4Z0J | Genus

Total Genus 94

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	94
sequence length	247
structure length	244
Chain Sequence	ARKYFVAANWKCNGTLESIKSLTNSFNNLDFDPSKLDVVVFPVSVHYDHTRKLLQSKFSTGIQNVSKFGNGAYTGEVSAEIAKDLNIEYVIIGHSERRKYFHETDEDVREKLQASLKNNLKAVVCFGESLEQREQNKTIEVITKQVKAFVDLIDNFDNVILVYEPLWAIKTATPEQAQLVHKEIRKIVKDTCGEKQANQIRILYGGSVNTENCSSLIQQEDIDGFLVGNASLKESFVDIIKSAM

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Isomerase
molecule keywords	Triosephosphate isomerase
publication title	Connecting Active-Site Loop Conformations and Catalysis in Triosephosphate Isomerase: Insights from a Rare Variation at Residue 96 in the Plasmodial Enzyme pubmed doi rcsb
source organism	Plasmodium falciparum
total genus	94
structure length	244
sequence length	247
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date	2015-03-26

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00121	TIM	Triosephosphate isomerase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	4z0jA00

3B0PA 1KFEA 4Z1DA 3W2JA 1W0MA 1V7YA 4AMAA 5F4XA 2J9XA 1D3GA 4NJGA 2HS6A 3M9YA 4XUGA 3FEMA 3L2IA 5E0KA 1W3IA 1U83A 5D2VA 4ZVJA 1AW1A 2NWRA 3GDTA 3HG5A 3SI9A 4N9EA 3GX9A 3RNDA 4LVFA 1M6JA 4MYXA 2D73A 1X7FA 4FNRA 5LSMA 2PC4A 1XL9A 2GVJA 5I3FA 3EB2A 5CSSA 3TJLA 3SGZA 5C2XA 4HNVA 5F2LA 4DPQA 4O0ZA 3BW4A 6TIMA 1WDWA 1BEUA 1VLWA 3BLFA 3TXZA 1FCQA 2NV1A 3E49A 3CEPA 2B7NA 1CX9A 3P80A 4O1BA 3W1UA 4ZZ9A 3G1XA 5CPMA 4DO5A 1G4SA 2O7SA 4JIPA 1G7UA 2ZZ6A 1LROA 4UTIA 5K9CA 1XBXA 1EA0A 1GVFA 3OVPA 2CWNA 5F4WA 1C8VA 3BGGA 4X22A 2BXVA 3MBDA 3W7JA 1X1OA 3H53A 3A5VA 5G1TA 2YDAA 3CB8A 1JUBA 3P8IA 1DJQA 3NA8A 4KWVA 3STGA 3IIOA 2KZHA 3DENA 4O14A 1ME8A 2WSRA 3C2FA 5D30A 1DOSA 1LRQA 2W79A 4AHOA 3W1XA 3LHWA 1TPC1 2QCCA 5FF7A 4MJMA 3C2EA 4IMDA 4DQWA 5K4ZA 4DO4A 3FIGA 2FTPA 2VKZG 3GR8A 2ATSA 2C16A 1R2RA 4KFOA 1S5VA 3UY7A 3UWUA 3STCA 4ZQPA 4AF0A 1H7PA 2OX1A 2UV8G 2CW6A 2JBMA 4HNUA 5D37A 1W3TA 1N55A 1DVJA 3PAJA 3RFAA 3I7RA 3DH7A 1SQ7A 2P1FA 4RLIA 2GOUA 2ZA1A 1KW1A 2H8XA 5K9DA 5F1VA 5DY3A 5HNRA 4NJJA 3A24A 4FXSA 3SR7A 2NX1A 1X1ZA 4O54A 4FNPA 2CZ5A 1YTDA 2C13A 3MJYA 3WFAA 5HUPA 1DQWA 3LRLA 3CU2A 3FLUA 4BWLA 3GK0A 4BI5A 1ML1A 4O57A 3VNDA 2Z0IA 3OVRA 4JTUA 3TW7A 3G1FA 5FEWA 4UIOA 2TRSA 1YXYA 1N7KA 1OYCA 3F03K 4DF1A 3WJYA 3EX2A 1ZALA 3GR7A 4Q4KA 4RZ5A 1F73A 4A3UA 3SZ8A 5TQLA 4CQAA 3W1TA 3TUUA 1XDLA 1LLWA 3MYOA 2F84A 2B7PA 4M7TA 3SECA 3W9ZA 4IMCA 1IIHA 2RH9A 2I9EA 2A6NA 3GXNA 4M5PA 2C18A 4BWLC 4JTLA 2WJZA 1Q6RA 3B0VC 2A7NA 2E6FA 4ORIA 3R5EA 1OG0A 1VLIA 3O8AA 4YL2A 1VQTA 2V2HA 2PE4A 3JRKA 3QM3A 3O1NA 4OHQA 1KM0A 4AF0B 5EMUA 4EWND 1TB3A 5FESA 1ZCOA 3R89A 4GC4A 2EF9A 1F05A 4JTTA 3NG3A 3BV4A 4IX2A 2VFEA 1ZY9A 4QM1A 3JR2A 3EX4A 1X8FA 1JUEA 3TFCA 1KBIA 3GKFA 4ONVA 3P67A 4JYDA 1UUOA 1XUZA 1QPNA 3GAKA 4ZQMA 1FXQA 3W7QA 5SWUA 1QO2A 1GVQA 4AVFA 1DJNA 1I2NA 4POCA 3GNDA 3FOKA 5LNUA 1P4CA 3M44A 1LRNA 3KHJA 4MIMA 3B06A 3LM7A 5J5RA 5FI8A 4JN6A 4PL2A 4N9DA 4ICNA 5D2WA 4HHPA 1OX5A 2DU2A 4R7JA 2Y70A 3ZR4A 3G1SA 4RX0A 4N9BA 3USBA 2NUWA 3NPWA 3STFA 2YW3A 5FF3A 4ADUA 4U28A 3N2XA 4N4PA 3S5NA 3UZJA 3DGRA 1PIIA 1F6PA 2FQIA 3PG9A 3FJLA 2YW4A 1UJPA 5HR7A 1UASA 3M7WA 5FEXA 4RXFA 3N2MA 3OBKA 1QPRA 3UWZA 1KBJA 2C6QA 4MZ8A 4LV9A 2ZCGA 1B57A 3CWOX 3G18A 4IWWA 5DELA 2Y88A 2DZTA 2I1OA 5LGXA 3BGJA 4PA8A 5C54A 4MLJA 2Y7FA 1ME7A 1IGSA 3W23A 1T99A 2WNZA 2ZFAA 4ZQOA 3M5YA 1G4EA 3A22A 3NL6A 1K03A 1ZJIA 1A5CA 3W7MA 2ZZ2A 1GVOA 4TIMA 5DY2A 3LCWA 3QC3A 2Y7EA 4CNNA 1NF7A 3P7YA 3DFPA 2EKCA 2NXGA 4HNNA 3NM3A 3TK7A 4FIQA 4FNSA 4R34A 4NVTA 4LRTA 3OHIA 1TTQA 1QWGA 4LY8A 3EWUA 3TSDA 3NXFA 3LI1A 1TV8A 2FPYA 4O4VA 3FJ6A 3NQEA 3W1NA 1KTCA 3GVGA 1EEPA 3EEGA 3CT7A 4QIUA 4JTGA 2YGYA 1YTEA 4UFMA 5LHEA 5D32A 1EPXA 3KRSA 2XN2A 3TMQA 2H3DA 1TPFA 3DFSA 4TO8A 3UWWA 4A22A 1Q3NA 3P8JA 4UUIA 4WX2A 3QMRA 1H7WA 3TR2A 2ZRUA 2CU0A 3KAOA 5C6MA 2CLFA 4GXMA 3K30A 5LHFA 1R2SA 3N14A 2PURA 3B05A 3L66A 4OGZA 4FO4A 3W7EA 4QNWA 4S2BA 1JRBA 4K7YA 5IM51 3NQMA 4XBSA 3G1VA 3MUXA 3L0KA 1K8YA 1EIXA 5AHFA 2C14A 4UFHA 4DO6A 1XCFA 4IGHA 4Z0JA 4AWUA 1I2QA 3S0CA 2VFGA 4FB7A 2E68A 2Y7GA 1O5XA 2ZZ7A 1UB3A 2R14A 1NFBA 3CPRA 3EWBX 4EIVA 2QCLA 3S5YA 4AB4A 2BWGA 2FLIA 3W71A 2QCEA 2VFHA 2V82A 3PUOA 4RZ4A 2I14A 2OT0A 2YX0A 4QQ3A 2TPSA 2JK2A 2TMDA 4O17A 3W72A 3E9AA 3W7OA 3KVMA 4A2RA 1TPVA 4NX0A 4Z1AA 1KFCA 2YYUA 1W37A 4JXCA 1SPQA 4FF7A 3NDOA 1AMKA 2Z6JA 2DZXA 4JEQA 1SFJA 1TTJA 3TAOA 4QJ1A 4GE8A 2WV8A 2E6DA 1ZHAA 2V9DA 1VRDA 4TX9A 2GQAA 4ADSA 3NPXA 5BMXA 4ZQNA 2FB3A 3LCLA 3O06A 1XDMA 1O4UA 3EWZA 4O1CA 1KM4A 3PBYA 4J9JA 5DCBA 3C4UA 4MY1A 3GDMA 4PC8A 3ATYA 4K37A 3TIMA 1GQNA 3ANYA 4UCGA 3NQVA 4LVBA 5FEZA 3GB6A 2ZZ3A 3R2GA 1OX4B 5I3GA 3LHVA 1PCWA 1QPOA 1TPUA 3P61A 1DHPA 3DZ1A 4DELA 3MP3A 1OHLA 4BR1A 5F2GA 3QPZA 2JGYA 4ORMA 4DF2A 3S1WA 4RV8A 3L9CA 5ABTA 3LI0A 1G4TA 1JCJA 3HPZA 5HWMA 4LWWA 2V2CA 1FCVA 1HTIA 2EGZA 2V81A 3TC7A 5U4NA 3SSJA 1LZOA 5AHEA 3C2OA 3KRZA 1GWJA 4NNAA 4MKNA 1OFAA 2LLEA 1YDNA 3PB2A 5F4SA 4KFPA 3MBFA 4O53A 2QAFA 4H3DA 3M0ZA 4JTKA 1LM1A 4QSHA 4MY8A 1HUVA 3IGXA 2ISSA 1H60A 4JTSA 1ADOA 2DJLA 1I8JA 2OMAA 3O07A 3MWAA 5D2YA 4IQLA 3L5AA 3NL5A 1OFQA 1PE1A 3M6YA 3IIPA 1PS9A 4IX0A 5K7JA 3CTLA 1QFEA 4LV4A 3PSVA 2R91A 5CG7A 4OU1A 3GKAA 1TCDA 3QEZA 4TU1A 3B4UA 3LHZA 5A8GA 5EY5A 3LHUA 2QAPA 1OF6A 3TAKA 3F4WA 5AC6A 4O1DA 2YFNA 5K3VA 3IVSA 5C55A 1A53A 2BTMA 1LRTA 2DZUA 1XBVA 1JVNA 1BKSA 3MP4A 4NXSA 3QMTA 4O1AA 3TC6A 5D2XA 1W5OA 4CQ8A 1TO3A 4IMGA 4JDBA 1A50A 4WY0B 3CEUA 3L68A 3BG3A 5AHIA 3FKRA 3PF3A 3S1VA 4OE7A 3PUEA 1FDZA 1BWLA 5CPOA 3A9IA 1Y0EA 3WJZA 1ME9A 1W3NA 2A2IA 2XN0A 2EAWA 3G24A 1G7VA 3DFOA 3I7QA 1VH7A 1KFBA 3C0JA 5F1UA 5D05A 3W74A 3ZFHA 2ISVA 2J27A 1SSDA 4IPJA 3SGUA 3UPBA 4AWSA 4M6QA 1LBLA 3RMJA 4UTKA 3NOEA 2NWSA 1SZEA 3M5VA 3G1AA 3TA6A 2E09A 4W9TA 2J6XA 4QISA 4N6FA 5HWJA 5AYXA 3IVTA 2Z2UA 3W88A 2Q3OA 2JKEA 1VHNA 5AN7A 3QW4B 1MZHA 3TKFA 3R12A 1SO3A 4JNMA 5E1QA 5LGZA 1EUAA 2YXGA 1TQJA 1D3HA 4EF9A 2ZYFA 1JUKA 4JY9A 2RKXA 1MO0A 1GYLA 1YPIA 4IJBA 4BI6A 1H7OA 2QF7A 1KFKA 2AQWA 4LUIA 3HGJA 2R94A 3BW3A 2A21A 1FQ0A 3DU0A 3HQ1A 1M7PA 3NL3A 3C52A 2QJIA 3LV5A 3W07A 1SZGA 2QCMA 4CCCA 4PH6A 4YXGA 1LCOA 1W54A 1ZAJA 4NUWA 1H50A 3VI2A 1WOAA 1JRCA 1F2JA 1OABA 2DORA 1KLZA 3LTYA 2H8ZA 4UTMA 1QDSA 3L5LA 3DAQA 2VEIA 2O7QA 4NNBA 1I2PA 5HMSA 2VC6A 4LUJA 1Z44A 3BARA 4O50A 2CFFA 1KFLA 4K8EA 3MI2A 4OWGA 3C8FA 3R8RA 1G69A 2E6YA 4GWEA 1GEQA 2V5BA 2QCDA 3PB0A 2RDUA 4FNQA 3UYCA 1Z41A 3CC1A 2WSQA 3ABSA 5EBUA 3I65A 1SFLA 1JCMP 4JGDA 3U2OA 1H1YA 4LC8A 4CCDA 1RV8A 3W83A 5H91A 1OVDA 4JYEA 3NL2A 1JQVA 4JTIA 3NYZA 1OFBA 1W1ZA 3IGUA 2PRLA 2ZRVA 3C2RA 3CLMA 3YPIA 1GOXA 1K7FA 3LXBA 4OT7A 4UR7A 4HT3A 4GBUA 4JTJA 1M5WA 2QJHA 2Y62A 1F7BA 1YLVA 1ICSA 1SUXA 2Y85A 3MO7A 1DBTA 3W2UA 4NXKA 4DXVA 3P81A 3OIXA 4FNUA 1OFPA 1HO4A 3W7NA 3CIXA 1TV5A 1T96A 3G0XA 3O6CA 1V5XA 4N2YA 3EKZA 1LOLA 2VEMA 3M43A 4XTDA 1TQXA 4G1KA 4LS0A 3THAA 2E77A 1MXSA 1OK4A 4UTJA 2NZLA 1R30A 4IUOA 3LXAA 3LCFA 1B4EA 4H6KA 3TSBA 1Q45A 1JCNA 1NAL1 3SY5A 3V75A 1RQBA 1AG1O 2B4GA 3QMSA 2RDTA 3NAVA 1K7XA 4O8RA 5L6UA 1XI3A 4X9SA 4EF8A 2QDGA 4GNJA 4LS1A 1W5MA 1G67A 5I3HA 5U7SA 5EYWA 5J5DA 2V5LA 2G5WA 3PR2A 3W7IA 2CLMA 2P10A 5D33A 1OX6A 1B9BA 5G2HA 2ZA2A 3NVTA 4WZHA 1OYAA 3DHFA 1SO5A 2TYSA 2BLEA 5AFDA 3LBMA 4OBTA 4UMCA 3BW2A 1MEIA 1ALDA 1L6YA 3DFQA 1W56A 4UTHA 3QRHA 1S5WA 2EHHA 3WK2A 1A5BA 2YYTA 3P74A 4MFEA 3W7RA 3NGJA 3NQ2A 4K7VA 3ZWSA 4XTIA 5H2ZA 2CZFA 4FX8A 5C5YA 3S9YA 4NZJA 4GUIA 4MJZA 4I7UA 1ZAIA 3O16A 1QO5A 1N8FA 1MEWA 3M47A 1GPWA 1M7OA 1R47A 2WKJA 3IVUA 1FWNA 2WSYA 4XQ6A 5KZMA 1P0KA 2RDWA 3ABQA 4TMCA 2OZ0A 3BG9A 3UQNA 4N6EA 5AYZA 3LCIA 3NQAA 2X1TA 4EVZA 3PBVA 2FPTA 2CLHA 4MY9A 3F4NA 2Y63A 4RCXA 4FNTA 1UBSA 4FXRA 4E38A 5LNRA 4MFDA 1VYSX 1TTIA 1R46A 1VS1A 1HO1A 4JS3A 5K2ZA 4HPXA 2FB2A 2RHGA 5I3IA 5CSRA 2ABAA 5IBXA 1EWEA 1PV8A 5G4WA 3NZRA 1I2RA 4IXXA 2Y7DA 2Y89A 3W2KA 3LDVA 3GDLA 3NQGA 2QKFA 3HPXA 1L2UA 2QR6A 3TJXA 5KMYA 4O11A 3Q58A 1Z42A 3L0NA 1JCLA 3CWNA 4WY0F 1XKYA 3CIWA 2A4AA 5LNSA 3KVJA 4ZMGA 4YCOA 1LBMA 3IRDA 2GVGA 2HSAA 5BNKA 3RU6A 5FF4A 1A5SA 1JCXA 4PFMA 4LT9A 3HJZA 1SW3A 2OT1A 5LZLA 4P2VA 5CKSA 2GQ8A 3LRKA 4RJEA 3OEXA 1T8XA 1YPFA 4MOZA 3MW7A 5AC7A 2OJPA 4O16A 3U6WA 3P60A 1J2WA 4AH7A 1HFBA 4C1KA 1EP3A 5D09A 4GRSA 1H1ZA 1SZFA 5TBOA 1TYGA 1KFJA 3FYOA 3C2VA 2HMCA 3M41A 3UD6A 2ZQ0A 5AHNA 3KFTA 3NQCA 1VGAA 3W7GA 1NVMA 3PSWA 1RQHA 2B7QA 1EB3A 4YCPA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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4Z0JA

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