5CZ0A

Neisseria meningitidis 3 dexy-d-arabino-heptulosonate 7-phosphate synthase glu98ala variant
Total Genus 122
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
122
sequence length
334
structure length
334
Chain Sequence
KELLPPIAHLYELPISKEASGLVHRTRQEISDLVHGRDKRLLVIIGPCSIHDPKAALEYAERLLKLRKQYENELLIVMRVYFAKPRTTVGWKGLINDPHLDGTFDINFGLRQARSLLLSLNNMGMPASTEFLDMITPQYYADLISWGAIGARTTESQVHRELASGLSCPVGFKNGTDGNLKIAIDAIGAASHSHHFLSVTKAGHSAIVHTGGNPDCHVILRGGKEPNYDAEHVSEAAEQLRAAGVTDKLMIDCSHANSRKDYTRQMEVAQDIAAQLEQDGGNIMGVMVESHLVEGRQDKPEVYGKSITDACIGWGATEELLALLAGANKKRMAR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title NmeDAH7PS E98A variant at 2.5 Angstroms resolution
rcsb
molecule keywords Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase
molecule tags Transferase
source organism Neisseria meningitidis serogroup b (strain mc58)
total genus 122
structure length 334
sequence length 334
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.5.1.54: 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase.
pdb deposition date 2015-07-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00793 DAHP_synth_1 DAHP synthetase I family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 5cz0A00
1LZOA 4LVGA 1F74A 4HIBA 2A6NA 3TE9A 5HR6A 3W1PA 3MWAA 1VLWA 2ISSA 1FCBA 2O7SA 1GYNA 3A24A 5HWNA 1H7RA 1NF0A 3R2GA 3O16A 5CSSA 3QH2A 2GUUA 5EBUA 5EY5A 3NDOA 2VFFA 5D02A 2YYTA 1RV8A 4HKPA 1GPWA 2YYUA 1LRNA 1F6PA 5G5IA 3CM4A 2FPTA 2RFGA 3STGA 4KKXA 3W2KA 4ZQCA 4CNNA 1LCOA 5EYWA 4QM1A 1LORA 4LUJA 3CEPA 4JGDA 1A5BA 2V2CA 1H7PA 2B7PA 3IIZA 1WDWA 7TIMA 5DLCA 4Y9AA 1SR9A 5T26A 5FESA 1TTQA 4IPIA 3ANYA 1OX5A 2B7NA 2DZUA 1F2JA 2IQTA 2ZA3A 1Z41A 5HWMA 4JTLA 4QITA 3QQ1A 2CFFA 4RKAA 3MBFA 2NXHA 1BWLA 3OVQA 2J27A 2BZNA 1G4PA 2HTMA 1A5AA 5LNWA 3B4UA 4Y96A 2PRLA 1K02A 3UYCA 1JRCA 4YL2A 3LLDA 3TSBA 1KTBA 4WOZA 1KFCA 4O1BA 2AGKA 4JTIA 1TQJA 1VQTA 5I3GA 4FF7A 5G2IA 4ORMA 1RVGA 1U5JA 2CLHA 4NXSA 4O57A 4GUIA 3P84A 5HNRA 1PS9A 3L9CA 4NX5A 2TYSA 3IGSA 3GB6A 2B7QA 3G1SA 3QMSA 2I9EA 1ONRA 1TPUA 5KITA 3VI2A 4UTTA 4CLMA 3W7GA 4PC8A 3E02A 3TMQA 4X3ZA 2KZHA 1H7XA 5AYZA 1FDJA 5BOOA 4KFOA 4RK8A 2YXGA 1LBLA 4QNWA 3C2FA 4DBDA 3IIXA 1F76A 3KOFA 1KW1A 3ABRA 3NM1A 5AOUA 5F2GA 3PAJA 1GG1A 2X1TA 5HJLA 4K37A 2BWGA 4Z1DA 3O8AA 1S5VA 5C5YA 3W1MA 3GAKA 5EL1A 3PULA 3PB0A 2NUWA 4ADSA 3M6YA 3GNDA 4XBKA 3W2LA 1VCFA 1IXOA 5U4NA 2Y7EA 2F84A 2YSWA 1R30A 3MUXA 3DKLA 4UMAA 4UR7A 1VH7A 1PCKA 1I4NA 3GLCA 4RX0A 4A3UA 3W1RA 3VNDA 4O53A 1JVNA 2DZWA 1H7WA 1TPDA 4FNTA 5K7JA 3NOEA 5AHNA 4DF0A 1DHPA 3DFSA 3QW4B 1VYRA 2TRSA 1TTIA 2E5BA 5TQLA 2EF9A 4FNRA 1LOSA 4UTWA 1YTDA 3G1AA 2QUTA 4O17A 3L65A 3P81A 3SFKA 1DQXA 3BK0A 4Z1CA 3G3MA 3TW7A 3QW3A 1B57A 5L9FA 3SGUA 3W7MA 5LGXA 1Z42A 4ZQPA 3QMTA 1I2RA 5KINA 2Y61A 4O10A 3W88A 5K4ZA 1KFJA 1FX6A 1PHWA 1SW0A 2TMDA 1G69A 1FXPA 2QAPA 1TJPA 3NL3A 2QKFA 1BWKA 1P4CA 2E68A 3STFA 5J5RA 3O63A 3PSWA 3D0CA 3P74A 4NJJA 2Q8LA 4LWWA 2NUXA 3TAOA 5C54A 4MJZA 1JRBA 4AF0A 2C13A 2TSYA 3NQFA 3EX2A 3C61A 2QCHA 2ZTKA 3UWVA 2G95A 4Q4KA 1O4UA 2P10A 5G2WA 2VEIA 3STEA 3GXTA 3P5YA 4BWLA 1W5MA 4YXGA 1SPQA 2JGYA 1LM1A 3C52A 3S5OA 1QOPA 1U83A 3F4NA 3W1LA 4PCFA 3EX6A 1W1ZA 4WOQA 4S1FA 1X1ZA 4JTJA 3C3NA 3W2JA 3LXAA 1JCJA 3PC0A 5HMSA 1K8XA 3QMRA 3OVPA 4NXKA 1EEPA 3DFNA 3I7RA 1LROA 1W8SA 1KM6A 5D2VA 5H91A 4DO6A 2DORA 3UD6A 5K4XA 1XDLA 1TPWA 3EB2A 4EVZA 1YLVA 3IRDA 1XXXA 3TW6A 1WBJA 2B0MA 3N19B 4YCOA 3G1DA 1SZGA 3FIGA 4K6AA 1FWWA 1A50A 4HNVA 2BXVA 3NO5A 1FY6A 5AFDA 1UUOA 4H3DA 2ATSA 4YLWA 3GDKA 2OCZA 3PUDA 4GUHA 3W1AA 2NWRA 4GNJA 3GR7A 3O05A 2ZDRA 3N9RA 2W6RA 4GUGA 3LBCA 1CW2A 4WXYA 3LHYA 3BPWA 1ZCOA 3UXDA 3NL6A 3H55A 3BG9A 3DHFA 1QAPA 2Y89A 3QF0A 5CZTA 1TB3A 4MY9A 4RXGA 2C18A 1NEYA 4FIRA 2V0TA 3E96A 4FX6M 4GE8A 3RU6A 1EB3A 1MSSA 1GVFA 4E38A 2FFCA 3HG2A 5FF4A 3NVTA 1VGAA 1D3GA 1QPRA 1JCXA 2CWNA 2GJNA 1L2UA 2QDGA 3KAOA 4PFMA 1TRDA 4JR5A 4AAJA 3LCWA 1SZNA 3LCGA 5J5DA 4NJGA 2H6RA 1XCFA 4P61A 3W22A 3LB0A 3UPBA 1TPH1 3MP4A 3W87A 1AL7A 1YADA 5K2ZA 2E6YA 3O6YX 4DO4A 1MO0A 3GKFA 4O12A 1WV2A 4LVBA 2V82A 1ZFJA 5EMUA 3GNNA 4AWUA 2C16A 3IIOA 4GXMA 4AB4A 4OBTA 4JY9A 4ADTA 5D2TA 1TTPA 1GYLA 4MY8A 2J6XA 2XN1A 5DXXA 4MFDA 3NQVA 3W7LA 4UTMA 4XKYA 2VFIA 3LBMA 4OE7A 4MKNA 1EWEA 1ME7A 2DU2A 2DZXA 4PEKA 4IGHA 1G7VA 3I65A 1JQVA 5SWUA 2Z2UA 4FX7A 1SO4A 3NPWA 3A9IA 4LTSA 3Q37A 2QUUA 1DBTA 3DFTA 3G1HA 5G2HA 2I14A 1MZHA 4GJ1A 2H8ZA 4DBEA 2Y70A 4UFKA 1FWSA 3TC6A 4JICA 4B5NA 1YXYA 4EF8A 2GQ8A 4ZQNA 3HGOA 4JTSA 4WZHA 1P1XA 4ZQOA 4TX9A 2ZA1A 2A1YA 4O4VA 2JKEA 1T99A 3IIPA 4AHOA 2Q3OA 3UWQA 4NNBA 1EA0A 4NNAA 1ADOA 5HQEA 3IVUA 1FUYA 5EA9A 4MY1A 2FB2A 2GOUA 3M1ZA 1J4EA 2J9ZA 3W70A 1OK6A 2JK2A 4UXDA 3OA3A 3HGSA 2Y7DA 1FDYA 4CQAA 3P80A 4CCEA 4LRSA 3CIXA 5D37A 2CZEA 1S3HA 1SFLA 2ZYFA 2PURA 4FHAA 1NSJA 1W3TA 4FXRA 3GK0A 2QCLA 4HT3A 1W56A 4JD4A 4OQVA 3PBYA 2V30A 4TR9A 3KVKA 1OFBA 4FXSA 3PG9A 1BEUA 2E5DA 2ALDA 5DELA 1TIMA 2FPYA 4ZVJA 2H8XA 3BW3A 2FIQA 3N14A 4WQ6A 4K8HA 2ZZ5A 5LZLA 2DJLA 5FEXA 3ZFHA 2PCQA 1QPQA 3S42A 3CC1A 1TV5A 3TQ0A 3QSRA 3HQ1A 4RZ4A 1YXCA 4JX6A 4MYAA 3EWWA 3WK3A 2HMCA 1OFRA 4O4WA 4U4MA 4O13A 1TPVA 1IGSA 4GWEA 1KBIA 3O06A 1W5OA 3STCA 3M0ZA 1P5BA 1H51A 2C15A 4WD0A 3GXPA 3M43A 3H54A 3L5LA 1P0NA 3A21A 3OBKA 4O14A 3PSVA 1KBJA 1T8XA 2A2IA 3PM6A 1TO3A 3V75A 4XTIA 1R2SA 4MOZA 4J9JA 4JDBA 2QCEA 2V2HA 3IGUA 2ZZ7A 4HN4A 3BGJA 4CNPA 1GQNA 2VOMA 1HL2A 3TDFA 5F4XA 1OYAA 3RF9A 4BI5A 3F1QA 1R2TA 3B0UX 3LRMA 4O28A 2YR1A 3LCXA 4FNPA 2CW6A 2ZRXA 1QPNA 1AMKA 3L67A 3MHFA 1K03A 4JYEA 4Z1BA 4BFAA 1LLWA 2ZFAA 3KVLA 4MPQA 4I9AA 1G4SA 5D05A 4NU7A 3NQDA 3B8DA 1DQWA 2QCDB 4UTLA 1QFEA 5FF7A 2YFOA 3WK2A 3DGRA 4FNUA 4TIMA 4JIQA 4N9EA 1I2QA 3KXQA 3DH7A 2EKCA 4M6PA 3B04A 1EP3A 2YPIA 3NQ6A 5LKYA 3M5XA 4QJ1A 2VFHA 1TMHA 5AN7A 3WJXA 1VJIA 1TJRA 3IVSA 3LTYA 4Y8FA 4K38A 5HWJA 2QDHA 2EPHA 2G97A 1ZENA 4UFJA 4WUIA 3FKRA 1PV8A 4O11A 4AXKA 1PHQA 5AC7A 1KM3A 5FEWA 2TPSA 4S2BA 3SW6A 2QJHA 1I2OA 1I2NA 4YWIA 3SECA 3W6YA 2V2DA 4XKYB 2BSLA 3YPIA 1TRIA 1UJPA 1KM1A 2VEKA 2WKJA 2B7OA 5C2XA 2A85A 3N2XA 4TU1A 4O8RA 1SO6A 2FPVA 3BG5A 1UBSA 3EX3A 4OT7A 1TV7A 3A5FA 4PL2A 5LSMA 5LNUA 4HSOA 1JCYA 1MEIA 3UWYA 2QCFA 2H90A 4K8EA 3QC3A 4QNEA 5DY3A 2ZA2A 4O0KA 1FXQA 3MHGA 2HS8A 4LVFA 3USBA 5FF3A 4UTWC 1K8YA 5FF0A 1JUBA 4RZ5A 3DU0A 4M6QA 2E6FA 3IIVA 3VCRA 3NXFA 1IIHA 3OHIA 4A2RA 3G18A 1UASA 4MLRA 3G0SA 5KTLA 3N3MA 5AYXA 1KV5A 1VCVA 1VS1A 1YDOA 2DZSA 4A22A 2V9DA 3CPRA 4RJEA 2BLEA 1PIIA 2DJXA 1V7YA 4DPQA 3LHWA 3ATZA 4LU0A 1ME9A 3NM3A 5I3KA 4EWND 3EX4A 2NZLA 2V5BA 2VENA 2W79A 4AWTA 3BV4A 6TIMA 1GT8A 1D3HA 2DZTA 3NZ1A 2Z6IA 2XN2A 4OGZA 3QFEA 3W2UA 4GRSA 4NVTA 1MEHA 2CZDA 1I45A 4OU1A 2CLLA 3GZ3A 1XM3A 5D03A 1VC4A 1YTEA 2O7QA 3EWUA 3PVFA 3L0NA 4BWLC 1G4TA 5D09A 1Q6OA 2WSRA 3VFLA 4JTGA 2LLEA 4MFEA 3DFQA 5E0KA 4FX8A 1X8FA 4IMFA 4JEQA 1HFBA 1RQEA 4UTIA 4UIOA 1DVJA 4KFNA 2FJKA 3UZ5A 3ABSA 3T40A 1TSIA 3W9ZA 3QJAA 3R12A 3NEVA 4N9BA 3PUEA 4PODA 1G67A 1THFD 3G0XA 3T78A 4QQ3A 3DXIA 4NJHA 3S5NA 4X9SA 3WJSA 3W7OA 4A29A 3S5YA 4OHQA 4X22A 1GWJA 4FO4A 3PF3A 2C6QA 3DZ1A 5LHEA 3W3OA 4NJKA 5TIMA 4AWSA 4UFIA 1SUXA 2GVGA 1LP6A 3WFAA 1DORA 5HINA 1T0OA 3LM7A 3NL2A 4JX4A 3MW7A 4DF1A 2JGQA 1VYPX 1JCLA 5CG7A 2E5CA 1JCMP 1F6KA 3W7EA 2NLIA 4XWUA 4DELA 3MI6A 1PVNA 3RFAA 3QZEA 1HUVA 5D04C 3PY2A 3MMTA 5HUPA 1YDVA 1IXNA 3R13A 2BX7A 4RXFA 3PBUA 3QPYA 3UWUA 3EXSA 1AK5A 4PTNA 3P67A 1GVRA 4XQ6A 3W1XA 2R8WA 3H53A 3PWAA 5CZJA 2X30A 3RLVA 3PG8A 3HG5A 5HR7A 3GKAA 2VFGA 5CZSA 3SSJA 4TMCA 3NPXA 4P2VA 4UMBA 4M6VA 3W83A 8TIMA 1YPFA 2CZ5A 4DO5A 1VYSX 4DXVA 2YCEA 3PS7A 3W72A 1GG0A 1QO2A 3TROA 3LTPA 3BVJA 2Y62A 4O18A 3L5MA 2WPBA 3HGRA 5C6MA 3NQCA 1AW2A 2YFNA 1RQHA 2B4GA 3FLUA 1LYXA 2OMAA 4BI7A 4N6FA 3DENA 4NZFA 3WK1A 3C2EA 3MHUA 4UR8A 1S5TA 4XBSA 1LRQA 1ICSA 2A0NA 3PBVA 4O16A 5HUOA 2ZZ2A 1IXQA 3L5AA 1LTDA 4RR4A 3MYOA 2QEZA 4JS3A 4QISA 1LOQA 3M5VA 2E1DA 3MP3A 3LLFA 4GBUA 3S6DA 5LNRA 1W5NA 1Q45A 3NYZA 2QCCA 4DEFA 3CWNA 1IIGA 4JTHA 4BK9A 3VKJA 3TK7A 3EWZA 5F4SA 4M19A 1TPEA 3LV6A 3IGXA 1O95A 2QUVA 5IBXA 1L9WA 1Z48A 2ATMA 2GJLA 3NPUA 4UNKA 3C6CA 3UXAA 1M5WA 3QYQA 3GYEA 1QMLA 5I3IA 1XFBA 1JCNA 3EEGA 1R47A 5KZDA 1C29A 4RCXA 4JIPA 1JJKA 3SY5A 1CI1A 4YMZA 1J2WA 2E09A 1SZEA 4FIQA 3S9YA 2OX1A 1A53A 3G1FA 4IXHA 3TSMA 3A23A 1N55A 3BW2A 3SZ8A 2QCDA 1IF2A 4RV8A 2WNQA 2NXIA 3M5YA 4AHQA 3W75A 4AH7A 1GZGA 2WNZA 3EWXA 4IUOA 1Q6RA 3LCFA 5EKYA 2AAMA 3OEXA 3HGJA 5C55A 1FCUA 1ZY9A 3NQAA 5F4WA 3W1NA 2FB3A 2G5WA 1X7FA 1W5PA 3CT7A 3QPZA 3HBLA 4LS2A 4KWVA 4IX2A 2JBMA 1OYBA 1JR1A 2NV2A 4NNCA 2WV8A 5DCBA 3G0UA 3G22A 3LI1A 1DKWA 2ZZ6A 2EAWA 3M44A 3THAA 1UB3A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2WMG A;  5LYR A;  1F74 A;  1GGO A;  1WP6 A;  4HIB A;  6REQ B;  2A6N A;  3W1P A;  3MWA A;  5BRQ A;  1VLW A;  4L1G A;  2O7S A;  3QHM A;  3V3W A;  2QJM A;  5HWN A;  5CSS A;  1GUV A;  4K1G A;  2GUU A;  4X2P A;  3GC5 A;  3D3A A;  1RV8 A;  4HPN A;  2Z1S A;  4H2C A;  2WKL A;  5G5I A;  3MDW A;  3LPF A;  4CD6 A;  2OTD A;  2WJF A;  4ZQC A;  3QV7 A;  5EYW A;  4Q8O A;  4DUX A;  4QM1 A;  3AIU A;  1LOR A;  1IT0 A;  1A5B A;  2V2C A;  2VJX A;  1A5L C;  1H7P A;  2VWS A;  3IIZ A;  3WQO A;  5FAG A;  1WDW A;  4DBU A;  4HCD A;  4ZE5 A;  5DLC A;  4QS5 A;  4Y9A A;  2BGS A;  3S6T A;  4ACZ B;  1XIH A;  5FES A;  2BFG A;  5C9R A;  1JIB A;  2DZU A;  4KEM A;  1Z41 A;  1H2J A;  4QIT A;  3M0Y A;  1EJW C;  3WDQ A;  1QNR A;  4RKA A;  3MBF A;  2NXH A;  2PLJ A;  1BWL A;  2HTM A;  4CD7 A;  1UR4 A;  1Y5X A;  2PRL A;  1K02 A;  2J75 A;  3TSB A;  3QGV A;  1XSI A;  4WOZ A;  3RN6 A;  4O1B A;  3FW6 A;  5HQM A;  1L8P A;  1GOI A;  4ORM A;  1RVG A;  5LIK X;  2P88 A;  2FHF A;  1GNX A;  1UOK A;  4AZ5 A;  3W01 A;  1PS9 A;  5J04 A;  4NX5 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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