5AYBA

Crystal structure of gh1 beta-glucosidase td2f2 n223g mutant
Total Genus 178
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
178
sequence length
440
structure length
440
Chain Sequence
ERFPADFVWGAATAAYQIEGAVREDGRGVSIWDTFSHTPGKIADGTTGDVACDSYHRYGEDIGLLNALGMNAYRFSIAWPRIVPLGAGPINQAGLDHYSRMVDALLGAGLQPFVTLYHWDLPQPLEDRLGWGSRATATVFAEYADIVVRQLGDRVTHWATLNEPWCSAMLGYYLGVHAPGHTDLKRGLEASHNLLLGHGLAVQAMRAAAPQPLQIGIVLGLTPTYPASDSPEDVAAARRFDGFVNRWFLDPLAGRGYPQDMLDYYGAAAPQANPEDLTQIAAPLDWLGVNYYERMRAVDAPDASLPQAQRLDDPDLPHTADREVYPEGLYDILLRLHNDYPFRPLYITENGCALHDEIAEDGGIHDGQRQAFFEAHLAQLQRALAAGVPLKGYFAWSLLDNFEWAMGLSMRYGICYTNFETLERRIKDSGYWLRDFIAGQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
source organism Metagenomes
publication title Crystal structure and identification of a key amino acid for glucose tolerance, substrate specificity, and transglycosylation activity of metagenomic beta-glucosidase Td2F2
pubmed doi rcsb
molecule keywords BETA-GLUCOSIDASE
total genus 178
structure length 440
sequence length 440
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2015-08-12
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 5aybA00
3WF0A 3T2PA 4FMVA 1JXKA 1US3A 4PMOA 5IDIA 2VNCA 1JYVA 3D5HA 3PN8A 2XFRA 3MMDA 4EANA 2X05A 5GNYA 1XYFA 3W25A 5CLWA 3EMZA 4RE4A 3UESA 2IUZA 3L4YA 2XGIA 2DIJA 1BSIA 2FHFA 2NSXA 4J3WA 4JFVA 4MJ2A 2YL5A 1LJYA 5ABFB 2WK2A 1TCMA 4M80A 3SUVA 4DWSA 4HZ7A 4PMRA 3UERA 5I23A 1Z32X 2WZHA 3WNPA 2HVMA 2XFYA 1OD0A 2NT1A 4JCMA 3ALGA 4L4PA 3WEZA 2WVVA 1OSEA 1KWGA 3NDYA 1PBGA 4MAZA 3A47A 1CZ1A 1QNOA 1J9YA 1YHTA 1H41A 5FCZA 3HMCA 2DH3A 3VIJA 2ZWZA 3AS1A 3AYSA 4CD7A 1VIWA 2WB5A 4CU7A 1Y7VA 3VGGA 4W7UA 3WEOA 3AYRA 2BXZA 1ZU8A 4D1JA 5I78A 4XB3A 1KB3A 2PC8A 1KGWA 3VGEA 3BAIA 4BQ2A 3BCDA 4HZ8A 1V0NA 2WHMA 1BG9A 2VO5A 3VGFA 3EDEA 3APGA 5A1AA 1OGSA 4LYRA 1R8LA 5A2CA 4F9DA 5IFTA 4M1RA 4WKFA 1UWUA 4RE2A 3NUKA 2BS9A 3EDJA 4OKDA 1OIMA 4GO9A 3WIJA 2VZTA 1QHOA 2WWDA 4P8WA 6A3HA 1VJZA 2X09A 1UKSA 4LQ1A 2G8ZA 1Q6EA 3CH9A 3B9EA 4ZE4A 5I5RA 1EGZA 2QF8A 2G3MA 1PZ2A 2CIPA 3RJXA 4BA0A 1ISVA 1HN1A 2IXVA 5IXEA 1BFNA 1HL9A 2BY1A 5AY7A 4ACZB 4YPJA 1LQ0A 4P7QA 3SCUA 2XVPA 3AHTA 3L4VA 3VD7A 1ODZA 4TVUA 3SCSA 2WCGA 5A2AA 4BF7A 1OT1A 1OCQA 2WSKA 4W8AA 5JUVA 3K8MA 2X1IA 4MB3A 2C0HA 2WANA 3WMBA 4CD8A 2CBUA 2OSWA 2AMGA 1V0LA 4P7LA 3ZJ8A 1EO5A 2Y4SA 4UFLA 1C7SA 1FHLA 2DSUA 1KXVA 3VIIA 1UD3A 3VGHA 3CPUA 5JIPA 1BGGA 2OYMA 3W24A 1CNVA 4PTXA 1JDCA 1UR8A 1R85A 3N04A 1TA3B 4FF5A 1KR0A 1XGZA 2CHNA 5HPOA 1LG1A 4AZBA 1UQYA 3GTNA 4D1IA 3BAXA 3HJEA 4MPKA 1UH3A 3B9AA 3CZJA 2PWEA 2DT0A 4IISA 4U31A 4M24A 3K1DA 4QFUA 1E6NA 3NYDA 1B1YA 1HJVA 2D23A 1FH7A 4UQBA 4NRSA 3SEPA 5AC4A 2CXGA 2FDMA 2VQTA 4IPLA 3M46A 1CIUA 1D7FA 4U2ZA 5A8PA 4J3VA 7TAAA 3VGDA 3VMOA 4M29A 5A6MA 3WF2A 2QV4A 3NCOA 2VC9A 4CVWA 4OOUA 3W81A 4QCEA 4ATWA 3PHAA 2ZE0A 4NZCA 5AYBA 2J25A 2GSJA 4JHOA 2W67A 1UWTA 2ESCA 4B3KA 3N1AA 3II1A 2YL8A 2J79A 1E4MM 2VZUA 4QLLA 2DPEA 3IJ8A 3WL1A 3ZT7A 2F8QA 2BY3A 3MMUA 3WQ5A 4TTGA 3CHFA 2WMGA 1PPIA 5EBAA 1XV8A 3CLWA 1SMDA 4TTUA 1SR0A 1NWUA 3ZR6A 1E1EA 2EQDA 3ZQ9A 4AC1X 5E6YA 3DECA 4QLJA 1FHDA 1KBBA 5A6KA 4CN1A 1W3JA 4H04A 4WJXA 4AZCA 4F9JA 3RIKA 4U5KA 4UFIA 4U3AA 1F4AA 1JG9A 5BROA 4AD2A 3SCVA 1LG2A 2EPNA 1UH2A 3KL0A 3CO4A 2JE8A 2ZUVA 4LYPA 4DUXA 1MW1A 4HPGA 1W1YA 3WNNA 3SUSA 3WQ6A 4CCCA 2BHUA 4PSPA 1TVPA 2EPLX 5CSUA 1JYWA 3AIVA 2DGAA 1TR1A 1R7OA 4OBRA 2XG9A 1S46A 1KCLA 4B3LA 3FNDA 2J7DA 3ZIZA 1J12A 3GH4A 1EDQA 1G9HA 1KFWA 3WQ4A 1W9BM 2YA2A 2ZUSA 2QPUA 1BG4A 2BXYA 4MDOA 4AD1A 3TA9A 2WVTA 4JCLA 3ARPA 1BTCA 2UY5A 4PYSA 1GZJA 4D72A 3VD4A 4MB5A 1V6YA 2YDSA 5EFFA 3W6LA 2UY2A 3WL0A 3AIRA 2J7GA 1OB0A 4ML4A 3BMWA 3M6DA 1C3FA 3MSGA 2WLYA 3PZ9A 4UQDA 3MV01 4QCFA 2J7EA 2PWFA 3GXDA 2WVUA 4AZIA 2WXDM 3VILA 3CUHA 1SFSA 5I6SA 5D9OA 4KGLA 4XX6A 3T2OA 5A6AA 3QGVA 1MQRA 1UUQA 1GW1A 3UG5A 1J0ZA 4D6CA 1MQPA 3BC9A 4YHGA 2OYKA 2YLAA 2AOSA 2VRQA 2YA0A 1MWOA 1WDQA 3UETA 4LXFA 2CCRA 4R27A 3VNZA 4YN5A 3SUTA 3CZKA 4IPNB 2GJXB 1CEOA 1W1PA 4W7WA 1W32A 5BXSA 2RGMA 2VX5A 4GZEA 2YA1A 3SURA 1OGBA 3T2QA 2PBGA 4ZENA 1NQ6A 2DSVA 4GPNA 3LPFA 2V38A 3ZT6A 4H2CA 4W8BA 3E1F1 3WNLA 4J3UA 5E9AA 4OUEA 3GDBA 5M17A 2O9OA 4CVUA 3I3EA 1HVXA 3PTKA 1GVYA 1PX3A 1R86A 1BAGA 2W61A 2W5FA 4Q22A 5GNXA 3GXFA 4B9YA 1UG6A 3OLIA 5DO8A 1XC6A 4U33A 2Y24A 3EYPA 1EXPA 1JZ6A 2EPMX 3MO4A 2QLYA 3WNMA 4H41A 4J3XA 2NT0A 2EJ1A 1XYZA 3K4AA 4UOQA 4CCEA 1B3YA 5HBFA 2FGZA 1VAHA 5E09A 5D9MA 5E0CA 3CMJA 7A3HA 2V3DA 3L4TA 1BGAA 4QDMA 3TONA 1I1WA 3GNRA 1B3WA 5I2UA 3ARVA 4MB1A 4UNIA 4XZBA 1ESWA 2ZICA 1V0KA 7CGTA 4KRUA 1HJQA 2YDQA 4X0NA 1B30A 1XH2A 4DWSB 3AXHA 1Q4NX 1U30A 1OBAA 4J27A 4KRTA 3RDKA 3TP4A 3TOPA 4S3KA 3GYCA 2VZOA 4TVDA 1HKIA 1G5AA 4H8HA 4Q7NA 2DT2A 2WVVB 3L2LA 2WVSA 1XH0A 1QW9A 1NOUA 4UZSA 3RPMA 5A6JA 4TX8A 3MSDA 2D22A 1VFFA 3BCFA 1MQQA 3AFBA 4JFSA 3KL5A 3W38A 3AJ7A 1E55A 4GZIA 5LA0A 1KR1A 1WKYA 3WEMA 3T0AA 1IT0A 1KGUA 5CPTA 4E2OA 3PZOA 3PTQA 2EO7A 1CYGA 3WMCA 3QOMA 3JUGA 1IZJA 4B16A 1V02A 4DM2A 2Z1KA 4W8LA 3W26A 1XRVA 1GUVA 1MXDA 2XFFA 4OIFA 3K46A 5BRQA 3WD0A 1HVQA 3CIVA 3GM8A 1PEZA 3SIMA 4Z2HA 3UG3A 3N17A 4MJ4A 1BVZA 1UD6A 1JZ3A 3UCQA 3VVGA 1QNQA 1XH1A 1V6XA 5IFPA 1BLIA 1HP5A 4CD5A 2DIEA 1H09A 2G3JA 2E9LA 2FH8A 3ARXA 3VD5A 2DEPA 3OGSA 2B31A 4GI9A 5C71A 1J01A 3IAQA 5DT7A 4PUEA 2WM0A 5A95A 1J0JA 2VZVA 4AY1A 4GZJA 3OZOA 5I24A 1HJSA 3UR7A 1VRXA 5AC5A 2DH2A 1GOQA 1KXHA 1W91A 3ARUA 5LA2A 4ATDA 5AYIA 2QMKA 1RPKA 3VM5A 1DWFM 4CN6A 3CHCA 2QMJA 3IK2A 3VIKA 3L2MA 1QHPA 3ARYA 1C8YA 4HA4A 4F8XA 1WP6A 2A3EA 4GI6A 1M04A 3WH5A 1GQLA 1ISXA 2D0GA 3WDQA 3CUJA 1GOKA 3GNOA 1SYTA 1J0IA 3PZQA 1WCGA 3WELA 4BQ5A 3T0DA 1V02E 1KXTA 1UR2A 2W92A 2EXOA 1UWRA 2GK1A 3A6OA 2WMIA 1XSJA 1D3CA 3OLDA 1QOXA 3F5KA 1MXGA 3WQWA 1PX4A 4PTVA 4JIEA 1KGXA 3WH7A 3SCOA 4CGTA 1PJ9A 3WD1A 3ZJKA 4UQEA 3K8KA 4IUGA 4KH2A 1KBKA 5EB8A 1QNSA 2WMHA 2MANA 4Z2GA 3VU2A 3ZSSA 5A6SA 5KEZA 2W62A 2D0HA 1QVBA 2VMFA 3M07A 2W63A 3OGRA 2OSXA 1JZ8A 1C8QA 2CHOA 1E4NA 1BHGA 1ZBWA 4LPCA 1D2KA 4C7DA 1CPUA 1JNDA 4M82A 6TAAA 1C93A 1OM0A 1EDTA 4GQQA 1ITCA 4QP0A 2E8YA 1VFMA 1VFUA 2DT1A 2CETA 4U2YA 2J62A 1C92A 1CWYA 1E9LA 2WC4A 5A8OA 1E6ZA 4CD4A 4BQ3A 1FP8A 4GINA 3I3BA 2XVKA 4X9YA 2E8ZA 1K9DA 3NDZA 1UD4A 1VB9A 1LL7A 3AS0A 1XCWA 3N18A 3GBEA 5JBDA 2BNJA 1CGUA 2GJPA 5CZKA 4AZGA 4HU0A 4PSRA 1HP4A 1BQCA 1W9UA 3IJ9A 2X2YA 4UR9A 4AZCB 2CKSA 4NRRA 4HOZA 4RL3A 2OWXA 2XSAA 4M81A 3OIHA 1AQ0A 5DF0A 3U7BA 5CPQA 3TTSA 1JIBA 1ZBKA 2UY3A 2XWEA 1FA2A 3AROA 1YQ2A 1RH9A 5HPCA 2WKLA 4HA1A 1AVAA 1W9PA 1JI1A 3SUUA 1WPCA 4P8UA 3VTRA 3HU7A 4D6HA 3EMQA 2YDRA 3L4ZA 1JD7A 1EOKA 3A4AA 2J7FA 3ZR5A 1RP8A 2G3NA 1HL8A 2G41A 1OWQA 4JL1A 2WHJA 2GDVA 4AEEA 1E73M 5F7UA 3BMVA 3WDHA 3B9DA 5BWFA 1JGIA 4MTVA 4PTWA 3VX1A 1W9DM 4CCDA 3SCTA 3A4XA 3K4DA 4ZXLA 1R87A 3W27A 1JZ5A 4AEFA 2Y2WA 3FHQA 3AI0A 1CXFA 1NM9A 4J3SA 3M7SA 4JKMA 4V28A 1MW2A 4JKLA 4E8CA 1F4HA 4ATLA 4RE3A 1JD9A 3SCRA 1ZB5A 3ZJ6A 5A8NA 1WZMA 2D3NA 4GXPA 1QI5A 4D6JA 4PCTA 2IXUA 1GOIA 3VKKA 4B15A 1JNEA 2WHLA 3DHPA 2CEQA 1BYCA 2V3GA 1QI3A 1ZJAA 1O6IA 5DEZA 1EHNA 4WK9A 1NOWA 2VURA 1P6WA 4P8VA 4EKJA 1ISWA 3KWXA 2CBJA 1CENA 1U2YA 3AISA 5ECUA 2QPSA 3VMPA 1B31A 3ZO9A 2D1ZA 5JBEA 2YJQA 4WKAA 3WBAA 1JDDA 1MW0A 3VX0A 1L8NA 5KZ6A 2WCAA 1C91A 2JF6A 1M01A 2XM1A 4TX6A 1GQKA 4UOZA 2JEPA 3LPGA 4MNLA 4BZYA 4ZEPA 3RM4A 4W88A 5FKYA 1TA3A 1VENA 3OLEA 4PMUA 2A3HA 2VRJA 5D9PA 1KCKA 1WNOA 4KWUA 3BH4A 2C7FA 1NWRA 4PMXA 3W37A 4JFTA 2ZX9A 1TVNA 3VDHA 2ZUWA 3RMEA 3VO0A 2WNWA 1BYAA 3MKKA 3EDFA 4W5ZA 1V0MA 1JZ4A 3CMGA 3MMWA 1JF6A 3OZPA 4A3YA 1ZL1A 3T09A 1JYNA 3EDDA 4U3CA 2DSKA 1UQZA 1RD6A 4AD3A 5DMYA 1W3LA 1KWKA 3AICA 2VVNA 2O9RA 1B3XA 4N0RA 4PCSA 3NJ3A 5A69A 1CGYA 2CESA 1WB0A 3KEHA 1MFVA 1V08A 2XIBA 3SUWA 2Y5EA 5C8BB 4H7VA 3K8LA 2E4TA 1VJSA 2DQXA 1DTUA 3VDCA 2YL9A 4UFMA 2JIEA 1CXLA 3AHYA 2WAGA 2J7BA 4Z2JA 3N11A 4PMYA 5FD0A 3AIBA 4E4PA 2VX4A 2ZWYA 3KL3A 1OT2A 3AMCA 4MDPA 3O6AA 4LGXA 4P8XA 1E3ZA 3WDPP 1KXQA 2ZX6A 4H8UA 3TTYA 1TFVA 3PZNA 3GBDA 1ZJBA 3AHVA 5M5DA 4DUWA 4W5UA 1CGWA 1CGTA 2G3IA 4WSJA 1W9XA 1EH9A 4OZOA 4YHEA 2XSBA 4S3JA 3WF3A 1DWAM 1H4PA 3VOCA 3T08A 3FW6A 2E9BA 4GKLA 2VI0A 1W9VA 3WN6A 2ZXDA 4OOZA 3RM9A 4CN4A 2CERA 1UOKA 3W53A 3GZAA 5D8WA 1PX8A 1WE5A 3CZGA 2OWWA 4U5IA 5ABEA 3OBAA 1W3KA 4P7NA 4AZ5A 2X8RA 5BRPA 3W4RA 4V27A 3WH8A 2VR4A 3AS3A 1EO7A 1H0GA 2PB1A 5DFAA 1M7XA 3RCNA 2XWDA 3WUGA 3WDRA 3WH9A 3BSGA 3FAWA 4AWEA 4FLOA 4WF7A 3AIQA 1XHGA 1E4IA 1JDAA 5CG0A 2XIIA 1UR1A 2J8GA 2Z1SA 5C70A 3PZGA 1UR9A 1B90A 1GORA 2BVDA 2ZOXA 1AMYA 4PMNA 2GVYA 4PRWA 1LF1A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3WF0 A;  3T2P A;  4FMV A;  1JXK A;  1US3 A;  4PMO A;  5IDI A;  2VNC A;  1JYV A;  3D5H A;  3PN8 A;  2XFR A;  3MMD A;  4EAN A;  2X05 A;  5GNY A;  1XYF A;  3W25 A;  5CLW A;  3EMZ A;  4RE4 A;  3UES A;  2IUZ A;  3L4Y A;  2XGI A;  2DIJ A;  1BSI A;  2FHF A;  2NSX A;  4J3W A;  4JFV A;  4MJ2 A;  2YL5 A;  1LJY A;  5ABF B;  2WK2 A;  1TCM A;  4M80 A;  3SUV A;  4DWS A;  4HZ7 A;  4PMR A;  3UER A;  5I23 A;  1Z32 X;  2WZH A;  3WNP A;  2HVM A;  2XFY A;  1OD0 A;  2NT1 A;  4JCM A;  3ALG A;  4L4P A;  3WEZ A;  2WVV A;  1OSE A;  1KWG A;  3NDY A;  1PBG A;  4MAZ A;  3A47 A;  1CZ1 A;  1QNO A;  1J9Y A;  1YHT A;  1H41 A;  5FCZ A;  3HMC A;  2DH3 A;  3VIJ A;  2ZWZ A;  3AS1 A;  3AYS A;  4CD7 A;  1VIW A;  2WB5 A;  4CU7 A;  1Y7V A;  3VGG A;  4W7U A;  3WEO A;  3AYR A;  2BXZ A;  1ZU8 A;  4D1J A;  5I78 A;  4XB3 A;  1KB3 A;  2PC8 A;  1KGW A;  3VGE A;  3BAI A;  4BQ2 A;  3BCD A;  4HZ8 A;  1V0N A;  2WHM A;  1BG9 A;  2VO5 A;  3VGF A;  3EDE A;  3APG A;  5A1A A;  1OGS A;  4LYR A;  1R8L A;  5A2C A;  4F9D A;  5IFT A;  4M1R A;  4WKF A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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