5CPQ | Genus

Total Genus 190

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	190
sequence length	518
structure length	512
Chain Sequence	ISVGEDFPSEYEQWLPVPDPESRRRAGVLLHPTSFRGPHGIGDLGEEAFRFIDWLHSTGCSVWQVLPLVPPDEGGSPYAGQDANCGNTLLISLDELVKDGLLIKDELPQPIDADSVNYQTANKLKSPLITKAAKRLIDGNGELKSKLLDFRNDPSISCWLEDAAYFAAIDNTLNAYSWFEWPEPLKNRHLSALEAIYESQKEFIDLFIAKQFLFQRQWQKVREYARRQGVDIMGDMPIYVGYHSADVWANKKHFLLNKKGFPLLVSGVPPGQLWGSPLYDWKAMESDQYSWWVNRIRRAQDLYDECRIDHFRGFAGFWAVPSEAKVAMVGRWKVGPGKSLFDAISKGVGKIKIIAEDLGVITKDVVELRKSIGAPGMAVLQFAFGGGADNPHLPHNHEVNQVVYSGTHDNDTIRGWWDTLDQEEKSKAMKYLSIAGEDDISWSVIQAAFSSTAQTAIIPMQDILGLGSSARMNTPATEVGNWGWRIPSSTSFDNLETESDRLRDLLSLYGRL

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__5559371429612927__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__5559371429612927__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/5CPQ/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__5559371429612927__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"5559371429612927","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/5CPQ/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__5559371429612927__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Transferase
source organism	Arabidopsis thaliana
publication title	Structural Dissection of the Maltodextrin Disproportionation Cycle of the Arabidopsis Plastidial Disproportionating Enzyme 1 (DPE1). pubmed doi rcsb
molecule keywords	4-alpha-glucanotransferase DPE1, chloroplastic/amyloplastic
total genus	190
structure length	512
sequence length	518
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 2.4.1.25: 4-alpha-glucanotransferase.
pdb deposition date	2015-07-21

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF02446	Glyco_hydro_77	4-alpha-glucanotransferase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	5cpqA01

4HOZA 1EXPA 5CXPA 4UQAA 1GVIA 4LPCA 1V3MA 4D6DA 1VEOA 2WC7A 2WB5A 3O2LA 3RM4A 1C7TA 2VR5A 5D9NA 1D3CA 1W1YA 1WDSA 2JF7A 4EANA 1K9DA 3ARQA 2O9TA 3VIFA 2W67A 2EEXA 2J75A 2G41A 5I23A 3VIJA 3VD5A 5JBDA 5CQ1A 1BYAA 3ZT5A 3GBDA 4A3HA 2WYSA 1J12A 2DIJA 3F5JA 1VFOA 1BYBA 1XH0A 3OIHA 1BYCA 1W3LA 4B16A 1E3ZA 4JKLA 5A6SA 1UD4A 1KB3A 4Z2HA 4N0RA 3W28A 1QBBA 2PC8A 2XFFA 3KEHA 4P8WA 1MQPA 4MB3A 5ABGA 1OM0A 5I79A 4V27A 4J7RA 3ARSA 3WDRA 2XWEA 2WBKA 4OKDA 4HA1A 2BY2A 4AD3A 5C70A 1E4LA 1ISWA 2OYMA 3WNOA 1G1YA 1B3VA 2PWEA 3IK2A 3VGEA 3TTQA 1QPKA 1W1VA 3CZLA 1ZJAA 4IISA 2VX6A 4AD4A 1TCMA 2J7FA 1MVYA 2WHLA 1W32A 2X05A 5IHSA 2WVVA 3ZM8A 1BG9A 3GXIA 3K8KA 2GVYA 1JDCA 2PWHA 1HJWA 3CGTA 1UR0A 1KGWA 3VDCA 4W5UA 2VJXA 2BXZA 4PMRA 2ZWZA 2BVTA 1TA3B 1E56A 4DM1A 3KWXA 4D1JA 3RO8A 1UZ1A 5CSUA 4U2YA 5I2UA 4ACYA 3WF4A 2E40A 2XG9A 2XVPA 3RJXA 1CBGA 3AJ7A 5ABFB 1US2A 4XZBA 2D22A 3TTYA 4CD7A 1MW1A 1HP4A 2XUCA 4UFHA 1LL6A 3AS0A 2YL5A 3ARPA 3VILA 4DUXA 1W9PA 3TTOA 1EGZA 1DWFM 1MXDA 2DT2A 3SEPA 1PIGA 2D0HA 3AICA 4AD2A 2J7BA 3PHAA 4H04A 2V3GA 2GUYA 3A3HA 3A47A 5D9PA 4Z2IA 2D24A 5FL0A 3ZR6A 1UR4A 3PTQA 3VU2A 3CTTA 1YHTA 2YLAA 5DT7A 2E8ZA 1HN1A 1OIFA 1ECEA 1EO7A 2CEQA 2XGBA 3LMYA 3L4TA 4CGTA 3SCQA 3M07A 1UKQA 2AOSA 1E0VA 3FHAA 4X9YA 3WNKA 3NIYA 4YN5A 1UKTA 5HBFA 1V08A 1GORA 3AHTA 4H8VA 1FP9A 5D9MA 4AIEA 4AZ5A 5BXPA 4S3KA 1R8LA 1X6NA 3VGBA 3AMCA 3SCSA 4DWSC 3KE0A 3AIEA 5BCAA 2YDSA 2E3ZA 1Y7VA 4MNLA 4F9DA 4KRTA 4Q22A 5IXEA 3W0KA 4MAZA 5M5DA 2CBVA 1UD3A 1GHRA 4UQ9A 5A8NA 4UTFA 1OT2A 2YL8A 5A6AA 1ISYA 1E6SM 3L2MA 1V6UA 4A4AA 5CLTA 3UG4A 3AI0A 1C3FA 3PZQA 2W62A 3VDAA 5BXSA 3GTNA 5DF0A 3T2QA 4YPJA 5IFPA 2F61A 3W6LA 2ZUUA 1DP0A 2OSYA 3BAIA 4GXPA 4V2XA 4AD1A 4B15A 1XGZA 1CGUA 4CCCA 1J01A 1GQIA 5D4YA 3WY1A 2CBUA 1NWSA 1MW0A 5E9AA 1G0CA 1W2PA 3GXMA 4OZOA 1CPUA 1F4HA 4CD4A 2ZUTA 2ZXAA 1CIUA 4OOZA 1CXFA 3GNPA 2ZX9A 2GSJA 3AHXA 5KZ6A 4J3XA 1G9HA 2GFTA 1KWKA 3VKKA 5A69A 3CUIA 4W93A 1HKMA 4UFJA 2UY2A 4HMEA 3N9KA 2DIEA 2YA2A 3AZTA 3ZMRA 1PAMA 3N17A 2A3AA 4JFTA 1RP8A 1W2VA 3GNRA 4B3LA 2PWDA 4HPHA 1CXEA 3FNDA 2WPGA 4ATDA 2QV4A 1E55A 2YOCA 4HU8A 2EPMX 2JIWA 3AIVA 2J78A 5A6KA 1J11A 1UG6A 4LGXA 1NP2A 1J0IA 4AZBA 2FHFA 1MYRA 2VRQA 4TUFA 1ITXA 3SCWA 1KXQA 5FOOA 4AIOA 4ACZA 2WCGA 3U7VA 5LA2A 4L4OA 4NRSA 2XSBA 4EE9A 2DH3A 1OIMA 2QLYA 2YKKA 2J77A 2J7DA 1KXHA 2DH2A 1V6WA 1W3JA 4U3AA 4UZUA 3WBAA 2CHOA 3AHVA 4ZFMA 3RIKA 3TONA 4D6EA 1ZJBA 2BVYA 4ZENA 1OGGA 5HDRA 3PZ9A 1QW9A 3B9AA 1W91A 1JYNA 2ZIDA 1CGXA 4QFUA 1MW2A 1JXJA 2V38A 3MS8A 1G01A 3U57A 2WZIA 1DWJM 1FHDA 3TP4A 1AQHA 1SYTA 4UQDA 4AYSA 2YBUA 3A6OA 3U5UA 3AIRA 4PCTA 5A2CA 1FHLA 1KR1A 2WHMA 3WD2A 1FOBA 4D6GA 4BF7A 1H0GA 4GI9A 1VJZA 3VGFA 1DWIM 3OGSA 5E0FA 2CCRA 3THDA 3ZR5A 2VX7A 2WVUA 2JF6A 3K1DA 4M80A 2EO7A 2B31A 1UWSA 3GM8A 2XPKA 1UA3A 3AXIA 2J7GA 3PTKA 1O7AA 1V0LA 4TXEA 4YHGA 3KL3A 5HNNA 3VIMA 1EOMA 5A2AA 2CBJA 1X1NA 2Y4SA 4AZHA 3AISA 3WF0A 2WHJA 1H1NA 1UUQA 2G3IA 2AMGA 1V3IA 1K9EA 2EPKX 1KFWA 1UR1A 3VIKA 1G94A 3CUFA 4U5KA 3WD4A 1NWRA 1BSIA 4P7QA 1WP6A 4BQ2A 4B3KA 4CN1A 1ZL1A 3A4XA 3OGRA 1R86A 1OD0A 4GZEA 1GJUA 2WMFA 3OGVA 3L4ZA 2OSWA 3VX1A 2PWGA 3GH7A 3MMDA 3SUTA 3DYOA 1LQ0A 1ZBWA 4GIAA 2FDMA 5A8QA 1LG1A 4ZEPA 4W7VA 3W27A 3BAXA 3NDYA 4PMQA 1UH3A 1VAHA 3GBEA 3T2PA 4WF7A 4QLKA 2E9LA 3SIMA 3VGHA 4GPNA 3CLWA 2WZEA 2VURA 5A6MA 1B2YA 1NOUA 3MSGA 4XZWA 1JDAA 3L2LA 2X8RA 3W81A 4GO8A 1NM9A 4WKAA 2XM2A 2UY4A 4NZCA 3CZGA 4JKKA 1GZJA 4GKLA 3WENA 1XHGA 4PMUA 2ZWYA 1C8YA 3NUKA 1B1YA 2E8YA 3ARVA 1K6AA 4OIFA 4AZCA 3D3AA 3VM5A 6CGTA 1ZU8A 3VIIA 2GJXA 1JYXA 2W91A 1JAKA 1UR8A 2FHBA 3VD7A 2J7EA 3F4VA 4U31A 3AIBA 3ARTA 5CPQA 3LPGA 3LPPA 1V0NA 3CHFA 3WMBA 3M46A 4N42A 3S6TA 3DYPA 5DEZA 2VT0A 3U7BA 2ZXQA 1QHZA 4LX4A 1V3LA 3AQUA 5GNYA 1BF2A 1OD8A 3NJ3A 1KXTA 1MQRA 1J0ZA 3PTMA 4J3UA 4CCDA 4NI3A 1IT0A 4CD5A 4ZXLA 1VB9A 3T09A 2Y8KA 3MV01 1FH7A 2WZHA 1B0IA 1OBAA 4AD0A 1VRXA 4C7DA 3WDPP 3KL0A 4F79A 1B90A 3E1F1 5E6YA 4QCFA 4Q7NA 4BQ5A 3SUSA 4P7NA 1WZKA 4HP5A 1PPIA 3ZOAA 3T0BA 3UEQA 3TA9A 1XRVA 3N12A 3HU7A 4CUCA 4XX6A 3II1A 3VDHA 2WSKA 5A3HA 2WXDM 3J7HA 1FFRA 3T0AA 2ZICA 1WPCA 2XWDA 2FGZA 1V02E 2VOTA 1N82A 4AC1X 3WD0A 4E8DA 1HL8A 1GUVA 4BZYA 3ARZA 3L4UA 3OLEA 2BHYA 2UY5A 3IJ8A 1QVBA 2EQDA 4YHEA 1ZBCA 3ZT7A 2WWDA 4GQRA 2VL4A 3I3EA 3W24A 5A6LA 4AISA 4GINA 1UWRA 3G6MA 1F4AA 1U30A 3N15A 2QMJA 3OLGA 4AWEA 5FL1A 1VF8A 4Z2KA 2WCAA 1KR0A 1XSIA 5GPRA 1B9ZA 2C8NA 3AXHA 1QI5A 1HXJA 4JZ5A 1XYFA 3U5YA 1FH9A 1QI3A 4Y7EA 4TVDA 1XSJA 4PMVA 1HKIA 2ZXBA 1QNOA 2EXOA 4UNIA 3W29A 5JBEA 1VFMA 2A3HA 1LJYA 5E6ZA 1AVAA 2BXYA 4R27A 2VQTA 3OB8A 3IANA 3WQVA 4TX6A 5AC4A 2D1ZA 5CGTA 2BHZA 4PTWA 2VCAA 3AHZA 3PN8A 1B31A 2JFEX 4UZSA 1QHOA 3FAXA 1HP5A 3DECA 5HOSA 4FLRA 4E2OA 4D6CA 3WD1A 1JD9A 4UFLA 3D5HA 3WF2A 2RGLA 2JEQA 3CZKA 2J47A 4GZIA 1GOMA 4DWSB 3EBVA 1CXKA 1C93A 1PX4A 1H2JA 2RGMA 2E4TA 2OLHA 5CG0A 2NT0A 2F8QA 1UD6A 1AQ0A 3DYMA 3WEMA 2Y5EA 2BV9A 3WUBA 1SFSA 4H2CA 1FH8A 4HTYA 5CSYA 1XSKA 3WL1A 5BWFA 1E4NA 4GZJA 4FLQA 3O9NA 3VOCA 3L4XA 3QOKA 2Q8XA 1GPFA 2X1IA 3L4VA 3CUJA 5BYWA 1E6PA 5LYRA 5A8PA 1HVQA 5HXMA 1CLXA 1GOQA 4X0VA 4W7WA 4EAMA 1GCYA 2A3EA 3PZVA 3AMGA 2WVSA 1GHSA 3POCA 4URIA 4PRWA 4HOWA 5IHRA 3NYDA 4UQCA 7CGTA 1TR1A 4V28A 1B3XA 3BSGA 3BGAA 1NWTA 1LWHA 1Q6FA 2XM1A 2DSKA 5EBAA 1LF1A 4BCEA 1UD2A 2ZOXA 4KGLA 2J7HA 2ZX8A 3GNOA 2VZSA 3PBGA 3T08A 1LWJA 3MUY1 1JZ2A 3ZJ6A 1CGYA 4E8CA 1H3GA 5BRPA 2VX5A 2O9OA 5A8OA 2YL9A 2WBGA 4UR9A 2XTKA 1BYDA 3M6DA 2VZUA 2BHUA 3VUPA 1XH2A 1HKJA 2X09A 1BVNP 3AIWA 3PZGA 5ABHA 5HPCA 2EBNA 2WLZA 1GW1A 2ESCA 3MUAA 1E5NA 1VEMA 2XVKA 4CVUA 1MWOA 4PSPA 4HOXA 1HVXA 3SCUA 4W5ZA 3CBWA 2PBOA 1XCWA 1XH1A 4HZ6A 4HPGA 3EDJA 4W87A 1L0PA 1CWYA 2VVSA 1E72M 4UOQA 4W88A 3AHYA 2G3NA 2WLYA 4UFIA 1CZ1A 4PMXA 3W38A 1JFHA 2CYGA 3RDKA 4KH2A 2D3NA 4R5EA 1CGVA 5D9OA 1A3HA 5BXTA 3LPFA 1E71M 1FP8A 1WKYA 1E40A 3ZSSA 2F2HA 1EOKA 1P6WA 2J25A 3AIQA 2EPLX 1KCLA 1C7SA 3CHEA 1UD8A 3BMWA 2VNCA 2OYLA 2VC9A 1PZ2A 4KGJA 4KRUA 1JGIA 2CNCA 1OT1A 3BSHA 4W86A 3VTRA 4ZXOA 3EDFA 4JCLA 4M82A 3CZEA 4WSJA 3WNNA 4ACZB 5JIWA 3SCRA 3SUUA 2V3DA 1EDQA 4BQ4A 1LL7A 3WUFA 4FLOA 4JL2A 1H11A 5EB8A 1BFNA 4QDMA 1EO5A 1VENA 2Y2WA 4BQ3A 2ZE0A 2PI6A 2OSXA 1L8NA 1MFVA 2DQXA 2WKLA 3DHUA 3CUGA 3PZUA 2VTFA 1EQCA 1MFUA 3I3BA 1KWGA 4MB4A 3G6LA 3ALGA 1CTNA 2VO5A 4PTXA 3WDIA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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5CPQA

Total Genus

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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