5D04C

Neisseria meningitidis 3 deoxy-d-arabino-heptulosonate 7-phosphate synthase val223ala variant regulated
Total Genus 132
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
132
sequence length
346
structure length
346
Chain Sequence
HYPTDDIKIKEVKELLPPIAHLYELPISKEASGLVHRTRQEISDLVHGRDKRLLVIIGPCSIHDPKAALEYAERLLKLRKQYENELLIVMRVYFEKPRTTVGWKGLINDPHLDGTFDINFGLRQARSLLLSLNNMGMPASTEFLDMITPQYYADLISWGAIGARTTESQVHRELASGLSCPVGFKNGTDGNLKIAIDAIGAASHSHHFLSVTKAGHSAIAHTGGNPDCHVILRGGKEPNYDAEHVSEAAEQLRAAGVTDKLMIDCSHANSRKDYTRQMEVAQDIAAQLEQDGGNIMGVMVESHLVEGRQDKPEVYGKSITDACIGWGATEELLALLAGANKKRMAR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Neisseria meningitidis 3 deoxy-D-arabino-heptulosonate 7-phosphate synthase Val223Ala variant regulated at 1.70 Angstroms resolution
rcsb
molecule tags Transferase
source organism Neisseria meningitidis serogroup b (strain mc58)
molecule keywords Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase
total genus 132
structure length 346
sequence length 346
chains with identical sequence D
ec nomenclature ec 2.5.1.54: 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase.
pdb deposition date 2015-08-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
C PF00793 DAHP_synth_1 DAHP synthetase I family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 5d04C00
4N9CA 4O1AA 4LC6A 4IXXA 1C8VA 4R34A 4BI5A 2ZDRA 1K03A 2R8WA 1SZNA 3G8RA 1C29A 2F7FA 1IXNA 3VE9A 2G95A 3L2IA 1TPFA 5U4NA 1FXPA 4OE7A 3S5OA 3T55A 3UWZA 1QPQA 3IIOA 3PSWA 3IVUA 4UXDA 4DELA 3G22A 3IGXA 1A5CA 2YCEA 5SWUA 2A4AA 4IX2A 5HWMA 3NZRA 5MHBA 1UASA 3LLFA 1B9BA 1UB3A 4FIRA 2R94A 4MFDA 4RX0A 5A8GA 4PA8A 2C6QA 1YDOA 2QAPA 3R2GA 4GFSA 4WQ6A 1EB3A 1S5WA 2E68A 1QPNA 2QF7A 2Q8ZA 4R7JA 3UWQA 1DORA 4K8HA 1JJKA 3L67A 1GTEA 1S5TA 1Z42A 1BKSA 4X9SA 4CCEA 3GXTA 2QCHA 2X2GA 1KFBA 3NNTA 3E96A 1OX6A 3GDLA 1WA3A 1KM6A 3G1SA 5FF4A 4JXCA 3THQA 4ADSA 5CPOA 5D03A 5U7SA 1GVFA 1NEYA 3CEUA 3CEPA 2C18A 3C56A 5I3GA 3UYCA 3EXRA 5DY3A 5BW6A 3SGZA 1ML1A 1FDZA 4GUFA 1T0OA 3FLUA 3W3OA 1KFCA 2ZCGA 1O60A 1ME9A 4JTEA 4N02A 4ALDA 2GPTA 3QSRA 3W1TA 5G1YA 1F05A 2QCDB 4PL1A 4RKAA 2PC4A 4LUJA 3GR7A 5HQEA 1G69A 3FJ6A 4X3ZA 2H8ZA 2YDAA 1TPEA 3GR8A 4NZFA 3W7IA 4N6EA 5HNRA 3LHTA 3W88A 3SI9A 1GTHA 2V82A 3E9AA 2WNQA 3JRKA 4A29A 3CIWA 2ZZ6A 4NJKA 3M44A 4BR1A 3F4WA 4NJJA 4WY0A 2W6RA 1UCWA 3PY2A 1U5JA 3TJXA 1WV2A 1BEUA 4GUIA 1R46A 2YFOA 4LVBA 3VCRA 1EEPA 1EA0A 1H61A 1H7WA 4UTTC 4HNUA 3LBCA 1TPUA 3WK3A 4IX0A 3PM6A 1SFJA 2E6FA 2WNNA 1YADA 3PR2A 3UY7A 3CLMA 5HR7A 2J6XA 5KZDA 4JDBA 3B0VC 5EL1A 1RQEA 5HUOA 3HG2A 4K36A 5K2ZA 2ZZ7A 2P0OA 2YZRA 5AC7A 4RV8A 4UMCA 3N34A 4JNMA 4S2CA 1Z44A 2EPHA 1VCVA 3EWUA 1W3TA 3MYOA 4JTUA 3DKJA 2ZTKA 2PRHA 3CB8A 1NF0A 1CW2A 3I7SA 2ZRWA 4GUHA 3LM7A 1W37A 3BW3A 1L6SA 1DJNA 3WJYA 2YW4A 1ALDA 3VKJA 2H3DA 1KTNA 2KZHA 3HQ1A 5LHFA 5AHNA 3LCXA 4G1KA 3LRLA 3NGJA 4BFAA 2HSAA 1Q45A 5AHLA 5K4XA 1WOBA 3TU9A 3TQKA 1VGAA 4XQ6A 2GVGA 4AHOA 3O15A 1DHPA 4TIMA 3W86A 3W1QA 3ZS4A 3VE7A 3C3NA 3W7GA 4TMCA 3LRKA 4UTWA 2ZZ2A 1MXSA 1M5WA 1P0NA 4Y6GA 3W2MA 1ICQA 1KM2A 3Q94A 3KXQA 5G2WA 3C6CA 5HINA 4JTIA 2ZA2A 2NXIA 1SR9A 1JCNA 1PCWA 4Q33A 1H7RA 4O14A 4KFOA 1LOSA 4LTSA 2CWNA 2BXVA 3W2UA 3CT7A 3L9CA 4A2SA 3TA6A 1EIXA 1VYRA 2VEIA 3S1XA 2V5LA 4O53A 1H63A 1K7FA 1CI1A 1A5BA 3TKFA 4CNOA 3L5LA 3M43A 2B7NA 1XC4A 3QSTA 3B0PA 3TIMA 3NDOA 2VFFA 4OQVA 4JTSA 2WO5A 4QISA 1JR1A 1SZEA 4CCCA 1P1XA 1EWDA 3L68A 3G3DA 3PAJA 1G6CA 2YX0A 3QPYA 2J24A 1GT8A 1OX4A 2E6DA 1I2RA 2FJKA 3W2NA 1JRCA 2YFNA 4LUIA 4NXKA 3W7MA 3EX1A 4KFNA 1F5ZA 4AXKA 3W1UA 5F1UA 3W7JA 4N9EA 3NQEA 3Q37A 4ICNA 4TX9A 5I3FA 4O8RA 4FXRA 3HOJA 2I9EA 4TO8A 3LCLA 3T7VA 5F2GA 3S1UA 1W5QA 2EGZA 1VS1A 4N4QA 3W1MA 5FEZA 1W1ZA 3P5YA 2J9XA 4IGHA 4M7TA 5K9CA 3W07A 3TFXA 2RH9A 3NEVA 3WK1A 3QZEA 2WJZA 2VEMA 2A5HA 1RR2A 2VFGA 3W2KA 4Z1CA 1VHNA 1W5NA 5DXYA 4WD0A 4HNVA 3M5YA 5CG7A 2J27A 2VEPA 4MLRA 4FHAA 5LZLA 3LGEA 2X1UA 2ZZ5A 4NUWA 4ZQPA 3G1VA 3NG3A 1XKYA 2TYSA 2YPIA 3E0IA 3CPRA 3O8AA 5D2WA 5L9FA 4XTDA 1FQ0A 2BZNA 1M7PA 4BWLA 4HPJA 3ATZA 1R2SA 3S42A 3P67A 1MEWA 5KITA 3SW6A 2ALDA 3BG5A 2IQTA 1KM1A 4O52A 5T26A 5AC6A 5EY5A 1FY6A 3TROA 1GYLA 1TTQA 3P61A 1LRNA 1I2OA 2FPTA 4H3DA 4OHQA 4AF0A 5FF0A 2VFEA 3IV3A 2G5WA 2GQ9A 1VCFA 2E09A 3M1ZA 4FX8A 3G1YA 3O07A 1SU5A 1AG1O 2NWSA 4XUGA 5EA9A 4EF9A 1NAL1 1AW2A 1B57A 1KFEA 3AO0A 1QR7A 3FKKA 4A2RA 3LERA 3NL2A 2CZDA 5EBUA 4WZHA 3W6YA 1AW5A 3DBPA 2NUXA 5ABTA 2E6YA 1F7BA 3PSVA 3P60A 5TIMA 2QAFA 4UTHA 1M6JA 2X30A 3O16A 1FWTA 4GC4A 4UTJA 1R2RA 4WY0F 4JTGA 1QFEA 4LRTA 3TH6A 3W7LA 3NOEA 1OK4A 1XUZA 1YPIA 3TW6A 2G97A 2VFDA 4FO4A 1I2PA 1X6UA 1YLVA 1ZAHA 3W84A 1OFPA 2Q3RA 4RR4A 1GEQA 4WXYA 1WYIA 3DFQA 4HHPA 4DO6A 5HWNA 5I3IA 1H5YA 3G0UA 4WJEA 4I9AA 3TJLA 1Y0EA 4K6AA 4KWVA 2QJGA 1L6YA 4R33A 1RV8A 3SECA 4P61A 3ZFHA 1QOQA 3S5ZA 3N14A 4K7YA 3HGOA 1FWSA 2Y7FA 2Z6IA 3NL3A 3I7QA 3P82A 5G4WA 1XDMA 1XBXA 3HB9A 1SZFA 3BW4A 2AGKA 4TU1A 3BPWA 2XN2A 3HG4A 3ELFA 1GPWA 2QCNA 5D2VA 2QCFA 4UR7A 2C15A 1F6KA 1IXPA 2CLKA 3SZ8A 1KTBA 1JCLA 4GNJA 4EIVA 1K7XA 3LV5A 5D33A 1O94A 5CKSA 1HFBA 2QDGA 4C1KA 1KM0A 3MI6A 4QQ3A 5LKYA 1W54A 1C9DA 1LZOA 3NPVA 1GVQA 1OVDA 2O7SA 5BRBA 4L4LA 4O13A 5GVJA 3MWAA 3NQVA 3TV8A 3S1WA 3PUOA 3UZ5A 4TR9A 4IMDA 4IJBA 1ZJIA 4JYEA 3LV6A 1SSDA 1QPRA 3OEXA 3EX2A 4UNLA 4UTTA 4HNTA 1LDCA 2E77A 4HIBA 1H50A 4MFEA 1RD5A 1TPH1 4YLWA 4H6KA 1I2QA 4FNUA 5D04C 4WY0B 2GUUA 4OBTA 4QAIA 3QFEA 4JIQA 3LCGA 5LNWA 1VH7A 4ZQMA 3UXDA 3HF3A 1R2TA 3WJWA 3B05A 1OG0A 4NNCA 5FF7A 2HTMA 3G1FA 1KLYA 3M7WA 4RJEA 3KVLA 1SFLA 2H3BA 2YYTA 3K30A 1DJQA 2Z0IA 3W74A 3L5AA 3GNDA 3LCWA 1FCVA 3FJLA 2VKZG 3GIYA 3HIJA 1XI3A 3BLIA 1S5VA 4UTUA 1I2NA 1XBVA 1F2JA 3LI0A 1TTIA 1YTKA 4LW7A 4LS1A 3RK8A 2ZZ4A 1MSSA 1BTMA 1JUKA 2FB3A 3DFTA 1XFBA 3LHUA 4NU7A 1O5XA 4O28A 1XBYA 3QC3A 1D9EA 3TSDA 3G8EA 4ML9A 4O50A 3TW7A 4XKYA 5EMUA 5KZMA 2F84A 3MI3A 3UQNA 1LRQA 5F4WA 4JTKA 1EWEA 3QYQA 3UPWA 4JX4A 2FDSA 1LOLA 5LNVA 3TSBA 1B4EA 3C4UA 1EP2A 3DXIA 4GUGA 3TQVA 1O5KA 3UWVA 1OYAA 3GVGA 4EOUA 1FBAA 1XBZA 2WQPA 1VLIA 4AMAA 3INPA 5DCBA 3NM1A 5C2XA 2DZWA 3A5FA 1KFLA 1D3HA 3W83A 4FIQA 2ZA3A 1WQ5A 1QPOA 3B0UX 3W7CA 4ZQOA 1G4PA 1V5XA 3N9RA 2CLOA 5FF3A 1OFEA 2JKEA 3DFNA 3R89A 3OIXA 1E51A 4JTHA 5F1VA 1TQXA 1GG0A 1VZWA 2QKFA 4FB7A 2DZVA 3LI1A 5BMWA 3W23A 2GJNA 2H8XA 2ZFAA 4AEOA 2FIQA 2NX9A 5F2MA 2V2CA 3G1XA 3GAKA 3CWOX 4Z08A 5KSWA 3BO9A 4DO5A 3W1PA 5G4EA 1MEIA 2V30A 2ZZ1A 1QCWA 3KVJA 4OV9A 3IIVA 4FXSA 4O1BA 2CFFA 5K9XA 3F03K 2YXGA 3EWXA 1SO3A 4ZMGA 4LU0A 1OX4B 4DPQA 4OWGA 1GVRA 1ICSA 3M47A 3PB2A 3C52A 1TRDA 4S1FA 3OVRA 5E0KA 1G67A 2XN0A 2CU0A 1K8ZA 3UNDA 1DV7A 4KKXA 3S5NA 3E12A 3C2OA 1OFRA 4POCA 4MYAA 3V1PA 3OG3A 1TREA 3NL5A 2RDWA 4CLMA 3T44A 1U83A 2DZPA 2A7RA 5G5IA 2PE4A 1J2WA 4LOCA 1F76A 2HS8A 3CC1A 1TTJA 3G0XA 1YXYA 2GQAA 3W70A 3QW4B 1KW1A 4L4MA 1EPXA 4O54A 2XFWA 3TSMA 3LB0A 4QITA 4NT0A 3HMJG 1QDSA 5I3HA 4JR5A 3TC6A 3MHFA 3NVTA 5H2ZA 4OU1A 3I65A 3SY5A 3TAOA 2ZRYA 5CPMA 3TE9A 3N73A 2VFIA 4NZJA 3STCA 1OFBA 3EKZA 4RZ6A 1F74A 1FX6A 1X1ZA 1ZENA 4GRSA 3TAKA 1T8XA 2OJPA 3FYOA 1YTEA 2CLIA 1I8JA 5G2IA 1YXDA 1WBJA 2V0TA 3MI2A 3W7EA 3P5ZA 3NM3A 4HSOA 3MJYA 5DN1A 1N55A 4LVDA 3PG9A 3NR0A 3A22A 3HBLA 3E02A 2I1OA 4KWWA 1H51A 1XDLA 3KRUA 2Y7GA 2XN1A 3NQMA 1SW3A 3W73A 2C16A 1QOPA 5D38A 4DPPA 3EWBX 4MZ8A 4AF0B 3SIZA 3HJZA 3FA5A 5C6MA 1J4EA 3L65A 4CQ9A 5D09A 2E1DA 3V75A 4ADTA 3U2OA 3W7HA 2EAWA 4UFMA 1QAPA 1SO4A 5K7JA 2CLLA 4S2BA 4HN4A 1SQ7A 1TPVA 3TR2A 1DOSA 3LCFA 3SFKA 2AAMA 3TC7A 4PC8A 3GDRA 3G1DA 4JX5A 5HMSA 1Q6QA 4ZL1A 2ABBA 4XBSA 4JDYA 5KMYA 5LNSA 1ICPA 3OVQA 1LRTA 4N2YA 4DF0A 3EX6A 3P8IA 3STGA 3STEA 1TJPA 3LRMA 4UTIA 3SJ3A 4MY8A 1LOQA 4BI7A 5LGXA 4DEFA 3O06A 1A50A 3IIZA 5CZ0A 3NQ6A 4I7WA 4K39A 4NX5A 4IOTA 3F1QA 2VENA 3LTPA 3DI0A 5DBUA 4UMAA 3LBMA 1T96A 1AMKA 3A21A 3IVTA 4LT9A 3A24A 1P0KA 4MY9A 1Q6LA 2H90A 4XBKA 2Q8LA 3OHIA 4LRSA 4LV9A 4AAJA 4LY8A 2P1FA 5FI8A 4LS2A 1PVNA 1TPB1 1IXQA 1PE1A 3CQ0A 3GXPA 4EWND 1ZAJA 1JULA 5CSSA 3TFCA 3GB6A 2ZTJA 2P10A 4DF2A 3TMQA 5LGZA 2W79A 3O6YX 2J9YA 1QWGA 1IGSA 1FWNA 2VXNA 1VQTA 2BX7A 3GXNA 3OVPA 1GG1A 3QF0A 3TNOA 3NPWA 4RZ5A 1OFDA 1KBIA 3W7OA 4LC8A 2ABAA 1IIHA 3B8DA 1KA9F 3LXBA 4ONVA 4O4VA 1M7OA 4I7UA 2WOQA 1TTPA 3RLUA 4E0CA 3EXTA 4QJ1A 2OT0A 3F4NA 3NO5A 1A53A 4O0KA 1JCMP 3THAA 4MUZA 5KINA 1SZGA 2OZ0A 1G7UA 3MP3A 4ADUA 2Y89A 4O12A 3KOFA 2CLEA 1HL2A 1GOXA 2FFCA 1IXOA 1TPDA 3N9SA 5HJLA 3HPZA 1W56A 5FF2A 3IIXA 3U6WA 4X22A 3B4UA 3TK7A 3MW7A 3VNDA 5AYYA 4DO4A 1I4NA 1NVMA 2QDHA 3LXAA 2C3ZA 2I14A 4IMEA 1XUUA 1GVOA 4MY1A 4GWEA 1OABA 4XTIA 2RDTA 1F73A 3PBYA 5D2YA 4HSNA 1GWJA 3LOTA 2ATSA 1AW1A 4E2DA 2ZZ3A 1ONRA 2Y63A 2V2HA 3MHUA 1RPXA 2W0UA 4DF1A 1UUMA 4LVFA 5DLCA 1W31A 2EHHA 5AC8A 4MKNA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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