5A8P | Genus

Total Genus 134

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	134
sequence length	336
structure length	336
Chain Sequence	NDWWDIPYPSQFDVKSLKTQSFISVKGNKFIDDKGKTFTFRGVNIADTGKLLSRNQWQKSLFEELANNWGVNTIRLPIHPVSWRKLGPDVYLGHIDEAVRWANDLGIYLILDWHSIGYLPTEQYQHPMYDTTIKETRDFWRRITFRYQNVPTVAVYELFNEPTTMGNTLGERNWAEWKTLNESLIDMIYASDKTVIPLVAGFNWAYDLSPIKKAPIEREGIAYAAHPYPQKAKPEVKNDKNFFKLWDEKWGFAADTYPVIATQLGWVQPDGYGAHIPVKDDGSYGPRIVKYMQKKGVSYTVWVFDPDWSPTMINDWDFTPSEQGAFFKQVMLEAKK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

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loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__486069276591531__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__486069276591531__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/5A8P/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__486069276591531__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"486069276591531","bgcolor":"white" }

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Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__486069276591531__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d04055ca0da437df5d7a941/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d04055ca0da437df5d7a941/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d04055ca0da437df5d7a941/pdb.gz)

Time for openFile(/file/5d04055ca0da437df5d7a941/pdb.gz): 11 ms

File Error:unrecognized file format for file

https://genus.fuw.edu.pl/file/5d04055ca0da437df5d7a941/pdb.gz

Service Unavailable

loadScript /static/js/j2s/core/coretext.z.js

script ERROR: unrecognized file format for file

https://genus.fuw.edu.pl/file/5d04055ca0da437df5d7a941/pdb.gz

Service Unavailable

----

load <<<<"/file/5d04055ca0da437df5d7a941/pdb.gz"

Script completed

Jmol script terminated

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
source organism	Saccharophagus degradans 2-40
publication title	The Quaternary Structure of a Glycoside Hydrolase Dictates Specificity Towards Beta-Glucans pubmed doi rcsb
molecule keywords	PUTATIVE RETAINING B-GLYCOSIDASE
total genus	134
structure length	336
sequence length	336
ec nomenclature	ec 3.2.1.73: Licheninase.
pdb deposition date	2015-07-16

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00150	Cellulase	Cellulase (glycosyl hydrolase family 5)

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	5a8pA00

4WK9A 1FHDA 4H41A 4KRUA 3WL1A 2E4TA 3AIVA 3BAIA 5JIWA 5KEZA 4YN5A 2XFRA 4UFMA 1NWSA 3NDYA 1WDQA 1DTUA 1QI2A 2WZIA 1JD9A 1ISXA 4J7RA 3WD2A 2PBOA 2A3AA 3RMEA 5ABGA 2CHNA 2PWGA 4Z2LA 1QBAA 3UESA 2C0HA 3E1F1 3AMDA 1TR1A 3GBEA 3T2QA 2XPKA 4AEFA 5BXTA 3RM9A 4EE9A 1NH6A 2G3NA 1LL4A 1MWOA 3SCSA 3WQ4A 1QI5A 2ZIDA 1QHPA 4B15A 2ZUTA 4B9ZA 1HNYA 3HMCA 3ARPA 2W61A 3N11A 1W9DM 1J9YA 5CXPA 1IV8A 1NOFA 1CDGA 1WB0A 5GNXA 4S3JA 4YPJA 5A6LA 1ZBCA 2WHKA 3IAQA 4TX6A 3J7HA 1I75A 1VFMA 4CD5A 1E9LA 4JKLA 4BQ4A 1X1NA 3AIBA 3PZNA 1EQCA 3CUFA 5ECUA 3WQ8A 1K9DA 1HJWA 2FDMA 1HKIA 1C7SA 3WH8A 3SCVA 1E4NA 2VVSA 1WE5A 2CBUA 4HZ7A 1RP9A 2QMJA 2EPKX 4AZCA 1BPLB 5A8QA 3OA5A 4D1JA 3K1DA 3N12A 2XGBA 3VIJA 4ACZA 4F66A 2YDRA 4MPKA 2WLZA 1GW1A 2CBIA 5A6BA 2GDUA 4FLOA 3VINA 2YBUA 5IHSA 3W53A 4LGXA 1U2YA 3WBAA 2EBNA 5LA1A 3AIWA 1ZU8A 3CHFA 3TONA 1JAEA 1BF2A 4JCLA 3AMCA 1GHSA 1GJUA 2XYLA 1QNPA 1IT0A 3BCFA 3VDBA 3VIIA 1XYFA 2Y4SA 3GH4A 3UERA 2GJXB 2D23A 5IXEA 1BG9A 1XYZA 5CG0A 3GBDA 1CXKA 2E3ZA 3PZIA 1EHAA 2BY2A 3QOMA 1V3LA 1J18A 2DIEA 5I24A 1BVZA 1EH9A 2YJQA 1VFUA 1KXVA 4XZWA 1ITXA 2D24A 3UG5A 1MW2A 4JFSA 4X0NA 1HKMA 4XUYA 4F9JA 1BAGA 3CIVA 3SUTA 3BSHA 2VRJA 1K6AA 2ZUMA 2IXVA 4UNIA 1YHTA 1CYGA 2WVSA 1E55A 1CNVA 2V3FA 3IK2A 3OLGA 4HA1A 4W93A 6A3HA 2VMFA 1GNXA 2OWXA 1JXJA 3K8KA 1I1WA 1VEOA 1GUVA 1XSIA 2OSWA 1VBUA 1GOIA 3VNZA 1BLIA 4FLRA 1AVAA 2NT0A 4M1RA 2DT1A 3LPGA 4NRSA 2OYKA 5EMYA 3WDHA 1UD3A 1UD2A 3AISA 1ZB5A 1EDGA 2OYLA 4M24A 7A3HA 3AS3A 3VGFA 2GUYA 4AZCB 1B3WA 2JEQA 1MXGA 3KEHA 4TUFA 4ACZB 4N42A 3OB8A 4QAWA 2J7BA 4QFUA 1WO2A 1BYCA 3WSUA 1I1XA 4AWEA 5D9PA 4JKMA 3KE0A 3AXXA 1JZ5A 4OBRA 1E6RA 3N13A 3AZTA 3S2CA 1XSKA 1JI2A 1G94A 2VZVA 1AQHA 3N17A 3NSMA 5CJ5A 2WMHA 4L4PA 2BVYA 2O9TA 1VB9A 5DT5A 4U5KA 5D8ZA 1VIWA 4MB4A 1JDDA 3W25A 5A6SA 1UR4A 5A6BD 2V5CA 1JDCA 5CQ1A 4UFJA 2E9MA 4PMVA 2PWHA 4CCCA 2DGAA 4HPGA 2WK2A 1TE1A 5E6YA 3KWXA 2VQUA 1DHKA 4B3LA 4V28A 1C7TA 4N0RA 5JBEA 4AZ6A 5D8WA 5HXMA 1V03A 3K46A 4DUWA 4KRTA 2WMIA 4MNKA 3AYSA 4GQRA 2WC7A 4IPNB 3PTQA 3GTNA 1E0XA 1Z32X 1Q6FA 1V3KA 5M03A 1B31A 4BF7A 1VJZA 1G01A 1KWGA 1WZMA 1TVPA 4B3KA 1E0WA 3BAYA 4LPCA 4PMYA 3AMLA 4GKLA 2CEQA 1E4MM 4J3XA 2ZX8A 1K9FA 2WMGA 1R85A 1UD8A 1JI1A 2G4FA 3CUHA 1BG4A 2XM2A 3IAPA 3F4VA 1FP8A 5A6MA 4WIWA 4PTVA 3F5JA 2PWFA 1MXDA 2W62A 4D6CA 3AIQA 1LQ0A 4GI9A 3DHUA 2JIWA 1IZJA 1HL8A 1OGBA 4KH2A 4PN2A 3K4AA 5HPOA 4W84A 1X6LA 2VZTA 1L0PA 4PMQA 4D6EA 1H3GA 1QOXA 1H0IA 3FY1A 1CXHA 3TTYA 4HMDA 5DT7A 4W85A 2VT0A 2WBGA 5CZKA 3RM4A 4CN1A 4J3TA 1PX8A 5A6JA 4CN4A 4AZBA 2WKLA 3CTTA 3M46A 2XWEA 1JNEA 4JCMA 4OKDA 1XH0A 4CUCA 4P7RA 1WNOA 1TVNA 2E9BA 4MDOA 1GQIA 1MVYA 4M8UA 3BXWA 3OGVA 3BLKA 2JALA 3PZQA 1JDAA 2XWDA 1HL9A 1V0MA 1OWQA 1MW0A 2ZWZA 3I3EA 1E5NA 3L4XA 4WJXA 1OBAA 2OWCA 4QLLA 1E5JA 4QP0A 1KCLA 3BAJA 5BCAA 1E6PA 2A3CA 2WMIB 5AY7A 2WSPA 2WHJA 2XIIA 1R7AA 3NJ3A 4OOUA 1QI0A 1A47A 3ZR5A 1FFRA 5F7UA 1B3XA 2J79A 3M07A 1W3JA 1CGUA 2JE8A 1UZ1A 1HKJA 2QHAA 1MW3A 3PZMA 3OLDA 4MB1A 5GNYA 4OBSA 3BC9A 3VD4A 5AYIA 1B3ZA 1P6WA 1HJXA 3W6MA 4EK7A 1OIMA 3GZAA 5D4YA 2FH8A 3OZOA 3QHNA 3AFBA 1BSIA 5KZ6A 4H8UA 1JGIA 5I5RA 5A8OA 1OD0A 3WD0A 4QDMA 5I23A 3W26A 3K8LA 4R5EA 5D9MA 3A4AA 3VGHA 2QPSA 5M3WA 1SR0A 1KXHA 2CKRA 3QOKA 1V0LA 1H2JA 4AXNA 5M5DA 3ARRA 3FHAA 4MAZA 4DUVA 1V02E 3U5UA 1Y7VA 2W4XA 3POHA 3BCDA 3D5HA 2DT3A 2RGLA 3MMDA 2F61A 1CGTA 4PTXA 1PZ2A 3KZSA 1KGXA 1ITCA 1XHGA 3EYPA 1HKKA 2V3GA 3T0DA 2D1ZA 3WL0A 3VIFA 1WDRA 3WNPA 3L4ZA 4MADA 3T0AA 3VD5A 3GXIA 2WCGA 2WWCA 1JZ4A 3CUGA 4MNMA 3CUIA 3W29A 3VIKA 2JF6A 1GOMA 3ZIZA 3MU7A 4R27A 1W3LA 3AI0A 4QCEA 3WUBA 5A8NA 3OGSA 1E15A 1ZJBA 1JAKA 3B8SA 5BWFA 4PMUA 2A3EA 4P8XA 3A6OA 1XV8A 4D6FA 1NWUA 4P7QA 5BXRA 3SCOA 3GM8A 1QVBA 4W8AA 3SCNA 3FAXA 4BQ5A 2XFYA 1UUQA 1ESWA 3ZJKA 4E8DA 3WQ6A 4JZ5A 3LPFA 4E2OA 2WM0A 1H49A 1XD1A 4RL3A 1UR0A 5E0FA 3CHEA 4W87A 1CXFA 1G5AA 1W32A 4E8CA 2YDSA 1ZBVA 4TVDA 2XVKA 3MUY1 4J3VA 2VUYA 3ARUA 3SCPA 3AROA 2TAAA 1PZ3A 3ALFA 3WEZA 2WANA 1WZAA 1KCKA 1QNSA 4D6GA 4D1IA 2XVPA 1E0VA 3VMOA 2UY4A 3NYDA 3RCNA 2GJXA 2WMJA 5IFTA 1UHVA 4P7NA 1RD6A 1JXKA 2G3IA 1PEZA 3RDKA 2BS9A 4ATLA 5A6KA 3DECA 3GNPA 1DP0A 5CSYA 2Y24A 3EBVA 4MNJA 4U2YA 4DWSC 1PX3A 1WKYA 5E0CA 2VVNA 2YLLA 2PC8A 5E6ZA 4AY1A 1E6ZA 1FOBA 1PJ9A 3ZJ8A 4D6IA 3A4WA 3CLWA 4MAVA 3VPLA 3QHOA 3UR7A 2DQXA 5EFDA 1AQMA 1CGXA 4PYSA 2VX4A 1W2PA 3VO0A 4NRRA 1OB0A 1ODZA 1C8XA 4A4AA 2WCSA 3RM8A 3PTMA 1MQPA 1E1EA 4RE3A 1V3HA 2QPUA 2BNJA 3WD4A 3MO4A 5CPQA 4M80A 4GQQA 3WUFA 1W9VA 1NP2A 4UFKA 3VKKA 1MQRA 1UH3A 3ALGA 4X0VA 1PPIA 1XH1A 2WNWA 1MFVA 3WH9A 1EIBA 1UD6A 2A3BA 2BVTA 1GQLA 3NSNA 4CU7A 1F4HA 1NP0A 1KXQA 3L4YA 3AHVA 1GPFA 3CPUA 4K68A 2WMFA 2EO7A 2ZE0A 5A94A 1E4LA 3OLIA 1B0IA 1OT2A 2BY1A 4PCTA 4J27A 4W7VA 2X0HA 2XVGA 4UQAA 1EA9C 1QBBA 2FGZA 1LWJA 1UWIA 5BYWA 4AISA 2X2YA 1HN1A 1VRXA 3WNNA 2DEPA 3WDQA 2AMGA 1UKOA 1R7OA 4X9YA 3PZ9A 1JYNA 1JL8A 3LPOA 9CGTA 1K9EA 4D72A 2ZXBA 4WKAA 3MS8A 3I3DA 4UQEA 5CPTA 4U2ZA 1C93A 5C70A 2GVYA 4PTMA 1TZ7A 1BQCA 1CTNA 2J7DA 2W91A 4LYQA 5E70A 4AZ5A 3AS0A 3CBWA 2DPEA 1V0KA 2WLYA 3CH9A 4RE4A 2DIJA 3SCQA 4KWUA 3FW6A 1UR8A 1V3IA 1JF5A 3WY1A 1ZBKA 1HXJA 1SYTA 1WZKA 2VCBA 3TA9A 2FHBA 3PBGA 2V5DA 4FK9A 4BA0A 2D3LA 2VZUA 4UQ9A 1X6NA 1UR1A 3WF1A 4Z2HA 1JZ6A 2J7HA 2ZUUA 3NCOA 3PTKA 3EDEA 3AIUA 3WF2A 6TAAA 2GJRA 4Z2KA 2NT1A 1V6UA 4Q22A 4BCEA 3B9DA 1UR2A 1CGWA 2XVLA 3BAKA 3OGRA 3MKKA 3N04A 1FFQA 4WKHA 3ZT5A 4F79A 1W1YA 3DC0A 2VX6A 4U3CA 4PEEA 1ECEA 3HU7A 1EXPA 3U7BA 3WUGA 2CETA 1TMQA 1EOMA 2DT2A 3WEMA 2WVTA 3W6LA 3CZEA 2WBKA 3MV01 1UD5A 2EPMX 4P8WA 1W9UA 3OBAA 2BV9A 2CIPA 1D3CA 4BS0A 2VJXA 3GYCA 4GO8A 3WDRA 1DWIM 3WNKA 3DYPA 8A3HA 1V3JA 3WF0A 2WVVA 3EDJA 3MSDA 4PRWA 4JKKA 1QHOA 3SCRA 4AD5A 1LF1A 2WB5A 8CGTA 1B3YA 3AHXA 1UKPA 3WFZA 3WNMA 3RO8A 1CBGA 4FLQA 4UCFA 1H41A 1BGGA 1J0YA 3FHQA 5FL0A 3A3HA 2VQTA 2J8GA 1OINA 3KL0A 3WF4A 1GCYA 1H0GA 1V02A 3MMWA 4PTWA 3SCWA 4NSBA 3UEQA 3VGEA 1PX4A 1E40A 3RJYA 2DSUA 3W0KA 4XB3A 4UQDA 5BRQA 2XM1A 1WDPA 1H1NA 3CZGA 4P8UA 1GOQA 3FN9A 4YHGA 4UR9A 2V38A 2CYGA 4ML4A 5GPRA 2EPNA 4L4OA 1V3MA 3NUKA 3PZUA 3AXIA 4ATWA 4W8LA 2E0PA 2JFEX 2QF8A 2J47A 4LYRA 4MNLA 3VIMA 3AS2A 1LG2A 5FL1A 3N15A 4PMRA 2C8NA 2Y8KA 4JFVA 3VIOA 1G0CA 3ARYA 4Q7NA 3MUZ1 1HIZA 5HDRA 3HN3A 4MTVA 3TOPA 4XX6A 4TTGA 4PMNA 3QR3A 1BYDA 4AZGA 5DMYA 4DM1A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1FHD A;  3GY1 A;  1P5B A;  4HQV A;  3IV3 A;  4Z17 A;  3BAI A;  4CQB A;  3B9N A;  7PTD A;  4N4Q A;  1H60 A;  1YKW A;  4NJH A;  1ISX A;  1BKH A;  3RME A;  2FDS A;  4G1N A;  4DY1 A;  2C0H A;  3SQM A;  1TR1 A;  3ZLF A;  4AEF A;  1FKW A;  4NZJ A;  2Z1B A;  2BAS A;  4NX5 A;  3FVM A;  1F3T A;  1DQW A;  1FVP A;  1BVW A;  3WQ4 A;  1H7R A;  2DUA A;  1I6N A;  2ZID A;  4F0L A;  3JR2 A;  1TML A;  1HNY A;  1K7X A;  4JIP A;  5CXP A;  3W1M A;  2NXG A;  1WB0 A;  1CDG A;  3CO8 A;  4S3J A;  5A6L A;  1ZBC A;  2OGY A;  2WHK A;  1MEW A;  4TX6 A;  4JQ4 A;  3J7H A;  1L6F A;  1IT8 A;  4Y6G A;  3HA1 A;  1J96 A;  1JPI A;  4R9X A;  3SCV A;  1E4N A;  2VVS A;  1V8E A;  2CBU A;  2EPK X;  4AZC A;  1BPL B;  5A8Q A;  2HQA A;  4ZVJ A;  2YFO A;  4D1J A;  5AZ1 A;  2L5H A;  3N12 A;  2PDX A;  3TYU A;  1Y0E A;  4KBX A;  1XF0 A;  2WLZ A;  1PHW A;  2CBI A;  3WQG A;  1UMY A;  1A5N C;  3IGX A;  3VIN A;  3I65 A;  2YBU A;  5IHS A;  5D37 A;  1U2Y A;  3WZ0 E;  4I5X A;  3REQ A;  5LA1 A;  3R6I A;  3M0M A;  1JAE A;  3JRK A;  1TYG A;  2Q3O A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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5A8PA

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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