5A8GA

Crystal structure of the wild-type staphylococcus aureus n- acetylneurminic acid lyase in complex with fluoropyruvate
Total Genus 121
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
121
sequence length
291
structure length
290
Chain Sequence
KDLKGLYAALLVPFDENGQVNEQGLKQIAQNAIETEELDGLYVNGSSGENFLLNTEQKKQVFKVAKEAVGDKVKLIAQVGSLDLNEAIELGKYATELGYDALSAVTPFYYPFTFEEIRDYYFDIIEATQNNMIIYAIPDLTGVNISIEQFSELFNHEKIVGVYTAPNFFLLERIRKAFPDKLILSGFDEMLVQATISGVDGAIGSTYNVNGRRARKIFDLARQGQIQEAYQLQHDSNDIIETVLSMGIYPTLKEILRHRGIDAGLPKRPFKPFNEAHRQTLDQLIAKYDL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Evaluation of Fluoropyruvate as Nucleophile in Reactions Catalysed by N-Acetyl Neuraminic Acid Lyase Variants: Scope, Limitations and Stereoselectivity.
pubmed doi rcsb
molecule keywords N-ACETYLNEURAMINATE LYASE
molecule tags Lyase
source organism Staphylococcus aureus subsp. aureus nctc 8325
total genus 121
structure length 290
sequence length 291
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.3.3: N-acetylneuraminate lyase.
pdb deposition date 2015-07-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00701 DHDPS Dihydrodipicolinate synthetase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 5a8gA00
3RMJA 4WOZA 1TPUA 1ALDA 3W88A 3GYEA 1TSIA 3KOFA 2XN2A 3O6CA 4PL1A 4JN6A 4LS1A 1D9EA 4XTIA 4UFKA 2QUUA 1A50A 3ANYA 4JTGA 1OX4A 1ZAJA 1VS1A 3GIYA 1P4CA 1H61A 4LOCA 2BTMA 3TSBA 2A4AA 4N6EA 1B4EA 4E2BA 2RDTA 4BFAA 2B7OA 1XFBA 2BX7A 3DHFA 4AXKA 1P0KA 3PB2A 3B8DA 3L0GA 4ZQNA 2ZRWA 3OIXA 2YZRA 3GXNA 2ZTJA 2VXNA 3UY8A 3W87A 1EUNA 3CB8A 1A5BA 4PC8A 1WOAA 4GBUA 3GR7A 1HG3A 5D37A 3UWYA 3G1AA 1UUMA 4MLRA 5I3FA 4Q33A 2ZA2A 3G24A 4RK8A 4MJZA 2YYTA 3BW3A 3DFNA 1WV2A 1QPOA 3S0CA 2E09A 1PHWA 3HG3A 5FEZA 3TKFA 4EOUA 1SSDA 2W6RA 1W54A 1ME7A 1EX5A 1Z44A 4LUIA 4UFMA 5AYZA 1OYAA 3BG9A 1L2UA 2YFNA 1MEHA 4X2RA 1ME9A 4O0ZA 5HQEA 4IX0A 5HINA 3N3MA 4G1KA 2B0MA 2DZVA 2FLIA 2DZPA 3H55A 2QCMA 1P0NA 1K7FA 3MUXA 1Q3NA 4Y9AA 3U2OA 5F4XA 4Y8FA 3V1PA 4FX7A 3P62A 2NWSA 4GWEA 1QFEA 2I14A 4FB7A 1TTQA 3P8JA 3TX9A 3SR7A 2YDAA 3TA6A 3LX9A 1B3OA 3IRDA 4ADTA 3TSDA 2G5WA 3W7LA 3NL6A 3LCIA 2B7QA 2H6RA 3HOJA 1OFQA 4NJHA 1ZCOA 4LRSA 1A53A 2FTPA 4QIUA 1JRCA 4JICA 3TROA 4JDYA 1TV8A 3TQKA 3EWYA 1QPQA 4IGHA 4HN4A 2WJZA 3W85A 3C61A 2WSQA 5C2XA 2GQ9A 1QAPA 1RQBA 3HPXA 3KRUA 4UMCA 5CSSA 4FNQA 3Q2DA 2JK2A 3W22A 4JX6A 3LRMA 2PCQA 5SWUA 1LCOA 4IMFA 3S6DA 2ISWA 3BVJA 4IMCA 1W3IA 3BG5A 1GEQA 3TU9A 4GE8A 3A22A 1QWGA 1SZNA 1NFBA 3U8GA 4KWVA 4PFMA 3QM3A 5EKYA 3RFAA 4M6PA 1GPWA 3VE7A 4JX4A 3IIZA 3EX4A 3UWZA 4ADUA 5D2YA 1OFAA 2TRSA 3G0UA 3JS3A 1X8FA 4XKYA 3EXTA 3IVSA 3L21A 2I9EA 2DU2A 4Q32A 5J5RA 1FX6A 4O16A 1Q6OA 4FHAA 1QPRA 4O28A 4DBEA 3PBYA 3DKJA 3BLFA 1B9BA 3FOKA 3NM1A 1ZFJA 5HUPA 1IXOA 3M5XA 1YPFA 5TQLA 4L4LA 3PUEA 3LI1A 3HBLA 2GOUA 4J9JA 3KVLA 2VELA 4UMBA 3HG5A 1W37A 4ADSA 1QPNA 4MJMA 3WK2A 1KFLA 4K37A 4KFOA 4OU1A 1JCNA 1H5YA 3EWWA 2O7QA 4HPXA 3NXFA 3BLEA 2C15A 3TC7A 4JX5A 3OVPA 5DY3A 3KVMA 2V2HA 4QNEA 3R8RA 4JY9A 1IXQA 1FXQA 3NQEA 4PH6A 4TMBA 4LV9A 3QF0A 5D04C 2FPYA 5C55A 3ELFA 1OYCA 1KM6A 1XM3A 3R5EA 2QKFA 5BW6A 2FJKA 1MZHA 2V5LA 2QCDB 3W2LA 3HIJA 4N9EA 3GXPA 4OV9A 3TK7A 2Y62A 3TAOA 2X30A 1T99A 3UZ5A 2QCGA 3O1NA 2A0NA 3TJXA 5LZLA 3TFCA 2DZUA 1W5MA 4PTNA 3PR2A 5EBUA 3WJXA 5LNWA 3SFKA 3KVKA 3W1TA 4H3DA 1KM5A 2TYSA 1MSSA 3UXAA 5L9FA 4K8HA 3GKAA 4CCDA 3NAVA 2GQAA 2GJNA 2Z6IA 4LNYA 5LNSA 4NU7A 2X1RA 3TIMA 2V30A 3G1YA 4WY0A 3FYPA 3QH2A 4TIMA 3THAA 6TIMA 1KFJA 3RNDA 1FY6A 1NF7A 5LKYA 5D2TA 4UFJA 1W5QA 2KZHA 1VHNA 2BZNA 2NLIA 3GK0A 2I1OA 3NQ2A 2GVJA 3LERA 4NJKA 1EEPA 3L5MA 1OVDA 5AHNA 3QPZA 2YYUA 3CHVA 1EIXA 1H50A 3C2VA 3FIGA 3HJZA 5D33A 4QITA 1GZGA 3AO0A 1IGSA 3KHJA 4JD4A 3LM7A 6ALDA 1AW1A 1TB3A 1W0MA 2VKZG 4GC4A 1RPXA 1OFRA 4FIRA 1KFEA 1FCVA 3G1SA 3NGJA 1O5XA 2JKAA 3KAOA 3QSRA 1C29A 1WQ5A 3F03K 2OMAA 3OG3A 1H62A 1J4EA 2C3ZA 3E02A 4FNSA 4MYAA 2FQIA 1WX0A 5U4NA 4LVBA 1TREA 3BGJA 1TRDA 3BW4A 3RF9A 2X1UA 2ISSA 2YW3A 3MW7A 4X3ZA 1VYSX 1G7UA 1GTHA 4BI5A 1H7XA 4QAIA 1DHPA 4LU0A 1XC4A 1HTIA 3N2MA 4HSOA 1YXDA 5F4WA 4UC5A 5MHBA 1KTNA 1F6PA 2WSYA 3W9ZA 3ABQA 1BKSA 4WY0F 4BR1A 4O8RA 1TRIA 5FEPA 4NT0A 4PA8A 4A21A 4DEFA 4WUIA 1KTCA 4BI6A 4H6KA 2JGQA 1NEYA 2WPBA 2YSWA 2OX1A 2OJPA 1QOPA 3OHIA 4HNTA 2WV8A 2EAWA 1UUOA 2V9DA 3SJ3A 3NA8A 1R47A 2E5BA 2ZRYA 4JIPA 4Y90A 1SU5A 3NQMA 2A6LA 1GVSA 2V2CA 1K7XA 1LORA 5LNRA 3NL5A 3A24A 2Y7GA 4IX2A 3R89A 1DVJA 1VLWA 3MJYA 2ZZ3A 1LRQA 1M5WA 2WKJA 3PF3A 4AF0B 5CZTA 1ZY9A 4RCXA 3I65A 4OHQA 3PSWA 2FB3A 1VC4A 4NNAA 3HMJG 2H3DA 3STEA 4HHPA 3DI0A 3I7RA 1K8XA 2UV8G 3S5OA 3HPZA 2E5DA 4JTSA 5C6MA 4WXZA 3B0UX 2QAFA 2ZDRA 3QMSA 3EEGA 4PL2A 3N34A 3S5ZA 1KBIA 3NYZA 4E38A 3MHUA 1H7RA 1D3HA 1K03A 2CLEA 5D2WA 1LYXA 3W3OA 1X1ZA 4ZZ9A 5TIMA 2DZSA 4CLMA 2ZZ6A 2YX0A 2ZA1A 1E51A 4GNJA 3UXDA 4FNTA 3G1VA 1SW3A 1EP1A 3O05A 5LSMA 3W2KA 1THFD 5FF4A 3W1LA 4YCPA 1RQHA 3OEXA 3VFLA 5D32A 5G2HA 5TBOA 3M5YA 1K8YA 1UASA 2ZZ1A 5BNKA 2ATMA 5BRBA 1EPXA 4JXCA 1YDNA 3T55A 2ZRZA 3CM4A 4JTEA 2Y85A 4A2RA 1G69A 2PURA 4HNUA 4AH7A 3KFTA 1OFPA 4K39A 2Q3RA 4OGZA 3BLIA 5AOUA 2W79A 3EKLA 4L4MA 3UY7A 1KM2A 4WOQA 3LDVA 4JTIA 4DO5A 3VI2A 1BTMA 5K2ZA 2ZRXA 4HNNA 3BO9A 3VE9A 5FF2A 3CIWA 3DFPA 2E1DA 2Z2UA 5HR7A 3QMRA 4Z0JA 4A2SA 2Z0IA 4M7TA 3NPVA 2B7PA 3QRHA 1TJPA 3QFEA 4UFIA 3YPIA 2QR6A 2QUTA 3DH7A 3RK8A 3WJSA 3U6WA 1S3HA 3W7CA 7TIMA 2A2IA 3TCEA 3NL3A 5FEWA 1V7YA 3MMTA 2Z1BA 5I3KA 3C0JA 4ZQOA 5F2MA 1PHQA 3E0IA 4DBDA 4UNLA 5D02A 3DU0A 4FNPA 1TCDA 1OK6A 1S5VA 3DKLA 1N8FA 1F74A 4ZQMA 1VR6A 2VEIA 1X7FA 4JYEA 3I68A 3A5FA 1KW1A 3QQ1A 3KVJA 5AYXA 4Y6GA 3TMLA 4ALDA 3MYOA 3NQ6A 2G97A 4UNKA 2CWNA 3C56A 4UMAA 4TMCA 3W7OA 3F4NA 1TTIA 1LLZA 2ABBA 1G7VA 4O4WA 4XBSA 1LM1A 4UTHA 3FJ6A 3R13A 3BK0A 4JTTA 1MO0A 1OFBA 5E93A 4UTWC 3TFXA 4DQWA 2C13A 4FNRA 4AMAA 2Y88A 3DENA 4MLJA 3EKZA 3W76A 3B03A 4OE7A 1KV5A 4NNBA 2QCHA 4Z08A 1YTKA 3B0PA 2Q8ZA 1SW7A 3NOEA 2VOMA 3HO8A 1FCBA 2CLOA 3C3NA 3M44A 1CI1A 1TJRA 4P2VA 2J9ZA 3ATYA 3DZ1A 3NM3A 1K3UA 1J2WA 4O54A 3T78A 3MHFA 4POCA 5AHFA 3W7PA 5KSWA 2NZLA 4RR4A 1H7OA 1EWDA 1KFBA 1JQXA 2R8WA 3PAJA 4KFNA 3TSMA 3NDOA 1FWRA 1I2PA 3W2NA 3QQ0A 2NX3A 1YDOA 1ICSA 2HSAA 4XWUA 3S1UA 1Z42A 1Z48A 4GFSA 4ZQRA 3S1VA 2DZXA 4LY8A 4TU1A 5G4EA 1SFJA 3O16A 3JR2A 1SZFA 1H1YA 3MI6A 4ICNA 5HWJA 5FF7A 2VENA 2C19A 4RJEA 4NNCA 4NJJA 1DL3A 4HPJA 3W7QA 1XDLA 3VNDA 3PBUA 1TV7A 3LRLA 1YTDA 3KRZA 1DORA 3MHGA 4IMDA 1KFCA 1LP6A 3MI2A 8TIMA 1OG0A 2RH9A 1PIIA 5I3JA 4RZ5A 2CW6A 3NO5A 2CZ5A 3IEBA 4QISA 4HIBA 4UTLA 4EF8A 1U83A 1ZAIA 1TYGA 5DBUA 4EWND 5I3IA 2EPHA 3A23A 4FO4A 4UUIA 5BOOA 3TXVA 4RXGA 3W1PA 3GB6A 4Z1AA 1GVQA 3EWUA 4N9BA 4FF7A 4QM1A 5DXXA 3NQVA 1KA9F 3M5ZA 4O57A 3LBCA 4LUJA 2CLMA 3TQ0A 3W7MA 5FESA 5DCEA 3CPRA 1W5OA 3NPWA 1AK5A 2X2GA 3JRKA 2QUVA 5G2WA 3OVQA 5C5YA 1OHLA 5AHIA 3PB0A 2C14A 3LCLA 3LLFA 4I7UA 3TR2A 2PC4A 2LLEA 4K7YA 3L5LA 2RKXA 4UTTA 3DBPA 4ZQCA 4MKNA 3TQVA 3DI1A 3WJYA 3OA3A 2NV2A 2OCZA 3G3MA 4FIQA 3LCXA 2JKPA 3STGA 4E2DA 3MP3A 5KZMA 3EWXA 3LHVA 1TIMA 1KTBA 3T7VA 1CW2A 3W7NA 1VYRA 2VFHA 2A5HA 3SW6A 4ORMA 4JTJA 3LTPA 5KMYA 2VEMA 1H60A 1VPXA 1NVMA 4N4PA 2NUYA 4LS0A 4MIMA 4JTHA 2G95A 1TPDA 1F5ZA 2DORA 2A85A 2WNNA 1BWKA 3K30A 1JUEA 1XUZA 2QCLA 3LXCA 1QNVA 4C1KA 4CQ8A 5LHEA 2ZZ2A 3EXRA 3THQA 2E6DA 3W84A 2J6XA 3D0CA 4AVFA 5AYYA 5CZ0A 3I7QA 1XL9A 3KX6A 3L0KA 5GVJA 3GNDA 3LCFA 1DJNA 1PVNA 1JCJA 2ZCGA 1ADOA 3G0SA 3HB9A 3TXZA 3GXTA 1IF2A 5KZDA 2YW4A 4EIVA 4FXSA 3M1ZA 3TC6A 3UNDA 4ZMGA 1KV8A 4N2YA 3G1FA 1RD5A 4YWIA 3UWQA 2FB2A 3HQ1A 2V81A 3GX9A 1DV7A 4OWGA 1C8VA 1I8JA 3UPWA 2X1TA 2E6YA 2NV1A 2B7NA 1QDSA 3UWWA 4JDBA 1G4SA 1EP2A 3NQ7A 4X9SA 3NPXA 3W6YA 1FBAA 5IM51 3SI9A 3N73A 2NXIA 4LT9A 3TH6A 1M7PA 4UXDA 3B4UA 2VFDA 1MEIA 2QCCA 1QMLA 5AHEA 2Y70A 4NX5A 1NAL1 4AAJA 1LTDA 4QSHA 1RR2A 1ICPA 3B0VC 1EP3A 4MY9A 1ZALA 2P1FA 4GRSA 4YLWA 4GUJA 4IWWA 1OJXA 2V82A 1XBXA 2CZDA 2RDUA 3ZS4A 3WK1A 4WX2A 4BI7A 3ABOA 4GXMA 2QEZA 2JGYA 3WK3A 4Z1DA 2OT1A 4NZFA 1LRNA 1JQVA 5G2IA 5G1TA 2VFFA 3DFSA 3LTSA 4UTTC 5DELA 4O12A 2QCFA 3P5ZA 1XDMA 5LHFA 1AMKA 2E5CA 1AG1O 5U7SA 2X1SA 3FLUA 5EPDA 3M6YA 2WQPA 1LDCA 3MP4A 3L5AA 3W23A 3Q37A 2RFGA 3CC1A 4ML9A 1V5XA 1SR9A 3H53A 3ABSA 1HFBA 3I7SA 2WSRA 3PS7A 2WNQA 4K7VA 2CFFA 2GJLA 2H8XA 1JCYA 1R2RA 4LC8A 5D09A 2QCDA 1DKWA 3CWOX 2ZBTA 3LI0A 4MFDA 4NXKA 5K9DA 3UQNA 1FCQA 2DJXA 1SFLA 1TPWA 3PVFA 4UFLA 1VYPX 1FUYA 4DF0A 4CCCA 3GAYA 4O18A 4CCEA 3N9RA 1RQEA 3F1QA 3LRKA 3QMTA 3PBWA 1IXPA 2Y7FA 2HS8A 4O52A 3F4WA 4A3UA 2J9XA 3CWNA 3HG2A 3W70A 5J5DA 1OK4A 4OT7A 4AHOA 4JNMA 4XBKA 5CZJA 1OYBA 2TMDA 5EY5A 3R12A 5CG7A 1SZEA 4UTIA 2H8ZA 3INPA 3N9SA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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