5CSS | Genus

Total Genus 70

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	70
sequence length	214
structure length	214
Chain Sequence	MYTAIVNLKTYREATGANFTRFMEKFEPVQGKFELIFSPSLLDLEKAAKCGKFRFFAQHVDAEPYGAYTGHVPMDMMIDLGITGSILNHSERRLPRDTIINTLKKASKLDFTIVLCVENAEEAKYFREYEPDFIAYEPRDLIGGDVSVSTAKPEIIEDIVKIYEGTGTSVLVGAGIKTGEDVRRSIGLGARGILVASGVVKSADPTKSLNSLIE

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Structure and Stability of the Dimeric Triosephosphate Isomerase from the Thermophilic Archaeon Thermoplasma acidophilum. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Triosephosphate isomerase
molecule tags	Isomerase
source organism	Thermoplasma acidophilum (strain atcc 25905 / dsm 1728 / jcm 9062 / nbrc 15155 /
total genus	70
structure length	214
sequence length	214
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date	2015-07-23

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00121	TIM	Triosephosphate isomerase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	5cssA00

2DP3A 1M7OA 3AJXA 5CZSA 3G1FA 1LORA 3LX9A 4M19A 3IVSA 5EA9A 2HSAA 1WBJA 3HGRA 3G0SA 3LCHA 1TIMA 4DELA 3W1PA 4EWND 4NJIA 2CLHA 1ZCOA 5HR6A 3C61A 3I7QA 4UCGA 4Q32A 3CIXA 5F1VA 1G4PA 3THQA 1OYBA 4UNKA 3DKLA 1QFEA 1FX6A 1XBXA 2E6DA 4A21A 1G4SA 4LVDA 1GTHA 4ALDA 3TSMA 1TPVA 1SZGA 3CC1A 1TPWA 2TYSA 3M16A 1ZAHA 4BWLA 3M9YA 4JGDA 1TSIA 1VGAA 2NX3A 3ANYA 5F4WA 2ZRWA 1SW7A 1TREA 3G1AA 2B7PA 4JDYA 1FCQA 4O0ZA 3M0ZA 4GWEA 1F73A 4M6VA 5FF4A 1KTBA 2GQ9A 4FX8A 3DENA 3NG3A 2W6RA 4UFHA 3P67A 4N9BA 3V75A 3C4UA 4OQVA 3I7SA 5FF2A 3PBWA 4O1AA 3NQ2A 1L6YA 3FEMA 4JIPA 1SW0A 1AG1O 1TQXA 3TIMA 5CPMA 4ADSA 1F6PA 4RZ6A 3LOTA 5I3KA 1TPUA 3LLDA 1DJNA 4ZQMA 3KVLA 5D2TA 3USBA 4NNAA 1XI3A 3ABRA 1OFEA 1YXCA 4JEQA 2KZHA 2P1FA 3GNNA 1IXQA 2EKCA 2FLIA 3SJ3A 1T8XA 5AHEA 3WK2A 3KRZA 3W07A 1ALDA 2CLLA 4WX2A 4HNUA 5F2LA 3FOKA 3MP4A 3QMTA 2ZRUA 4YXGA 3NOEA 1J5TA 1TTQA 3A9IA 5DCDA 3DFSA 3W75A 3EWBX 5AYZA 1PHWA 3TUUA 1KV5A 1D9EA 1HL2A 1I2NA 1O4UA 3S5YA 3LRKA 1FWTA 3O6YX 3P7YA 1YYAA 4AWTA 4R34A 3S5ZA 5D38A 2ZZ4A 2G95A 2E6YA 4MZYA 3W22A 4MJZA 1R30A 5AHFA 1WOAA 1I45A 3RMJA 1FUYA 1KM1A 5A8GA 3SSJA 1YDNA 1EPXA 4BWLC 4O12A 2V9DA 4WY0F 5IM51 5BRBA 2Y61A 5LNRA 3LHYA 3NL3A 5C54A 1NSJA 2A4AA 1OF6A 2X30A 1M5WA 2CLEA 3GVGA 5BW6A 4MLJA 3S8HA 4JD4A 4S2CA 1JCMP 4AHOA 3W2JA 1SPQA 2C16A 1W5PA 1FWNA 1F76A 4A29A 3TMLA 3VCRA 5BNKA 4KFNA 4XTDA 1IGSA 3MYPA 3W1LA 4LUIA 1EB3A 4UMCA 4YCPA 4UFJA 1KM6A 3W7LA 1FBAA 3QZEA 4O15A 4S1FA 4X2RA 3R13A 1NF0A 3BLIA 4L4MA 5IBXC 1DQXA 3C52A 2Q8LA 3UWUA 3A23A 4GUFA 2DU2A 4RZ5A 4LVGA 3W3OA 5K7JA 2C13A 1Z48A 3DHFA 2VKZG 3M5ZA 2Y7GA 3MO7A 2FPYA 3NAVA 4EOUA 4ZQNA 4CQ8A 2WQPA 1KM3A 3W7MA 3NEVA 4UTTA 4XWUA 1DVJA 1EWDA 3BVJA 1OFAA 3W7GA 3TW7A 4FEZA 4AVFA 4DO4A 1SO3A 4M5PA 1ME7A 3LM7A 3UZ5A 4HN4A 2HS6A 1OK4A 3LTPA 4JTLA 1A5AA 3QW3A 4LOCA 4TO8A 5CSSA 2J9ZA 1UB3A 3CTLA 1HFBA 3G22A 1MSSA 1AL8A 1UASA 2H6RA 3EWZA 5FEWA 1S5WA 1KFBA 2X2GA 1DKWA 4GE8A 4RLIA 4X9SA 3EXSA 3TSDA 1OJXA 4QNWA 1DOSA 4FIRA 4A2RA 3F03K 1XFBA 3W71A 3W7NA 1VLWA 4FF7A 1K03A 4K7YA 3UPBA 2ZTKA 3PUEA 1ZY9A 3FJLA 2J9YA 3P62A 2Y85A 4JIQA 3R5EA 1B4EA 3L67A 3C0JA 1RPXA 3HMJG 1YPFA 1FWRA 3L5AA 4S2BA 4Y90A 1ML1A 3HG4A 4HT3A 2J24A 3CWNA 3I68A 4KKXA 2QJGA 2R91A 4WZHA 3NL2A 3WJWA 4MZ1A 3UQNA 3GXPA 1GVSA 4JX6A 3KOFA 5EPDA 5C2XA 1EEPA 3WFAA 4UR7A 3OVRA 3LDVA 2C6QA 4IJBA 4L4LA 2E77A 3W7JA 1CX9A 4Z0SA 2FB3A 4N4QA 1FCVA 4NVTA 3TSBA 3TQ0A 1TYGA 1AMKA 2DZSA 1QNVA 2QCGA 2BSLA 4D2JA 1L9WA 1VLIA 3LCWA 3S1UA 4K8EA 2A7PA 1LOSA 5G2WA 3NDOA 3E0IA 2DZVA 4LV4A 1RVGA 3L0NA 3L0KA 1O5XA 2QCDB 4IOTA 3M7WA 5K4XA 2ABAA 3QPZA 2ABBA 3TXVA 4M6QA 5EMUA 4CLMA 1DV7A 2WSQA 3BGJA 1EX5A 2QCDA 3BW2A 3L65A 1RQHA 2NX9A 1MEWA 3G1XA 4IPIA 4N4PA 4LTSA 2GQAA 3KRUA 4GUJA 3TROA 4K8HA 2P0OA 2E5BA 5DY2A 1NVMA 2QCMA 3MI6A 3KRSA 3EWWA 2V5BA 1IXPA 2BXVA 1JCNA 3BLEA 3NQEA 1XDMA 3HF3A 1AW2A 1GWJA 2E5CA 6ALDA 3SW6A 4Y96A 1OK6A 1MEHA 4BFAA 2OZ0A 5KZDA 4R7JA 2TRSA 3HG2A 2OCZA 3NXFA 3UWZA 5J5DA 6TIMA 1W0MA 2OJPA 3TA6A 2EAWA 3G24A 4JYEA 3LHTA 4JX4A 3U6WA 1HUVA 1KFKA 3STFA 5D09A 1R2RA 1F05A 1TPFA 3W83A 4Z1AA 3ATYA 3W85A 3UWVA 3GDLA 2PRLA 1GYNA 3TJLA 3LCIA 4GUIA 1B9BA 3PWAA 5K4ZA 2WNNA 2VEMA 1X8FA 3JS3A 4M6PA 1SO5A 4MY9A 4XBKA 4MLRA 4PL2A 4AF0B 3MW7A 1H7RA 7TIMA 3C3NA 1A5BA 1LOQA 1OABA 1VC4A 3W86A 4IQLA 3IRDA 3Q58A 3DFPA 4AAJA 1KA9F 2Q3OA 2YW3A 4O11A 1PCKA 3LXBA 3W84A 4LVFA 1JCYA 3PSWA 2V30A 4POCA 2NUXA 4AEOA 4O8RA 3S42A 4G1KA 3L5MA 3M1ZA 2CLKA 2V2HA 4QAIA 1QOQA 1J4EA 4JTKA 2XN1A 2V0TA 4PCFA 3TR2A 1JRCA 5HUPA 3G1HA 3PBVA 3RK8A 4CQ9A 4U4MA 4FNPA 2VFHA 1VS1A 1XDLA 4IX2A 1F2JA 1ZENA 1C9DA 1GTEA 4GUHA 4IGHA 3W1NA 1VRDA 4KFPA 4LNYA 1OX4B 2OMAA 1TMHA 4E2BA 2VOMA 2D73A 5FESA 1SO6A 4ONVA 1YDVA 1Z41A 2VEPA 4ADTA 3PSVA 1SZNA 1HO1A 3L68A 4WJEA 2NWSA 3NZ1A 1F6KA 4DF2A 5BMXA 1LLWA 4XKYA 3WK1A 5KITA 4A3UA 4GNJA 5GVJA 3KAOA 1TV5A 3LTSA 2YXGA 3MHFA 4K7VA 2ZQ0A 5I3IA 3IIZA 1SU5A 1TRDA 2EGZA 3EB2A 3WJXA 4YLWA 1ONRA 4IXHA 4X22A 5F1UA 1MZHA 5KZMA 1QO2A 1O60A 3W73A 1UUOA 1L6SA 5HR7A 4WOZA 5HJLA 2EF9A 1YDOA 4O17A 3O06A 5DLCA 4NT0A 4MY8A 4UTHA 1XM3A 4OU1A 3GB6A 3IEBA 1ZAJA 2CZDA 3DXIA 3GX9A 1G7VA 3RU6A 1H60A 1KV8A 4IX0A 2ZFAA 3B05A 2R8WA 3DFOA 2C18A 2NXHA 2Y62A 4B5NA 3DI0A 3STCA 3S6DA 5DY3A 4RX0A 2C14A 1JUKA 1TTIA 3FA5A 4OE7A 2EPHA 4LW7A 3UNDA 4DF0A 3G0UA 2QR6A 3WJSA 5EYWA 2E1DA 3MUXA 2B7NA 5CPOA 3EX1A 3B0UX 3EKLA 1Q6RA 1MEIA 2QCCA 5K3VA 2ZTJA 5KSWA 1KFEA 2VEKA 4HIBA 2A85A 2DZWA 5FF7A 3O15A 5H91A 4NJHA 3C2FA 4UTIA 3NPWA 2QUUA 2ISSA 3IGUA 4GJ1A 1VHNA 1DBTA 3P81A 1FDJA 3LLFA 4KWVA 2GQ8A 4DXVA 3TW6A 5LNUA 1TB3A 1KTNA 1Q6OA 3KVMA 1X1OA 1BWKA 3QYQA 4ML9A 3GYEA 3BG9A 2BX7A 2CLOA 3QMSA 3VNDA 3P82A 4EVZA 2PCQA 4FIQA 2ZBTA 1H1YA 1YADA 4UTLA 2B7QA 3STGA 1VYSX 3NL6A 1VHCA 2FJKA 3O16A 1K02A 1QMLA 3OIXA 3TH6A 2I14A 3FFSA 2BTMA 1JR1A 1XBZA 2CLIA 4TU1A 1VH7A 3JR2A 4JN6A 3PVFA 4C1LA 1H7XA 3LCXA 4MZ8A 2A7RA 2C19A 3EWYA 4LVBA 2GJNA 3HPXA 1GVQA 3PF3A 4Z1CA 2R14A 1KBJA 1Q3NA 3DFTA 2RDTA 1LDCA 1TV7A 3NL5A 3HB9A 3H54A 1I2OA 2GOUA 4FNUA 4XTIA 4NZJA 4ZQOA 5C55A 1W3NA 2J88A 3ZR4A 3HGJA 5IBXA 2Z6IA 4UNLA 3FIGA 5E93A 4JR5A 1J2WA 5EL1A 4Z08A 5HUOA 3PBYA 4JY8A 2JKAA 1RR2A 3B0PA 4JTFA 2IQTA 3O6DA 1O95A 3M6YA 3A5VA 1KFLA 5CPNA 2QAFA 4PEKA 5T26A 3SY5A 3P8IA 2CWNA 2A5HA 3P74A 4H6KA 3W7KA 5TBOA 3QFEA 3NQDA 4AHQA 1O94A 5D30A 1A5SA 1JCLA 3BARA 1OF8A 1EIXA 5LGXA 2XFWA 2YR1A 3ABOA 3MYOA 3N2MA 3MJYA 3UWWA 3FYOA 4DO5A 1JRBA 5HQEA 3A21A 4TMBA 4YCOA 3CEPA 1KLYA 4IMDA 2R94A 4MFDA 4NXSA 5D02A 2GVGA 3QW4B 3LRMA 4O13A 3GZ3A 4FNQA 1P4CA 2PRMA 3NQGA 3G1DA 2QDGA 5D2YA 3W7IA 3W1UA 3HOJA 4QNEA 1O5KA 3VKJA 3G18A 4UFMA 1G67A 1R47A 1XC4A 2Y63A 3PUOA 4UFLA 1OFOA 1NEYA 1R2SA 3T40A 2JKEA 4JX5A 2PURA 1H51A 2H3BA 4EF8A 2E09A 5C6MA 1IXNA 4OT7A 4Q4KA 3I6RA 2YW4A 2YYUA 1PVNA 4HKPA 1ZFJA 5DCEA 1ZALA 4CCDA 3C8FA 2A6NA 3GAYA 4ZL1A 5G1TA 2NUYA 1DHPA 1JJKA 3QPYA 4DEFA 2X16A 2DJLA 3SFKA 2ALDA 2GJLA 1K8YA 1W5OA 3S5NA 3C56A 5LGZA 3BG3A 1RZMA 4NNCA 4BK9A 4MVAA 3M44A 1JCJA 1WX0A 3T7VA 3N3MA 4H3DA 4IMCA 1SFJA 4AH7A 2WSRA 4DF1A 2A6LA 3NQVA 3P84A 3W1TA 3BW4A 4GC4A 5LNVA 3N9RA 5BMWA 2WNZA 3UZJA 5L9FA 3GXTA 3W74A 4DPQA 1KLZA 1SZFA 4I9AA 4ZQPA 2TSYA 1OX5A 2V2CA 1PL9A 3Q94A 4M7TA 1GJPA 4RXGA 1OFBA 3NYZA 2VFDA 2ZRXA 5I3FA 3C2RA 1ICQA 1QCWA 4UTWC 3OG3A 3W1XA 4LRTA 1YLVA 3NZRA 5FF0A 3HO8A 3L21A 4AHPA 4O52A 4O14A 1TTPA 3UXAA 3M41A 2DZTA 3CLMA 4CNPA 4DQWA 2C15A 4Y9AA 4Z1DA 3WK0A 3SGUA 3EXTA 2ZDRA 4ZVJA 4JTJA 1PE1A 1U5JA 2CFFA 3NQ7A 4CCCA 2QUTA 4AXKA 5AB3A 4Q33A 3TJXA 3LHZA 2V81A 3LCGA 3B0VC 1GVRA 1SFLA 5AYXA 2J27A 3B06A 3GKFA 3IIXA 4WUIA 1D3HA 1S5TA 2G97A 4FNSA 3NO5A 1W3IA 4UTJA 4NNBA 2C3ZA 1H7WA 4PTNA 1TCDA 2QCNA 2NV1A 3QH2A 3O05A 1EA0A 3HPSA 3G1SA 1QPQA 4NQ1A 4GRSA 2ZCGA 2Q8ZA 1T99A 3G3MA 3TC7A 3IIVA 2Z0IA 4FXSA 1FXPA 3QRHA 4PL1A 2ATSA 2QDHA 5I3HA 2FPVA 1OVDA 4UMBA 2NWRA 3Q2DA 3P5YA 4R33A 2NXIA 4O16A 4ZQRA 4JY9A 1GG1A 3W7PA 4ZQCA 2YPIA 4MYAA 4O4VA 4UXDA 1W5NA 1XBYA 1RQBA 3VFLA 1PS9A 1BKSA 3QF0A 1FWWA 3KXQA 3W2KA 3THAA 3GKAA 1K7XA 1WOBA 4JTHA 3PAJA 1A5CA 3EWUA 4N9EA 5AC6A 2VFGA 3W70A 1LP6A 4RZ4A 3S1WA 3TE9A 5G2HA 2YGYA 4LU0A 4RKAA 2ZZ5A 5G5IA 4O0KA 5LSMA 5MHBA 5J5RA 1KM0A 4QISA 3LI1A 3W88A 1P0KA 2AAMA 3NPXA 1OX6A 3DFQA 3CIWA 2WO5A 1K8XA 5LHFA 1W5MA 2VXNA 1QR7A 1W1ZA 3S0CA 4LVAA 1XXXA 4WXYA 1LRNA 4FB7A 4JTTA 5AHIA 5TQLA 5AHLA 1SQ7A 3S1XA 1UBSA 3PUDA 4NJKA 1JUEA 3BLFA 3IVUA 3NQCA 4O1DA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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