5CG0A

Crystal structure of spodoptera frugiperda beta-glycosidase
Total Genus 198
50100150200250300350400450050100150200
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
198
sequence length
488
structure length
488
Chain Sequence
QRRFPDDFLFGTATASYQIEGAWDEDGKGENIWDYMVHNTPEVIRDLSNGDIAADSYHNYKRDVEMMRELGLDAYRFSLSWARILPTGMANEVNPAGIAFYNNYIDEMLKYNITPLITLYHWDLPQKLQELGGFANPLISDWFEDYARVVFENFGDRVKMFITFNEPREICFEGYGSATKAPILNATAMGAYLCAKNLVTAHAKAYYLYDREFRPVQGGQCGITISVNWFGPATPTPEDEMAAELRRQGEWGIYAHPIFSAEGGFPKELSDKIAEKSAQQGYPWSRLPEFTEEEKAFVRGTSDFFGVNHYTAFLVSATERKGPYPVPSLLDDVDTGSWADDSWLKSASAWLTLAPNSIHTALTHLNNLYNKPVFYITENGWSTDESRENSLIDDDRIQYYRASMESLLNCLDDGINLKGYMAWSLMDNFEWMEGYIERFGLYEVDFSDPARTRTPRKAAFVYKHIIKHRVVDYEYEPETMVMTIDEGH
50100150200250300350400450400300200100
050100150Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
source organism Spodoptera frugiperda
publication title Using the Amino Acid Network to Modulate the Hydrolytic Activity of beta-Glycosidases.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-glucosidase
total genus 198
structure length 488
sequence length 488
chains with identical sequence B, C, D, E, F
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-07-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 5cg0A00
4UNIA 1VIWA 1KWKA 1GOIA 4D6IA 4JFTA 3FAXA 1WZKA 2XHYA 1TMQA 3IJ8A 2E8YA 4PMXA 2OYLA 3RJXA 3BAYA 2EPLX 1QPKA 3GBDA 4UQEA 3WQWA 1BPLB 4LYRA 1BLIA 1FP9A 2CERA 3CZEA 1NARA 2WVUA 1MQPA 3SIMA 1CXEA 2C7FA 4Z2LA 4UFIA 1TUXA 1E6QM 3VPLA 3WDJA 5E6YA 1QNRA 3F5KA 4EE9A 2WBKA 4M80A 1BGAA 4E8DA 1PJ9A 3AYSA 4M56A 2VVSA 1Q6CA 2XVKA 1DHKA 2X09A 3GYCA 5CG0A 7CGTA 2GDUA 4ZXLA 1B90A 1B3XA 2FHCA 3LPPA 1CLVA 4NI3A 3ZJ6A 4AZ5A 4KRUA 5GNXA 3WD0A 5I2UA 5A6BA 1SR0A 2YL8A 1G94A 2G41A 1K9TA 1DWIM 2E4TA 4HA3A 1D2KA 1JG9A 2XM1A 2BXYA 4W5ZA 3UERA 2CYGA 4QP0A 1MWOA 2F61A 1FH7A 2Y4SA 4KH2A 4PTXA 1E40A 4AD4A 3UG3A 1OGBA 1BFNA 2OSXA 5I77A 1HN1A 4NSBA 4RL3A 2CCRA 1BSIA 2YA2A 1J10A 3AQUA 2ZIDA 3AS0A 1IV8A 1PAMA 1KXQA 4KRTA 1HL9A 1PX8A 1PEZA 4GPNA 4CD7A 1C8QA 1JDAA 3NSNA 1ODZA 3RM8A 5IHSA 2YLAA 1CWYA 2YA0A 2ZUSA 3S2CA 1U2YA 3WEZA 3VGGA 4BS0A 2BY0A 4ACZA 3UG5A 4GINA 2WMJA 4PBGA 5JBEA 2ZICA 1QNOA 2J8FA 4F66A 4PMQA 4ACYA 5IFPA 2VI0A 1CXKA 4PMOA 1G9HA 5JIWA 5M3WA 1EQCA 1W9UA 3VOCA 3SCVA 1EHAA 4TX6A 6CGTA 2VQUA 3D3AA 1J0HA 1HJUA 3ZT7A 1XCXA 2J25A 4DUWA 1V6XA 1BYAA 3AROA 2CITA 2Y5EA 4KGJA 4ZFMA 2ZXAA 1GOKA 4Z2JA 1IZJA 1US2A 4PYSA 1BG9A 1QHOA 4HOZA 4JIEA 4FLQA 3ZQ9A 4UTFA 4TX8A 4H8UA 1HL8A 1E0WA 3AIEA 3TTOA 4L4OA 4P8WA 3JUGA 1NOFA 3U5UA 1HP5A 1C93A 3ZO9A 3MV01 1UKQA 4NRRA 1M53A 1E6RA 4JKKA 3VDBA 4U31A 2CXGA 3FW6A 1CXHA 5I79A 3ARVA 1WKYA 3T08A 4CCEA 5D9PA 2BY2A 1JI1A 2WMKA 1CIUA 2WMGA 2XFYA 5A6AA 1W91A 2ZE0A 1J0IA 2GUYA 2BY3A 3WENA 4GIAA 2FH6A 5ABFB 3N1AA 3ARWA 4XZWA 4S3JA 1PIFA 3NDZA 1PX4A 4Z2IA 5FKYA 2E0PA 2OYKA 3A6OA 4D72A 1UWUA 1XSIA 2G3IA 3VU2A 4QAWA 4AZIA 1HKKA 3WDHA 5KZ6A 2UY3A 2VZTA 4IM4A 4HPHA 1CXFA 4ZEPA 3ZOAA 3VMPA 2V3FA 4PTWA 1TA3B 1UZ4A 5A95A 5CXPA 5CSYA 3THDA 3PZTA 2CPUA 4ZXOA 3I3DA 1JAEA 3UESA 1OGGA 2WVSA 4YN5A 3KE0A 3B9AA 1W3KA 4S3KA 2J7BA 3ARYA 3PBGA 1OSEA 3RDKA 4TVCA 4DWSC 1UR2A 3DYOA 4P7NA 4M82A 1GZJA 3VKKA 4EANA 4DWSB 1PBGA 1UR0A 1WDRA 1EHNA 1QOXA 1QI4A 3RIKA 4W86A 3WH5A 2DDXA 4QLLA 2JIEA 3MANA 2X05A 1V6YA 3HJEA 4UQBA 3ZJKA 1XYFA 2IXUA 1W1VA 2ESCA 1W2VA 1UD6A 1J0KA 2D1ZA 4UOQA 2WM0A 3PZNA 1KWGA 5A8QA 2V38A 1KR0A 1TCMA 3MU7A 4CN1A 4F9DA 4AZ6A 5A6JA 1CGTA 1CGYA 1LWJA 3FNDA 1KXTA 4B9YA 2YBUA 4FLRA 4N42A 6A3HA 3N13A 4AZ7A 1J18A 5CJ5A 4GO9A 3VMOA 3WQ6A 3AIVA 4MJ2A 3RCNA 2X1IA 3QOMA 4MB3A 4XZBA 1B0IA 3OLEA 4AW7A 2NT1A 1RP9A 4UQDA 2WZIA 4UR9A 2EPOA 3EYPA 3AHTA 4C7GA 3WNMA 2YL5A 1N82A 1OINA 4P8XA 3OG2A 3RM9A 3T0BA 4JFVA 1E3XA 1OGSA 1WDQA 1HKIA 1C92A 5I78A 4CGTA 3WD4A 4D6CA 1AMYA 2V5DA 3MV11 4L4PA 3M6DA 3L4VA 4AZGA 1H41A 3WMCA 1VJZA 2J7FA 5F7UA 5E09A 3WFZA 1WPCA 1X6LA 2FHFA 1UG6A 2O9PA 4MB4A 1DP0A 1UOKA 3I3BA 4CU7A 2VJXA 3PZGA 1OB0A 3DYPA 2X0YA 3RMEA 5LA0A 1C8XA 3T09A 2W63A 3IAPA 4W7WA 2VX6A 1KCLA 4J27A 1BHGA 2VURA 1JFHA 1DTUA 2VX7A 2DSUA 4J28A 4BQ4A 1A47A 1FHDA 3K8KA 1BGGA 3DHPA 4CKQA 3KWXA 1CPUA 1VEMA 3MUAA 1UR8A 3OGSA 1FHLA 3WMBA 3WEOA 3QGVA 1UD2A 2XIBA 1L8NA 2CIPA 3SCNA 1HJVA 3WNPA 3TONA 2WC4A 4JZ5A 3FAWA 4GZIA 1ITCA 3CUHA 3TA9A 4AZHA 3ARQA 1OT2A 5LA2A 2XG9A 2VNCA 5EB8A 4UOJA 4D6DA 2VZUA 4W93A 4TOQA 3VIIA 4B3LA 3N11A 1L0PA 4CCCA 1SFSA 1DWAM 2DSKA 3TOPA 4CU6A 1XGZA 3CUIA 5A69A 4CD5A 4P8UA 4UFJA 3NJ3A 4OZOA 2HVMA 2G3JA 1AQMA 1HJXA 2YDSA 1PPIA 4U5IA 5A8OA 2ZWZA 3A4XA 3WDIA 3BH4A 5D9MA 2WWCA 3WKZA 2J7HA 1KQZA 5CQ1A 1C8YA 1JF6A 4D6JA 4M81A 1QW8A 2QLYA 5A2BA 4X0VA 2W4XA 2E9MA 5CGMA 3OGVA 1HP4A 1WE5A 2WSPA 4XB3A 3OIHA 1VFOA 4MPKA 3EDEA 3K1DA 4UQCA 3MKKA 1QI0A 2J7GA 3II1A 5DMYA 1G01A 4AD2A 3OLGA 4JHZA 4W5UA 1W9DM 2WLYA 3BAIA 2BHYA 1JGIA 5HPCA 1E1EA 4PUEA 1KBKA 3NUKA 2WC7A 2WWDA 1H49A 1UQZA 3VGFA 4OBSA 1XHGA 5C70A 1RP8A 2YIHA 2A3HA 1UWTA 3DC0A 3VGDA 1JYVA 3KL5A 3WDPP 2A3CA 2VZVA 1D3CA 5DEZA 2BV9A 1BTCA 1UZ1A 4W87A 3AYRA 2JEQA 3A47A 3OB8A 3WBAA 2BS9A 1XH0A 2OSWA 2CBJA 2O9OA 5GNZA 5AC5A 2VUYA 2YL6A 1JYWA 2VL4A 1MW3A 5IFTA 3AOFA 1B2YA 1E6NA 4X0NA 1EDQA 5IXEA 4AZBA 1ODUA 2V5CA 4C7DA 2WKLA 2WCSA 4WKHA 4WJXA 3T0DA 2DIJA 8CGTA 1GJWA 3K8LA 1W3LA 5E0CA 1KFWA 1H1NA 2CBIA 4URIA 1Y7VA 2VMFA 3AZSA 1KXHA 2OSYA 4W8BA 2YL9A 3K4DA 1UA7A 4HA4A 5A6BD 5BXPA 4WKAA 1E72M 2J7EA 3LMYA 4OOZA 1PIGA 2VR4A 3SUTA 3U7BA 1KR1A 2WCGA 4D6GA 2PWEA 1W2PA 3NIYA 4FMVA 2W67A 2ZUUA 5ABEA 4OUEA 1UYQA 3N04A 3G6LA 2J62A 5CLTA 2DPEA 3BXWA 3GH5A 4CVWA 1UD5A 5HPOA 4GI9A 2J7DA 4TVDA 3ECQA 3WL1A 3CHEA 5I5RA 2ZX6A 4H8HA 1CGWA 1P6WA 1OD8A 4OIFA 1OM0A 3K4AA 1E1FA 3N17A 1JD9A 1LQ0A 1K9DA 3T0AA 1NWTA 3VNYA 4MNMA 2BY1A 4BF7A 2G8ZA 3WQ8A 3L2MA 3WQ4A 3EDDA 4MB5A 2EJ1A 1MYRA 5BCAA 1MFVA 1GUVA 5ABGA 4D6FA 1JIBA 3WF1A 2XPKA 1MXDA 1JL8A 3W25A 1CECA 5CPQA 2Z1SA 3SCUA 2BVYA 2E40A 1XYZA 3IAQA 3PZIA 2XVPA 3DECA 2BHZA 4E4PA 3WQVA 2PI6A 3VGBA 2J78A 1G0CA 1C90A 1V3LA 1MQRA 1DWGM 3LPOA 1J12A 1V3MA 2YA1A 3PZ9A 5CZKA 4LXFA 5I24A 3SCOA 4TXEA 2GK1B 4M24A 2BXZA 2VR5A 1E43A 3KZSA 5A2AA 3OZOA 2XFFA 3GXMA 1I1WA 1WZAA 5ABFA 3IJ9A 2EPMX 3OA5A 3TTQA 4Y7EA 1GCYA 3NCOA 4PMUA 1VBRA 3HU7A 3BLPX 4JCLA 3DHUA 3UETA 1UKTA 5BRQA 2X8RA 4WK9A 4PMZA 5GPRA 1W3HA 1CBGA 1XV8A 1M03A 3BAXA 1M01A 1W32A 3RILA 1TA3A 1BG4A 4K68A 3CZKA 4YHGA 4XX6A 3UEQA 1VAHA 5A8MA 2XVNA 3WIJA 5BYWA 4JFWA 5FL0A 4AEEA 3OZPA 1QNSA 4OBRA 3L4ZA 1K6AA 3WF3A 2F2HA 3AXXA 1JYNA 3AZTA 1LG1A 3CUFA 1NWSA 3GH4A 3WSUA 1ZBCA 4DWSA 2DH2A 3L2LA 3DYMA 4R27A 1O6IA 1VEOA 1ZBVA 4N0RA 4RE3A 1UKPA 2XGBA 1J0JA 2BFGA 2CBVA 2WMIB 1IZKA 1ISYA 3BAWA 3AIBA 4PN2A 5A6MA 3MUZ1 3POHA 5HNNA 3VD4A 5A94A 4J3VA 1BQCA 3ARTA 2DSZA 3AHYA 4PMRA 2F8QA 1TE1A 2NT0A 2VT0A 2EQDA 5DF0A 2UY4A 1YQ2A 3W6MA 1JNDA 3E1F1 1OWQA 3WUGA 4PMYA 3T2QA 3QR3A 2YDQA 4MADA 4PTMA 1Z32X 1E0VA 1WP6A 2EBNA 2PWFA 3W38A 1B3VA 1MFUA 1QI5A 3VD9A 3VIMA 1UKOA 4AXNA 1ISXA 4MNKA 1FH8A 4IISA 4FF5A 1HJWA 1LWHA 1J9YA 4GI6A 3FHQA 5A2CA 5HXMA 4CN6A 1H5VA 1NOWA 1ZJBA 4PTVA 2OLHA 3B9EA 1UUQA 3ARZA 4D71A 1UR1A 1UR4A 2WVTA 3F5JA 2A3AA 4A4AA 2BHUA 1M04A 5M17A 1XSJA 2PWDA 2UY5A 2O9RA 4E8CA 3BC9A 4NRSA 2QPSA 3RJYA 4WLCA 2AMGA 4XUYA 3GTNA 4P7RA 4ATWA 3PTQA 4E2OA 1MW2A 4PSPA 5HBFA 2WPGA 4LGXA 1KGUA 1Q6GA 7A3HA 2E9LA 2FGZA 1W1TA 1G1YA 1KB3A 5AYIA 1E5NA 3HN3A 4PMNA 3M07A 1KCKA 1V3KA 4CD6A 4IPLA 4J3SA 1F4HA 3L4TA 3AHZA 2WHKA 2XM2A 5IHRA 1B3YA 5BXRA 3U57A 3GBEA 3WFLA 1DEDA 1BAGA 2XVGA 4P7LA 5DFAA 4J3XA 3VIHA 1C7SA 3CLWA 4AEFA 4HMEA 2WBGA 3VIOA 1VRXA 1B9ZA 3IJ7A 4D6EA 1D7FA 1EOKA 1MVYA 1ISWA 1BVZA 3VDCA 4UCFA 3G6MA 4AMCA 3L4UA 1TVPA 2B31A 3CHFA 4LQ1A 3WDRA 4YHEA 3L4WA 3CBWA 1HIZA 3VD7A 2V3EA 3MMDA 1GQIA 1V0KA 4ATDA 1KXVA 4GO8A 2WZHA 3WH6A 2XSBA 4PUDA 1HT6A 3OLIA 4JCMA 1OT1A 4AYSA 2IUZA 1GORA 1V0LA 5E9AA 4JL1A 3W81A 1EIBA 2BVDA 1CZ1A 4CVUA 1GVIA 1KGWA 2DH3A 2BNJA 3WH7A 1H09A 4DM1A 4AWEA 3SCRA 3KL0A 3VD5A 2JE8A 3VDHA 4D1IA 1JXKA 5M5DA 1FA2A 1R7OA 3U7VA 3SCSA 3BCDA 3GXFA 1V02E 3CZ8A 1UR9A 3NDYA 1ZB5A 4LYQA 3GXDA 1FH9A 3CGTA 2W91A 4JKMA 1VB9A 3SUWA 1E4LA 2D0FA 4IUGA 5FCZA 2EEXA 4QLJA 4V2XA 3AZRA 4B3KA 3CTTA 1E4IA 5DT5A 5E70A 5A6SA 1R8LA 2GDVA 3J7HA 3VX0A 3FN9A 5BWFA 1C7TA 3N9KA 4U3CA 2VO5A 3I3EA 3WD2A 1FFQA 3RPMA 4XV0A 3AIWA 4M29A 1H11A 1XH1A 1NP0A 1W9BM 2Q8XA 3ZM8A 2JIWA 4QDMA 1UA3A 4HMCA 4U2ZA 1GOWA 1DWHM 3NYDA 1YHTA 3LPGA 4CUCA 3VX1A 3SCTA 1WCGA 1HJQA 2D22A 2XSAA 2VCCA 1EQPA 2CETA 3W6LA 4UQ9A 4AIEA 5C71A 1WAWA 3QHMA 1E9LA 1JZ4A 1H3GA 1R87A 3SUSA 4NF7A 1XRVA 3WNKA 1BVNP 1UH4A 4AD5A 1EDTA 2EPKX 4GXPA 3SUVA 2ZUMA 3S6TA 3VNZA 3WF4A 2YDRA 4HZ6A 1JYXA 1LLOA 3O9NA 8A3HA 1VEPA 1JNEA 1GQLA 3W0KA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4UNI A;  1VIW A;  1KWK A;  1GOI A;  4D6I A;  4JFT A;  3FAX A;  1WZK A;  2XHY A;  1TMQ A;  3IJ8 A;  2E8Y A;  4PMX A;  2OYL A;  3RJX A;  3BAY A;  2EPL X;  1QPK A;  3GBD A;  4UQE A;  3WQW A;  1BPL B;  4LYR A;  1BLI A;  1FP9 A;  2CER A;  3CZE A;  1NAR A;  2WVU A;  1MQP A;  3SIM A;  1CXE A;  2C7F A;  4Z2L A;  4UFI A;  1TUX A;  1E6Q M;  3VPL A;  3WDJ A;  5E6Y A;  1QNR A;  3F5K A;  4EE9 A;  2WBK A;  4M80 A;  1BGA A;  4E8D A;  1PJ9 A;  3AYS A;  4M56 A;  2VVS A;  1Q6C A;  2XVK A;  1DHK A;  2X09 A;  3GYC A;  5CG0 A;  7CGT A;  2GDU A;  4ZXL A;  1B90 A;  1B3X A;  2FHC A;  3LPP A;  1CLV A;  4NI3 A;  3ZJ6 A;  4AZ5 A;  4KRU A;  5GNX A;  3WD0 A;  5I2U A;  5A6B A;  1SR0 A;  2YL8 A;  1G94 A;  2G41 A;  1K9T A;  1DWI M;  2E4T A;  4HA3 A;  1D2K A;  1JG9 A;  2XM1 A;  2BXY A;  4W5Z A;  3UER A;  2CYG A;  4QP0 A;  1MWO A;  2F61 A;  1FH7 A;  2Y4S A;  4KH2 A;  4PTX A;  1E40 A;  4AD4 A;  3UG3 A;  1OGB A;  1BFN A;  2OSX A;  5I77 A;  1HN1 A;  4NSB A;  4RL3 A;  2CCR A;  1BSI A;  2YA2 A;  1J10 A;  3AQU A;  2ZID A;  3AS0 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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