5A8MA

Crystal structure of the selenomethionine derivative of beta-glucanase sdgluc5_26a from saccharophagus degradans
Total Genus 123

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
123
sequence length
337
structure length
337
Chain Sequence
SNDWWDIPYPSQFDVKSLKTQSFISVKGNKFIDDKGKTFTFRGVNIADTGKLLSRNQWQKSLFEELANNWGVNTIRLPIHPVSWRKLGPDVYLGHIDEAVRWANDLGIYLILDWHSIGYLPTEQYQHPMYDTTIKETRDFWRRITFRYQNVPTVAVYELFNEPTTMGNTLGERNWAEWKTLNESLIDMIYASDKTVIPLVAGFNWAYDLSPIKKAPIEREGIAYAAHPYPQKAKPEVKNDKNFFKLWDEKWGFAADTYPVIATELGWVQPDGYGAHIPVKDDGSYGPRIVKYMQKKGVSYTVWVFDPDWSPTMINDWDFTPSEQGAFFKQVMLEAKK
5010015020025030030025020015010050
020406080100120Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
EMPTYS7 (151-152)TIV1 (28-31)S11 (250-253)3H2 (42-44)AH1 (76-82)TIV6 (257-260)TII3 (299-302)S1 (51-54)TVIa1 (303-306)S2 (57-60)TII'1 (54-57)TI1 (60-63)S4 (101-106)TIV2 (154-158)TVIII5 (258-261)AH2 (87-97)S6 (144-146)3H3 (147-149)AH3 (108-114)AH4 (116-133)S5 (136-141)AH6 (202-213)S8 (181-185)O1 (141-143)S9 (189-190)TIV3 (192-196)TVIII1 (152-155)AH5 (161-175)S10 (224-227)TI2 (178-181)TII1 (175-178)TI3 (195-198)3H4 (214-218)TVIII3 (185-188)TI4 (220-223)3H6 (279-283)3H5 (237-240)TI'1 (231-234)TIV5 (240-243)TI5 (256-259)TI6 (296-299)TVIII6 (262-265)AH8 (311-318)3H7 (319-323)S12 (287-289)TVIII7 (289-292)TIV7 (304-307)S13 (326-329)O3 (331-333)TII2 (246-249)O2 (254-256)AH7 (267-278)S3 (69-72)TIV4 (230-233)3H1 (31-33)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase
source organism Saccharophagus degradans 2-40
publication title The Quaternary Structure of a Glycoside Hydrolase Dictates Specificity Towards Beta-Glucans
pubmed doi rcsb
molecule keywords PUTATIVE RETAINING B-GLYCOSIDASE
total genus 123
structure length 337
sequence length 337
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 3.2.1.73: Licheninase.
pdb deposition date 2015-07-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00150 Cellulase Cellulase (glycosyl hydrolase family 5)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 5a8mA00
2J8FA 5LA0A 2AOSA 3VM5A 2EXOA 3VIOA 3GDBA 1V3KA 4AIOA 4AZCB 2PWFA 4OUEA 3U5UA 2GUYA 2WW5A 2VO5A 4FF5A 2XSBA 1U33A 3SUWA 1QI4A 3MUIA 2XVPA 2XIIA 1MW2A 1IZJA 1JXJA 1OT2A 2CHOA 1DWHM 2VUYA 3T2OA 1OINA 5BRPA 1UZ4A 4AZ7A 1HIZA 3L4UA 2VX6A 1VFMA 1ZJBA 1WDSA 2QMKA 1C92A 1E4IA 2OWWA 4DWSA 2YA2A 5I5RA 1O6IA 1MQPA 5F7UA 3PN8A 1EIBA 3POHA 5E09A 1WDPA 2ZUTA 4X0VA 1ITXA 1W3HA 1H41A 2BHUA 1MQQA 4CU6A 1FH7A 4UFIA 1GHRA 5E0FA 4JHZA 3VIGA 1GOMA 1E40A 3AHYA 2XM2A 3WD2A 3N11A 2DT1A 4FLRA 4CU8A 4JCMA 2G4FA 2W67A 1J10A 1ISWA 1SFSA 2WYSA 5IDIA 2ZX6A 2WHLA 5FL0A 2PWDA 1V0LA 4KRTA 1BTCA 1C91A 1HKIA 1LL6A 1JXKA 3PTKA 1CLVA 2WB5A 2C0HA 1UOKA 2VCAA 1JNDA 4KWUA 1LL4A 4H8UA 2OWXA 3CH9A 3EDKA 2A3CA 3W0KA 3WUGA 1Q6FA 4E4PA 1GCYA 1GNXA 3VU2A 3TA9A 2XSAA 2A3HA 4PMXA 1Q6DA 1XSIA 4BS0A 2ZUVA 4A3YA 1M03A 3PZIA 1CGWA 4NSBA 4X0NA 1V6XA 2O9RA 3W38A 1KXQA 1LG2A 3AXXA 4W87A 3A4AA 2ZUUA 5CLTA 1MFUA 3A47A 1JI2A 1ISVA 1G9HA 1EQCA 1R7AA 3UETA 1WO2A 4KH2A 4UQDA 3BAWA 3DHUA 1NH6A 3WF0A 3WFZA 4LPCA 1AQ0A 1UD4A 1H0IA 1KXHA 5GQBA 1XV8A 1NOWA 4PMUA 4UFJA 2G3NA 2BY3A 1B3YA 5A6MA 1ZBWA 2OWCA 1E6XM 1UR0A 3GYCA 4NRSA 3ZMRA 3I3EA 5A6SA 1HP5A 3NCOA 3SEPA 4XZWA 7TAAA 4JZ5A 3L4ZA 1J0JA 1PX3A 1FFQA 1DWGM 1UKPA 4BZYA 1E43A 4ZXOA 1C7SA 1SR0A 4V28A 2Y5EA 5BXSA 2ZX7A 1G0CA 2CPUA 4W93A 3RPMA 1EHNA 3SCVA 4AW7A 3QR3A 3IAQA 1OCQA 3CZLA 3N13A 3PZUA 4LYQA 3WSUA 1BVNP 3L4YA 2Y8VA 3MMDA 3CGTA 3VIPA 1I1WA 1QI3A 1R86A 2J74A 1OB0A 2Y24A 3MV11 1OBAA 1EDGA 2VMFA 2V38A 5A8PA 1WCGA 4AC1X 3EDJA 2NW0A 3AIWA 4YHEA 1E9LA 4RE4A 5BROA 4AZ5A 1UHVA 2J7FA 4ZE5A 2WC3A 4J7RA 4AZCA 2X0YA 4PMQA 2AMGA 2CKRA 4OBSA 4IPNB 2NT1A 3CZGA 5EFDA 4MDPA 4PMRA 4YN5A 3VD3A 2WKLA 1B90A 5I2UA 1XD0A 4AD3A 2VQTA 2AAAA 4M80A 3QOKA 3VIIA 3PHAA 1A47A 3BSGA 3WIJA 2B31A 1HKJA 1CXEA 4WK9A 3VIHA 4TVDA 4GQRA 1MVYA 2XWEA 3GXMA 1CIUA 1HJWA 1OIMA 4F8XA 1BFNA 1WAWA 3WL1A 3OIHA 3L4WA 3ZJ8A 4QLJA 4HMCA 1RP9A 1G94A 2CKSA 4N42A 1B9ZA 1OM0A 3IJ9A 2C8NA 1HKMA 1CEOA 3WKZA 1W3LA 1E0VA 4EK7A 4CD6A 3WD4A 3PTMA 3TONA 2XVNA 1VAHA 1XGZA 1RD6A 1WKYA 3MUZ1 5CPQA 3O6AA 5A95A 1CDGA 3AIRA 1TVPA 3ZJ6A 3K46A 6A3HA 3W24A 3OLIA 3N12A 5I24A 3SCNA 1UZ1A 1ZJAA 3VIFA 5BYWA 4MNKA 5JBFA 2Q8XA 1ZBVA 2VC9A 3CHCA 3WQ4A 2OYMA 4JL1A 2Y4SA 1E73M 4OJYA 4MJ2A 3W26A 1K6AA 4D6JA 2CIPA 4QDMA 2GDVA 3VD7A 2WHKA 1MXDA 1C93A 3RDKA 1A3HA 2VZUA 4EAMA 3I3DA 1XH0A 9CGTA 2J78A 4HOXA 1VFUA 4BF7A 3PZTA 1UD2A 1GONA 3AZSA 1E6NA 5A8QA 4AIEA 1VB9A 3CZKA 3MUAA 3SURA 3CHDA 1J9YA 1TVNA 1MW1A 4N0RA 2DDXA 1PZ3A 3ARQA 3ZIZA 1UR9A 3AJ7A 3BGAA 4R27A 4JFTA 5JIWA 1JGIA 3AISA 4PMDA 3VDBA 2BHYA 2EO7A 4U2ZA 1PX4A 3SCUA 1I75A 2CETA 1UH2A 4MB3A 2D23A 4MDOA 1W1VA 3WF1A 4HOZA 4BQ4A 4WSJA 3GXDA 3SUUA 3SCRA 2JEPA 3F5LA 4AYSA 1CGYA 1E4NA 5HNNA 3MANA 1HVXA 1U2YA 1HX0A 2VCCA 4ACZB 1UH4A 3WUEA 3WUFA 2G3JA 2BNJA 4GI9A 3FN9A 1IT0A 3L2MA 1JZ5A 3AHTA 1JZ8A 4OIFA 4W85A 1NP2A 1XYZA 3WEZA 1KBBA 1ZS2A 1M7XA 4D6FA 3PZVA 1SYTA 1UD8A 2EPOA 5FCZA 3T0DA 4UZUA 3WDIA 3BLPX 1UR8A 4OOUA 2ZWYA 5FOOA 1MFVA 4UFHA 2ZUWA 4AZHA 5AYBA 2W91A 1QBAA 3GXFA 1GQKA 3OGSA 2FHBA 1PBGA 5FKYA 2BHZA 5A6KA 1EDTA 1NARA 5DF0A 1XC6A 1KGXA 2VJXA 4JFUA 2ZX9A 3AYRA 4H2CA 3G6MA 2WHMA 1KB3A 4W8AA 1S46A 4BA0A 1JD7A 1MW3A 3AIQA 2VZSA 3CHEA 1WPCA 2XVKA 5D4YA 3RO8A 2NT0A 4DWSB 1CGTA 1HJUA 2G8ZA 4BCEA 4CGTA 1JL8A 2ZUMA 4YHGA 2O9PA 1H1NA 5BCAA 4JHOA 2PWEA 3QGVA 3LPPA 1NOUA 3S6TA 1W9BM 3VVGA 4MNMA 2QHAA 4TTUA 3WQ6A 3TTOA 1JAEA 2O92A 5E0CA 2YBTA 1UR4A 2CEQA 2J62A 5I77A 1PPIA 3VGFA 3WDPP 5DFAA 4KMQA 2WLYA 3UEQA 3ARXA 2ZICA 2UY4A 5C71A 1JDAA 3GH7A 2BS9A 2VRKA 1MQRA 3W6MA 4JKMA 2GK1A 1V3JA 1KWKA 3WNPA 3W25A 4P7RA 4E8DA 3W6LA 4U2YA 5I23A 1Y7VA 5AC4A 3A3HA 1UR1A 3M07A 4CN6A 2ZE0A 1CWYA 2BV9A 1FH8A 1GPFA 2JF7A 5I3DA 4AD2A 4AZGA 1UWIA 1E4MM 3F5KA 4AD5A 2C7FA 1E72M 2GVYA 4UQBA 4HA3A 1LLOA 5I79A 2OSWA 1JYXA 3WD3A 4PMZA 3CUGA 4W8LA 4BQ2A 1E1FA 5AC5A 1HJVA 4U5IA 2GDUA 4ZE4A 3CIVA 2XFYA 3B9DA 1PAMA 2XFRA 1PIFA 4S3KA 1J0ZA 1M04A 3FXYA 3T09A 3CBWA 1ZBKA 1WB0A 1J18A 1XHGA 2ZXQA 1XYFA 2ZXDA 4EKJA 3ZJKA 2TAAA 1CECA 3RJYA 2YDRA 3TOPA 4GPNA 1J01A 1GOOA 1WDRA 1QW9A 1C7TA 2W66A 4UCFA 1BHGA 5IHRA 4PTXA 3EMCA 4WF7A 5CSUA 3LPOA 3BMWA 2V3GA 4J3VA 3VNYA 4J3UA 4UOJA 3OGRA 2V5CA 3VPLA 1W1TA 2CESA 1DTUA 1JDCA 2E8YA 2VCBA 2WK2A 5D9NA 1UKQA 2BXZA 3PTQA 4ATLA 2XTKA 3PZGA 1LG1A 1VEPA 1QNSA 3AOFA 2A3BA 1W9PA 1OGGA 4PMYA 2V5DA 2XWDA 2J7CA 5HBFA 2D24A 4J27A 5DO8A 2DH3A 5GPRA 3VTRA 1KGWA 3AMCA 1MW0A 4J28A 4BQ5A 2YLLA 1Q6CA 1X1NA 4W88A 4UOZA 1KCLA 1B3VA 1Q4NX 4D72A 1CGVA 1CLXA 4HOWA 1NOFA 1D3CA 4OKDA 4XUYA 1XCWA 1TZ7A 2WC4A 1HT6A 2G3MA 1WZAA 5I78A 4FLSA 3A4XA 5DT5A 2IUZA 5A6JA 2E40A 1OIFA 2D0GA 3HU7A 1OGSA 3AMLA 3WH8A 2WBKA 3T2PA 4GINA 2E4TA 1J0KA 1KCKA 2WZEA 5E9AA 1B3ZA 1E6RA 3KL3A 1ZL1A 4RE2A 4C7DA 2XUCA 4R5EA 1JF6A 1EXPA 3PZ9A 1JZ2A 2VZVA 5A2AA 3WF2A 1IV8A 4DM1A 3IANA 4CN1A 3EDDA 1EO7A 2D2OA 5A8NA 3B8SA 3D3AA 4M8UA 4Z2HA 2D1ZA 5IFPA 2J25A 3NDZA 1W9XA 2GJPA 1C3FA 2G3IA 5EMYA 1B2YA 1WDQA 1W91A 2WM0A 5DT7A 1BLIA 4A3HA 1H3GA 1K9TA 2ZIDA 1ISYA 2VX5A 3UCQA 4CCEA 3WMCA 3KL0A 4P7QA 1ITCA 1R8LA 1AQMA 3WUBA 2VZTA 1QHZA 4KGLA 1JNEA 1KXTA 5EB8A 4XB3A 2J8GA 3MMUA 1VIWA 3ZJ7A 5A3HA 5IFTA 3MUY1 3VD4A 4JAWA 4DUVA 3W81A 3CUIA 2XPKA 2Z1SA 1V0KA 2DIEA 4TVCA 1X6LA 1BYCA 1K9FA 4GXPA 1UWRA 3VM7A 1W2VA 4P7NA 4MAVA 1H0GA 4Q22A 2YL5A 3QHNA 3RMEA 1UWSA 1H49A 1VFOA 4RE3A 4MNLA 3MSGA 3A6OA 3WD1A 3WQVA 3PZOA 2D22A 5CQ1A 3WL0A 3ZT7A 4PTVA 5M3WA 3GH4A 3ALGA 1B0IA 1IZKA 2V3DA 1QW8A 1B3XA 1BG4A 2VQUA 1KQZA 3WENA 4K68A 1AQHA 2WPGA 4TVUA 2YJQA 4Q7NA 3VMNA 1GVIA 1GQJA 2VR5A 3NSNA 2QF8A 4CD7A 1F4HA 1BQCA 3WEMA 4PTWA 2Y2WA 5CPSA 3OBAA 2ZOXA 2DPEA 4PCTA 3EYPA 1V6YA 3GNRA 1FP8A 4PSPA 1JF5A 3UR7A 2IXVA 1Z32X 1GVYA 1HJSA 1WZLA 4ZXLA 2WCAA 1AVAA 1DWIM 1QHPA 1UG6A 3BXWA 3ARSA 1E5JA 2WZIA 2YA1A 2ZUSA 5FD0A 1GHSA 4GO9A 4D6DA 2BXYA 2VVNA 1ZB5A 1ESWA 3II1A 1RP8A 3KZSA 4MB4A 2JFEX 4BQ3A 4M29A 2DGAA 2QPUA 1CENA 5ABEA 1BYAA 1B31A 1NQ6A 4X9YA 4PYSA 3WF4A 2YOCA 1GOIA 4V2XA 2WMGA 3T0BA 3I3BA 1MWOA 3RM8A 1XRVA 3A4WA 4WKHA 1GQLA 2EQDA 4PMNA 1TCMA 3RM9A 1EH9A 2JALA 4MTVA 3VNZA 3CO4A 3EMZA 1XH1A 3OZOA 1KFWA 3W29A 4HU0A 2CYGA 3D5HA 3RM4A 3SCQA 3WMSA 2ZXAA 1XH2A 1QNRA 1UD3A 1GZJA 4JFSA 5CSYA 1BYBA 2W4XA 3WNLA 4YPJA 3MS8A 3AIVA 4HMEA 1J12A 3CMJA 1UKOA 2ESCA 4JFWA 5A6BD 3ZR6A 2GK1B 5JIPA 1VENA 3BLKA 2WKGA 2E9BA 6TAAA 1OD0A 1V0NA 5ECUA 1KBKA 5D8ZA 4M1RA 3LPGA 5D9MA 4WJXA 1LWHA 1CXKA 2VR4A 1JAKA 2J7HA 3VMPA 4F9JA 1K9DA 1O7AA 5BXPA 3GM8A 3T08A 4OBRA 3VMOA 1OT1A 1ZU8A 5E6YA 1XSKA 1MXGA 1L0PA 3GH5A 4D1JA 2A3AA 2VVSA 3ARVA 1GQIA 1VBUA 2YA0A 4DM2A 4PUDA 4UFKA 2RGMA 1D7FA 1JZ6A 3FAWA 5A69A 3PZMA 2W63A 3VGEA 4CUCA 4Z2IA 2F8QA 3AS1A 2VL4A 3WMBA 4GIAA 5BXTA 1UQYA 1C8YA 1OGBA 2J7EA 4QLKA 1LQ0A 4MAZA 4M82A 1E70M 3VGBA 4ACYA 1AMYA 2HVMA 1NWTA 4QLLA 5FIPA 4GKLA 1YHTA 4GZIA 2CBVA 2ZXBA 1E56A 5BWFA 1W1PA 2GSJA 5DEZA 5IXEA 2O9OA 1G1YA 2VRJA 1EDQA 5A2CA 2VX4A 2W62A 1F4AA 3WN6A 1L8NA 3CUHA 1J0IA 5A94A 3AICA 1W9UA 4OOZA 4JKLA 3WNOA 4GI8A 1JZ3A 3SCSA 3ARRA 5ABFA 2BY1A 4V27A 4JCLA 1VEMA 2WANA 4UQ9A 2UY2A 3FNDA 2WAGA 2CBIA 3U7VA 3WH6A 1N82A 1H11A 3L4XA 1CPUA 4P8WA 2V3EA 7A3HA 2OYLA 1V6VA 1TMQA 4TX6A 4Z2LA 4UFLA 3EDFA 8CGTA 1OD8A 4D6CA 3U7BA 3L4VA 1ISXA 3WDHA 2QMJA 1V02A 4J3TA 2X05A 4D71A 3SUTA 3WH9A 3N18A 1KWGA 4FK9A 4P8VA 1V3LA 3MO4A 3VDCA 1E15A 5KZ6A 1LWJA 5A2BA 2WMJA 4W84A 3ZR5A 5KEZA 1LJYA 3UG3A 5I6SA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2J8F A;  5LA0 A;  2AOS A;  3VM5 A;  2EXO A;  3VIO A;  3GDB A;  1V3K A;  4AIO A;  4AZC B;  2PWF A;  4OUE A;  3U5U A;  2GUY A;  2WW5 A;  2VO5 A;  4FF5 A;  2XSB A;  1U33 A;  3SUW A;  1QI4 A;  3MUI A;  2XVP A;  2XII A;  1MW2 A;  1IZJ A;  1JXJ A;  1OT2 A;  2CHO A;  1DWH M;  2VUY A;  3T2O A;  1OIN A;  5BRP A;  1UZ4 A;  4AZ7 A;  1HIZ A;  3L4U A;  2VX6 A;  1VFM A;  1ZJB A;  1WDS A;  2QMK A;  1C92 A;  1E4I A;  2OWW A;  4DWS A;  2YA2 A;  5I5R A;  1O6I A;  1MQP A;  5F7U A;  3PN8 A;  1EIB A;  3POH A;  5E09 A;  1WDP A;  2ZUT A;  4X0V A;  1ITX A;  1W3H A;  1H41 A;  2BHU A;  1MQQ A;  4CU6 A;  1FH7 A;  4UFI A;  1GHR A;  5E0F A;  4JHZ A;  3VIG A;  1GOM A;  1E40 A;  3AHY A;  2XM2 A;  3WD2 A;  3N11 A;  2DT1 A;  4FLR A;  4CU8 A;  4JCM A;  2G4F A;  2W67 A;  1J10 A;  1ISW A;  1SFS A;  2WYS A;  5IDI A;  2ZX6 A;  2WHL A;  5FL0 A;  2PWD A;  1V0L A;  4KRT A;  1BTC A;  1C91 A;  1HKI A;  1LL6 A;  1JXK A;  3PTK A;  1CLV A;  2WB5 A;  2C0H A;  1UOK A;  2VCA A;  1JND A;  4KWU A;  1LL4 A;  4H8U A;  2OWX A;  3CH9 A;  3EDK A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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