5D04C

Neisseria meningitidis 3 deoxy-d-arabino-heptulosonate 7-phosphate synthase val223ala variant regulated
Total Genus 132
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
132
sequence length
346
structure length
346
Chain Sequence
HYPTDDIKIKEVKELLPPIAHLYELPISKEASGLVHRTRQEISDLVHGRDKRLLVIIGPCSIHDPKAALEYAERLLKLRKQYENELLIVMRVYFEKPRTTVGWKGLINDPHLDGTFDINFGLRQARSLLLSLNNMGMPASTEFLDMITPQYYADLISWGAIGARTTESQVHRELASGLSCPVGFKNGTDGNLKIAIDAIGAASHSHHFLSVTKAGHSAIAHTGGNPDCHVILRGGKEPNYDAEHVSEAAEQLRAAGVTDKLMIDCSHANSRKDYTRQMEVAQDIAAQLEQDGGNIMGVMVESHLVEGRQDKPEVYGKSITDACIGWGATEELLALLAGANKKRMAR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Neisseria meningitidis 3 deoxy-D-arabino-heptulosonate 7-phosphate synthase Val223Ala variant regulated at 1.70 Angstroms resolution
rcsb
molecule tags Transferase
source organism Neisseria meningitidis serogroup b (strain mc58)
molecule keywords Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase
total genus 132
structure length 346
sequence length 346
chains with identical sequence D
ec nomenclature ec 2.5.1.54: 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase.
pdb deposition date 2015-08-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
C PF00793 DAHP_synth_1 DAHP synthetase I family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 5d04C00
4H4IA 4LVDA 2A6LA 1JRBA 2YYUA 5AYXA 3NQFA 3GAYA 2Y88A 4M5PA 4XTIA 3QC3A 1G4TA 2R91A 4MUZA 1GJPA 2ZRZA 4EWND 3DFNA 4ONVA 1FCBA 2VEKA 2A21A 3CEPA 1N55A 3L9CA 3LHZA 4MLJA 5U7SA 3U8GA 3OBKA 4TMCA 1YXCA 3DZ1A 4OGZA 2A85A 3G18A 3ZS4A 5L6UA 1DHPA 3ANYA 1OYBA 2TMDA 4TO8A 3RNDA 5D33A 1QFEA 2V0TA 4XBKA 2YDAA 3W7OA 3U2OA 1AG1O 1DBTA 3STGA 2XN1A 5D02A 1PIIA 3MP4A 4MZ1A 5K7JA 1NFBA 4RJEA 3WK3A 1KBIA 1FWNA 3TNOA 5LNWA 4O10A 1AL7A 1EPXA 4WOZA 1H7OA 1GEQA 2CLLA 2FJKA 2VC6A 5HWJA 4G1KA 3NQEA 3SJ3A 5CGQA 1IGSA 5FF2A 3O63A 1YPFA 4FNPA 2G5WA 3CIXA 4GBUA 4O0ZA 3W85A 1FXQA 4TR9A 4S1FA 1XFBA 4ZQPA 3WJSA 5AC7A 2A0NA 3OEXA 2FPVA 4MZ8A 4RCXA 1IXPA 3C8FA 1SSGA 3FFSA 4J9JA 3UYCA 3ZR4A 4CCCA 2X1TA 4Y8FA 1K3UA 1PCWA 1RPXA 1G69A 1D3GA 1VC4A 3TJLA 2QCLA 3PVFA 3K30A 5KINA 3S5NA 4O17A 3G8RA 2DZTA 4A2RA 3RFAA 4HNUA 1TPC1 5CPMA 1JR1A 1ICPA 5FF3A 4MIMA 1WYIA 3EWYA 4YCPA 1A5CA 2OZ0A 3P5ZA 3FLUA 1R2SA 3RK8A 2CLEA 4MPQA 4RX0A 2ZZ5A 1A5AA 1PS9A 3WJZA 1WXJA 3VCRA 2PRHA 3NL3A 3LHWA 4QQ3A 2PRLA 2FTPA 5I3IA 4UFHA 2YPIA 3T55A 3A5VA 2HS6A 2Q8ZA 2X30A 4ORIA 1R46A 4Z1BA 4E38A 4GUHA 3AJXA 1QO2A 5AHMA 2YFOA 1KBJA 3G1VA 4FXRA 2EAWA 4NX5A 5K9CA 4UTHA 3UY7A 3W1AA 4GFSA 5CZ0A 4O4VA 4JR5A 3S1VA 4O8RA 3BW3A 3HG4A 4ML9A 3N73A 3PWAA 5BRBA 3W83A 3SW6A 3NQ6A 3GIYA 1LTDA 4M6QA 1ME7A 3O16A 1G6CA 4QJ1A 4P61A 4ZMGA 1XM3A 2ZZ6A 3F03K 1D3HA 1W3IA 4CQ8A 2GQAA 1H1ZA 5A8GA 2EPHA 4X2RA 4DBDA 3M6YA 3TAKA 3CB8A 3TW7A 1WDWA 1EP3A 5DXXA 3O15A 1PL9A 4X22A 1YLVA 4OU1A 1Z48A 2P1FA 4M6PA 1OK4A 4K37A 1OHLA 2ALDA 3BVJA 4LVGA 5J5DA 4YWIA 5FEXA 1H7NA 3BW2A 4WXZA 4BI5A 2JGYA 5CPLA 3KVLA 4O0KA 1F05A 2VOMA 4LTSA 4H3DA 5C54A 1P1XA 1H60A 2QCNA 1VR6A 3W3OA 4JYDA 2BTMA 3QMRA 1M7PA 4RKAA 2CZDA 4JICA 1PVNA 4GXMA 2GVGA 1UCWA 3O05A 1LRTA 3W2UA 1LORA 3ABSA 3V75A 2XN2A 4Q4KA 3TE9A 4FNTA 3IVTA 1O60A 4I9AA 2EKCA 4NUWA 2YW4A 3MYPA 4BI7A 1KM2A 1ZHAA 1ZALA 4ZL1A 3PSWA 3N34A 4FX6M 4FNRA 3OIXA 4LV9A 2CLMA 2DJLA 1L2UA 1G67A 4LC8A 4ZQOA 1SZNA 3KRSA 3FJLA 3G1FA 1O5KA 3PBYA 1OX4B 5LNVA 3E49A 4RV8A 2AAMA 4IX2A 1MEWA 3NPWA 2ISWA 2Q3RA 3W7NA 4H6KA 1KM6A 4Z0SA 3HJZA 3EWBX 1VLWA 4JX6A 2BXVA 2O7QA 4S2CA 3UWWA 1LBLA 4AXKA 3GB6A 4KFPA 4D2JA 3A21A 1P0KA 4C1KA 2DZVA 2WV8A 3O06A 1ZFJA 1W31A 4MKNA 4E2DA 5AFDA 1TPUA 4JIPA 1X8FA 3NL5A 5C5YA 5HMSA 3NQMA 2DZXA 1ADOA 4ZQMA 3EX4A 3HGSA 2QDGA 5HWNA 4NXKA 3O8AA 1HO1A 3MMTA 3LCIA 1TIMA 2H3BA 3E12A 1LRNA 2Y7EA 3G3DA 3LBCA 3NZ1A 4UTWC 4UTKA 1LBMA 3IIOA 4O4WA 5LHEA 4M7SA 1S3HA 1TTQA 1A50A 4NQ1A 5D2XA 3DGRA 1KW1A 4O11A 2FPYA 1J4EA 1RV8A 5AHFA 3P61A 4XKYA 3LRMA 3UXAA 4JTJA 3W7GA 2J27A 2NUWA 4YCOA 2E6FA 4IMEA 4JIQA 1E51A 3PB2A 4UMBA 3SZ8A 2GPTA 1XUZA 2JGQA 4UTMA 5BMXA 2W6RA 3I7RA 2YCEA 4AWUA 3E02A 1SW7A 4LT9A 3V1PA 4KWVA 5D03A 4ADTA 2RDWA 3O6DA 4N2YA 1P5BA 1UUMA 4MY8A 2GJLA 1TSIA 5EYWA 2QUTA 4HSNA 1YTEA 3GNNA 4CCEA 5KZMA 4JYFA 1TO3A 3NQ7A 3GKFA 3USBA 3A5FA 4RK8A 4UR8A 5BNKA 2XFWA 2Y70A 2EHHA 5HINA 4UFLA 1MXSA 5LSMA 6TIMA 1QMLA 5CZJA 5H2ZA 3TSBA 3L2IA 5D2VA 4Z1DA 4NNAA 3EXSA 3HGOA 2GOUA 3HGRA 3KVKA 2V2CA 2YXGA 4MFEA 1W3TA 4E2BA 3S6DA 3WJYA 2OX1A 3UQNA 3GDMA 1QPQA 3QMSA 4M7TA 2NUXA 4QISA 1PCKA 3LLDA 5U4NA 4ZVJA 2Y89A 3GNDA 1EIXA 1H62A 1ZAHA 3I7QA 3CEUA 1FCVA 3GR8A 4LVBA 5K3VA 2YFNA 5G2HA 1DQWA 3PUOA 2GVLA 3SIZA 3NM1A 2FQIA 4JX4A 1JUBA 1Q6OA 2ZTKA 3FIGA 4ICNA 4MZYA 4MY1A 4E0CA 3MJYA 2W0UA 2NZLA 2WNQA 3B0VC 3BLFA 3PS7A 4JTFA 1TRDA 3NXFA 1QAPA 2DU2A 2QJHA 1FQ0A 2TSYA 1FWTA 3RF9A 1NEYA 3EX2A 1VQTA 2GQ8A 3VFLA 5C2XA 4CNNA 1B9BA 2YZRA 4UFKA 4EF8A 3M47A 2C0AA 2QAPA 3RLUA 3LCWA 1AW1A 3TXZA 4UTLA 2V2HA 3EWXA 3BARA 2RDUA 2RDTA 3G0SA 2X2GA 2D73A 1H1YA 3N9RA 5BW6A 2ZA3A 2B0MA 3IVUA 4JTUA 4PL2A 4WY0F 3F1QA 1VS1A 4DO5A 3IIVA 4GRSA 1BWKA 2R94A 3KOFA 5FF4A 4N6FA 4FNQA 3TX9A 2ZYFA 1S5TA 1VHCA 5E1QA 3HO8A 3JS3A 2ZA1A 3W7PA 3S42A 1OG0A 4JTIA 1K03A 3C2OA 4UMCA 2G95A 2GVJA 3L67A 2WO5A 4FXSA 3STCA 2CLOA 4UR7A 4JXCA 3P81A 4MOZA 5KZDA 1GOXA 3MI6A 1FXPA 3TUUA 5AC6A 3NNTA 1V5XA 1R30A 5IBXA 3Q37A 4AF0A 5CPNA 2OJPA 3W72A 4CNOA 1IXNA 4NVTA 3P60A 3NPXA 3GX9A 1TB3A 3NL6A 3PUEA 1C9DA 1SUXA 3IGSA 3N14A 3STEA 1TPWA 2QCMA 4JY9A 4IQLA 1R2RA 3LGEA 3DI0A 1AL8A 5F2GA 1QDSA 4IMDA 4Y6GA 1LRQA 1F74A 3W74A 2CZFA 3NOEA 1V7YA 4EVZA 4O18A 1YYAA 3PBWA 1SW3A 3U6WA 5HQEA 3H55A 3MI2A 3PAJA 1OFPA 3LXAA 3LOTA 1UUOA 2ZZ7A 1LBFA 3BPWA 1YDNA 3NQVA 5DCBA 4LWWA 4IXXA 3WK1A 1IXOA 1SPQA 3W1NA 3EB2A 3PG8A 3CTLA 4N9EA 2VFHA 3HGJA 3W7QA 2J9YA 1GQNA 4GE8A 4KFNA 3PSVA 2GUUA 5C6MA 2V30A 3M44A 4LVAA 2WOQA 2HSAA 4EF9A 3LV6A 4LVFA 2WQPA 5GVJA 2C14A 1KM5A 4UUIA 4OHQA 4PTNA 1UJPA 3ZFHA 2AQWA 4NX0A 1VCVA 4JD4A 4JTKA 1LOLA 1YPIA 1EX5A 2QCCA 4B5NA 3MBFA 5D05A 1P4CA 2VXNA 5F4SA 1F76A 4DELA 3OVQA 3OA3A 3T44A 1VRDA 1M6JA 5I3FA 3DKLA 1TJPA 1SSDA 1KV5A 5G2IA 3MP5A 1XKYA 3UD6A 5F2LA 3W2LA 1I2PA 1LOSA 3P5YA 1A5BA 3LBMA 1VZWA 1W1ZA 5G4EA 4FB7A 1SU5A 2AGKA 1W3NA 3IIPA 3TC7A 3TFXA 4HKPA 3TFCA 3QQ0A 1QPNA 3CT7A 2Y62A 2J9ZA 3QZEA 2X1RA 3M1ZA 1JCJA 4AWSA 4PL1A 3S5YA 4YL2A 3F4NA 1L6WA 1SO5A 1J5TA 1I4NA 5J5RA 1KTNA 4HT3A 1TV8A 3KRZA 3HG5A 1F2JA 4O52A 3HIJA 2R14A 3LTYA 1OFEA 1OX5A 1W5QA 3NG3A 3EX3A 2FDSA 4UFJA 2NLIA 4OBTA 1OYAA 4HPXA 5HUOA 4NZFA 5DY3A 7TIMA 1YDVA 1QR7A 1JCNA 3TAOA 4Y96A 1I2NA 1JVNA 1WAUA 2OT1A 1SZEA 3TDFA 4XTDA 4UTTA 4R7JA 1EWDA 3OHIA 4FNSA 2R8WA 2A4AA 2GJNA 2G96A 4GUIA 4O1BA 2PCQA 1G7UA 4OWGA 1J2WA 2V82A 4X9SA 2E1DA 3BW4A 4HPJA 1G4EA 4MVAA 4N02A 2ZCGA 1ZENA 3W23A 1W5NA 2Z1BA 3GDTA 4FEZA 3W70A 3C2VA 4EIVA 1M7OA 5AB3A 1WBHA 2H8ZA 3W22A 1UBSA 2F7FA 1GT8A 1N7KA 3M43A 5AHEA 2IQTA 4BR1A 5DBUA 2I14A 2V2DA 3M9YA 4TIMA 3G0XA 1ZJIA 3FS2A 5DBTA 3FEMA 2VFEA 3NVTA 2YW3A 5F4XA 3TC6A 4NJIA 1Z41A 3MBDA 1SO6A 2V81A 2H90A 4NNCA 4GJ1A 1ICQA 1Q3NA 3GXPA 3KFTA 4AHOA 5K9DA 2V9DA 1SR9A 4O19A 1FDJA 5K4ZA 3LHUA 4RXFA 1T0OA 2E5BA 3W86A 3B8DA 2NX9A 3CM4A 4O14A 2XN0A 4WY0B 2A7NA 4AAJA 1GWJA 4FHAA 3PC0A 2Y7DA 4AHQA 3L5MA 2NX1A 4LY8A 3LI1A 4JEQA 3P82A 4UTIA 1B57A 4AEOA 1F7BA 3UPBA 1CW2A 1EEPA 3S8HA 1H7WA 3TK7A 2YSWA 2NWSA 1TPB1 3A9IA 4K8EA 4N4QA 3LRLA 3QYQA 2I9EA 5AOUA 2Y85A 2DZPA 3NQ2A 1NF7A 5AN7A 2PE4A 2QDHA 3M5XA 1FUYA 1PHQA 3IIXA 2QEZA 3CC1A 1UB3A 5FF7A 1QPRA 3FKRA 3HBLA 3PR2A 5H91A 3G1DA 3SR7A 1QNVA 1S5WA 4AMAA 2WSRA 4LC6A 3GXNA 3TU9A 1H7RA 3THQA 3NZRA 2WSYA 2JKPA 2OCZA 3HOJA 3L65A 1QOPA 3WFAA 1WV2A 2H8XA 3E0IA 2UV8G 4Y9AA 4CCDA 3GVGA 3KXQA 5I3KA 2NXIA 1R47A 5IM51 3EXTA 1GPWA 3QMTA 1GYLA 5E0KA 1PV8A 2Z2UA 2QCHA 5CG7A 3O1NA 5CSRA 1KM1A 2I1OA 3G1YA 3W2MA 1QOQA 4BK9A 2BSLA 3A24A 1I45A 1BKSA 2HS8A 3MUXA 4O1CA 2F84A 1EUNA 3A23A 4LU0A 1X7FA 2B7PA 3O07A 3NR0A 3NPVA 4DF0A 2VEPA 3DI1A 3NEVA 1B4EA 2TYSA 4DO4A 3T78A 3W87A 1FX6A 1JCYA 4AWTA 4TMBA 4O57A 3NPUA 3W7JA 2DP3A 3W7LA 3MO7A 1YXDA 1A53A 4UTUA 2TRSA 3W71A 1OX6A 3UPWA 3W7EA 1F6KA 5T26A 3HF3A 3DFOA 1LM1A 1VGAA 2C15A 2VENA 1D9EA 3SFKA 4CNPA 1VCFA 1O4UA 3QEZA 4MLRA 1DVJA 4LUIA 4KWWA 2FB3A 3ABOA 3PB0A 3QPYA 1VLIA 4ZQCA 4JY8A 3NA8A 1VCGA 3TROA 3TQVA 2NUYA 3DENA 3NQ8A 1F73A 4Z1AA 4JTLA 4I7WA 3PBVA 3QF0A 2G97A 1XBVA 2J88A 2DZSA 2W79A 1GYNA 3L5LA 3TMLA 3W7RA 2HMCA 1G7VA 4DPQA 3M0ZA 1OFQA 2BLEA 4GUFA 5EKYA 4MYXA 3BLIA 3UZ5A 3R2GA 1RVGA 1CI1A 5CPOA 1JCLA 1WBJA 2JK2A 1TV5A 5DCEA 3KX6A 3B04A 3S0CA 3SGZA 2V8ZA 5F4WA 3W88A 3QSTA 4O53A 1Z44A 4YXGA 1B3OA 5DELA 3P80A 1GTEA 1IIHA 3D0CA 4C1LA 4OV9A 2ZA2A 3CLMA 4IUOA 1ML1A 1JCXA 3QRHA 5G2WA 3TIMA 4RZ6A 5K9XA 3I7SA 1XBYA 1W37A 1QCWA 1DOSA 1ZAJA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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