5C55 | Genus

Total Genus 115

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	115
sequence length	307
structure length	307
Chain Sequence	TFTGVIPPVMTPLHADGSVDVESLRKLVDHLINGGVDGLFALGSSGEAAFLTRAQRKLALTTIIEHTAGRVPVTAGVIETTTARVIELVEDALEAGAEGLVATAPFYTRTHDVEIEEHFRKIHAAAPELPLFAFNIPVSVHSNLNPVMLLTLAKDGVLAGTKDSSGNDGAIRSLIEARDDAGLTEQFKILTGSETTVDFAYLAGADGVVPGLGNVDPAAYAALAKLCLDGKWAEAAALQKRINHLFHIVFVGDTSHMSGSSAGLGGFKTALAHLGIIESNAMAVPHQSLSDEETARIHAIVDEFLYT

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Crystal structure of the Y138F mutant of C.glutamicum N-acetylneuraminic acid lyase in complex with pyruvate rcsb
molecule tags	Lyase
source organism	Corynebacterium glutamicum atcc 13032
molecule keywords	Dihydrodipicolinate synthase/N-acetylneuraminate lyase
total genus	115
structure length	307
sequence length	307
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 4.1.3.3: N-acetylneuraminate lyase.
pdb deposition date	2015-06-19

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00701	DHDPS	Dihydrodipicolinate synthetase family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	5c55A00

4B5NA 1NF7A 2J9XA 1HFBA 3G1HA 4HN4A 3EB2A 2X2GA 5SWUA 2C14A 3DU0A 3CHVA 2YFNA 3U2OA 3W2KA 3NDOA 3QM3A 1XBVA 1YPIA 2RKXA 1VJIA 3V75A 1W3NA 2YZRA 1F5ZA 3PBWA 1T96A 1Z41A 1EEPA 1ZAIA 3EXSA 4FIQA 1THFD 3W7JA 4DBDA 5LNUA 2Y89A 4Y8FA 4MLRA 3CM4A 1B4EA 3GAYA 4Q4KA 3LBMA 3L5LA 1LORA 1V7YA 3EWWA 1PV8A 4KFPA 3OVPA 5A5WA 5K9CA 2C6QA 2ZDRA 3G3DA 1AG1O 3MW7A 5C6MA 2Y88A 3GR8A 1DQXA 2YX0A 5HWMA 1GYLA 5FI8A 1RQHA 2CLEA 2J88A 1O95A 1A5BA 1AMKA 1H7NA 1S5VA 2P10A 3W7RA 3HGRA 5FF0A 2VOMA 2YW4A 4O13A 4OU1A 1NFBA 2OMAA 3LHWA 1OK6A 3W74A 4MZ8A 2E6YA 3M47A 3LTYA 3Q94A 4NJKA 1PCWA 1G69A 1G7VA 1W1ZA 4IMGA 4CNOA 4JYFA 4NJGA 1GG1A 2B7QA 1YLVA 4GBUA 4CCDA 4RR4A 3M43A 4D2JA 3QPZA 1TPWA 2CLLA 2Q8LA 2VEIA 1TTPA 1ALDA 2GVLA 3GIYA 2E09A 4X3ZA 1IGSA 3CWNA 1H7WA 1JQXA 1QWGA 4NQ1A 5AFDA 5FEZA 1G67A 5LSMA 1OF8A 2Y61A 3TUUA 2B7OA 2ZRYA 1GEQA 2NX9A 1SSGA 2WNZA 3KHJA 3G3MA 3S1VA 3N9SA 2ZTJA 3QMSA 3NPWA 1YDNA 1KFLA 3UWZA 3C6CA 1Q6LA 2EPHA 4AB4A 4HPXA 1VYSX 4K39A 5U7SA 4FX7A 4OQVA 3B0UX 4HSNA 2Y7EA 1JULA 3B4UA 3PG9A 4CQAA 3DFPA 3KVMA 2QAFA 3STFA 1LDCA 1UJPA 3C3NA 2OX1A 3T40A 1Y0EA 2QUUA 3F1QA 3MJYA 2XN0A 2ZBTA 4HNVA 1ZCOA 5H91A 4MLJA 5AHEA 3FOKA 3O6DA 3PVFA 1NAL1 3P8IA 1YXCA 3EX1A 2GJNA 1QPRA 4L4LA 2ZRZA 3GKFA 3GDRA 5KZEA 3B0PA 3NAVA 1QOQA 1S3HA 3FKRA 3WJWA 3DI1A 3CTLA 4LVGA 3OHIA 1WBJA 3L68A 4FX6M 4CLMA 2QDGA 4TMCA 1H5YA 3GDMA 4YXGA 3OBKA 4PH6A 1GQNA 3M5ZA 3BVJA 1YPFA 5HQEA 4Z0SA 3C61A 3SFKA 3TA6A 3L21A 4CCEA 1FDZA 4O52A 3M1ZA 1VCVA 2CW6A 4Q33A 3F03K 1KTBA 2YW3A 4RXGA 3QMRA 1LRTA 5EA9A 3GNDA 3N34A 3G0UA 3JRKA 4N6EA 2WKJA 1ICPA 2V8ZA 2NWSA 3W22A 2Y63A 3TV8A 2PRHA 3LRLA 5CZTA 5EY5A 1K8ZA 3EEGA 3TSMA 2QUVA 1KV8A 3TQKA 1KM3A 3ABOA 4Z1BA 3TCEA 1IXNA 3NL6A 1K02A 3QW3A 4JDYA 1WDWA 1GYNA 2A7RA 1G4TA 3EWZA 2Z0IA 5EPDA 1L2UA 3TXZA 3UWWA 1RR2A 2ZZ7A 2YXGA 3GXPA 4DELA 3I6RA 1OFEA 3K30A 4O50A 3S5YA 3EWBX 1W5PA 1JUKA 1FX6A 2A4AA 4WY0A 4LU0A 3FLUA 3GVGA 1VHNA 3C0JA 1JCJA 1DHPA 2DZSA 3I7RA 3NGJA 4N4QA 5F2MA 4TR9A 3G1AA 4X22A 3W7OA 4PEKA 3W7HA 2H8ZA 3EX6A 2QCLA 5EYWA 2RFGA 2PRMA 3R8RA 3W2MA 4QJ1A 4UFKA 1DORA 2OJPA 4FX8A 3S5ZA 5HR7A 2C18A 1WX0A 2Z2UA 1JCLA 2CLOA 3U8GA 3C2RA 1RD5A 1TJRA 1FDJA 1KV5A 1UASA 3MUXA 4NT0A 5AC8A 4O10A 5CZJA 1HL2A 2QR6A 3WFAA 4XWUA 1ONRA 1AW2A 3TJLA 2TSYA 1DL3A 4MVAA 1ADOA 4JTTA 1XL9A 3N2MA 5AHMA 1R2TA 3TE9A 1C8VA 2FDSA 3C2OA 1F6PA 1F7BA 1HUVA 3B8DA 1QO2A 1DJQA 1XXXA 1T0OA 1RQEA 3DGRA 3GDKA 2E68A 3BGJA 1S5TA 4K7VA 5CG7A 4NXSA 4UTUA 3LHUA 1KM0A 3TK7A 4ZQMA 2WO5A 1SW0A 1VR6A 5K3VA 4X9SA 1K03A 1H7RA 3ABSA 2G96A 2A7NA 2EF9A 4Q32A 1L6WA 3C8FA 3A9IA 1VLWA 3S1XA 2BTMA 1YXYA 3VCRA 3KVJA 1W3TA 3DI0A 1TV5A 3MHFA 4IOTA 2B7NA 3GKAA 2YPIA 4WOZA 3UNDA 2FLIA 3KXQA 3UZJA 4LY8A 2V30A 2B0MA 1H51A 5D2YA 1HTIA 3N19B 4JTUA 4LVBA 2A2IA 3MHGA 1W56A 4FNRA 5FF4A 2NZLA 1OJXA 1LZOA 4HNNA 3EX2A 3PS7A 1OFRA 3FKKA 1K3UA 4LVFA 3GDTA 4IWWA 4HPJA 1LTDA 3R5EA 4O16A 4L4MA 4QNEA 7TIMA 1OG0A 2Y62A 1DVJA 3LCHA 3HIJA 5DCBA 3SIZA 5G4WA 4HNUA 3DFTA 1SZGA 1A53A 3QYQA 4IMEA 2QCEA 5J5RA 1H1ZA 4GFSA 3TFXA 3Q2DA 3UPWA 4XBKA 3TH6A 1IXPA 3W1NA 4O1AA 2ZTKA 4OE7A 3TQ0A 2NV1A 4QISA 1IXQA 4KFNA 2FJKA 3NQFA 1EX5A 3LCLA 4O0KA 1VQTA 4OV4A 1TPC1 4JD4A 3NYZA 1QAPA 4ML9A 2PRLA 1GTEA 3CU2A 1O5KA 3G22A 1GVSA 2ZRUA 1LP6A 4ADSA 4M7SA 1DJNA 1O4UA 1L6SA 1TB3A 1WBHA 4GUFA 4PTNA 1I2RA 4YMZA 1WV2A 2Q3OA 4LS2A 4WX2A 1TSIA 2CLIA 3ZWSA 3NQGA 1DOSA 2QCHA 4PFMA 3UQNA 3PAJA 1MO0A 3MI2A 3M6YA 1VYRA 2BWGA 5DXYA 4MZYA 2C3ZA 5AOUA 4FHAA 4GUGA 3ZWTA 3BARA 4NNAA 1TREA 4GNJA 4C1KA 2WPBA 4TIMA 5KITA 1KM2A 4E2DA 5KINA 4RZ6A 1W5NA 1ZY9A 2CLFA 3MP3A 2YYTA 4Z0JA 4GXMA 2X1SA 3BV4A 2Y6ZA 3FYOA 1NF0A 1SFLA 5L9FA 5CZSA 2Y7DA 5D2VA 3HB9A 4MJMA 3SY5A 5D37A 1QCWA 4KFOA 3TR2A 4JTKA 4M6VA 3R13A 4NZJA 3U6WA 1SFJA 2FIQA 3TQVA 3W88A 1TTQA 1FDYA 3E0IA 2D73A 4Y9AA 3I7QA 2J27A 1A5AA 2C0AA 2R91A 3UZ5A 5I3HA 4FEZA 4UR7A 3G1SA 3L0KA 2V2DA 2FB2A 3HOJA 1ZHAA 2QCFA 2C13A 1LCOA 1KLYA 1TIMA 2V5BA 1QPNA 3ZFHA 3W7CA 4AF0B 3IIZA 4O17A 3W7MA 3MBDA 4M5PA 3M5YA 5CPOA 4A29A 2NUXA 5U4NA 5G2HA 2ZZ4A 3WK0A 5AN7A 1GPWA 1SO3A 5F2IA 2VFGA 1LYXA 2I1OA 3IVSA 3TAOA 4QNWA 2FQIA 1H50A 1XBYA 3DZ1A 4JTEA 2J24A 3BW2A 3ELFA 2OT1A 5F4SA 3PBUA 1B9BA 2E77A 2GJLA 3NQ7A 1LBMA 1X6UA 2DZUA 1YTKA 1H7XA 1XKYA 3W85A 3W1QA 3GR7A 3IVTA 3S1WA 1J4EA 3G1FA 2W0UA 1KBIA 1UCWA 3LOTA 5D2WA 1OF6A 3HGSA 3DBPA 1FCBA 3DFSA 3DAQA 4HNTA 3NQEA 1BWLA 1X1OA 1KBJA 1EUAA 5D02A 1PCKA 1DKWA 2UV8G 1RZMA 1FWRA 4WY0F 1Q45A 4C1LA 4UTTC 3O07A 1TPFA 2JGQA 3LDVA 4IMCA 3EX3A 4LT9A 5DBUA 3TSBA 4P61A 1R46A 3QSTA 4YCOA 3D0CA 1Q6RA 3TC7A 1ME9A 4O57A 4JX5A 3PULA 1H60A 3HGJA 2I9EA 4K38A 4RXFA 2FFCA 1H63A 4O18A 4AHPA 2Z6IA 1EA0A 2CWNA 4UFJA 1IIHA 2X30A 2ZA1A 4ORIA 4O15A 2A1YA 3W1UA 1TJPA 3CT7A 4AF0A 4UFHA 2X1RA 3JR2A 1J5TA 3SGUA 2QUTA 4TMBA 3DHDA 3L65A 3S5NA 4IPJA 3BW3A 3QF0A 5D38A 2JGYA 5DY2A 1ZFJA 4O14A 4O19A 3B06A 3CIXA 3PUDA 4N02A 4N4PA 4O28A 5D05A 4NNBA 4E2BA 1SR9A 3ZR4A 3BLFA 2DZVA 4ORMA 2VFHA 3BG5A 4OV9A 3WJZA 3W75A 5CGQA 5KZDA 1F74A 4Z1CA 1X1ZA 2H3DA 1OK4A 1PL9A 1GVQA 3M9YA 1O5XA 5HNRA 3W76A 4BR1A 5D33A 3ABRA 3W2UA 5I3GA 4NZFA 3W1TA 1H62A 3BGGA 4Z1AA 5LNWA 3DFQA 3QEZA 1OYAA 4O0ZA 5LKYA 2CLMA 2V5LA 3LXCA 1JJKA 1SSDA 4P2VA 4LTSA 1LOQA 3W73A 3NL2A 1IIGA 3LX9A 3HBLA 3RNDA 1XBZA 4JDBA 3SSJA 3UWUA 4ZQOA 4UTTA 3NQCA 4Y6GA 3VE9A 4A21A 4LRSA 4GRSA 3TW7A 1A5SA 4U4MA 3P74A 2J9ZA 4GUJA 4I9AA 3RK8A 4DF0A 1VRDA 4QIUA 2ABBA 4IX0A 4LUJA 3E12A 3STGA 4RZ4A 3RF9A 2VKZG 1PIIA 4JYEA 1JVNA 2WQPA 3MP4A 3MP5A 5CSRA 2ALDA 3O8AA 2E5CA 4IQLA 1G4EA 3LCIA 1WAUA 3LXAA 2E6AA 3GX9A 5F1VA 3TSDA 5G4EA 4E38A 4DO5A 2EHHA 4O1DA 4BFAA 4S2CA 3W7IA 3W1PA 1F76A 4CQ9A 3E49A 4AMAA 5HJLA 5DBTA 5F4XA 4JTGA 4TX9A 2AGKA 3TKFA 3PM6A 1MEIA 1XI3A 5D2TA 3UWVA 5H2ZA 1L9WA 2ZRXA 3I65A 4UTIA 2CU0A 1L6YA 4N9BA 1XDMA 3BLEA 1BWKA 4O11A 2VEPA 1R47A 1TRDA 3O6YX 1I8JA 1XBXA 5FF3A 2BZNA 4H4IA 4XTIA 3TAKA 3W7EA 5FF7A 4NXKA 1T8XA 1WYIA 2DU2A 3SR7A 3B0VC 2ZQ0A 4HT3A 3CEUA 2NLIA 3MI6A 4S1FA 6ALDA 8TIMA 1W37A 5DY3A 2A5HA 3I7SA 2A85A 3HPXA 3STCA 5HMSA 4EIVA 3GK0A 3UY7A 3RLUA 1E51A 1RVGA 4WJEA 1JUEA 4TO8A 3MHUA 1JCNA 1QMLA 3FS2A 1OVDA 1TPEA 4Z1DA 4DQWA 4EOUA 4CNNA 3KVKA 4ZMGA 3W83A 2YCEA 2H3BA 4MY8A 1LOSA 3A5FA 3UYCA 1ZJIA 1CW2A 2V9DA 1Z42A 1VCFA 3THQA 3TROA 1MEWA 4ZQPA 5DXXA 5D09A 1BEUA 1XFBA 4IXXA 3RLVA 3N73A 1KA9F 4AWSA 4M6QA 1GVOA 3FIGA 1VS1A 3W3OA 1OHLA 2H8XA 3RFAA 4AWUA 3IIVA 2ZFAA 2O7QA 1RV8A 3O06A 5BRBA 4ZZ9A 2VFEA 3EXTA 4DO4A 1KM4A 1AW5A 4PCFA 3UWQA 1CX9A 4RJEA 5DCEA 1AL7A 2WOQA 5HWNA 5LZLA 3NQDA 3BW4A 5BMXA 2A21A 4GWEA 2VENA 4GC4A 2WSQA 2ISSA 3QW4B 3OG3A 2DZTA 3O6CA 1I2QA 2WSYA 1SZEA 1YYAA 2PC4A 1UBSA 4R7JA 3W1LA 5K9DA 1QFEA 3THAA 5KMYA 3M5VA 3NA8A 2GVGA 3WK2A 1FY6A 3NG3A 4FXSA 1M6JA 2PURA 3SGZA 2XN1A 1LROA 3TFCA 3L67A 1WOAA 5C5YA 3A23A 2NX3A 3GNNA 4IPIA 2Q8ZA 2PCQA 1VC4A 1GJPA 4MOZA 2NX1A 4K8HA 3QQ0A 4O4VA 4JR5A 4MUZA 1LBLA 3VE7A 5F1UA 1GOXA 1ME8A 4DXVA 5LHEA 4AVFA 5CPMA 1Q6OA 3DFOA 1GT8A 2DJXA 3QJAA 2G95A 2HSAA 3PSVA 1W0MA 3ATYA 4DF1A 2C19A 5LGZA 2GPTA 3W7GA 4GE8A 2ATSA 4JTLA 3B05A 1WXJA 1HO4A 4KKXA 3OIXA 1UB3A 3OA3A 1EP2A 3EWXA 1R2RA 4LVDA 4WZHA 4WUIA 3LXBA 4O53A 3DENA 1O94A 2YR1A 3HGOA 5HR6A 2H6RA 3NVTA 2AQWA 2DORA 1B3OA 1TO3A 1S5WA 4FNUA 3HJZA 3W7KA 3WJYA 3NM3A 2BXVA 3BK0A 3G1DA 2BSLA 2R94A 2NUWA 1OX5A 3KX6A 3TMLA 3P5ZA 4A2SA 3NQVA 3S6DA 2I14A 4FB7A 4A22A 3NPXA 3L0GA 1JQVA 3NZRA 3TX9A 3NXFA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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5C55A

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