5CZ0 | Genus

Total Genus 122

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	122
sequence length	334
structure length	334
Chain Sequence	KELLPPIAHLYELPISKEASGLVHRTRQEISDLVHGRDKRLLVIIGPCSIHDPKAALEYAERLLKLRKQYENELLIVMRVYFAKPRTTVGWKGLINDPHLDGTFDINFGLRQARSLLLSLNNMGMPASTEFLDMITPQYYADLISWGAIGARTTESQVHRELASGLSCPVGFKNGTDGNLKIAIDAIGAASHSHHFLSVTKAGHSAIVHTGGNPDCHVILRGGKEPNYDAEHVSEAAEQLRAAGVTDKLMIDCSHANSRKDYTRQMEVAQDIAAQLEQDGGNIMGVMVESHLVEGRQDKPEVYGKSITDACIGWGATEELLALLAGANKKRMAR

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__6975622164810455__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__6975622164810455__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/5CZ0/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__6975622164810455__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"6975622164810455","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/5CZ0/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__6975622164810455__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d00e542442a1c6acfe3dc70/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d00e542442a1c6acfe3dc70/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d00e542442a1c6acfe3dc70/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d00e542442a1c6acfe3dc70/pdb.gz): 2673 ms

reading 334 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

334 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 33 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:333});backbone only;select *;

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Transferase
source organism	Neisseria meningitidis serogroup b (strain mc58)
publication title	NmeDAH7PS E98A variant at 2.5 Angstroms resolution rcsb
molecule keywords	Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase
total genus	122
structure length	334
sequence length	334
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 2.5.1.54: 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase.
pdb deposition date	2015-07-31

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00793	DAHP_synth_1	DAHP synthetase I family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	5cz0A00

2NWSA 4PODA 3W7IA 2GJNA 3VE9A 1A53A 3S1VA 4Y8FA 4FHAA 4MY8A 3L67A 5EL1A 1TRIA 4A2RA 1I2RA 3W1NA 3C2FA 3CQ0A 2J88A 3ZWTA 3O07A 3NQDA 1A5AA 5HQEA 3KVMA 1LZOA 1LCOA 3AO0A 3FS2A 3KOFA 1VRDA 3QF0A 1AG1O 3QYQA 1PV8A 5AOUA 3C2RA 2QUVA 4UMCA 3A22A 2HS6A 1KTNA 2ZZ3A 4LS0A 2C6QA 5D09A 3PVFA 3NDOA 4FX8A 3W7HA 2ZFAA 1UUMA 3MP5A 1WQ5A 3T7VA 4Z1BA 2DZVA 2YYTA 3S1UA 3VKJA 3GXPA 1P5BA 1QPOA 1TV8A 2FPVA 4ZVJA 1Z41A 1TPVA 1YPIA 3B0UX 4XKYB 3NM1A 3PBVA 2VFIA 2YFNA 5G4WA 3W71A 2Q8LA 1AMKA 4WOZA 2B7PA 2E6AA 1TPDA 1Q6RA 2TYSA 1QDSA 3NZ1A 1JRCA 4Z1DA 2Y7EA 1R2RA 1KM5A 3RLUA 2QJHA 4NU7A 5F2LA 5I3GA 2GQAA 3W2JA 2EPHA 4M5PA 4WOQA 1G6CA 4MIMA 2Z6IA 4JTKA 1S3HA 3QC3A 5IM51 3TW6A 1R46A 1BEUA 3BGGA 4UTUA 4IMFA 8TIMA 1KBIA 5FEZA 2WSQA 1JR1A 1K8YA 2YW4A 3BLIA 4QAIA 3GIYA 1OF6A 3A5FA 4HSOA 1R47A 1G4PA 4NQ1A 4BWLA 4JTUA 3ANYA 3LI0A 5AYXA 2GVLA 3P61A 4LVBA 1HFBA 1JVNA 1FWSA 3L0KA 1NAL1 5I3KA 3MBDA 5D02A 3BG3A 5EY5A 3VFLA 4LOCA 4KWVA 5AHLA 3P62A 2OX1A 3P74A 4IGHA 4CNOA 3CU2A 2ZRVA 4PC8A 4LRSA 1VHCA 3KAOA 1KM2A 3ZWSA 1XXXA 5CG7A 3LX9A 5HUPA 1LTDA 3C56A 2BXVA 3HG4A 4FX7A 4N9DA 2ZTKA 3W72A 4YXGA 4TO8A 4UIOA 3TUUA 2ZYFA 4K36A 4XQ6A 5FF7A 2C19A 1JUKA 3SW6A 3ZR4A 1XBVA 1YTKA 4AAJA 3NZRA 3CEPA 1VYSX 1XBXA 2NUYA 4GUFA 1GVRA 1PVNA 3OG3A 3NO5A 3SR7A 2ZRZA 5D05A 4IUOA 4JTGA 5AHFA 3TDFA 1H7WA 1XL9A 1F5ZA 4AF0A 3MYOA 1TV7A 4XKYA 4TU1A 1IF2A 5DXYA 1DQXA 2NUXA 5LZLA 3N2MA 1LOQA 3IRDA 4ORMA 2A6LA 3UWYA 4XZ9A 1EX5A 1Y0EA 3C3NA 3TKFA 4NVTA 3RK8A 5K9CA 5LHFA 1W3TA 3S42A 5KZEA 2QCNA 3NR0A 3UWUA 5AHMA 3LCHA 3W1MA 3HGRA 3T40A 5G2IA 2WPBA 3NPVA 3LI1A 4JX6A 1QMLA 4OU1A 4DBEA 3G3DA 2Z6JA 4MYXA 4NJHA 4X2RA 3M0ZA 3TSDA 4A3UA 2RDUA 4IOTA 2NUWA 3W6YA 4HT3A 4K37A 3NNTA 3W7NA 5FEXA 5AHIA 2F7FA 1O95A 2P0OA 1O4UA 2CLMA 1AW1A 3TV8A 4HSNA 3LTPA 5G2WA 3DKLA 4CCDA 4Z1CA 2PE4A 1LBLA 4HHPA 2C15A 1XCFA 2GQ8A 4BFAA 3P7YA 5FF0A 4UTTA 2WNQA 1GVSA 1TMHA 2EHHA 3E0IA 2BTMA 1G4EA 2CLKA 4JEQA 4GUHA 3NL2A 4H6KA 4IMDA 3WK3A 2DZUA 3KVLA 2ZQ0A 2OMAA 2VFFA 2J27A 3N73A 3PBUA 4JTHA 3LCGA 3W1LA 3R12A 1TTQA 2HS8A 3S9YA 5KZMA 5G4EA 5LNRA 1DJQA 3FOKA 3PB2A 3W1UA 4O1AA 4GUJA 1VC4A 4FIRA 3S1WA 3P5YA 2OT0A 3MJYA 1OVDA 3RFAA 3GDKA 4FNUA 4WX2A 1DBTA 5HR7A 4ZQPA 2CZFA 3GDTA 1KTBA 4R33A 3WK0A 3W7PA 2RHGA 2QCMA 2NX9A 4HNVA 2QCGA 3P67A 2JKPA 4ICNA 1ZFJA 1TPWA 5BNKA 4M6PA 1QPRA 2B7OA 1GQNA 5CPOA 1PL9A 1LBMA 1MEIA 4IPIA 1N7KA 4NZFA 1QR7A 1SO3A 4JS3A 3QSRA 3UWVA 1NEYA 4N4QA 3TFCA 5DY2A 4X22A 1G4SA 3BG9A 1TPUA 3TROA 2BLEA 5D2YA 2IQTA 1WOAA 1RQHA 3Q58A 5F4WA 1JUEA 3ATYA 2JGQA 3VNDA 2TMDA 1ALDA 3OIXA 5F2MA 3IVTA 2E5BA 2QUUA 1H7NA 3B04A 4WUIA 3LM7A 3IIPA 3BPWA 4IMEA 1SZGA 2ATSA 1G4TA 3A9IA 1SSDA 4JYFA 1JJKA 4BI6A 3IIXA 1OABA 4IX0A 5G1YA 5A5WA 4KFNA 3QQ0A 1WAUA 1YTDA 3NA8A 4R7JA 5E1QA 3S5OA 2VFGA 1W3IA 1SZEA 1FBAA 1TB3A 1SFLA 4IQLA 5HWMA 3R5EA 4BI7A 4HPJA 1UJPA 3WFAA 5D38A 2WJZA 3DAQA 3IEBA 4GBUA 4MY1A 4WY0F 5BOOA 4H3DA 3RF9A 3QSTA 3B0PA 4E2BA 3TSMA 2WOQA 3IIZA 2PRHA 3PG9A 1ZAJA 5KSWA 3DFNA 4GJ1A 3MBFA 1JUBA 4JTEA 3PY2A 1KM6A 1QOPA 4CNNA 4FXSA 2JBMA 3O1NA 4OT7A 4DF1A 3TR2A 2BZNA 4PH6A 1KFJA 3M9YA 4CQ9A 2RFGA 3W7QA 2DP3A 2QCDB 4MJZA 2ZRXA 3I7SA 3V1PA 4JICA 3S6DA 3BW4A 2E5DA 3P5ZA 4DELA 1FCUA 1KFKA 5FF3A 3TAOA 2HSAA 3QW3A 3T78A 3TW7A 3BARA 3LHWA 1A5BA 2CLFA 4Z0JA 1X8FA 1O5XA 1SO5A 1ZJIA 2VOMA 3UPBA 4N6EA 4WD0A 3W23A 5F1UA 5LKYA 1OG0A 4UTWA 1TO3A 1I45A 3TXZA 4JGDA 2B7NA 2Y6ZA 2ZZ5A 1OX6A 3PUOA 1MXSA 1QOQA 1GVOA 1GOXA 3NXFA 3W75A 2EAWA 4DO4A 4G1KA 3L5AA 1CX9A 2A2IA 1EP1A 4E0CA 3GXNA 3U2OA 1K03A 3P60A 4IPJA 3BLEA 3DFPA 3UZ5A 2CU0A 3S5NA 2QDGA 3UWWA 1QPQA 4HN4A 3W76A 1NF7A 3M44A 2A85A 3QFEA 1LRNA 4GWEA 4N02A 5K2ZA 1YXCA 2E09A 1U83A 4RR4A 1B3OA 1LROA 2GJLA 3SY5A 2V0TA 1QAPA 2E68A 5G2HA 1U5JA 4TIMA 3PB0A 3W7KA 1GEQA 2ZRYA 2E6DA 2C1HA 2ABAA 2WSYA 5I3FA 3NQ7A 4LY8A 3G0XA 1FCVA 3W1TA 2AGKA 3MHFA 2NV1A 3TFXA 1OFRA 5A8GA 5K4XA 1ADOA 3M16A 4CQ8A 1HO1A 4LS2A 5KZDA 4Y90A 3F1QA 3N34A 3LBCA 5L6UA 3TXVA 2HMCA 2BX7A 3PULA 2ZDRA 2Z0IA 3MI2A 3FIGA 3GVGA 1R30A 2E5CA 3OVPA 1DL3A 4XTIA 3LLDA 4BK9A 2Y7GA 4Q33A 1X1OA 4PCFA 2V5LA 4ZMGA 4M6VA 1FCBA 3PM6A 2ISWA 1VCVA 2NX1A 1WA3A 5U7SA 1TV5A 3MP3A 2DZPA 3EXTA 4O17A 1KLYA 4UTMA 4FNTA 3O6DA 3OVRA 3WJSA 3EWZA 4DPQA 3IGXA 3NOEA 3HPSA 3WJYA 5MHBA 1ICSA 1G69A 1OFPA 4C1LA 3GYEA 2WNZA 3NPXA 3DZ1A 4RV8A 3UD6A 2DJLA 3B0VC 7TIMA 1JCMP 1NSJA 3P84A 4FB7A 5HULA 3OA3A 3LRKA 3TNOA 1GT8A 2Y89A 1W31A 4MLJA 4QJ1A 3NQVA 4JR5A 5HR6A 5DCEA 1DOSA 3S5ZA 2ZZ7A 4BI5A 3BW2A 3CB8A 3RLVA 3W7JA 3ABQA 3GNDA 3G22A 3IVSA 4AHOA 1T96A 1K7FA 5FF2A 1RVGA 2I9EA 4AH7A 1SW3A 2VEMA 1I8JA 3GR7A 5EYWA 1EA0A 4O52A 4MKNA 1W8SA 3MMTA 4HNNA 4P2VA 4Y96A 5DXXA 3TMLA 3E96A 5HNRA 3M5YA 2G95A 2Y63A 5LHEA 4X3ZA 1N8FA 5AYYA 1K7EA 2A0NA 4ONVA 2TPSA 3O16A 4AF0B 2Y85A 1FX6A 2CLIA 1QO5A 2TRSA 3G1AA 3NQEA 4S2CA 3W1RA 2H8XA 5DELA 4UTIA 3N3MA 5D04C 3DI1A 4O53A 2A21A 1GWJA 3W88A 1F6KA 2NZLA 3CT7A 2A5HA 3HGJA 1YTEA 1PCWA 4O11A 4ALDA 5C2XA 2H6RA 3NQ2A 3IIOA 2WKJA 1H5YA 5SWUA 1FDYA 4OQVA 5ABTA 3T44A 3GXTA 4JTLA 2VFEA 1KFEA 2YDAA 3A23A 1IXOA 1TIMA 3SI9A 3W2KA 1TJRA 4MOZA 2NX3A 3H55A 2YGYA 4ZL1A 1TCDA 4JD4A 3JR2A 3TX9A 3PBWA 4XBSA 1SO4A 4K6AA 3P80A 5U4NA 1V7YA 3OHIA 4YCOA 3M41A 1SFJA 3W7EA 4I9AA 1KTCA 4XWUA 2C3ZA 2CLEA 3NQ8A 4PL2A 4UFIA 5K7JA 2V30A 2ATMA 4RKAA 4JXCA 1OYCA 4ADSA 2CZDA 4AVFA 2JK2A 3L68A 3C0JA 3PG8A 1KV8A 3TE9A 4NNCA 4QIUA 2GPTA 2C14A 1I2QA 3FJLA 3I7RA 1I2PA 3O8AA 1ZHAA 4AB4A 4FIQA 4ZQOA 3PAJA 3PWAA 4I7WA 3KHJA 5LSMA 4UC5A 1RV8A 1MZHA 1D3GA 3CC1A 1FCQA 4L4LA 2ZZ4A 2VKZG 2EKCA 2V9DA 3UZJA 3EXRA 3PS7A 4O4WA 5CZJA 2YW3A 1OJXA 3W3OA 5D37A 3DFQA 1TJPA 4FXRA 3TMQA 4O28A 3KVJA 3G1HA 3NQCA 4UMAA 3QM3A 1I2NA 2FIQA 4CNPA 3PC0A 3MWAA 1WX0A 4NNAA 3GZ3A 3A24A 2GVJA 6ALDA 1XUZA 2R91A 4OWGA 3W85A 3LXBA 3W84A 2QCFA 1XDMA 3ABSA 3G8RA 1SSGA 5HWNA 3TIMA 3WJXA 4NJJA 4AWSA 3OBKA 1R2SA 2A7NA 3NEVA 1LM1A 5LNUA 4YWIA 3D0CA 1NVMA 1IGSA 4BWLC 4S2BA 1OYAA 4IJBA 4UNKA 1QPNA 1LBFA 4JIQA 5DCBA 3S1XA 4IWWA 4ADUA 4DPPA 3LCIA 4NX0A 1GTHA 1XUUA 1H50A 2J24A 1FWRA 1LOLA 3CM4A 1K3UA 1V5XA 3HF3A 1J4EA 4H4IA 5J5RA 1HTIA 3W73A 4LV4A 1T0OA 2W79A 3WK2A 5I3IA 5D2TA 3B03A 2PRLA 2ZCGA 3TQVA 4U4MA 4JTFA 2FLIA 5CZTA 3WJZA 1W5PA 3HMJG 4RZ4A 3W7MA 3C2EA 3N2XA 3F4NA 4CQAA 5EPDA 2E6YA 1YYAA 4UTKA 5K3VA 4PFMA 5AC6A 3STFA 2NXHA 3ZS4A 4TR9A 4D2JA 5HUOA 2ZZ6A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 5HMS A;  3LCL A;  1EJR C;  3CHC A;  3ZJ8 A;  3R4I A;  2Q3O A;  3TJ4 A;  2ZRW A;  8RUC A;  1PKL A;  4CLM A;  4RZ5 A;  1UR9 A;  3RR1 A;  2V2H A;  3TQ0 A;  1FHU A;  4LVA A;  4O1D A;  4UFK A;  1J6O A;  4LC8 A;  3VIK A;  4B5T A;  1PZ0 A;  2P88 A;  2XDF A;  1JQX A;  1RXO B;  3O2L A;  3U4A A;  1Z42 A;  2ACS A;  2WC4 A;  3VC5 A;  4XBK A;  2WAG A;  3D46 A;  2ASH A;  4Z08 A;  4AU0 A;  4Q8U A;  3G24 A;  4U28 A;  1O5R A;  4PCT A;  3ZST A;  3VOH A;  4PMQ A;  2GVG A;  3TQP A;  2P50 A;  4GI8 A;  1Q63 A;  1DHK A;  5AB3 A;  3L5M A;  4PRW A;  2CXG A;  3BQ5 A;  4RX0 A;  1HP5 A;  2Y5E A;  4ZFC A;  3VKK A;  3GG8 A;  1PE1 A;  3W7L A;  5CZK A;  2YXG A;  1FOB A;  4DYE A;  1XI3 A;  1ZB5 A;  1Y8B A;  1EPX A;  4S1F A;  1YNP A;  2PFH A;  4A8I A;  1ZBK A;  4EX4 A;  4M7S A;  2GDQ A;  1F61 A;  2FZM A;  4LEQ A;  2YFO A;  3T2P A;  5IBX C;  3FK4 A;  4HHL A;  2WO5 A;  2EKG A;  1PUD A;  3W7G A;  3CLW A;  2WQD A;  1OEP A;  4UNI A;  5KTL A;  1BWK A;  1KKO A;  2ZRU A;  3B4U A;  4DUO A;  2ZUW A;  3SJ3 A;  2QCD A;  7XIM A;  3EZ4 A;  4RDW A;  1W5M A;  2I9U A;  4HMD A;  4UUI A;  3DC8 A;  2C1I A;  2DZA A;  4YL2 A;  4GQB A;  3C4U A;  3W2L A;  4N4P A;  3P93 A;  3W26 A;  3IK2 A;  3C52 A;  2GGG A;  3POC A;  5D2V A;  2D20 A;  3TJL A;  5I09 A;  2Z1W A;  1X1Z A;  3WDJ A;  3QHM A;  3L4X A;  1Q5M A;  2NQJ A;  3GBE A;  2ESC A;  3CZE A;  4P61 A;  2JEQ A;  2ZA1 A;  3WX7 A;  4GYF A;  3R0K A;  5AHN A;  3IPW A;  3T2Q A;  4IUG A;  1ZAI A;  4WDW A;  2BAS A;  2J9Z A;  3IJ7 A;  4KES A;  5JVL A;  4C60 A;  5AC8 A;  1GVQ A;  4L5Z A;  5B80 A;  4JHZ A;  1OYB A;  1PCW A;  3XIN A;  1YKW A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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5CZ0A

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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