5C54A

Crystal structure of a novel n-acetylneuraminic acid lyase from corynebacterium glutamicum
Total Genus 118
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
118
sequence length
310
structure length
310
Chain Sequence
SATFTGVIPPVMTPLHADGSVDVESLRKLVDHLINGGVDGLFALGSSGEAAFLTRAQRKLALTTIIEHTAGRVPVTAGVIETTTARVIELVEDALEAGAEGLVATAPFYTRTHDVEIEEHFRKIHAAAPELPLFAYNIPVSVHSNLNPVMLLTLAKDGVLAGTKDSSGNDGAIRSLIEARDDAGLTEQFKILTGSETTVDFAYLAGADGVVPGLGNVDPAAYAALAKLCLDGKWAEAAALQKRINHLFHIVFVGDTSHMSGSSAGLGGFKTALAHLGIIESNAMAVPHQSLSDEETARIHAIVDEFLYTA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
source organism Corynebacterium glutamicum atcc 13032
publication title Crystal structure of a novel N-acetylneuraminic acid lyase from Corynebacterium glutamicum
rcsb
molecule keywords Dihydrodipicolinate synthase/N-acetylneuraminate lyase
total genus 118
structure length 310
sequence length 310
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H
ec nomenclature ec 4.1.3.3: N-acetylneuraminate lyase.
pdb deposition date 2015-06-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00701 DHDPS Dihydrodipicolinate synthetase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 5c54A00
3W1UA 3NVTA 1ZJIA 2ZTKA 3LLDA 1KA9F 1L2UA 1QOPA 3W7EA 4MYXA 4UFMA 4NZJA 4FNSA 3NZRA 3LTPA 4O4WA 4CNNA 1EEPA 2EHHA 3B0VC 2PE4A 1G69A 4Z1CA 4UR8A 4XQ6A 5K4ZA 1LBFA 1EX5A 3NO5A 4CQ8A 3LRMA 2CLMA 3CHVA 3CWOX 1CI1A 3LHZA 3PS7A 2B7OA 3MP5A 2ZA2A 4Z0SA 2FQIA 1FBAA 2QF7A 4Q4KA 3RNDA 4MKNA 3S1XA 1G4PA 1H7OA 1H1ZA 1DORA 1N8FA 1F7BA 3OG3A 3PUDA 1P4CA 3B06A 4O13A 3GNDA 3W1RA 4Y6GA 2ZFAA 3E02A 5AFDA 1TPVA 4GC4A 1K7FA 1FUYA 1SQ7A 2JGQA 3TW6A 3QJAA 3PUEA 1XI3A 3MJYA 2V5BA 5L9FA 4MOZA 3D0CA 3TCEA 4O1CA 2Z6IA 1P0KA 1PCWA 5LNUA 4LT9A 1I2OA 4MFEA 5AB3A 2Z1BA 3SGZA 4UTTA 1QPOA 4LVFA 5F2IA 3TK7A 5D2YA 1TV5A 3QZEA 2FDSA 5LHEA 5J5DA 1Q6LA 1YDNA 1O95A 1FWTA 5LNWA 1HG3A 2ZA3A 2DU2A 1SZFA 3G0UA 2RH9A 3ABSA 4O14A 1RPXA 1QWGA 1XXXA 1MZHA 2A6LA 1XDMA 4R33A 4UMBA 1R47A 3P8IA 2A85A 3F1QA 1IXOA 4I7VA 3NQFA 1WDWA 2DJLA 1MXSA 3L0GA 2VOMA 3HMJG 4O4VA 4AWSA 4MPQA 4BI5A 2ZZ6A 5G1YA 3M5VA 1FDYA 3CEPA 1RR2A 2V82A 5LHFA 4FXSA 3W6YA 5LKYA 3P67A 3W07A 2FIQA 1TPDA 1Z44A 1VHCA 1SU5A 4O10A 3G0SA 1K7XA 3LI0A 2P0OA 1U5JA 3KVMA 4RK8A 4WUIA 1IGSA 2A4AA 3G24A 3LHVA 4IMEA 4O15A 1D3GA 4GBUA 1OG0A 3M43A 3CLMA 2NXIA 1KM1A 4GRSA 1GG1A 1E51A 3G3DA 4A21A 3R12A 2E68A 1VJIA 1RQBA 4N9BA 1LDCA 3O6YX 2JBMA 1VLWA 1FXPA 2BX7A 3TQVA 3LHTA 3TSDA 3IGXA 5DBTA 1LLZA 4RZ4A 3FA5A 4K7YA 4N4PA 4QNEA 4K39A 3NQAA 3MMTA 3NYZA 2Y7EA 5FI8A 3NQEA 1SR9A 3ABQA 4HNNA 4TR9A 1PL9A 1JCXA 3I7SA 4LS0A 3YPIA 3DFQA 4O50A 3LHYA 1ME7A 3W85A 1F73A 3KVKA 3UWUA 1SPQA 3NXFA 4MY8A 5KITA 1K8XA 2G95A 2FPVA 3I6RA 4KFPA 8TIMA 1AMKA 4ALDA 4ZQOA 4RKAA 2J9XA 3O07A 4RCXA 1KV5A 2JGYA 4AF0A 4C1LA 4LVAA 5AYZA 1M7PA 3NNTA 1OHLA 5G2WA 4NVTA 1TPEA 4KFOA 2J24A 3DENA 3KRUA 1WA3A 4HPJA 3TU9A 3MHFA 3QMRA 1KFCA 3STCA 4HPXA 2QCMA 4M6PA 1G67A 3HB9A 6ALDA 4G1KA 2F7FA 3W7JA 3W2JA 4AHOA 1XC4A 1JCYA 5D05A 3TSBA 3USBA 3KVJA 1SFJA 2OCZA 3IIPA 3UYCA 4ZQMA 2WSQA 4JTJA 2WOQA 5AHLA 4HNTA 1X1OA 3NL5A 1J2WA 3M44A 2A7RA 1MEWA 3NQ6A 1TRDA 3DXIA 3RU6A 1SW3A 3BK0A 2IQTA 4UMAA 5HQEA 3STFA 1TQJA 1VCVA 4X9SA 2ZDRA 4UFKA 3PG8A 3CU2A 1SW0A 2QCDB 1F2JA 3QPZA 1KFBA 3S1WA 3I7RA 3H53A 4RJEA 5G5IA 2QR6A 3QSTA 4ZMGA 1XCFA 4LW7A 4AWTA 4HIBA 3G1HA 3V1PA 4CCDA 3W2KA 3QPYA 1OFAA 3TQ0A 2ZZ3A 2FB2A 3LM7A 4FX8A 4AAJA 3A24A 1LOLA 3C4UA 4MZ1A 3PBYA 3NQMA 4W9TA 3M16A 3P82A 1H62A 4K8HA 3HG2A 4JGDA 3HQ1A 1A5BA 1BWLA 1PIIA 1R2RA 1FDZA 2V30A 3Q94A 4ICNA 2ZRYA 1H5YA 3DAQA 4WJEA 1TPFA 2RDUA 4NJJA 4UCGA 3O6CA 4DBDA 5AHNA 4CQAA 2Q8LA 2E6DA 3THAA 1YTEA 5IBXC 2NUXA 4IMGA 5FEXA 1T8XA 3B0UX 3N9RA 2WO5A 4S1FA 1F76A 4BWLC 2YYUA 1H60A 3G8RA 2GJLA 2E6FA 3THQA 3KRSA 1HL2A 5BRBA 2BWGA 3LXBA 4Y9AA 5EMUA 2HS6A 4I7WA 3HJZA 4YCOA 1W31A 2ALDA 3BLIA 2DZTA 4UTHA 1XDLA 3OBKA 2NWSA 2ABBA 3ZR4A 4RR4A 3W7GA 3R89A 2Y7DA 5CZ0A 5D38A 3QW4B 1W37A 3INPA 3W7DA 2RKXA 1BTMA 1W5PA 1U83A 3KX6A 1Z41A 3W83A 3GDRA 3QMTA 1GJPA 3LCWA 3NPXA 2A6NA 4AXKA 1P5BA 2FTPA 7TIMA 4JTKA 1CX9A 5HINA 1XKYA 1QPRA 3KFTA 2BZNA 4NJIA 1JUEA 1KLYA 4NXKA 5F2MA 2GQ8A 3FOKA 2ZZ5A 3N19B 2ZZ1A 3LBMA 4N4QA 1KFLA 4S2BA 3P62A 2BSLA 4JYEA 4WX2A 1F6KA 1TSIA 2E5DA 2ZZ4A 5HWMA 2NX3A 4JX4A 5HJLA 4LU0A 5LGXA 3IIVA 3UZJA 3RLUA 3TMQA 5GVJA 3NQGA 1K03A 1W3IA 3DFNA 5CPMA 1JCMP 4PH6A 2PCQA 3W7MA 1QPNA 2G97A 2HMCA 2QUUA 5K9CA 3T78A 1SO6A 3JR2A 3TROA 1GG0A 2GQ9A 3RFAA 3U8GA 4R34A 5LNVA 1KLZA 5CPNA 3TIMA 4O52A 3OIXA 5FF2A 3GDMA 3S8HA 5D32A 3R8RA 1SZNA 1SZEA 3HGJA 5DXXA 3WJZA 2YFNA 3W7QA 4N6FA 5IBXA 3NDOA 1YDOA 1OFEA 1TV8A 4LWWA 2VFDA 4RV8A 1OF6A 1R46A 3W7HA 3W70A 4OU1A 2R94A 2E5BA 2J9ZA 3M5XA 5TQLA 4Z1BA 3TJXA 3LLFA 4Q33A 4GNJA 1OK4A 5CZSA 1B57A 3R13A 3QSRA 4AHPA 2VFGA 5D2TA 3PVFA 2Y63A 1OX4B 2Q3RA 4M19A 3MWAA 4O8RA 5FF3A 3LGEA 3O1NA 1W8SA 1X7FA 3TJLA 3UPWA 5TBOA 5CGQA 4JTGA 3EWBX 2VEPA 1WOAA 2Z0IA 2YSWA 3N14A 3ATZA 3G1FA 3ATYA 3N3MA 4O28A 2WNZA 2EPHA 4JR5A 2EKCA 3S42A 2HSAA 4XBKA 5LSMA 4PTNA 1I2RA 2PURA 2XN0A 1G7VA 3B0PA 3W7LA 3FKKA 5C6MA 3WK1A 1W3NA 1K7EA 1UJPA 1H7XA 4QJ1A 3KXQA 3CQ0A 3I65A 1N7KA 2W0UA 4A29A 3W88A 1Q3NA 1RV8A 3PSWA 3PG9A 3LX9A 5FF0A 2C16A 2QDHA 2YPIA 3MBFA 4DXVA 3VI2A 2VFHA 5J5RA 1FCQA 1R30A 2JKEA 2WNQA 3O63A 2BXVA 2QCCA 3TQKA 3MYOA 1W5NA 3FJ6A 3P5YA 4LNYA 2QJHA 4JTSA 3LRLA 4M7SA 1UUOA 2QCHA 1GPWA 4IPIA 3F03K 3OVQA 3W7NA 1TQXA 1V5XA 1X8FA 1LM1A 3G8EA 3N9SA 3SECA 4QQ3A 5K2ZA 5HUOA 1GVRA 1OYAA 2QUVA 3PF3A 4H4IA 4L4MA 2E5CA 1XBYA 5H91A 3UD6A 4WY0F 3UWQA 2CLOA 3W7IA 5D09A 2FPYA 3QFEA 2YDAA 1JRCA 2NV1A 4JY9A 2VXNA 3UNDA 2J88A 3TFCA 4AMAA 1XUUA 2X1SA 2WJZA 1TPB1 3EWZA 1OX4A 2RDWA 3HG3A 4WQ6A 3KRZA 2NUWA 4EVZA 1JR1A 1GWJA 1YDVA 1OX6A 2P1FA 5DLCA 1SO3A 3LCFA 4U28A 3MP4A 5F4WA 3P80A 3LTSA 1ZAJA 1ALDA 3SSJA 4WY0A 3BGJA 3MBDA 1FQ0A 1GVSA 3LHWA 3IGUA 4NNCA 3MHGA 3W84A 2ZA1A 1MO0A 5HWNA 1EIXA 3SI9A 3GB6A 5LGZA 2X1UA 3M5ZA 1TMHA 3WK0A 5FESA 1O5XA 5AC7A 3L67A 1DJNA 1WOBA 3PB2A 5D30A 3S5ZA 4Z08A 5T26A 1FX6A 3HPXA 2X16A 3TMLA 2YGYA 2Y85A 2CLFA 4CNPA 2HS8A 4O19A 4UTJA 3L21A 1FWRA 3P60A 3BVJA 1AW5A 5DY3A 1I2PA 5CG7A 3S9YA 4N9DA 4WOZA 4LUIA 3TW7A 3TA6A 3M7WA 3LOTA 3G1XA 1YXYA 2A0NA 4HT3A 3EXTA 4WXZA 2GVLA 2V81A 2A5HA 3G3MA 1GZGA 2Y61A 1UB3A 1YYAA 3DFPA 4ZQCA 1ZAHA 2B7NA 1B3OA 2GPTA 2BTMA 3CC1A 4RZ5A 4A2SA 3E96A 5CZTA 3UWZA 4BR1A 1HUVA 1XBXA 3MI2A 4UTUA 1S5TA 3WJYA 1GYLA 2E6YA 1VC4A 3NOEA 1NF0A 4O1DA 4EIVA 1FCBA 2V5LA 3PUOA 1YXCA 3NGJA 4AB4A 3PBVA 3BW3A 3IVTA 4PA8A 1YTDA 1WQ5A 4ZQPA 1UBSA 3UY7A 1XBZA 4PFMA 5CKSA 4GUFA 3JS3A 3O15A 3MP3A 3NQ7A 1DJQA 3BW2A 2O7QA 2OMAA 2QAFA 3I68A 5CSRA 2JKPA 3T7VA 4UXDA 4OV9A 4A22A 4XKYA 2UV8G 3GDLA 3HG4A 1AL7A 1QO5A 3A9IA 4FIRA 2HTMA 4NNBA 4A3UA 1FCUA 5K4XA 1FWWA 2ZCGA 1P0NA 3PM6A 3FYPA 5AHFA 4Z0JA 1DKWA 5EBUA 3W7KA 2CLIA 4MLJA 3N34A 4ZL1A 1ICSA 5KZDA 2V2HA 4P2VA 4JDYA 5DXYA 4HSNA 3WJXA 1OFQA 4O17A 3DH7A 1H7RA 4HHPA 4LUJA 5LZLA 5KTLA 3BV4A 1RD5A 2GVJA 1IXNA 4X3ZA 3WK3A 5F1VA 5D2XA 4QNWA 5DCDA 1B4KA 3W1MA 2X1TA 1M7OA 4I9AA 3L5LA 5LNSA 1VHNA 2QCFA 4NJKA 2Z6JA 4NT0A 4A2RA 4Y8FA 2Y6ZA 3IV3A 1ME9A 5C54A 3P84A 3LI1A 3HGRA 1EWDA 3W2UA 3LCHA 1JUBA 3GZ3A 1IF2A 2V2DA 1AG1O 2CU0A 4XTDA 3HO8A 3SY5A 2CLKA 4K7VA 3SIZA 1LBMA 4UUIA 2B7QA 3W76A 1JRBA 4GFSA 1O94A 5F2GA 1H7PA 3NM1A 3W2LA 2X30A 4JS3A 4TMBA 3UY8A 5I3JA 3L0KA 1TV7A 4M6QA 1DOSA 3P81A 3CIXA 2E09A 1W5OA 3W74A 4YXGA 4KKXA 5K7JA 1ICPA 3M5YA 3IGSA 1LRTA 3W86A 3DI0A 3FFSA 3L5AA 1K8YA 4E38A 5D37A 4BI7A 3G1YA 4X22A 2ZZ7A 1GTHA 4N9CA 4LVDA 1WBHA 5IM51 4O57A 4JX6A 1TJPA 1JJKA 2R91A 2QCNA 1AW1A 3TXVA 3UWVA 1ZY9A 4JTHA 2VFIA 3OEXA 2I9EA 3DU0A 2NLIA 4FB7A 5D2WA 4IPJA 1ML1A 3FJLA 3W1LA 1DBTA 1JQXA 4NJHA 2C14A 1I2NA 3MI3A 3ZFHA 4XBSA 4I7UA 3HF3A 3W7PA 1X1ZA 1ADOA 3EWXA 1ZNNA 2ZRWA 3LV6A 2CWNA 3VKJA 2AQWA 2QAPA 3PULA 4YMZA 2X1RA 4IOTA 3B4UA 4LV4A 3NQDA 4RXFA 2JK2A 1KFJA 3W87A 2DORA 3BW4A 1A5AA 2QJGA 4PODA 3W22A 1TRIA 3G22A 3ELFA 4D2JA 1H51A 3IRDA 1DVJA 1PVNA 2RFGA 4MYAA 1VCFA 2R14A 2FLIA 5K9DA 4OHQA 2GJNA 4JYDA 2V2CA 2YX0A 1RVGA 4K38A 1H7NA 2YW3A 3LCXA 5BNKA 5BMXA 1SSDA 2ZRUA 3W2MA 1B4EA 1T0OA 2GOUA 2OT1A 3G1VA 4IUOA 2Z2UA 3VFLA 3L9CA 1KTNA 1TJRA 5D2VA 2Y89A 2B4GA 5U7SA 2EGZA 2ZRVA 4O1BA 3DGRA 4U4MA 4GJ1A 2B0MA 3HOJA 5AOUA 4QITA 1H7WA 4XTIA 3EXSA 2ATSA 4PL1A 2J9YA 1HO4A 4RX0A 3T4CA 4FHAA 3LRKA 3EWUA 4LRSA 3DFTA 4UTIA 2ISVA 4JTUA 4NNAA 1TPH1 2AAMA 1OYBA 2FFCA 4TMCA 4CNOA 4NJGA 1MEHA 1SZGA 3GNNA 4UNKA 4UTWA 3W1AA 2V8ZA 1XBVA 1I45A 1VZWA 3B05A 4H6KA 1AW2A 3C56A 3EKZA 1KM5A 4LY8A 3BPWA 1V7YA 4XZ9A 1M5WA 1M6JA 4MZYA 2OZ0A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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