5C5Y | Genus

Total Genus 95

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	95
sequence length	247
structure length	247
Chain Sequence	SDIKAVAQRALSLMDLTSLTNTETDQEIIDLCRQAKSPAGETAAICIFPRFIPVAKKALKAQQTPHIKIATVTNFPQGNDDLDIALAETRAAVAYGADEVDLVFPYRALIQGNETIGFDMVKVCKQACSGNAKLKVIIETGELKSEELIRKASEIAINAGADFIKTSTGKVAINATPEAAKVMLTVIKNKNTAVGFKPAGGVRNADDAAIYLDLADNILGNEWADANHFRFGASSLLISLLDTLGHK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__022832270844778__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__022832270844778__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/5C5Y/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__022832270844778__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"022832270844778","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/5C5Y/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__022832270844778__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d042bff3012902a828b85cc/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d042bff3012902a828b85cc/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d042bff3012902a828b85cc/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d042bff3012902a828b85cc/pdb.gz): 692 ms

reading 247 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

247 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 24 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:246});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Colwellia psychrerythraea (strain 34h / atcc baa-681)
publication title	Trading off stability against activity in extremophilic aldolases. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Deoxyribose-phosphate aldolase
total genus	95
structure length	247
sequence length	247
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 4.1.2.4: Deoxyribose-phosphate aldolase.
pdb deposition date	2015-06-22

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF01791	DeoC	DeoC/LacD family aldolase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	5c5yA00

4N6EA 2QKFA 5D32A 4NJIA 4NQ1A 2BX7A 2FQIA 5H2ZA 3W2MA 4K7YA 4JR5A 3N34A 3W1UA 4ZQNA 1FWRA 2QCMA 4U28A 1HG3A 1KLZA 4AEOA 2VFFA 3P81A 2Q8ZA 3OHIA 4P2VA 4X2RA 4Q32A 1W8SA 2QCDB 3UNDA 5LNWA 3W1XA 3W76A 2OCZA 1H51A 1FWSA 3TXZA 3TV8A 3MP4A 4WY0B 3S5NA 5HUPA 3OG3A 1FCVA 2Z2UA 1AW2A 2CLOA 1YXCA 2BTMA 3N9SA 1WX0A 3TCEA 3W9ZA 1D9EA 3G0UA 4UTUA 1W3IA 1G69A 4ORIA 1WBJA 4AB4A 5HQEA 2FPYA 1SSDA 4GUGA 1RQEA 4A2RA 1ME9A 4NT0A 4JIPA 1ICQA 3C2VA 1WDWA 3I7QA 2Y7GA 2PCQA 3EX3A 2WQPA 1H62A 1QOQA 1TPVA 5CZ0A 3PC0A 4GXMA 1F74A 3LV5A 1YXDA 4MKNA 1JQVA 3CB8A 3IVTA 2GQ9A 1SO6A 1HFBA 2V2HA 5HUOA 3LCIA 1PHQA 1KV5A 4A29A 2FIQA 3R8RA 4L4LA 2VFEA 5EYWA 1ZCOA 1FXQA 3TFCA 4GUIA 1QMLA 3HGRA 3PUEA 2VXNA 1DBTA 4N9EA 1TQXA 1KV8A 5CSSA 3G0SA 2YFNA 1HO1A 2E68A 3PSVA 5AN7A 3G3MA 4PFMA 3QRHA 4MFEA 3U6WA 4TR9A 2ABBA 2CLEA 3WJZA 1BKSA 4LC6A 2Y89A 3NO5A 3GLCA 1XUZA 1QDSA 4O16A 1Q3NA 4K8HA 5KTLA 5AFDA 4FNQA 3W2KA 1K8YA 1MEIA 3UQNA 3E9AA 3DBPA 2C18A 3B03A 3B05A 2E5DA 1ZJIA 1B9BA 4WXYA 1Z41A 3EX4A 1N7KA 4R33A 1VYRA 3F03K 3JS3A 2YSWA 4Q4KA 3C56A 3PY2A 3VKJA 1LRTA 1AW1A 3E96A 3O6YX 4Q33A 2BZNA 3LRLA 4LTSA 1TV5A 1OF6A 5D03A 5EY5A 3IEBA 5H91A 2DZWA 3UWUA 4UXDA 4LOCA 3P8IA 3B4UA 2Z1BA 2FB3A 3OVPA 4R53A 2NLIA 1G7UA 4DF1A 1T96A 2JGQA 3IRDA 2HS6A 4RLIA 4I9AA 1PV8A 5TQLA 3TXVA 4O52A 4LVDA 1ICSA 3GDKA 3WK0A 5HMSA 3SJ3A 4AF0B 2V9DA 3NPXA 4HHPA 3TDFA 2JBMA 4PODA 1ALDA 1RVGA 5K3VA 1OYCA 1XBYA 4CCEA 1W5OA 4MFDA 1RQBA 2YXGA 4HNVA 1TIMA 3S0CA 3RNDA 2ZRXA 4UTWC 3JR2A 2G97A 2A6LA 3QM3A 4FEZA 1OYAA 3IIXA 3ZS4A 4CQAA 1ME8A 2EKCA 3HGSA 1A5CA 3PF3A 4BI7A 2ZRVA 3W73A 1SW0A 1ZHAA 3M9YA 3KRUA 5KZDA 1ML1A 1VC4A 3TUUA 4BWLC 1M7PA 3W2UA 3QSTA 4IQLA 4UR8A 3TQ0A 1GPWA 2NWRA 4JTGA 2RDTA 2VEKA 2HTMA 3L5LA 3MW7A 1VYSX 3L9CA 4FIRA 4JX6A 1T8XA 1D3HA 1W3TA 1W5PA 3NPWA 3E49A 1LORA 4DBDA 3K30A 5I3IA 1NSJA 4UTHA 1VRDA 3B04A 1O94A 3L2IA 1LOSA 3MBDA 3G24A 3OIXA 3AO0A 3WJYA 1JCNA 4IMGA 2Y70A 3QQ0A 4JTFA 3TJLA 2YYTA 3C52A 2CU0A 3PG9A 3ZR4A 5G2HA 4RK8A 3SZ8A 1BWKA 2JGYA 4GC4A 3T55A 1JQXA 4QQ3A 4NNCA 4ZMGA 4LY8A 1VLWA 3QYQA 1UUMA 3LV6A 5E93A 2AGKA 2QUVA 5F2GA 4M5PA 1S3HA 5AHIA 3G1DA 1RV8A 3SFKA 3PBWA 4WOZA 4MJZA 4N4QA 4ZQCA 5DLCA 1PCKA 3G3DA 1H60A 2FTPA 4PH6A 1W5NA 4AHQA 4OT7A 1L9WA 3LXAA 2YR1A 3MHUA 4Y6GA 4O8RA 1I2OA 1I2QA 3NL3A 3NL6A 4O50A 1FCQA 1H7NA 3TA6A 4WQ6A 4X22A 3QW3A 3DFOA 3DU0A 1DKWA 3CTLA 2CZDA 1VGAA 3UWWA 1GVFA 1QNVA 3JRKA 2R91A 1UASA 3HG2A 5F4XA 2X2GA 4DO4A 4MY1A 3NL2A 3UY8A 3NXFA 2DJLA 1SW7A 4DO5A 2E5BA 4DPQA 2RH9A 4IX2A 1U5JA 1BEUA 3Q94A 2WNNA 1O5XA 4XKYB 2YW4A 1NAL1 3FJLA 2TYSA 3FKRA 3O6CA 3BW3A 4A21A 4AVFA 4K6AA 3W7DA 5DCBA 3LCWA 1FWTA 4CQ8A 1OFBA 3ANYA 1SUXA 4JD4A 3M5XA 1QPNA 4PTNA 1SFLA 3FFSA 4X9SA 3VI2A 1A5BA 1KFBA 1UBSA 1W56A 2DU2A 3V75A 1ME7A 3EWYA 3R2GA 4JIQA 2HSAA 2FPTA 4O17A 5T26A 3FJ6A 3P5ZA 4TMBA 1TPWA 3HO8A 4GE8A 1Q6LA 3H53A 2EF9A 3BG3A 1DL3A 1LBMA 4WUIA 3W1AA 4UC5A 4FNRA 3CIXA 4Z0JA 2RDWA 1OFPA 2A6NA 3TFXA 3QMRA 3EXSA 2TSYA 2H90A 2YX0A 4FB7A 2J24A 2ZZ3A 1AL8A 4I7UA 3TMLA 5C54A 3C2OA 4N02A 4Y9AA 1G4TA 4EF9A 1MEHA 4RZ5A 5E1QA 4O14A 5L9FA 3HPZA 1XDMA 4K39A 5LNSA 1TJPA 1K7EA 2CZFA 4PA8A 1NF7A 1RR2A 4R7JA 1DVJA 1OX4B 2E6DA 1IXPA 4JDBA 3DI0A 2TRSA 2Y7FA 1BTMA 4JXCA 3UXAA 4DPPA 5EA9A 2YYUA 4FHAA 3W7LA 1R47A 3QEZA 5CSRA 1I8JA 3IIZA 3HOJA 4FX7A 5DCEA 1LRQA 4FNTA 4FXRA 4O1AA 1WQ5A 5AYZA 3NQ2A 2ZZ6A 1B57A 3P61A 5I3JA 1YADA 5CGQA 3TNOA 1TPB1 1FBAA 3B8DA 3BLEA 5HJLA 3KOFA 3N2MA 3EB2A 3G1SA 5G1YA 4MYAA 2C19A 4NX0A 2V2CA 4HT3A 3ZWTA 2CLMA 1W1ZA 5F1VA 1LP6A 1EX5A 1RPXA 1PE1A 2F84A 2ZZ1A 2ZZ4A 3PB2A 3P82A 3WK1A 1I2NA 4B5NA 1OX5A 3BG9A 4S2BA 1ICPA 3W1PA 4PCFA 2ZCGA 2JK2A 2FDSA 2FPVA 4GFSA 3L68A 1Z44A 4NU7A 2LLEA 5U7SA 5HWMA 1IXOA 5CZJA 3NQ6A 2WNZA 4IXHA 4KWWA 3DGRA 2QJIA 5LNRA 3LGEA 1M6JA 1QPQA 4NNBA 3O6DA 2DZPA 5E0KA 3W6YA 2A7RA 3A24A 3NL5A 4DQWA 1YDNA 5CG7A 4IPJA 4WOQA 1GT8A 3RK8A 1G4EA 3EWXA 1S5WA 4JTUA 5D2TA 4S1FA 1KM1A 1SU5A 1TPH1 3TJXA 4RZ6A 1ZFJA 3T40A 3LERA 3G1XA 4IMFA 5G4WA 1PS9A 3OA3A 2V82A 4L4MA 4PL1A 2NX3A 4O28A 2WO5A 1F2JA 1X1OA 5DN1A 1YLVA 1SSGA 1ONRA 4UTKA 3UWVA 5HWNA 1H1ZA 1KM2A 3MI3A 5FEWA 4WY0F 3P5YA 4EF8A 3EWBX 4LS0A 2QCCA 1H7OA 4DF2A 3RFAA 3MMTA 2QDHA 2QCHA 1W37A 4XBSA 3SECA 1Q6OA 4Z1CA 2H3BA 2X1RA 2B7NA 1IXNA 3NQGA 3W1MA 3SSJA 1VCFA 4LC8A 2VFIA 3MBFA 4Z08A 1TPFA 2ZA1A 3QJAA 2E77A 2ISVA 1KA9F 3FLUA 2HS8A 4UFMA 3NPVA 5F4SA 3LHYA 1KM4A 5EL1A 3IV3A 3VFLA 3HGOA 3PM6A 4K38A 3C4UA 3LCGA 3HG5A 3CT7A 3MP3A 4UMAA 3W86A 1T99A 3GDLA 1XI3A 2CLFA 3S1UA 1WAUA 3TKFA 5LHEA 2OMAA 4JTHA 3S5ZA 1K8XA 4MYXA 1YXYA 3DI1A 4LW7A 4O53A 3QSRA 3LI1A 2WSYA 5EMUA 4AMAA 4O54A 2C6QA 3PBVA 3PWAA 3TU9A 2VC6A 2A85A 3HMJG 2W0UA 5DXXA 3F4WA 2ZA2A 3WK2A 3HG4A 4LT9A 2DZVA 1FCUA 5AC7A 2HMCA 3KX6A 4JTEA 2DZTA 4RKAA 2DZSA 3GDRA 1ZAJA 2ZTJA 1K7XA 3C61A 3QPYA 2ZRZA 3L0GA 4KWVA 4UTLA 1F6PA 3EEGA 4O4WA 5FF2A 4K7VA 3GKFA 1P1XA 5D30A 3EX1A 3FEMA 3G1VA 3W7JA 1MEWA 1RZMA 4BI6A 5CPLA 3I7RA 1XKYA 3LLDA 4AWTA 5C5YA 1OFDA 2YGYA 4RXGA 2Y85A 1P0KA 3H55A 3IVUA 3GX9A 4UTTC 3C3NA 2G5WA 4LRTA 3P62A 5I3KA 1PIIA 1V7YA 1EEPA 1P4CA 3TR2A 1TTPA 4KKXA 3GIYA 1GG0A 5HINA 3O8AA 4IGHA 3L67A 4N6FA 2V8ZA 2VOMA 3LI0A 3AJXA 4CCDA 1QPOA 2NX1A 1F05A 3M6YA 4QISA 1EWDA 3M0ZA 3W7OA 1YDVA 4IPIA 3NM1A 4O19A 5AC6A 3KVMA 3UWQA 2UV8G 1UB3A 2GOUA 5K7JA 4O11A 1KM5A 1JCLA 2XN0A 2P0OA 3VE7A 4I7VA 3GVGA 2QCEA 2P1FA 1R2RA 3EXTA 1O60A 1WYIA 1I4NA 2ATMA 1VCGA 3LLFA 3L5MA 2NXGA 1YYAA 4RJEA 1GVQA 3OEXA 5CKSA 4Y96A 1TPDA 5DCDA 1B4KA 1AMKA 3HQ1A 1J2WA 2NUYA 3L65A 4CCCA 1KBIA 1TTJA 3GK0A 3BO9A 3UZ5A 1H7XA 2QEZA 3ATYA 4RCXA 1OYBA 2J9YA 3THQA 5CZTA 1CI1A 5LNUA 1C8VA 2ATSA 1OVDA 2E6YA 3IGUA 4O18A 4OV9A 5LGXA 1A5AA 4JTKA 3C2FA 1ZAHA 3CLMA 4DBEA 3GR8A 5BMXA 3W7GA 3W1LA 1G4SA 1G4PA 3TQKA 1PL9A 1DJNA 3I7SA 3P60A 3W1TA 1TB3A 1R46A 1SPQA 4OWGA 4HPJA 5FF0A 4O4VA 2C3ZA 4JY8A 4NVTA 3I6RA 4UFIA 1XM3A 3DAQA 3UXDA 1G7VA 2C1HA 3ABRA 1TPEA 1Q6QA 2H8ZA 1TSIA 1SW3A 3HF3A 3NAVA 3R12A 1CX9A 3G18A 5IM51 5D2WA 4ICNA 5CPMA 4YLWA 1Q45A 3G8RA 4WXZA 3CIWA 4ONVA 1KM0A 2YPIA 5F1UA 4PEKA 4JTJA 1JULA 5IBXC 5TIMA 3W83A 3PUOA 4FNPA 4Z0SA 3TK7A 4LUIA 3N3MA 1WXJA 2EAWA 3NYZA 2J9XA 4BI5A 1P0NA 3KHJA 3RLVA 1RQHA 1VR6A 4AXKA 5FESA 3KVKA 3QQ1A 1XL9A 2A7PA 3GDTA 2WV8A 2AQWA 3LXCA 3IGSA 2CLIA 1NFBA 4POCA 1OHLA 2DJXA 4A2SA 3E12A 1FWWA 3IIPA 3YPIA 4ZQOA 4ZVJA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 2R8W A;  4QM1 A;  3TW7 A;  4KWS A;  4RV8 A;  4G7E A;  3N2X A;  3N6H A;  3U2E A;  5DY2 A;  1F8I A;  3RLU A;  5AZ1 A;  5HAN A;  4K8E A;  1Q4N X;  2QZR A;  3G1Y A;  3Q37 A;  2GVE A;  1FWD C;  1CW2 A;  5EFF A;  2ONE A;  4GK8 A;  5CPT A;  1O4U A;  1MVY A;  1DYS A;  5C2C A;  2ISW A;  1DJQ A;  1KO0 A;  1J5S A;  1W5Q A;  4I7W A;  2DOR A;  4XD4 A;  1GJW A;  4HZ7 A;  4KGJ A;  3EB3 A;  5LIX X;  1J6P A;  3N6Q A;  3R0D A;  4Z2K A;  4MWA D;  1HL2 A;  4BEU A;  2VR4 A;  3M5Y A;  1ZBV A;  3K4W A;  5CGT A;  5KSW A;  4JPG A;  4QE5 A;  1X8C A;  1OFO A;  1HKK A;  1R2S A;  3DFY A;  5EPD A;  4E6M A;  1O5R A;  3DKJ A;  3BAR A;  1W9P A;  3IIV A;  3HJE A;  2V3D A;  1EEX A;  2XFR A;  5AHF A;  3DFH A;  1GQJ A;  1TTI A;  3CC1 A;  3VGF A;  1C8Y A;  4HZ6 A;  1VP5 A;  3M47 A;  1OF8 A;  3R8H A;  2CXG A;  1W9U A;  4CLM A;  1EDQ A;  2OT0 A;  4Q6X A;  1PZ3 A;  3W7Q A;  2PDM A;  1EDT A;  1FWB C;  3APY A;  1OBA A;  4FIQ A;  1JRB A;  6REQ A;  4C6L A;  4UFL A;  2VVS A;  2D0H A;  2XVG A;  4ZFM A;  4IFR A;  3TSB A;  4NZJ A;  4KGL A;  3FHA A;  3E5P A;  3QHM A;  1OFR A;  3ES8 A;  5HNR A;  3B0U X;  6XIA A;  2QR6 A;  5CC6 A;  1GYN A;  3HG3 A;  2FZ8 A;  4GX8 A;  4AX6 A;  1CLV A;  1QHP A;  2HBV A;  3ZR6 A;  3MUY 1;  4M24 A;  2X30 A;  1OAB A;  2GLK A;  1H50 A;  4V15 A;  2GGI A;  2I9E A;  4ADS A;  3ZT5 A;  1PKN A;  4DB7 A;  4O1D A;  5FA5 A;  3BK0 A;  4X60 A;  3W38 A;  3T0T A;  2EHH A;  4NRS A;  4B5X A;  3AYV A;  4XVE A;  2BXV A;  1O1H A;  1FWF C;  1RY8 A;  1WE5 A;  2WSP A;  4PCS A;  4PSP A;  4M7S A;  2QF7 A;  2Z0I A;  3D0C A;  3PBG A;  3MB9 A;  1KW1 A;  3L4W A;  2JKA A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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5C5YA

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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