5A8QA

Crystal structure beta-glucanase sdgluc5_26a from saccharophagus degradans in complex with tetrasaccharide a obtained by soaking
Total Genus 136
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
136
sequence length
336
structure length
336
Chain Sequence
NDWWDIPYPSQFDVKSLKTQSFISVKGNKFIDDKGKTFTFRGVNIADTGKLLSRNQWQKSLFEELANNWGVNTIRLPIHPVSWRKLGPDVYLGHIDEAVRWANDLGIYLILDWHSIGYLPTEQYQHPMYDTTIKETRDFWRRITFRYQNVPTVAVYELFNEPTTMGNTLGERNWAEWKTLNESLIDMIYASDKTVIPLVAGFNWAYDLSPIKKAPIEREGIAYAAHPYPQKAKPEVKNDKNFFKLWDEKWGFAADTYPVIATQLGWVQPDGYGAHIPVKDDGSYGPRIVKYMQKKGVSYTVWVFDPDWSPTMINDWDFTPSEQGAFFKQVMLEAKK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The Quaternary Structure of a Glycoside Hydrolase Dictates Specificity Towards Beta-Glucans
pubmed doi rcsb
molecule keywords PUTATIVE RETAINING B-GLYCOSIDASE
molecule tags Hydrolase
source organism Saccharophagus degradans 2-40
total genus 136
structure length 336
sequence length 336
ec nomenclature ec 3.2.1.73: Licheninase.
pdb deposition date 2015-07-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00150 Cellulase Cellulase (glycosyl hydrolase family 5)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 5a8qA00
2PWFA 3THCA 3QGVA 3GZAA 2WVTA 3VGDA 3W53A 3WQ6A 2J7EA 2XPKA 3WF1A 2J7BA 1CGUA 2VUYA 2VCBA 1OGGA 4HMCA 1J12A 3DC0A 1MXGA 2QPSA 4BCEA 1C91A 4KGJA 2YKKA 2YJQA 3AXHA 2RGLA 4U33A 2WC3A 2ZX9A 5A6KA 5HOSA 4PMOA 1V6UA 3ARVA 2VCAA 5CXPA 1NP0A 1GOKA 2ESCA 2XSAA 3DHUA 2O9PA 3GNRA 3WELA 2BY2A 2VZSA 5BRPA 4AZGA 3WDHA 2WB5A 1LL4A 4J3XA 4ZFMA 3CHEA 2DT1A 3U5UA 4IISA 3CMJA 4JZ5A 1GORA 1WCGA 3AIQA 6CGTA 2W66A 2GUYA 1FP9A 3D5HA 4PYSA 4TTUA 5GPRA 2EPLX 2XWEA 3NDYA 3WNOA 1UKPA 4QLKA 2DH3A 1LQ0A 2JF6A 3IJ7A 2VRKA 1E73M 4AWEA 3OGVA 1UD4A 4WJXA 3VGGA 3CUGA 5M03A 4LGXA 1BQCA 3WBAA 1GOIA 2XHYA 3WKZA 1E3ZA 3BH4A 4PSRA 5DFAA 2OWWA 2DDXA 2ZWZA 1EOKA 1U33A 3AQUA 1VBUA 4QLLA 2IXVA 1BLIA 1OGSA 1SR0A 2W62A 3VX0A 2BHUA 2WCAA 3EYPA 4J27A 1H2JA 3QR3A 3UR7A 4W93A 5M3WA 1QOXA 5DO8A 1MW3A 4QCFA 1LG1A 2OSYA 1C8QA 4L4PA 1IZJA 1FOBA 3AIRA 4MJ4A 1UYQA 2XIIA 1PIGA 2G8ZA 5JBFA 2E3ZA 2CBJA 2DIEA 4JCLA 5JIPA 4CU7A 1VEPA 1TZ7A 4W5UA 1OIMA 3SUWA 1CBGA 1BYAA 3A47A 4UFHA 5A6MA 4YN5A 4W8BA 2O9OA 4DWSC 1C7TA 1B31A 2PWEA 2PB1A 3KL3A 3SCTA 1E0XA 3LPOA 3W38A 1CGYA 3FHQA 4H41A 4BQ5A 5C8BB 1WDRA 3VD5A 1BHGA 5JIWA 1JZ5A 4EK7A 1RP8A 1X6LA 5I5RA 1UR2A 3GXFA 5JUVA 3QHOA 4YHEA 4CVWA 1DWGM 3AISA 1CIUA 4HZ7A 4HA4A 4GZEA 2YL6A 5E6YA 1UZ4A 1HKJA 3HJEA 1BTCA 3PHAA 1DWJM 3CUHA 2WYSA 1E0WA 1V3HA 5D9PA 1Q6EA 4U5IA 3F5JA 1QHOA 2GDUA 3RDKA 1NOWA 4AYSA 1TG7A 2ZXQA 3VDHA 1MQQA 3K8MA 1AQMA 3EBVA 4AD4A 1WZAA 3AMCA 2WMIB 1QW8A 4MDOA 3OLDA 4L4OA 3SUSA 2VR5A 3WQ4A 4RE4A 3VIJA 2UY2A 2X8RA 3SCSA 3ARWA 4CD5A 2HISA 3L4XA 1TVPA 1H0IA 2ZXAA 2A3CA 3MUAA 1AVAA 3BLPX 1KBKA 1J18A 3VIOA 1H49A 4AISA 1DWAM 4PN2A 1MFVA 2J25A 3BCFA 3BAYA 2ZXBA 4JIEA 1OM0A 1QNPA 3WNPA 1ODUA 3GYCA 1B3VA 3PZVA 4LX4A 5TD4A 1H0GA 4F8XA 3DYMA 3ZJKA 1XH2A 2WZIA 3RJXA 3EDKA 1GQIA 2D1ZA 2BY0A 2WK2A 2RGMA 3U57A 2CHOA 1KXHA 4GI6A 4JL2A 3GBDA 6A3HA 4ACZA 1US2A 2F61A 4ATWA 1PBGA 4PMDA 3PZGA 3GXMA 5GNZA 3WD2A 2XIBA 1E1FA 3KL0A 2CITA 2XM1A 5D8ZA 1BGGA 1SFSA 1VB9A 3M07A 4AZIA 5A8OA 1NQ6A 2VQUA 2WMGA 1HKMA 4DUXA 3MSDA 5F7UA 3WBEA 1QNOA 4GO9A 2XM2A 2Z1SA 4UZSA 2G4FA 2CNCA 3U5YA 3ZSSA 2J79A 5JBDA 2C0HA 3AS2A 2YBUA 4WLCA 3ECQA 3PTKA 1S46A 3TA9A 3BGAA 3HU7A 3I3DA 2V3DA 2WM0A 1HP5A 1CGWA 4J3UA 3VD9A 1JD7A 1QI2A 1W1PA 2VX4A 1OT2A 1J01A 1E6NA 4MNLA 1OB0A 1UWUA 1C93A 2WCSA 2DSWA 3ZT7A 3K4DA 4H8HA 7A3HA 1GCYA 2VL4A 3J7HA 3WL0A 2DSVA 1XH0A 2E9LA 4TX6A 3WDPP 1PX8A 1EDQA 1XYZA 1KQYA 4HZ6A 4CCCA 2UY5A 2W4XA 1UKOA 2G3MA 4CGTA 4W5ZA 2J62A 3AHZA 1V3JA 4W84A 2ZUWA 4WIWA 3WEMA 3WDJA 2XGBA 4HU0A 4TX8A 4UCFA 3W25A 1BYCA 1JI2A 5BYWA 1QHZA 2GJXA 1SYTA 3VMOA 1ODZA 1DEDA 4HA3A 4U2ZA 1SMDA 4UQBA 2QV4A 5E09A 2CPUA 1CTNA 3AZSA 4E8CA 1E6PA 2YA0A 3K1DA 3MUY1 4V27A 3F5LA 2XGIA 5CJ5A 4W86A 3W28A 3FNDA 4UQAA 5A6LA 2EPOA 2V5DA 5LA2A 4NZCA 4PTVA 4FLQA 1UG6A 4LYRA 2ZXDA 1GOOA 1HJUA 1US3A 2O92A 3N04A 1TR1A 2DGAA 1JYNA 5CPSA 3W6MA 4W7WA 3CH9A 3GDBA 4A3HA 5A3HA 4P7LA 1E6ZA 2ZIDA 3WH5A 2D23A 1LWJA 2D20A 2V5CA 4AZCB 1J0ZA 3WENA 1VEMA 3WUGA 4MAVA 2VCCA 1JYXA 1E4LA 3L4YA 1W1VA 4DWSD 2GK1B 1QHPA 1G5AA 4N0RA 1QPKA 2QF8A 3G6LA 1JXJA 4P7OA 1UA3A 3AYSA 4AD2A 2Y5EA 1RD6A 3QHMA 4HZ8A 3G6MA 3SIMA 5C71A 1JD9A 3UEQA 4EANA 2WZEA 3EDJA 4J3SA 4MNMA 1JZ7A 3WQ8A 4ZE5A 2YA2A 3AZTA 1QVBA 4KMQA 1OD0A 4D6HA 2D3LA 4M56A 2PF0A 5LA1A 1E6SM 4CCDA 4DM2A 3MO4A 3OLIA 1GQJA 5BXTA 1NM9A 1L0PA 4DWSB 1LWHA 3CIVA 3VOCA 4KH2A 4EE9A 4AD0A 1JYVA 3CUJA 3AHYA 1NWTA 1XCWA 1HJVA 1HL9A 2EPKX 3RCNA 3MKKA 1BFNA 1BSIA 1R86A 1UH2A 3B9DA 3EMQA 4DUWA 3GM8A 5CPQA 4AIUA 1E70M 1EHNA 1H09A 3ZR6A 4AY1A 3WD3A 1SMAA 4C7FA 1U30A 1RP9A 1XD0A 1V03A 4LQ1A 2WVSA 4CD8A 1TFVA 2JF7A 4E8DA 4JKLA 3RO8A 3W27A 1DHKA 1W2VA 4RL3A 5ABFA 5C70A 1NH6A 5A6BA 3N1AA 2EQDA 2BVTA 1TE1A 2D0HA 1JAEA 3KL5A 4GINA 1CYGA 1VRXA 3PZ9A 2WANA 1OD8A 2WMKA 3OG2A 1UHVA 1WE5A 1I1XA 3FY1A 4H2CA 1G94A 4R5EA 2E4TA 3B8SA 1B9ZA 1QNSA 3MUIA 5BXRA 1UWQA 3VMPA 1XD1A 2W63A 5AY7A 1D7FA 2DSUA 1M03A 2OWXA 3W81A 4QDMA 1NWUA 1TVNA 2PWHA 4PCTA 4QAWA 5M5DA 4GO8A 1E1EA 4H7VA 4H04A 3EDDA 1PZ3A 5CSUA 3L4TA 3W0KA 2W67A 3WMBA 1V0LA 4KGLA 3OGRA 3S2CA 3VINA 4P8XA 4XZWA 1NOUA 1VF8A 3BAIA 1V3MA 4D1IA 3LPGA 2VJXA 1UWRA 1HN1A 1ISWA 2XYLA 4D71A 3AFBA 1HF6A 5EFFA 2NT0A 2ZOXA 2OYLA 1E71M 1HVXA 1EO5A 1G0CA 1DWFM 4A4AA 5A2BA 5A94A 9CGTA 3LPFA 3IAPA 4IM4A 3RM8A 1KGXA 1J0YA 1KR0A 2ZX7A 3BMWA 1UQYA 4MB3A 3OGSA 1KWGA 3PZNA 5D4YA 4BF7A 4LXFA 5EB8A 4Z2KA 3WNKA 5A6AA 3L4UA 1UR1A 2AMGA 5JBEA 1J9YA 3WQWA 3VNYA 1W9BM 1UWTA 3VU2A 1H1NA 3UG3A 1PAMA 3KE0A 3K8LA 3AS1A 3F5KA 5IFPA 1ISVA 1W91A 3SCNA 3IK2A 1UZ1A 1F4HA 4B16A 1UR9A 3A4XA 3VIMA 2VTFA 1UQZA 1V0KA 5ABGA 4ZEPA 1C8YA 1JNDA 2X1IA 5I77A 4PCSA 1LL6A 2BVYA 2W91A 4QFUA 1GHSA 1XSJA 4X0VA 1MW0A 3A6OA 3BMVA 1ZJBA 4PTMA 1LJYA 2FGLA 4HPHA 1FHDA 2EXOA 3N15A 2YL8A 1X6NA 2WPGA 3TONA 4CD4A 4M80A 1EXPA 4WKHA 1RPKA 3VIFA 4XV0A 4BQ3A 1UA7A 4UQDA 1HVQA 1H41A 3A3HA 3SUVA 4XB3A 4HTYA 4OOUA 3T09A 4TOQA 1R7AA 2QMKA 2G3IA 3CBWA 1TUXA 4OBSA 1HIZA 3WN6A 1MW2A 2CETA 1GQLA 2VRJA 2VURA 3TOPA 4XUYA 4OIFA 1EA9C 5CG0A 3VM7A 2XSBA 1B3ZA 4PUDA 4C7GA 3OA5A 4JAWA 1W9XA 1JZ6A 4CVUA 3FAXA 1UR4A 1W1YA 3NSNA 3VIKA 4UTFA 1E0VA 1UD6A 2CKRA 3MANA 2WC4A 3WDIA 3O2LA 3HMCA 1EHAA 4PMQA 3T0BA 4UOZA 4U3CA 3WNNA 1XH1A 3VD7A 2WVVA 1WO2A 1WB0A 4AXNA 4JFUA 3PBGA 2GFTA 3L4ZA 3ARTA 5CLTA 2DH2A 4J3TA 2CXGA 1ZS2A 3TTYA 4XX6A 1BGAA 1JNEA 4MNKA 1LG2A 3VVGA 1I1WA 2OYMA 5EMYA 1K9EA 2ZX6A 4FLRA 4U5KA 1HX0A 1CLVA 1GHRA 2ZICA 4UQ9A 1VEOA 1E72M 2G3NA 4MDPA 4AIOA 3GH4A 4LPCA 3WSUA 3BXWA 1CGXA 2J4GA 2WHMA 4U31A 3SCQA 2YDQA 1ECEA 1G9HA 2YLLA 2C8NA 2VO5A 3AHVA 4OZOA 1VFMA 1OIFA 1WP6A 3UCQA 4JHZA 2WWDA 3ARUA 4PMYA 2XUCA 3S6TA 3W29A 4ACZB 3NIYA 1CDGA 3VGFA 5KEZA 1QW9A 1BF2A 2WLYA 1R85A 3NCOA 1HL8A 4UR9A 1W3HA 1WDSA 4EAMA 3WH8A 1E4NA 4UZUA 5BROA 3WFLA 1XC6A 1E6QM 1JL8A 3ZMRA 4MB5A 2Y4SA 1KQZA 2VC9A 3VDAA 4UFKA 4M1RA 2ZUTA 3MSGA 5A6SA 1GONA 2C7FA 1BVNP 5IHSA 3ARQA 3QOKA 2WKLA 4JFWA 3AS0A 2E9MA 1JF6A 3WDRA 4AZBA 3WEZA 5A95A 1PEZA 5GNXA 4ATDA 1HKIA 3EDEA 4WK9A 1GJUA 1CENA 2VVNA 3AMGA 3BAJA 5HBFA 2J47A 3RPMA 1VFFA 4PMNA 1MVYA 3OLEA 3VUPA 2E8ZA 4W7VA 1W3LA 4OKDA 3RJYA 5LA0A 4PTWA 1R87A 3POCA 2Y2WA 3VGEA 5D8WA 2E9BA 2ZUUA 3NSMA 3GH7A 1OT1A 1KWKA 1H4PA 1UD3A 3CZ8A 5DF0A 2VQTA 1EH9A 2D22A 4M8UA 8CGTA 3ZT5A 4UFMA 1CXHA 2WSPA 1V0MA 1E55A 3WH7A 3WH9A 1JAKA 1HXJA 1Q6GA 5A69A 1EGZA 3AICA 1YQ2A 1V08A 2WHJA 4ATLA 1DP0A 3B9EA 5BXSA 3L2MA 3BAWA 1JDCA 3AIUA 3CHFA 4OOZA 4FLOA 4BS0A 4ZENA 3NYDA 2GSJA 5FCZA 4AZHA 4J28A 3VGBA 2XFRA 4CU6A 3EDFA 3WD0A 3M7SA 4AD3A 4Z2GA 1F4AA 1PX4A 3E1F1 2V3EA 1NOFA 1ITCA 1UWIA 1G01A 1CGTA 4ZXLA 4OUEA 3WD4A 3AHXA 2DSZA 1J0IA 4HU8A 3MMWA 1K9DA 1B3WA 1E4IA 1AMYA 2OSXA 1GUVA 3TP4A 2DPEA 4D6FA 1MW1A 2CEQA 2Y8VA 3ZJ7A 1CEOA 4LYQA 4PMXA 1B30A 4P8VA 1JZ4A 4CKQA 2ZUSA 1E40A 1FA2A 2UWFA 1JF5A 4GKLA 1VJZA 2D0FA 3AMKA 2VNCA 2XVNA 1B2YA 2WLZA 2NW0A 4AC1X 2OLHA 5FOOA 2BXZA 3AXXA 1GOWA 4A3YA 3TTOA 2FGZA 3CLWA 4RE3A 5AYIA 3LPPA 3II1A 1QI0A 3WF4A 1DWHM 3T0DA 4R27A 1GQKA 3W6LA 4GZJA 5M17A 1MFUA 3WQ5A 3CZKA 1V6XA 5A2AA 4P7RA 1DTUA 4BZYA 3N13A 1J0HA 4F66A 1IV8A 4PMVA 2PC8A 3AS3A 1KCLA 2D24A 2VMFA 3CHCA 3AJ7A 1V6WA 3AHTA 3VDCA 2ZUMA 1BG4A 2YL9A 4W89A 5HXMA 3A4WA 2FH8A 1FFQA 3BAKA 4NRRA 4PMUA 2JE8A 3AIWA 3SURA 3CPUA 5ABFB 3PN8A 1KGWA 2X0HA 3RM4A 4WKAA 1UUQA 1GOMA 4S3JA 5D9OA 1C90A 3ARPA 3WMSA 1UWSA 3CGTA 1WZMA 3VD3A 4Z2JA 2EO7A 3WIJA 1V6YA 1P6WA 2XWDA 3DYOA 2PBGA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2PWF A;  3THC A;  3QGV A;  3GZA A;  2WVT A;  3VGD A;  3W53 A;  3WQ6 A;  2J7E A;  2XPK A;  3WF1 A;  2J7B A;  1CGU A;  2VUY A;  2VCB A;  1OGG A;  4HMC A;  1J12 A;  3DC0 A;  1MXG A;  2QPS A;  4BCE A;  1C91 A;  4KGJ A;  2YKK A;  2YJQ A;  3AXH A;  2RGL A;  4U33 A;  2WC3 A;  2ZX9 A;  5A6K A;  5HOS A;  4PMO A;  1V6U A;  3ARV A;  2VCA A;  5CXP A;  1NP0 A;  1GOK A;  2ESC A;  2XSA A;  3DHU A;  2O9P A;  3GNR A;  3WEL A;  2BY2 A;  2VZS A;  5BRP A;  4AZG A;  3WDH A;  2WB5 A;  1LL4 A;  4J3X A;  4ZFM A;  3CHE A;  2DT1 A;  3U5U A;  4IIS A;  3CMJ A;  4JZ5 A;  1GOR A;  1WCG A;  3AIQ A;  6CGT A;  2W66 A;  2GUY A;  1FP9 A;  3D5H A;  4PYS A;  4TTU A;  5GPR A;  2EPL X;  2XWE A;  3NDY A;  3WNO A;  1UKP A;  4QLK A;  2DH3 A;  1LQ0 A;  2JF6 A;  3IJ7 A;  2VRK A;  1E73 M;  4AWE A;  3OGV A;  1UD4 A;  4WJX A;  3VGG A;  3CUG A;  5M03 A;  4LGX A;  1BQC A;  3WBA A;  1GOI A;  2XHY A;  3WKZ A;  1E3Z A;  3BH4 A;  4PSR A;  5DFA A;  2OWW A;  2DDX A;  2ZWZ A;  1EOK A;  1U33 A;  3AQU A;  1VBU A;  4QLL A;  2IXV A;  1BLI A;  1OGS A;  1SR0 A;  2W62 A;  3VX0 A;  2BHU A;  2WCA A;  3EYP A;  4J27 A;  1H2J A;  3QR3 A;  3UR7 A;  4W93 A;  5M3W A;  1QOX A;  5DO8 A;  1MW3 A;  4QCF A;  1LG1 A;  2OSY A;  1C8Q A;  4L4P A;  1IZJ A;  1FOB A;  3AIR A;  4MJ4 A;  1UYQ A;  2XII A;  1PIG A;  2G8Z A;  5JBF A;  2E3Z A;  2CBJ A;  2DIE A;  4JCL A;  5JIP A;  4CU7 A;  1VEP A;  1TZ7 A;  4W5U A;  1OIM A;  3SUW A;  1CBG A;  1BYA A;  3A47 A;  4UFH A;  5A6M A;  4YN5 A;  4W8B A;  2O9O A;  4DWS C;  1C7T A;  1B31 A;  2PWE A;  2PB1 A;  3KL3 A;  3SCT A;  1E0X A;  3LPO A;  3W38 A;  1CGY A;  3FHQ A;  4H41 A;  4BQ5 A;  5C8B B;  1WDR A;  3VD5 A;  1BHG A;  5JIW A;  1JZ5 A;  4EK7 A;  1RP8 A;  1X6L A;  5I5R A;  1UR2 A;  3GXF A;  5JUV A;  3QHO A;  4YHE A;  4CVW A;  1DWG M;  3AIS A;  1CIU A;  4HZ7 A;  4HA4 A;  4GZE A;  2YL6 A;  5E6Y A;  1UZ4 A;  1HKJ A;  3HJE A;  1BTC A;  3PHA A;  1DWJ M;  3CUH A;  2WYS A;  1E0W A;  1V3H A;  5D9P A;  1Q6E A;  4U5I A;  3F5J A;  1QHO A;  2GDU A;  3RDK A;  1NOW A;  4AYS A;  1TG7 A;  2ZXQ A;  3VDH A;  1MQQ A;  3K8M A;  1AQM A;  3EBV A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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