5A8NA

Crystal structure of the native form of beta-glucanase sdgluc5_26a from saccharophagus degradans
Total Genus 132
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
132
sequence length
336
structure length
336
Chain Sequence
NDWWDIPYPSQFDVKSLKTQSFISVKGNKFIDDKGKTFTFRGVNIADTGKLLSRNQWQKSLFEELANNWGVNTIRLPIHPVSWRKLGPDVYLGHIDEAVRWANDLGIYLILDWHSIGYLPTEQYQHPMYDTTIKETRDFWRRITFRYQNVPTVAVYELFNEPTTMGNTLGERNWAEWKTLNESLIDMIYASDKTVIPLVAGFNWAYDLSPIKKAPIEREGIAYAAHPYPQKAKPEVKNDKNFFKLWDEKWGFAADTYPVIATELGWVQPDGYGAHIPVKDDGSYGPRIVKYMQKKGVSYTVWVFDPDWSPTMINDWDFTPSEQGAFFKQVMLEAKK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The Quaternary Structure of a Glycoside Hydrolase Dictates Specificity Towards Beta-Glucans
pubmed doi rcsb
molecule keywords PUTATIVE RETAINING B-GLYCOSIDASE
molecule tags Hydrolase
source organism Saccharophagus degradans 2-40
total genus 132
structure length 336
sequence length 336
ec nomenclature ec 3.2.1.73: Licheninase.
pdb deposition date 2015-07-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00150 Cellulase Cellulase (glycosyl hydrolase family 5)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 5a8nA00
3UR8A 2VZUA 1GVYA 4UZUA 3UG4A 2E40A 1V3MA 5BXRA 1WAWA 3D3AA 3KZSA 4D6JA 2BY2A 3WUFA 1MYRA 4BQ5A 4GZJA 1NOWA 5D8ZA 3ARPA 1HKJA 2ZXAA 3PZNA 1HL9A 4HZ8A 2JFEX 1CGXA 1WDPA 1B0IA 1CPUA 1E55A 3AIVA 3WMSA 1GQLA 3DECA 1V6XA 1H1NA 1GHRA 5GNZA 1XRVA 3WL0A 4WF7A 1B3ZA 1XH2A 1ISWA 3CZLA 1BF2A 1G1YA 4UQ9A 4CN1A 1VAHA 3AJ7A 2G3MA 3SCSA 4UFKA 3E1F1 4H41A 3U5YA 2WVTA 1V08A 1B3YA 2DSZA 3OLIA 4HA3A 4JL1A 5CGTA 3ARRA 5A6MA 1OINA 2F61A 4NI3A 4Z2IA 4TOQA 2VMFA 7A3HA 2Q8XA 4D6EA 1L8NA 3WSUA 2YA0A 3SCWA 1FP9A 2J77A 1AMYA 1UR8A 4PN2A 4PTVA 4BS0A 3GXMA 1BG4A 1FFQA 1R87A 4V2XA 3FNDA 4FF5A 1DTUA 3D5HA 1JYXA 3FHQA 1TVNA 4EAMA 5JIPA 5E6YA 1DWFM 2IUZA 4P8WA 2X09A 4PTWA 3VIIA 3VIHA 3A3HA 1PBGA 1NWRA 4EK7A 5JIWA 2WMJA 3MMDA 4U33A 2A3EA 3MUIA 1VFOA 1UWTA 5A2CA 2CBUA 1EOMA 1FHDA 1UYQA 2WB5A 4PEEA 3AQUA 3ARQA 1CENA 3VNYA 3W29A 3L4ZA 1V6YA 5I0DA 4CU7A 3WD4A 4IM4A 5HPCA 2JF6A 1XSIA 1G9HA 5AY7A 1C8XA 4AZ7A 1K9DA 4JL2A 4W88A 2BHYA 2WWCA 3AMCA 2PWGA 4A3HA 3BAXA 4ATDA 4EANA 2A3CA 3MMUA 3WNMA 1PAMA 1BSIA 4U2YA 5D9MA 2X2YA 1BYCA 3WIJA 3AHXA 3W24A 2Z1SA 3QR3A 3WQ8A 3AZSA 5A8QA 3O6AA 5CQ1A 1CDGA 2E9LA 1Q6EA 1UZ4A 1BVZA 1OWQA 2PBOA 3W6MA 4LQ1A 5JBEA 1KQYA 4URIA 3UESA 1K9EA 1OCQA 3F4VA 4GO8A 3AHVA 4IUGA 1LG2A 2ZXBA 2VR4A 4OOZA 1MW2A 3CZJA 1U30A 1UD2A 3DYMA 1EDTA 3TTOA 2DH2A 2WANA 1W3LA 3FHAA 1N82A 1LWHA 3MUAA 1JDAA 3NSNA 3ZJ6A 1DWGM 1HJVA 4P8UA 4LGXA 1LL7A 2BHZA 2FHCA 4TTGA 5I24A 1OB0A 2BFGA 2YL5A 4Q22A 4PSRA 2BNJA 4AD4A 3CLWA 1B3WA 3HJEA 1OM0A 5A6JA 1E73M 2XM1A 3VM7A 1OT2A 4Q7NA 2XIIA 1J11A 4L4PA 3SUTA 4GQQA 1B9ZA 2ZE0A 3WD1A 5IFTA 5HXMA 2D1ZA 1UUQA 4XB3A 4PMQA 2TAAA 1CEOA 7TAAA 1WDRA 1KCLA 3FW6A 4KMQA 4D6IA 1GW1A 2IXUA 2UWFA 1E6SM 2WKLA 3M07A 4P7QA 3VOCA 3MMWA 4UZSA 4OKDA 4M80A 4HOZA 3L2LA 3UETA 4LXFA 4ATWA 4X0VA 1XV8A 1W9PA 4J3SA 2C7FA 4JAWA 3RJXA 4UTFA 1KWKA 4PMNA 3CUJA 4ZE4A 2OWCA 1GVIA 7CGTA 3VDCA 5GQBA 4XZWA 3WUBA 3N15A 4AMCA 3RJYA 2EXOA 2XVNA 1VF8A 1UKSA 1RP9A 2IXVA 3ZM8A 2PWEA 5CPTA 4AZCA 5I78A 2DT0A 3BLPX 3CUGA 4L4OA 3VIJA 4AZCB 3CMGA 2DGAA 4OBSA 3PZOA 6A3HA 1J0JA 3UG3A 1US3A 2J74A 1MQRA 2CYGA 3KL3A 4ZENA 2WBKA 2VVSA 3IJ9A 4A4AA 1F4AA 1GOMA 4X9YA 2JE8A 1ECEA 3GH5A 4M81A 2ZX6A 3EMCA 1QI4A 2VT0A 1E70M 3KWXA 3WNNA 5EFFA 1PX8A 2WVSA 1V0MA 3DC0A 4NRRA 1E4LA 1UH3A 4P8XA 1B30A 4U3CA 3W27A 2XSBA 5LA1A 4H04A 8CGTA 4AXNA 2YA1A 2CHNA 5KEZA 1J01A 1WKYA 3L2MA 5E9AA 2BVTA 2W67A 4D6HA 3SCPA 1PZ3A 5ABEA 4M1RA 1ZS2A 3ZR6A 3GTNA 3IANA 1MQPA 2OWWA 2WMGA 1E72M 3APGA 1VJZA 3VGEA 3QOMA 4MB3A 1C7TA 1WE5A 3A4AA 3I3BA 1BFNA 2ZUVA 1UWIA 2VX6A 2XFYA 2DT3A 3M6DA 1DWAM 3MO4A 2D3LA 2J7EA 3IJ8A 3U7VA 1H09A 1YHTA 2YA2A 3WF4A 2VX7A 3NYDA 3SUVA 3VDAA 1HL8A 1UD4A 2ZUMA 3ZR5A 4MNJA 2NT1A 3FXYA 4KRUA 1NM9A 1HJXA 3B9EA 2WXDM 1M01A 4Z2KA 5D4YA 3VGFA 5BWFA 1QW9A 2WWDA 3PZIA 2VR5A 1AQ0A 1XSKA 4M8UA 3TTSA 4S3KA 3OGVA 2QV4A 1X1NA 4BA0A 1CXEA 2J7FA 4MNLA 1MQQA 1W3JA 2EQDA 1LJYA 4PMYA 2ZX5A 2GJPA 3ZJ8A 2E9BA 4HOWA 2AMGA 1CXLA 3GXIA 2BY1A 1ZBWA 1HXJA 1TE1A 4D72A 5M17A 3ALFA 4F9JA 1E6XM 1B3XA 5CZKA 4W5ZA 1DWJM 4Z2JA 4MDOA 1FA2A 4WKAA 4DUWA 2WW5A 1JF6A 3K8MA 2J25A 4HA4A 2E0PA 2CXGA 1EXPA 1M04A 4ZEPA 1LG1A 4D6GA 1V3HA 1BYAA 1JZ2A 3ECQA 4NF7A 1W3HA 2ZXDA 3UERA 3HMCA 1KFWA 1JI1A 1W3KA 4AD2A 5BXSA 3WFLA 3WH6A 1VFUA 2UY4A 3O2LA 4CN6A 1VEMA 5BYWA 2XVGA 1HKKA 5HBFA 3VGDA 1A47A 1J12A 1OGGA 1E43A 2WAGA 2NW0A 2QMJA 2CEQA 4CGTA 4J7RA 1J18A 2WBGA 1JNEA 2XFFA 1UA3A 1F4HA 1PZ2A 1V6VA 1XCWA 3AS3A 5LYRA 3ZOAA 4JKMA 4UQAA 1EGZA 3GNPA 3AS0A 2ESCA 4QCFA 1KXHA 2DH3A 2WMFA 5D9NA 2DIJA 3SCRA 1CXHA 2EPMX 4PTMA 1VEPA 3EDEA 4CD5A 3QHNA 2ZUTA 3AZRA 2CBJA 4OZOA 3BC9A 3AISA 1CLXA 2GSJA 1E5NA 1BG9A 1E4IA 3WD3A 4WSKA 1JG9A 2BV9A 3S2CA 4CCEA 4DUVA 4KGLA 4JFWA 1K9TA 4C7DA 3RIKA 1E3XA 2E8YA 1H49A 3IJ7A 2EPKX 3T2PA 2E9MA 1FOBA 1HJUA 3SCTA 2QHAA 1E1FA 2QF8A 2XTKA 2W92A 3WF1A 1MW0A 1NWSA 1TMQA 3DHPA 4AD0A 4JFTA 4UCFA 1KGWA 4CKQA 5AC5A 3EBVA 1VB9A 2D22A 2CKRA 4B3LA 1R8LA 2E4TA 2HVMA 2VRQA 4U5IA 3WDRA 1VBUA 2WCAA 1TCMA 3PTQA 4WK9A 1I1XA 5ABFA 5ABFB 5C71A 4J3WA 5E09A 1WZAA 1D3CA 2YDSA 5CPSA 3AS1A 3OGRA 3PBGA 1GNXA 4UFLA 4TX8A 3GNRA 1SR0A 1MFVA 1V02E 1YQ2A 1K9FA 1ODZA 3LPPA 3U7BA 2WLZA 2WYSA 1CWYA 2XM2A 3PTMA 4S3JA 4C7FA 3N17A 1M7XA 5FKYA 4AZBA 2ZUWA 3T2QA 5FL0A 5GPRA 2EBNA 2FGLA 1W9DM 5CJ5A 4H8UA 4UFHA 3JUGA 2W62A 2EJ1A 1W9UA 1EIBA 2O9TA 4XV0A 3AMGA 2D0GA 4A3YA 1QW8A 2ZWZA 3LPFA 1GPFA 2WVUA 1UZ1A 1QNRA 1H41A 1XYZA 2PB1A 1JYNA 2G3IA 4U3AA 1KCKA 5EB8A 2BXYA 1H0IA 2GJXA 4XUYA 3T2OA 3VD7A 2D3NA 2GJXB 1J0HA 2Y2WA 1KB3A 2J62A 5FL1A 4R5EA 4HMCA 5I23A 1H0GA 3L4TA 1E6RA 4ZFMA 3POHA 4DM2A 5I6SA 3ZT7A 5DMYA 5I2UA 2PI6A 1UWSA 3VIPA 5A2BA 1JL8A 3WH8A 1EDGA 4CU6A 1KGUA 1JZ3A 4Z2HA 1G01A 1TA3A 2A3HA 2J8GA 3AZTA 1TA3B 2DEPA 1TG7A 3VX0A 3F5JA 5D8WA 4HA1A 2XJ7A 1Q6GA 3GH7A 1AVAA 3U57A 2XWEA 2WC3A 3RO8A 1XD0A 3NJ3A 5M5DA 4TVCA 1E56A 1UQYA 1JD9A 2J7GA 3WF2A 3AIEA 3T09A 3CHEA 3TTQA 3WQ5A 3QHOA 4MJ2A 1M53A 1HKMA 3VDHA 1H11A 1V6UA 1BPLB 1E6QM 1IZKA 2ZX8A 3ZJKA 3PN8A 4F8XA 5DT7A 1Q6FA 1V0KA 4CD7A 1WZLA 5A6BA 1E4NA 2J7CA 5IHRA 5A95A 1HVQA 1B31A 3HU7A 4GKLA 1JDDA 4F79A 3VO0A 5A6KA 2OLHA 1KBBA 1GUVA 4MNMA 5BRPA 2WZHA 1SYTA 3K46A 3VMPA 3W81A 2J75A 4MB5A 3ZQ9A 4GZEA 4HMDA 1E6ZA 3WKZA 1H3GA 1UR0A 4W93A 4W84A 2VZTA 1TVPA 3MUZ1 3VDBA 2X05A 5GNYA 4P7RA 3T08A 4W7UA 1ITCA 4P8VA 3CUIA 3GNOA 3OBAA 5DF0A 3EDDA 4CD8A 1KXQA 1VRXA 3PZ9A 4PMOA 1PX3A 1OD0A 1GOIA 1UR4A 1ZJBA 1HP5A 3W37A 1JFXA 3N11A 1VFFA 3WY1A 4CVWA 4Z2LA 4H2CA 3AMDA 3UCQA 4QLKA 1WP6A 2CBIA 2DDXA 4M56A 2E8ZA 4B15A 1HF6A 4H8VA 4LPCA 5A6BD 4J3VA 4P7NA 2NT0A 3AICA 4BQ2A 1LQ0A 3CGTA 2XYLA 3POCA 2PBGA 3NIYA 3VIFA 3CIVA 3BXWA 2DSKA 4HU0A 3SUUA 3W28A 2V3DA 2XVKA 3BGAA 4GINA 3SCQA 4U2ZA 3RCNA 4DM1A 2ZWYA 4BF7A 4DWSC 1SMAA 5CG0A 1ISZA 1DWHM 2JEQA 4PYSA 1MWOA 2GUYA 3MUY1 1BTCA 1HIZA 2ZIDA 3BCDA 1TR1A 2VTFA 2FHBA 2OYMA 4MPKA 5FCZA 4AY1A 3WDPP 5A2AA 3AHZA 1IZJA 3II1A 5ABHA 5HOSA 3B9DA 2VJXA 2WHMA 4EE9A 4NZCA 1C91A 2D2OA 1GZJA 3VGGA 1BYDA 4TUFA 1E6NA 2EEXA 2EPLX 4MTVA 3CBWA 1W1TA 1XSJA 4MAVA 4CD4A 5A3HA 2YOCA 4YHEA 1CGYA 1DP0A 6TAAA 4YHGA 5KZ6A 1HVXA 3BAIA 2OSXA 4XZBA 1B2YA 1NOFA 4MB1A 3WQ6A 2DIEA 1BLIA 2Y24A 3AXXA 1FHLA 1JYVA 1HT6A 1KXVA 1ODUA 1QNOA 4C7GA 4F9DA 1BGGA 4IPLA 3GXFA 4AW7A 3BAYA 1HNYA 1VIWA 1JGIA 3WFZA 2B31A 4GPNA 1VJSA 2GJRA 2J7BA 2V5CA 1E4MM 4Y7EA 1OGSA 1NWTA 3BMVA 4JIEA 3VNZA 3SCNA 1CGUA 1Z32X 4M24A 4PMUA 3CZKA 1G0CA 2VCBA 5C8BB 1CLVA 2GK1A 1GOWA 2GK1B 3OG2A 3SUWA 3WDQA 3SCVA 2YL9A 4B3KA 1SMDA 3AMLA 4PUDA 3A6OA 1HP4A 3GH4A 3TP4A 4V28A 1JXJA 4MNKA 3F5LA 2CKSA 2WC4A 2C8NA 3RM4A 2QPSA 1OSEA 2VCAA 2YKKA 1H2JA 3PZGA 3KL5A 5DEZA 3MV11 1EHAA 3OIHA 3VIGA 3MV01 3OLDA 4WLCA 2UY2A 5FOOA 1CXFA 4QLJA 1HKIA 2WPGA 4CU8A 4PTXA 2OWXA 4W8BA 3M46A 2VURA 3L4YA 4WKHA 3S6TA 3SUSA 3WQVA 2RGLA 4UR9A 2VCCA 1R86A 1AQMA 4AWEA 1CXKA 4AZHA 5C70A 1WCGA 3VGHA 2WZEA 1WNOA 1C92A 4BCEA 1R85A 2XGBA 1CIUA 4Z2GA 1NARA 4W86A 5CXPA 2BS9A 4AEFA 2V38A 1OBAA 1VENA 3WH5A 3GBDA 5D9PA 3FN9A 5JBDA 1UR1A 1HX0A 4JCMA 3BAJA 5LA0A 3BAWA 1J10A 3MSDA 5CPQA 2F2HA 3WEZA 4ZXOA 2J78A 1CTNA 3ZO9A 1GQKA 3VMOA 1MW1A 2PC8A 4U5KA 2CERA 3WDIA 2OYKA 4N42A 4AZGA 3ZJ7A 1E1EA 3WENA 4FLSA 3ARWA 4CN4A 2VZVA 3A4WA 1EH9A 3NUKA 1E0VA 2D20A 4AZIA 2AOSA 2O9OA 1Q6CA 2VQTA 1LL4A 2W4XA 3AROA 2VX4A 4DWSA 4DWSB 2G41A 1PPIA 3BH4A 1ITXA 1XH1A 3AHTA 4GIAA 1W1YA 1EO5A 4UOQA 1UH4A 2FH6A 1QNPA 4WKFA 4NRSA 5BXTA 2BY0A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3UR8 A;  2VZU A;  1GVY A;  4UZU A;  3UG4 A;  2E40 A;  1V3M A;  5BXR A;  1WAW A;  3D3A A;  3KZS A;  4D6J A;  2BY2 A;  3WUF A;  1MYR A;  4BQ5 A;  4GZJ A;  1NOW A;  5D8Z A;  3ARP A;  1HKJ A;  2ZXA A;  3PZN A;  1HL9 A;  4HZ8 A;  2JFE X;  1CGX A;  1WDP A;  1B0I A;  1CPU A;  1E55 A;  3AIV A;  3WMS A;  1GQL A;  3DEC A;  1V6X A;  1H1N A;  1GHR A;  5GNZ A;  1XRV A;  3WL0 A;  4WF7 A;  1B3Z A;  1XH2 A;  1ISW A;  3CZL A;  1BF2 A;  1G1Y A;  4UQ9 A;  4CN1 A;  1VAH A;  3AJ7 A;  2G3M A;  3SCS A;  4UFK A;  3E1F 1;  4H41 A;  3U5Y A;  2WVT A;  1V08 A;  1B3Y A;  2DSZ A;  3OLI A;  4HA3 A;  4JL1 A;  5CGT A;  3ARR A;  5A6M A;  1OIN A;  2F61 A;  4NI3 A;  4Z2I A;  4TOQ A;  2VMF A;  7A3H A;  2Q8X A;  4D6E A;  1L8N A;  3WSU A;  2YA0 A;  3SCW A;  1FP9 A;  2J77 A;  1AMY A;  1UR8 A;  4PN2 A;  4PTV A;  4BS0 A;  3GXM A;  1BG4 A;  1FFQ A;  1R87 A;  4V2X A;  3FND A;  4FF5 A;  1DTU A;  3D5H A;  1JYX A;  3FHQ A;  1TVN A;  4EAM A;  5JIP A;  5E6Y A;  1DWF M;  2IUZ A;  4P8W A;  2X09 A;  4PTW A;  3VII A;  3VIH A;  3A3H A;  1PBG A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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