5A8OA

Crystal structure of beta-glucanase sdgluc5_26a from saccharophagus degradans in complex with cellotetraose
Total Genus 132
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
132
sequence length
336
structure length
336
Chain Sequence
NDWWDIPYPSQFDVKSLKTQSFISVKGNKFIDDKGKTFTFRGVNIADTGKLLSRNQWQKSLFEELANNWGVNTIRLPIHPVSWRKLGPDVYLGHIDEAVRWANDLGIYLILDWHSIGYLPTEQYQHPMYDTTIKETRDFWRRITFRYQNVPTVAVYELFNEPTTMGNTLGERNWAEWKTLNESLIDMIYASDKTVIPLVAGFNWAYDLSPIKKAPIEREGIAYAAHPYPQKAKPEVKNDKNFFKLWDEKWGFAADTYPVIATQLGWVQPDGYGAHIPVKDDGSYGPRIVKYMQKKGVSYTVWVFDPDWSPTMINDWDFTPSEQGAFFKQVMLEAKK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The Quaternary Structure of a Glycoside Hydrolase Dictates Specificity Towards Beta-Glucans
pubmed doi rcsb
molecule keywords PUTATIVE RETAINING B-GLYCOSIDASE
molecule tags Hydrolase
source organism Saccharophagus degradans 2-40
total genus 132
structure length 336
sequence length 336
ec nomenclature ec 3.2.1.73: Licheninase.
pdb deposition date 2015-07-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00150 Cellulase Cellulase (glycosyl hydrolase family 5)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 5a8oA00
3WD4A 3GZAA 1YQ2A 1B2YA 4MB4A 1KR0A 4XB3A 3A4WA 1BYCA 1LWJA 2AOSA 1KCKA 1VENA 5LA2A 4J7RA 3T2QA 1C93A 2A3AA 4U2YA 3NDZA 2C0HA 1JZ4A 2CEQA 4TTUA 2NT1A 4ATDA 1NH6A 3W26A 1M04A 1V3LA 4UZSA 4AD3A 1GW1A 4GZIA 1V0MA 3BSHA 2MANA 1HKJA 1O6IA 2XFRA 3L2LA 5JIPA 4WSKA 2ZWZA 4TXEA 3NCOA 1E15A 3BH4A 4IPNB 3ZT5A 3CUHA 4KRUA 1BGAA 1K9TA 3GBDA 3EDEA 1E56A 3ARZA 5BXPA 1CDGA 4P7OA 4UQDA 3KE0A 2XVPA 3W37A 5ABFB 4V28A 1JZ5A 1S46A 3WF4A 1UKOA 2GDUA 5GNYA 1VF8A 4HU8A 4AD5A 1G94A 3L4TA 4GI8A 4GI9A 4CD7A 5JBDA 5EBAA 4NI3A 2WWDA 4GXPA 1XH2A 3W27A 4GQRA 2VOTA 1B1YA 7TAAA 4NRRA 4GIAA 4WIWA 1QW9A 1LF1A 1UOKA 1OT1A 3VIMA 4AEFA 1BQCA 3PTQA 1XC6A 4JCLA 5E0FA 5A6BA 5LA0A 3MKKA 2XJ7A 3WNLA 3U57A 1B3WA 2WYSA 5IDIA 3L4ZA 2C7FA 1B0IA 1EXPA 5A69A 1IZKA 5KEZA 4W5UA 1QI0A 1TVPA 1K6AA 1DWJM 2VVNA 4ACZA 2D1ZA 1GJUA 1J11A 4PTMA 2GJPA 1F4AA 1WDRA 4MNMA 1LG1A 3OZOA 2VL4A 1JZ7A 3B8SA 3CMGA 2VCBA 4KWUA 1TUXA 4H04A 1NOUA 3DECA 3OIHA 3N15A 2BXYA 4M1RA 2X09A 5IXEA 1E5JA 2WKLA 1WPCA 2DT2A 2YIHA 3VGFA 3PBGA 1VEPA 4YN5A 1PJ9A 3M46A 3AIQA 1WNOA 2D23A 1GOWA 1JZ2A 4MADA 5D9NA 2W66A 2D3LA 3MMWA 3ARTA 1KXQA 4JCMA 3UG4A 4AZCB 4GO8A 1LL4A 3SCOA 4HTYA 1HJSA 3W6MA 1FHDA 3BCDA 3WDIA 2J75A 3T2PA 4U2ZA 3BAJA 2GDVA 2DIJA 3ARVA 3KZSA 3GM8A 1QPKA 2ZUVA 3WY1A 4BCEA 2GK1A 1C8YA 4ACYA 1QI5A 1M01A 4MAVA 4PYSA 1H4PA 2UY5A 4W7WA 3ARPA 1QBBA 3S2CA 2HISA 1ZU8A 3BAYA 5CQ1A 2NW0A 3TTQA 3WUEA 4TUFA 2AAAA 3U7BA 1VB9A 2QF8A 2ZIDA 3EDJA 3FW6A 3F5LA 2J8GA 1U33A 1OINA 3GNOA 3FN9A 4QP0A 3UESA 5BCAA 5EMYA 1PPIA 2IXVA 3WF3A 1CGWA 3K4DA 3WD0A 4FLRA 4HZ7A 4AZGA 4W89A 2Z1SA 3A3HA 4D6EA 1EGZA 1EH9A 3M07A 3WUBA 4AXNA 2YA0A 3FNDA 4PRWA 3ALFA 4XZBA 3WNNA 1X6LA 2JIEA 4IM4A 7A3HA 5A1AA 2XWEA 3WFZA 2WMIB 2FH8A 1BYDA 1Q6DA 2WBKA 2D0GA 3IANA 3EMQA 1BG9A 1AQMA 4PSPA 4Z2JA 1E4LA 2DSKA 4CD8A 4CVWA 4HMCA 1B3YA 1KQZA 3WMCA 1J0ZA 2WSPA 2RGLA 3A47A 3PZQA 2VX6A 1ODUA 3NSMA 2PB1A 3VNYA 4BQ4A 1E70M 1K9DA 2V5CA 1E55A 5FCZA 2B31A 4AEEA 1AQ0A 4D6CA 1M53A 3WNKA 3AS2A 3QR3A 1V3HA 2FHFA 4X0NA 3JUGA 2CIPA 4HZ6A 3SCWA 4CU6A 1HP4A 1GHSA 2PF0A 1NM9A 1TZ7A 2G4FA 2VCCA 3KL5A 3T2OA 2VR4A 3LPGA 3SCUA 1ZJBA 1BHGA 1MW0A 2BS9A 2W61A 3FAXA 3SUSA 1I1WA 4D1JA 1GQIA 5DEZA 1PEZA 3EYPA 2UWFA 2VX4A 4HPGA 4ZENA 4LPCA 3SCQA 4HPHA 1KQYA 3L4VA 3FAWA 3L4WA 4MNKA 2FHCA 3GYCA 9CGTA 5A6BD 1E71M 1LL6A 1XHGA 3F4VA 3SUVA 3NYDA 4M24A 2WSKA 4DWSB 1H5VA 3WEOA 1Q6EA 2WZHA 1EDGA 4UZUA 4WLCA 2BFGA 3VD9A 1G1YA 1CXLA 3AS3A 3ARRA 1C90A 4AD1A 3GXDA 3ARYA 3WD1A 1DEDA 2PWHA 3RM9A 2QV4A 3N1AA 1QNOA 1UQYA 1MW3A 4D72A 4EE9A 4JFVA 1JXJA 1GOKA 5A6LA 1PX4A 3QOKA 3A4AA 1J0JA 5ABEA 3CZGA 2FH6A 2EPNA 3QOMA 4P8VA 1BVNP 1KXHA 1QHOA 3I3DA 4UQ9A 2YDQA 5CSYA 2X0HA 4MNJA 1SFSA 4M56A 4WF7A 1UG6A 3K8LA 4KMQA 3ZJ8A 3SUWA 2IXUA 3A6OA 3QHNA 1CZ1A 2VQTA 2G3JA 2X2YA 3UCQA 1JZ6A 1QNPA 2VRKA 4P7LA 3VNZA 3APGA 1WAWA 1E6ZA 3BCFA 1PZ3A 3I3EA 1ESWA 2VR5A 2YL5A 3FHAA 3VIJA 2G3NA 3N18A 1PIFA 1OGGA 5D8ZA 2VO5A 1N82A 3AFBA 3GNRA 1BAGA 3T0AA 2JALA 5CPSA 3L2MA 4OUEA 4PMXA 1FA2A 1L0PA 3POCA 4HU0A 2Y2WA 4QLJA 2XGBA 5A8PA 3CHFA 4CN1A 1R7OA 1GQJA 3GH7A 4WJXA 1ZBVA 3EMCA 3VX1A 4MAZA 4H7VA 4QFUA 1OB0A 5D9OA 2HVMA 4Z2HA 4FLSA 1TVNA 3CHCA 2OYKA 3PZMA 1MXDA 1VFOA 4E8CA 1V02A 3AXIA 6CGTA 1V3MA 4C7GA 1FOBA 1HVXA 1W1VA 5E0CA 5AYBA 1CXEA 1XGZA 1UR1A 4MJ2A 2X05A 4W93A 3OBAA 1QHPA 1JDDA 2GUYA 4NF7A 1QW8A 3BMVA 4XX6A 4B16A 2WHKA 5BRPA 3ZSSA 2YBTA 2J7EA 3BAKA 3F5KA 2JF7A 1E40A 2J79A 3F5JA 2BV9A 1UUQA 4AZ6A 1PZ2A 3NIYA 2YJQA 1AMYA 3VD3A 5M03A 4CCCA 3WF0A 3BAXA 4AZBA 4JKLA 2W91A 3AS1A 4PMDA 4AZIA 1E4IA 1HNYA 1J10A 4NRSA 5CXPA 2XTKA 4B15A 3AMDA 1Y7VA 1M7XA 1C91A 4F66A 5GNXA 2CBIA 3RPMA 3GBEA 4UFJA 4QCFA 2VX5A 4AZ5A 2CBJA 3RIKA 1E6SM 1KGWA 3VKKA 1OM0A 3VGEA 2D3NA 1CGVA 2CESA 1QI2A 4CU7A 1Q6FA 5GNZA 7CGTA 4GKLA 3WDQA 3VOCA 4LYRA 4OBSA 4FK9A 3VO0A 1XH1A 2WHJA 2OWWA 4JKKA 1R7AA 4W85A 5HPCA 1H0GA 4MDPA 3ARSA 1J0IA 1O7AA 5I3DA 3UERA 3TTOA 1W32A 1W9VA 4ZE5A 4JIEA 3AZRA 5E09A 1TMQA 2BY1A 1G01A 2OWCA 4OIFA 2DSWA 2WANA 1BSIA 1E6QM 2DT3A 1IV8A 5A95A 2CHNA 4AMCA 3THDA 3WH7A 4CKQA 3D5HA 2J7FA 1XCXA 3RM8A 2J25A 2GSJA 4P8UA 2CBUA 1FP9A 3T0DA 1ITXA 2A3BA 1KXVA 4CUCA 3AZTA 2OWXA 1VAHA 3AHVA 1MQQA 2XYLA 1C7TA 3MUZ1 4Z2KA 3AYRA 3CZEA 4H41A 3W25A 3CHDA 1HL9A 1E6NA 4GI6A 3II1A 2V3GA 2X0YA 1W9DM 4ACZB 1UH3A 5A6AA 1PX8A 2VC9A 2WVTA 1JYNA 2WPGA 4UFIA 3RCNA 1GQLA 4TX6A 1EOKA 1CGUA 3GXIA 1B3ZA 3ECQA 3MUAA 1KCLA 3LMYA 1QHZA 3WF2A 1UH2A 4F9DA 1MFUA 3VD5A 2PI6A 5DF0A 1X1NA 4WKAA 2XGIA 2QMKA 5A6KA 1UR4A 2ZXBA 1KXTA 3VMNA 1H1NA 2WHMA 5FKYA 1TR1A 3AMCA 1C8QA 3BLKA 1CNVA 1FFQA 1WE5A 3WFLA 2YA1A 3TONA 1RD6A 1CIUA 1QNSA 1EQCA 4HZ8A 5CPQA 4DM1A 1W1PA 1XSIA 1ZB5A 3QHMA 2CKRA 3WDPP 2BNJA 1HIZA 1E43A 1MQRA 1R8LA 2GK1B 1UA7A 1VBRA 3WDRA 3SURA 2ZWYA 1JI2A 2Y8KA 1GHRA 3VDCA 2CPUA 2Y8VA 3AIUA 1NQ6A 5BXRA 1W2VA 1UYQA 1HVQA 1UKPA 4N0RA 4KGLA 1QOXA 4AIUA 2WMFA 2V3DA 1US3A 4M81A 4JFUA 1J0YA 2PBOA 2A3EA 2XHYA 3QHOA 3VIIA 1JFHA 1K9FA 1JGIA 3BLPX 1OWQA 1EO5A 3VIKA 2ZUUA 5C70A 5HXMA 1BFNA 3CUIA 5D4YA 4AW7A 3WH8A 1R86A 2VQUA 4RL3A 3VU2A 2EEXA 2DSVA 1Z32X 2O9PA 3OB8A 2W5FA 4UTFA 5IHSA 5DT7A 1NWTA 4UQEA 1UA3A 2JFEX 1IT0A 3WBAA 1JL8A 4UOZA 1V3IA 3CZKA 5JUVA 1K9EA 2XFYA 2WWCA 1EHNA 5FOOA 1V02E 3G6LA 4CVUA 3WF1A 1US2A 4UFHA 1OT2A 2BHYA 3NSXA 4UOJA 2VZVA 2YDSA 1NWUA 4A4AA 2VURA 4MPKA 1JF6A 3CMJA 4J3SA 4X0VA 3LPPA 3ZIZA 3WUGA 3BAIA 2XWDA 1QI3A 3THCA 2CBVA 4JKMA 3VIGA 1JNDA 4UQCA 1TFVA 4MB5A 3ARXA 2BHUA 2ZE0A 3GH5A 1CGXA 1G9HA 3MANA 3EBVA 1EA9C 1WCGA 2VZUA 2WVVA 4MB3A 2WXDM 1IZJA 4ZEPA 4NSBA 3OGVA 3WEMA 4LX4A 1CXHA 4M82A 5EFFA 2CETA 1RP9A 3SCVA 3W29A 3UG3A 2EPOA 4OOZA 3OZPA 1SYTA 2E0PA 4W86A 2PC8A 3PZGA 2V5DA 2E4TA 4Q22A 4Z2IA 1KWKA 1UZ4A 3WIJA 2QHAA 1V6VA 4AD2A 4NZCA 2DDXA 4PN2A 4ZE4A 1BLIA 4L4OA 2E9BA 1VFFA 4DUXA 1HX0A 1D3CA 2XVNA 2DT1A 2PBGA 2XSAA 3K8MA 2FHBA 3WELA 3DYMA 4Z2GA 2J7GA 2D20A 4PSRA 2XM2A 1KR1A 1ITCA 1WZKA 3SUTA 1UKTA 4AIEA 3VD7A 1FFRA 1E6PA 4PBGA 2DSUA 5D8WA 5FL0A 1GZJA 3UR7A 1JZ8A 1JNEA 2BXZA 1JD7A 2UY2A 3IJ8A 4Y7EA 2E8YA 4D6JA 3WD2A 3WH5A 1NOFA 1B31A 3NJ3A 3AMGA 4TTGA 5CG0A 5CLTA 1CLVA 1GOMA 1E0WA 1JXKA 3DHUA 3UETA 1MW1A 1J18A 1XCWA 4EANA 2OYMA 2BY0A 2JEPA 1UD8A 3VUPA 4GZEA 3FHQA 2ZXQA 3BC9A 3WH6A 2GJRA 2WMKA 2WC4A 3VGDA 3T09A 4F8XA 1GORA 3WNMA 3TP4A 2ESCA 2WMGA 2YBUA 3BMWA 4D71A 1E72M 1HJVA 1PX3A 1QVBA 4RE2A 2JF6A 2A3CA 2YL8A 4EKJA 3AS0A 4R5EA 3KL3A 4D6HA 1XSJA 2WCSA 2QPUA 1AQHA 3SCSA 1BTCA 4S3KA 4J28A 4TVDA 2XIIA 5I0DA 1LG2A 1NP2A 1WZLA 3N9KA 1E9LA 3VGGA 5FL1A 2CKSA 4FLOA 3AIRA 4PCSA 5A6SA 2JIWA 1NARA 2JEQA 3WBEA 1V3KA 1ZBCA 2VJXA 3OGSA 1ZBWA 3CUGA 3MV01 1WDPA 4H8UA 4ATWA 2J8FA 5GPRA 3B9EA 1ISXA 2ZICA 4IUGA 2WCAA 3AIEA 3WQ6A 3N17A 1J9YA 5CZKA 5C8BB 3RM4A 2GJXA 3RJXA 4GPNA 1H0IA 1CXIA 2VVSA 3POHA 3WNOA 2DH2A 1TG7A 2PWGA 3QGVA 1E1EA 2NT0A 3MUIA 3AJ7A 2VRQA 1W9BM 1UKSA 4BS0A 1WO2A 1RH9A 2F61A 4AIOA 4U33A 4HOWA 3HU7A 3PZNA 5M17A 1G5AA 3NDYA 4P7QA 4QAWA 3RO8A 5TD4A 3IK2A 3MSGA 1UQZA 4W7UA 1BYAA 2ZUMA 4J3UA 4AYSA 4CN4A 1J0HA 4MNLA 1KFWA 1X6NA 5DO8A 1JZ3A 2ZUTA 1OGBA 2WMJA 1CXFA 2ZX8A 3WQ8A 2EPKX 2VMFA 4U3AA 3ZT7A 2XVKA 2WK2A 3GXMA 1W1YA 4HMDA 2YL9A 4HMEA 5CJ5A 2DIEA 2EXOA 2XG9A 4B9YA 3K4AA 2CERA 1V03A 4UNIA 4JFSA 3HN3A 1TA3A 3OG2A 5BRQA 1GPFA 3VM7A 3ZM8A 2ZOXA 1SR0A 2DH3A 4YHEA 1HKMA 2Z1KA 4GINA 2VI0A 2VX7A 2DEPA 5E9AA 1E5NA 4CN6A 1G0CA 4V27A 2CCRA 1GONA 5E70A 1H49A 3T0BA 1ZL1A 5A8MA 3WDHA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3WD4 A;  3GZA A;  1YQ2 A;  1B2Y A;  4MB4 A;  1KR0 A;  4XB3 A;  3A4W A;  1BYC A;  1LWJ A;  2AOS A;  1KCK A;  1VEN A;  5LA2 A;  4J7R A;  3T2Q A;  1C93 A;  2A3A A;  4U2Y A;  3NDZ A;  2C0H A;  1JZ4 A;  2CEQ A;  4TTU A;  2NT1 A;  4ATD A;  1NH6 A;  3W26 A;  1M04 A;  1V3L A;  4UZS A;  4AD3 A;  1GW1 A;  4GZI A;  1V0M A;  3BSH A;  2MAN A;  1HKJ A;  1O6I A;  2XFR A;  3L2L A;  5JIP A;  4WSK A;  2ZWZ A;  4TXE A;  3NCO A;  1E15 A;  3BH4 A;  4IPN B;  3ZT5 A;  3CUH A;  4KRU A;  1BGA A;  1K9T A;  3GBD A;  3EDE A;  1E56 A;  3ARZ A;  5BXP A;  1CDG A;  4P7O A;  4UQD A;  3KE0 A;  2XVP A;  3W37 A;  5ABF B;  4V28 A;  1JZ5 A;  1S46 A;  3WF4 A;  1UKO A;  2GDU A;  5GNY A;  1VF8 A;  4HU8 A;  4AD5 A;  1G94 A;  3L4T A;  4GI8 A;  4GI9 A;  4CD7 A;  5JBD A;  5EBA A;  4NI3 A;  2WWD A;  4GXP A;  1XH2 A;  3W27 A;  4GQR A;  2VOT A;  1B1Y A;  7TAA A;  4NRR A;  4GIA A;  4WIW A;  1QW9 A;  1LF1 A;  1UOK A;  1OT1 A;  3VIM A;  4AEF A;  1BQC A;  3PTQ A;  1XC6 A;  4JCL A;  5E0F A;  5A6B A;  5LA0 A;  3MKK A;  2XJ7 A;  3WNL A;  3U57 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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