5C55A

Crystal structure of the y138f mutant of c.glutamicum n-acetylneuraminic acid lyase in complex with pyruvate
Total Genus 115
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
115
sequence length
307
structure length
307
Chain Sequence
TFTGVIPPVMTPLHADGSVDVESLRKLVDHLINGGVDGLFALGSSGEAAFLTRAQRKLALTTIIEHTAGRVPVTAGVIETTTARVIELVEDALEAGAEGLVATAPFYTRTHDVEIEEHFRKIHAAAPELPLFAFNIPVSVHSNLNPVMLLTLAKDGVLAGTKDSSGNDGAIRSLIEARDDAGLTEQFKILTGSETTVDFAYLAGADGVVPGLGNVDPAAYAALAKLCLDGKWAEAAALQKRINHLFHIVFVGDTSHMSGSSAGLGGFKTALAHLGIIESNAMAVPHQSLSDEETARIHAIVDEFLYT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
source organism Corynebacterium glutamicum atcc 13032
publication title Crystal structure of the Y138F mutant of C.glutamicum N-acetylneuraminic acid lyase in complex with pyruvate
rcsb
molecule keywords Dihydrodipicolinate synthase/N-acetylneuraminate lyase
total genus 115
structure length 307
sequence length 307
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.3.3: N-acetylneuraminate lyase.
pdb deposition date 2015-06-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00701 DHDPS Dihydrodipicolinate synthetase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 5c55A00
1DQXA 1FWTA 3TJXA 2R14A 3LI1A 2NWRA 3FS2A 1K7FA 1P1XA 1VHNA 4TX9A 4K39A 3NQCA 4AMAA 1TQXA 3M1ZA 2NX1A 3D0CA 3KX6A 1KFKA 4JY9A 2FTPA 1H1YA 4M7TA 4FHAA 3QC3A 6TIMA 4YCPA 4Q4KA 1PL9A 3OBKA 3STCA 2FB2A 3THQA 5BRBA 3LCXA 2A0NA 4HPJA 3FYPA 1KLZA 4O0KA 2KZHA 3HG5A 1J5TA 3LHVA 1NF7A 3W7QA 4HNVA 3LLFA 5DXYA 5DXXA 1H62A 3NL2A 1FWNA 1Z48A 4L4MA 4PL1A 2J24A 3GXPA 5KTLA 1Q6LA 5CKSA 4Y8FA 1XUUA 2ZRXA 4NUWA 3GNNA 3NQEA 4N9DA 2BLEA 4WZHA 1M6JA 2CFFA 1VJIA 3LHTA 4LY8A 4DF0A 2Y70A 3VKJA 3LERA 4FX8A 2ZZ3A 2YFOA 3QZEA 4QAIA 1XC4A 5IBXC 3W1NA 5LZLA 3A21A 4X9SA 4O4VA 3FOKA 1W5PA 1W56A 4AXKA 4XTDA 4UNKA 5DCDA 1LORA 1H7XA 1XL9A 3SIZA 3W07A 1Z44A 4AHPA 3UYCA 4QM1A 3DGRA 4M19A 4QSHA 3DXIA 4ZL1A 2DZXA 4GE8A 1ZCOA 4QNWA 3W85A 4Z08A 2VFGA 4I7VA 4RJEA 1PVNA 3TFXA 1KFCA 2BX7A 1Z41A 4TMBA 1G4SA 3O1NA 4S1FA 4IJBA 3TQVA 1BKSA 4A22A 4UFJA 1YTDA 2PRHA 2GQAA 1HG3A 3NZ1A 4UUIA 5K3VA 1LOQA 4H6KA 2E6YA 3F1QA 1WYIA 3BG5A 1SUXA 3HPSA 5DY2A 4AWSA 5AOUA 3W2KA 5HQEA 5EBUA 3OVRA 3MI6A 3DFTA 1EX5A 3QMTA 2DZWA 5KITA 1EWDA 4Z1BA 3S5ZA 4GRSA 2YXGA 4NJJA 3C56A 4NU7A 4UXDA 1BEUA 3DU0A 1Y0EA 3C4UA 2A1YA 5BMWA 4U28A 4O11A 3MHFA 1JULA 5SWUA 2W6RA 2VOMA 3NYZA 3P80A 4O50A 3M0ZA 4N9CA 2NV2A 1NF0A 4CQ8A 4W9TA 3CEUA 3G1YA 4KFPA 5EY5A 5EYWA 4AWUA 2YSWA 3A5FA 1W5QA 2ZDRA 5D02A 2ZZ7A 1T99A 1O5KA 2WOQA 2R91A 3GDKA 4IMDA 1O4UA 4EVZA 5TBOA 3P61A 3DHDA 3CIWA 1IGSA 2WNNA 5K9XA 3P84A 4AHOA 5EPDA 2W79A 4M5PA 2NWSA 1H7OA 3HPZA 1J2WA 5D37A 4ZQRA 1HFBA 2H8XA 1YTEA 2VENA 2X1UA 3G8RA 4Z0SA 1L6SA 2R8WA 4UFIA 4R7JA 4HNTA 3O15A 5KMYA 3NDOA 3TE9A 5EA9A 1BTMA 3A24A 1TPC1 3OHIA 4JTJA 3KRZA 3W7KA 4O19A 2NX3A 2GOUA 3UWVA 1VS1A 4KWWA 5E93A 5D2XA 2Y61A 3L5MA 5DY3A 4LS0A 4LVAA 1YPFA 1GVFA 5BNKA 1Q6RA 2YW4A 3FLUA 3NPVA 1S5TA 1TV5A 1FCQA 1M5WA 3HGSA 5AHMA 5F1UA 1GTHA 2ZBTA 2CU0A 1VC4A 2GVGA 2BSLA 1RQEA 4IPJA 4JDBA 1UASA 1FCBA 3CU2A 1TSIA 4P2VA 3QH2A 1T8XA 2A6LA 3TC7A 4K38A 1L6WA 1H51A 1QOQA 5AB3A 1Q45A 2FDSA 4HSOA 1LBMA 2IQTA 4KFNA 2E09A 3OEXA 1QPOA 3O16A 1VZWA 3SSJA 3S6DA 3ZR4A 2CW6A 4Y9AA 3W1QA 1G4PA 1TV7A 5LHFA 1UUOA 1JQXA 4YCOA 1JCNA 3OIXA 3QQ0A 3W2LA 3S5YA 4TIMA 3FA5A 5IM51 3W71A 4ZQCA 3A5VA 3GXNA 2I9EA 2CZ5A 4HN4A 4LUJA 2RKXA 2A85A 2E5DA 4N4PA 4XBKA 3NEVA 3Q58A 1B4KA 1SSDA 2NLIA 1SZGA 1DVJA 3EKZA 3S1VA 2CLMA 2ZZ6A 4JD4A 1ADOA 2ZZ2A 3RLUA 1JJKA 4O52A 2DZVA 4FNQA 1OX4A 3B4UA 5F2LA 3M6YA 2Y7DA 4BK9A 4DF2A 3NQ7A 4HNUA 2QJHA 2ZZ1A 3BARA 1H60A 2V82A 3L5LA 1I2OA 1YADA 1NSJA 1QPRA 5CGQA 5HMSA 2JGQA 4R53A 3AO0A 4CCEA 1GEQA 1I8JA 2Y7FA 3FJ6A 3G22A 5I3FA 3QW3A 3BV4A 1TPWA 3WJYA 4UTTC 3TW6A 3MO7A 2BWGA 3CQ0A 5D03A 3C2EA 3M9YA 3G1HA 1MSSA 1ZAIA 3OVPA 1WOBA 5KZEA 1G69A 1T96A 3IVSA 3B0VC 1TTIA 3MP4A 1TTJA 5CPNA 3T4CA 3IEBA 3W7HA 4FEZA 3R8RA 1SZFA 4LRSA 3VCRA 1SQ7A 2V30A 1DOSA 3L0NA 3PBUA 1W31A 3PG8A 3NQAA 1OYBA 2Y6ZA 4K36A 1LZOA 1F05A 2WSRA 2ZYFA 4OT7A 1TPB1 3EEGA 4LOCA 5KZMA 2A7NA 1TCDA 5CPMA 3R5EA 1I4NA 1VGAA 3C0JA 2NUYA 4I7WA 3TSMA 3FYOA 4UTWA 1W5OA 5D33A 2CLHA 5DN1A 2QUTA 1O94A 4ML9A 3T40A 5LSMA 4K6AA 2Z6JA 3LCHA 3L9CA 3QPZA 1OYCA 3NAVA 3BVJA 4O14A 3TAOA 3LHWA 4GUGA 3G1VA 4A3UA 4WX2A 3PSWA 4DBDA 3GZ3A 2C3ZA 4IOTA 1LRQA 3UXAA 2V2CA 1AK5A 1JVNA 3FFSA 3OG3A 3S8HA 2DZSA 2D73A 1CI1A 3P81A 5D09A 1FY6A 5H91A 3KRUA 1SZNA 5TIMA 3I65A 4NQ1A 1RQHA 4MVAA 5HULA 5G2IA 5AHNA 2FIQA 4KFOA 2JKAA 4LUIA 3PF3A 3G1XA 2GVLA 5LGXA 4NXSA 3TA6A 3H55A 4RK8A 4GUHA 3E96A 4Y6GA 4MZ1A 1KM3A 1W5NA 2NZLA 1I2PA 5G1TA 3G0UA 3MHUA 1JUBA 1F5ZA 3ABOA 5DCEA 3T7VA 3LXBA 3L21A 4MY9A 3W73A 3T78A 1KM1A 5T26A 2ATMA 3B03A 4O10A 4JIQA 3MW7A 2JK2A 3CTLA 3A9IA 2AQWA 3AJXA 1G7UA 2QCHA 1FX6A 1JQVA 1GPWA 2X1RA 3MP5A 3MYPA 3FKKA 3G8EA 3L68A 4LC8A 2QCDA 2R94A 5AYZA 5K9DA 4GUFA 1LBFA 4FIRA 2OMAA 4LVDA 5IBXA 3TU9A 3PUDA 4ZVJA 1UBSA 5LNWA 4NNCA 4PEKA 3PWAA 2J9YA 4JS3A 3C2FA 2QCDB 3UWQA 3W75A 3DBPA 3LTYA 1H61A 1IF2A 1KFJA 3NQGA 3VI2A 2B7PA 5I3IA 3PS7A 1X1OA 4XQ6A 2EPHA 3NG3A 4FIQA 3HG2A 3QF0A 5C54A 3L2IA 1TJRA 5AHIA 1P0NA 4LV9A 4AF0A 2GVJA 4JTEA 1YXCA 4UMBA 3YPIA 1TPEA 4AEOA 1DKWA 3JR2A 3U2OA 2A21A 3NQ2A 1AL8A 4D2JA 1G67A 3NQMA 4UMAA 3ATZA 1TPH1 4WOQA 1W8SA 5FF4A 4WY0A 1F2JA 3KHJA 4XZ9A 3CC1A 4RXGA 5F4WA 1MEHA 1Q6OA 3DZ1A 3CPRA 1KA9F 3W1PA 2ABAA 3I7SA 4E2BA 5FEWA 4N9EA 2FPVA 1JRCA 1S3HA 3BG3A 3BO9A 3CM4A 4NNBA 1FUYA 4QQ3A 1KBIA 4WY0B 4OV4A 1OF6A 1CW2A 3PUEA 3NXFA 2QCLA 2ISVA 1B3OA 3RNDA 1HO4A 5G1YA 1S5WA 4IX2A 2Y62A 3CB8A 3HG4A 2BXVA 1SW7A 1L6YA 2V2HA 4JY8A 4L4LA 3PBVA 2Y88A 1WBHA 3G1DA 3Q94A 3DFPA 4MUZA 3MJYA 4TU1A 3N9RA 3OVQA 3NQFA 1OFAA 3M5VA 2J9ZA 4JYEA 3TR2A 3V75A 4RX0A 2VEIA 3NZRA 4UC5A 4WD0A 1F76A 2ZRZA 4ADUA 4GJ1A 1ME7A 4ONVA 3HBLA 4PCFA 4P61A 4Y90A 4UFMA 4YLWA 5E1QA 1CX9A 3FKRA 4N02A 2VEMA 4UTLA 1WQ5A 3TW7A 1SPQA 1I2RA 1Q3NA 1XM3A 4WOZA 1QMLA 5CZ0A 3NL6A 3KVKA 1QO5A 2YX0A 2E6FA 3SZ8A 1TJPA 5E0KA 4PFMA 2VEKA 1GVOA 1R2SA 4UFLA 2ISSA 3LX9A 3DFQA 4B5NA 2YYUA 1X8FA 3PBYA 4GWEA 4S2CA 1SO5A 1W3NA 4UTJA 2A2IA 2CWNA 3TXZA 5FF0A 3M44A 4A29A 2Z1BA 4N6EA 3DKLA 3EXRA 1UCWA 1X7FA 3W2NA 1PCKA 1XBXA 1FWSA 1X1ZA 3GDTA 2Z6IA 1VCVA 3E49A 1EWEA 4LWWA 4NT0A 3IV3A 3PM6A 1OFDA 6ALDA 2PRLA 5FEXA 5KSWA 3FEMA 1XBVA 3O6YX 2YW3A 4O17A 2OZ0A 1TPVA 3P8IA 2DJLA 3MBDA 3LXCA 2QDHA 4UFHA 3IRDA 1KM4A 1F7BA 3W7NA 1PS9A 1D3GA 2I14A 3TJLA 3TROA 4EOUA 5J5RA 1QDSA 2G97A 4R34A 5I3KA 1LCOA 5KZDA 3QMSA 3BPWA 5LHEA 3NM1A 1C8VA 3MMTA 3UWYA 5LGZA 3EB2A 2RHGA 3UWZA 4MJZA 1P0KA 3W74A 2A7RA 1JCJA 3ABQA 1HO1A 3TFCA 2Y7EA 2WSYA 4K8EA 3W7CA 3W1AA 5EKYA 5BOOA 1TRIA 2OT0A 4JICA 2TMDA 5HWNA 2HS8A 1PHWA 4QISA 1W0MA 1GVRA 1DHPA 4RCXA 5K7JA 1TTPA 4OV9A 4LT9A 3DKJA 4UNLA 5AHEA 2OX1A 2WKJA 4Z0JA 3EWZA 3RFAA 5D30A 4ADSA 2A4AA 1XI3A 1JCYA 1TYGA 3LHYA 3N14A 4AWTA 1H7NA 4PODA 1OYAA 4MFDA 5F2MA 1H63A 2WNZA 5A8GA 2VELA 3OA3A 3TXVA 1ZNNA 4O28A 3THAA 2C1HA 1XBYA 5TQLA 3MWAA 1DBTA 4YXGA 4HIBA 4ZMGA 5K4ZA 1FXPA 2CLKA 3K30A 1GG0A 1RPXA 1VCGA 3PG9A 1UJPA 1A53A 3VE9A 3TUUA 4RZ6A 3TH6A 3WJWA 4O4WA 2CZFA 4WUIA 2X30A 3P74A 5I3GA 1AL7A 4UTTA 2VFIA 2AGKA 5AC6A 3LM7A 2NUWA 4O12A 2E5CA 3CT7A 4LVFA 3NA8A 3NQ8A 4JTSA 1GQNA 3FJLA 1OFOA 3WK3A 1H1ZA 1KW1A 1IIGA 4JX5A 1ME8A 3STEA 3M41A 3C2VA 2QAFA 2A5HA 4JTLA 3HOJA 3SECA 3W1LA 1FDJA 2GPTA 4EF8A 3W7LA 2QJIA 4YL2A 3Q37A 4TR9A 4DO5A 3W2UA 4O1BA 3ABSA 3L65A 3IGXA 3NNTA 2ZRWA 1JCLA 5D2YA 4ZQMA 1XBZA 3UXDA 2NUXA 5D05A 2V2DA 3PB2A 3A22A 4UR7A 3MBFA 2B7QA 4MYXA 1OFBA 4O1DA 4LTSA 4JX6A 1XFBA 2CZDA 2VFHA 1I2QA 1ZALA 3I6RA 1FBAA 1MEIA 3ABRA 5MHBA 3PBWA 4GXMA 3EX1A 2UV8G 1W54A 4OQVA 1KLYA 3PUOA 2CZEA 1ICSA 4DO4A 2DZUA 5J5DA 5LNUA 3LLDA 4MY1A 1YDOA 1GVQA 1B57A 4JYFA 4H3DA 4IPIA 2PCQA 4O16A 3LBCA 4FXSA 1SR9A 4N6FA 1ZENA 2RFGA 4FO4A 4UTHA 1O5XA 2VFEA 3LV5A 3IIXA 4DO6A 1TV8A 1C9DA 3NQVA 4YWIA 1G7VA 3INPA 2X1TA 3H53A 3B8DA 2B7OA 5K9CA 1YXDA 2XFWA 3HO8A 4WY0F 3W3OA 3W7OA 3GAKA 4JTHA 1FCVA 1XUZA 5HNRA 4UR8A 1QWGA 2HS6A 1OVDA 1SW3A 4JDYA 4R33A 2QCMA 3IIZA 1VYPX 1HUVA 3NQ6A 4QITA 4FB7A 3DFOA 4WQ6A 1ONRA 5CSRA 4PL2A 3NM3A 2XN1A 3S9YA 3LBMA 1KM2A 1B4EA 3N19B 3W1TA 4EF9A 3LI0A 3QQ1A 1THFD 5I3JA 1AG1O 2Y89A 1GWJA 3LCFA 4M6VA 5FF7A 4C1KA 2ZRVA 3DI1A 2Q3RA 3P60A 1F6KA 1GZGA 1YLVA 4OGZA 2O7SA 2CLOA 1OABA 1PCWA 1TPFA 3UY8A 4POCA 1KV5A 5HINA 4K37A 4JEQA 3P8JA 3W7IA 2B4GA 5K2ZA 1SSGA 3G24A 1VLWA 4JTTA 1WDWA 3W2JA 2F7FA 4QJ1A 1N7KA 1QR7A 2F84A 4NNAA 4JR5A 5AYXA 5AHLA 2HMCA 1EPXA 3S1XA 4JTGA 1K7XA 4AAJA 3KFTA 1PHQA 2VEPA 2JBMA 1J4EA 3EWYA 1WV2A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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