SA 1LOLA 1FWWA 2VFEA 1K8YA 3SY5A 2QUTA 3LXCA 3GDLA 2KZHA 3B8DA 4K6AA 1FWTA 3U8GA 2Y7EA 1BTMA 3TFCA 3M47A 4AWTA 1GQNA 3M41A 2CFFA 3G1SA 4XTIA 3BVJA 3PG8A 4Y8FA 1FWSA 1VLWA 4YCOA 1L6YA 1XUUA 5AYYA 2GVLA 3CPRA 3GXNA 3G1FA 4UFIA 4QISA 3WJXA 2ZBTA 2WJZA 3Q94A 1A5CA 4N6EA 1TRDA 3W2JA 5CKSA 2QCGA 1W5NA 1JUEA 4JTSA 1TQXA 2PURA 2A0NA 2HTMA 1K8ZA 1PL9A 2CLHA 3HG3A 3MP5A 3UWQA 3LLDA 3NNTA 3QPYA 1EWEA 2C0AA 4BI5A 2BTMA 3TC7A 3INPA 2A5HA 1OYBA 2Y6ZA 5CZ0A 2FPYA 4S1FA 3TROA 3GR8A 5D05A 1ZJIA 4ONVA 4Q32A 4LRTA 2BWGA 3IIOA 3W7OA 3EWUA 2GQAA 2H3DA 4I7WA 3DHFA 2Y62A 5IBXA 5BRBA 2QDGA 4RJEA 1WV2A 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2WKJA 2VENA 3MJYA 2GJLA 3LHYA 4IUOA 2JBMA 3L9CA 3PBVA 3T55A 4ALDA 1BEUA 3W71A 1O94A 2C13A 1H51A 3T40A 5I3KA 1DQWA 2FPTA 2JGYA 3W73A 4O0ZA 1N55A 5KZEA 4ADUA 1VC4A 4LUJA 4UFKA 2VFDA 3W2KA 3G22A 1GVQA 1KLYA 2A7RA 3R12A 3W7LA 1DVJA 3QC3A 5HWNA 3QW3A 5D02A 1F05A 2HMCA 5BW6A 2HS6A 4E0CA 2F7FA 3LXAA 1KFCA 5SWUA 1YADA 4JTLA 1TCDA 4O8RA 2FB2A 3VNDA 1ICQA 3L65A 1FCBA 5AC7A 3TMLA 4M6VA 1OFDA 2CLIA 2CLOA 3CWOX 3PBWA 5TBOA 4A3UA 1IGSA 2A4AA 4H6KA 3TJLA 5CZJA 1LORA 3M9YA 4DF1A 4HIBA 4PL2A 1FCQA 1WBHA 2HSAA 3DU0A 1U5JA 3IGUA 1QMLA 3LGEA 2VXNA 5IM51 2Z2UA 4AHQA 1NF0A 2VEPA 1AW1A 1VHNA 1FXQA 3W7QA 5CGQA 3R89A 2PRLA 3U6WA 1AG1O 3G1VA 3W7CA 1H7PA 3E9AA 1SUXA 3C2EA 3SI9A 3ABOA 4K8EA 2OT1A 1LCOA 3FKRA 4RKAA 4UXDA 4MZ1A 4GUFA 2R14A 1TPVA 4MUZA 5AFDA 3QMSA 3NQVA 2O7QA 2BXVA 3A23A 3G0UA 4UTHA 1G4PA 2DORA 2VOMA 2QAPA 2EPHA 3O1NA 1TJRA 3BLFA 1K3UA 1K03A 3STEA 3W83A 2NLIA 3IGXA 1LOSA 4LVGA 5HUPA 1NVMA 3O15A 2I1OA 1GVSA 1EX5A 1L2UA 3FLUA 2UV8G 4QNWA 5KZMA 4N02A 2CLEA 3HPSA 5DCDA 1JCYA 1KFKA 4OBTA 3S1VA 1IF2A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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