5C54A

Crystal structure of a novel n-acetylneuraminic acid lyase from corynebacterium glutamicum
Total Genus 118
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
118
sequence length
310
structure length
310
Chain Sequence
SATFTGVIPPVMTPLHADGSVDVESLRKLVDHLINGGVDGLFALGSSGEAAFLTRAQRKLALTTIIEHTAGRVPVTAGVIETTTARVIELVEDALEAGAEGLVATAPFYTRTHDVEIEEHFRKIHAAAPELPLFAYNIPVSVHSNLNPVMLLTLAKDGVLAGTKDSSGNDGAIRSLIEARDDAGLTEQFKILTGSETTVDFAYLAGADGVVPGLGNVDPAAYAALAKLCLDGKWAEAAALQKRINHLFHIVFVGDTSHMSGSSAGLGGFKTALAHLGIIESNAMAVPHQSLSDEETARIHAIVDEFLYTA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of a novel N-acetylneuraminic acid lyase from Corynebacterium glutamicum
rcsb
molecule keywords Dihydrodipicolinate synthase/N-acetylneuraminate lyase
molecule tags Lyase
source organism Corynebacterium glutamicum atcc 13032
total genus 118
structure length 310
sequence length 310
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H
ec nomenclature ec 4.1.3.3: N-acetylneuraminate lyase.
pdb deposition date 2015-06-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00701 DHDPS Dihydrodipicolinate synthetase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 5c54A00
1SSDA 2V30A 4RJEA 1GYLA 3TXZA 4ORIA 3TSBA 1TRDA 1TQXA 1SPQA 3RFAA 5F4SA 1JCMP 2WNQA 3W72A 3I7SA 4NJGA 1GVSA 5K9CA 4X3ZA 4PH6A 2NWRA 3M5VA 2VFFA 1XXXA 3O06A 3UXDA 4O8RA 3I7RA 5AHEA 1K02A 4YMZA 3C2EA 1QO2A 3CWOX 3HGJA 1WOAA 2X1RA 2HS8A 3QMSA 3GR7A 5F4XA 1YXCA 1IXOA 1VC4A 3MYPA 4ZQOA 3O16A 3NOEA 3LOTA 1FBAA 2XN1A 3SR7A 1H1ZA 5L9FA 3SIZA 1KM3A 2UV8G 3INPA 1I2RA 5HWNA 5CSRA 3W7NA 2B7NA 2CU0A 4R7JA 2QCNA 3A5VA 4LV4A 2GQAA 3BG5A 2C3ZA 1K8YA 4GUIA 5F1UA 4PFMA 2IQTA 1FCVA 3LXAA 4N02A 4K7VA 1H50A 4ZL1A 5D04C 4UC5A 3VE9A 1TV8A 1Q3NA 3Q2DA 3UD6A 4AHPA 3NQCA 4O17A 1DOSA 3NQVA 3P82A 1TQJA 3NPUA 1YTEA 3W1XA 1I45A 1Z41A 2CLIA 4UTIA 5T26A 3PBYA 5EMUA 4NZFA 3EWUA 4HKPA 2E1DA 3A21A 5IBXC 4DBDA 2C1HA 1G4PA 1K7XA 1MZHA 3PR2A 4FX6M 2ATSA 1H7XA 3O8AA 3MHFA 5D2XA 1OFAA 5J5RA 2QKFA 2A85A 1YXDA 4LUJA 2YXGA 4WXZA 5AYXA 2QUTA 3I7QA 2DZTA 3GDTA 4R53A 1KFCA 1SO6A 2JK2A 5EA9A 5I3FA 4O1BA 1W5NA 3DGRA 4K38A 4LWWA 3PBWA 3OIXA 4AWUA 5D33A 5CSSA 4FX7A 5C55A 4LC8A 1VLWA 4ZVJA 4GRSA 4DPQA 4FX8A 2CZDA 1QWGA 4WY0A 4ZQRA 3BK0A 2FB2A 4UMBA 2V5BA 4EF8A 2E09A 3C3NA 3M6YA 5KZDA 3CEUA 3ATYA 2WQPA 4PL2A 3I68A 4Y90A 5AC7A 2C14A 1W5QA 2JBMA 3TAKA 4ORMA 1KM6A 2QJGA 4WOQA 1F76A 2F7FA 4YCPA 4R34A 3HG3A 5CZ0A 3BO9A 3NL5A 4JTUA 4NXSA 4DXVA 2ISWA 3W1UA 4O52A 1XBXA 3IVTA 3MMTA 2J27A 3G1VA 3L2IA 3QRHA 5AYYA 4QNWA 3DFTA 2RKXA 2GUUA 1ZENA 2ZZ1A 4O28A 3IGUA 5DCDA 5F2LA 1GEQA 1JCLA 2V8ZA 1DBTA 2NZLA 1CW2A 3SI9A 4Z0JA 4RK8A 1B57A 1FUYA 1EB3A 2E6FA 3EWZA 4XTIA 2CFFA 4FO4A 1PHQA 3TIMA 1RQEA 2Z1BA 1QAPA 1MXSA 4UIOA 4AHOA 1P4CA 3HOJA 3HO8A 2A7RA 1SZGA 5KZMA 2E5DA 3T7VA 3WK0A 3LI0A 1QR7A 5IM51 1T8XA 4OE7A 3ABOA 4RZ6A 1LBLA 2E5CA 3P80A 5FEXA 3UPWA 3TV8A 4OV9A 8TIMA 3GDMA 3G24A 3VCRA 5E1QA 5F4WA 3LCIA 4QITA 1KLZA 1VLIA 3HGSA 2X16A 5G2IA 1VZWA 2HSAA 4BI5A 3ABSA 4GFSA 1LOQA 1WA3A 4JTSA 1OABA 3HQ1A 3AO0A 1GTHA 3LCGA 2E6DA 5K4ZA 2WNZA 2NV2A 1EX5A 3O63A 3YPIA 4EVZA 4O4WA 1K03A 1VRDA 4RCXA 4I7VA 2CZ5A 3N9RA 5LZLA 3OHIA 2HS6A 5LSMA 2JKAA 4UTUA 5FF0A 3STFA 2CLOA 2NX3A 2P0OA 2ZRZA 4PA8A 4ZQMA 4KFOA 4ZMGA 3PULA 5KINA 1PE1A 3T4CA 1R2RA 1G4TA 1UJPA 5AHFA 4RLIA 4HT3A 1W1ZA 1TB3A 3L5MA 3TDFA 5KTLA 4UTLA 1F6PA 1QPRA 3LDVA 5I3HA 4UTTC 3W7QA 3TQKA 3Q58A 3FKRA 5EBUA 1TJRA 4MUZA 3JRKA 5KITA 2X1UA 4MZ8A 1PL9A 5E93A 5G1TA 4O50A 3L66A 2TMDA 4NNBA 2ZRVA 3W2LA 4JN6A 3G1XA 4MPQA 3LBCA 2G95A 3ANYA 3CQ0A 3FKKA 2EPHA 1HTIA 3BW2A 2WKJA 3MI3A 4LS1A 3BGJA 1QMLA 7TIMA 3RU6A 4JYEA 1LP6A 2A6NA 4WXYA 1LROA 4E38A 3GXPA 1EPXA 1B4KA 1DHPA 3R12A 1M7PA 2Y7EA 2YPIA 4Z1AA 1QOQA 3QZEA 3LV5A 4C1LA 1FDJA 3GDRA 5K9DA 1BWLA 4JYFA 5FI8A 4NX5A 1FDZA 5K4XA 3W7KA 5I3KA 1XFBA 3GVGA 3R5EA 3MHUA 2J9YA 1ZHAA 1YPIA 3G3DA 1XDLA 4CCDA 3C2OA 1M5WA 5F2IA 2F84A 1S3HA 1VCVA 4GNJA 1SZNA 4LRTA 5K3VA 4RR4A 1EIXA 4RXFA 4JS3A 1C29A 5CKSA 3CLMA 4NNCA 5DXXA 3G0UA 2CZFA 3W84A 1LZOA 3EXTA 4O14A 3W1LA 1OF8A 3WK3A 3PUEA 2VEIA 1JUEA 2Z6IA 5AHMA 4WY0F 3NQ8A 1UCWA 4ADTA 1H7RA 2KZHA 3V75A 2JKPA 1FXPA 3GKFA 3BGGA 3QSRA 1J5TA 4BWLC 1XBZA 2J9ZA 4JTIA 3CM4A 4UXDA 3EXRA 3WJYA 3I65A 3HG4A 5CPMA 4O0KA 3MP4A 2QCHA 2RDUA 1HUVA 5AC6A 4PEKA 2W6RA 1FWWA 4IUOA 4LS2A 3VE7A 2ZCGA 1AMKA 3NL6A 3JS3A 1JQXA 4XBKA 2BLEA 2W0UA 3TSMA 2CLHA 3S42A 4O1AA 4O10A 4ADSA 3IEBA 3N73A 4IMCA 1XC4A 3N34A 5CPLA 3HPSA 1X8FA 4M19A 4ALDA 2HMCA 1UBSA 2B7PA 3MP3A 1LRTA 3KVJA 1JCNA 3DFOA 3WJZA 1T99A 4WY0B 4K36A 4PODA 1NSJA 3B06A 3GDKA 2V9DA 1H63A 4Y9AA 1U83A 3B05A 3UPBA 1A53A 3W2UA 3P7YA 4H4IA 5K9XA 3TUUA 4IOTA 2P10A 1GQNA 1SFJA 2ABAA 2NWSA 1AW1A 2WO5A 3NG3A 3OVQA 3TFXA 3P8JA 2DJXA 2A4AA 2C0AA 3G1SA 1D9EA 2QJHA 4O4VA 3TH6A 3WK1A 2Y88A 1OVDA 5I3JA 3OBKA 5HNRA 1LLZA 2Y89A 3LXBA 4UFHA 4GUJA 5BMWA 5K7JA 1G7UA 1DVJA 1YPFA 1DJQA 3NZRA 3LBMA 2H8XA 2YW3A 3NYZA 5DELA 2ZRYA 3KAOA 4TX9A 1TPEA 1EP3A 3W7GA 4LRSA 4Z08A 3TR2A 4QQ3A 4AMAA 3KOFA 3NDOA 4Q33A 1KTNA 3S5NA 4IXHA 3GAKA 4U28A 5EPDA 3CEPA 1GVQA 1G4EA 3Q94A 1OX5A 3GR8A 1R30A 5D37A 4H6KA 1K8XA 3P81A 1K7FA 4Z1BA 1W5MA 5HR6A 5EL1A 4FXRA 3H55A 3L5LA 2C6QA 5LNWA 3NQAA 2ZDRA 1F05A 4IPJA 1W5OA 5DY2A 4JD4A 5HUPA 4HNTA 1L6WA 5D05A 3T44A 1DQWA 3NQMA 5FF4A 2YFOA 4GUHA 3NQEA 4TR9A 1LM1A 3NVTA 3Q37A 4JX4A 1EUAA 1VCGA 3M0ZA 2G96A 3PSWA 3A23A 3EX3A 3PM6A 4MVAA 3TW7A 1H7PA 3EX6A 2ZRXA 3ATZA 3N3MA 3W87A 3TC6A 1WBJA 1SO4A 2C13A 2QCLA 2OMAA 2Z0IA 3WJXA 4K39A 5F1VA 1W5PA 2ZQ0A 3GXTA 2FPTA 3W7MA 3IIVA 3KVKA 2Y70A 2Q3RA 3FYOA 4K7YA 3B03A 3L65A 4FXSA 2A7NA 2VFIA 3W9ZA 1SSGA 6TIMA 1KTBA 3TXVA 2FPYA 2R14A 1U5JA 3PC0A 3IVUA 4UMAA 4NVTA 5AC8A 1H7OA 3EKZA 1SW0A 2GVJA 2GQ9A 3FIGA 4FNTA 2YYUA 3A9IA 3LLDA 3NNTA 3LRLA 1PS9A 4RZ4A 3BLEA 4UTKA 3G22A 4O19A 1GVFA 2A0NA 1PIIA 4Z1DA 3W23A 1XI3A 5LNVA 1ME7A 3NQ2A 4DBEA 1MO0A 4LU0A 4JY9A 5CG7A 1FCBA 3W1AA 3MI6A 3N19B 1DV7A 3RLVA 1GVRA 3S5ZA 2ZYFA 5U7SA 2VFDA 4MKNA 2ALDA 2VELA 3SGUA 6ALDA 3QYQA 3S8HA 1J4EA 3LCWA 4O13A 1TV5A 1Q6QA 3IIZA 4KKXA 1VHCA 5CZTA 3EEGA 1HL2A 4P61A 3HGOA 2VFEA 1KV8A 3UZJA 4WUIA 4KFNA 4N6FA 3TQVA 4NZJA 1LORA 3DBPA 3EWBX 4UTJA 3T40A 5G2WA 4XBSA 4UCGA 2QR6A 3BW4A 1XUUA 3M5ZA 5DBUA 1TJPA 4XUGA 2TPSA 4O18A 3C4UA 3O6YX 4DO4A 1GVOA 1ZY9A 4MOZA 4UFMA 5A5WA 1L2UA 3KHJA 3GNNA 1KM2A 3LCXA 5I3GA 4S2BA 3G18A 4XTDA 1A50A 3W1QA 1W8SA 1HO4A 4QAIA 1RD5A 3CB8A 3G1HA 1KFBA 1H51A 3SZ8A 2WJZA 1KM5A 1W31A 5EYWA 3W71A 1IXQA 1TRIA 3P84A 3QQ0A 3N9SA 3S1XA 2QCDA 3NM3A 3G1AA 4JDBA 2BXVA 3EKLA 4HPXA 1I2QA 1CI1A 1ZAJA 4AWTA 3TMLA 4MJMA 3P74A 1WDWA 4HNNA 3HMJG 1OHLA 3PVFA 2H3BA 3BG9A 2QCMA 3R2GA 3G0SA 1TPWA 1BWKA 2CZEA 5EKYA 3P5ZA 2DZSA 1GOXA 1BEUA 1QFEA 4ONVA 3LTYA 4QM1A 1FCQA 3A24A 3IVSA 3P61A 1K7EA 3NQ6A 3VNDA 4UFKA 4UFLA 2X2GA 1O5XA 1JRCA 3C2RA 3S1UA 1R2TA 2FTPA 3NA8A 4FNUA 2DP3A 1H62A 1KFKA 5I3IA 2ISSA 4HHPA 3B04A 4LOCA 5FF2A 4JTEA 1HG3A 1SO3A 4MZ1A 3C52A 4O12A 3IIPA 1DKWA 2B7QA 4AB4A 2YR1A 5L6UA 4MFEA 3L68A 4E2DA 4DF0A 3BLFA 3KRSA 4JEQA 4A29A 5BOOA 1ZALA 1VHNA 1TTQA 2RDTA 2E77A 2QDHA 2R8WA 1OFDA 4LVGA 4R33A 2DZUA 2WNNA 5C54A 1W54A 4O16A 5MHBA 1F6KA 1TTPA 2RDWA 3SJ3A 1MEIA 1IIHA 1LTDA 1OFPA 2YSWA 4GC4A 1LBFA 1JUBA 3NZ1A 3LCLA 3EX2A 3W3OA 1F7BA 4FNSA 3O15A 2BWGA 1QDSA 1X7FA 3W7HA 4DO6A 2A2IA 3MWAA 4AH7A 3GZ3A 4JICA 3LTSA 1WBHA 4CCEA 3C0JA 3RK8A 3NPWA 1ZNNA 3L0GA 3TSDA 4N9BA 2QCCA 1OX4A 3TFCA 4MFDA 1A5CA 1JCYA 3M9YA 4LT9A 4JIQA 3T78A 4X9SA 3W75A 5U4NA 4NJHA 2EKCA 1DJNA 4CQAA 3CT7A 4ZQCA 4C1KA 1QPOA 4GE8A 1I2NA 1HO1A 5E0KA 2GVLA 2CLKA 1QCWA 3W7RA 1N55A 3A22A 4JNMA 4DELA 3IIXA 3STGA 3ZS4A 5D02A 3G3MA 4CNPA 4LV9A 1YDOA 1ONRA 3I6RA 5D38A 4EOUA 1VQTA 1TO3A 4LTSA 5KZEA 4IJBA 4LVBA 3W6YA 4XZ9A 1H5YA 3KXQA 4K8HA 1UUOA 3P8IA 3TJXA 3TK7A 4CNOA 1G67A 4FNRA 1OK4A 1PCKA 4MLJA 4XKYA 3QM3A 3L67A 2BTMA 4FIQA 1HFBA 2X1SA 4JTHA 3NL2A 5AYZA 4IX2A 1OX6A 2X30A 4Y8FA 3S9YA 3KRZA 3LI1A 4L4MA 3W2JA 3LHYA 3C56A 3RLUA 1YLVA 3D0CA 3W7OA 1IIGA 1AL7A 4DF1A 2Y7FA 4AEOA 3MJYA 4HN4A 2AQWA 4UTMA 1YTDA 3FEMA 3ZWTA 2YX0A 2FPVA 3IIOA 2QEZA 2FDSA 1VCFA 3EWYA 2A7PA 3R13A 5DBTA 4NT0A 5DLCA 3IV3A 1A5BA 3F4NA 2FFCA 3HF3A 1KBIA 4MIMA 5F2MA 4AWSA 3T55A 5LHFA 3BVJA 3G1YA 4JY8A 1WV2A 2ZA3A 1ICSA 3AJXA 4E2BA 2J6XA 1DQXA 3NGJA 4OBTA 4LVFA 3W7JA 1Z44A 1VGAA 3QJAA 3UXAA 4KWWA 2JGQA 3KX6A 2LLEA 1F2JA 1OFOA 3BPWA 2OT1A 3HPXA 1H1YA 3C2FA 1JQVA 3WK2A 3S1WA 1G4SA 3NQFA 5A8GA 3W86A 2CW6A 4WX2A 4O1CA 3TX9A 2ZTKA 4JX5A 4O54A 3EX1A 4TU1A 1DL3A 2ZA2A 2ZZ6A 3RF9A 1K8ZA 1FDYA 5C6MA 1UUMA 1LRQA 4YCOA 1KA9F 1FWRA 3LRMA 1YDNA 3QSTA 3PSVA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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