5C2XA

Crystal structure of deoxyribose-phosphate aldolase from colwellia psychrerythraea (tetragonal form)
Total Genus 96
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
96
sequence length
246
structure length
246
Chain Sequence
SDIKAVAQRALSLMDLTSLTNTETDQEIIDLCRQAKSPAGETAAICIFPRFIPVAKKALKAQQTPHIKIATVTNFPQGNDDLDIALAETRAAVAYGADEVDLVFPYRALIQGNETIGFDMVKVCKQACSGNAKLKVIIETGELKSEELIRKASEIAINAGADFIKTSTGKVAINATPEAAKVMLTVIKNKNTAVGFKPAGGVRNADDAAIYLDLADNILGNEWADANHFRFGASSLLISLLDTLGH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Trading off stability against activity in extremophilic aldolases.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Deoxyribose-phosphate aldolase
molecule tags Lyase
source organism Colwellia psychrerythraea
total genus 96
structure length 246
sequence length 246
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.2.4: Deoxyribose-phosphate aldolase.
pdb deposition date 2015-06-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01791 DeoC DeoC/LacD family aldolase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 5c2xA00
4BWLC 3S8HA 4YWIA 3UWUA 3VFLA 3DKJA 4NJGA 4O13A 2Y62A 2BLEA 3B04A 3IVSA 1H61A 1YXYA 3CHVA 3TNOA 1FCQA 2A7RA 3IGSA 3EKZA 4M6QA 3BLFA 4YXGA 3W71A 1KV5A 3P5ZA 2GVJA 1ME9A 3G24A 1O95A 2ZTJA 2RDTA 3LV5A 4GUGA 1QPRA 1VCVA 3GIYA 2J9YA 4A29A 3W73A 2B7PA 2E6DA 1MO0A 1JJKA 4MOZA 2J9ZA 3PSVA 5C5YA 1EX5A 4N9BA 4PFMA 1W1ZA 3PSWA 1K02A 3ABOA 3W7GA 2CZDA 5F2LA 2BXVA 4MJMA 3HMJG 2DZPA 3MBDA 3FKRA 4NNBA 1TJRA 2ZRYA 5K4XA 3DFPA 1N7KA 3RLUA 4AWUA 4O4VA 4GNJA 3SW6A 3EWBX 2PCQA 2X1RA 1SUXA 1RVGA 4GUIA 1L6YA 2CLIA 3L66A 1XL9A 4DO6A 1YYAA 1DBTA 2NUXA 4K38A 4AB4A 5LNWA 2JKPA 1VYPX 4LUIA 1TIMA 3C2EA 5K9XA 3CIWA 4PC8A 2BX7A 4MFEA 4O57A 1RR2A 5D2XA 4WX2A 4XKYB 3PBYA 3NG3A 3TC6A 5EY5A 2BZNA 4LWWA 1OX4A 3P60A 2Y70A 2Y6ZA 3LRKA 3T7VA 1GVOA 3GX9A 1AL7A 4UFMA 2F84A 2GOUA 4UMAA 4QJ1A 1VH7A 4A21A 2EGZA 3BG5A 5LZLA 3FA5A 4NZFA 5EPDA 4N9DA 3LHWA 4N6FA 4HNNA 3B05A 3F4WA 3ZS4A 4LY8A 2X16A 1ICQA 1UB3A 3W88A 3CU2A 3LCWA 4MJZA 3W7JA 2OX1A 2QJIA 1H7PA 3EX2A 4QAIA 4HNVA 4R7JA 3QM3A 3TAKA 2H3DA 1W54A 3VCRA 5AB3A 4JEQA 5DBTA 4UC5A 1TPDA 1TJPA 3O8AA 3CEPA 2I14A 4AWSA 1PS9A 2ZZ4A 2ZFAA 4FIRA 1F5ZA 1DHPA 1F2JA 1F74A 4A22A 3W74A 4M7TA 4WD0A 4UTWC 3EWYA 1TTJA 2PRHA 2HS8A 2R14A 5KTLA 1I2OA 4LVBA 3UD6A 3PBVA 4ADTA 2OT0A 4XBSA 1LBLA 2ATSA 4M6VA 1HO4A 2J6XA 2YW3A 5BRBA 3S0CA 1LZOA 1ZFJA 3STGA 2E77A 4UFKA 2CLFA 3ANYA 2RDUA 1FCVA 3C56A 3HGJA 5AOUA 5G5IA 5LNVA 3TH6A 4L4LA 2Y88A 3PUEA 1EB3A 1D9EA 1OFOA 1I2NA 3E96A 3R89A 1IXNA 1S5TA 1TTQA 4O0KA 5AC6A 3QMSA 3DI1A 4UTLA 3LTSA 5BOOA 3DHFA 2JGYA 2PRMA 1QOQA 4RX0A 2A7PA 3S9YA 4Q4KA 2J27A 3B06A 1WBJA 3NAVA 5F1UA 5LHFA 3VE9A 1DJNA 4Q33A 5KZEA 2QDHA 4QITA 3S5YA 1YDVA 4NNAA 5G2HA 5AHMA 1YXDA 3A5FA 4N2YA 4DPPA 4ZL1A 4O15A 1F6PA 3A5VA 3ZR4A 1OYCA 1PCKA 3IGUA 5MHBA 1F7BA 1TQXA 1WAUA 4JTUA 1QO5A 3L0KA 2P0OA 3W83A 3A22A 3TV8A 2DZWA 1VQTA 2RH9A 1AMKA 1EP2A 4Y90A 4WJEA 3W1TA 1KV8A 2A6NA 2R94A 3O16A 2WJZA 3M5ZA 2XN1A 1JQXA 1KM6A 2QCCA 3BW3A 1TPVA 2NUWA 1U83A 4UTTA 3L5LA 3FS2A 2QDGA 3SSJA 3LB0A 1PV8A 2DZXA 4MZ1A 3NXFA 3KHJA 1JRBA 4IPJA 3KVJA 2FTPA 2QCHA 1LROA 1GTHA 1LLWA 3GXPA 1SO6A 3TROA 1RPXA 3W23A 4JTIA 4XZ9A 1XUZA 4DF1A 1T0OA 4RXFA 3UXAA 5KITA 2RDWA 2JGQA 4GJ1A 3I7SA 3MP4A 3PWAA 1WYIA 3MI3A 1NAL1 3MO7A 5FI8A 2XN0A 5G2IA 2DZTA 2WV8A 4N9CA 4DPQA 1IGSA 1UUMA 2CLMA 3MYPA 3BLEA 1L6SA 3THAA 5HWNA 1VRDA 4W9TA 3WJSA 2Y7FA 4K6AA 4IOTA 3L0GA 4AF0B 1KFKA 4ZQCA 1L9WA 1KA9F 2TMDA 2E09A 1T99A 3KFTA 2WNZA 1O4UA 4NJKA 4YCPA 3CPRA 3EWWA 5J5DA 3A9IA 5KMYA 4QISA 1Z48A 1LOQA 2YSWA 1IXPA 1TMHA 1UCWA 2NV2A 2ALDA 3TW6A 3MBFA 3ABRA 4JYDA 4DELA 3CQ0A 3A24A 5CSSA 2LLEA 3GKFA 4LS2A 5D32A 1FX6A 4K8EA 3VKJA 2QCEA 4Y96A 1EP3A 3HG2A 3ZWSA 3MHFA 4JTEA 3H53A 3QJAA 4LVFA 4MFDA 3ATYA 3W7KA 1ZCOA 4NX5A 3EWZA 5BMWA 1GEQA 3IIOA 2C15A 3CWOX 3BK0A 2ZA2A 2ZZ7A 4CLMA 4O1CA 2J88A 4O54A 4X9SA 2XN2A 3FOKA 3W75A 1NSJA 5CZTA 1TO3A 1KM5A 1XXXA 3DFNA 2Y61A 4HNTA 1SO3A 4DO4A 1CX9A 4UTKA 3SI9A 3U2OA 1BWKA 2TYSA 3O6CA 1AL8A 3LCFA 1VYSX 1UUOA 2OCZA 3IRDA 4UNLA 4FX8A 5E1QA 2NWRA 4RKAA 2ZZ6A 3C2VA 5I3KA 3GNNA 5AHFA 1OJXA 4LNYA 2ATMA 4X3ZA 2HSAA 3LCHA 3MHUA 4IX0A 4ZQNA 1QCWA 5LSMA 3LCXA 4FNRA 3EX6A 1W5QA 3USBA 2WOQA 4KFNA 2C1HA 3MP3A 3FJLA 4JX6A 1QO2A 3GDRA 2CZFA 2GVGA 4LW7A 1DQXA 3UWVA 3G8EA 1SZGA 3QRHA 2VC6A 3IV3A 3W1AA 4NX0A 2CFFA 3NQVA 1HL2A 4TR9A 1LLZA 1TV5A 4E2DA 2QF7A 3NZRA 1I2PA 1K7EA 3TSMA 5F4WA 1CI1A 3E49A 1QMLA 2FLIA 3W1PA 4K39A 1VCGA 2NUYA 3LCIA 3TMLA 3PUDA 1OFQA 4A3UA 3CIXA 1JUEA 2ZRUA 3LI1A 1GJPA 2E1DA 2VEKA 1TV7A 1W8SA 4EOUA 3GK0A 3W72A 3S6DA 2QAFA 3A23A 3FKKA 1SO5A 5D02A 1E51A 1FY6A 4S2BA 2YFNA 2DZVA 3CB8A 4KWVA 5D2YA 1PE1A 1S5WA 4M6PA 1JCNA 3KAOA 4LS0A 4WXYA 2F7FA 3UYCA 3OIXA 3THQA 1A50A 1TSIA 3GZ3A 4HNUA 4H3DA 3CTLA 1V5XA 1XBYA 1ZNNA 5HUPA 5D05A 4QQ3A 1ZJIA 3M0ZA 5EA9A 3RNDA 4TIMA 4UCGA 1KLYA 3W2KA 4O11A 4FNTA 4TX9A 5LHEA 2V81A 3G3DA 4I7UA 4JYFA 3HPZA 3LRMA 2CZEA 3W7OA 1LYXA 1WV2A 3FYPA 1T8XA 1TTPA 4ZZ9A 1K7XA 5BW6A 2C3ZA 1WOAA 3INPA 5LGXA 4MZYA 5D33A 4NXKA 1R46A 3E9AA 5I3GA 8TIMA 3GR7A 1TPH1 5CG7A 1X7FA 3O6YX 1RQEA 2E5DA 3EWXA 3P5YA 3W1UA 4HT3A 2WSRA 1RV8A 4RJEA 3K30A 2H8ZA 3QPYA 2V2CA 3KVKA 1H50A 1S5VA 3VNDA 4E38A 1JUKA 2YZRA 4RLIA 1XDLA 2A5HA 4CQAA 4E2BA 3NQ7A 2ZYFA 1I45A 4K8HA 4IPIA 1VJIA 4O0ZA 3SIZA 1OX6A 1G4PA 4ZQRA 5D09A 1Z44A 2VEIA 3RK8A 2BSLA 1HG3A 1JULA 4AAJA 3NDOA 3MUXA 4OBTA 1Q3NA 3B8DA 5CPLA 2QCLA 5C55A 3PUOA 1CW2A 1ZY9A 4WQ6A 3UQNA 3DHDA 1X1OA 3IEBA 3LX9A 4Y8FA 2FPVA 1IXOA 2ABBA 1Q6RA 3OHIA 4A2RA 1S3HA 2QCNA 1GPWA 2HMCA 2X1TA 3W7RA 1K8YA 4O52A 1B9BA 4BFAA 3LXAA 4Z1DA 3GR8A 3LHTA 4HKPA 2WNQA 4O1AA 1I2QA 1LORA 4LRSA 5K9DA 3LHVA 3W7DA 3P8JA 2CLEA 1G7UA 3WJZA 4I7WA 4LVGA 1AW2A 4LV4A 3PM6A 3WK1A 1ICPA 3TW7A 2VFIA 1H7RA 2EKCA 4R34A 3SFKA 2R91A 5AFDA 3SECA 3GXNA 3W70A 3NQEA 1H63A 1W5OA 4N02A 3TDFA 3NR0A 1TPWA 4ZVJA 3BW4A 3LTPA 1VYRA 1RQHA 3BARA 1H7XA 4RK8A 5K4ZA 2VKZG 2UV8G 3IVTA 3S1XA 2X30A 4O16A 4UIOA 4JNMA 4HSOA 2OT1A 1OG0A 3TIMA 3W22A 1NVMA 1X8FA 1TCDA 2WPBA 3JRKA 3G22A 2B7OA 4DXVA 3TJLA 4YCOA 1H7WA 4PL2A 1OK6A 3FJ6A 2CLOA 4LTSA 3SR7A 3P67A 3H55A 1A53A 2VFGA 4GC4A 4Z1BA 1PHWA 3HQ1A 3Q94A 3QF0A 4CNNA 4DO5A 1J5TA 2CZ5A 3W85A 3M44A 3W7EA 1A5BA 4R33A 3L9CA 4D2JA 3S5OA 2A85A 4DBEA 4WUIA 2Y7GA 1QOPA 5G1YA 2Y89A 4P2VA 3R2GA 4UTJA 1OF8A 3M1ZA 1KW1A 1PCWA 3B0UX 2YFOA 3W1RA 5L9FA 2NXGA 1GYLA 3P84A 4PH6A 4H4IA 3MJYA 1ZAJA 3MP5A 4LVAA 5GVJA 1BWLA 4GE8A 2NX1A 3TU9A 3L0NA 3NQDA 4MIMA 1JCJA 3CT7A 3RMJA 5DN1A 5I3IA 4GWEA 3N9SA 4LC6A 4NT0A 3A21A 4C1LA 3IIVA 4O53A 2ZCGA 4IMCA 2QR6A 1KTBA 3GB6A 1TTIA 4Z08A 3EWUA 4CQ9A 2OMAA 3W7NA 2G97A 3KXQA 1A5CA 3W2LA 1OHLA 1FWRA 2NV1A 1GG0A 2C13A 4LRTA 5IBXA 1EWEA 5A8GA 1FWWA 5AYXA 3P8IA 4P61A 4UFJA 3NGJA 2ISWA 3GKAA 1KFBA 3GDTA 3Q58A 4ADSA 2A2IA 2TSYA 1KLZA 2Z1BA 1HUVA 3UZJA 1EUAA 3P74A 5C6MA 4JY9A 4Z0SA 2DZUA 4JTSA 3TUUA 3GAKA 4G1KA 4WOZA 5FESA 3N14A 1J2WA 4JYEA 3BGJA 4RZ6A 3LERA 4IX2A 4MYXA 1IF2A 3MHGA 1K7FA 4JY8A 3EB2A 1H5YA 3NOEA 1B4EA 1ZHAA 2YX0A 5I3JA 4IXHA 1VLWA 1QNVA 3C0JA 1W37A 5AHEA 3NQ2A 4JTTA 2P10A 1MXSA 4E0CA 3DU0A 2OJPA 4DEFA 5AYZA 1VHNA 1L2UA 2D73A 2OZ0A 3O6DA 5FEXA 1QWGA 1JCLA 2JK2A 2NLIA 3MMTA 2FJKA 1FQ0A 2FB2A 3TX9A 4EF9A 3JR2A 3STEA 1VGAA 3DI0A 4LV9A 2DU2A 2WSYA 4JX4A 3CM4A 4XTDA 3SZ8A 3W7LA 4AMAA 4HPJA 1KTCA 1AK5A 1W56A 3QMRA 1F6KA 3NL5A 1NEYA 1JRCA 1H1ZA 1KM2A 3G18A 3G1AA 3G1VA 4JDYA 4O12A 1Z42A 2W6RA 4UNKA 2QEZA 3LXBA 4GUHA 2B7QA 4FX7A 3P80A 3R12A 1FWTA 4RZ5A 5CZJA 5EL1A 1K8XA 2ZDRA 4KFOA 4O1BA 5F2MA 4ZMGA 4UMCA 2ABAA 1ADOA 4QSHA 5EBUA 2DJLA 2GQ8A 1A5SA 3R13A 3BW2A 4X2RA 1SW3A 4ORIA 4PTNA 4XQ6A 1VS1A 3PF3A 2Q8LA 1WQ5A 1YLVA 3UXDA 2GQ9A 3VI2A 4TO8A 2Q3OA 1I8JA 3NPWA 1XBXA 5D2WA 5DY3A 1OFBA 1LRQA 3LLFA 5H91A 3W7QA 3HG3A 1XUUA 2B7NA 4NJIA 3W7HA 2QCMA 1H51A 3MWAA 5KSWA 5FF0A 3BPWA 3GAYA 3PC0A 2ISSA 5F4XA 1VC4A 2A6LA 4HN4A 4UTUA 3NPVA 3GVGA 4Q32A 5LKYA 4ZQPA 1SSDA 4FXSA 2B4GA 5A5WA 3G1YA 3TR2A 3C6CA 3OG3A 3LHUA 1H60A 5HR7A 5I3HA 4YL2A 1FUYA 5LNUA 3NQFA 3NVTA 1JCYA 3L5AA 1A5AA 1WA3A 3QYQA 4ALDA 1KM1A 3UY8A 1FBAA 3OVRA 1KFJA 1T96A 3NQMA 4CQ8A 4OGZA 3MYOA 1XCFA 3PBUA 4UFHA 1XC4A 1KBIA 3AJXA 1RQBA 1C9DA 3M5VA 4PEKA 3N73A 4O28A 3TJXA 2VENA 4K37A 2A21A 4HIBA 3L21A 1SU5A 1FDJA 3W1QA 1M7PA 4AWTA 2ZZ2A 4WY0A 2GUUA 4IWWA 3GDLA 2VFHA 3G1XA 5TIMA 1G4TA 4TMBA 3WK3A 4EVZA 2O7QA 1XKYA 2PURA 3BVJA 1EP1A 1K3UA 2V30A 5EKYA 5BMXA 3NA8A 3G0SA 4FNUA 4BF9A 4C1KA 4UTIA 1SPQA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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